Jenis-jenis hewan di Indonesia bagian Timur, yaitu Irian, Maluku, Sulawesi, Nusa Tenggara,

relatif sama dengan Australia. Ciri-ciri hewan di Indonesia bagian Timur adalah:
1. Mamalia berukuran kecil
2. Banyak hewan berkantung
3. Tidak terdapat spesies kera
4. Jenis-jenis burung memiliki warna yang beragam

Irian Jaya memiliki 110 spesies mamalia, termasuk di dalamnya 13 spesies mamalia
berkantung, misalnya kanguru (Dendrolagus ursinus dan Dendrolagus inustus), kuskus
(Spilocus maculatus), bandicot, dan oposum. Di Irian juga terdapat 27 spesies hewan
pengerat (rodentia), dan 17 di antaranya merupakan spesies endemik. Irian Jaya memiliki
koleksi burung terbanyak dibandingkan dengan pulau-pulau lain di Indonesia, kira-kira ada
320 jenis, dan setengah di antaranya merupakan spesies endemik. Burung cendrawasih yang
terkenal terdapat di Irian dan beberapa pulau di Maluku.Di Nusa Tenggara, terutama di
pulau Komodo, Padar, dan Rinca terdapat reptilia terbesar, yaitu komodo. Komodo
merupakan reptilia purba yang bertahan hidup hingga kini.
Sulawesi merupakan daerah peralihan yang mencolok menurut garis Weber. Hewan-hewan
yang terdapat di pulau itu berasal dari oriental dan Australia. Di Sulawesi terdapat banyak
hewan endemik, misalnya primata primitif Tarsius sectrum, musang sulawesi (Macrogalida
musschenbroecki), babirusa, anoa, maleo, dan beberapa jenis kupu-kupu.
Memiliki Banyak Hewan dan Tumbuhan Langka

Di Indonesia banyak terdapat hewan dan tumbuhan yang telah langka. Hewan langka
misalnya:* Babirusa (Babyrousa babyrussa)
* Harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae)
* Harimau jawa (Panthera tigris sondanicus)
* Macan kumbang (Panthera pardus)
* Orangutan (Pongo pygmaeus abelii)
* Badak sumatera (Decerorhinus sumatrensis)
* Tapir (Tapirus indicus)
* Gajah asia (Elephas maximus)
* Bekantan (Nasalis larvatus)
* Komodo (Varanus komodoensis)
* Banteng (Bos sondaicus)
* Cendrawasih (Paradisaea minor)
* Kanguru pohon (Dendrolagus ursinus)
* Maleo (Marcochephalon maleo)
* Kakatua raja (Probosciger atterimus)
* Rangkong (Buceros rhinoceros)
* Kasuari (Casuarius casuarius)
* Buaya muara (Crocodylus porosus)
* Buaya irian (Crocodylus novaeguinae)
* Penyu tempayan (Caretta caretta)
* Penyu hijau (Chelonia mydas)
* Sanca bodo (Phyton molurus)
* Sanca hijau (Chondrophyton viridis)
* Bunglon sisir (Gonyochepalus dilophus)Tumbuh-tumbuhan langka misalnya:
* Bedali (Radermachera gigantea)
* Putat (Planhonia valida)
* Kepuh (Stereula foetida)
* Bungur (Lagerstromia speciosa)
* Nangka celeng (Artocarpus heterophyllus)
* Kluwak (Pangium edule)
* Bendo (Artocarpus elasticus)
* Mundu (Garcinia dulcis)
* Sawo kecik (Manilkara kauki)
* Winong (Tertrameles nudiflora)
* Sanca hijau (Pterospermum javanicum)
* Gandaria (Bouea marcophylla)
* Matoa (Pometis pinnata)
* Sukun berbiji (Artocarpus communis)