LAPORAN PRAKTIKUM DESAIN DAN PENGEMBANGAN OBAT

HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR DAN AKTIVITAS (QSAR)

Hari, Jam Praktikum : Jumat, 10.00-13.00 WIB

Tanggal Praktikum : 10 November 2017
Kelompok :1
Asisten : 1. Flamboyan Ayu Setya Kantisi
2. Intan Merita

Anggota Kelompok

Nama NPM Tugas

Andika Putri 260110140040 Hasil, Pembahasan, Simpulan
Eli Nur Aisyah 260110140041 Teori Dasar
Auliana Yuni K 260110140042 Teori Dasar
Putri Umniyyah 260110140043 Hasil, Pembahasan, Simpulan
Nita Sari 260110140044 Hasil, Pembahasan, Simpulan
Harumi Ananda 260110140045 Editor, Prinsip, Alat Bahan,
Prosedur

LABORATORIUM ANALISIS FARMASI DAN KIMIA MEDISINAL

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS PADJADJARAN

JATINANGOR

2017
HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR DAN AKTIVITAS (QSAR)

I. Tujuan
Membuat persamaan QSAR yang diperoleh data percobaan yang sudah
ada
II. Prinsip dan Teori Dasar
2.1 Prinsip
2.1.1 QSAR
Salah satu ruang lingkup kimia komputasi yang banyak
digunakan adalah Quantitative Structure-Activity Relationship
(QSAR). QSAR dapat digunakan untuk mempelajari hubungan antara
struktur molekul dengan aktivitas biologisnya yang dinyatakan secara
kuantitatif (Asmara, dkk, 2015).
2.1.2 Model Pendekatan Free-Wilson
Metode analisis yang juga disebut teori kontribusi gugus atau
metode de novo ini didasarkan pada asumsi bahwa sumbangan variasi
substitusi gugus-gugus dalam struktur senyawa induk memberikan
kontribusi secara linier terhadap aktivitas biologis (Tahir,dkk, 2003).
2.1.3 Model Pendekatan Hansch
Hansch et al. di tahun 1960 mengidentifikasi ketergantungan
nonlinier aktivitas biologis dengan log P dan memberikan persamaan
berikut: Log(1/C) = a lop P b (log P2) + c
Dimana 1/C = ukuran aktivitas biologi; Log P = log koefisien partisi
octanol-air; a,b,c = koefisien regresi (Narasimhan, 2014).
2.2 Teori Dasar
2.2.1 Quantitative structure-activity relationship (QSAR)
Metode empiris untuk membangun model prediktif hubungan
antara struktur molekul dan sifat-sifat bermanfaat menjadi semakin
penting. Hal ini muncul karena penemuan dan pengembangan obat
menjadi lebih kompleks. Sejumlah besar informasi target biologis
tersedia melalui biologi molekular. Otomatisasi sintesis kimia dan
skrining farmakologis juga menyediakan sejumlah besar data
eksperimen. Salah satu metode yang digunakan dalam pengembangan
dan penemuan obat baru adalah Quantitative structure-activity
relationship (QSAR) (Winkler, 2002). Quantitative structure-activity
relationship (QSAR) merupakan pendekatan praktis dimana struktur
kimia berkorelasi kuantitatif dengan aktivitas biologis atau reaktivitas
kimia (Ishikawa et al, 2012).
Pemodelan QSAR banyak dipraktekkan di akademi, industri,
dan institusi pemerintah di seluruh dunia. Pengamatan terbaru
menunjukkan bahwa setelah bertahun-tahun memiliki dominasi yang
kuat dengan metode berbasis struktur, nilai pendekatan QSAR
berbasis statistik dalam membantu memandu pengoptimalan timbal
balik mulai dipertimbangkan secara apik oleh beberapa kelompok
CADD yang lebih besar. Model QSAR menemukan aplikasi yang luas
untuk menilai potensi dampak bahan kimia, bahan, dan nanomaterial
pada kesehatan manusia dan sistem ekologi. Bidang perluasan QSAR
yang aktif adalah penggunaan model prediktif untuk tujuan peraturan
oleh instansi pemerintah, di mana masih banyak alat dan database
peraturan khusus yang sedang dikembangkan dan divalidasi
(Cherkasov et al, 2014).
Dalam analisis QSAR digunakan parameter elektronik dan
parameter molekuler. Parameter elektronik digunkan dalam QSAR
sebagai variabel bebas, diantaranya adalah muatan bersih atom (q),
momen dwikutub (), energi hidrasi (EH), polarisabilitas molekular
(), energi total (ET), energi ikatan (Eb), energi atom terisolasi
(Eat.is), energi elektronik (Ee), dan interaksi inti-inti (Eint) (Asmara,
2015).
 Parameter molekuler meliputi parameter hidrofobik dan
parameter sterik dalam QSAR adalah analog yang terdapat pada
parameter elektronik dengan penambahan log P untuk parameter
hidrofobik (Asmara, 2015).

2.2.2 Model Pendekatan Hanch

Model pendekatan Hansch dikemukakan oleh peneliti bernama
Hansch pada tahun 1963, konsep ini mengemukakan hubungan
struktur kimia suatu senyawa dengan aktivitas biologi (log l/C). model
pendekatan ini disebut juga pendekatan hubungan energy bebas linier
(linier free energy relationship atau LFER) atau pendekatan ekstra
terdinomik (Wahyudi,2015).
Hubungan stuktur-sktivitas pada model pendekatan Hanch
dinyatakan secara kuantitatif melalui parameter-parameter sifat
fisikokimia dari substituen meliputi parameter hidrofobik, elektronik,
dan sterik. Pendekatan ini dinyatakan melalui persamaan regresi linear
ganda seperti berikut (Wahyudi,2015).
Log 1/C = a + b + c Es d
Keterangan:
C = kadar untuk respon biologis baku
+ + Es = variable sifat-sifat lipofilik, elektronik, dan sterik
dari gugus-gugus terhadap sifat-sifat senyawa induk yang
berhubungan dengan aktivitas biologis.
a, b, c, dan d = tetapan/konstanta yang didapat dari perhintungan
analisis regresi linear.
Model pendekatan Hansch memiliki keunggulan sebagai berikut.
a. Lebih sederhana
b. Konsep ini secara langsung berhubungan dengan prinsip-prinsip
kimia organik
 c. Data parameter lebih mudah dipahami
d. Banyak dan sering digunakan dalam analisis QSAR
(Wahyudi,2015).

2.2.3 Pemodelan Free Wilson

Model Free Wilson adalah metode sederhana dan efisien untuk
deskripsi kuantitatif hubungan aktivitas struktur. Ini adalah satu-
satunya metode numerik yang secara langsung menghubungkan fitur
struktural dengan sifat biologis, berbeda dengan analisis Hansch, di
mana sifat fisikokimia berkorelasi dengan nilai aktivitas biologis.
Namun, kedua pendekatan tersebut saling terkait erat, tidak hanya dari
sudut pandang teoretis, namun juga penerapan praktisnya. Dalam
banyak kasus, kedua model dapat dikombinasikan dengan pendekatan
campuran yang mencakup parameter tipe Free Wilson untuk
menggambarkan kontribusi aktivitas modifikasi struktural tertentu dan
parameter fisikokimia untuk menggambarkan efek beberapa substituen
lain pada aktivitas biologis (Kubinyi, 1988).
Keuntungan model Free Wilson ini adalah dapat
menghubungkan secara kuantitatif anatara struktur kimia dan aktivitas
biologi dari turunan senyawa dengan berbagai gugus substituent pada
berbagai zona (Siswandono, 2000).
Dikarena keterbatasan yang diakibatkan oleh konsep aditif,
analisis Free Wilson memiliki beberapa kekurangan, terutama pada
versi aslinya. Kekurangan tersebut diantaranya adalah:
1. Senyawa seri harus memiliki kerangka induk yang sama. Bila
kerangka induknya berbeda harus dipertimbangkan dengan parameter
tambahan.
2. Setidaknya dua posisi dalam molekul harus bervariasi agar bisa
memasukkan lebih banyak titik data daripada variabel.
 3. Substituen dalam posisi berbeda dari molekul seharusnya tidak
memiliki pengaruh pada posisi lain, bila tidak, konsep aditif mungkin
tidak benar (Kubinyi, 1988; Leach, 1996).
III. Alat dan Bahan
3.1 Alat
Alat yang digunakan dalam praktikum ini yaitu laptop.
3.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam praktikum ini yaitu aplikasi Microsoft
Excel.
IV. Prosedur
Grup Sandoz membagi analisis analog kapsaisin kedalam tiga
kategori. Daerah A yang berisi cincin aromatis, daerah B yang
mendefinsikan ikatan amida, dan daerah C yang terisi oleh rantai samping
hidrofobik. Hipotesis untuk daerah C mengasumsikan bahwa substituen
kecil yang hidrofobik menaikkan aktivitas. Dengan memberikan asumsi
ini, parameter yang dipilih adalah hidrofobisitas substituen () dan
refraksivitas molar (MR) dengan data hasil eksperimen sbb:

1. Dibuat persamaan QSAR yang menghubungkan aktivitas dengan

hidrofobisitas substituen ().
2. Dibuat persamaan QSAR yang menghubungkan aktivitas dengan
refraksivitas molar (MR).

3. Dibuat persamaan QSAR yang menghubungkan aktivitas dengan

parameter hidrofobisitas substituen () dan refraksivitas molar
(MR).

4. Dari ketiga persamaan QSAR tersebut, pilihlah persamaan yang

terbaik dengan membandingkan koefisien determinasi (R kuadrat)
dari masing-masing persamaan.
5. Dari persamaan QSAR yang terbaik, buatlah grafik hubungan
antara aktivitas hasil eksperimen dengan aktivitas hasil prediksi,
kemudian hitung koefisien korelasinya.
V. Hasil dan Pembahasan

VI. Simpulan
 DAFTAR PUSTAKA

Asmara, A. P. 2015. Analisis Hubungan Kuantitatif Stuktur Dan Aktivitas Senyawa

Turunan Triazolopiperazin Amida menggunakan Metode Semiempirik AM1.
J. of Islamic Science and Technology Vol.1(2): 125- 138.
Cherkasov, Artem et al. 2014. QSAR Modeling: Where have you been? Where are
you going to?. Journal of Medicinal Chemistry. 57(12): 49775010.
Hansch, C., Kiehs K., dan Lawrence G. 1965. QSAR Study on Phenol Derivatives
Series. J. Am. Chem. Soc. Vol.87: 5770.
Ishikawa, T., Hirano H., Saito H., Sano K., Ikegami Y., Yamaotsu N., Hirono S.
2012. Quantitative structure-activity relationship (QSAR) analysis to predict
drug-drug interactions of ABC transporter ABCG2. Mini Reviews in
Medicinal Chemistry. 12(6):505-514.
Kubinyi, Hugo. 1988. Free Wilson Analvsis. Theory, ApplicatiGns and its
Relationship to Hansch Analysis. Molecular Informatics. 7 (3). 121-133.
Leach, A.P. 1996. Molecular Modelling, Principles and Applications. Singapura:
Addison Wesley Longman Limited.
Narasimhan, B. 2014. Qsar By Hansch Analysis. Journal of Pharmaceutical and
BioSciences. 2(4) : 2-6.
Siswandono dan B. Soekardjo. 2000. Kimia Medisinal Edisi I. Surabaya: Airlangga
University Press.

Tahir, I., Wijaya, K., Widianingsih, D. 2003. Hubungan Kuantitatif Struktur-

Aktivitas Antiradikal Senyawa Turunan Flavon / Flavonol Berdasarkan
Pendekatan Free-Wilson. Makalah Seminar Nasional Kimia Fisik III. FMIPA
UNDIP.

Wahyudi, E. 2015. Studi Hubungan Kuantitatif Stuktur aktivitas dari Amidasi

Senyawa Etil- P-Metoksisinamat Sebagai Antiinflamasi Dengan Pendekatan
Hansch dan Komputasi. Skripsi. Jakarta: UIN Syarif Hidayatullah
Winkler, DA. 2002. The role of quantitative structure--activity relationships (QSAR)
in biomolecular discovery. Briefings in Bioinformatics. 3(1):73-86.