PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang melibatkan enzim

polimerase yang dilakukan secara berulang-ulang. Yang diulang-ulang adalah proses

pemisahan untai ganda DNA menjadi untai tunggal, hibridisasi primer untuk mengawali
replikasi DNA dilanjutkan dengan proses penambahan basa pada cetakan DNA oleh enzim
polimerase, untuk melakukan kegiatan ini dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif
dengan perubahan suhu dan mesin thermal cycler, suatu mesin yang mampu menaikkan dan
menurunkan suhu dengan cepat, dan bahan-bahan untuk membuat reaksi PCR

PCR, metode cepat dan mudah untuk mengenerasikan copy fragmen DNA yang
tidak terbatas jumlahnya, adalah salah satu ilmiah. PCR yang baru saja ditemukan dapat
mengubah kehidupan ilmu science secara nyata. Dari praktek-praktek sehari-hari tentang
diagnosis medis hingga teori, PCR mampu menganalisis sejumlah kecil materi genetic,
bahkan materi genetic yang rusak menjadi suatu level yang lebih detail/teliti dan suatu
realita. PCR adalah teknologi ilmiah yang paling penting yang ada setelah sekian ratus
tahun lamanya dan ilmu science telah mengakui nya karena PCR jauh lebih simple dan
lebih murah dari teknik-teknik sebelumnya yang pernah ada dalam menduplikasikan DNA,
PCR telah mendemotrasikan panelitian genetic, digunakan semua ahli biologi dan tentunya
di bidang biologi molekuler.

Fakta ilmiah mengatkan bahwa PCR sangat berguna karena materi genetic tinggal
disetiap sekuens-sekuens baik pada tumbuhan maupun pada hewan, bakteri atau virus
dalam bangunan nukleotidanya(umumnya DNA atau RNA) yang memang unik dan spesifik
di setiap individu yang berbeda. Variasi unik ini membuatnya dapat kembali ke materi
genetic asalnya, mengidentifikasi dengan presisi paling tidak dari mana organisme spesies
ini datang dan bagian partikuler dari spesies tersebut.

Dalam melakukan Investigasi bagaimanapun juga dengan mempelajari DNA yang

ada semua bias untuk dianalisis. PCR mengeploitasi fungsi alami yang dapat dikenali dari
enzim yang dikenal dengan polymerase. Enzim-enzim ini berada di semua makhluk hidup
dan tugas mereka adalah mengkopy materi genetic dan juga proffread, serta mengkoreksi
copy-copy. Kadang-kadang dikenal juga fotocopy molekuler, PCR dapat mengenal karakter
atau karakteristik, menganalisis dan mensintesis DNA/RNA spesifik. PCR berkerja atau
melakukan mixtures yang sangat sulit, mencari tahu, mengidentifikasikan, dan
menduplikasikan materi genetic particular dari darah rambut atau jaringan specimen dari
mikroba,hewan,tumbuhan, beberapa dari mereka ribuan atau jutaan tahun lamanya.

Polymerase Chain Reaction (PCR juga bias diartikan sebagai suatu metode untuk
memperbanyak suatu potongan sekuens secara in vitro. Proses PCR ditemukan oleh Kary
Mullis pada April 1983 yang saat itu bekerja pada Cetus Corporation. Deskripsi mengenai
prosedur pemeriksaan dari metode ini untuk pertama kali di publikasikan pada tahun 1985
dan Mullis memperoleh penghargaan Nobel pada tahun 1993 untuk karyanya ini.

Saat pertama kali diperkenalkan, enzim yang dipakai adalah Klenow. Suatu enzim
polymerase dari E. coli. enzim ini aktif pada suhu 37oC, tetapi segera dirusak pada suhu
tinggi. Ditemukannya enzim polymerase yang berasal dari Thermus Aquaticus, yang tidak
mudah rusak pada suhu tinggi serta alat otomatis yang dapat menaikkan suhu
(Thermocycler), membuat metode PCR ini menjadi mudah dikerjakan.

Sejak saat itu, PCR telah menjadi metode pemeriksaan dasar dan penting untuk
laboratorium riset dan analitik.

Dasar-dasar PCR telah dimanfaatkan secara luas dan telah pula diaplikasikan untuk
berbagai macam spesialistik seperti karakterisasi gen, kloning dan ekspresinya dan juga
diagnostik DNA dimana PCR dimanfaatkan untuk deteksi organisme patogen,
mengidentifikasi mutasi-mutasi yang bertanggung jawab terhadap berbagai penyakit
keturunan. Selain itu DNA fingerprinting telah dimanfaatkan untuk keperluan dunia
kedokteran dan kedokteran forensik.

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu metode sintesis enzimatis

sekuens DNA spesifik menggunakan dua buah primer oligonukleotida target yang
menghibridisasi rantai yang berlawanan dari sisi DNA in vitro. Reaksi ini terdiri atas tiga
tahap yang merupakan suatu siklus berulang. PCR dimulai dengan tahap denaturasi rantai
ganda DNA target dengan pemanasan sehingga terbentuk DNA rantai tunggal, kemudian
annealing yaitu penempelan primer pada daerah yang sesuai dan dilanjutkan dengan
sintesis DNA komplementer baru oleh enzim polymerase sehingga terbentuk kembali DNA
rantai ganda. Pada setiap siklus kedua rantai cetakan akan menghasilkan dua molekul baru,
dan terus berganda sehingga jumlah yang didapatkan akan bertambah secara deret ukur (2 n,
n = jumlah siklus). Reaksi ini memerlukan bahan DNA yang berperan sebagai cetakan
DNA atau DNA target, sepasang primer oligonukleotida sintetik, enzim DNA polimerase
dengan bufer reaksi yang sesuai, campuran deoksinukleotida-trifosfat (dNTPs) yang
diperlukan untuk pembentukan rantai DNA, dan suatu alat pemanas yang dapat diatur
kenaikan temperaturnya. Hasil akhir PCR adalah rantai ganda dengan ukuran yang
diketahui.

Teknik PCR ini banyak diterapkan pada berbagai jenis bidang, seperti biokimia,
bidang kedokteran atau medis dan bidang biologi molekuler karena teknik PCR ini
tergolong teknik yang bisa dibilang cukup praktis dan juga murah karena hanya
membutuhkan sampel yang sedikit untuk dapat menghasilkan DNA dalam jumlah yang
besar dan dengan waktu yang singkat, sehingga membuat teknik ini lebih mudah
diaplikasikan dibandingkan teknik perbanyakan lainnya.
 Ada beberapa macam komponen utama dalam proses PCR, yaitu antara lain:
1. DNA cetakan
DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan. Fungsi DNA
templat di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan untuk pembentukan molekul DNA
baru yang sama. Templat DNA ini dapat berupa DNA kromosom, DNA plasmid ataupun
fragmen DNA apapun asal di dalam DNA templat tersebut mengandung fragmen DNA
target yang dituju.
2. Oligonukleotida primer
Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15 25 basa
nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA. Primer yang digunakan
dalam PCR ada dua yaitu oligonukleotida yang mempunyai sekuen yang identik dengan
salah satu rantai DNA cetakan pada ujung 5-fosfat, dan oligonukleotida yang kedua identik
dengan sekuen pada ujung 3OH rantai DNA cetakan yang lain. Proses annealing biasanya
dilakukan selama 1 2 menit. Setelah dilakukan annealing oligonukleotida primer dengan
DNA cetakan, suhu inkubasi dinaikkan menjadi selama 1,5 menit. Pada suhu ini DNA
polymerase akan melakukan proses polimerasi rantai DNA yang baru berdasarkan
informasi yang ada pada DNA cetakan. Setelah terjadi polimerasi, rantai DNA yang baru
akan membentuk jembatan hydrogen dengan DNA cetakan. DNA rantai ganda yang
terbentuk dengan adanya ikatan hydrogen antara rantai DNA cetakan dengan rantai DNA
yang baru hasil polimerasi selanjutnya akan didenaturasi lagi dengan menaikkan suhu
ingkubasi menjadi . Rantai DNA yang baru tersebut selanjutnya akan berfungsi sebagai
cetakan bagi reaksi polimerasi berikutnya.
2. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)
 Shanghai ShineGene Molecular Biotech,Inc. (2009) menyatakan bahwa campuran
dNTP adalah larutan air pada pH 7,0 yang mengandung dATP, dCTP, dGTP dan dTTP,
masing-masing pada konsentrasi akhir baik 10mm atau 25mm. dNTP yang siap digunakan
merupakan solusi yang dirancang untuk menghemat waktu dan untuk menyediakan
reproduktifitas yang lebih tinggi dalam aplikasi PCR dan lainnya.
4. DNA Polimerase
Pada awal perkembangannya, DNA polymerase yang digunakan dalam PCR adalah
fragmen Klenow DNA polymerase I yang berasal dari Escherichia coli (Mullis dan Fallona,
1989). Fragmen Klenow adalah DNA polymerase yang telah dihilangkan aktivitas
eksonuklease (5 3)-nya. Beberapa kelemahan fragmen Klenow antara lain adalah
bahwa enzim ini tidak tahan panas, laju polemerase untuk menggabungkan nukleotida
dengan suatu primer secara terus-menerus tanpa terdisosiasi dari komplek primer-DNA
cetakan. Hampir semua DNA polymerase mempunyai prosesivitas yang rendah sehingga
akan terdisosiasi dari komplek primer-DNA cetakan setelah menggabungkan kurang dari 10
nukleotida. Salah satu perkecualian adalah T7 DNA polymerase yang mampu
menggabungkan ribuan nukleotida tanpa terdisosiasi dari komplek primer-DNA cetakan.
5. PCR buffer dan konsentrasi Mg2+
Buffer standar untuk PCR tersusun atas 50mM KCl, 10mM Tris-Cl (pH8.3) dan
1.5mM MgCl2. Buffer standard ini akan bekerja dengan baik untuk DNA template dan
primer dengan kondisi tertentu, tetapi mungkin tidak optimum dengan kombinasi yang
lain. Produk PCR buffer ini terkadang dijual dalam bentuk tanpa atau dengan MgCl2.
Konsentrasi ion magnesium dalam PCR buffer merupakan faktor yang sangat kritikal,
karena kemungkinan dapat mempengaruhi proses annealing primer, temperatur dissosiasi
untai DNA template, dan produk PCR. Hal ini disebabkan konsentrasi optimal ion Mg2+
itu sangat rendah. Hal ini penting untuk preparasi DNA template yang tidak mengandung
konsentrasi chelating agent yang tinggi, seperti EDTA atau phosphat. Ion Mg2+ yang bebas
bila terlalu rendah atau tidak ada, maka biasanya tidak menghasilkan produk akhir PCR,
sedang bila terlalu banyak ion Mg2+yang bebas akan menghasilkan produk PCR yang tidak
diinginkan.
PCR memberikan hasil yg lebih akurat dari tes standard. Yang terlihat dari
perbedaan keakuratannya, seperti contohnya dalam infeksi kuping tengah yang dikenal
dengan otitis media. Teknik ini dapat mendeteksi bahwa DNA bakteri yang ada dicairan
kuping tengah member sinyal berupa infeksi aktif, lalu metode kultur gagal untuk
mendeteksi hal ini. Penyakit Lyme berupa peradangan sendi yang menyakitkan yang
disebabkan oleh bakteri yang ditramisikan menuju /menjadi giigitan per detik, yang
biasanya berupa diagnose dasar dari motif gejala. Tapi PCR dapat menghilangkan dari
penyakit DNA organisme yang terkandung dalam cairan sendi , dengan menghasilkan
pengobatan yang cepat dan yang dapat mencegah komplikasi serius.PCR adalah tes yang
paling spesifik dan sensitive untuk helicobacter pylori, jadi organisme penyebab penyakit
sekarang diketahui dapat menyebabkan ulkus dilambung. Tak seperti pada tes sebelumnya,
PCR dapat mendeteksi 3 organisme transmisi penyebab penyakit kelamin dalam satu
proses(herpes,papiloma virus,clamydia) dan dapat menghilangkan rantai partikel dari
papiloma virus yang berpotensi untuk menjadi kanker, dimana tes lain belum dapat
melakukannya (hanya PCR yang bisa)

Terdapat lebih dari 60 PCR protocol untuk identifikasi pathogen yg telah dijelaskan
dalam peta dan sekurang kurangnya 10 produk klinik telah berguna untuk deteksi
organisme yg menyebabkan penyakit TBC, AIDS, clamydia, dll . karena PCR dapat dengan
mudah menghilangkan variasi kecil diantara DNA yg sebagian dan unik. Metode ini juga
memimpin menuju ke model baru dari tes. Diagnose tes ini tak hanya orang dengan
kelainan yang tak diturunkan tetapi juga orang yg membawa variasi yang dapat dihapus,
diketahui sebagai mutasi. Proses ini juga berupa solusi dari kejanggalan diantara mutasi yg
berbeda dalam sel tunggal, yang dapat menyebabkan kelainan berupa duschenne distrofi
otot. Cara ini membantu dokter untuk memberikan diagnose.

PCR bahkan dapat mendiagnosa penyakit yang telah lalu. Hubert H Humprey
menjalani tes untuk kanker pencernaan (tahun 1967). Sedangkan hasil tes menghasilkan
hasil negative, namun dia mati karena penyakit ini. Tahun 1994 penelitain digabungkan
1976 sampel jaringan dari jaringan kankernya dan dengan sampel urinnya sebanyak 1967.
Dengan bantuan amplifikasi PCR dari jumlah kecil dari DNA urin yang berumur 27 urin
yang berumur 27 tahun, ditemukan mutasi identik di gen p53.

Banyak dari tes genetik baru berasal dari Human Genome Project, yang adalah
usaha besar untuk identifikasi dan mempelajari semua gen manusia.

Sekuensi DNA mengungkapkan variasi dalam nukleotida yang gen utama.

Perubahan mutasi ini menghasilkan penyakit dan bahkan kematian dengan memaksa gen
untuk prosuksi protein abnormal atau terkadang bukan protein sama sekali. Sekuens DNA
terdiri dari isolasi dan duplikasi segamen DNA untuk analisis nukleotida. Dengan demikian
PCR adalah alat essensial untuk Human Genome Project karena PCR dapat dengan cepat
dan mudah untuk menghasilkan jumlah tak terbatas dari potongan potongan DNA.

PCR membantu dalam menemukan seseorang yang hilang dari kelompoknya. Dari
penelitian 8 tahun di florida ditemukan indikasi bahwa orang orang yang tinggal disana
ada perbedaan gentik dari orang Amerika asli

Arkeolog dengan PCR dapat menemukan tentang kebudayaan manusia dan

kehidupan biologi manusia. Menganalisis pigmen dari batu berumur 4000 tahun, dilakukan
di Texas. Mereka menemukan salah satu komponen untuk membuat DNA, yang
kemungkinan dari bison. Hewan hewan itu tidak tinggal dekat Pecos River waktu itu.
PCR dapat berguna mengkopi DNA yang berusia ribuan tahun atau jutaan tahun.