Sintesis (berasal dari bahasa Yunani syn = tambah dan thesis = posisi) yang biasanya

berarti suatu integrasi dari dua atau lebih elem yang ada yang menghasilkan suatu hasil baru.
Istilah ini mempunyai arti luas dan dapat digunakan ke fisika, ideologi, dan fenomenologi.
Dalam dialektik sintesis adalah hasil akhir dari percobaan untuk menggabungkan antara
thesis dan antithesis. Dalam kimia, sintesis kimia adalah sebuah proses pembentukan sebuah
molekul tertentu dari "precursor" kimia.

Proses sintesis atau pembentukan protein memerlukan adanya molekul RNA yang
merupakan materi genetik di dalam kromosom, serta DNA sebagai pembawa sifat keturunan.
Informasi genetik pada double helix DNA berupa kode-kode sandi atau kode genetik. Nah,
kode-kode sandi tersebut nantinya akan dibawa atau dicetak untuk membentuk RNA.
Informasi berupa urutan kode-kode sandi pada RNA akan dirangkai menjadi asam-asam
amino, peptida, polipeptida, sampai terbentuk protein.

Protein-protein yang terbentuk akan menyusun sebagian besar komponen di dalam

tubuh. Contoh protein sebagai komponen penyusun tubuh adalah miosin, aktin, keratin,
kolagen, hemoglobin, dan insulin. protein akan menyusun komponen tubuh. Setiap
komponen yang berbeda tentunya akan menghasilkan sifat dan fungsi yang berbeda pula.
Dengan demikian, protein dikatakan dapat mengekspresikan sifat pada individu. Sebagai
contoh, individu yang mempunyai kadar hemoglobin yang rendah akan menunjukkan sifat
atau ciri yang berbeda dengan individu yang berkadar hemoglobin tinggi.

1. Tahapan Sintesis Protein

Pada tahun 1950, Paul Zamecnik melakukan percobaan untuk mengetahui tahapan
dan tempat terjadinya sintesis protein. Paul menginjeksikan asam amino radioaktif ke tubuh
tikus dan berhasil menjelaskan tempat terjadinya sintesis protein, yaitu di dalam ribosom.
Selanjutnya, penelitian dilakukan bersama dengan Mahlon dan menyimpulkan bahwa
molekul RNA pemindah (RNA t) berperan dalam sintesis protein. Akhirnya, Francis Crick
menemukan bahwa RNA pemindah harus mengenali urutan nukleotida untuk disusun sebagai
asam amino sesuai pemesanan, yang kemudian dibawa oleh RNA pembawa pesan.

Tahapan sintesis protein mengikuti aturan dogma sentral, dimana informasi genetik
dipindahkan dari DNA ke DNA melalui tahap replikasi. Dari DNA ke RNA melalui tahap
transkripsi. Selanjutnya dari RNA ke protein melalui sintesis protein. Sebelum terjadi sintesis
protein, DNA pada struktur nukleosom akan lepas dari protein histon oleh bantuan kerja
enzim polimerase.

Secara umum, proses sintesis protein meliputi tiga tahapan utama, antara lain:

a. Replikasi DNA

Setiap sel dapat memperbanyak diri dengan cara membelah. Sebuah sel membelah
menjadi 2 sel, 2 sel membelah menjadi 4 sel, 4 sel membelah menjadi 8 sel dan seterusnya.
Sebelum sel membelah, terjadi perbanyakan komponen-komponen di dalam sel termasuk
DNA. Perbanyakan DNA dilakukan dengan cara replikasi. Dengan demikian, replikasi adalah
proses pembuatan (sintesis) DNA baru atau penggandaan DNA di dalam nukleus. Pada saat
replikasi berlangsung, DNA induk membentuk kopian DNA anak yang sama persis sehingga
DNA induk berfungsi sebagai cetakan untuk pembentukan DNA baru.

RNA Virus dapat Membentuk DNA

Menurut Baltimore, Mizushima, dan Temin (1970), beberapa virus dapat mensintesis DNA
dari RNA hasil cetakan yang berantai tunggal. Enzim yang berperan disebut DNA polimerase
bergantung RNA atau Transkriptase Sebaliknya. (Suryo, Genetika, hlm. 101)

Replikasi merupakan tahapan rumit yang mengawali sintesis protein. Oleh karena itu, kalian
perlu menyimak dengan saksama.
Proses replikasi dimulai pada beberapa daerah spesifik dari rantai DNA, disebut pangkal
replikasi. Beberapa tahapan dan enzim yang berperan dalam sintesis protein, antara lain:

a) DNA helikase, berfungsi untuk membuka rantai ganda DNA induk.

b) Enzim primase, membentuk primer yang merupakan segmen pendek dari RNA sebagai
pemula untuk terjadinya sintesis protein.
c) Dari ujung 3 RNA primer, DNA polimerase menambahkan pasangan basa nitrogen (dari
nukleotida-nukleotida) pada rantai tunggal DNA induk dan terbentuk rantai DNA yang
bersambungan secara kontinyu (tanpa terpisah-pisah) yang disebut leading strand.
d) Pada rantai tunggal DNA induk yang lain, DNA polimerase membentuk lagging strand
(merupakan keseluruhan rantai kopian DNA yang pertumbuhannya tidak kontinyu) dengan
memperpanjang RNA primer-RNA primer di beberapa tempat sehingga membentuk segmen-
segmen DNA baru yang saling terpisah. Segmen-segmen itulah yang disebut fragmen
Okazaki.
e) DNA polimerase yang lainnya, menggantikan RNA primer dengan DNA dan enzim ligase
menghubungkan segmen-segmen okazaki, sehingga terbentuk salinan DNA baru. Nah, DNA
baru yang telah terbentuk (identik dengan DNA induk) akan melanjutkan tahapan untuk
mensintesis protein yaitu tahapan transkripsi dan translasi.

b. Transkripsi

Pada tahapan ini, DNA akan membentuk RNA dengan cara menerjemahkan kode-kode
genetik dari DNA. Proses pembentukan RNA ini disebut transkripsi, yang menghasilkan 3
macam RNA seperti yang telah kalian ketahui sebelumnya, yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA.
Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma dan diawali dengan membukanya rantai ganda DNA
melalui kerja enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai rantai cetakan
atau rantai sense, rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut rantai anti sense. Tidak
seperti halnya pada replikasi yang terjadi pada semua DNA, transkripsi ini hanya terjadi pada
segmen DNA yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh karena itu, nukleotida
nukleotida pada rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA dikenal sebagai
unit transkripsi.

Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi.

1) Inisiasi (Permulaan)

Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada transkripsi ini dikenal
promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai
transkripsi. RNA polimerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah promoter
berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Nah, kumpulan antara
promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi.
Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA.
2) Elongasi (Pemanjangan)

Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian menyusun
untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5 ke 3. Pada tahap elongasi ini, RNA
mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa nitrogen
DNA. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada
replikasi. Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh
karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai DNA.
Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan
dengan basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan pemasangan basa.
3) Terminasi (Pengakhiran)

Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter berakhir di
daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti semula
dan RNA polimerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah
RNA m yang baru.

Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai RNA m.
Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi
RNA m yang fungsional (aktif) setelah malalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan
demikian, pada rantai tunggal RNA m terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang
merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap
tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida RNA m hasil transkripsi ini disebut sebagai
triplet atau kodon.

c. Translasi

Setelah replikasi DNA dan transkripsi mRNA di dalam nukleus, mRNA dari nukleus
dipindahkan ke sitoplasma sel. Langkah selanjutnya adalah proses translasi RNA m untuk
membentuk protein. Translasi merupakan proses penerjemahan beberapa triplet atau kodon
dari RNA m menjadi asam amino-asam amino yang akhirnya membentuk protein. Urutan
basa nitrogen yang berbeda pada setiap triplet, akan diterjemahkan menjadi asam amino yang
berbeda. Misalnya, asam amino fenilalanin diterjemahkan dari triplet UUU (terdiri dari 3
basa urasil), asam amino triptofan (UGG), asam amino glisin (GGC), dan asam amino serin
UCA.

Sebanyak 20 macam asam amino yang diperlukan untuk pembentukan protein merupakan
hasil terjemahan triplet dari mRNA. Selanjutnya, dari beberapa asam amino (puluhan,
ratusan, atau ribuan) tersebut dihasilkan rantai polipeptida spesifik dan akan membentuk
protein spesifik pula.
Langkah-langkah pada proses translasi adalah sebagai berikut:

1) Inisiasi Translasi

Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa sandi bagi asam
amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian inisiator tRNA. Selanjutnya, molekul
besar ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut membentuk kompleks
inisiasi. Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari sitoplasma
menuju ribosom dengan menggunakan energi GTP dan enzim. Bagian ujung tRNA yang satu
membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen. Sementara, ujung yang lain membawa satu
jenis asam amino dari sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu tersebut diaktifkan oleh
tRNA tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon (pengkode asam amino)
pada mRNA.
Kodon pemula pada proses translasi adalah AUG, yang akan mengkode pembentukan asam
amino metionin. Oleh karena itu, antikodon tRNA yang akan berpasangan dengan kodon
pemula adalah UAC. tRNA tersebut membawa asam amino metionin pada sisi pembawa
asam aminonya.

2) Elongasi

Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga dihasilkan asam amino
satu demi satu. Asam-asam amino yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya,
dihubungkan melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA pembawa
asam amino. Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka antikodon berupa
AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin tersebut dihubungkan
dengan metionin membentuk peptida. Nah, melalui proses elongasi, rantai polipeptida yang
sedang tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan asam amino.
Keterangan :

a. tRNA membawa antikodon AAA & asam amino (fenilalanin)

b. antikodon AAA berpasangan dengan kodon mRNA
c. pembentukan ikatan peptida
d. pemanjangan rantai polipeptida & ribosom siap menerima tRNA selanjutnya.

3) Terminasi

Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan kodon UAA,
UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah terbentuk akan dilepaskan
dari ribosom dan diolah membentuk protein fungsional.

PEMBENTUKAN GARPU REPLIKASI

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-
ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda
tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA
baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian
DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan
disebut primer.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotidadalam

hal ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang
sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'3', sedangkan
DNA polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah
satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya
berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah
5'3'. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.
Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal
oleh enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai
DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk oligonukleotida
RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai
tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk
untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA
polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian
menyambungkan potongan-potongan lagging strand tersebut.

Dinamika pada garpu replikasi[sunting | sunting sumber]

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein yang
terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA membentuk
gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini merupakan akibat
dari interaksi antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp loader.

Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu
berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan
di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding
clamp membentuk gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang
terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam
sliding clamp memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk
interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang
tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga
clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase mencapai ujung templat atau
mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah), sliding clamp mengalami perubahan
konformasi yang melepaskan DNA polimerase.

Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada sliding
clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari sliding clamp
sehingga DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat
berikatan pada polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai
tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan
bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase III
bergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding clamp.

GEN MITOKONDRIA

DNA mitokondria (Mitochondrial DNA; mtDNA atau mDNA)[2]) adalah materi genetik
DNA yang berada didalam mitokondria. Mitokondria adalah organel dalam sel eukariotik
yang mengubah energi kimia dari makanan dalam bentuk yang dapat digunakan oleh sel,
adenosin trifosfat (ATP). DNA mitokondria hanya sebagian kecil DNA dalam suatu sel
eukariotik; sebagian besar DNA didapati pada nukleus sel, dan pada tumbuhan, juga dalam
kloroplas. Berbeda dengan organel sel lainnya, mitokondria memiliki materi genetik sendiri
yang karakteristiknya berbeda dengan materi genetik di inti sel. Mitokondria, sesuai dengan
namanya, merupakan rantai DNA yang terletak di bagian sel yang bernama mitokondria.
DNA mitokondria memiliki ciri-ciri yang berbeda dari DNA nukleus ditinjau dari ukuran,
jumlah gen, dan bentuk. Di antaranya adalah memiliki laju mutasi yang lebih tinggi, yaitu
sekitar 10-17 kali DNA inti.[3] Selain itu DNA mitokondria terdapat dalam jumlah banyak
(lebih dari 1000 kopi) dalam tiap sel, sedangkan DNA inti hanya berjumlah dua kopi. DNA
inti merupakan hasil rekombinasi DNA kedua orang tua sementara DNA mitokondria hanya
diwariskan dari ibu (maternally inherited).[4]

Besar genom pada DNA mitokondria relatif kecil apabila dibandingkan dengan genom DNA
pada nukleus. Ukuran genom DNA mitokondria pada tiap tiap organisme sangatlah
bervariasi. Pada manusia ukuran DNA mitokondria adalah 16,6 kb, sedangkan pada
Drosophila melanogaster kurang lebih 18,4 kb. Pada khamir, ukuran genom relatif lebih
besar yaitu 84 kb.
Tidak seperti DNA nukleus yang berbentuk linear, mtDNa berbentuk lingkaran. Sebagian
besar mtDNA membawa gene yang berfungsi dalam proses respirasi sel. Eksperimen yang
dilakukan dengan menghilangkan mtDNA pada S. cerevisceae menunjukan penurunan
tingkat pertumbuhan yang signifikan yang ditandai dengan mengecilnya ukuran sel.

Struktur DNA Mitokondria

DNA mitokondria (mtDNA) berukuran 16.569 pasang basa dan terdapat dalam matriks
mitokondria, berbentuk sirkuler serta memiliki untai ganda yang terdiri dari untai heavy (H)
dan light (L). Dinamakan seperti ini karena untai H memiliki berat molekul yang lebih besar
dari untai L, disebabkan oleh banyaknya kandungan basa purin.[5]

MtDNA terdiri dari daerah pengode (coding region)dan daerah yang tidak mengode (non-
coding region). MtDNA mengandung 37 gen pengode untuk 2 rRNA, 22 tRNA, dan 13
polipeptida yang merupakan subunit kompleks enzim yang terlibat dalam fosforilasi
oksidatif, yaitu: subunit 1, 2, 3, 4, 4L, 5, dan 6 dari kompleks I, subunit b (sitokrom b) dari
kompleks III, subunit I, II, dan III dari kompleks IV (sitokrom oksidase) serta subunit 6 dan 8
dari kompleks V. Kebanyakan gen ini ditranskripsi dari untai H, yaitu 2 rRNA,14 dari 22
tRNA dan 12 polipeptida. MtDNA tidak memiliki intron dan semua gen pengode terletak
berdampingan.[5][6] Sedangkan protein lainnya yang juga berfungsi dalam fosforilasi oksidatif
seperti enzim-enzim metabolisme, DNA dan RNA polimerase, protein ribosom dan mtDNA
regulatory factors semuanya dikode oleh gen inti, disintesis dalam sitosol dan kemudian
diimpor ke organel.[3]

Daerah yang tidak mengode dari mtDNA berukuran 1122 pb, dimulai dari nukleotida 16024
hingga 576 dan terletak di antara gen tRNApro dan tRNAphe. Daerah ini mengandung daerah
yang memiliki variasi tinggi yang disebut displacement loop (D-loop). D-loop merupakan
daerah beruntai tiga (tripple stranded) untai ketiga lebih dikenal sebagai 7S DNA. D-loop
memiliki dua daerah dengan laju polymorphism yang tinggi sehingga urutannya sangat
bervariasi antar individu, yaitu Hypervariable I (HVSI) dan Hypervariable II (HVSII).
Daerah non-coding juga mengandung daerah pengontrol karena mempunyai origin of
replication untuk untai H (OH) dan promoter transkripsi untuk untai H dan L (PL dan PH). [5]
Selain itu, daerah non-coding juga mengandung tiga daerah lestari yang disebut dengan
conserved sequence block (CSB) I, II, III. Daerah yang lestari ini diduga memiliki peranan
penting dalam replikasi mtDNA.
Daerah Hipervariabel DNA Mitokondria

Daerah kontrol memiliki tingkat mutasi dan polymorphism yang paling tinggi di dalam
genom DNA mitokondria. Pada daerah D-loop terdapat hipervariabel 1 (HV1) dan
hipervariabel 2 (HV2). Hypervariable I (HVSI) pada urutan nukleotida 16024-16383 dan
Hypervariable II (HVSII) yang terletak pada nukleotida 57-372. Dua daerah ini memiliki laju
mutasi yang lebih tinggi dari daerah pengode.[7] Oleh karena sifatnya yang polimorfik, daerah
ini sangat beragam antar individu tetapi sama untuk kerabat yang satu garis keturunan ibu.
Laju mutasi sejauh ini diketahui 1:33 generasi, jadi perubahan urutan nukleotida hanya akan
terjadi setiap 33 generasi.[8] Oleh karena itu, daerah ini sering dianalisis dan sangat penting
untuk digunakan dalam proses identifikasi individu.

Sifat-sifat DNA Mitokondria

MtDNA diwariskan secara maternal.[4] Sel telur memiliki jumlah mitokondria yang lebih
banyak dibandingkan sel sperma, yaitu sekitar 100.000 molekul sedangkan sel sperma hanya
memiliki sekitar 100-1500 mtDNA.[9] Dalam sel sperma mitokondria banyak terkandung
dalam bagian ekor karena bagian ini yang sangat aktif bergerak sehingga membutuhkan
banyak ATP.

Pada saat terjadi pembuahan sel telur, bagian ekor sperma dilepaskan sehingga hanya sedikit
atau hampir tidak ada mtDNA yang masuk ke dalam sel telur. Hal ini berarti bahwa
sumbangan secara paternal hanya berjumlah 100 mitokondria. Apalagi dalam proses
pertumbuhan sel, jumlah mtDNA secara paternal semakin berkurang. Maka jika
dibandingkan dengan sumbangan secara maternal yaitu 100.000, maka sumbangan secara
paternal hanya 0,01%. Oleh karena itu dapat dianggap tidak terjadi rekombinasi sehingga
dapat dikatakan bahwa mtDNA bersifat haploid, diturunkan dari ibu ke seluruh
keturunannya.[10][3]

DNA mitokondria juga memiliki sifat unik lainnya yaitu laju mutasinya yang sangat tinggi
sekitar 10-17 kali DNA inti.[3] Hal ini dikarenakan mtDNA tidak memiliki mekanisme
reparasi yang efisien [Bogenhagen, 1999], tidak memiliki protein histon, dan terletak
berdekatan dengan membran dalam mitokondria tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi
oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping.[11] Selain itu, DNA
polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah DNA polimerase yang tidak mempunyai
aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam replikasi DNA).
Tidak adanya aktivitas ini menyebabkan mtDNA tidak memiliki sistem perbaikan yang dapat
menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA yang tidak akurat ini akan
menyebabkan mutasi mudah terjadi.

Salah satu bentuk keunikan lainnya dari mitokondria adalah perbedaan kode genetik
mitokondria menunjukkan perbedaan dalam hal pengenalan kodon universal. UGA tidak
dibaca sebagai berhenti (stop) melainkan sebagai tryptofan, AGA dan AGG tidak dibaca
sebagai arginin melainkan sebagai berhenti, AUA dibaca sebagai methionin.[5]

Secara sederhana:

Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim
helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai
DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal
(10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6)
membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA
polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai
tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang
disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang membentuk
lagging strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut
fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudianmenyambungkan potongan-
potongan lagging strand tersebut.

Salah satu tahapan penting dalam proses pertumbuhan jasad hidup adalah proses
perbanyakan bahan genetik. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai
proses replikasi. Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan
nukleotida pada DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan
DNA. Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang
membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer
DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut
reaksi berantai polimerase (PCR).

Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan tunggal
dinamakan replikon. Replikasi molekol DNA dimulai dari tempat khusus yang disebut
titik mula replikasi (origins of replication), bentangan pendek DNA yang memiliki
sekuens nukletida spesifik. Kromosom E. coli, seperti banyak kromosom bakteri lain
melingkar dan memiliki satu titik mula. Berkebalikan dengan kromosom bakteri,
kromosom eukariot mungkin memiliki beberapa ratus atau beberapa ribu titik mula
replikasi. (Campbell, 2008)
Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang masing-
masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru sehingga
akan diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya,
inisiasi replikasi DNA, baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah
(bidireksional). Dalam hal ini dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori
menuju dua arah yang berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus).

1. Tahapan-tahapan dalam proses replikasi

Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating

sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling
berlawanan dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan
rentetan tambah dua atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100
hingga 200 pasangan landasan sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein,
secara kolektif dikenal dikenal sebagai ORC (Origin Recognition Complex), mengikat
asal muasal replikasi, menandai replikasi DNA dengan tepat pada saat waktu yang
sesuai melalui siklus sel. Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu protein
komponen polymerase DnaA yang dihasilkan oleh gen dnaA.

Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication

fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini
dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang
menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian
DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase
membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang
dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.

Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru

dengan menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3
hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai
DNA baru (DNA anak) disintesis dari arah 53, sedangkan DNA polimerase
bergerak pada DNA induk dengan arah 35. Namun demikian, salah satu
untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 35, sementara untaian
lainnya berorientasi 53, dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA
dengan arah 53. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah
berlawanan tersebut

Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading

strand) ialah untaian DNA disintesis dengan arah 53 secara berkesinambungan.
Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3-
OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak
pada sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian
ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang
fragmen okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial
dan sekitar 200 panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini,
primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat
menggunakan gugus OH 3 bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA
dengan arah 53. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya
dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan
untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging
strand menjadi lengkap.

DNA polymerases tidak mampu mengisi ikatan covalent yang hilang. Celah yang
tersisa direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan
phosphodiester antara 3 OH dari salah satu helaian dari 5-P dari helaian yang
lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP (adenosine monophosphate) sebagai cofactor
(faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP dibawa dari nucleotide NAD+. Dalam sel-sel
eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-ligase tidak dilibatkan dalam
pemanjangan rantai; melainkan, mereka berperan pemasang enzim-enzim untuk
perekatan celah melalui molekul DNA.

Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian tersintesis

terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini biasanya
melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan titik-titik
sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA, sehingga ini
bisa membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang
mungkin bisa masuk ke dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga
mempengaruhi cara molekul diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi dengan
penambahan kelompok methyl ke beberapa adenine dan residu-residu cytosine.
Grup methyl ditambahkan oleh DNA methylasess setelah nucleotides telah
digabungkan dengan DNA polymerases.

Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi dari

adenine membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada
methylcytosine dalam sel-sel bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup
methyl paling banyak ditambahkan ke cytosine. Methylase muncul hanya pada
beberapa rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-sel eukaryotik, sebagai contoh,
methylasi secara umum muncul pada saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi
3-OH (5 P-CG-3OH).Pola methylasi bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan,
berperan seperti tanda tangan untuk DNA spesies tersebut. Hal ini patut
diperhatikan karena grup methy melindungi DNA melawan perlawanan enzim-enzim
tertentu disebut restriction endonucleases Oleh karena itu DNA asing
melalui sebuah sel dicerna dengan restriction endonucleases. Dalam sel tertentu,
restriction endonucleases bisa memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA
methylase menambah sebuah grup methyl.

Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki endonucleases
tapi tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel spesies yang
lain. Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari spesies yang
diproduksi sel-sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik tertentu
mungkin akan berakhir pada konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk Z-DNA.
Dalam bentuk B-DNA, grup-grup hydropholic methyl dari alur utama, menghasilkan
pengaturan yang tepat. Dengan mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup methyl
membentuk area hydropholik yang membantu menstabilkan DNA. Konversi lokal ini
(dari B-DNA ke Z-DNA) mungkin mempengaruhi fungsi beberapa gen.

Replikasi di prokariota dan eukariota[sunting | sunting sumber]

Replikasi DNA prokariota[sunting | sunting sumber]

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus
pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat pengikatan
protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini
sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju
pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom
prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum
putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima
kromosom yang sebagian telah bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah molekul,
yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan mengelilingi kompleks
DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua
untai DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan
pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga
memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu
enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang
kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh protein
pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk melindungi DNA
untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA primase kemudian
akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau
menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori,
diperlukan enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh
pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi
secara alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain,
yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat mencegah
berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah maupun pada
untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut primosom akan
menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga 2.000 basa. Primosom
terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.

Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami elongasi
dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini merupakan
dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja pada untai
tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang
sama.

Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan
polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera
dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA
polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5 3, dan
eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang primer, sedangkan
polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan
dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III
dan primosom diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom.
Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 C dari ori. Di sekitar daerah
ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi.
Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase DnaB.
Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan
oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian
disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan.

Replikasi DNA eukariota[sunting | sunting sumber]

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk memasuki
fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase
tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan
diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan
melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada
masing-masing ori.

Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota bergerak
hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus
dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu
sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.

Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi secara
serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal
adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. Daerah
sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan
aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.

Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut
dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan
kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi.
Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer
dengan bantuan aktivitas primase yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a.
Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA
polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA
polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d
untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear
sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b
holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan
histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.

Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu
replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat
divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi.
Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan
visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan
antibodi yang mengenali BUdR.

Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA yang dapat
menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal. Dengan demikian,
informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom
eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi
informasi genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5. Enzim telomerase mengandung
molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif
tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens
repetitif pada ujung 3.

Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di dalam sel-sel
somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan
kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang membawa
informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di
dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada
kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.