Penjernihan air dengan bakteri salah satunta adalah menggunakan bakteri Bacillus subtilis

menggunakan sistem bioakumulasi. Dimana logam berat diikat pada dinding sel B. subtilis dan
digunakan untuk pertumbuhannya. Hasil pengikatan logam berat akan membentuk gumpalan
partikel yang ukurannya dapat memungkinkan untuk dipisahkan dengan sedimentasi atau filtrasi
yang biasa disebut sebagai flok sehingga akan terpisah antara air, bakteri dan logam berat

Mekanisme penjernihan air menggunakan B. subtilis didasarkan bahwa mikroorganisme

ini mampu memproduksi bioflokulan sehingga mampu mengikat zat polutan.

Selanjutnya, ada teknik penjernihan air dengan menggunakan mikroorganisme lainnya.

Salah satu tekniknya ialah menginteraksikan mikroorganisme (bisa dengan bakteri B. subtilis)
dengan air kotor yang mengandung polutan-polutan. Mikroorganisme mengikat polutan dan akan
membentuk flok-flok. Di dalam air kotor, oksigen yang ada hanya sedikit karena polutan akan
mengubah kondisi COD dan BOD, tetapi bakteri tetap mampu berkembang dan berperan aktif.
Flok-flok bakterien yang menyebabkan air kotor tersebut mengendap di dasar, sehingga akan
terpisahkan antara polutan, air dan mikroorganisme.