Sejarah Mikrobiologi :
o 1664 : Robert Hooke
o 1684 : Anton Van Leeuwenhoek
o Ferdinand Cohn : penemu bakteriologi
o Louis Pasteur : tidak setuju dengan teorema Spontaneous generation, berhasil membuat vaksin dan
menemukan pasteurisasi.
o Robert Koch : menyatakan teori kuman (Germ Theory) yang menyatakan mikroorganisme spesifik
menyebabkan penyakit spesifik (Postulat Koch). Dia juga membuat isolasi untuk patogen yang
berbahaya. Berhasil mengembangkan teknik yang memajukan mikrobiologi. (1843-1910)
o “The Triumph of Death “ oleh Pieter Brughel dan Elder
o Teori pada Mikrobiologi:
Teori Sel : semua sel adalah unit fundamental dari hidup dan menjalankan kelangsungan
fungsi dasar dari makhluk hidup
Teori Kumam untuk Penyakit : menyatakan mikroorganisme dapat menyerbu organisme
lainnya dan menyebabkan penyakit.
o Yang tidak setuju dengan Spontaneour Generation : Francesco Redi, Lazaro Spallazani, Luois Pasteur,
John Tyndall
o Pasteur melakukan eksperimen dengan labu kaca leher angsa
o Peneliti historis di Mikrobiologi
Anton Van Leeuwenhoek
Louis Pasteur
Joseph Lister
Edward Jenner
Elie Metchnikoff (1845 – 1916) – menemukan tobacco mosaic virus (617000X)
Paul Ehrlich (1854 – 1915)
Sir Alexander Fleming (1881 – 1955)
o Kontribusi penting dari Pasteur:
Mengembangkan Teknik pasteurisasi untuk membunuh
mikroorganisme yang tidak diinginkan
Asosiasi bahwa organisme spesifik menyebabkan penyakit
spesifik
Pengembangan vaksin
o Postulat Koch
1. Mikroba harus ditemukan dalam hewan yang sakit, tidak pada
yang sehat.
2. Mikroba harus diisolasi dari hewan sakit dan dibiakkan dalam
kultur murni.
3. Mikroba yang dikulturkan harus menimbulkan penyakit pada
hewan yang sehat.
4. Mikroba tersebut harus diisolasi ulang dari hewan yang
dicobakan tersebut
o Teknik untuk mempelajari Mikroorganisme
Fannie Hesse mengusulkan untuk menggunakan agar
sebagai agen soludifikasi
Richard Petri membentuk cawan petri yang digunakan untuk meletakkan media kultur padat
(agar dan nutrisi)
Robert Koch menggunakan Teknik tersebut untuk mengisolasi bakteri yang menyebabkan TBC
o Bekerja dalam Mengontrol Infeksi (Antiseptic Surgery): Ignaz Phillip Semmelweis (1818 – 1865) =
digambarkan pada prangko pos 1865, Joseph Lister (1869)
o Hasil pecahan dari Mikrobiologi : Immunologi, Virologi, Kemoterapi, Genetika dan Biologi Molekular
o Tobacco Mosaic Virus = Inti heliks dari RNA yang dikelilingi oleh selaput
yang terdiri dari unit protein yang berulang. Struktur partikel yang
regular sehingga virus dapat di kristalisasi
o Ilmuwan tumbuhan menggunakan pengetahuan yang diperoleh dari
penelitian
o Model virus yang menyebabkan AIDS (HIV)
CHAPTER 2
Tipe cell standar :
o Prokariot = organisme uniselular dan semua bakteri
o Eukariot = organisme uniselular dan multiselular
Kesamaan dan perbedaan Prokariot dan Eukariot
No. Karakteristik Prokariot Eukariot
1 Materi Genetik Kromosom bulat tunggal Pasangan kromosom
2 Lokasi DNA Daerah nuclear (nucleoid) Nucleus membran-enclosed
3 Nucleolus Tidak ada Ada
4 Histon Tidak ada Ada
5 DNA extrakromosomal Di plasmid Di organel, seperti mitokondria,
kloroplas dan plasmid
6 Membran plasma Struktur fluida-mosaik yang Struktur fluida-mosaik yang terdapat
kekurangan sterols sterols
7 Membran internal Hanya di organisme fotosintesis Banyak organel membran-enclosed
8 Organel Tidak ada ada
9 Ribosom 70s 80s (70s di organel)
10 Enzim respiratori Membran sel mitokondria
11 Sitoskeleton Tidak ada Ada
12 Dinding sel Peptidoglikan ditemukan di Selulosa, kitin, atau keduanya
sebagian besar sel ditemukan di sel tumbuhan dan fungi
13 Lapisan eksternal Kapsul atau lapisan slime Pellicle, test atau shell di protist
tertentu
14 Flagela Terdiri dari fibrils dari flagelin Terdiri dari struktur membran-
enclosed kompleks
15 Silia Tidak ada Ada sebagai struktur lebih pendek
dari flagela
16 Pili Ada. Untuk penempelan dan Tidak ada
konjugasi pili
PROKARIOT
o Terkecil diantara organisme lainnya. Berada pada batas diameter 0.5 – 2.0 mikrometer dan panjang
1.0 – 60 mikrometer. Pengeculian : 1991 – Epulopiscium fishelsoni = bakteri simbiont dari ikan
sturgeon (diameter 80 mikrometer dan panjang 60 mikrometer)
o Giant Bacteria : contoh lain : Thiiomargarita namibia (mengakumulasi granula-granula sulfur ->
sebagai cadangan energi)
o Bentuk bakteri secara umum :
Kokus, contoh : Neisseria
Kokusbasilus, cnth : E.Coli
Vibrio, bentuk seperti tanda koma
Basilus, bentuk batang panjang. Ada basilus (biasa) dan streptobasilus. Basilus memiliki
bentuk tidak simetris (makanya cuma ada strepto…)
Spirilum, bentuk spiral
Spirochete, bentuk seperti per
o Bentuk dan Penempatan Bakteri
Diplokokus, cnth: Neisseria
Streptokokus, cnth : Streptococcus
Tetrad, cnth : Merisopedia
Sarcinae, cnth : Sarcinia lutea (kukus ber-8)
Staphylococci, cnth :Staphylococcus (bentuk seperti anggur, tidak beraturan)
Rosette (pembelahan tidak tentu, bisa melepas menjadi free-living, dan tempel pada benda
kaya nutrisi dan membentu rosette lagi)
Bakteri berbentuk bintang, cnth : Stella
Bakteri berbentuk kotak, cnth :
Haloarcula (kandungan garam tinggi)
o Secara struktur, sel bakteri terdiri dari :
Membran sel = biasanya dikelilingi
dinding sel
Sitoplasma internal dengan ribosom,
daerah nuclear, dan granula atau
vesikel
Kapsul, flagel dan pili (eksternal)
A. Dinding Sel
2 fungsi:
a. Mempertahankan bentuk karakteristik
b. Mencegah sel dari pecah ketika fluida mengalir ke dalam sel dengan osmosis
Komponen dinding sel bakteri
a. Peptidoglikan (murein) = komponen tunggal yang paling penting. Peptidoglikam
terbentuk dari 2 unit gula yang dapat bertukaran: N-acetylglucosamine (NAG) dan M-
acetylmuramic acid (NAM)
b. Gula dihubungkan dengan rantai peptide pendek yang terdiri dari 4 asam amino
(tetrapeptides) lainnya.
Asam Tektoat
Komponen tambahan di dinding sel bakteri gram positif
Terdiri dari gliserol, fosfat, ribitol (gula alkohol) -> polimer ini memanjang hingga sisa
dinding selnya
2 fungsi :
a. Tempat penempelan untuk bakteriofag
b. Alur jalan untuk pergerakan ion masuk dan keluar sel
B. Membran Luar
Membran bilayer yang ditemukan di bakteri gram negatif
Membentuk lapisan terluar dari dinding sel, menempel dengan peptidoglikan oleh lapisan
kontinu dari molekul lipoprotein
Protein disebut porins, membentuk channel melalui OM
Ada permukaan antigen dan reseptor
C. Lipopolisakarida (LPS)
Disebut juga endotoksin yang digunakan oleh bakteri gram negatif
Dilepaskan ketika dinding sel bakteri rusak
Terdiri dari polisakarida dan lipid A
D. Daerah Periplasmik
Area diantara membran sitoplasma dan membran plasma di bakteri gram negatif
Merupakan area aktif untuk metabolisme sel
Terdiri dari dinding sel, enzim pencernaan dan protein transpor
Bakteri gram positif kekurangan membran luar dan daerah periplasmik
EUKARIOT
o Nukleus memiliki lubang kecil di permukaannya
o Mitokondria
Pada membran dalam, terdapat enzim pernapasan yang berguna sebagai sumber energi
Bagiannya adalah cristae, membran luar, membran dalam, matriks, dan enzim pernapasan.
o Flagela :
a. Mikrotubules
b. Pergerakan flagela pada sel eukariot
c. Pergerakan siliari
o Pseudopodia
o Endosimbiosis
CHAPTER 3
Konsep Metabolisme
Metabolisme: Jumlah dari semua proses kimia yang dilakukan oleh semua organisme hidup
Anabolisme: Reaksi yang memerlukan energy untuk sintesis molekul kompleks dari molekul sederhana
Katabolisme: Reaksi yang melepaskan energy dengan memecah molekul kompleks menjadi molekul sederhana
yang bisa digunakan kembali sebagai blok pembangun.
Semua reaksi katabolic melibatkan transfer electron yang secara langsung berkaitan dengan oksidasi dan
reduksi
Metabolisme: gabungan katabolisme dan
anabolisme
o Oksidasi: Kehilangan electron
o Reduksi: memperoleh electron
Jalur metabolic
o Rantai reaksi: produk dari suatu reaksi menjadi substrat untuk selanjutnya: A-B-C-D
o Glikolisis, fermentasi, respirasi aerobic, dan fotosintesis masing-masing terdiri dari serangkaian reaksi
kimia
o Jalur katabolic menangkap energy dalam bentuk yang bisa digunakan sel
o Jalus anabolic membuat molekul kompleks yang bentuk strukturnya dari sel, enzim, dan molekul yang
mengontrol sel
Sifat enzim:
o Umumnya, reaksi kimia yang melepas energy bisa
terjadi tanpa masukan energy
o Oksidasi glukosa melepaskan energy, tapi reaksi
tersebut tidak terjadi tanpa masukan energy
o Energi aktivasi: energy yang dibutuhkan untuk
memulai reaksi
o Enzim menurunkan energi aktivasi sehingga
reaksi bisa muncul pada suhu rendah pada sel
hidup
Enzim
o Menyediakan permukaan di mana reaksi
berlangsung
o Sisi aktif: wilayah di permukaan enzim di
mana enzim membentuk ikatan longgar
dengan substrat
o Substrat: zat di mana enzim bertindak
o Enzim substrat kompleks: terbentuk
ketika molekul substrat beradu dengan
sisi aktif enzim tersebut
o Enzim umumnya memiliki spesifisitas tingkat tinggi
o Endoenzim (intraseluler) atau eksoenzim (ekstraseluler)
o Tiap substrat berikatan dengan sisi aktif, memperoduksi enzim substrat kompleks. Enzim membantu
reaksi kimia terjadi, dan satu atau lebih produk terbentuk
Inhibisi enzim
o Inhibitor kompetitif: molekul yang mirip strukturnya dengan substrat bisa berikatan dengan sisi aktif
enzim dan bersaing dengan substrat (obat sulfa)
o Inhibitor nonkompetitif: melekat pada enzim di sisi alosterik yang merupakan sisi lainnya dari sisi aktif
o Inhibitor nonkompetitif mendistorsi struktur protein tersier dan mengubah bentuk dari sisi aktif
o Inhibisi balik (feedback inhibitor): mengatur laju dari jalur metabolic ketika produk akhir dari jalur
terakumulasi dan terikat, serta menonaktifkan enzim pertama di jalur metabolik
Metabolisme anaerobic
Terdiri dari glikolisis dan fermentasi
A. Glikolisis (Jalur Embden-Meyerhof)
adalah jalur metabolic yang digunakan oleh banyak organisme autotrofik dan heterotrofik
untuk memulai memecah glukosa
Tidak memerlukan oksigen, tapi bisa terjadi dengan adanya atau tidak adanya oksigen
Fosforilasi: penambahan sebuah kelompok fosfat ke molekul, sering dari ATP dan umumnya
meningkatkan energi molekul
4 peristiwa penting yang muncul di tahap glikolisis:
1. Level substrat fosforilasi: transfer kelompok fosfat dari ATP ke glukosa (glukosa
bertambah)
2. Memecah 6 molekul karbon (glukosa) menjadi dua-tiga molekul karbon
3. Transfer dua electron menjadi koenzim NAD
4. Penangkapan energi dalam ATP
B. Fermentasi
Suatu proses di mana piruvat selanjutnya dimetabolisme dalam ketiadaan oksigen
Hasil dari kebutuhan untuk mendaur ulang NAD berjumlah terbatas dengan membebaskan
electron dari NAD tereduksi ke molekul lainnya
Fermentasi asam homolaktik: asam piruvat dikonversi secara langsung menjadi asam
laktat, menggunakan electron dari NAD tereduksi pada tahap ke-6 glikolisis
Metabolisme aerobic
o Respirasi
a. Fermentasi menghasilkan sejumlah kecil ATP
Oksidasi sebagian dari atom karbon
Perbedaan potensi reduksi antara donor electron dan aseptor adalah kecil (menara
electron)
b. Respirasi (aerobic atau anaerobic):
Molekul substrat teroksidasi seluruhnya menjadi CO2
Hasil ATP yang jauh lebih tinggi
Siklus krebs
SIKLUS KREBS
Pintu keluar masuk menuju siklus krebs: piruvat kehilangan sebuah molekul CO2 dan dioksidasi oleh NAD. Hasil
kelompok asetil yang memiliki 2 karbon melekat pada koenzim A, membentuk asetil CoA
Transport electron dan fosforilasi oksidatif
Transport electron: proses yang mengarah ke transfer electron dari substrat ke oksigen
Fosforilasi oksidatif: energi melepaskan reaksi
dehidrogenasi yang ditangkap pada ikatan berenergi
tinggi sebagai Pi, kombinasi dengan ADP membentuk
ATP
Rantai transport electron digambarkan sebagai air terjun:
Ketika electron ditransfer dari karier (pembawa) ke karier di
rantai, energi mereka berkurang dan beberapa dari energi
yang mereka hilangkan digunakan untuk membuat ATP
Kemiosmosis
Elektron untuk atom hydrogen hilang dari reaksi
siklus krebs ditransfer melewati system
transport electron
Transport electron membuat potensial H
menyebrangi membrane
ATP diproduksi oleh gaya penggerak proton
(pmf) dengan membiarkan H menyebrangi
membrane
Kombinasi dari hydrogen/ Electron pengangkut
Peter Mitchell 1961
Respirasi anaerobic
Penerima elektron selain oksigen yang digunakan, seperti: oksigen inorganic- mengandung molekul seperti
nitrat (NO3-), sulfat (SO42-), besi (Fe3+), karbonat (CO32-), dan perklorat(ClO4-)
Sedikit energi yang dilepaskan
Mengizinkan mikroorganisme berespirasi di
lingkungan anoksik
Penerima electron terakhir: respirasi aerobic,
respirasi anaerobic, dan fermentasi
mempunyai penerima electron terakhir yang
berbeda
Metabolisme lemak
Banyak mikroorganisme seperti hewan bisa memperoleh energi dari lemak
1. Lemak dihidrolisis menjadi gliserol dan 3 asam lemak
2. Gliserol dimetabolisis dengan glikolisis
3. Asam lemak dipecah menjadi 2 bagian karbon oleh beta-oksidasi
Metabolisme protein
Protein bisa di metabolisis untuk energi
Mereka pertama dihidrolisis menjadi asam amino tunggal oleh enzim proteoliktik
Asam amino dideaminas
Molekul ini memasuki glikolisis, fermentasi dan siklus krebs
Fototropi
Ada dua tipe fotosintesis pada mikroorganisme:
1. Berbentuk sama seperti fotosintesis tumbuhan (evolusi oksigen) – cyanobacteria dan algae
2. Fotosintesis bakteri – Fototropik purple sulfur bacteria
Kemoautotrof
Generasi energi melibatkan inorganic bukan kimia organic
Donor electron merupakan inorganic kimia seperti hydrogen sulfide, gas hydrogen, besi (Fe2+) dan
ammonia (NH3)
Respirasi aerobic tapi sumber energinya inorganic
Banyak kemolitotrof menggunakan karbon dioksida sebagai sumber karbon (autotroph)
Bioluminisensi
Kemampuan organisme untuk memancarkan cahaya, tampaknya telah berevolusi sebagai produk
sampingan dari metabolism aerobic
Bakteri dari golongan Photobacterium dan Achromobacter, kunang-kunang, cacing bercahaya, dan
organisme laut yang hidup di laut dalam memperlihatkan bioluminisensi
Banyak organisme pemancar cahaya memiliki enzim luciferase bersama dengan komponen lainnya dari
system transport electron
Contoh : bakteri bioluminisensi, angler fish
CHAPTER 4
PERTUMBUHAN DAN KULTUR BAKTERI
Pertumbuhan dan pembelahan sel
Pertumbuhan mikroba didefinisikan :
1. Sel induk ukurannya menjadi 2x lipat dari biasanya
2. Terbagi menjadi 2 sel anak
Pertumbuhan mikroba : peningkatan jumlah sel yang terjadi karena
pembelahan sel.
Pembelahan Sel :
o Pembelahan biner (pembelahan sel yang sama): 1 sel menduplikasi
komponen-komponennya dan terbagi menjadi 2 sel.
o Septum: 1 partisi/ sekat tumbuh diantara 2 sel anak maka 2 sel
tersebut terpisah
o Budding (pembelahan sel yang tidak sama): sel baru yg kecil
berkembang dari permukaan sel induk, lalu memisah dari induknya
Fase pertumbuhan
Organisme memiliki 4 fase umum pertumbuhan :
1. The lag phase
Jumlah organisme tidak bertambah signifikan
Aktif secara metabolik
Bertumbuh secara ukuran, sintesis enzim, dan
menerima/menggabungkan molekul dari medium
Memproduksi energi dalam jumlah yang besar dalam
bentuk ATP
2. The logarithmic phase
o Organisme telah beradaptasi dengan medium
tumbuhnya
o Pertumbuhan terjadi saat exponential (log)
Synchronous growth: situasi hipotesis di mana jumlah
sel kultur bertambah sesuai dengan pola-pola tangga ,
terjadi ketika membelah secara bersama
Nonsynchronous growth: situasi alami di mana
pembelahan sel terjadi tidak pada waktu yang
bersamaan, ada yang lebih lambat
o Pembelahan terjadi pada tingkat yang paling cepat
o Biasanya interval (waktu generasi) ditentukan secara genetik
3. The stationary phase
o Pembelahan sel menurun pada suatu titik di mana jumlah sel
baru yang diproduksi sama dengan rasio jumlah sel tua yang
mati.
o Jumlah sel yang hidup konstan
4. The death phase
o Kondisi di mana medium menjadi kurang
mendukung pembelahan sel
o Sel kehilangan kemampuan untuk membelah
dan kemudian mati.
o Jumlah sel yang hidup berkurang sesuai
logarithmic rate
o Kondisi toksin semakin banyak sedangkan
nutrisi habis
Serial Dilution and Standard Plate Counts
o Standard plate count
= salah satu metode untuk mengukur pertumbuhan
bakteri. Seperti yang dilakukan Robert Hooke
o Agar plate
cawan petri yang mengandung nutrisi yang dipadatkan dengan agar
bakteri diletakkan di medium pertumbuhan bakteri (padatan mirip agar)
medium yang digunakan biasanya : agar nutrisi (NA) dan kaldu nutrisi (NB)
o Serial dilutions digunakan untuk mengencerkan kultur bakteri asli sebelum dipindahkan ke plat agar.
Menghitung jumlah bakteri per ml menggunakan serial dilution.
3. Oksigen
Aerobes: butuh oksigen untuk tumbuh
Obligate aerobes: harus memiliki oksigen bebas untuk
respirasi aerobik(e.g. Pseudomonas)
Anaerobes: tidak membutuhkan oksigen untuk tumbuh
Obligate anaerobes: mati jika ada oksigen bebas (e.g.
Bacteroides)
Microaerophiles: tumbuh terbaik dengan sedikit
oksigen bebas
Capnophiles: suka CO2, berkembang dibawah kondisi
oksigen yang rendah
Facultative anaerobes: melakukan metabolisme aerobik
ketika ada O2 dan melakukan metabolisme anaerobik
ketika tidak ada O2
Aerotolerant anaerobes: dapat hidup dengan adanya O2, tapi tidak menggunakan O2 untuk
metabolismenya
4. Tekanan Hidrostatik
Air di laut dan danau memiliki tekanan yang sebanding dengan kedalamannya
Tekanan menjadi 2x lipat ketika kedalaman bertambah 10 m
Barophiles: bakteri yang hidup pada tekanan tinggi, tapi mati pada tekanan standar
5. Tekanan Osmosis
Lingkungan yang mengandung zat terlarut
mengakibatkan tekanan osmosis, dan tekanan
dapat melampaui zat terlarut di dalam sel
Hyperosmotic environments: sel kehilangan air
dan mengalami plasmolisis ( sel menyusut)
Hypoosmotic environment: sel mendapat air,
membengkak ,dan lisis
Halophiles
• Suka garam, membutuhkan jumlah garam yang banyak
• Sistem transportasi membran aktif mengangkut ion Na keluar sel dan kalium ke dalam
• Kenapa halofil butuh garam?
1. Sel membutuhkan Na untuk mempertahankan konsentrasi kalium intraseluler yg tinggi untuk fungsi
enzimatik.
2. Sel butuh Na untuk mempertahankan integritas dinding selnya
Faktor Nutrisi
Sumber karbon, sumber nitrogen, sulfur dan fosfat, trace elemen (cnth: tembaga, besi, seng, kobalt),
vitamin (cnth: asam folat, vitamin B-12, vitamin K)
Spiroplasma memerlukan campuran 80 bahan untuk mendukung pertumbuhan nutritionalnya.
Spiroplasma sp. = penyebab penyakit ratusan pangan dan binatang
Lokasi Enzim
Exoenzymes: produksi enzim yang dilepaskan melalui sel / membran plasma
Extracellular enzymes: biasanya digunakan bakteri gram positif , dilakukan di medium sekitar organisme
Periplasmic enzymes: biasaya diproduksi bakteri gram negatif, dilakukan di ruang periplasmic
Sporulation
Pembentukkan endosporea, terjadi pada Bacillus, Clostridium and bakteri gram-positive lainnya
Pelindung / mekanisme bertahan hidup, bukan sebagai alat reproduksi
Ketika pembentukkan endospora dimulai, DNA direplikasi dan membentuk nukleoid yang pajang,
compact, dan axial
Inti/core (bagian dari endospora hidup): sebagian besar RNA sel dan beberapa molekul protein sitoplasma
berkumpul di sekitar DNA
Asam dipicolinic: terkandung dalam inti bersama dengan ion kalsium
Endospora septum: tumbuh di sekitar inti, mengapit inti di dalam membran dgn ketebalan ganda
Cortex: membentuk lapisan-lapisan saat peptidoglikan dilepaskan ke ruang antara membran septum
endospora
Pelindung spora: keratin seperti protein, tahan terhadap bahan kimia, ada di sekitar korteks
Exosporium: ditemukan di beberapa endospora, membran lipid-protein terbentuk di luar pelindung
Germination
• Spora kembali ke vegetatif, terjadi dalam 3 tahap :
1. Activation
2. Germination proper
3. Outgrowth
Kultur Bakteri
2 masalah kultur bakteri di lab :
1. Kultur murni (kultur yang hanya berisi 1 spesies organisme ) dari 1 spesies dibutuhkan untuk
mempelajari karakteristik dari suatu organisme
2. Harus menemukan media yang mendukung pertumbuhan bakteri yang diinginkan
Metode streak plate menggunakan plate agar untuk kultur murni
Tipe media kultur :
1. Natural Media: di alam, banyak spesies mikoorganisme bertumbuh bersama di laut, danau, tanah,
hidup di organisme yang hidup / mati
2. Synthetic medium: Medium disiapkan di laboratorium dari bahan yang tepat dan dikomposisikan
dengan baik.
3. Complex medium: mengandung bahan-bahan yang sudah biasa digunakan tapi dengan sedikit variasi
dalam komposisi kimia dari batch ke batch (e.g. peptone, produk dari enzim pencernaan protein)
• Media yg biasa digunakan: Yeast Extract, Casein Hydrolysate, Serum, Blood agar, Chocolate agar
• Medium dibagi menjadi :
1. Medium Selektif: mendorong pertumbuhan beberapa organisme tetapi menekan pertumbuhan
organisme lainnya (e.g. antibiotics), yg boleh tumbuh cuma 1 jenis organisme aja. Yang tumbuh hanya
bakteri yang kita inginkan. Cnth : jamur – yang diinginkan dan bakteri – diberi antibiotik
2. Medium Diferensial: medium yg mengandung beberapa jenis bakteri yg bisa dibedakan dari karakternya.
Semua bakteri dapat tumbuh, tapi bakteri yang diinginkan dapat diobservasi/dibedakan.
3. Medium Pengaya: mengandung nutrisi khusus yg memungkinkan pertumbuhan organisme tertentu
lebih banyak daripada organisme lainnya, sehingga lebih mudah diisolasi dan diidentifikasi
Pengawetan kultur
o Untuk menghindari risiko kontaminasi dan untuk mengurangi laju mutasi, organisme kultur harus
disimpan dalam kultur pengawetan, kultur di mana organisme dipertahankan dalam keadaan tidak aktif
1. liofilisasi
2. Dibekukan pada -70oC
3. Pendinginan
o Reference culture (type culture): pengawetan kultur yang mempertahankan karakter asli organisme
Tambahan :
Anaerobic transfer
CHAPTER 5
Genetic mikroba, Transfer Gen dan Teknik Genetika
Genetik Mikroba
Kebanyakan prokariotik punya tunggal, kromosom bundar
Ketika perenggangan, molekul DNA tunggal ini sepanjang
1mm (1000 kali lebih panjang daripada sel)
Molekul yang sangat besar ini cocok dengan sel nucleoid
dengan memutar di sekeliling dirinya (supercoiling)
DNA superkoil
DNA bisa menjadi superkoil pada tujuan positif dan negative
Superkoil negative muncul ketika DNA berputar pada
porosnya dengan arah berlawanan dari double helix kidal
Ini dalam bentukan bahwa DNA supercoil banyak ditemukan
di alam
Topoisomerase
DNA supercoiling pada prokariot biasanya membawa ragam yang berbeda dengan eukariot
Pada bakteri dan archaea, DNA gyrase (topoisomerase II) memperkenalkan supercoil negative
Girase terbalik: ditemukan di hipertermofilik spesies dari Archaeal memperkenalkan supercoiling positif
(overwinding)
Vibrio cholera
Bakteri sel ini memiliki 2 kromosom bundar, 1 besar dan 1 kecil
Kromosom: molekul DNA harus memiliki informasi genetika esensial untuk organisme bertahan hidup
Plasmid mengandung hanya informasi genetika yang bisa sangat membantu untuk organisme, tapi mereka
bisa bertahan tanpanya
Tipe RNA
3 tipe RNA
berpartisipasi pada
sintesis protein:
o RNA ribosom (rRNA)
o RNA messenger (mRNA)
o RNA transfer (tRNA)
Tiap2nya disintesis dengan transkripsi menggunakan helai tunggal dari DNA sebagai template
mRNA
membawa informasi genetika dari gen (DNA)
keluar dari nucleus masuk ke sitoplasma sel di mana
ditranslasi untuk memproduksi protein
Mengandung basis kembar tiga dinamakan kodon yang
merupakan kode genetic
Menempel satu atau lebih ribosom
Kode genetik
Tiga huruf dasar singkatan untuk asam amino yang
dikenal sebagai kodon
UAA, UAG, dan UGA bukan kode untuk beberapa asam
amino, kode tersebut untuk berhenti menunjuk kodon
terminator
AUG untuk memulai dan asam amino, methionine(met)
SIntesis protein selalu dimulai dengan met
Transfer RNA
Fungsinya adalah untuk mentransfer asam amino dari sitoplasma ke ribosom untuk mengganti menjadi
molekul protein
Tiap tRNA molekul mengandung 75-80 nukleotida yang terlipat kembali pada dirinya untuk membentuk
beberapa lilitan yang stabil dengan pasangan basa komplementer
Trasnkripsi vs translasi
Transkripsi adladh sintesis mRNA dari template DNA
Translasi adalah proses di mana sintesis protein ribosom menggunakan produksi RNA transkrip dewasa
selama transkripsi
Beberapa ribosom bisa diikat pada pin yang berbeda sepanjang molekul RNA untuk membentuk
poliribosom (polysome)
Poliribosom
Adanya banyak ribosom naik secara bersamaan sepanjang satu bagian dari mRNA
Memungkinkan untuk bersamaan bertranskripsi dan bertranslasi pada prokariot
Langkah sintesis protein
Signifikasi mekanisme pengaturan
Bakteri yang bertahan bergantung pada kemampuan mereka untuk tumbuh walau kondisi jauh dari ideal
Bakteri telah mengembangkan mekanisme untuk menyalakan/mematikan reaksi sesuai kebutuhan mereka
Sel tersebut menggunakan energi untuk sintesis zat pada jumlah yang diperlukan dan menghentikan sintesis
sebelum produksi berlebihan
Operon prokariot
Operon: satu set gen yang berhubungan erat yang dihubungkan oleh operator tunggal dan ditranskrip
bersama
Satu operon mencakup:
o Gen structural: membawa informasi untuk sintesis protein spesifik
o Sisi regulatori: mengontrol ekspresi dari gen structural; berjarak dari operon
Regulasi transkripsi
Banyak mekanisme pengaturan bertindak transkripsi
Mereka merubah aktivitas dari RNA polymerase
Ini dicapai dengan mengganti frekuensi pada gen particular yang ditranskrip
Jika transkrip dibuat jarang, sedikit protein yang dibuat
Protein regulasi yang mengikat DNA
Transkripsi sering diatur oleh protein yang mengikat DNA
Protein ini mengikat wilayah spesifik DNA yang disebut operator
Operator dekat dengan promoter gen di mana RNA polymerase normalnya diikat
The lac operon
3 enzim dibutuhkan untuk metabolism laktosa dikode oleh lac operon:
1. Galactosidase permease (lacY gene)
2. Betha-galactosidase (lacZ gene)
3. Galactosidase transacetylase (lacA gene)
Wilayah promoter-operator (sisi regularori)
Lac repressor
Gen regulator I mensintesis langsung lac repressor
Lac repressor adalah protein yang mengikat operator dan mencegah transkripsi dari gen Z, Y dan A yang
berdekatan
Gen I adalah contoh dari gen konstitutif; selalu menjalani sintesis protein
Ketika laktosa
tidak ada,
repressor
mengikat
operator,
mencegah
transkripsi
untuk muncul
B. Transduksi
Sebuah metode mentransfer material genetika menggunakan bakteriofag
Bakteriofag: sebuah virus yang menginfeksi bakteri
Fag: terdiri dari inti dari asam nukleat dilindungi oleh lapisan protein
Fag mampu menginfeksi sebuah bakteri yang menempel ke sisi reseptor pada dinding sel
Fag jahat: mampu menyebabkan infeksi dan destruksi serta kematian dari sel bacterial
Fag sederhana: biasanya tidak menyebabka infeksi yang menggangu
Profag: DNA yang digabungkan menjadi inang bakteri DNA
Lisogeni: Kegigihan dari profag tanpa fag bereplikasi dan distruksi sel bakteri
I. Transduksi khusus
Beberapa fag lisogenik dikenal untuk membawa transduksi khusus
Lambda fag pada E Coli sudah dipelajari
Fag selalu masuk pada lokasi spesifik ketika mereka bergabung dengan sebuah kromosom
Lambda fag masuk ke kromosom E Coli antara gen galaktosa dan gen biotin
II. Transduksi umum
1. Infeksi bakteriofag pada inang bacterium memulai siklus litik
2. Kromosom rusak menjadi pecahan yang bisa dibawa dan dikemas dengan DNA fag
3. Partikel terlepas dan menginfeksi sel bakteri yg lain
4. Inang menempati gen yang telah dibawa (transduksi) dari sel sebelumnya
Transduksi Umum
Transduksi khusus oleh lambda fag pada E Coli
C. Konjugasi
Informasi genetic ditransfer dari satu sel ke yang lain
Konjugasi berbeda dengan mekanisme lainnya di 2 hal:
Memerlukan kontak antara donor dan penerima sel
Mentransfer kuantitas yg lbh besar dr DNA
Kadang seluruh kromosom bisa ditransfer
Transfer Plasmid F
F plasmid adalah bundar, molekul DNA beruntai ganda
F+ sel mengandung F(fertilitas) plasmid dan membuat F pilus
F- sel kekurangan F plasmid
F pilus (pilus reproduksi): sebuah jembatan konjugasi pilus yang menempel pada F- sel
Perkawinan F+ dan F-
1. Sel mentransfer satu helai DNA dari F plasmidnya ke F= sel lewat jembatan konjugasi
2. Untaian komplementer dari F plasmid DNA disintesis
3. Penerima sel mendapat kopi an lengkap dari F plasmid dan sel pendonor menguasai kopian lengkap
Rekombinasi frekuensi tinggi (Hfr)
Bisa menyebabkan lebih dari 1000x jumlah genetic rekombinasi terlihat di F+ dan F-
Helaian Hfr muncul dari helai F+ ketika plasmid F bergabung menjadi bakteri kromosom pada beberapa sisi
yang memungkinkan
Ketika sebuah Hfr sel menjadi pendonor pada konjugasi, plasmid F memulasi transfer DNA kromosom
Bagian memulai: bagian dari plasmid F yang ditransfer bersama dengan gen kromosom berdampingan
Experimen Lederberg
(penemuan Konjugasi)
Teknik genetika
Mengacu pada manipulasi bertujuan dari material genetika untuk mengubah karakterisktik dari sebuah
organisme pada cara yang diinginkan
Fusi genetic: mengizinkan transposisi gen dari satu lokasi pada kromosom ke yang lain
Fusi protoplast: dicapai dengan penghapusan enzimatis dinding sel organisme dari dua untai dan
menggabungkan hasil protoplast
mekanisme aksi
mengecek sterilisasi
B. pasteurisasi
Proses yg ditemukan oleh Pasteur untuk menghancurkan mikroba yg menyebabkan anggur menjadi
asam
Membunuh patogen : Salmonella dan Mycobacterium
Susu dipasteurisasi dgn dipanaskan hingga 71.6oC selama minimal 15 detiik (flash method)
Susu dipasteuriasi dgn dipanaskan hingga 62.9oC selama 30 menit (holding method)
2. Temperatur Dingin
3. Filtasi
dapat digunakan untuk mensterilkan zat-zat yg tidak tahan panas
Untuk memisahkan virus dari bakteri (pembuatan vaksin)
Untuk mengumpulkan mikroorganisme dari sampel udara dan air (pengujian kualitas air)
4. Radiasi
radiasi ultraviolet (260 nm) : cukup untuk membunuh mikroba, tapi tidak bisa menembus kaca, dirt
film, air
Ionizing radiation (IR): baik untuk sterilisasi karena
kemampuannya untuk menembus jauh ke dalam objek,
sehingga dapat menghilangkan endospora, sel vegetatif
eukariot dan prokariot
Ionizing radiation
Menggunakan X rays dan gamma rays
Mampu mengeluarkan elektron dari atom untuk
membentuk ion
Merusak DNA dan memproduksi peroksida
(oksidator yg kuat dalam sel)
Deinococcus radiodurans: Mampu bertahan dari 1000X jumlah radiasi yang dapat membunuh
manusia (bioremediasi lokasi yang terkontaminasi radioaktif)