ISOLASI DAN IDENTIFIKASI PATOGEN

Nama : Rahma Adilah

NIM : B1A015074
Kelompok :3
Rombongan :I
Asisten : Nadya Denris Talitha Syarifah

LAPORAN PRAKTIKUM FITOPATOLOGI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2017
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Penyakit adalah suatu aktivitas fisiologis yang merugikan yang disebabkan

oleh gangguan secara terus menerus oleh faktor penyebab primer. Terjadinya
penyakit pada umumnya diawali dengan adanya tanda atau gejala pada tumbuhan
yang disebabkan oleh serangan patogen. Patogen merupakan penyebab penyakit
yang bersifat menular, dapat berupa jamur, bakteri, virus, nematoda ataupun
tumbuhan tingkat tinggi yang parasitik. Tumbuhan yang diganggu oleh patogen dan
salah satu fungsi fisiologisnya terganggu maka akan terjadi penyimpangan dari
keadaan normal yang menyebabkan tumbuhan menjadi sakit (Agrios, 1996).
Tanaman yang terserang penyakit terkadang tidak dapat terdeteksi karena rasa
sakit dan ketidaknyamanan suatu tanaman tidak dapat terlihat. Selain itu, tanaman
juga tidak dapat berbicara atau berkomunikasi dengan manusia sehingga ini menjadi
titik kesulitan dalam mengetahui suatu tanaman sakit (Agrios, 2005). Penyakit
tumbuhan ditunjukan oleh keadaan patologis yang khas yang disebut gejala.
Tanaman yang terserang penyakit biasanya memiliki gejala maupun tanda-tanda
alam..
Tanda-tanda penyakit merupakan bagian atau keseluruhan morfologi patogen
yang terlihat pada bagian tumbuhan yang terserang penyakit. Apabila tanaman
diganggu oleh patogen atau oleh kondisi lingkungan tertentu dan satu atau lebih
fungsi-fungsi fisiologisnya terganggu sehingga terjadi penyimpangan tertentu dari
normal, maka tanaman itu menjadi sakit. Mekanisme terjadinya sakit berbeda-beda
sesuai dengan agensia penyebabnya dan kadang- kadang dengan tanamannya
(Agrios, 1996).

B. Tujuan

Tujuan praktikum kali ini yaitu untuk mengetahui penyebab penyakit dengan cara
mengisolasi dan mengidentifikasi patogen yang menyebabkan penyakit pada
tumbuhan.
 II. TELAAH PUSTAKA

Penyakit pada tumbuhan didefinisakan sebagai serangkaian respon baik yang

terlihat maupun tak terlihat dari sel dan jaringan tumbuhan terhadap organisme
patogen atau faktor lingkungan yang menyebabkan perubahan bentuk, fungsi, atau
integritas tanaman dan memicu terjadinya ketidakstabilan parsial atau kematian
bagian tanaman atau keseluruhan (Agrios, 2005). Penyakit tumbuhan merupakan
suatu kondisi pada tumbuhan yang bertentangan dengan struktur dan fungsi yang
normal atau nilai ekonomis. Menurut Brown & Ogle (1997), mendefinisikan
penyakit tumbuhan sebagai sutau penyimpangan dari kondisi pertumbuhan dan
struktur normal yang cukup nyata dan jelas dengan suatu gejala terlihat atau
mengurangi nilai ekonomis. Tumbuhan sering menunjukkan gangguan atau
perubahan fisiologis ini dalam bentuk gejala yang terlihat.
Diagnosis yang cepat dan tepat dari penyakit yang menyerang tumbuhan
sangat penting sebelum dilakukan suatu tindakan pengendalian. Jenis penyakit
tumbuhan dalam beberapa hal dapat mudah diidentifikasi dengan cara pengamatan
gejala dan tanda pada tumbuhan tersebut atau dibantu dengan pengamatan
mikroskopis dengan membuat preparat dari bagian tumbuhan yang sakit secara
langsung. Penyebab penyakit yang tidak langsung teridentifikasi, di perlukan
beberapa perlakuan seperti isolasi patogen pada media buatan hingga diperoleh
biakan murni. Postulat Koch merupakan tahap yang sangat penting dalam proses
identifikasi patogen untuk mengetahui patogen tersebut benar-benar merupakan
penyebab utama timbulnya penyakit (Utami et al., 2008).
Isolasi adalah proses pemisahan mikroorganisme yang diinginkan dari
populasi campuran ke media biakan (buatan) untuk mendapatkan kultur murni.
Inokulasi merupakan perpindahan inokulum dari sumbernya ke dalam tanaman
inang. Dengan dilakukannya inokulasi, berarti patogen memiliki peluang yang besar
untuk menyerang inangnya dan menimbulkan penyakit. Hal ini dapat menjelaskan
pengaruh inokulasi yang nyata terhadap intensitas dan luas serangan penyakit hawar
daun. Sedangkan identifikasi adalah membandingkan gejala yang ada atau yang
ditemukan dengan yang terdapat di dalam buku atau pustaka (Perhutani, 2001)
Prinsip kerja isolasi mikroorganisme (patogen) cukup sederhana yakni
dengan menginokulasikan sejumlah kecil mikroorganisme pada suatu medium
tertentu yang dapat menyusung kehidupan mikroorganisme. Sejumlah kecil
mikroorganisme ini didapat dari bermacam-macam tempat tergantung dari tujuan
inokulasi (Talaro, 1999). Teknik isolasi mikroorganisme adalah suatu usaha untuk
menumbuhkan mikroorganisme diluar dari lingkungan alamiahnya. Mikroorganisme
dapat diperoleh dari lingkungan air, tanah, udara, substrat yang berupa bahan pangan,
tanaman dan hewan. Jenis mikroorganisme dapat berupa bakteri, khamir, jamur dan
jamur. Populasi mikroorganisme di lingkungan sangan beranekaragam sehingga
dalam mengisolasi di perlukan beberapa tahap penanaman sehingga berhasil di
peroleh koloni tunggal (Fardiaz, 1992).
Hasil dari identifikasi, dapat diperoleh suatu kesimpulan mengenai jenis
patogen yang menyerang tumbuhan yang kemudian lebih lanjut upaya tersebut juga
dapat diarahkan untuk mempelajari upaya upaya pengendalian yang tepat untuk
mencegah serangan patogen tersebut. Salah satunya melalui uji antagonism dari
jamur antagonis. Proses identifikasi petogen tumbuhan menjadi sangat penting untuk
memastikan jenis patogen yang menyerang tumbuhan secara akurat. Proses
identifikasi dapat dilakukan dengan pengamatan sifat-sifat mikroskopis (hifa, tubuh
buah dan konidia) dan makroskopis (gejala penyakit dan tanda penyakit di lapangan).
Berdasarkan ciri-ciri tersebut patogen diidentifikasi dengan menggunakan kunci
identifikasi atau yang dideskripsikan dengan pustaka (Utami et al., 2008).
 III. MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah LAF (laminar air flow),
cawan petri, bunsen, scalpel, tisu, wrapper, pipet tetes, mikroskop, object glass,
cover glass, hand sprayer, lebel, pinset.
Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah alkohol 70%, medium
PDA, akuades, daun dan buah cabai (Capsicum annum), daun pisang (Musa sp),
daun pepaya (Carica papaya), daun tomat (Solanum lycopersicum), daun nangka
(Artocarpus heterophyllus), dan bulir padi (Oryza sativa).

A. Metode

1. Isolasi

Tanaman sehat Tanaman sakit

Sampel daun yang sakit Dipotong ukuran 1x1 cm Alkohol 70%

pada bagian yang sehat
dan yang sakit

Inkubasi 7 x 24 jam

Media PDA Akuades steril

2. Peremajaan

Inkubasi 4 x 24 jam

Isolat Media PDA baru

Diambil 1 plug

3. Identifikasi

Isolat hasil diletakkan di ditetesi kuades dan

Peremajaan object glass ditutup dengan

diambil 1 ose cover glass

Diamati di mikroskop

Hasil difoto
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Makroskopis Kelompok
1 2 3 4 5 6

WK Hijau Putih Putih Putih Putih Putih

WSK Putih Cream Putih Putih Putih Putih

Keabuan kusam kusam
PK Rata Rata Kasar Rata Kasar Kasar

TK Rata Bergerigi Bergerigi Bergerigi Bergerigi Bergerigi

PP Melingkar Menyebar Konsentris Konsentri Konsentris Konsentris

s
Mikroskopis

Hifa Septat - Septat Septat Septat -

Konidia - - Ada - Ada -

Rhizoid - - - - - -
Hasil Kontam Kontam Phymatonicu Kontam Cercospor Kontam
m omnivorum a sp.
Tabel 3.1. Hasil Pengamatan Isolasi dan Identifikasi Patogen

Gambar 1. Hasil Isolasi Gambar 2. Hasil Peremajaan

Gambar 3. Hasil Identifikasi
B. Pembahasan

Pengisolasian merupakan suatu teknik atau cara untuk memisahkan atau

memindahkan mikroorganisme tertentu dari lingkungannya, sehingga diperoleh
kultur murni. Kultur murni ialah kultur sel-sel mikroba yang berasal dari pembelahan
dari satu sel tunggal. Manfaat kultur murni adalah untuk menelaah atau
mengidentifikasi mikroba, termasuk penelaahan ciri-ciri kultural, morfologis,
fisiologis, maupun serologis, yang memerlukan suatu populasi yang terdiri dari satu
macam mikroorganisme saja (Soni, 2010). Isolasi jamur patogen dilakukan di dalam
laminar air flow cabinet dengan cara mengambil sampel tumbuhan. Setelah itu
sampel daun sehat dan sakit diletakkan pada bagian kanan dan kiri medium PDA
steril di dalam cawan petri dan diinkubasi pada suhu kamar selama 7 hari. Setelah
diperoleh biakan murni, isolat direisolasi pada medium PDA, kemudian jamur
tersebut diidentifikasi. (Saqidul, 2010).
Identifikasi dilakukan dengan mengamati ciri makroskopis dan mikroskopis
jamur. Ciri makroskopis yang diamati adalah warna jamur, koloni jamur dan bentuk
tubuh buah jamur. Pengamatan ciri mikroskopis mencakup hifa, spora, sporangium,
konidia dan konidiofor dan ciri khusus yang akan menentukan jenis jamur tersebut
(Arif et al., 2008). Identifikasi patogen secara makroskopis dilakukan dengan
mengamati warna koloni, tipe koloni, dan lama pertumbuhan cendawan pada medium
(Retnosari et al., 2014).
Peremajaan biakan adalah upaya yang dilakukan untuk mempertahankan sifat
alami patogen yang diisolasi. Patogen yang diremajakan adalah jenis patogen biakan
murni yaitu patogen yang terdiri dari satu jenis patogen yang dibutuhkan tanpa
adanya kontaminasi. Perlakuan aseptik dibutuhkan untuk mendapatkan biakan murni.
Peremajaan mikroba bertujuan untuk memperoleh biakan yang baru sehingga
diharapkan dapat berkembang biak dengan baik. Peremajaan penting karena
mencegah terjadinya kerusakan sel patogen. Kerusakan yang dapat terjadi meliputi
penurunan viabilitas dan stabilitas sel bahkan suatu patogen akan kehilangan
potensinya sebagai suatu patogen (Black, 1999).
Berdasarkan hasil pengamatan kelompok 3 yang menggunakan daun pepaya
(Carica papaya) karakter makroskopis yang terdiri dari koloni berwarna putih, tepi
koloni bergerigi, tekstur koloni halus dan pola penyebaran koloni konsentris.
Karakter mikroskopis yang terlihat terdiri atas hifa dan konidium. Hifa berseptat dan
memiliki konidia. Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan buku identifikasi,
kami mendapatkan nama genus jamur yang sesuai dengan deskripsi diatas yaitu
Phymatotrichopsis. Phymatotrichum disebabkan oleh jamur yang ditularkan melalui
tanah. Rentang jamur yang luas mencakup berbagai tanaman. Phymatotrichum root
rot (PRR) adalah salah satu penyakit kapas (Gossypium spp.) yang paling merusak
Dan alfalfa (Medicago sativa), sumber serat alami yang paling penting dan salah satu
tanaman pakan ternak yang paling penting (Uppalapati et al., 2010). Busuk kapas
sering menyebabkan layu cepat dan kematian tuan rumah pada akhir musim semi,
musim panas dan awal musim gugur saat suhu tinggi (Olsen, 2015). Klasifikasi dari)
P. omnivora menurut Agrios (2005) yaitu.
Kingdom: Fungi
Divisi: Ascomycota
Kelas: Pezizomycetes
Ordo: Pezizales
Famili: Rhizinaceae
Genus: Phymatotrichopsis
Species P. omnivora
Berdasarkan hasil pengamatan kelompok 5 karakter makroskopis yang terdiri
dari koloni berwarna putih kusam, tepi koloni bergerigi, tekstur koloni kasar dan pola
penyebaran koloni konsentris. Karakter mikroskopis yang terlihat terdiri atas hifa dan
konidium. Hifa berseptat dan memiliki konidia. Berdasarkan hasil identifikasi
menggunakan buku identifikasi, kami mendapatkan nama genus jamur yang sesuai
dengan deskripsi diatas yaitu Cercospora. Spesies Cercospora (Mycosphaerellaceae)
sering dikaitkan dengan bintik daun, tetapi juga menyebabkan nekrotik pada bunga,
buah, bracts, biji dan pedikel dari banyak tanaman yang dibudidayakan dan dari
berbagai iklim di seluruh dunia (Bakshi et al., 2015). Klasifikasi dari Cerospora
menurut Agrios (2005) yaitu:
Kingdom: Fungi
Divisi: Acomycota
Kelas: Dothideomycetes
Ordo: Capnodiales
Family: Mycosphaerellaceae
Genus: Cerospora
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa isolasi

dilakukan dengan meletakkan secara aseptis potongan daun pepaya sakit dan sehat di
medium PDA. Identifikasi dilakukan dengan mengamati ciri makroskopis dan
mikroskopis jamur. Ciri makroskopis meiputi warna koloni, tepi koloni, tekstur
koloni dan tipe penyebaran miselium. Ciri mikroskopis mencakup hifa dan
konidium. Jamur yang menyerang daun pepaya berdasarkan hasil identifikasi
termasuk ke dalam spesies Phymatotrichopsis omnivora

B. Saran

Sebaiknya dalam mengambil preparat untuk diamati tidak terlalu tebal pada
object glass agar hasil pengamatan mikroskopis dapat maksimal.
 DAFTAR REFERENSI

Arif, A., Muin, M., Kuswinanti, T., dan Rahmawati. 2008. Isolasi dan Identifikasi
Jamur Kayu dari Hutan Pendidikan Universitas Hasanuddin di Bengo-Bengo
Kecamatan Cenrana Kabupaten Maros. Jurnal Perennial, 5(1): 15-22.

Agrios G. N. 1996. Plant Pathology. New York: Elsevier Academic Press

Agrios G. N. 2005. Plant Pathology 5th Edition. New York: Elsevier Academic
Press.

Bakhshi, M., Arzanlou., Babai-ahari, A., Groenewald, J. Z., Braun, U & Crous, P. W.
2015. Application of Consolidates Species Concept to Cercospora spp. From
Iran. Persoonia, 34(1), pp. 65-86.

Brown, J.F., dan Ogle, H.J., 1997. Plant Pathogens and Plant Diseases. Australia:
Rockvale Publications.

Fardiaz, S. 1992. Mikrobiologi Pangan I. Jakarta: PT. Gramedia Pustaka Utama.

Perum Perhutani. 2001. Pengelolaan Sumberdaya Hutan Bersama Masyarakat.

Perhutani: Jakarta.

Olsen, M. 2015. Cotton (Texas) Root Rot. College of Agricultural & Life Science,
2(15), pp. 2-7.

Retnosari, E., Henuk, J. B. D & Sinaga, M. S. 2014. Identifikasi Penyebab Penyakit

Busuk Pangkal Batang pada Jeruk. Jurnal Fitopatologi, 10(3), pp. 93-97.

Sadiqul, M. 2010. Isolasi Dan Pemurnian Mikrobia. Banjarbaru: Program Studi

Teknik Lingkungan Fakultas Teknik Universitas Lambung Mangkurat.

Soni, Ahmad. 2010. Isolasi Dan Pemurnian Mikroba, Teknik Pemeliharaan Kultur
Murni Dan Perhitungan Angka Lempeng Total (Total Plate Count/TPC).
Skripsi. Malang: Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Brawijaya.

Talaro, K. P. 1999. Foundation Mikrobiologi Third Edition. MC. Graw Hill

Company: Boston.

Utami, S., I. Anggraeni dan Sahwalita. 2008. Serangan Penyakit Daun pada
Jelatung Darat (Dyera costulata Hook.) dan Jelatung Rawa (Dyera lowii
Hook.) di Sumatera Utara. Tekno Hutan Tanama, 1(1): 45-52.

Uppalapati, S. R., Young, C. A., Marek, S. M & Mysore, K. S. 2010.

Phymatotrichum (Cotton) Root Rot Caused by Phymatotrichopsis
omnivora: Retrospect and Prospect. Molecular Plant Pathology, 11(3),
pp. 325-334.