3 PAIRWISE ALIGNMENT

3.1 Dengan mempergunakan data B. amyloliquefaciens levansucrase (AC number X52988) dan
B.subtilis levansucrase (AC number X02730) lakukan global pairwise alignment dengan bioedit.

a Berapa skor Identities dari alignment tersebut.

b Sebutkan 10 buah basa secara berturutan dari kiri ke kanan pada B. amyloliquefaciens
yang tidak sama (non conserve) dengan sekuens dari B.subtilis. (contoh a,t,g,g,g,g,t,a,c)

3.2 Dengan mempergunakan data B. subtilis levansucrase AC number X02730) dan data C.
acetobutyliticum levansucrase buatlah local pairwise alignment dengan mempergunakan
program Lalign.

a Sebutkan masing-masing skor alignment dari fragmen yang terbentuk? Jawaban 52.4, 54.5,
64.2

b Mengapa menurut anda terbentuk tiga fragmen? Jawaban karena local alignment mencari
segmen-segmen yang conserve antar dua sekuens yang dibandingkan.

4 ORF
Pertanyaan

Dari hasil pencarian yang didapat:

1. Pada frame berapa ditemukan kandidat ORF terpanjang? 3

2. Pada posisi berapa kandidat ORF tersebut pada genome? 24353...25459
3. Berapa panjang nukleotida dan asam amino kandidat ORF tersebut? Length (nt|aa)
1107|368
4. Diantara 2 hasil teratas, mana yang merupakan ORF yang paling mungkin? ORF 3
5. Apa nama protein yang disandikan oleh ORF tersebut? peptidoglycan-binding protein
[Bordetella pertussis Tohama I]
6. Apa nama organisme pemilik sekuen tersebut? Bordetella pertussis Tohama I
7. Berapa accession number hasil pencarian terbaik? NC_002929
8. Tampilkan sekuen protein yang disandikan ORF tersebut dalam format FASTA:
(Jawaban pertanyaan ini cukup ditampilkan di layer computer saja, tidak perlu ditulis di
lembar jawaban)