Tugas Rani
Tugas Rani
1 Pengertian bioteknologi konvesional adalah bioteknologi yang dikembangkan secara turun temurun
dari masyarakat tanpa menggunakan teknologi rekayasa genetika. Contoh produk bioteknologi konvensional
antara lain anggur, roti, bir, keju, brem, yoghurt dan kecap.
Sedangkan pengertian bioteknologi modern adalah bioteknologi yang sudah menggunakan rekayasa genetika
atau metode DNA rekombinan. Contoh produk bioteknologi modern yang biasa dimanfaatkan sebagai bahan
pangan adalah kentang anti busuk, semangka tanpa biji, jagung hibrida, pepaya california dsb.
Perbedaan bioteknologi konvensional dan modern terletak pada metode dan teknologi yang digunakan.
Sehingga hasil dari kedua jenis bioteknologi tersebut juga sangat tampak jauh berbeda. Bioteknologi modern
menggunakan rekayasa genetika yang begitu kompleks untuk menghasilkan suatu produk yang ingin dituju.
Untuk lebih memahami akan ciri ciri bioteknologi konvensional dan modern, coba perhatikan tabel dibawah
ini.
Pengaruh jangka panjang biasanya Belum diketahui karena masih diperlukan sampel
sudah diketahui. penelitian
Tidak mampu membuat sifat Bisa membuat organisme yang sifat barunya tidak
organisme yang baru ada pada sifat alaminya.
Karena pembiakan tradisional ini sering dianggap tidak efisien, maka dikembangkanlah teknik modifikasi
genetik ini. Modifikasi genetik dapat merubah gen pada sebuah organisme dengan cara yang tidak bisa
dilakukan melalui teknik pembiakan tradisional. Modifikasi genetik bahkan memberikan kemungkinan untuk
bisa menciptakan macam-macam jenis tanaman dan hewan yang baru.
Salah satu teknik modifikasi genetik adalah dengan mengambil gen dari satu organisme, dan memasukkannya
ke organisme lain. Contohnya seperti glowing rabbit atau kelinci menyala yang disebutkan di atas. Tapi di
dalam teknik modifikasi genetik, injeksi gen dari satu organisme ke organisme lain tidak selalu dibutuhkan
untuk menciptakan GMO. Terkadang beberapa jenis genetik sengaja dibuat untuk meredam fungsi genetik
tertentu yang ada di dalam sebuah organisme. Misalnya, gen sintetis yang diinjek ke dalam tanaman penghasil
minyak untuk menghentikan gen yang memproduksi minyak yang tidak sehat pada tanaman tersebut.
Salah satu contoh lain dari aplikasi teknik modifikasi genetik adalah penilitan yang kini sedang dilakukan oleh
peneliti dari Montreal untuk menciptakan dinosaurus embrio dari ayam.
1. 3 DNA rekombinan atau recombinant DNA/rDNA merupakan suatu bentuk DNA buatan yang cara
pembuatannya dengan menggabungkan atau merekombinasi dua/lebih untaian benang DNA yang dalam
keadaan normalnya tidak berpasangan atau terjadi bersama.
Modifikasi genetik dilakukan dengan cara memasukkan DNA yang relevan ke dalam DNA organisme yang hidup
sebagai contoh pada plasmid bakteri untuk menyandikan suatu sifat khusus tertentu seperti antibiotik dan
sifat lainnya.
Hal ini sangat berbeda dengan konsep DNA rekombinan, dimana di dalam sel kombinasi DNAnya tidak terjadi
secara alami melainkan hanya direkayasa.
Biasanya proses rekombinasi DNA yang paling umum dilakukan yaitu dengan menggabungkan untaian DNA
dari dua jenis organisme yang berbeda.
Bergabungnya 2 DNA dari organisme yang berbeda misalnya pada suatu plasmid bakteri dibantu oleh enzim
ligase.
Teknologi DNA rekombinan melalui teknik pemotongan DNA adalah salah saktu bukti pendukung yang
menggambarkan bahwa DNA merupakan suatu unit pewarisan.
Pada tahun 1972 dengan menggunakan ecoRI, DNA rekombinan pertama kali dihasilkan oleh Paul Berg.
Sedangkan pada tahun 1973 telah dilakukan rekayasa pada bakteri E. coli dengan plasmid rekombinan oleh
Boyer, Cohen dan Chang.
Dengan ditemukannya teknologi DNA rekombinan maka membuat kegiatan analisis dan rekayasa genetik
menjadi semakin berkembang khususnya dalam bidang seperti kedokteran, pertanian, dan industri yang
merupakan bidang bidang yang telah lama mempraktekkan pemodelan dan juga analisis genetik.
Transfer gen yang dilakukan antar organisme saat ini dapat telah dilakukan bahkan antara organisme-
organisme dulunya yang secara biologi tidak bisa bergabung.
Proses menyambungkan DNA yang disebut rekombinasi DNA yang memiliki tujuan untuk menyambungkan gen
yang ada di dalam DNA maka istilah ini sering disebut juga rekombinasi gen.
A. Prinsip Kerja
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi (perbanyakan) primer oligonukleotida
diarahkan secara enzimatik urutan DNA spesifik. Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan 105-106-kali
lipat dari jumlah nanogram DNA template dalam latar belakang besar pada sequence yang tidak relevan
(misalnya dari total DNA genomik). Sebuah prasyarat untuk memperbanyak urutan menggunakan PCR adalah
memiliki pengetahuan, urutan segmen unik yang mengapit DNA yang akan diamplifikasi, sehingga
oligonucleotides tertentu dapat diperoleh. Hal ini tidak perlu tahu apa-apa tentang urutan intervening antara
primer. Produk PCR diamplifikasi dari template DNA menggunakan DNA polimerase stabil-panas dari Thermus
aquaticus (Taq DNA polimerase) dan menggunakan pengatur siklus termal otomatis (Perkin-Elmer/Cetus)
untuk menempatkan reaksi sampai 30 atau lebih siklus denaturasi, anil primer, dan polimerisasi. Setelah
amplifikasi dengan PCR, produk ini dipisahkan dengan elektroforesis gel poliakrilamida dan secara langsung
divisualisasikan setelah pewarnaan dengan bromida etidium.
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in
vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai
pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA
templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.
PCR memungkinkan adanya perbanyakan DNA antara dua primer, hanya di dalam tabung reaksi, tanpa perlu
memasukkannya ke dalam sel (in vivo). Pada proses PCR dibutuhkan DNA untai ganda yang berfungsi sebagai
cetakan (templat) yang mengandung DNA-target (yang akan diamplifikasi) untuk pembentukan molekul DNA
baru, enzim DNA polimerase, deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang primer oligonukleotida. Pada
kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang
terletak pada awal dan akhir fragmen DNA target, sehingga kedua primer tersebut akan menyediakan gugus
hidroksil bebas pada karbon 3. Setelah kedua primer menempel pada DNA templat, DNA polimerase
mengkatalisis proses pemanjangan kedua primer dengan menambahkan nukleotida yang komplemen dengan
urutan nukleotida templat. DNA polimerase mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara OH pada
karbon 3 dengan gugus 5 fosfat dNTP yang ditambahkan. Sehingga proses penambahan dNTP yang dikatalisis
oleh enzim DNA polimerase ini berlangsung dengan arah 53 dan disebut reaksi polimerisasi. Enzim DNA
polimerase hanya akan menambahkan dNTP yang komplemen dengan nukleotida yang terdapat pada rantai
DNA templat.
PCR melibatkan banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap berurutan, yaitu pemisahan
(denaturasi) rantai DNA templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target dan pemanjangan
(extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikaalisis oleh DNA polimerase.
B. Kegunaan
1. 1-2 hari
3.Polyacrylamide gel electrophoresis using Mighty-small II gel apparatus: 2.5 hours poliakrilamid gel
elektroforesis menggunakan Mighty-small II bahan gel: 2,5 jam
D. Reagen Khusus
E. Peralatan Khusus
Dalam sejarahnya, PCR dilakukan dengan menggunakan Klenow fragment DNA Polimerase I selama reaksi
polimerisasinya. Enzime ini ternyata tidak aktif secara termal selama proses denaturasi, sehingga peneliti harus
menambahkan enzim di setiap siklusnya. Selain itu, enzim ini hanya bisa dipakai untuk perpanjangan 200 bp
dan hasilnya menjadi kurang spesifik. Untuk mengatasi kekurangan tersebut, dalam perkembangannya
kemudian dipakai enzim Taq DNA polymerase yang memiliki keaktifan pada suhu tinggi. Oleh karenanya,
penambahan enzim tidak perlu dilakukan di setiap siklusnya, dan proses PCR dapat dilakukan dalam satu mesin
2) Primer
Primer merupakan oligonukleotida pendek rantai tunggal yang mempunyai urutan komplemen dengan DNA
templat yang akan diperbanyak. Panjang primer berkisar antara 20-30 basa. Untuk merancang urutan primer,
perlu diketahui urutannukleotida pada awal dan akhir DNA target. Primer oligonukleotida di sintesis
menggunakan suatu alat yang disebut DNA synthesizer.
3) Reagen lainnya
Selain enzim dan primer, terdapat juga komponen lain yang ikut menentukan keberhasilan reaksi PCR.
Komponen tersebut adalah dNTP untuk reaksi polimerisasi, dan buffer yang mengandung MgCl2. Konsentrasi
ion Mg2+dalam campuran reaksi merupakan hal yang sangat kritis. Konsentrasi ion Mg2+ ini sangat
mempengaruhi proses primer annealing, denaturasi, spesifisitas produk, aktivitas enzim dan fidelitas reaksi.
F. Tahapan PCR
1) Denaturasi
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai tunggal. Hal ini disebabkan
karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang
komplemen. Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi polimerisasi pada siklus yang
sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan antara suhu 90 oC 95 oC.
2) Penempelan primer
Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang spesifik yang komplemen
dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan
komplemen pada template. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 50 oC 60 oC. Selanjutnya, DNA
polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus
kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya, misalnya pada 72 oC.
Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi pada suhu 72 oC. Primer yang telah
menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi 3nya dengan penambahan dNTP yang komplemen
dengan templat oleh DNA polimerase.
Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua primer akan diamplifikasi secara
eksponensial (disebut amplikon yang berupa untai ganda), sehingga mencapai jumlah copy yang dapat
dirumuskan dengan (2n)x. Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal molekul DNA. Jadi,
seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus berlangsung, setelah satu siklus, akan menjadi 2 copy, sesudah 2
siklus akan menjadi 4, sesudah 3 siklus akan menjadi 8 kopi dan seterusnya. Sehingga perubahan ini akan
berlangsung secara eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir dari setiap
siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3 dari potongan DNA yang dihasilkan.
Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di kloning dengan menggunakan vektor yang ditambahkan nukleotida
T pada ujung-ujung 5-nya. Proses PCR dilakukan menggunakan suatu alat yang disebut thermocycler.
RT-PCR merupakan singkatan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction. Seperti namanya, proses RT-
PCR merupakan bagian dari proses PCR biasa. Perbedaanya dengan PCR yang biasa, pada proses ini
berlangsung satu siklus tambahan yaitu adanya perubahan RNA menjadi cDNA (complementary DNA) dengan
menggunakan enzim Reverse Transkriptase. Reverse Transcriptase adalah suatu enzim yang dapat mensintesa
molekul DNA secara in vitro menggunakan template RNA.
Seperti halnya PCR biasa, pada pengerjaan RT-PCR ini juga diperlukan DNA Polimerase, primer, buffer, dan
dNTP. Namun berbeda dengan PCR, templat yang digunakan pada RT-PCR adalah RNA murni. Oleh karena
primer juga dapat menempel pada DNA selain pada RNA, maka DNA yang mengkontaminasi proses ini harus
dibuang. Untuk proses amplifikasi mRNA yang mempunyai poly(A) tail pada ujung 3, maka oligo dT, random
heksamer, maupun primer spesifik untuk gen tertentu dapat dimanfaatkan untuk memulai sintesa cDNA.
Produk PCR adalah segmen DNA (amplikon) yang berada dalam jumlah jutaan copy, tetapi tidak dapat dilihat
dengan mata telanjang. Oleh karena itu PCR perlu diikuti dengan suatu tahap akhir yang bertujuan untuk
memvisualisasikan produk PCR serta sekaligus bertujuan untuk mengetahui ukuran produk PCR dan
mengetahui apakah produk yang dihasilkan adalah benar seperti yang diinginkan. Salah satu metoda deteksi
yang umum dilakukan adalah elektroforesis gen agarosa.
10. Isolasi Gen
Pemilihan gen yang diperlukan dan isolasi merupakan prasyarat untuk memulai proses. Gen yang diinginkan
yang akan ditransfer terisolasi dan dikalikan dengan menggunakan PCR (polymerase chain reaction). Atau,
mungkin menjadi bagian dari perpustakaan genom (perpustakaan yang mengandung fragmen DNA satu
genom tertentu).
Konstruksi
Gen yang terisolasi perlu diperiksa untuk ekspresi. Setiap gen terdiri dari promotor, gen penanda dipilih dan
terminator. Daerah promotor bertanggung jawab untuk transkripsi gen yang berakhir pada mencapai wilayah
terminator. Gen penanda dipilih menganugerahkan resistensi antibiotik yang membantu untuk membedakan
sel berubah. Namun, gen tidak dapat berkembang biak sendiri, bukan harus dikombinasikan dengan DNA asing
atau vektor dimana prosesnya dilakukan dengan menggunakan enzim pencernaan pembatasan, enzim ligasi
dan kloning molekuler menggunakan polimerase.
Transformasi
Bakteri telah banyak digunakan untuk mengambil gen atau DNA asing dengan bantuan metode transformasi di
atas. Setelah integrasi, gen atau DNA bereplikasi menggunakan sistem replikasi host dan menghasilkan banyak
salinan dari dirinya sendiri.
Hal ini dimungkinkan untuk membedakan sel-sel berubah dari yang non diubah dengan menumbuhkan mereka
di hadapan antibiotik dikodekan oleh gen penanda dipilih. Metode lain adalah dengan menggunakan probe
DNA komplementer dengan gen disisipkan yang secara khusus akan mengikat gen yang diinginkan dan dapat
ditelusuri dan dikonfirmasi menggunakan pemetaan DNA, teknik elektroforesis seperti Southern blotting, dan
Bioassays.
Contoh dari hasil tanaman GMO adalah nasi emas (golden rice), yang bertujuan untuk
menyelamatkan 250 juta anak yang menderita defisiensi vitamin A. Para peneliti menambahkan 2
gen ke dalam nasi (padi) putih, satu gen berasal dari bakteri tanah dan gen yang lain berasal dari
daffodil, yang kemudian mensintesis prekursor vitamin A yang disebut beta carotene. Satu mangkuk
nasi emas memiliki 60% kebutuhan vitamin A harian anak-anak.
Ada beberapa kontroversi yang mengelilingi topik ini, sebagian adalah mitos belaka, sebagian lagi
menimbulkan masalah yang valid.
Labeling
Hanya sedikit orang yang menyadari produk GMO di pasaran karena industri makanan tidak
memberi label pada produk tersebut karena takut konsumen tidak mau membeli produknya.
Meskipun dengan berpuluhan tahun penelitian, tidak ada bukti kuat bahwa produk GMO lebih
bahaya untuk kita dari pada produk biasa.
Resiko Kesehatan
Ada juga kekhawatiran tentang gen yang dimasukkan ke dalam makanan GMO bisa menyebabkan
sesuatu yang tidak diinginkan. Contohnya, bisa saja modifikasi gen ini mengubah laju
pertumbuhan atau metabolisme organisme. Ada juga kekhawatiran tentang makanan GM mungkin
menyebabkan alergi baru pada manusia, atau mentransfer gen resisten antibiotik ke bakteri yang
secara alami ditemukan di usus kita.
Ada beberapa penelitian mengenai bahaya makanan GMO, atau makanan GMO dapat menyebabkan
tumor dari pada makanan konvensional. Tetapi, penelitian-penelitian seperti ini memiliki rancangan
percobaan yang jelek, membuat hasil dari penelitian bias atau kurang valid.
Kesimpulannya, rekayasa genetika adalah sebuah teknik yang digunakan untuk merekayasa gen
suatu organisme agar organisme tersebut memiliki sifat yang diinginkan. Contohnya adalah,
merekayasa gen tanaman Padi agar hasil Padi mempunyai kandungan vitamin yang mencukupi.
Rekayasa genetika ini hampir sama dengan teknik pemuliaan, tetapi lebih efisien dan presisi.
Meskipun banyak kontroversi sampai saat ini, tidak ada bukti kuat yang menunjukkan bahwa produk
(GMO) berbahaya untuk kesehatan. Mungkin menjadi jawaban untuk memenuhi kebutuhan pangan
yang semakin meningkat karena populasi dunia terus menaik.