Audit ini dapat dilakukan secara internal maupun eksternal.
Audit internal dapat dilakukan oleh
bagian TU (Tata Usaha) puskesmas sedangkan audit eksternal dapat dilakukan oleh BPK (Badan Pemeriksa Keuangan). Tujuan utama dari dilakukannya audit finansial adalah untuk memberikan gambaran kepada manajemen mengenai kinerja keuangan dari sudut pandang yang obyektif sehingga dapat membantu dalam proses pengambilan keputusan oleh manajemen. Sejak tahun 2014 seluruh puskesmas di Kabupaten Sleman telah menerapkan pola BLUD (Badan Layanan Umum Daerah), termasuk Puskesmas Berbah. Dengan penerapan pola BLUD ini maka Puskesmas Berbah memperoleh dana kapitasi yang digunakan untuk meningkatkan pelayanan kesehatan sehingga setiap kegiatan yang menggunakan anggaran tersebut harus membuat laporan petanggungjawaban kepada Pemerintah Daerah.