Anda di halaman 1dari 9

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ASAM NUKLEAT
Diajukan untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biokimia
Dosen Pengampu :
1. Epa Paujiah, M.Si
2. Asrianty Mas’ud, M.Pd
Asisten Praktikum : Rita Nurfitriani

Oleh:
Nama : Intan Permatasari Nurjamilah
NIM : 1152060046
Kelompok : 7 (Tujuh)
Kelas/ Semester : B/ V

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI


JURUSAN PENDIDIKAN MIPA
FAKULTAS TARBIYAH DAN KEGURUAN
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN GUNUNG DJATI BANDUNG
BANDUNG
2017
ASAM NUKLEAT

Intan Permatasari Nurjamilah

Program Studi Pendidikan Biologi Jurusan MIPA

Fakultas Tarbiyah Dan Keguruan. Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati

Bandung

2017

A.H. Nasution No. 105 Cibiru Bandung

Intan_permatasarinurjamilah@yahoo.co.id

I. PENDAHULUAN
1.1 LANDASAN TEORI
Asam nukleat merupakan senyawa yang mengandung basa nitrogen (struktur
siklik aromatic yang memiliki atom nitrogen) sebagai bagian dari sruktur asam
nukleat. Asam nukleat, dibangun oleh polimerisasi nukleotida, yang berfungsi
sebagai pusat informasi utama untuk penyimpanan dan pengambilan informasi
tentang urutan polipeptida (Kikuchi, 2010 : 157).
Komponen penyusun asam nukleotida yaitu gula basa dan fosfat. Nukleotida
berbeda terhadap satu sama lain bergantung pada jenis gula dan basa nitrogen yang
terkandung didalamnya. Terdapat dua macam gula yaitu gula ribose dan
deoksiribosa. Kelompok gula basa terbagi menjadi purin dan pirimidin. Purin terdiri
dari adenine (A) dan guanine (G), sedangkan pirimidin terdiri atas sitosin (S), timin
(T), dan urasil (U) (Sudjadi, 2007 : 185).
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis DNA (Deoxyribonucleid acid) dan RNA
(Ribonucleid acid). Baik DNA dan RNA berupa anion dan pada umumnya terikat
oleh protein dan bersifat basa. Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti
protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleotida asam
nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa energi (Poedjiadi,
2005 :132-135).
DNA merupakan asam nukleat yang tersusun atas fosfat, gula deoksiribosa
dan basa nitrogen. DNA memiliki struktur utas ganda (double helix) yang masing-
masing utas dihubungkan oleh ikatan nitrogen. RNA adalah asam nukleat yang
tersusun atas fosfat, gula ribose, dan basa nitrogen berupa adenine, guanine, urasil
dan sitosin. Tidak seperti DNA, RNA memiliki struktur utas tunggal (single helix)
(Wilson dan Walker, 2000 : 216).
RNA terdiri atas beberapa jenis, yaitu mRNA, rRNA, dan tRNA. Ketiga RNA
tersebut memiliki letak dan fungsi yang berbeda di dalam sel. mRNA atau RNA
messager merupakan hasil proses transkripsi di inti sel dan merupakan RNA yang
membawa kode genetik asam amino tertentu. Kode genetik tersebut tersusun dalam
urutan tertentu (kodon) dan menentukan spesifikasi urutan asam amino pada rantai
polipeptida (Sudjito et al, 2014 : 275).
rRNA atau ribosomal RNA adalah RNA yang menjadi penyusun ribosom.
RNA ribosom berperan sebagai tempat terjadinya proses translasi, sebagai adaptor
atau penyelaras dalam sintesis protein. Beberapa daerah pada rRNA pada bakteri ,
archaea atau eukariot merupakan daerah conserved, yaitu daerah sekuens yang
digunakan untuk mengukur kekerabatan diantara organisme yang berbeda. tRNA
atau transfer RNA merupakan RNA terpendek yang dibentuk dalam nucleus. RNA
transfer berfungsi untuk membaca kode-kode genetic dari mRNA dan mengikat
asam-asam amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan
mengangkutnya ke ribosom. Bagian rRNA yang berhubungan dengan kodon disebut
anticodon (Murray et al, 2014 : 143).
Isolasi RNA yang dilakukan pada percobaan menggunakan teknik sentrifugasi
bertingkat, sedangkan penentuan konsentrasi RNA dilakukan dengan teknik
spektrofotometri. Sentrifugasi dilakukan dengan berulang dalam waktu dan
kecepatan tertentu untuk memperoleh fraksi RNA yang murni. Penentuan konsentrasi
RNA dilakukan dengan pereaksi orsinol yang akan bereaksi spesifik dengan gula
ribose pada RNA (Bintang, 2010 : 146).
Isolasi DNA adalah suatu proses untuk memisahkan DNA dari suatu sel
makhluk hidup baik dari inti, mitokondria maupun kloroplas. Isolasi DNA
merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA seperti mengetahui urutan
basa purin dan pirimidinnya. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada dua,
yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Pengecekan kuantitas dan kualitas DNA hasil
isolasi harus dilakukan untuk mengetahui konsentrasi dan kemurniannya dengan
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm untuk DNA,
sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280 nm. Untuk mengetahui
kemurnian larutan DNA dapat dilakukan dengan cara menghitung perbandingan
A260 nm dengan A280 nm. Batas kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis
molekuler pada rasio A260/A280 adalah 1,8–2,0 (Sambrook et al., 1989). Kemurnian
DNA kopi yang diisolasi menunjukkan hasil diantara 1,8–2,0 sehingga sudah
memenuhi kaidah yang diharapkan (Syafuruddin, 2015. Vol 11 No. 1 : 15-17).

1.2 TUJUAN
Mahasiswa diharapkan mampu mengetahui penampakan asam nukleat dari
bagian tanaman

II. METODOLOGI PENGAMATAN


2.1 WAKTU DAN TEMPAT
Waktu : 01 November 2017
Tempat : Laboratorium Biologi FTK UIN Sunan Gunung Djati Bandung
2.2 ALAT DAN BAHAN
Pada praktikum kali ini menggunakan alat-alat yaitu, beker glass, spatula,
saringan teh, tabung reaksi, thermometer. Pipet tetes. Selain menggunakan alat-alat
diatas kami juga menggunakan bahan-bahan sebagia berikut : melon, brokoli, tomat,
pisang, bawang bombay, pepaya, kiwi, jeruk, detergen bubuk, garam, aquades,
alkohol dan es batu.
2.3 PROSEDUR KERJA
Pertama-tama timbang bahan uji sebanyak 20 gram, lalu tumbuk hingga halus.
Kemudian saring menggunkana saringa teh. Kedua timbang NaCl sebanyak 3 gram
dengan menggunakan timbangan, lalu timbang juga detergen bubuk sebanyak 10
gram. Kemudian larutkan dengan menggunakan aquades sebanyak 100 ml. setelah itu
panaskan sampai suhu mencapai 60°C, lalu dinginkan. Kemudian, siapkan alkohol
sebanyak 9 ml, kemudian dinginkan dengan es batu pada suhu 20°C, lalu masukkan
larutan uji (sampel buah ditambah detergen ditambah garam) ke dalam tabung reaksi
sebanyak 6 ml ke dalam tabung yang berisi alkohol. Setelah itu amati hasil yang
terjadi.
III. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN
3.1 HASIL PENGAMATAN
Tabel Pengamatan Asam Nukleat (Kromatin)
Intensitas Keterangan
No. Nama Bahan Pereaksi
Kromatid
1 Brokoli NaCl+Deterjen+Alkohol + Kromatid sedikit dan
bentuknya menggumpal
2 Melon NaCl+Deterjen+Alkohol + Kromatid sedikit dan
bentuknya menggumpal
3 Kiwi NaCl+Deterjen+Alkohol + Kromatid sedikit dan
bentuknya mengggumpal
4 Pisang NaCl+Deterjen+Alkohol + Kromatid sedikit dan
bentuknya fiamen
5 Pepaya NaCl+Deterjen+Alkohol +++ Kromatid sangat banyak dan
bentuknya menggumpal
6 Bawang NaCl+Deterjen+Alkohol ++ Kromatid banyak dan
bombay bentuknya menggumpal
7 Tomat NaCl+Deterjen+Alkohol ++ Kromatid banyak dan
bentuknya menggumpal
8 Jeruk NaCl+Deterjen+Alkohol ++ Kromatin banyak dan
bentuknya filament

Gambar Hasil Pengamatan Asam Nukleat

A B C
Brokoli Buah Melon Buah Kiwi
D E F
Buah Pisang Buah Pepaya Bawang Bombay

G H
Buah Tomat Buah Jeruk

3.2 PEMBAHASAN
Pada praktikum asam nukleat ini bertujuan untuk melihat benang-benang
kromosom yang ada pada DNA buah dengan cara mengisolasi DNA melalui sampel
sayuran dan buah-buahan yaitu brokoli, melon, kiwi, pisang, pepaya, bawang
bombay, tomat dan jeruk. Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan
merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Metode yang dilakukan
dalam percobaan ini adalah penghancuran (lisis) serta ekstraksi. Perlakuan pertama
yang dilakukan yaitu memotong bahan uji menjadi ukuran yang lebih kecil,
selanjutnya hal yang dilakukan adalah menimbang bahan-bahan yang akan
digunakan dan menghaluskannya menggunakan mortar, hal ini dilakukan untuk
mempermudah dalam pengamatan dan agar buah menjadi larutan dan dapat diambil
ekstraknya. Pemecahan dengan cara ditumbuk untuk mengisolasi DNA secara
mekanik, sedangkan secara kimiawi dengan menggunakan deterjen dan garam.
Perlakuan kedua adalah memasukkan larutan bahan uji pada air yang telah
dicampur dengan deterjen dan garam. Penggunaan deterjen bubuk berfungsi untuk
menghilangkan molekul lipid, karena sabun dapat mengikat lipid. Molekul lipid ini
perlu diikat untuk merusak membran dan melisiskan isi sel, karena DNA berada di
inti sel, secara otomatis harus dilisiskan terlebih dahulu oleh deterjen karena deterjen
mengandung sodium dodecylsulphate (SDS). SDS tersebut selain berperan dalam
melisiskan membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim
nukleas yang merupakan enzim pendegradasi DNA. Pada dasarnya deterjen
digunakan sebagai pengganti enzim pencernaan senyawa polimerik, yaitu lisozom
yang dapat menyebabkan kekakuan sel dan berujung pada rusaknya dinding sel dan
membran sel.
Garam (NaCl) digunakan untuk melarutkan DNA. Secara Khusus garam
(NaCl) memiliki fungsi untuk memberikan kondisi ionic, sehingga reaksi berjalan
stabil. Menjaga struktur DNA dan mengurangi jumlah air pada fase fenol dan
memfasilitasi proses deproteinisasi. Na+ yang terkandung dalam garam mampu
membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang dapat
menyebabkan molekul-molekul saling tolak-menolak satu sama lain sehingga pada
saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA. Selain itu, garam
dapat menghilangkan protein dan karbohidrat akibat terpresipitasi, menjaga
kestabilan pH, juga membantu proses pemekatan DNA.
Pemanasan dilakukan dengan menggunakan tabung glass. Pemanasan
berfungsi agar sel yang telah terpecah setelah penumbukan akan bereaksi dengan
larutan deterjen dan garam, proses ini merupakan proses isolasi DNA secara kimiawi
kembali. Larutan yang telah dipanaskan kemudian diambil bagian permukaannya saja
untuk menjaga DNA agar tidak terkontaminasi dan menghasilkan DNA yang berhasil
diisolasi dari proses tersebut. Larutan selanjutnya dicampurkan dengan alkohol yang
telah didinginkan terlebih dahulu pada suhu 20°C, hal ini menyebabkan terlihatnya
gumpalan-gumpalan putih berbentuk seperti cincin yang terbentuk diantara campuran
larutan dengan alkohol. Gumpalan-gumpalan ini merupakan DNA yang telah terikat
oleh alkohol. Penambahan alkohol merupakan proses pemekatan pita DNA yang
telah terkumpul karena pemekatan oleh garam, sehingga terjadi presipitasi DNA pada
perbatasan kedua larutan. Densitas (kerapatan partikel) alkohol lebih kecil bila
dibandingkan dengan air. Hal ini menyebabkan alcohol akan berada di bagian atas
larutan ketika dicampur dalam tabung reaksi. Garam dan alkohol akan
mempresipitasi asam nukleat polimerik dengan baik pada suhu di bawah 20°C. DNA
yang berhasil diisolasi dapat dianalisis untuk mengetahui genetic atau kondisi suatu
makhluk hidup.
Hasil yang dapat dilihat dari praktikum dapat dilihat bukan benang-benang
kromatidnya, tetapi kumpulan dari benang-benang kromatid karena tidak mungkin
benang-benang kromatid dapat dilihat dengan mata telanjang. Kadar air yang
terkandung dalam buah mempengaruhi hasil isolasi yang terbentuk, semakin tinggi
kadar air yang terkandung dalam buah maka semakin rendah DNA yang akan
terpresipitasi.
Kromatid dapat dilihat dari bentuk dan banyaknya intensitas, pada ekstrak
buah-buahan dan sayuran yang digunakan didapat hasil yang berbeda-beda. Larutan
ekstrak buah-buahan dan sayuran yang menghasilkan kromatid dengan intensitas
sangat banyak terdapat pada buah pepaya, dan pada ekstrak buah jeruk, buah tomat
dan bawang bombay menghasilkan kromatid dengan intensitas banyak. Sedangkan
pada ekstrak buah melon, buah pisang, buah kiwi dan brokoli menghasilkan kromatid
dengan intensitas sedikit. Pada buah-buahan dan sayuran yang digunakan dapat
dilihat adanya bentuk-bentuk kromatid yang berbeda yaitu berbentuk filamen atau
serat dan berbentuk menggumpal. Pada ekstrak buah pisang dan buah jeruk kromatid
terlihat berbentuk filamen. Sedangkan pada ekstrak buah melon, buah tomat, buah
pepaya, buah kiwi, brokoli dan bawang bombay kromatid terlihat berbentuk
menggumpal.
IV. KESIMPULAN
Berdasarkan hasil praktikum dapat disimpulkan bahwa pada praktikum asam nukleat
dapat dilihat adanya kromatid pada permukaan tabung reaksi yang ditunjukkan dengan
intensitas dan bentuk dari kromatid itu sendiri yang dihasilkan dari bahan-bahan yang
diuji, yaitu berupa buah-buahan dan sayuran. Pada larutan ekstrak buah yang
menghasilkan kromatid dengan intensitas yang sangat banyak terdapat pada buah pepaya
dan larutan ekstrak buah yang menghasilkan kromatid dengan intensitas banyak terdapat
pada ekstrak buah jeruk, buah tomat dan bawang Bombay. Sedangkan pada buah dan
sayur yang menghasilkan kromatid dengan intensitas sedikit terdapat pada ekstrak buah
melon, buah pisang, buah kiwi dan brokoli. Adapun bentuk-bentuk kromatid yang
terlihat pada bahan uji, yaitu ada yang berbentuk filamen dan ada yang berbentuk
menggumpal. Pada ekstrak buah pisang dan jeruk kromatid yang terlihat berbentuk
filamen atau serat. Sedangkan pada buah melon, buah tomat, buah pepaya, buah kiwi,
sayur brokoli, dan bawang Bombay kromatid terlihat berbentuk menggumpal.

DAFTAR PUSTAKA
Bintang, M. 2010. Biokimia Teknik Penelitian. Jakarta : Erlangga
Kikuchi. 2010. Biokimia : Protein, Enzim dan Asam Nukleat. Bandung : ITB
Murray RK, Bender DA, dkk. 2014. Biokimia Harper Edisi 29. Jakarta : Buku Kedokteran
EGC
Poedjiadi, Anna. 2005. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta : UI Press
Sudjadi, B dan Siti, L. 2007. Biologi 3. Jakarta : Yudhistira
Sudjito, YL, dkk. 2014. Karakteristik Genetik Fragmen Gen Penyandi RNA Polimerase
Infectious Myonnecrosis Virus (IMNV) yang Menginfeksi Udang Vannamei
(Litoponaeus Vannamei Bonne). Jurnal Bioma. Vol 16 No. 1 : 18-25. Lampung, Gresik
dan Pontianak.
Syafuruddin. 2015. Modifikasi Teknik Isolasi Dna Pada Tanaman Kopi Dan Aplikasinya
Berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar.
Vol 11 No 1 : 15-17. Sukabumi :Balitri.
Wilson K, Walker J. 2000. Principles and Techniques of Practical Biochemistry 5 th Edition.
Cambridge (AU) : Cambridge University Press.