Anda di halaman 1dari 6

Nama : Lutfiyani ayu a

Nim : 1041511106

“REVIEW BIOTEKNOLOGI DENGAN METODE PCR”

PCR merupakan suatu teknik biologi molekuler yang digunakan untuk


memperbanyak sekuens DNA spesifik hingga jutaan kali semula. Prinsip
kerja dari PCR adalah menggandakan segmen DNA tertentu dengan
memanfaatkan enzim sebagai penginisiasi replikasi. Bahan baku dalam
reaksi PCR yaitu reaction mixture. Reaction mixture merupakan suatu
campuran yang mengandung zat-zat pendukung berlangsungnya reaksi. PCR
dilakukan dengan bantuan mesin thermal cycler merupakan suatu mesin
yang dapat mengubah suhu sesuai dengan waku dan urutan yang telah
ditentukan. Mesin tersebut digunakan untuk mempermudah teknik PCR..
Hasil dari teknik PCR ialah jumlah untai DNA yang jumlahnya terus
bertambah pada tiap siklus sebanyak 2n, dengan n merupakan nomer siklus.
Komponen – komponen reaction mixture PCR yaitu :
1. DNA template, primer, DNA polimerase, buffer / dapar, dan dNTPS.
Pertama, DNA template. Fungsi DNA template di dalam proses PCR
adalah sebagai cetakan untuk pembentukan molekul DNA baru yang
sama. DNA template ini dapat berupa DNA kromosom larva udang yang
diisolasi.
2. segmen Primer yaitu suatu polimer asam nukleat pendek
(oligonukleotida) yang mempunyai urutan nukleotida yang
komplementer . berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang
akan diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH)
pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA.
3. DNA polimerase. Polimerase DNA merupakan enzim yang stabil dalam
pemanasan. Umumnya digunakan enzim Taq DNA polimerase (Taq =
Thermus aquaticus) yang berasal dari bakteri Thermus aquaticus. Bakteri
tersebut merupakan bakteri yang dapat hidup pada lingkungan panas
yang ekstrim sehingga enzim DNA polymerase. Enzim ini tetap stabil
mengamplifikasi DNA walaupun amplifikasi berjalan pada suhu
mendekati titik didih air. Polimerase DNA berfungsi sebagai katalis untuk
reaksi polimerisasi DNA. Pada proses PCR enzim ini juga diperlukan
untuk tahap ekstensi DNA
4. buffer / dapar. Fungsi buffer yaitu untuk menjaga keseimbangan pH
medium. Umumnya buffer PCR mengandung senyawa MgCl2. MgCl2
bertindak sebagai kofaktor yang berfungsi menstimulasi aktivitas DNA
polimerase. MgCl2 tersebut juga akan meningkatkan interaksi primer
dengan templat yang membentuk komplek
5. dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas dATP
(deoksiadenosin trifosfat), dTTP (deoksitimidin trifosfat), dCTP
(deoksisitidin trifosfat) dan dGTP (deoksiguanosin trifosfat). dNTPs
bertindak sebagai building block DNA yang diperlukan dalam proses
ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada gugus –OH pada ujung 3’ dari
primer membentuk untai baru yang komplementer dengan untai DNA
template
tahapannya siapkan tabung PCR 0,2 ml, sarung tangan, mesin thermal cycler,
pipet mikro dan tips. Bahan yang digunakan pada praktikum PCR yaitu
Destiled water, PCR Ready mix, LCO 1490, HCO 2198, dan DNA template.
dimulai dengan pembuatan master mix. Master mix dibuat dengan
memasukkan bahan – bahan penyusunya ke dalam sebuah tube. Bahan –
bahan tersebut yaitu destilated water 14,5 μl. PCR Ready mix 21 μl , LCO
1490 1,25 μl, HCO 2198 1,25 μl, dan DNA template 8 μl. Total volume
master mix adalah 50 μl.
reaction mixture selesai dibuat, mesin thermal cycler dinyalakan dengan
menekan tombol [ON]. Selanjutnya, mesin thermal cycler diatur agar dapat
melangsungkan siklus PCR sebanyak yang diinginkan. Tampilan pada layar
awal (home) yaitu [RUN], [CREATE], [EDIT], dan [UTIL]. Tahap berikutnya
yaitu dipilih menu [CREATE], kemudian ditekan tombol [ENTER]. Setelah
itu dipilih [CYCLE] dan diinput suhu, waktu, dan berapa kali siklus tersebut
akan dilangsungan. Selanjutnya dipilih [STORE] agar siklus tersebut
tersimpan dengan kode yang ditentukan sebelumnya. Kemudian tahpannya
pun berjalan . semua siklus selesai dibuat, mesin thermal cycler dikembalikan
ke tampilan layar awal dengan menekan tombol [HOME]. Kemudian dipilih
[CREATE] dan [METH] untuk menggabungkan siklus-siklus yang telah
dibuat.
Adapun tahapannya
1. Siklus PCR meliputi tiga tahap yaitu denaturasi, annealing, dan elongasi.
Pertama, denaturasi. Jika larutan DNA dipanaskan, maka energi termal
akan memecahkan ikatan hidrogen dan ikatan lain yang menentukan
kestabilan heliks ganda, akibatnya kedua untai akan memisah atau
mengalami denaturasi. Molekul DNA heliks tunggal dari proses denaturasi
cukup stabil. Jika suhu diturunkan, molekul tersebut biasanya tidak
mengalami renaturasi menjadi molekul DNA heliks ganda asal tetapi
membentuk pola kusut, namun untai yang saling komplemen dapat
mengalami renaturasi secara perlahan-lahan. Sifat ini menjadi dasar teknik
hibridisasi asam nukleat.
2. annealing. Merupakan proses penempelan primer. Tahap annealing primer
merupakan tahap yang penting dalam PCR karena jika terdapat sedikit saja
kesalahan pada tahap ini maka akan mempengaruhi kemurnian dan hasil
akhir produk DNA yang diinginkan. Faktor yang mempengaruhi tahap ini
antara lain suhu annealing dan primer. Annealing umumnya berlangsung
pada suhu 54 oC
3. elongasi. Setelah primer menempel pada untai DNA target, enzim DNA
polimerase akan memanjangkan sekaligus membentuk DNA yang baru dari
gabungan antara primer, DNA cetakan, dan nukleotida. Jika dilakukan
pengulangan terhadap ketiga tahapan tersebut, maka untai DNA yang baru
dibentuk akan kembali mengalami proses denaturasi, penempelan, dan
pemanjangan untai DNA menjadi untai DNA yang baru. Pengulangan
proses PCR akan menghasilkan amplifikasi DNA cetakan baru secara
eksponensial
Setelah digabungkan, program disimpan [STORE] lalu ditekan tombol [ENTER].
Jika ingin memeriksa kembali program yang sudah dibuat dapat dipilih [EDIT].
Jika semua sudah selesai dan siap, maka dipilih [RUN] untuk memulai siklus
PCR. Hasil PCR dapat divisualisasikan dengan Teknik Elektroforesis.
Ini gambaran mengenai proses tahapan pcr

Daftar Acuan :
Ahluwalia, K. B. 2009. Genetics. Ed ke-2. New Age International
Publisher, New Delhi: ix + 451 hlm.
Butler, J. M. 2005. Forensic DNA typing: biology, technology, and
genetics of STR markers. Elsevier Academic Press, London: xvii +
659 hlm.
McPherson, M.J. & S.G. Moller. 2006. PCR. Taylor & Francis
Group, US: 305 hlm.