TRANALATE LEWIN CHAPTER 4

Isi Genom

pengantar Pertanyaan kunci tentang genom adalah berapa banyak gen yang
dikandungnya. Kita dapat memikirkan jumlah total gen pada empat tingkat,
yang sesuai dengan tahap berturut-turut dalam ekspresi gen: • Genom adalah
kumpulan lengkap organisme. Akhirnya ditentukan oleh urutan DNA yang
lengkap, walaupun sebagai masalah praktis, tidak mungkin untuk
mengidentifikasi setiap gen secara tegas berdasarkan urutan. • Transkriptom
adalah kumpulan lengkap gen yang dinyatakan dalam kondisi tertentu. Hal ini
didefinisikan dalam kaitannya dengan himpunan molekul RNA yang ada dan
dapat mengacu pada tipe sel tunggal, atau pada majelis sel yang lebih kompleks,
sampai organisme lengkap. Karena beberapa gen menghasilkan beberapa
mRNA, transkriptom cenderung lebih besar daripada jumlah gen yang
didefinisikan secara langsung dalam genom. Transkriptom meliputi RNA
nonkode dan juga mRNA. • Proteome adalah kumpulan lengkap protein. Ini
harus sesuai dengan mRNA dalam transkriptom, walaupun ada perbedaan detail
yang mencerminkan perubahan kelimpahan relatif atau stabilitas mRNA dan
protein. Ini dapat digunakan untuk merujuk pada kumpulan protein yang
dikodekan oleh keseluruhan genom atau diproduksi di sel atau jaringan tertentu.
• Protein dapat berfungsi secara independen atau sebagai bagian dari rakitan
multiprotein. Jika kita bisa mengidentifikasi semua interaksi protein-protein,
kita dapat menentukan jumlah total rakitan protein independen.

Jumlah gen dalam genom dapat diidentifikasi secara langsung dengan

menentukan bingkai bacaan yang terbuka. Pemetaan skala besar sifat ini
diperumit oleh fakta bahwa gen yang terputus dapat terdiri dari banyak bingkai
bacaan terbuka yang terpisah. Kita tidak perlu memiliki informasi tentang
fungsi produk protein - atau memang membuktikan bahwa semuanya
diekspresikan - jadi pendekatan ini dibatasi untuk menentukan potensi genom
tersebut. Namun, anggapan kuat ada bahwa setiap bingkai bacaan terbuka yang
lestari cenderung diungkapkan. Pendekatan lain adalah menentukan jumlah gen
secara langsung dalam kaitannya dengan transkriptom (dengan mengidentifikasi
secara langsung semua mRNA) atau proteom (dengan mengidentifikasi secara
langsung semua protein). Ini memberi kepastian bahwa kita berhadapan dengan
gen bonafide yang dinyatakan dalam keadaan yang diketahui. Ini
memungkinkan kita bertanya berapa banyak

Gen diekspresikan dalam jenis jaringan atau sel tertentu, variasi apa yang
ada pada tingkat ekspresi relatif, dan berapa banyak gen yang
diekspresikan dalam satu sel tertentu unik pada sel itu atau juga
diekspresikan di tempat lain. Mengenai jenis gen, kita mungkin bertanya
apakah gen tertentu sangat penting: apa yang terjadi pada mutan null? Jika
mutasi null mematikan, atau organisme memiliki cacat yang terlihat, kita dapat
menyimpulkan bahwa gen itu penting atau setidaknya mengandung keuntungan
selektif. Tetapi beberapa gen dapat dihapus tanpa efek nyata pada fenotipe.
Apakah gen ini benar-benar tidak dapat dibuang, atau apakah kerugian selektif
diakibatkan oleh tidak adanya gen, mungkin dalam keadaan lain, atau dalam
jangka waktu yang lebih lama?

Genom (a Dipetakan oleh Linkage, Restriction Cleavage, atau DNA Sequence

Mendefinisikan isi genom pada dasarnya berarti membuat peta. Kita bisa
memikirkan pemetaan gen dan genom pada beberapa tingkat resolusi: • Peta
genetik (atau keterkaitan) mengidentifikasi jarak antara mutasi dalam hal
frekuensi rekombinasi. Hal ini dibatasi oleh ketergantungannya pada terjadinya
mutasi yang mempengaruhi fenotipe. Karena frekuensi rekombinasi dapat
terdistorsi relatif terhadap jarak fisik antar situs, karena frekuensi tidak akurat
mewakili jarak jauh sepanjang materi genetik. • Peta linkage juga dapat
dibangun dengan mengukur rekombinasi antar situs dalam DNA genomik.
Situs-situs ini memiliki variasi urutan yang menghasilkan perbedaan dalam
kerentanan terhadap pembelahan oleh enzim tertentu (restriksi). Karena variasi
seperti cornmon, peta semacam itu bisa dipersiapkan untuk organisme apapun
terlepas dari terjadinya mutan. Ini memiliki kelemahan yang sama seperti peta
keterkaitan mana jarak relatifnya didasarkan pada rekombinasi. • Peta
pembatasan dibangun dengan membelah DNA menjadi fragmen dengan enzim
restriksi dan mengukur jarak antara tempat pembelahan. Ini mewakili jarak
dalam hal panjang DNA, sehingga memberikan peta fisik materi genetik.
Sebuah restrik-

peta tidak secara intrinsik mengidentifikasi situs-situs yang memiliki

kepentingan genetik. Agar dikaitkan dengan peta genetik, mutasi harus dicirikan
berdasarkan dampaknya terhadap situs pembatasan. Perubahan besar dalam
genom dapat dikenali karena mempengaruhi ukuran atau jumlah fragmen
restriksi. Mutasi titik lebih sulit dideteksi. • Peta akhir adalah menentukan
urutan DNA. Dari urutan, kita bisa mengidentifikasi gen dan jarak di antara
keduanya. Dengan menganalisis potensi pengkodean protein dari urutan DNA,
kita dapat menyimpulkan apakah itu mewakili protein. Asumsi dasar di sini
adalah bahwa seleksi alam mencegah akumulasi mutasi yang merusak dalam
urutan kode protein. Membalikkan argumen, kita dapat mengasumsikan bahwa
urutan pengkodean yang utuh kemungkinan akan digunakan untuk
menghasilkan protein.

Dengan membandingkan urutan DNA tipe liar dengan alel mutan, kita dapat
menentukan sifat mutasi dan lokasi kejadiannya yang tepat. Ini mendefinisikan
hubungan antara peta genetik (seluruhnya didasarkan pada lokasi mutasi) dan
peta fisik (berdasarkan, atau bahkan terdiri dari, urutan DNA).
Teknik serupa digunakan untuk mengidentifikasi dan mengurutkan gen dan
memetakan genom, walaupun tentu saja ada perbedaan skala. Dalam setiap
kasus, prinsipnya adalah untuk mendapatkan serangkaian fragmen DNA yang
tumpang tindih yang dapat dihubungkan ke dalam peta kontinyu. Fitur
krusialnya adalah bahwa setiap segmen terkait dengan segmen berikutnya di
peta dengan mencirikan tumpang tindih di antara keduanya, sehingga kita dapat
memastikan tidak ada segmen yang hilang. Prinsip ini diterapkan baik pada
tingkat pemesanan fragmen besar ke dalam peta dan dalam menghubungkan
urutan yang membentuk fragmen.

Genom Individu Tampilkan Variasi Ekstensif

Konsep kunci
•
Polimorfisme dapat dideteksi pada fenotipik
Tingkat ketika urutan mempengaruhi fungsi gen, pada
tingkat fragmen restriksi bila mempengaruhi a
situs target enzim restriksi, dan di
urutan tingkat dengan analisis langsung DNA.
•
Alel gen menunjukkan luas
polimorfisme pada tingkat urut, tapi banyak
Perubahan urutan tidak mempengaruhi fungsi.

Pandangan asli Mendel terhadap alel genom tergolong baik jenis liar atau
mutan. Selanjutnya kita mengenali adanya beberapa alel, masing-masing
memiliki efek berbeda pada fenotipe. Dalam beberapa kasus, bahkan mungkin
tidak tepat untuk mendefinisikan alel seseorang sebagai "wildtype."
Koeksistensi beberapa alel pada lokus disebut polimorfisme genetik. Setiap
situs di mana beberapa alel ada sebagai komponen stabil populasi adalah
dengan definisi polimorfik. Alel biasanya didefinisikan sebagai polimorfik jika
ada pada frekuensi> 1% pada populasi.
Apa dasar polimorfisme di antara alel mutan? Mereka memiliki mutasi berbeda
yang mengubah fungsi protein, sehingga menghasilkan perubahan fenotipe. Jika
kita membandingkan peta pembatasan atau urutan DNA alel ini, juga akan
menjadi polimorf dalam arti bahwa setiap peta atau urutan akan berbeda dari
yang lain.

Meski tidak terbukti dari fenotipe, jenis liarnya mungkin polimorfik. Beberapa
versi alel tipe liar dapat dibedakan dengan perbedaan urutan yang tidak
mempengaruhi fungsinya, dan karena itu tidak menghasilkan varian fenotipik.
Populasi mungkin memiliki polimorfisme luas pada tingkat genotip. Banyak
varian urutan yang berbeda mungkin ada pada lokus tertentu; beberapa di
antaranya terbukti karena mempengaruhi fenotipe, namun ada juga yang
tersembunyi karena tidak memiliki efek yang nyata.
Jadi mungkin ada rangkaian perubahan pada lokus, termasuk yang mengubah
urutan DNA tapi tidak mengubah urutan protein, yang mengubah urutan protein
tanpa mengubah fungsinya, yang menciptakan protein dengan aktivitas yang
berbeda, dan yang menciptakan protein mutan yang tidak fungsional
Perubahan dalam nukleotida tunggal ketika alel dibandingkan disebut
polimorfisme nukleotida tunggal (SNP). Satu terjadi setiap -1330 basis dalam
genom manusia. Ditetapkan oleh SNP mereka, setiap manusia unik. SNP dapat
dideteksi dengan berbagai cara, mulai dari perbandingan langsung urutan
hingga spektroskopi massa atau metode biokimia yang menghasilkan perbedaan
berdasarkan variasi urutan di wilayah yang ditentukan.
Salah satu tujuan pemetaan genetik adalah untuk mendapatkan katalog varian
umum. Frekuensi SNP yang diamati per genom memprediksi bahwa, melebihi
populasi manusia secara keseluruhan (mengambil jumlah semua genom
manusia dari semua individu yang hidup), seharusnya ada> 10 juta SNPs yang

terjadi pada frekuensi> 1%. Sudah> 1 juta telah diidentifikasi. Beberapa

polimorfisme dalam genom dapat dideteksi dengan membandingkan peta
pembatasan individu yang berbeda. Kriteria tersebut merupakan perubahan pola
fragmen yang dihasilkan oleh pembelahan dengan enzim restriksi. GAMBAR
4.1 menunjukkan bahwa ketika situs target hadir dalam genom satu individu dan
tidak ada dari yang lain, perpecahan ekstra pada genom pertama akan
menghasilkan dua fragmen yang sesuai dengan fragmen tunggal pada genom
kedua

Peta pembatasan tidak bergantung pada fungsi gen; Akibatnya, polimorfisme

pada tingkat ini dapat dideteksi terlepas dari apakah perubahan urutan
mempengaruhi fenotipe. Mungkin sangat sedikit dari polimorfisme situs
pembatasan dalam genom yang benar-benar mempengaruhi fenotipe. Sebagian
besar melibatkan perubahan urutan yang tidak berpengaruh pada produksi
protein (misalnya karena mereka berada di antara gen). Perbedaan dalam peta
pembatasan antara dua individu disebut polimorfisme fragmen panjang fragmen
(RFLP). Pada dasarnya, RFLP adalah SNP yang terletak di situs target untuk
enzim restriksi. Ini dapat digunakan sebagai penanda genetik dengan cara yang
persis sama seperti penanda lainnya. Alih-alih memeriksa beberapa ciri
fenotipe, kita langsung menilai genotipe, seperti yang diungkapkan oleh peta
pembatasan. GAMBAR 4.2 menunjukkan silsilah polimorfisme pembatasan
yang diikuti tiga generasi. Ini menampilkan segregasi Mendelian pada tingkat
fragmen penanda DNA.

RFLP dan SNPs Bisa Digunakan untuk Pemetaan Genetika

Konsep kunci
• RFLP dan SNPs dapat menjadi dasar untuk peta linkage
dan berguna untuk membangun keturunan orang tua
hubungan.
Frekuensi rekombinasi dapat diukur antara penanda pembatasan dan penanda
fenotipik yang terlihat, seperti yang digambarkan pada Gambar 4.3. Dengan
demikian peta genetik dapat mencakup penanda genotipik dan fenotipik.
Penanda pembatasan tidak terbatas pada perubahan genom yang mempengaruhi
fenotipe; Akibatnya, mereka memberikan dasar untuk teknik yang sangat kuat
untuk mengidentifikasi lokus genetik pada tingkat molekuler. Masalah khas
menyangkut mutasi dengan efek yang diketahui pada fenotipe, di mana lokus
genetik yang relevan dapat ditempatkan pada peta genetik, namun untuk itu kita
tidak memiliki pengetahuan tentang gen atau protein yang sesuai. Banyak
penyakit manusia yang merusak atau fatal termasuk dalam kategori ini.
Misalnya, cystic fibrosis menunjukkan pewarisan Mendelian, namun sifat
molekuler dari fungsi mutan tidak diketahui sampai dapat diidentifikasi sebagai
hasil karakterisasi gen tersebut.
Jika polimorfisme pembatasan terjadi secara acak pada genom, beberapa harus
terjadi di dekat gen target tertentu. Kita dapat mengidentifikasi penanda
pembatasan tersebut berdasarkan hubungan ketat mereka
usia ke fenotipe mutan Jika kita membandingkan peta pembatasan DNA dari
pasien yang menderita penyakit dengan DNA orang sehat, kita mungkin
menemukan bahwa situs restriksi tertentu selalu ada (atau selalu tidak ada) dari
pasien. Contoh Ahypothetical ditunjukkan pada GAMBAR 4.4. Situasi ini
sesuai untuk menemukan keterkaitan 100% antara penanda pembatasan dan
fenotipe. Ini akan menyiratkan bahwa tanda-tanda pembatasan begitu dekat
dengan gen mutan sehingga tidak pernah terpisah darinya dengan rekombinasi.
Identifikasi penanda tersebut memiliki dua konsekuensi penting: • Ini mungkin
menawarkan prosedur diagnostik untuk mendeteksi penyakit ini. Beberapa
penyakit manusia yang secara genetis ditandai dengan baik namun tidak
didefinisikan secara molekuler tidak dapat dengan mudah didiagnosis. Jika
penanda pembatasan dapat dikaitkan secara andal dengan fenotipe, maka
kehadirannya dapat digunakan untuk mendiagnosis penyakit ini. • Hal ini dapat
menyebabkan pengisolasian gen. Penanda pembatasan harus relatif

dekat gen pada peta genetik jika Dua lokus jarang atau tidak pernah bergabung
kembali. "Relatif dekat "secara genetis bisa jadi a jarak substansial dalam hal
pasangan basa DNA; Meskipun demikian, ini memberi permulaan titik dimana
kita bisa melanjutkan sepanjang DNA ke gen itu sendiri. Sering terjadinya SNP
dalam genom manusia membuat mereka berguna untuk pemetaan genetik. Dari
SNP 1,5 x 106 yang telah diidentifikasi, rata-rata ada SNP setiap 1 sampai 2 kb.
Ini harus memungkinkan lokalisasi gen penyakit yang cepat dengan
menemukan mereka di antara SNP terdekat. Dengan prinsip yang sama,
pemetaan RFLP telah digunakan untuk beberapa lama. Begitu RFLP ditugaskan
ke kelompok keterkaitan, itu bisa ditempatkan pada peta genetik. Pemetaan
RFLP pada manusia dan tikus telah menyebabkan pembangunan peta
keterkaitan untuk kedua genom tersebut. Situs yang tidak dikenal dapat diuji
untuk keterkaitan ke situs ini, dan dengan cara ini dapat dengan cepat
ditempatkan di peta. Ada lebih sedikit RFLP daripada SNP; Dengan demikian
resolusi peta RFLP pada prinsipnya lebih terbatas. Frekuensi polimorfisme
berarti setiap individu memiliki rasi unik SNP atau RFLP. Kombinasi situs yang
ditemukan di wilayah tertentu disebut haplotype, genotip dalam miniatur.
Haplotipe awalnya diperkenalkan sebagai konsep untuk menggambarkan
konstitusi genetik mayor
lokus histokompatibilitas, daerah yang menentukan protein penting dalam
sistem kekebalan tubuh (lihat Bab 23, Keanekaragaman Kekebalan Tubuh).
Konsep kini telah diperluas untuk menggambarkan yang khusus kombinasi alel
atau situs restriksi (atau penanda genetik lainnya) ada di beberapa didefinisikan
daerah genom. Menggunakan SNPs, a peta haplotipe detail genom manusia
telah dibuat; Hal ini memungkinkan penyebab penyakit gen yang akan
dipetakan lebih mudah. Adanya RFLPs memberikan dasar untuk sebuah teknik
untuk membangun orang tua yang tidak pasti- hubungan progeni Dalam kasus
yang mana Orangtua diragukan, perbandingan RFLP peta di daerah kromosom
yang sesuai antara calon orang tua dan anak memungkinkan mutlak penugasan
hubungan Penggunaan DNA analisis pembatasan untuk mengidentifikasi
individu memiliki Telah disebut DNA fingerprinting. Analisis dari Terutama
urutan "minisatelit" variabel digunakan dalam pemetaan genom manusia (lihat
Bagian 6.14, Minisatellites Berguna untuk Genetik Pemetaan).

Mengapa Genom?
Begitu besar
Konsep kunci
• Tidak ada korelasi yang baik antara ukuran genom
dan kompleksitas genetik.
• Ada peningkatan ukuran genom minimum
diperlukan untuk membuat organisme meningkat
kompleksitas.
• Ada variasi besar dalam ukuran genom
organisme dalam banyak filum.
Jumlah total DNA dalam (haploid)
Genom adalah ciri khas masing-masing spesies hidup
dikenal sebagai nilai C-nya. Ada variasi yang sangat besar
dalam kisaran nilai C, dari <106 bp untuk
sebuah mycoplasma untuk> lOll bp untuk beberapa tanaman dan
amfibi
GAMBAR 4 5 merangkum rentang nilai C
ditemukan dalam filum evolusioner yang berbeda. Sana
adalah peningkatan ukuran genom minimum yang ditemukan
di setiap kelompok seiring kompleksitas meningkat. Sebagai
Jumlah absolut peningkatan DNA semakin tinggi
eukariota, meskipun, kita melihat beberapa variasi yang luas
dalam ukuran genom dalam beberapa filum.
Merencanakan jumlah minimal DNA
Diperlukan untuk anggota masing-masing kelompok
dalam GAMBAR 4.6 bahwa peningkatan ukuran genom adalah
Diperlukan untuk membuat prokariota yang lebih kompleks
dan eukariota rendah.

Mycoplasma adalah prokariota terkecil

dan hanya memiliki genom - 3x ukurannya besar
bakteriofag. Bakteri dimulai pada -2 x 106 bp. Unicellular
eukariota (yang gaya hidupnya mungkin mirip
yang prokariotik) mendapatkan dengan genom itu
adalah smalL juga, meskipun mereka lebih besar dari
bakteri itu. Menjadi eukariotik per se

tidak menyiratkan peningkatan besar dalam ukuran genom; ragi mungkin

memiliki ukuran genom -1,3 x 107 bp, yang hanya sekitar dua kali ukuran
genom bakteri rata-rata. Kenaikan dua kali lebih lanjut dalam ukuran genom
cukup memadai untuk mendukung cetakan lendir Dictyostelium discoideum,
yang mampu hidup dalam mode uniseluler atau multiselular. Peningkatan
kompleksitas lainnya diperlukan untuk menghasilkan organisme multiselular
pertama; cacing nematoda Caenorhabditis elegans memiliki kandungan DNA 8
x 107 bp. Kita juga dapat melihat peningkatan mantap dalam ukuran genom
dengan kompleksitas dalam daftar di GAMBAR 4.7 dari beberapa organisme
yang paling banyak dianalisis. Perlu untuk meningkatkan ukuran genom agar
bisa membuat serangga, burung atau amfibi, dan mamalia. Setelah titik ini,
meskipun, tidak ada hubungan yang baik antara ukuran genom dan
kompleksitas morfologi organisme. Kita tahu bahwa gen jauh lebih besar
daripada urutan yang dibutuhkan untuk kode protein, karena ekson (daerah
pengkodean) hanya terdiri dari sebagian kecil dari total panjang gen. Ini
menjelaskan mengapa ada lebih banyak DNA daripada yang diperlukan untuk
menyediakan bingkai bacaan untuk semua protein organisme. Sebagian besar
gen terputus mungkin tidak peduli dengan pengkodean protein. Selain itu, ada
juga kemungkinan DNA panjang yang signifikan antara gen. Jadi tidak
mungkin untuk menyimpulkan dari keseluruhan ukuran genom apapun tentang
jumlah gen.

Paradigma C-value mengacu pada kurangnya korelasi antara ukuran genom dan
kompleksitas genetik. Ada beberapa variasi yang sangat aneh dalam ukuran
genom relatif. Katak Xenopus dan manusia memiliki genom pada dasarnya
ukurannya sama. Kita berasumsi, manusia itu lebih kompleks dalam hal
pengembangan genetika! Dalam beberapa filum ada variasi yang sangat besar
dalam kandungan DNA antara organisme yang tidak banyak berbeda dalam
kompleksitasnya (lihat Gambar 4.5). (Ini terutama ditandai pada serangga,
amfibi, dan tumbuhan, namun tidak terjadi pada burung, reptil, dan mamalia,
yang semuanya menunjukkan sedikit variasi dalam kelompok ini, dengan
kisaran ukuran genom -2x.) Kriket memiliki genom llx ukuran lalat buah. Pada
amfibi, genom terkecil adalah <109 bp, sedangkan yang terbesar adalah -lOll
bp. Tidak mungkin ada perbedaan besar dalam jumlah gen yang dibutuhkan
untuk menentukan amfibi ini. Tidak dipahami mengapa seleksi alam
memungkinkan variasi ini dan apakah ia memiliki konsekuensi evolusioner.

Genom eukariotik
Mengandung keduanya
Tidak berulang dan
DNA berulang
Urutan
Konsep kunci
•
Kinetika reassociation DNA setelah genom telah didenaturasi
membedakan urutan dengan frekuensi pengulangan mereka dalam genom.
•
Gen umumnya dikodekan oleh urutan di
DNA tidak terulang.
•
Genom yang lebih besar dalam filum tidak mengandung
lebih banyak gen, namun memiliki sejumlah besar repetitif
DNA.
•
Sebagian besar DNA berulang bisa terbentuk
transposon.
Sifat umum genom eukariotik dapat dinilai oleh kinetika reassociation
DNA yang didenaturasi. Teknik ini digunakan secara luas sebelum
sekuensing DNA berskala besar menjadi mungkin.
Kinetika reasosiasi mengidentifikasi dua jenis umum urutan genomik:
•
DNA yang tidak terulang terdiri dari sekuens yang unik: hanya ada satu
salinan dalam genom haploid.
•
DNA berulang menggambarkan urutan yang ada di lebih dari satu salinan
di setiap genom.
Repetitif DNA sering dibagi menjadi dua tipe umum:
•a.DNA yang sedang berulang-ulang terdiri dari sekuen yang relatif singkat
yang diulang biasanya 10-1000x di

genom Urutan tersebut tersebar di seluruh genom dan bertanggung jawab atas
tingkat tinggi pembentukan struktur sekunder pada pre-mRNA, ketika (terbalik)
berulang pada pasangan intron untuk membentuk daerah dupleks. •

b. DNA yang sangat berulang terdiri dari sekuens yang sangat pendek (biasanya
<100 bp) yang hadir ribuan kali dalam genom, sering diorganisir sebagai
pengulangan tandem yang panjang (lihat Bagian 6.11,

DNA Satelit yang Sering Dikandung dalam Heterochromatin). Kelas tidak

mewakili protein.

Proporsi genom yang ditempati oleh DNA nonrepetitif sangat bervariasi.

GAMBAR 4.8 meringkas organisasi genom beberapa organisme representatif.
Prokariota hanya berisi DNA yang tidak diulang. Untuk eukariota rendah,
sebagian besar DNA tidak berulang; <20% terbagi menjadi satu atau beberapa
komponen berulang-ulang. Pada sel hewan, sampai setengah dari DNA sering
ditempati oleh komponen moderat dan sangat berulang. Pada tanaman dan
amfibi, komponen moderat dan sangat berulang-ulang dapat menyebabkan
hingga 80% genom, sehingga DNA yang tidak berulang dikurangi menjadi
komponen minoritas.

Bagian penting dari DNA yang berulang-ulang ini terdiri dari transposon,
rangkaian DNA pendek (-1 kb) yang memiliki kemampuan untuk pindah ke
lokasi baru di genom dan / atau membuat salinan tambahan dari dirinya sendiri
(lihat Bab 21, Transposon, dan Bab 22, Retrovirus dan Retroposon). Pada
beberapa genom eukariotik yang lebih tinggi, mereka bahkan bisa menempati
lebih dari separuh genom (lihat Bagian 5.5, Genom Manusia Memiliki Gen
yang Lebih Sedikit dari yang Diharapkan). Transposon kadang-kadang
dipandang sepatutnya konsep DNA egois, yang didefinisikan sebagai rangkaian
yang menyebarkan dirinya ke dalam genom tanpa berkontribusi terhadap
perkembangan organisme. Transposon dapat mensponsori penataan ulang
genom, dan ini bisa memberi keuntungan selektif. Akan tetapi, adil untuk
mengatakan bahwa kita tidak benar-benar mengerti mengapa kekuatan selektif
tidak bertindak melawan transposon menjadi proporsi genom yang begitu besar.
Istilah lain yang digunakan untuk menggambarkan kelebihan DNA adalah
junkDNA, yang berarti urutan genomik tanpa fungsi yang jelas. Tentu saja, ada
kemungkinan keseimbangan genom antara generasi urutan baru dan
penghapusan urutan yang tidak diinginkan, dan beberapa proporsi DNA yang
tampaknya tidak memiliki fungsi mungkin dalam proses dieliminasi.

Panjang komponen DNA yang tidak dapat diulang cenderung meningkat

dengan ukuran genom keseluruhan saat kita melanjutkan ke ukuran
genom total -3x 109 (karakteristik mamalia). Namun, peningkatan ukuran
genom lebih lanjut, secara umum, mencerminkan peningkatan jumlah dan
proporsi komponen berulang, sehingga jarang organisme memiliki komponen
DNA yang tidak dapat diulang> 2 x 109. Isi DNA genom yang tidak dapat
diperbaiki sesuai dengan kebutuhannya. dengan rasa kompleksitas organisme
yang relatif. E. coli memiliki 4,2 x 106 bp, C. elegans meningkatkan urutan
besarnya. sampai 6,6 x 107 bp, D. melanogaster meningkat lebih lanjut ke -108
bp, dan mamalia meningkatkan urutan lain sebesar -2 x 109 bp.
Jenis DNA apa yang sesuai dengan gen proteincoding? Kinetika reasosiasi
biasanya menunjukkan bahwa mRNA berasal dari DNA yang tidak
diulang. Oleh karena itu, jumlah DNA yang tidak dapat diulang
merupakan indikasi yang lebih baik daripada total DNA dari potensi
pengkodean. (Namun, analisis yang lebih rinci berdasarkan urutan
genomik menunjukkan bahwa banyak ekson memiliki urutan terkait pada
ekson lainnya [lihat Bagian 3.5, Urutan Exon Dikonservasi tapi Introns Vary].
Ekson semacam itu berevolusi.

oleh duplikasi untuk memberikan salinan yang awalnya identik, namun

kemudian menyimpang secara berurutan selama evolusi.)

Gen Dapat Terisolasi oleh Konservasi Ekon Konsep kunci • Konservasi ekson
dapat digunakan sebagai dasar untuk mengidentifikasi daerah pengkodean
dengan mengidentifikasi fragmen yang rangkaiannya ada pada banyak
organisme. Beberapa pendekatan utama untuk mengidentifikasi gen didasarkan
pada kontras antara konservasi ekson dan variasi intron. Di wilayah yang
mengandung gen yang fungsinya telah dilestarikan di antara rentang spesies,
urutan yang mewakili protein harus memiliki dua sifat khas: • Harus memiliki
bingkai baca yang terbuka, • dan kemungkinan memiliki urutan terkait pada
spesies lain. Fitur ini bisa digunakan untuk mengisolasi gen. Misalkan kita
mengetahui dengan data genetik bahwa sifat genetik tertentu berada di daerah
kromosom tertentu. Jika kita kekurangan pengetahuan tentang sifat produk gen,
bagaimana kita mengidentifikasi gen di wilayah yang mungkin, misalnya,> 1
Mb? Pendekatan heroik yang telah terbukti berhasil dengan beberapa gen
penting medis adalah memetakan fragmen yang relatif pendek dari wilayah
tersebut untuk dua sifat yang diharapkan dari gen yang dilestarikan. Pertama,
kita berusaha untuk mengidentifikasi fragmen yang menyatukan silang dengan
genom spesies lain, lalu kita memeriksa fragmen ini untuk bacaan terbuka.
Kriteria pertama diterapkan dengan melakukan blot kebun binatang. Kami
menggunakan fragmen pendek dari daerah sebagai (radioaktif) probe untuk
menguji DNA terkait dari berbagai spesies oleh Southern blotting. Jika kita
menemukan fragmen hibridisasi pada beberapa spesies yang terkait dengan
probe - probe biasanya manusia - probe menjadi kandidat untuk ekson gen.
Kandidat diurutkan, dan jika mengandung bingkai bacaan terbuka, mereka
terbiasa mengisolasi daerah genomik di sekitarnya. Jika ini tampak sebagai
bagian dari ekson, kita kemudian dapat menggunakannya untuk
mengidentifikasi keseluruhan gen, untuk mengisolasi cDNA atau mRNA yang
sesuai, dan akhirnya mengidentifikasi proteinnya.

Pendekatan ini sangat penting bila gen target menyebar karena memiliki banyak

intron besar. Hal ini terbukti terjadi pada Duchenne muscular dystrophy
(DMD), kelainan degeneratif otot yang terkait X dan mempengaruhi 1 dari
3.500 kelahiran manusia laki-laki. Langkah-langkah dalam mengidentifikasi
gen dirangkum dalam GAMBAR 4.9. Analisis keterkaitan menempatkan lokus
DMD pada pita kromosom Xp21. Penderita penyakit ini seringkali memiliki
penataan ulang kromosom yang melibatkan band ini. Dengan membandingkan
kemampuan probe DNA terkait-X untuk berhibridisasi dengan DNA dari pasien
dengan DNA normal, fragmen kloning diperoleh yang sesuai dengan daerah
yang ditata ulang atau dihapus pada DNA pasien. Begitu beberapa DNA di
sekitar gen target telah diperoleh, adalah mungkin untuk "berjalan" sepanjang
kromosom sampai gennya tercapai. Jalan kromosom digunakan untuk
membangun peta pembatasan wilayah di kedua sisi probe, yang meliputi
wilayah
dari> 100 kb Analisis DNA dari serangkaian pasien mengidentifikasi delesi
besar di wilayah ini yang diperluas ke kedua arah. Penghapusan paling banyak
adalah salah satu yang terkandung sepenuhnya di dalam wilayah ini, karena ini
menggambarkan segmen yang harus penting dalam fungsi gen dan
menunjukkan bahwa gen - atau setidaknya sebagian darinya - terletak di
wilayah ini. Setelah sekarang masuk ke wilayah gen, kita perlu mengidentifikasi
ekson dan intronnya. Pisau kebun binatang mengidentifikasi fragmen yang
disandingkan dengan kromosom mouse X dan DNA mamalia lainnya. Seperti
yang dirangkum dalam GAMBAR 4.10, ini diteliti secara terbuka

bingkai bacaan dan urutan khas persimpangan ekson-intron. Fragmen yang

memenuhi kriteria ini digunakan sebagai probe untuk mengidentifikasi
rangkaian homolog dalam perpustakaan cDNA yang dibuat dari mRNA otot.
CDNA yang sesuai dengan gen tersebut mengidentifikasi mRNA yang luar
biasa besar kira-kira 14 kb. Hibridisasi kembali ke genom menunjukkan bahwa
mRNA diwakili dalam> 60 ekson, yang tersebar di atas -2000 kb DNA. Hal ini
membuat DMD gen terpanjang diidentifikasi. Kode gen untuk protein -500 kD
disebut dystrophin, yang merupakan komponen otot dan hadir dalam jumlah
yang agak rendah. Semua pasien dengan penyakit ini memiliki delesi pada lokus
dan kekurangan (atau cacat) distrofin ini. Otot juga memiliki perbedaan
memiliki protein, titin terbesar, dengan hampir 27.000 asam amino. Gennya
memiliki jumlah ekson terbanyak (178) dan ekson tunggal terlama dalam
genom manusia (17.000 bp). Teknik lain yang memungkinkan fragmen
genomik dipindai dengan cepat karena ekson disebut penjepretan exon.
GAMBAR 4.11 menunjukkan bahwa ia dimulai dengan sebuah vektor yang
berisi promotor yang kuat dan memiliki intron tunggal di antara dua ekson.
Ketika vektor ini ditransfeksi ke dalam sel, transkripsinya menghasilkan
sejumlah besar RNA yang berisi sekuens dari dua ekson tersebut. Situs restriksi
pembatasan terletak di dalam intron dan digunakan untuk memasukkan fragmen
genom dari wilayah yang diminati. Jika fragmen tidak mengandung ekson, tidak
ada perubahan dalam pola splicing, dan RNA hanya berisi urutan yang sama
dengan vektor orang tua. Jika fragmen genomik mengandung ekson yang diapit
oleh dua urutan intron parsial, namun, situs splicing di kedua sisi ekson ini
dikenali dan urutan ekson dimasukkan ke dalam RNA di antara dua ekson
vektor. Hal ini dapat dideteksi dengan mudah dengan membalikkan transkripsi
RNA sitoplasma ke dalam cDNA dan menggunakan peR untuk memperkuat
urutan antara dua ekson vektor. Jadi, penampilan dalam populasi urutan yang
diperkuat dari fragmen genom menunjukkan bahwa ekson telah terjebak.
Karena intron biasanya besar dan ekson kecil pada sel hewan, ada kemungkinan
besar bahwa sepotong acak DNA genom akan mengandung struktur ekson yang
dibutuhkan yang dikelilingi oleh intron parsial. Sebenarnya, penjebakan ekson
dapat meniru kejadian yang terjadi secara alami selama evolusi gen (lihat
Bagian 3.8, Bagaimana Gen yang Terinterupsi Berevolusi?).

Konservasi dari Organisasi Genom Membantu Mengidentifikasi Gen Konsep

kunci • Algoritma untuk mengidentifikasi gen tidak sempurna dan banyak
koreksi harus dilakukan pada awalnya kumpulan data • Pseudogen harus
dibedakan dari aktif gen. • Hubungan sinode sangat luas mouse dan genom
manusia, dan paling aktif gen berada di daerah sintenik. Begitu kita
mengumpulkan urutan genom, kita masih harus mengidentifikasi gen di
dalamnya. Urutan pengkodean merupakan fraksi yang sangat kecil. Exons dapat
diidentifikasi sebagai frame pembacaan terbuka tanpa terganggu yang diapit
oleh urutan yang tepat. Kriteria apa yang perlu dipuaskan untuk
mengidentifikasi gen aktif dari rangkaian jalan tol? FlGURE 4.12 menunjukkan
bahwa gen aktif harus terdiri dari serangkaian ekson yang ekson pertama segera
mengikuti promotor, ekson internal diapit oleh persambungan splicing yang
tepat, ekson terakhir diikuti oleh 3 'sinyal pemrosesan, dan satu pembacaan
terbuka tunggal. bingkai dimulai dengan kodon inisiasi dan diakhiri dengan
kodon penghentian dapat disimpulkan dengan menggabungkan ekson. Ekson
internal dapat diidentifikasi sebagai bingkai bacaan terbuka yang diapit oleh
persimpangan splicing. Dalam kasus yang paling sederhana, ekson pertama dan
terakhir mengandung awal dan akhir wilayah pengkodean, masing-masing (dan
juga 5 dan 3 'wilayah yang tidak diterjemahkan). Dalam kasus yang lebih
kompleks, ekson pertama atau terakhir mungkin hanya memiliki daerah yang
tidak diterjemahkan dan oleh karena itu lebih sulit dikenali. Algoritma yang
digunakan untuk menghubungkan ekson tidak sepenuhnya efektif bila genom
sangat besar dan ekson dapat dipisahkan dengan jarak yang sangat jauh.
Misalnya, analisis awal genom manusia dipetakan

170.000 ekson menjadi 32.000 gen. Ini tidak mungkin benar karena
memberikan rata-rata 5,3 ekson per gen, sedangkan rata-rata gen individu yang
telah dicirikan sepenuhnya adalah 10.2. Entah kita telah melewatkan banyak
ekson, atau mereka harus terhubung secara berbeda ke sejumlah gen yang lebih
kecil dalam keseluruhan rangkaian genom. Bahkan ketika pengorganisasian gen
diidentifikasi dengan benar, ada masalah untuk membedakan gen aktif dari
pseudogen. Banyak pseudogen dapat dikenali oleh cacat yang jelas dalam
bentuk mutasi ganda yang menciptakan urutan pengkodean yang tidak aktif.
Pseudogen yang telah muncul baru-baru ini belum menumpuk begitu banyak
mutasi sehingga bisa jadi lebih sulit dikenali. Dalam contoh ekstrim, mouse
hanya memiliki satu gen Gapdh aktif (pengkodean gliseraldehida fosfat
dehidrogenase), namun memiliki -400 pseudogen. Sekitar 100 dari pseudogen
ini pada awalnya tampak aktif dalam urutan genom tikus, dan pemeriksaan
individual diperlukan untuk menyingkirkan gen Jist dari gen aktif. Keyakinan
bahwa gen aktif dapat ditingkatkan dengan membandingkan daerah genom
spesies yang berbeda. Telah ada keseluruhan keseluruhan reorganisasi urutan
antara genom tikus dan manusia, seperti yang terlihat pada fakta sederhana
bahwa ada 23 kromosom pada genom haploid manusia dan 20 kromosom pada
genom haploid mouse. Namun, pada tingkat lokal urutan gen umumnya sama:
Ketika pasangan homolog manusia dan tikus dibandingkan, gen yang terletak di
kedua sisi juga cenderung homolog. Hubungan ini disebut sinteny. GAMBAR
4.13 menunjukkan hubungan antara kromosom tikus 1 dan kumpulan
kromosom manusia. Kita bisa mengenali 21 segmen dalam kromosom mouse
ini yang memiliki pasangan syntenic pada kromosom manusia. Tingkat
reshuffle yang terjadi antara genom ditunjukkan oleh fakta bahwa segmen
tersebut tersebar di antara enam kromosom manusia yang berbeda. Jenis
hubungan yang sama ditemukan pada semua kromosom mouse kecuali
kromosom X, yang hanya disimulasikan dengan Xchromosome manusia. Hal
ini dijelaskan oleh fakta bahwa Xis adalah kasus khusus, dengan kompensasi
dosis untuk menyesuaikan perbedaan antara laki-laki (satu salinan) dan
perempuan (dua salinan) (lihat Bagian 31.5, Kromosom X yang Melewati
Perubahan Global). Ini mungkin menerapkan tekanan selektif terhadap
translokasi gen ke dan dari kromosom X.

Perbandingan urutan genom dan gen manusia menunjukkan bahwa> 90% dari
masing-masing genom terletak pada blok sinode yang memiliki ukuran luas
(dari 300 kb sampai 65 Mb). Ada total 342 segmen syntenic, dengan panjang
rata-rata 7 Mb (0,3% dari genom). Persentase ninetin tikus dari gen tikus
memiliki homolog dalam genom manusia; untuk 96% homolog berada di daerah
sinode.
Membandingkan genom memberikan informasi menarik tentang evolusi
spesies.
Jumlah keluarga gen pada tikus dan genom manusia sama, dan perbedaan utama
antara spesies tersebut adalah ekspansi diferensial keluarga tertentu di salah satu
genom. Hal ini terutama terlihat pada gen yang mempengaruhi fitur fenotipik
yang unik untuk spesies ini. Dari 25 keluarga yang ukurannya telah diperluas
pada tikus, 14 mengandung gen yang secara khusus terlibat dalam reproduksi
hewan pengerat, dan 5 mengandung gen yang spesifik untuk sistem kekebalan
tubuh. Sebuah validasi pentingnya blok syntenic berasal dari perbandingan
berpasangan dari gen di dalamnya. Mencari kemungkinan pseudogen
berdasarkan perbandingan urutan, gen yang tidak berada dalam lokasi sinelik
(konteksnya berbeda pada dua spesies) dua kali lebih mungkin menjadi
pseudogene. Dengan kata lain, translokasi dari lokus asli cenderung dikaitkan
dengan penciptaan pseudogen. Kurangnya gen terkait dalam posisi sinelik oleh
karena itu alasan untuk menduga bahwa gen yang nyata mungkin benar-benar
sebuah pseudogene. Secara keseluruhan,> 10% gen yang pada awalnya
diidentifikasi dengan analisis genom cenderung berubah menjadi pseudogen.
Sebagai aturan umum, perbandingan antara genom menambah secara signifikan
keefektifan prediksi gen. Bila fitur urutan yang menunjukkan gen aktif
dilestarikan - misalnya, antara Manusia dan tikus - ada kemungkinan meningkat
bahwa mereka mengidentifikasi homolog aktif. Mengidentifikasi gen
pengkodean untuk RNA lebih sulit karena kita tidak dapat menggunakan
kriteria dari bingkai bacaan yang terbuka. Juga benar bahwa analisis genom
komparatif meningkatkan ketelitian analisis. Sebagai contoh, analisis genom
manusia atau gen tikus sendiri mengidentifikasi -500 gen yang mengkodekan
tRNA, namun perbandingan fitur menunjukkan bahwa <350 dari gen ini
sebenarnya aktif dalam setiap genom.

Organel Memiliki DNA

Konsep kunci
•
Mitokondria dan kloroplas memiliki genom itu
tunjukkan pewarisan non-Mendel. Biasanya mereka
adalah warisan maternal.
•
Genom organel mungkin mengalami somatik
segregasi pada tanaman
•
Perbandingan DNA mitokondria menunjukkan hal itu
Manusia berasal dari satu betina yang
tinggal 200.000 tahun yang lalu di Afrika.
Bukti pertama adanya gen di luar nukleus diberikan oleh warisan nonMendelian
pada tanaman (diamati pada tahun-tahun awal abad ke-20, tepat setelah
penemuan kembali warisan Mendelian). Warisan non-Mendel terkadang
dikaitkan dengan fenomena segregasi somatik. Keduanya memiliki penyebab
serupa:
•
Warisan non-Mendel didefinisikan oleh kegagalan keturunan kawin untuk
menampilkan segregasi Mendelian untuk karakter orang tua. Ini mencerminkan
kurangnya hubungan antara karakter pemisahan dan gelendong meiotik.
•
Segmentasi somatik menggambarkan fenomena di mana karakter orang tua
memisahkan diri dalam sel somatik dan oleh karena itu menunjukkan
heterogenitas dalam organisme. Ini adalah fitur penting dari pengembangan
tanaman, karena ini mencerminkan kurangnya hubungan antara karakter
pemisahan dan poros mitosis.
Pewarisan non-Mendel dan pemisahan somatik oleh karena itu diambil untuk
menunjukkan adanya gen yang berada di luar nukleus dan tidak menggunakan
segregasi pada spindle meiosis dan mitosis untuk mendistribusikan replika ke
gamet atau sel anak perempuan. GAMBAR 4.14 menunjukkan bahwa hal ini
terjadi ketika mitokondria yang diwarisi dari orang tua laki-laki dan perempuan
memiliki alel yang berbeda, dan kebetulan sel perempuan menerima distribusi
mitokondria yang tidak seimbang yang hanya mewakili satu orang tua (lihat
Bagian 17.12, Bagaimana Mitokondria Bereplikasi dan Memisahkan?) .

Bentuk ekstrem warisan non-Mendel adalah pewarisan uniparental, yang terjadi

ketika genotip hanya satu orang tua diwariskan dan keturunan orang lain hilang
secara permanen. Dalam contoh yang kurang ekstrem, keturunan dari satu
genotipe orang tua melebihi genotipe lainnya. Biasanya itu adalah ibu yang
genotipnya lebih disukai (atau semata-mata) diwariskan. Efek ini terkadang
digambarkan sebagai warisan ibu. Yang penting adalah bahwa genotipe
disumbangkan oleh orang tua satu

jenis kelamin tertentu mendominasi, seperti terlihat pada rasio segregasi

abnormal saat sebuah salib dibuat antara jenis mutan dan liar. Hal ini berbeda
dengan perilaku genetika Mendelian, yang terjadi ketika persilangan timbal
balik menunjukkan kontribusi kedua orang tua untuk diwariskan secara sama.
Bias pada genotipe orang tua dibentuk pada atau segera setelah pembentukan
zigot. Ada berbagai kemungkinan penyebabnya. Sumbangan informasi ibu atau
ayah kepada organel zigot mungkin tidak sama; Dalam kasus yang paling
ekstrem, hanya satu orang tua yang menyumbang. Dalam kasus lain,
kontribusinya sama. namun informasi yang diberikan oleh salah satu orang tua
tidak bertahan. Kombinasi kedua efek itu mungkin dilakukan. Apapun
penyebabnya, representasi informasi yang tidak sama dari kedua orang tua itu
bertentangan dengan informasi genetik nuklir, yang berasal dari masing-masing
orang tua. Hasil pewarisan non-Mendel berasal dari mitochondria dan kloroplas
BAB 4 Isi Genom Genom DNA yang diwarisi secara independen dari gen
nuklir. Akibatnya, genom organel terdiri dari panjang DNA yang telah diserap
secara fisik dalam bagian sel yang ditentukan dan dikenai bentuk ekspresi dan
regulasi sendiri. Genom organel dapat mengkode beberapa atau semua RNA,
namun hanya mengkodekan beberapa protein yang dibutuhkan untuk
mengabadikan organel. Protein lainnya dikodekan dalam nukleus, diekspresikan
melalui aparatus sintetis protein sitoplasma, dan diimpor ke organel.

Gen yang tidak berada di dalam nukleus umumnya digambarkan sebagai gen
ekstranuklear; mereka ditranskripsi dan diterjemahkan ke dalam kompartemen
organel yang sama (mitokondria atau kloroplas) di tempat mereka berada.
Sebaliknya, gen nuklir diekspresikan melalui sintesis protein sitoplasma. (Istilah
warisan sitoplasma kadang-kadang digunakan untuk menggambarkan perilaku
gen dalam organel. Namun, kita tidak boleh menggunakan deskripsi ini, karena
penting untuk membedakan antara kejadian di sitosol umum dan organel
spesifik.) Hewan yang lebih tinggi menunjukkan warisan ibu, yang dapat
dijelaskan jika mitokondria disumbangkan seluruhnya oleh sel telur dan tidak
sama sekali oleh sperma. GAMBAR 4.15 menunjukkan bahwa sperma hanya
menyumbang salinan DNA nuklir. Dengan demikian gen mitokondria berasal
secara eksklusif dari ibu, dan pada laki-laki mereka dibuang setiap generasi.
Kondisi di organel berbeda dengan nukleus, dan DNA organel berkembang
pada tingkat yang berbeda. Jika pewarisan bersifat uniparental, tidak ada
rekombinasi antara genom parental. Sebenarnya, rekombinasi biasanya tidak
terjadi pada kasus dimana genom organel diwarisi dari kedua orang tua. Organel
DNA memiliki sistem replikasi yang berbeda dengan nukleus; Akibatnya,
tingkat kesalahan selama replikasi mungkin berbeda. DNA mitokondria
mengakumulasi mutasi lebih cepat daripada DNA nuklir pada mamalia, namun
pada tanaman akumulasi dalam mitokondria lebih lambat dari pada nukleus
(kloroplas adalah zat antara). Salah satu konsekuensi dari warisan ibu adalah
bahwa urutan DNA mitokondria lebih sensitif daripada DNA nuklir terhadap
pengurangan ukuran populasi pengembangbiakan. Perbandingan urutan DNA
mitokondria di berbagai populasi manusia memungkinkan sebuah pohon
evolusioner untuk dibangun. Perbedaan DNA mitokondria manusia mencakup
sekitar 0,57%. Sebuah pohon dapat dibangun di mana

varian mitokondria menyimpang dari leluhur umum (Afrika). Tingkat di mana

DNA mitokondria mamalia menumpuk mutasi adalah 2% sampai 4% per juta
tahun, yaitu> lOxfasterthantherateforglobin. Sucharate akan menghasilkan
perbedaan yang teramati selama periode evolusi 140.000 sampai 280.000 tahun.
Ini menyiratkan bahwa umat manusia berasal dari satu betina yang tinggal di
Afrika -200.000 tahun yang lalu.

Genom Organel Apakah

DNA melingkar itu kode
untuk Organelle Protein
Konsep kunci
•
Organel genom biasanya (tapi tidak selalu)
molekul DNA melingkar.
•
Organel genom kode untuk beberapa, tapi tidak semua,
protein yang ditemukan di organel.
Kebanyakan genom organel berbentuk molekul melingkar DNA dengan urutan
unik (dilambangkan mtDNA dalam mitokondria dan ctDNA dalam kloroplas).
Ada beberapa pengecualian yang DNA mitokondria adalah molekul linier; ini
umumnya terjadi pada eukariota rendah.
Biasanya ada beberapa salinan genom di organel individu. Ada beberapa
organel per sel, oleh karena itu ada banyak genom organel per sel. Meskipun
genom organel itu sendiri unik, namun ini merupakan urutan berulang yang
relatif terhadap urutan nuklir non-repetitif.
Genom kloroplas relatif besar, biasanya -140 kb pada tanaman yang lebih tinggi
dan <200 kb pada eukariota rendah. Ini sebanding dengan ukuran bakteriofag
besar, misalnya T4 pada -165 kb. Ada banyak salinan genom per organel,
biasanya 20 sampai 40 di tanaman yang lebih tinggi, dan banyak salinan organel
per sel, biasanya 20 sampai 40.
Genom mitokondria bervariasi dalam ukuran total lebih dari urutan besarnya.
Sel hewan memiliki genom mitokondria kecil sekitar 16,5 kb pada mamalia.
Ada beberapa ratus mitokondria per sel. Setiap mitokondria memiliki banyak
salinan D A. Jumlah total DNA mitokondria relatif terhadap nuklir Dr A kecil;
diperkirakan <1%.
Dalam ragi, genom mitokondria jauh lebih besar. Dalam Saccharomyces
cerevisiae, ukuran yang tepat bervariasi di antara strain yang berbeda namun
rata-rata -80 kb. Ada -22 mitokondria per sel, yang sesuai dengan -4 genom per
organel. Pada sel tumbuh, proporsi DNA mitokondria bisa setinggi 18%.

Tanaman menunjukkan variasi variasi ukuran DNA mitokondria yang sangat

luas, dengan minimum -100 kb. Ukuran genom membuatnya sulit diisolasi
secara utuh, namun pemetaan restriksi di beberapa tanaman menunjukkan
bahwa genom mitokondria biasanya merupakan rangkaian tunggal yang disusun
sebagai lingkaran. Dalam lingkaran ini ada rangkaian homolog pendek.
Rekombinasi antara unsur-unsur ini menghasilkan molekul melingkar
subgenomik yang lebih kecil yang hidup berdampingan dengan genom "master"
yang lengkap, contoh bagus dari kompleksitas tanaman mitokondria D As.
Dengan genom mitokondria yang diurutkan dari banyak organisme, sekarang
kita dapat melihat beberapa pola umum dalam representasi fungsi dalam DNA
mitokondria. GAMBAR 16 meringkas distribusi gen dalam genom mitokondria.
Jumlah gen pengkode protein agak kecil dan tidak berkorelasi dengan ukuran
genom. Mamal

mitokondria menggunakan genom 16 kb mereka untuk kode untuk 13 protein,

sedangkan mitokondria ragi menggunakan genom 60 sampai 80 kb mereka
untuk kode untuk sedikitnya delapan protein. Tanaman, yang memiliki genom
mitokondria jauh lebih besar, kode untuk lebih banyak protein. Intron
ditemukan pada sebagian besar genom mitokondria, walaupun tidak pada
genom mamalia kecil.
Dua rRNA utama selalu dikodekan oleh genom mitokondria. Jumlah tRNA
yang dikodekan oleh genom mitokondria bervariasi dari tidak ada yang
melengkapi (25 sampai 26 di mitokondria). Ini menjelaskan variasi pada
Gambar 4.16.
Bagian utama dari aktivitas pengkodean protein dikhususkan untuk komponen
rakitan kompleks pernafasan multisubunit I-IV. Banyak protein ribosom
dikodekan dalam genom mitokondria protista dan tumbuhan, namun hanya
sedikit atau sedikit yang tidak ada dalam genom jamur dan hewan. Ada gen
yang mengkodekan protein yang terlibat dalam impor genom mitokondria
protista.

Organisasi DNA Mitokondria Beragam

Konsep kunci
•
DNA mitokondria sel hewan sangat
kompak dan biasanya kode untuk 13 protein, 2
rRNA, dan 22 tRNA.
•
DNA mitokondria ragi adalah 5x lebih panjang dari mtDNA sel hewan karena
adanya intron yang panjang.
DNA mitokondria hewan sangat kompak. Ada banyak perbedaan dalam
organisasi gen terperinci yang ditemukan di filum hewan yang berbeda, namun
prinsip umum dipelihara dari pengkodean genom kecil untuk sejumlah fungsi
yang terbatas. Dalam genom mitokondria mamalia, organisasinya sangat
kompak. Tidak ada intron, beberapa gen benar-benar tumpang tindih, dan
hampir setiap pasangan basa bisa
•
• Gen-gen tRNA N04 \ C02 Daerah pengkodean ..... Menunjukkan arah gen, 5
sampai 3 'CO: sitokrom oksidase NO: NAOH dehidrogenase \ N04L N03'. C03
'-: .....-; ATPase 6 '.e -__...- ATPase 8
GAMBAR 4.17 DNA mitokondria manusia memiliki 22 gen tRNA, 2 gen
rRNA, dan 13 daerah pengkode protein. Empat belas dari 15 daerah pengkode
protein-coding atau rRNA ditranskrip ke arah yang sama. Empat belas gen
tRNA dinyatakan searah jarum jam dan 8 dibaca berlawanan arah jarum jam.
ditugaskan ke gen. Kecuali loop D, wilayah yang terkait dengan inisiasi
replikasi DNA, tidak lebih dari 87 dari 16.569 bp genom mitokondria manusia
dapat dianggap terbaring di daerah intercistronic.
Urutan nukleotida lengkap genom mitokondria pada sel hewan menunjukkan
homologi ekstensif dalam organisasi. Peta genom mitokondria manusia
dirangkum dalam GAMBAR 4.17. Ada 13 daerah pengkode protein. Semua
protein adalah komponen alat yang berhubungan dengan respirasi. Ini termasuk
sitokrom b, tiga subunit sitokrom oksidase, satu dari subunit ATPase, dan tujuh
subunit (atau protein terkait) NADH dehidrogenase.
Kelima perbedaan ukuran antara genom mitokondria S. cerevisiae (84 kb) dan
mamalia (16 kb) sendiri mengingatkan kita pada fakta bahwa pasti ada
perbedaan besar dalam organisasi genetik mereka meskipun ada fungsinya yang
sama. Jumlah produk yang disintesis secara endogen yang berkaitan dengan
fungsi enzim mitokondria tampak serupa. Apakah bahan genetik tambahan
dalam ragi mitokondria mewakili protein lain, mungkin berkaitan dengan
peraturan, atau apakah itu tidak terekspresikan?

Peta yang ditunjukkan pada GAMBAR 4.18 menyumbang produk RNA dan
protein utama dari mitokondria ragi. Fitur yang paling menonjol adalah dispersi
lokus pada peta. Dua lokus yang paling menonjol adalah gen gen yang terputus
(pengkodean sitokrom b) dan oxi3 (pengkodean subunit 1 sitokrom oksidase).
Bersama kedua gen ini hampir sepanjang genom mitokondria seluruh mamalia!
Banyak intron panjang dalam gen ini memiliki bingkai bacaan terbuka yang
terdaftar dengan ekson sebelumnya (lihat Bagian 27.5, Beberapa Kode I Introns
Kelompok untuk Endonuklease yang Mensponsori Mobilitas). Ini
menambahkan beberapa protein, semua disintesis dalam jumlah rendah, ke
pelengkap mitokondria ragi. Gen yang tersisa tidak terganggu. Mereka sesuai
dengan dua subunit oksidase sitokrom lainnya yang dikodekan oleh
mitokondria, ke subunit ATPase, dan (dalam kasus var1) ke protein ribosom
mitokondria. Jumlah total gen mitokondria ragi tidak mungkin melebihi -25.

Genom Kloroplas Kode untuk Banyak Protein dan RNA Konsep kunci • Genom
kloroplas bervariasi dalam ukuran, namun berukuran besar cukup untuk kode
untuk 50 sampai 100 protein dan juga rRNA dan tRNAs. Gen apa yang dibawa
oleh kloroplas? DNA kloroplas bervariasi antara 120 sampai 190 kb. Genom
kloroplas berurutan (> 10 secara total) memiliki 87 sampai 183 gen. GAMBAR
4.19 merangkum fungsi yang dikodekan oleh genom kloroplas pada tanaman
darat. Ada lebih banyak variasi genom ganggang kloroplas. Situasinya
umumnya mirip dengan mitokondria, kecuali gen lebih banyak yang terlibat.
Kode genom kloroplas untuk semua jenis rRNA dan tRNA dibutuhkan untuk
sintesis protein. Ribosom mencakup dua rRNA kecil di samping spesies utama.
Set tRNA mungkin mencakup semua gen yang diperlukan. Kode genom
kloroplas untuk -50 protein, termasuk protein polimerase RNA dan ribosom.
Sekali lagi, aturannya adalah gen organel ditranskripsi dan diterjemahkan oleh
peralatan organel. Sekitar setengah dari gen gen kloroplas untuk protein yang
terlibat dalam sintesis protein. Asal-usul endosimbiotik dari kloroplas
ditekankan oleh hubungan antara gen ini dan rekan-rekan mereka pada bakteri.
Organisasi gen rRNA pada khususnya berhubungan erat dengan
cyanobacterium, yang secara tepat menurunkan nenek moyang bersama antara
kloroplas dan bakteri.

Intron pada kloroplas terbagi menjadi dua kelas umum. Mereka yang
menggunakan gen tRNA biasanya (walaupun tidak pasti) berada di lingkaran
antikodon, seperti intron yang ditemukan pada gen tRNA ragi nuklir (lihat
Bagian 26.14, Penyambungan RRR Ragi Melibatkan Pemotongan dan
Penarikan kembali). Mereka yang gen pengkode protein menyerupai intron gen
mitokondria (lihat Bab 27, RNA Katalitik). Ini menempatkan peristiwa
endosimbiosis pada suatu waktu dalam evolusi sebelum pemisahan prokariota
dengan gen yang tidak terputus. Peran kloroplas adalah melakukan fotosintesis.
Banyak kode gen untuk protein kompleks yang terletak di membran tilakoid.
Konstitusi kompleks ini menunjukkan keseimbangan yang berbeda dari
kompleks mitokondria. Meskipun beberapa kompleks seperti kompleks
mitokondria memiliki beberapa subunit yang dikodekan oleh genom organel
dan beberapa oleh genom nuklir, kompleks kloroplas lainnya dikodekan
seluruhnya oleh satu genom.

Mitokondria berevolusi oleh endosimbiosis Bagaimana situasi berkembang di

mana organel mengandung informasi genetik untuk beberapa fungsinya,
sedangkan yang lain dikodekan di nukleus? GAMBAR 4.20 menunjukkan
model endosimbiosis untuk evolusi mitokondria, di mana sel primitif
menangkap bakteri yang menyediakan fungsi yang berevolusi menjadi
mitokondria dan kloroplas. Pada titik ini, protoorganelle pasti berisi semua gen
yang dibutuhkan untuk menentukan fungsinya. Homologi urutan menunjukkan
bahwa mitokondria dan kloroplas berkembang secara terpisah, dari garis
keturunan yang umum dengan eubakteri, dengan mitokondria yang berbagi asal
bakteri ungu dan kloroplas yang berbagi asal dengan cyanobacteria. Kerabat
terdekat mitokondria di antara bakteri adalah Rickettsia (agen penyebab tifus),
yang merupakan parasit intraselular obligat yang mungkin berasal dari bakteri
yang hidup bebas. Ini memperkuat gagasan bahwa mitokondria berasal dari
peristiwa endosimbiotik yang melibatkan nenek moyang yang juga umum
terjadi pada Rickettsia. Dua perubahan pasti terjadi saat bakteri tersebut
diintegrasikan ke dalam sel penerima dan berkembang menjadi mitokondria
(atau kloroplas). Organel memiliki gen jauh lebih sedikit daripada bakteri
independen dan memiliki los

Banyak fungsi gen yang diperlukan untuk kehidupan mandiri (seperti jalur
metabolisme). Mayoritas gen yang mengkodekan fungsi organel sebenarnya
berada di nukleus, sehingga gen ini pasti telah dipindahkan dari organel.
Transfer DNA antara organel dan nukleus telah terjadi selama periode
evolusioner dan masih berlanjut. Tingkat transfer dapat diukur secara langsung
dengan mengenalkan ke organel sebuah gen yang hanya berfungsi di nukleus,
misalnya karena mengandung intron nuklir, atau karena protein harus berfungsi
dalam sitosol. Dalam hal menyediakan bahan untuk evolusi, tingkat transfer dari
organel ke nukleus kira-kira setara dengan laju mutasi gen tunggal. DNA yang
dimasukkan ke dalam mitokondria dipindahkan ke nukleus pada tingkat 2 x 10-
5 per generasi. Percobaan untuk mengukur transfer ke arah sebaliknya, dari
nukleus ke mitokondria, menunjukkan bahwa tingkatnya jauh lebih rendah <10-
10. Kapan

gen resistensi antibiotik spesifik nuklir diperkenalkan ke dalam kloroplas,

pengalihannya ke nukleus dan ekspresi sukses dapat diikuti dengan pemilihan
bibit untuk ketahanan terhadap antibiotik. Ini menunjukkan bahwa transfer
terjadi pada tingkat 1 dari 16.000 bibit, atau 6 x 10-5.
Transfer gen dari organel ke nukleus memerlukan pergerakan fisik DNA, tentu
saja, namun ekspresi yang sukses juga memerlukan perubahan dalam urutan
pengkodean. Protein organ yang dikodekan oleh gen nuklir memiliki urutan
khusus yang memungkinkannya diimpor ke organel setelah disintesis dalam
sitoplasma (lihat Bagian 10.16, Penyisipan Membran Posttranslasional
Tergantung pada Urutan Pemimpin). Urutan ini tidak diperlukan oleh protein
yang disintesis dalam organel. Mungkin proses transfer gen yang efektif terjadi
pada periode ketika kompartemen kurang ditentukan secara kaku, sehingga
lebih mudah bagi DNA untuk direlokasi dan bagi protein untuk dimasukkan ke
dalam organel terlepas dari lokasi sintesis.
Peta filogenetik menunjukkan bahwa transfer gen telah terjadi secara
independen dalam banyak garis keturunan yang berbeda. Tampaknya transfer
gen mitokondria ke nukleus terjadi hanya pada awal evolusi sel hewani, namun
kemungkinan proses tersebut masih berlanjut di sel tumbuhan. Jumlah transfer
bisa besar; ada> 800 gen nuklir di Arabidopsis yang urutannya terkait dengan
gen di kloroplas tanaman lainnya. Gen ini adalah kandidat untuk evolusi dari
gen yang berasal dari kloroplas.

Ringkasan Urutan DNA yang menyusun genom eukariotik dapat

diklasifikasikan dalam tiga kelompok: • urutan yang tidak berulang adalah unik;
• Urutan yang cukup berulang tersebar dan diulang beberapa kali seperti yang
terkait dengan salinan yang tidak identik; • dan urutan yang sangat berulang
pendek dan biasanya diulang sebagai tandem array. Proporsi jenis urutan adalah
karakteristik untuk setiap genom, walaupun genom yang lebih besar cenderung
memiliki proporsi DNA non-DNA yang lebih kecil. Hampir 50% genom
manusia terdiri dari urutan berulang, sebagian besar sesuai dengan urutan
transposon. Sebagian besar gen struktural berada pada DNA yang tidak
diulang. Jumlah DNA yang tidak diulang merupakan cerminan yang lebih
baik dari kompleksitas organisme daripada ukuran genom total; jumlah
terbesar dari DNA yang tidak diulang adalah genom -2 X 109 bp. Warisan
non-Mendel dijelaskan dengan adanya DNA pada organel di sitoplasma.
Mitokondria dan kloroplas adalah sistem membran-bounded di mana beberapa
protein disintesis dalam organel, sementara yang lainnya diimpor. Genom
organel biasanya merupakan DNA melingkar yang mengkode semua RNA dan
beberapa protein yang dibutuhkan oleh organel. Genom mitokondria sangat
bervariasi dari genom mamalia minimal kb minimal 16 kb ke genom 570 kb
tanaman yang lebih tinggi. Genom yang lebih besar mungkin kode untuk fungsi
tambahan. Genom kloroplas berkisar antara 120-200 kb. Mereka yang telah
diurutkan memiliki fungsi organisasi dan pengkodean yang serupa. Di kedua
mitokondria dan kloroplas, banyak protein utama mengandung beberapa subunit
yang disintesis di organel dan beberapa subunit yang diimpor dari sitosol.
Penataan kembali terjadi pada DNA mitokondria yang agak sering terjadi pada
ragi, dan rekombinasi antara genom mitokondria atau antara genom kloroplas
telah ditemukan. Transfer DNA telah terjadi antara kloroplas atau mitokondria
dan genom nuklir.