Transkripsi merupakan langkah pertama dalam gen expression untuk mentransfer informasi

genetik yang tersimpan dalam DNA (gen) menjadi molekul RNA messenger yang membawa
informasi ke ribosom. Ini adalah situs sintesis protein dalam sitoplasma

TRANSKRIPSI PROKARYOT
Fitur dasar transkripsi pada prokariota dan eukariota sama, tapi banyak dari rincian yang
berbeda seperti urutan promotor. RNA polimerase E.coli telah dipelajari secara detail dan akan
dibahas di sini. Ini mengkatalisis semua sintesis RNA pada spesies ini. Polimerase RNA dari
archaea memiliki struktur yang sangat berbeda, hal tersebut tidak akan dibahas di sini. Segmen
DNA yang ditranskripsi untuk menghasilkan satu molekul RNA disebut unit transkripsi. Unit
transkripsi mungkin setara dengan gen individual, atau mereka mungkin termasuk beberapa
gen yang berdekatan. Transkrip besar membawa urutan code dari beberapa gen yang umum
pada bakteri. Proses transkripsi dapat dibagi menjadi tiga tahap:
1. Inisiasi rantai RNA baru
2. Pemanjangan rantai
3. Terminasi transkripsi dan pelepasan molekul RNA baru lahir

Ketika mendiskusikan transkripsi, ahli biologi sering menggunakan istilah hulu dan hilir untuk
menyebut daerah yang terletak ke arah ujung 5 dan 3 akhir, masing-masing dari transkrip
beberapa molekul mRNA. Hal ini didasarkan pada fakta bahwa RNA sintesis selalu terjadi
pada arah 5-3. Daerah hulu dan hilir gen adalah urutan DNA yang menentukan segmen 5 dan
3 dari transkrip relatifnya terhadap titik acuan tertentu.

RNA POLIMERASE: ENZIM COMPLEX

RNA polimerase yang mengkatalisis transkripsi sangatlah kompleks, protein ini merupakan
protein multimerik atau protein yang meiliki beberapa rantai polipeptida. RNA E.coli
polimerase memiliki berat molekul sekitar 480.000 dan terdiri dari lima polipeptida. Dua di
antaranya adalah identik, dengan demikian enzim berisi empat polipeptida yang berbeda.
Molekul RNA polimerase lengkap, holoenzyme. Subunit terlibat dalam perakitan inti
tetrameric (2) dari RNA polimerase. Subunit mengandung trifosfat untuk pengikatan
ribonukleosida, dan subunit template mengikat DNA wilayah. Salah satu subunit, yang terlibat
hanya dalam inisiasi transkripsi; memainkan peran dalam perpanjangan rantai. Setelah inisiasi
rantai RNA telah terjadi, faktor sigma, dan rantai perpanjangan. Fungsi sigma adalah untuk
mengenali dan mengikat RNA polimerase saat inisiasi atau promotor situs transkripsi DNA.
Enzim inti akan mengkatalisasi sintesis RNA dari template DNA in vitro, kemudian akan
memulai rantai RNA acak pada kedua untai DNA. Sebaliknya, holoenzyme memulai rantai
RNA in vitro yang digunakan pada in vivo.

INISIASI RANTAI RNA

Inisiasi rantai RNA melibatkan tiga langkah:
1. Pengikatan RNA polimerase holoenzyme ke daerah promotor dalam DNA
2. Membuka dari dua untai DNA oleh RNA polimerase, menyediakan template untai
untuk pasangan basa dengan ribonucleotida yang masuk
3. Pembentukan ikatan fosfodiester dari beberapa ribonucleotida pertama dalam rantai
RNA yang baru.
Holoenzyme tetap terikat pada daerah promotor selama sintesis pertama delapan atau sembilan
obligasi, maka faktor sigma dilepaskan dan enzim inti memulai tahap pemanjangan sintesis
RNA. Selama inisiasi, rantai pendek dari dua sampai sembilan ribonucleotides disintesis dan
dilepaskan. Sintesis yang tidak sempuRNA dihentikan setelah rantai 10 atau lebih
ribonucleotides telah disintesis dan RNA polimerase telah mulai bergerak dari hilir promotor.
Dengan konvensi, pasangan nukleotida atau nukleotida dalam dan bersebelahan dengan unit
transkripsi diberi nomor relatif terhadap situs inisiasi transkrip (ditunjuk 1) -yang pasangan
nukleotida yang sesuai dengan yang pertama (5) nukleotida dari transkrip RNA. Pasangan basa
sebelumnya situs inisiasi diberikan minus (-) prefiks; mereka yang mengikuti (relatif terhadap
arah transkripsi) situs inisiasi diberikan plus (+) prefiks. Urutan nukleotida sebelumnya pada
tahap inisiasi disebut sebagai urutan hulu; mereka mengikuti situs inisiasi disebut urutan hilir.
Seperti disebutkan sebelumnya, subunit sigma dari RNA polymerase menengahi yang
mengikat promotor dalam DNA. Ratusan E.coli promotor telah diurutkan dan ditemukan
memiliki sangat sedikit kesamaan. Dua urutan pendek dalam promotor ini cukup dilestarikan
untuk diakui, tapi bahkan ini jarang identik dalam dua promotor yang berbeda. Titik tengah
dari dua urutan lestari terjadi pada sekitar 10 dan 35 nukleotida pasangan, masing-masing,
sebelum transkripsi tahap inisiasi.

Sehingga mereka disebut urutan 10 dan urutan 35. Meskipun urutan ini sedikit berbeda dari
gen ke gen, beberapa nukleotida sangat dilestarikan. Urutan nukleotida yang hadir dalam
elemen genetik dilestarikan seperti paling sering disebut dalam urutan konsensus. Urutan 10
konsensus dalam untai nontemplate adalah TATAAT; urutan 35 konsensus TTGACA. Sigma
subunit awalnya mengakui dan mengikat 35 urutan; dengan demikian, urutan ini kadang-
kadang disebut urutan pengakuan. 10 urutan memfasilitasi proses unwinding lokal dari DNA,
yang merupakan prasyarat penting untuk sintesis rantai RNA yang baru. Jarak antara 35 dan
10 urutan sangat kekal di E.coli promotor, tidak pernah menjadi kurang dari 15 atau lebih dari
20 pasang nukleotida panjang. Selain itu, yang pertama atau 5 basis di E.coli RNA biasanya
(90 persen) purin a.

PEMANJANGAN RANTAI RNA (ELONGASI)

Pemanjangan rantai RNA dikatalisis oleh enzim inti RNA polimerase, setelah rilis subunit.
Perpanjangan kovalen rantai RNA berlangsung dalam gelembung transkripsi, segmen lokal
dibatalkan DNA. Molekul RNA polimerase mengandung kedua DNA kegiatan unwinding dan
DNA rewinding. RNA polimerase terus terurai DNA helix ganda menjelang situs polimerisasi
dan menggulung untaian DNA komplementer balik situs polimerisasi ketika bergerak
sepanjang helix ganda (gambar 11.9).

Pada E.coli, panjang rata-rata gelembung transkripsi adalah 18 pasang nukleotida, dan sekitar
40 ribonucleotides dimasukkan ke dalam rantai RNA tumbuh per detik. Rantai RNA yang baru
lahir dipindahkan dari untai DNA template sebagai bergerak RNA polymerase sepanjang
molekul DNA. Wilayah transient dasar-pasangan antara rantai tumbuh dan template untai DNA
sangat singkat, mungkin hanya tiga pasangan basa panjangnya. Stabilitas kompleks transkripsi
dipertahankan terutama oleh pengikatan DNA dan rantai RNA tumbuh RNA polymerase,
bukan oleh basepairing antara untai cetakan DNA dan RNA yang baru.

PENGHENTIAN RANTAI RNA

Pemutusan rantai RNA terjadi ketika RNA polimerase bertemu sinyal terminasi. Ketika hal itu
terjadi, kompleks transkripsi memisahkan, melepaskan molekul RNA yang baru lahir. Ada dua
jenis terminator transkripsi dalam E.coli. Salah satu jenis hasil penghentian hanya di hadapan
protein yang disebut rho, oleh karena itu, urutan penghentian tersebut disebut terminator
rhodependent. Hasil jenis lain di terminasi transkripsi tanpa keterlibatan rho; urutan seperti
disebut terminator rho-independent.
Terminator rho-independen mengandung daerah kaya gc diikuti oleh enam atau lebih pasangan
basa at, dengan hadir a pada untai template (gambar 11.10, atas). Urutan nukleotida daerah
kaya gc mengandung terbalik mengulangi-urutan nukleotida dalam setiap untai DNA yang
terbalik dan saling melengkapi. Ketika ditranskrip, daerah-daerah yang berulang terbalik
menghasilkan RNA urutan untai tunggal yang dapat mendasarkan-pair dan struktur bentuk jepit
rambut (gambar 11.10, bawah). Struktur RNA hairpin membentuk segera setelah sintesis
daerah yang berpartisipasi dari rantai RNA dan menghambat pergerakan molekul RNA
polimerase di sepanjang DNA, menyebabkan jeda dalam ekstensi rantai. Sejak au dasar-
pasangan lemah, membutuhkan lebih sedikit energi untuk memisahkan basis dari salah satu
pasangan basa standar lainnya, menjalankan u setelah wilayah hairpin memfasilitasi pelepasan
rantai RNA yang baru disintesis dari template DNA ketika penyebab struktur hairpin RNA
polimerase untuk berhenti sejenak di situs ini. Mekanisme yang terminasi rho-dependent
transkripsi terjadi mirip dengan penghentian rho-independen dalam bahwa kedua melibatkan
pembentukan struktur hairpin berikatan hidrogen hulu dari situs penghentian. Dalam kedua
kasus, jepit rambut ini menghambat pergerakan RNA polimerase, menyebabkan ia berhenti.
Namun, terminator rho-dependent berisi dua urutan tambahan: urutan 50-90 nukleotida-
pasangan hulu dari urutan berulang terbalik yang menghasilkan untai RNA dengan banyak c
tetapi beberapa g, yang oleh karena itu merupakan ada jepit rambut atau struktur sekunder
lainnya, dan urutan menentukan protein rho situs pengikatan disebut liang (untuk pemanfaatan
rho) dekat 3 akhir transkrip. Rho protein mengikat urutan kebiasaan dalam transkrip dan
bergerak 5-3 berikut RNA polimerase. Ketika polymerase pertemuan hairpin, itu berhenti,
memungkinkan rho untuk mengejar ketinggalan, melewati hairpin, dan menggunakan aktivitas
helikase untuk bersantai DNA / RNA dasar-pasangan di ujung dan melepaskan transkrip RNA.
Pertanyaan dan Jawaban
1. Apa perbedaan prokariot dan eukaryote pada saat terminasi?
Pada prokariotik, transkripsi berhenti pada saat RNA polimerase mencapai titik
terminasi. Pada eukariotik, RNA polimerase terus melewati titik terminasi, 10-35
nukleotida, RNA yang telah terbentuk terlepas dari enzim tersebut.

2. Kapan kerja RNA polymerase prokariot dimulai?

Mekanisme kerja RNA polymerase prokariot pada transkripsi yaitu dimulai ketika
penempelan RNA polymerase holoenzim pada bagian promotor suatu gen.