Anda di halaman 1dari 14

LAPORAN PRAKTIKUM

Isolasi dan Identifikasi DNA Bawang Bombay

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Praktikum Biokimia

Yang Dibimbing Oleh Bapak Muntholib

Oleh Kelompok : 5

Nama Anggota Kelompok

1. Abdul Fattah Noor (150351605470)


2. Fithria Nur R. (150351604211)
3. Lilis Eka Herdiana (150351604962)
4. Savira Mahdia (150351608353)
5. Septi Putri Ayu (150351600451)

Offering B

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN IPA
Hari, tanggal : Jumat, 17 November 2017
A. TUJUAN
1. Dapat mengisolasi DNA dari bawang Bombay.
2. Dapat melakukan uji kualitatif DNA.

B. ALAT DAN BAHAN


 Alat
1. Mortar dan pistil
2. Kertas saring
3. Tabung reaksi
4. Gelas beaker
5. Corong
6. Termometer
7. Pipet tetes
 Bahan
1. Bawang Bombay
2. Pasir
3. Detergen
4. NaCl
5. Etanol 95%
6. Buffer sitrat
7. Reagen diphenylamine
 MSDS

Nacl Jika kontak dengan mata siram dengan menggunakan


air dingin. Jika kontak dengan kulit, segera basuh
dengan air dingin, jika terhirup pindah segera
ketempat yang udaranya segar.
(health: 1, fire: 0, reachtifity: 0)
Etanol absolute Cairan mudah terbakar, beracun jika dicerna, dapat
menyebabkan iritasi pada kulit dan mata.

(health: 1, fire: 3, reactivity: 0)


Etanol 95% Iritasi terhadap mata dan kulit, serta pada saluran
pencernaan dan saluran pernafasan. Jika terkena mata
dan kulit segera mungkin membasuhya dengan
menggunkan air bersih sebanyak mungkin.
(health: 2, fire: 3, reachtivity: 0
Larutan glukosa Pada kosentrasi tinggi dapat menyebabkan batuk dan
iritasi. Sistem pernafasan, dalam mengkonsumsi
dalam jumlah banyak dapat menyebabkan gangguan
pada lambung. Dan dapat menyebabkan iritasi
padamata.
(health: 1, fire: 1, reachtivity: 0)
Reagen Jika terjadi kontak, segera mungkin bilas dengan air
diphenilalanine bersih sebanyak mungkin. Tutup kulit dengan
menggunakan kain jika kulit teritasi dengan serius.
(health: 3, fire: 1, reachtivity: 0)

Ethile dinamine Sedikit berbahaya jika terjadi kontak dengan mata dan
mata (iritasi) penumpukan, penghirupan secara terus
menerus akan menyebabkan iritasi.
(health: 1, fire: 0, reachtivity: 0)
Natrium sitrat Sedikit berbahaya jika terjadi kontak dengan mata dan
kulit (iritasi)

(health: 1, fire: 0, reachtivity: 0)


Sodium dodecyl Sedikit berbahaya, jika terjadi kontak dengan mata
dan kulit

(health:1, fire: 0, reachtivity: 0)


kloroform Berbahaya jika kontak dengan kulit dengan mata dan
kulit (iritan), kontak kulit (permeates), dan berbahaya
jika terhirup.
(health: 2, fire: 0, reachtivity: 0)
C. PROSEDURE
a. Cell disruption
i. Bawang bombay dipotong dadu 3 mm3
ii. Diletakan 50g kedalam 250 g beaker gelas
iii. Ditambahkan 100 ml larutan buffer TE
iv. Diinkulabasi selama 15 menit di dalam water bath dengan suhu
60 derajat
v. Didinginkan larutan sampai 20 C diblender larutan
vi. Dituangkan kembali kedalam gelas beaker
vii. Didiamkan didalam kulkas selama 15-20 menit
viii. Disaring larutan dengan 4 lapis kain tipis
ix. Disimpan filtrate yang mengandung DNA
b. Deproteinization
i. Filtrat hasil cell disruption dituangkan 50 ml kedalam labu ukur
250 ml yang bersih
ii. Ditambahkan 2 ml klorofom dengan menjaga fasa air dan
klorofom tetap terpisah
iii. Digoyangkan labu tersebut dengan hati-hati agar tidak
tercampur dengan klorofom tempat endapan putih diatas air
dan klorofom ini merupakan denaturasi protein
iv. Dipisahkan larutan filtrate yang terletak diatas endapan putih
dan klorofom kedalam 250 ml labu ukur
v. Diulangi langkah satu sampai 4 kali percobaan sampai semua
protein benar-benar dikeluarkan
vi. Pindahkan larutan filtrate kedalam beaker glass dan hanya
tersisa klorofom saja
c. Prespitasi DNA
i. Larutan filtrate didinginkan hingga 10 derajat dikulkas
ii. Ditambahkan 50 ml etanol dingin secara pelan-pelan melewati
pinggir mulut gelas agar terbentuk lapisan cincin
iii. Diputar serabut DNA dengan batangpengaduk yang terbentuk
diantara dua lapisan
iv. Diletakkan DNA yang didapat kedalam tabung rekasi yang
telahdiberi 100 ml buffer TE
D. ANALISIS PROSEDUR
1. Penambahan dan penggerusan dengan pasir bertujuan untuk merusak
membrane sel dan membrane inti secara mekanik.
2. Pelarutan pada detergen bertujuan untuk merusak membrane sel dan
membrane inti secara kimiawi.
3. Pemanasan DNA pada suhu 100°C selama 10 menit bertujuan untuk
memutuskan rantai DNA yang semula untai ganda menjadi tunggal.
4. Penambahan reagen diphenylamine bertujuan untuk menguji adanya
deoksiribosa dalam larutan

E. DASAR TEORI
Isolasi DNA merupakan teknik yang penting dalam pengembangan
ilmu ini. Derajat kemurnian dan kualitas dalam isolasi DNA sangat
mempengaruhi hasil yang akan diperoleh. Secara umum, prosedur
ekstraksi yang baik untuk isolasi DNA mencakup tiga hal penting, yaitu
harus bisa dihasilkan DNA dengan kemurnian yang tinggi, DNAnya harus
utuh, dan jumlahnya mencukupi (konsentrasi tinggi) (Clark, 1997).
Isolasi DNA juga merupakan langkah pertama dalam studi sekuen
DNA dari populasi DNA kompleks dan dalam analisis struktur genom dan
ekspresi gen. Kuantitas, kualitas dan integritas DNA akan mempengaruhi
hasil yang diperoleh secara langsung (Surzycki,2000).
Preparasi DNA yang panjang dan murni merupakan sesuatu yang
sangat diharapkan. Tekanan yang dibutuhkan untuk membuka dinding sel
juga dapat memotong DNA, sehingga diperlukan tindakan yang harus
sungguh-sungguh menjaga DNA yang dihasilkan dan panjangnya.
Nukleus yang utuh merupakan sumber yang baik untuk DNA tumbuhan
yang panjang, nucleus tersebut bisa sulit untuk diisolasi dalam jumlah
yang banyak, dan teknik yang dibutuhkan sangat sulit. Polisakarida dan
tannin merupakan masalah utama dalam tumbuhan karena mereka sulit
dipisahkan dari DNA (Murray and Thompson, 1980). Deoxyribonucleic
acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk
genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-
fungsional dalam sel organisme (Suryo, 2004).
DNA merupakan tempat penyimpanan informasi genetik. DNA
terdiri dari ribuan deoksiribonukleotida yang bergabung dalam suatu
urutan yang bersifat khas bagi tiap organis. DNA bertanggung jawab atas
pewarisan informasi genetik dari suatu generasi ke generasi berikutnya.
Monomer DNA adalah nukleotida. Satu gen diatur oleh satu molekul DNA
dan satu molekul DNA diatur oleh ribuan sampai puluhan ribu nukleotida
(Lehninger, 1982).
Isolasi DNA merupakan langkah dalam mempelajari DNA. Salah
satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat
molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar
akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam
fraksi yang terpisah, yaitu supermatan pada atas dan pellet pada bagian
bawah (Campbell, 2002).
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA
dari bahan lain seperti protein, lemak dan karbohidrat. Prinsip utama
dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ekatraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat selulosa dan protein, serta pemurnian
DNA (Donata, 2007).
DNA terdiri dari tiga macam molekul, yaitu gula pentosa, gugus
fosfat dan basa nitrogen. Gula pentosa memiliki 5 atom C dan pada DNA,
atom C nomor 2 berikatan dengan atom H. gugus fosfat pada DNA
berikatan dengan atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester. Gugus fosfat
tersebut yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negative. DNA
terdapat dalam sel prokariot maupun eukariot. Lokasi yang paling banyak
mengandung DNA terdapat pada bagian aktivitas genetik utama sel. Sel
prokariot, aktivitas genetiknya terjadi di eluruh sel sehingga DNA tidak
mempunyai tempat yang spesifik dalam sel. Sebaliknya, karena aktivitas
sel pada eukariot terjadi di dalam inti, maka sebagian besar DNA terdapat
dalam inti sel (Triwibowo, 2005).
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti paralel dengan
komponen basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki
struktur cincin ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan
timin (T) yang memiliki struktur cincin tunggal. Ketika guanin berikatan
dengan sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan
ketika adenin berikatan dengan timin maka hanya akan terbentuk dua
ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun (building block) DNA terdiri
atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut
nucleotida (Lehninger, 1982).
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena
deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada
membran membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”.
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen (Istianti, 1999).
F. DATA
Prosedur Hasil

1. Melepaskan DNA dariintisel


- bawang Bombay dicampur dengan - Larut dalam larutan buffer
larutan buffer
- larutan dipanaskan hingga 60°C - Terjadi perubahan suhu
selama 15 menit larutan berwarna kehijauan
- larutan di dinginkan mencapai 20°C
- larutan disaring
- Filtrat sebanyak 50ml,
berwarna kekuningan

2. Deproteinisasi
- Larutan ditambahkan dengan 4ml - Kloroform terpisah danberada
kloroform di lapisan bawah
- Diulangi dengan menambahkan - Kloroform terpisah berada
kloroform sebanyak 3 ml dilapisan bawah dan larutan
menjadi lebih keruh

3. Mengambil DNA
- Larutan didinginkan hinggasuhu - Suhu turun, larutan berwarna
mencapai 10°C keruh
- Ditambahkan 50 ml etanol dingin - Terdapat dua lapisan, pada
bagian atas bening (tidak
berwarna), bagian bawah
terdapat benang-benang halus
- Benang-benang diambil dan - Larutan tidak berwarna
dimasukkan ke dalam tabung reaksi
kemudian ditambahkan sedikit
aquades

4. Menguji DNA
- Benang-benang dalam tabung reaksi - Larutan sedikit keruh
ditambahkan reagen diphenylamine
sebanyak 1 ml
- Dipanaskan selama 10 menit - Larutan berwarna kekuningan
G. ANALISIS
Berdasarkan data yang telah diperoleh maka dapat dianalisis
sebagai berikut. Pada percobaan ini dengan judul isolasi dan identifikasi
DNA bawang Bombay. Bahan utama yang digunakan yaitu bawang
Bombay itu sendiri. Sel-sel umbi bawang Bombay dihancurkan
menggunakan mortar dan pistil dalam hal ini terjadi pemecahan dinding
sel secara mekanik. Lalu ditambahkanl arutan SDS (Sodium Dodesil
Sulfat) dan larutan buffer. Penambahan SDS dalam isolasi DNA dapat
dilakukan karena sodium dodesilsulfat yang terkandung dalam deterjen
dapat menyebabkan rusaknya membrane sel dan melisiskan isi sel. Larutan
buffer digunakan untuk mempertahankan pH, osmolaritas, konsentrasi
garam dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Selanjutnya campuran
diinkubasi pada water bath dengan suhu 60°C selama 15 menit. Hasil
inkubasi di dinginkan di atas es supaya larutan tersebut segera menjadi
dingin. Kemudian disaring menggunakan saringan biasa, dilanjutkan
penyaringan menggunakan kertas filter. Filtrat yang diperoleh dimasukkan
kedalam gelas ukur sebanyak 50 mL dan berwarna kekuningan.
Selanjutnyaa dalah penambahan kloroform pada larutan. Tujuan
diberikannya kloroform ini adalah untuk denaturasi protein sehingga tidak
lagi larut dan dengan mudah protein dapat dihilangkan. Protein berada di
lapisan bawah larutan. Penambahan kloroform tidak hanya dilakukan satu
kali akan tetapi berkali-kali hingga protein benar-benar hilang. Hasilnya
larutan menjadi lebih keruh dari yang sebelumnya ketika protein telah
dipisahkan.
Langkah selanjutnyaa dalah pengambilan DNA. Pengambilan
DNA dilakukan dengan menambahkan sebanyak 50 mL etanol dingin
dimasukkan secara perlahan melalui dinding gelas kimia. Gelas kimia
digoyangkan perlahan, lalu diamati benang-benang DNA yang mulai
terpisah. DNA dapat teramati berupa benang-benang halus yang tidak larut
dalam alkohol. Lalu diambil menggunakan batang pengaduk dan
dipindahkan pada tabung reaksi dengan sedikit aquades sebagai pelarut.
Larutan ini menjadi tidak berwarna dan ditambahkan reagen
diphenylamine sebanyak 1 mL larutan menjadi sedikit keruh. Reagen
diphenylamine ini untuk mengetahui apakah ada atau tidaknya DNA.
Selanjutnya larutan tersebut dipanaskan selama 10 menit. Perubahan yang
terjadi adalah larutan menjadi berwarna kekuningan dari yang
sebelumnya.

H. PEMBAHASAN
Isolasi DNA merupakan langkah dalam mempelajari DNA. Salah
satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. DNA merupakan
tempat penyimpanan informasi genetik DNA terdiri dari ribuan
deoksiribonukleotida yang bergabung dalam suatu urutan yang
bersifatkhas bagi tiap organis. DNA bertanggung jawab atas pewarisan
informasi genetik dari suatu generasi ke generasi berikutnya. Isolasi DNA
dilakukan untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel. Isolasi DNA
dilakukan dengan beberapa tahap, yaitu isolasi jaringan, pelisisan dinding
dan membran sel, ekstraksi DNA dalam larutan, purifikasi, presipitas.
DNA memiliki dua prinsip yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama
sentrifugasi adalah memisahkansubstansi berdasarkan berat jenis molekul
dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih
berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan
terletak di atas. Prinsip presipitasi adalah pengendapan DNA agar terpisah
dari zat lain yang terdapat dalam sel. DNA memiliki struktur pilinan untai
ganda yang antiparalel dengan komponen-komponennya. Sebuah sel
memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada
seluruh sistem kehidupan.
Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan
yang disebabkan oleh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang
mampu merusak membran ataupun dinding sel antara lain lisozim yang
mampu mempengaruhikerjasenyawa polimerik sehingga kekakuan sel
tidak lagi dapat terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA
(etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk menghilangkan ion
Mg2+yang pentinguntuk mempertahankan struktur selubung sel serta
menghambat enzim yang dapat merusak DNA. Dalam proses isolasi DNA,
deterjen berfungsi menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut.
Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat (SDS) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membrane sel sehingga
struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel. Dalam proses isolasi
DNA, harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein
dan RNA. Metodenya harus efektif dan bias dilakukan untuk semua spesie
, metode yang dilakukantidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul
DNA dan metodenya harus sederhana dan cepat.
DNA dapat berasal dari hewan, tumbuhan dan manusia. Namun,
dalam praktikum ini, isolasi DNA yang digunakan berasal dari tumbuhan
yaitu sampel bawang Bombay. Bawang digunakan karena memiliki sedikit
pati, sehingga DNA terlihat lebih jelas dan mempermudah dalam proses
ekstraksi dan isolasi. Biomolekul seperti DNA bersifat labil dan mudah
kehilangan aktivitas biologisnya sehingga ekstraksi harus dilakukan dalam
kondisi ringan yaitu dengan menggunakan suatu larutan encer.
Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah proses perusakan atau
penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis) merupakan
tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel.
Cara lain yakni dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Proses
ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan
kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan
denganmemecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
dengan cara mekanin maupun kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan pada
praktikum ini adalah penggerusan bawang Bombay yang dicampur dengan
pasir menggunakan mortar dan pestel. Selanjutnya dilakukan pemecahan
dinding sel dan membrane plasma secara kimiawi dapat dilakukan dengan
pemberian deterjen yang dapatmerusak membran sel dan membran inti.
Pemanasan pada suhu tertentu yang dilakukan terhadap DNA bawang
Bombay mengakibatkan kedua rantai DNAakan lepas menjadi rantai
tunggal.
Hasil isolasi DNA yang didapatkan dari praktikum isolasi DNA
bawang Bombay dengan cara sederhana, menunjukkan struktur yang sama
dengan literatur, dimana pada DNA tersebut terdapat gumpalan putih yang
sedikit dan benang benang halus. Hal tersebut sesuai dengan penjelasan
yang didapatkan dari literatur bahwa DNA memiliki rantai tipis danhalus.
Selanjutnya dilakukan uji adanya deoksiribosa yang menghasilkan warna
kuning jika dicampur dengan benang yang diambil dengan dilarutkan
dalam air dan di reaksikan dengan reagen diphenylamine. Dan hasil yang
diperoleh telah sama dengan teori, campuran benang dengan air yang
direaksikan dengan reagen diphenylamine yang menghasilkan warna
kuning muda, yang menunjukan adanya deoksiribosa dan benang tersebut
merupakan pita DNA bawang Bombay.

I. KESIMPULAN
Adapun kesimpulan pada praktikum ini adalah Isolasi DNA
merupakan langkah dalam mempelajari DNA. DNA merupakan tempat
penyimpanan informasi genetik. DNA terdiri dari ribuan
deoksiribonukleotida yang bergabung dalam suatu urutan yang bersifat
khas bagi tiap organisme. Dalam mengisolasi DNA dari bawang Bombay
dilakukan dengan cara sederhana yaitu dengan dua prinsip,
sentrifugasi dan presipitasi. Untuk pengujian adanya deoksiribosa pada
benang dilakukan penambahan reagen diphenylamine pada lautan benang
dan akan menghasilkan warna kuning.
J. DAFTAR PUSTAKA

Clark, M.S. 1997. Plant Molecular Biologi. Lab Fox. BIOS Scientific
Publisher Limited: UK.

Donata. 2007. Komunikasi Pribadi. Ciri-Ciri DNA Murni Dan Penyebab


Keberhasilan Serta Kegagalan Dalam PCR Dan Elektroforesis.
Jakarta: Erlangga

Istianti. 1999. Biologi sel. Malang: Jurusan Biologi FMIPA UM

Lehninger, A.L. 1982. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga

Murray,M.G., W.F. Thompson. 1980. Rapid Isolation of High Molecular


Weight Plant DNA. Carnegie Institution of Washington. Departement
of Plant Biology. Stanford.USA

Neil, Campbell. 2002. Biologi. Jakarta: Erlangga.

Suryo. 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-


Verlay, Berlin Heidelberg. Germany.

Triwibowo, Y. 2005. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga.


K. LAMPIRAN

Anda mungkin juga menyukai