Anda di halaman 1dari 5

1.

Sebutkan salah satu dasar pemanfaatan marka molekuler dibandingkan dengan


pemuliaan tanaman konvensional!

Prosedur pemuliaan konvensional dibatasi oleh fakta bahwa sumber variasi genetik yang
dapat disesuaikan dengan manipulasi penggunaannya dibatasi pada praktik yang tersedia
di dalam kumpulan gen spesies tunggal. Selain itu, manipulasi perkembangbiakan
konvensional melibatkan penyeberangan seluruh genom, bergantung pada berbagai
macam dan rekombinasi independen untuk menghasilkan rekombinan superior; dan
mencoba untuk mengidentifikasi ini dari antara banyak produk segregasi. Bahkan untuk
alel dengan efek fenotipe majo dan clear-cut ini bisa melibatkan banyak generasi dan
tugasnya mungkin hampir tidak mungkin bila alel yang diinginkan dan yang tidak
diinginkan terkait erat.

2. Apakah alasan utama dibalik pemanfaatan Marker Assisted Breeding?

Gagasan umum di balik pembiakan dengan bantuan marker: Sebelum peternak dapat
menggunakan asosiasi berbasis hubungan antara sifat dan spidol, asosiasi harus dinilai
dengan tingkat akurasi tertentu dan dengan demikian genotipe penanda dapat digunakan
sebagai indikator atau prediktor genotipe gen sifat dan fenotip Bila alel yang
dipertanyakan jumlahnya sedikit dan memiliki efek utama pada fenotipe, seperti
hambatan penyakit genase tunggal, penilaian asosiasi sangat mudah: memetakan sifat
monogenik seiring dengan pemetaan penanda saat pengenalan alel yang diinginkan ke
dalam Kultivar dapat dilakukan dengan mudah dengan prosedur pembiakan klasik,
penyilangan silang, selfing dan seleksi. Dalam kedua kasus tersebut, peternak bergantung
pada hubungan yang jelas antara genotipe dan fenotip untuk memantau keberadaan alel
yang diinginkan pada populasi yang menjadi perhatian.

3. Diskusikan mengenai kunci utama keberhasilan pengembangan marka molekuler


sehingga bisa dilakukan Marker Assisted Selection!
1. Penanda harus menggabungkan atau memetakan sedekat mungkin dengan gen target
(misalnya kurang dari 2 cM), agar memiliki frekuensi rekombinasi yang rendah antara
gen target dan penanda. Akurasi MAS akan ditingkatkan jika, bukan satu penanda
tunggal, dua spidol yang mengapit gen target digunakan. Idealnya, penanda berbasis gen
yang dikembangkan dari urutan gen target, atau spidol fungsional yang mengungkapkan
perbedaan fungsional yang terkait dengan gen target, lebih disukai karena pemisahan
antara penanda dan gen target tidak akan ada lagi atau akan dikurangi. seminimal
mungkin.
2. Untuk penggunaan tak terbatas di MAS, spidol harus menampilkan polimorfisme antar
genotipe yang memiliki dan tidak memiliki gen target.
3. Penanda spidol yang hemat biaya, sederhana dan tinggi diperlukan untuk memastikan
kekuatan genotip yang dibutuhkan untuk skrining cepat populasi besar. Penanda non-
PCR berbasis hibridisasi yang dapat mengungkapkan perbedaan dari sampel DNA secara
langsung lebih disukai.

4. Komponen apa saja yang dibutuhkan agar MAS dapat dilakukan lebih efisien?
(i) penanda genetik dan karakterisasi yang sesuai;
(ii) peta molekul dengan kepadatan tinggi; (iii) menetapkan atribut marker-trait untuk
sifat-sifat minat;
(iv) sistem genotiping throughput tinggi
(v) analisis data fungsional dan pengiriman adalah lima komponen kunci yang dibutuhkan

5. Apa saja hal-hal yang perlu diperhatikan dan perlu dipenuhi untuk marka DNA dalam
MAS?
Penanda DNA yang diinginkan untuk MAS harus memenuhi persyaratan berikut: deteksi
frekuensi tinggi polimorfisme, ko-dominasi, kelimpahan, cakupan genom utuh,
kemampuan duplikasi tinggi, kesesuaian untuk analisis throughput dan multiplexing yang
tinggi, kesederhanaan teknis, keefektifan biaya, persyaratan kecil jumlah DNA dan user-
friendly (seperti kesesuaian untuk sistem genotip dan fasilitas yang berbeda).

6. Apa yang dimaksud dengan marka dominan dan ko-dominan?


Penanda codominant adalah spidol dimana kedua alel diekspresikan saat terjadi co-
occurring pada individu. Oleh karena itu, dengan penanda codominant, heterozigot dapat
dibedakan dari homozigot, yang memungkinkan penentuan genotipe dan frekuensi alel di
lokus.
Sebaliknya, profil band dari penanda dominan dinilai sebagai ada atau tidaknya fragmen
dengan ukuran tertentu, dan heterozigositas tidak dapat ditentukan secara langsung.
Sebagai konsekuensinya, hanya perkiraan frekuensi alel yang dapat diperoleh dengan
mengasumsikan kesetimbangan Hardy-Weinberg pada populasi dan memperkirakan
frekuensi alel dari proporsi individu dengan fenotip absen (resesif homozigot). Untuk
spesies yang berpopulasi secara internal, heterozigositas dapat diabaikan dan frekuensi
alel dianggap sama dengan frekuensi pita yang diamati. Penanda codominant lebih
disukai untuk sebagian besar aplikasi. Mayoritas penanda codominant adalah penanda
lokus tunggal dan karenanya tingkat informasi per uji biasanya lebih rendah dibandingkan
teknik multilokus.

7. Kemukakan alasan mengapa dibutuhkan peta molekuler dengan kerapatan tinggi pada
MAS!
Ada dua alasan mengapa kita membutuhkan peta molekul dengan kepadatan tinggi.
Pertama, persyaratan minimum untuk MAS berdasarkan asosiasi marker mencakup
sistem tiga penanda: satu penanda menggabungkan dengan sifat seleksi foreground dan
dua wilayah target lainnya untuk pemilihan rekombinan. Karena gen target dapat
ditemukan di wilayah genom manapun, peta padat diperlukan untuk mengidentifikasi
triplet ini pada posisi manapun dalam genom tersebut. Bahkan jika penanda genik atau
fungsional tersedia untuk sifat target, triplet masih diperlukan untuk seleksi melawan
genom donor di sekitar target saat gen introgresi gen penolong dilibatkan. Kedua,
penanda yang diidentifikasi menggunakan populasi pemetaan mungkin tidak bersifat
polimorfik dalam populasi pengembangbiakan yang berasal dari jalur orang tua lainnya.
Untuk menjamin bahwa sistem tiga marker akan bekerja untuk populasi
pengembangbiakan lainnya, banyak penanda harus diidentifikasi di sekitar wilayah
target. Untuk spesies tanaman dengan peta fisik dan rangkaian genom utuh yang tersedia,
penanda molekuler akan tersedia untuk mencakup seluruh genom sehingga penanda yang
menargetkan gen dan area genom tertentu dapat dipilih dari database marker dan / atau
urutan.

8. Mengapa perlu megetahui Polymorphism information content (PIC) value dalam


MAS?
Nilai PIC digunakan untuk merujuk pada nilai relatif masing-masing penanda
sehubungan dengan jumlah polimorfisme yang dipamerkan, yang dapat diperkirakan oleh
dimana Pij adalah frekuensi alel jth untuk markeri dan penjumlahan meluas melebihi n
alel (Weir, 1990; Anderson et al., 1993). Perhitungannya didasarkan pada jumlah alel
yang terdeteksi oleh penanda pada lokus tertentu dan frekuensi relatif masing-masing alel
pada aksesi yang diuji.

9. Sebutkan apa saja keuntungan yang bisa didapat dengan menggunakan MAS!
Xu, Y. (2002) membahas enam situasi yang paling sesuai untuk MAS. Ini termasuk
seleksi tanpa uji silang atau uji progeni; seleksi independen dari lingkungan; seleksi tanpa
kerja lapangan yang sulit atau pekerjaan laboratorium yang intensif; seleksi pada tahap
berkembang biak sebelumnya; seleksi untuk beberapa gen dan / atau beberapa sifat; dan
seluruh seleksi genom.

11. Apa alasan yang mendasari seorang pemulia untuk melakukan tandem selection?
(Dapat mengambil contoh kasus dari literature Pengembangan populasi Mentimun
dengan pemanfaatan tandem selection)
Akan lebih baik untuk mempersingkat waktu yang dibutuhkan untuk memasukkan sifat
eksotis ke dalam plasma nutfah ketimun komersial. Dengan demikian, sebuah proyek
dirancang untuk menggabungkan sifat eksotis yang mengkondisikan arsitektur tanaman
menjadi mentimun komersial untuk meningkatkan hasil panen. Hal ini dilakukan dengan
menghubungkan jalur unik yang berbeda dalam kebiasaan tanaman untuk menghasilkan
populasi dasar yang dikenai tiga siklus seleksi massa berulang oleh fenotip untuk empat
komponen hasil. Selanjutnya, garis hasil tinggi diekstraksi melalui seleksi strategis
dengan penanda molekuler, dan penyilangan silang.

12. Sebutkan keuntungan yang bisa didapat dengan penggunaan tandem selection!
Pada sebagian besar program pemuliaan tanaman, ada kebutuhan untuk memperbaiki
lebih dari satu sifat pada satu waktu. Sebagai contoh, kultivar hasil tinggi yang rentan
terhadap penyakit yang lazim tidak akan banyak berguna bagi petani. Pengakuan bahwa
perbaikan satu sifat dapat menyebabkan perbaikan atau penurunan sifat terkait berfungsi
untuk menekankan kebutuhan akan pertimbangan simultan dari semua sifat yang penting
dalam spesies tanaman.

14. Sebutkan faktor apa saja yang menjadi pertimbangan pemilihan marka yang akan
digunakan dalam tandem selection!
Banyak faktor dipertimbangkan saat memilih spidol, seperti jenis marker, korelasi sifat,
jarak genetik dari QTL, dan jumlah QTL yang berdekatan dengan penanda (Robbins et al
2002; Robbins and Staub 2004).

15. Jawab dengan singkat apa saja hal-hal yang dilakukan dalam seleksi fenotipik pada
tandem selection!
Pengembangan plasma nutfah: Mengembangkan semua plasma nutfah yang akan
digunakan
Siklus seleksi 1: Garis orang tua dievaluasi untuk karakter minat tersebut. Perbaikan jalur
yang dipilih dengan metode seleksi (misalnya Backcross)
Siklus seleksi 2 dan evaluasi: Respon terhadap seleksi pada siklus seleksi sebelumnya
dievaluasi dan seleksi fenotipik dipraktekkan. Desain eksperimental digunakan untuk
mengevaluasi plasma nutfah.