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BC 108 – Biología Molecular

Agosto – Diciembre 2016
Dra. en Cs. Alma Rosa Villalobos Arámbula

The Replicon: Initiation of Replication

12.1 Introducción
Ya sea que una célula tenga un cromosoma (bacterias) o muchos crs (eucariotas)
todo el genoma se debe replicar una vez en cada división celular. Ya se revisó como
se vincula la replicación con el ciclo celular en el capítulo 11.

Se utilizan dos principios generales para comparar el estado de replicación con el

ciclo celular:
 La iniciación de la replicación obliga a la cél (procariótica o eucariótica) a una
división posterior. El número de descendientes está determinado por la
decisión de iniciar o no la replicación. La replicación se controla en la
iniciación. Una vez que la replicación ha comenzado, continúa hasta duplicar
el genoma completo.
 Si la replicación prosigue, no se puede permitir que ocurra la división
consiguiente hasta que la replicación haya sido completada. De hecho, la
conclusión de la replicación puede desencadenar la división celular. Despues
los genomas duplicados son segregados en cada célula hija. La unidad de
segregación es el cromosoma.

La unidad de DNA en la que tiene lugar un solo acto de replicación se denomina

replicón. Cada replicón “se activa” una sola vez en cada ciclo cel. El replicón se
define por poseer los sitios de control necesarios para la replicación. Tiene un
origen en el cual se inicia la replicación. Y puede tener un terminador en el cual se
detiene la replicación. Cualquier sec adherida a un origen o, en términos más
precisos, no separa de un origen por un terminador, se replica como parte de ese
replicón. El origen es un sitio de actuación en cis capaz de afectar sólo a la molécula
de DNA en la cual reside.

(La concepción original del replicón [en bacterias] lo visualizaba como una unidad
que poseía el origen y el gen que codifica la proteína reguladora. Sin embargo, en
la actualidad, en los crs eucarióticos, el término “replicón” se aplica en general para
describir una unidad de replicación que contiene un origen, las proteínas
reguladoras de actuación en trans pueden ser codificadas en cualquier parte).

Las bacterias y archea pueden tener información genética adicional en forma de

plásmidos. Un plásmido es un genoma autónomo de DNA circular que constituye
un replicón independiente. Cada fago o DNA de los virus también constituyen un
replicón, capaz de iniciar muchas veces durante el ciclo infectivo. Quizá una mejor
manera de considerar un “replicón procariótico”, por lo tanto sea invertir la definición:
cualquier molécula de DNA que contiene un origen puede ser replicada de forma
autónoma en la célula.
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En la replicación se observa una diferencia fundamental en la organización de los

genomas bacterianos, de archaeal y eucarióticos. El genoma de una bacteria tiene
un solo origen de la replicación y constituye un solo replicón; por lo tanto las
unidades de replicación y segregación coinciden. La iniciación de la replicación en
un origen único permite la replicación del genoma completo una vez en cada ciclo
celular. Cada bacteria haploide tiene típicamente un único cr, por lo que este tipo de
control de replicaciones de una sola copia. Otros procariotas como los archaea son
más complejos. Mientras que algunas especies de archaea tienen crs como las
bacterias con un solo origen de la replicación, otras inician en múltiples sitios en un
solo cr. Por ejemplo, el único cr circular de especies de Sulfolobus tiene tres
orígenes de la replicación y por tanto tres replicones. Esta complejidad es más fuerte
en eucariotas. Cada cr eucariótico (usualmente una larga molécula de DNA lineal)
contiene un gran número de replicones espaciados en el cr. La presencia de
múltiples replicones por cr lleva a otra dimensión el problema de control: todos los
replicones en un cr deben prenderse durante el ciclo celular. No necesariamente se
activan de manera simultánea. Cada replicón debe ser activado en un periodo
bastante prolongado y cada uno debe ser activado no más de una vez en cada ciclo
celular. Existen múltiples mecanismos para evitar la reiniciación prematura de la
replicación.

Alguna señal debe distinguir entre replicones replicados y no replicados para

garantizar que los replicones no se activen una segunda vez. Numerosos replicones
se activan de manera independiente, por lo que debe existir otra señal que indique
el momento en que se ha completado la replicación de todos los replicones.

En contraste con los crs nucleares, los cuales son controlados por una sola copia,
el DNA de las mitocondrias y de los cloroplastos pueden ser regulados más como
plásmidos que existen en copias múltiples por bacteria. Hay numerosas copias de
DNA de los organelos por célula y el control de su replicación debe relacionarse con
el ciclo celular.

12.12 Resumen
Los replicones bacterianos y eucarióticos tienen un rasgo único; la replicación se inicia
en un origen una vez en cada ciclo celular. El origen se localiza dentro del replicón,
típicamente la replicación es bidireccional con horquillas de replicación que parten del
origen en ambas direcciones. La replicación no termina en secs específicas, pero
continua hasta que las DNApols se encuentran en la mitad de un replicón circular o en
la unión de dos replicones lineales.

Un origen consiste de una sec discreta en la que inicia la replicación. El origen de la

replicación tiende a ser rico en AT. Un cr de eubacteria contiene un solo origen, el cual
es responsable de iniciar la replicación solo una vez en cada ciclo celular. El oriC en
E. coli es una sec de ~245 pb. Cualquier molécula de DNA con esta sec pueden
replicarse en E. coli. La replicación del cr bacteriano circular produce una estructura
de ɵ, en donde el DNA replicado inicia con un ojo de replicación. La replicación
continua hasta que el ojo ocupa el cr completo. El origen bacteriano contiene secs
metiladas en ambas cadenas de DNA. La replicación produce cadenas de DNA
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hemimetiladas en donde no funciona el origen. El retraso para metilar los orígenes

hemimetilados evitan la reiniciación.

Algunos sitios que son metilados por la metilasa Dam están presentes en el origen de
E. coli, incluyendo los sitios de unión 13-mers para DnaA. El origen permanece
hemimetilado ~10 minutos después de la iniciación de la replicación. Durante este
periodo se asocia a la membrana lo que reprime la iniciación de la replicación.

La activación del origen de la replicación involucra una desnaturalización inicial

limitada de la hélice dúplex, seguida del desenrrollamiento general para crear cadena
sencilla. Algunas proteínas actúan secuencialmente en el origen de E. coli. La
replicación se inicia en oriC en E. coli cuando la DnaA se une en una forma elongada
a una serie de repeticiones de 9-pb. Seguida de la unión a una serie de repeticiones
de 13-pb, donde se usa la hidrolisis del ATP para catalizar la transición a la forma
compacta para separar las cadenas de DNA. El complejo de pre-priming de DnaC-
DnaB desplaza a DnaA. DnaC se libera en una reacción que depende de hidrolisis de
ATP; DnaB se une a la enzima replicasa, y la replicación se inicia en las dos horquillas.

La disponibilidad de DnaA en el origen es un componente importante del sistema que

determina cuando se debe iniciar el ciclo de replicación. Después de la iniciación de
la replicación, la DnaA hidroliza ATP bajo el estímulo de la pinza β, generando una
forma inactiva de la proteína.

Un cr eucariótico se divide en numerosos replicones. La replicación ocurre en la

fase S del ciclo celular. No todos los replicones se activan simultáneamente, el
proceso puede tomar varias horas. La replicación eucariótica es más lenta que la
bacteriana. Cada replicón se activa una sola vez en cada ciclo. Los orígenes de la
replicación fueron aislados como secs ARS en levaduras por su habilidad para
replicar cualquier sec atada a ella. El núcleo de un ARS es una sec de 11 pb rica en
A-T reconocida por el complejo ORC, que permanece unido a este todo el ciclo
celular. La utilización del origen es controlado por los factores de competencia
(licensing factors) asociados a ORC y reclutados por la proteína helicasa MCM.

Después de la división celular, los núcleos de las células eucarióticas tienen un factor de
competencia indispensable para iniciar la replicación. Su destrucción después de iniciar
impide que ocurran nuevos ciclos de replicación en levaduras. El factor de competencia no
puede ser importado al interior del núcleo desde el citoplasma y puede ser reemplazado
sólo cuando la membrana nuclear se rompe durante la mitosis (o cuando se re-sintetiza y
se importa al núcleo durante G1 en levaduras donde la membrana nuclear nunca se rompe).

En las levaduras, el origen es reconocido por las proteínas ORC, las cuales permanecen
unidas durante el ciclo celular de las levaduras. Las proteínas Cdc6 y Cdt1 están disponibles
sólo en la fase S. En las levaduras se sintetiza en S y se degradan con rapidez. En las
células animales se sintetiza de manera continua, pero es exportada desde el núcleo
durante S. La presencia de Cdc6 y Cdt1 permite que las proteínas MCM se unan al origen.
Las MCM son indispensables para la iniciación (y en la elongación tienen actividad de
helicasa). La acción combinada de Cdc6, Cdt1 y MCM constituyen la función de
competencia.