Anda di halaman 1dari 1

Bioinformatika

Tutorial 7: Peta restriksi

Enzim restriksi adalah endonuklease yang memotong molekul DNA pada tempat-tempat
tertentu dengan mengenali deret (sekuen) nukleotida tertentu (informasi rinci tentang
enzim restriksi dapat dilihat di situs rebase.neb.com/rebase/rebase.html). Pola titik potong
yang dihasilkan disebut peta restriksi. Peta restriksi dapat dipergunakan untuk identifikasi
jenis. Katakanlah Anda bekerja di bidang perlindungan jenis dan Anda perlu suatu
prosedur identifikasi jenis hewan dan atau bagian tubuh hewan yang tertangkap. Untuk
itu Anda akan mengembangkan prosedur berdasarkan peta restriksi. Enzim restriksi yang
anda miliki di laboratorium adalah AatI, AluI, ApaI, Aval, BamHI dan EcoRI. Dalam
tutorial Anda akan menentukan enzim mana saja yang cocok dipergunakan. Untuk
tutorial ini batasi hewannya pada beberapa jenis Macaca.

1. Lakukan query database GenBank untuk sekuen sitokrom b: M. fascicularis, M.


mulatta, M. fuscata, M. tonkeana. Simpan masing-masing sekuen dalam file terpisah
dalam format Fasta tanpa header.
2. Masuklah ke situs Webcutter 2.0
3. Isi kotak sekuen yang akan dipotong dengan cara browse dan upload sequence.
4. Pilih enzim yang akan dipakai sesuai dengan enzim-enzim yang Anda miliki.
5. Ada berapa enzim yang dapat memotong?
6. Berapa potongan yang dihasilkan oleh masing-masing enzim yang memotong?
7. Lakukan pemotongan untuk keempat jenis tersebut.
8. Dari enam enzim restriksi yang Anda miliki, enzim mana yang akan anda pergunakan
untuk identifikasi keempat jenis tersebut?