A história passa-se na Inglaterra, no século XVIII.
O narrador é Jim Hawkins, um rapaz de 12 anos. Jim vive e trabalha com os seus pais na estalagem "Almirante Benbow",que é muito frequentada por marinheiros e piratas. Um dia, chega à estalagem Billy Bones, um antigo marinheiro no barco de Flint, que traz consigo uma arca e que passa os dias a embebedar-se com rum e a vigiar o caminho para a estalagem. Bones tem medo de ser encontrado pelos seus antigos companheiros do barco de Flint, especialmente por um homem com uma perna de pau de quem o próprio Flint tinha medo. Então, pede a Jim para ficar atento se vir um marinheiro de uma perna só a entrar ali.
Pouco tempo depois, Cão Negro chega à estalagem e assusta Jim
ao revelar que sabe onde está Bones. Entretanto, dá-se um duelo de espadas com Cão Negro e Pete, o Cego, um dos antigos companheiros de barco de Bones, entrega- lhe o "sinal negro", um aviso de condenação à morte, usado pelos piratas. Entretanto, devido ao excesso de rum, Bones tem um ataque cardíaco e morre. Antes dos inimigos de Bones chegarem à estalagem, Jim tira do cadáver uma chave e abre a misteriosa arca que Bones para ali tinha levado e pega num pacote que lá está dentro.
Entretanto, os piratas chegam à estalagem e remexem em tudo o
que pertence a Bones. Jim e a sua mãe fogem para a aldeia mais próxima com o tal embrulho e vão a cada do Sr. Trelawney .
Ali, Jim entrega o pacote ao Dr. Livesey.
Trelawney abre o pacote e vê lá um livro de contabilidade de Flint. Ao folhear as páginas do livro vê que elas estão cheias de figuras e de caminhos desenhados. Entretanto, estes homens encontram um segundo embrulho, com um mapa de uma ilha onde Flint tinha enterrado um tesouro. Trelawney fica excitado com a ideia de irem em busca do Tesouro e compromete-se a arranjar um bom navio e insiste com Jim e com o Dr. Livesey para que eles o acompanhem na sua expedição. Estes aceitam e entre os tripulantes está um marinheiro Silver, que foi contratado como cozinheiro. Começa a aventura no Hispaniola.
Certo dia, Jim ouve Silver e alguns marinheiros a terem uma
conversa suspeita e percebe que lhe estão a armar uma cilada para controlarem eles o navio quando o tesouro estiver a bordo. Jim conta a situação aos outros amigos. Quando avistam terra dá-se uma grande batalha atalha entre os marinheiros leais ao Capitão Smollett e os piratas controlados por Silver. Jim escapa para a costa e acaba encontra um homem chamado Ben Gunn, que é um antigo marinheiro que tinha sido abandonado naquela ilha deserta pelo Capitão Flint, três anos. Jim ganha a confiança de Gunn e revê-lhe que tinha encontrado o tesouro há muito tempo atrás e que o tinha transferido para outro lugar. Gunn leva o Dr. Livesey até à caverna secreta onde ele tinha escondido o tesouro. Quando os bandidos descobrem que o tesouro afinal tinha sido retirado dali lutam uns com os outros. O Dr. Livesey, o Trelawney e Ben Gunn forçam os piratas maus a refugiar-se no interior da ilha. O Trelawney e a sua tripulação armazenam o tesouro no porão da Hispaniola para ele estar es segurança e deixam comida aos piratas abandonados na ilha antes de navegarem de volta para Inglaterra. Durante uma paragem num porto sul-americano, Silver, rouba um saco de moedas e foge. Jim termina sua narrativa aliviado pelo fim da aventura. E deseja que Silver tenha um destino melhor do que o que tinha sido reservado para ele.