CHAPTER 1

Mikrobiologi = bidang studi yang mempelaari mikroorganisme.

Mikroorganisme
 organisme yang mikroskopis, uniselular, kluster, berantai, menjalankan kelangsungan hidup secara
independen sebagai uniselular.
 Contoh : virus (berbentuk mikroskopik, non-selular, memiliki DNA atau RNA)
 2 tema yang dipelajari :
o Basic = proses selular
o Penerapan = penerapan pada bidang pertanian, industri, kesehatan dll..
 Pentingnya mikroorganisme :
o Evolusi O2 dan sel pertama di bumi
o Aktivitasnya berdampak terhadap kelangsungan jaringan kehidupan di bumi
 Mikroorganisme terdapat dimana mana.
 Mikroba terdapat dapat suatu populasi yang menempati suatu lokasi di lingkungan (habitat)
 Populasi mikroorganisme jarang hidup sendiri, dan membentuk perkumpulan dari beberapa populasi yang
berbeda (komunitas mikroba)
 Interaksi antara komunitas ini :
o Bermanfaat : kerjasama mencari makanan (pelepasan nutrisi)
o Berbahaya : produk limbah merupakan penghambatan.
 Ekosistem : interaksi antara makhluk hidup dengan sifat fisik dan kimia dari lingkungannya.
 Kelangsungan hidup dari mikroba :
o Kekuatan = 5 x 10^30 -> untuk prokariot
o Jumlah C dalam angka kekuatan di sel sama dengan total semua tumbuhan di bumi ini.
o Sel prokariot :
 Menempati sebagian besar biomassa bumi
 Kunci wadah dari nutrisi esensial untuk kelangsungan hidup.
 Banyak terdapat di lautan dan sub-permukaan terestial
 MIkroba dan Pertanian
o Fiksasi Nitrogen
 Asosiasi antara tumbuhan (legumes) dan bakteri
 Mengurangi kebutuhan pupuk
o Rumen mikroba dari hewan ternak dan domba = memungkinkan terjadi pencernaan dan perombakan
rumput dan jerami
o Siklus nutrisi ( C, N, S)
o Penyakit pada tumbuhan dan hewan
 Mikroba dan Pangan
o Mikroba berguna untuk mencegah makanan menjadi rusak/basi dan penyakit makanan bawaan
o Manufaktur makanan
 Mikroorganisme, energi dan lingkungan
o Menghasilkan gas alami (metana), etanol (biofuel), dan bioremediasi
 Mikroba dan masa depan
o Bioteknologi, rekayasa genetika
 Mikroorganisme sangat berguna terutama di penelitian, karena :
o Memiliki struktur yang sederhana
o MIkroba dalam jumlah banyak dapat digunakan dalam penelitian untuk memperoleh hasil statistic
yang dapat diandalkan dalam harga yang terjangkau (mudah direkayasa)
o Mudah membelah (reproduksi dengan cepat) sehingga berguna ketika mempelajari transfer informasi
genetic.
 Terdapat 5 macam mikroorganisme :
o Bakteri
 Uniselular, prokariot, berbentuk spiral, batang dan pejal.
 Contoh : Klebsiella pnuemoniae
o Alga
 Uniselular, Eukariot (ada nucleus dan organel lainnya), mampu berfotosintesis
  Hidup di air tawar dan lingkungan lautan
 Contoh : Micrasteria (334X)
o Jamur (Fungi)
 Ada yang uniselular (disebut ragi) dan multiselular (disebut jamur)
 Eukariot, banyak terdapat di air dan tanah yang bertindak sebagai decomposer makhluk mati,
beberapa penting di obat-obatan
 Contoh : Philobolus crystallinus (50X)
o Virus
 Aselular = sangat kecil untuk dilihat dari mikroskop cahaya
 Terdiri dari nucleus dan protein
 Membentuk bakteriofag = yaitu virus yang menginfeksi bakteri (ex : flu, antraks)
 Membentuk viroids = asam nukleat yang tidak memiliki selaput protein. (ex: menyerang
tanaman)
 Membentuk prions = Partikel protein yang sangat berbahaya. (ex : penyebab sapi gila)
o Protozoa
 Uniselular, eukarit, memiliki nucleus (terikat pada membrane) and struktur intraselular
 Terdapat di berbagai lingkungan air dan tanah
 Contoh : Amoeba, Acanthrocirrus retrirostris (189X)
 Rekayasa genetika bakteri digunakan untuk mengetahui bagaimana diet mempengaruhi resiko kanker
 Menginspeksi plastik yang terbentuk dari 40% pati (potongan dalam basket) menunjukkan mikroba akuatik
sedang memdegradasi plastik tersebut.
 Dekontaminasi Limbah
 Dengan menggunakan jaring untuk menentukan kutu yang bisa menyebarkan penyakit terhadap ternak dan
manusia
 Mempertahankan binatang peliharaan dan binatang domestic sehat dan meningkat produktivitasnya,
maksudnya ilmu hewan maju (veterinary science)

 Sejarah Mikrobiologi :
o 1664 : Robert Hooke
o 1684 : Anton Van Leeuwenhoek
o Ferdinand Cohn : penemu bakteriologi
o Louis Pasteur : tidak setuju dengan teorema Spontaneous generation, berhasil membuat vaksin dan
menemukan pasteurisasi.
o Robert Koch : menyatakan teori kuman (Germ Theory) yang menyatakan mikroorganisme spesifik
menyebabkan penyakit spesifik (Postulat Koch). Dia juga membuat isolasi untuk patogen yang
berbahaya. Berhasil mengembangkan teknik yang memajukan mikrobiologi. (1843-1910)
o “The Triumph of Death “ oleh Pieter Brughel dan Elder
o Teori pada Mikrobiologi:
 Teori Sel : semua sel adalah unit fundamental dari hidup dan menjalankan kelangsungan
fungsi dasar dari makhluk hidup
 Teori Kumam untuk Penyakit : menyatakan mikroorganisme dapat menyerbu organisme
lainnya dan menyebabkan penyakit.
o Yang tidak setuju dengan Spontaneour Generation : Francesco Redi, Lazaro Spallazani, Luois Pasteur,
John Tyndall
o Pasteur melakukan eksperimen dengan labu kaca leher angsa
o Peneliti historis di Mikrobiologi
 Anton Van Leeuwenhoek
 Louis Pasteur
 Joseph Lister
 Edward Jenner
 Elie Metchnikoff (1845 – 1916) – menemukan tobacco mosaic virus (617000X)
 Paul Ehrlich (1854 – 1915)
 Sir Alexander Fleming (1881 – 1955)
o Kontribusi penting dari Pasteur:
 Mengembangkan Teknik pasteurisasi untuk membunuh
mikroorganisme yang tidak diinginkan
 Asosiasi bahwa organisme spesifik menyebabkan penyakit
spesifik
 Pengembangan vaksin
o Postulat Koch
1. Mikroba harus ditemukan dalam hewan yang sakit, tidak pada
yang sehat.
2. Mikroba harus diisolasi dari hewan sakit dan dibiakkan dalam
kultur murni.
3. Mikroba yang dikulturkan harus menimbulkan penyakit pada
hewan yang sehat.
4. Mikroba tersebut harus diisolasi ulang dari hewan yang
dicobakan tersebut
o Teknik untuk mempelajari Mikroorganisme
 Fannie Hesse mengusulkan untuk menggunakan agar
sebagai agen soludifikasi
 Richard Petri membentuk cawan petri yang digunakan untuk meletakkan media kultur padat
(agar dan nutrisi)
 Robert Koch menggunakan Teknik tersebut untuk mengisolasi bakteri yang menyebabkan TBC
o Bekerja dalam Mengontrol Infeksi (Antiseptic Surgery): Ignaz Phillip Semmelweis (1818 – 1865) =
digambarkan pada prangko pos 1865, Joseph Lister (1869)
o Hasil pecahan dari Mikrobiologi : Immunologi, Virologi, Kemoterapi, Genetika dan Biologi Molekular
o Tobacco Mosaic Virus = Inti heliks dari RNA yang dikelilingi oleh selaput
yang terdiri dari unit protein yang berulang. Struktur partikel yang
regular sehingga virus dapat di kristalisasi
o Ilmuwan tumbuhan menggunakan pengetahuan yang diperoleh dari
penelitian
o Model virus yang menyebabkan AIDS (HIV)
CHAPTER 2
 Tipe cell standar :
o Prokariot = organisme uniselular dan semua bakteri
o Eukariot = organisme uniselular dan multiselular
 Kesamaan dan perbedaan Prokariot dan Eukariot
No. Karakteristik Prokariot Eukariot
1 Materi Genetik Kromosom bulat tunggal Pasangan kromosom
2 Lokasi DNA Daerah nuclear (nucleoid) Nucleus membran-enclosed
3 Nucleolus Tidak ada Ada
4 Histon Tidak ada Ada
5 DNA extrakromosomal Di plasmid Di organel, seperti mitokondria,
kloroplas dan plasmid
6 Membran plasma Struktur fluida-mosaik yang Struktur fluida-mosaik yang terdapat
kekurangan sterols sterols
7 Membran internal Hanya di organisme fotosintesis Banyak organel membran-enclosed
8 Organel Tidak ada ada
9 Ribosom 70s 80s (70s di organel)
10 Enzim respiratori Membran sel mitokondria
11 Sitoskeleton Tidak ada Ada
12 Dinding sel Peptidoglikan ditemukan di Selulosa, kitin, atau keduanya
sebagian besar sel ditemukan di sel tumbuhan dan fungi
13 Lapisan eksternal Kapsul atau lapisan slime Pellicle, test atau shell di protist
tertentu
14 Flagela Terdiri dari fibrils dari flagelin Terdiri dari struktur membran-
enclosed kompleks
15 Silia Tidak ada Ada sebagai struktur lebih pendek
dari flagela
16 Pili Ada. Untuk penempelan dan Tidak ada
konjugasi pili

 PROKARIOT
o Terkecil diantara organisme lainnya. Berada pada batas diameter 0.5 – 2.0 mikrometer dan panjang
1.0 – 60 mikrometer. Pengeculian : 1991 – Epulopiscium fishelsoni = bakteri simbiont dari ikan
sturgeon (diameter 80 mikrometer dan panjang 60 mikrometer)
o Giant Bacteria : contoh lain : Thiiomargarita namibia (mengakumulasi granula-granula sulfur ->
sebagai cadangan energi)
o Bentuk bakteri secara umum :
 Kokus, contoh : Neisseria
 Kokusbasilus, cnth : E.Coli
 Vibrio, bentuk seperti tanda koma
 Basilus, bentuk batang panjang. Ada basilus (biasa) dan streptobasilus. Basilus memiliki
bentuk tidak simetris (makanya cuma ada strepto…)
 Spirilum, bentuk spiral
 Spirochete, bentuk seperti per
o Bentuk dan Penempatan Bakteri
 Diplokokus, cnth: Neisseria
 Streptokokus, cnth : Streptococcus
 Tetrad, cnth : Merisopedia
 Sarcinae, cnth : Sarcinia lutea (kukus ber-8)
 Staphylococci, cnth :Staphylococcus (bentuk seperti anggur, tidak beraturan)
 Rosette (pembelahan tidak tentu, bisa melepas menjadi free-living, dan tempel pada benda
kaya nutrisi dan membentu rosette lagi)
  Bakteri berbentuk bintang, cnth : Stella
 Bakteri berbentuk kotak, cnth :
Haloarcula (kandungan garam tinggi)
o Secara struktur, sel bakteri terdiri dari :
 Membran sel = biasanya dikelilingi
dinding sel
 Sitoplasma internal dengan ribosom,
daerah nuclear, dan granula atau
vesikel
 Kapsul, flagel dan pili (eksternal)
A. Dinding Sel
2 fungsi:
a. Mempertahankan bentuk karakteristik
b. Mencegah sel dari pecah ketika fluida mengalir ke dalam sel dengan osmosis
Komponen dinding sel bakteri
a. Peptidoglikan (murein) = komponen tunggal yang paling penting. Peptidoglikam
terbentuk dari 2 unit gula yang dapat bertukaran: N-acetylglucosamine (NAG) dan M-
acetylmuramic acid (NAM)
b. Gula dihubungkan dengan rantai peptide pendek yang terdiri dari 4 asam amino
(tetrapeptides) lainnya.
Asam Tektoat
 Komponen tambahan di dinding sel bakteri gram positif
 Terdiri dari gliserol, fosfat, ribitol (gula alkohol) -> polimer ini memanjang hingga sisa
dinding selnya
 2 fungsi :
a. Tempat penempelan untuk bakteriofag
b. Alur jalan untuk pergerakan ion masuk dan keluar sel
B. Membran Luar
Membran bilayer yang ditemukan di bakteri gram negatif
Membentuk lapisan terluar dari dinding sel, menempel dengan peptidoglikan oleh lapisan
kontinu dari molekul lipoprotein
Protein disebut porins, membentuk channel melalui OM
Ada permukaan antigen dan reseptor
C. Lipopolisakarida (LPS)
 Disebut juga endotoksin yang digunakan oleh bakteri gram negatif
 Dilepaskan ketika dinding sel bakteri rusak
 Terdiri dari polisakarida dan lipid A
D. Daerah Periplasmik
 Area diantara membran sitoplasma dan membran plasma di bakteri gram negatif
 Merupakan area aktif untuk metabolisme sel
 Terdiri dari dinding sel, enzim pencernaan dan protein transpor
 Bakteri gram positif kekurangan membran luar dan daerah periplasmik

o Membedakan bakteri dengan dinding sel

 Bakteri gram postif memiliki lapisan peptidoglikan yang lebih tebal (60 – 90 %)
 Bakteri gram negatif memiliki dinding sel yang kompleks dengan lapisan peptidoglikan yang
tipis (10 – 20%)
 Bakteri Acid-fast juga tebal seperti bakteri gram negatif tapi kandung peptidoglikan lebih
sedikit dan ada lipid 60%.
o Bakteri Acid-fast
 Ditemukan di bakteri genus Mycobacterium sp.
 Kandungan dinding sel umunya adalah lipid (komponen lipid = asam micolit)
 Menodai bakteri gram positif
o Mengontrol bakteri dengan merusak dinding sel
 Antibiotik penisilin menghalang tahap terakhir pada sintesis peptidoglikan
  Enzim lisosom yang terdapat di air mata dan sekresi tubuh manusia lainnya mencerna
peptidoglikan
 Mengganggu cross-link pada dinding sel
o Organisme tanpa ada dinding sel
 Contohnya : bakteri dari genus Mycoplasma
 Dilindungi dari pembengkakan osmosis dan pecah dengan membran sel yang telah dikuatkan
yang mengandung sterols
 Strains untuk bakteri yang tidak memiliki dinding sel yaitu L-forms
o Bakteri L-form
 Mampu bermutasi dari memiliki dinding sel menjadi tidak ada
 Tidak mudah mati karena tujuan kita adalah merusak dinding sel
 Tiba-tiba kalau tidak makan obat, bakteri akan membentuk kembali dinding sel
o Struktur Internal (di sitoplasma)
 Bakteri fotosintetik dan sianobakteria mengandung sistem membran internal yang disebut
chromatophores
 Diperoleh dari membran sel dan mengandung pigmen fotosintesis
 Bakteri Nitrifying juga memiliki membran internal
 Ribosom
 Terdiri dari asam ribonucleat dan protein. Sebagai tempat sintesis protein
 Berlebih pada sitoplasma di bakteri
 Rantai panjangnya disebut polyribosomes
 Di bakteri 70s, di eukariot 80s
 Streptomycin dan Erythromycin mengikat ke ribosom 70s dan mengganggu sintesis
protein bakteri
 Daerah nucleoid
 Di tengah daerahnya terdapat DNA (sebagian besar), tapi ada juga RNA dan protein
 DNA : umumnya 1 besar dan bulat kromosomnya
 Vibrio Cholerae : ada 2 kromoson (1 besar dan 1 kecil)
 Plasmid : bagian ekstrakromosomal dengan DNA yang bulat dan lebih kecil
 Inklusi
 Granula : tidak mengikat pada membran dan mengandung substansi densely
compated (glikogen atau polifosfat)
 Vesikel : Struktur membran-enclosed spesialisasi yang mengandung gas atau poly-B-
hydroxybutyrate (lipid)
 Vakuola
 Endospora (bakteri tertentu)
 Struktur spesialisasi yang mendiam di bakteri seperti Bacillus sp. dan Clostridium sp.
 Membantu sel bakteri untuk tetap bertahan hidup ketika kondisi sekitar tidak
memungkinkan
 Sangat resistan terhadap panas, pengeringan, asam, basa, dan beberapa desinfektan
dan radiasi.
o Struktur Eksternal
Struktur yang memanjang keluar atau disekitar dinding sel
 Flagela dan pili : memanjang dari membran sel melewati dinding sel dan beyond
 Susunan flagela bakteri:
1. Monotrichous : bakteri dengan flagelum polar tunggal di 1 ujung. Cnth:
Pseudomonas
2. Amphitrichous : bakteri dengan 2 flagela, masing-masing ujung 1. Cnth: Spirillum
3. Lophoterichous : bakteri dengan banyak flagela di 1 ujung saja. Cnth :
Helicobacter pylori
4. Peritrichous : bakteri dengan flagela di seluruh permukaannya. Cnth : Salmonella,
Proteus
5. Atrichous : bakteri tanpa flagela. Cnth:
6. Bakteri berbentuk cocci : jarang ada flagella
Flagela terdapat di bakteri berbentuk batang
  Struktur 2 Flagela Bakteri yang berbeda
1. Bakteri gram negatif : ring lebih dari 1, tempel di membran luar, peptidoglikan
dan membran sel
2. Bakteri gram positif : motor utama/inner ring tempel di membran sel. Karena
energi dihasilkan di membran sel
 Pili : projeksi yang kecil dan berongga. Digunakan untuk menempelkan bakteri ke
permukaan dan tidak ikut dalam pergerakan
o Pili konjugasi panjang (F-Pili)
o Pili penempelan pendek (fimbriae)
 Kapsul dan lapisan slime di sekitar dinding sel
 Glycocalyx : menyatakan seluruh polisakarida/substansi yang mengandung polipeptida
yang terdapat di eksternal ke dinding sel, yaitu kapsul, lapisan slime. Semua bakteri ada
paling tidak lapisan slime yang tipis
 Kapsul
o Struktur luar dinding sel yang melindungi organisme yang mensekresinya.
o Hanya bakteri tertentu yang bisa membentuk kapsul
o Komposisi kimia setiap kapsul adalah unik terhadap ketegangan dari bakteri yang
mensekresinya.
o Bakteri yang terenkapsulasi mampu menghindari mekanisme pertahanan inang.
 Lapisan Slime
o Kurang terikat secara kuat ke dinding sel dan umumnya lebih tipis dari kapsul
o Melindungi sel dari kekeringan, menangkap nutrisi dan menyatukan sel (biofilm)
 Kemotaksis : kadang bakteri bergerak mendekati dan menjauhi dari substansi di
lingkungannya melalui proses tidak random.
o Kemotaksis positif : hasil net adalah bergerak menuju atraktan (nutrisi)
o Kemotaksis negatif : hasil net adalah bergerak menjauhi repelen
o Bakteri Magnetotaktik, cnth : Aquaspirillum magnetotacticum, Magnetosomes

 EUKARIOT
o Nukleus memiliki lubang kecil di permukaannya
o Mitokondria
 Pada membran dalam, terdapat enzim pernapasan yang berguna sebagai sumber energi
 Bagiannya adalah cristae, membran luar, membran dalam, matriks, dan enzim pernapasan.
o Flagela :
a. Mikrotubules
b. Pergerakan flagela pada sel eukariot
c. Pergerakan siliari
o Pseudopodia
o Endosimbiosis
CHAPTER 3
Konsep Metabolisme

Metabolisme: Jumlah dari semua proses kimia yang dilakukan oleh semua organisme hidup
 Anabolisme: Reaksi yang memerlukan energy untuk sintesis molekul kompleks dari molekul sederhana
 Katabolisme: Reaksi yang melepaskan energy dengan memecah molekul kompleks menjadi molekul sederhana
yang bisa digunakan kembali sebagai blok pembangun.
 Semua reaksi katabolic melibatkan transfer electron yang secara langsung berkaitan dengan oksidasi dan
reduksi
 Metabolisme: gabungan katabolisme dan
anabolisme
o Oksidasi: Kehilangan electron
o Reduksi: memperoleh electron

 Mikroorganisme dikelompokkan berdasarkan

penangkapan energy dan bagaimana memperoleh karbon
o Autotrof: menggunakan karbon dioksida untuk sintesis molekul organic
 Photoautotrof: memperoleh energy dari cahaya. Contoh: bakteri fotosintesis: green sulfur,
purple sulfur, cyanobacteria ; algae
 Kemoautotrof: memperoleh energy dari pengoksidasi sederhana substansi inorganic. Contoh:
besi, sulfur, hydrogen, bakteri nitrifikasi, archaeobacteria
o Heterotrof: mendapat karbon dari molekul organic siap pakai
 Photoheterotrof: memperoleh energy kimia dari cahaya. Contoh: purple/green nonsulfur
bacteria
 Kemoheterotrof: memperoleh energy dari mematahkan senyawa organic siap pakai. Contoh:
bakteria, protozoan, fungsi, hewan

 Jalur metabolic
o Rantai reaksi: produk dari suatu reaksi menjadi substrat untuk selanjutnya: A-B-C-D
o Glikolisis, fermentasi, respirasi aerobic, dan fotosintesis masing-masing terdiri dari serangkaian reaksi
kimia
o Jalur katabolic menangkap energy dalam bentuk yang bisa digunakan sel
o Jalus anabolic membuat molekul kompleks yang bentuk strukturnya dari sel, enzim, dan molekul yang
mengontrol sel

 Sifat enzim:
o Umumnya, reaksi kimia yang melepas energy bisa
terjadi tanpa masukan energy
o Oksidasi glukosa melepaskan energy, tapi reaksi
tersebut tidak terjadi tanpa masukan energy
o Energi aktivasi: energy yang dibutuhkan untuk
memulai reaksi
o Enzim menurunkan energi aktivasi sehingga
reaksi bisa muncul pada suhu rendah pada sel
hidup
 Enzim
o Menyediakan permukaan di mana reaksi
berlangsung
o Sisi aktif: wilayah di permukaan enzim di
mana enzim membentuk ikatan longgar
dengan substrat
o Substrat: zat di mana enzim bertindak
o Enzim substrat kompleks: terbentuk
ketika molekul substrat beradu dengan
sisi aktif enzim tersebut
 o Enzim umumnya memiliki spesifisitas tingkat tinggi
o Endoenzim (intraseluler) atau eksoenzim (ekstraseluler)
o Tiap substrat berikatan dengan sisi aktif, memperoduksi enzim substrat kompleks. Enzim membantu
reaksi kimia terjadi, dan satu atau lebih produk terbentuk

 Sifat dari koenzim dan kofaktor

Banyak enzim bisa mengakatalis reaksi hanya jika zat bernama koenzim atau
kofaktor ada
o Apoenzim: porsi protein dari enzim
o Holoenzim: koenzim atau kofaktor nonprotein yang aktif ketika
bergabung dengan apoenzim
o Koenzim: molekul nonprotein organic terikat (kuat atau longgar)
dengan enzim
o Kofaktor: organic ion (magnesium, zink) yang sering meningkatkan
kecocokan enzim dengan substratnya

 Transfer energi dengan

molekul pengangkut: molekul
pengangkut seperti sitokrom
dan koenzim lain membawa
energi dalam bentuk electron
di banyak reaksi biokimia.
Koenzim seperti FAD
membawa seluruh atom
hydrogen (electron bersama
proton); NAD membawa satu
atom hydrogen dan satu electron telanjang (electron bebas).
 Ketika koenzim tereduksi, mereka meningkatkan energi; ketika mereka teroksidasi, mereka mengurangi energi

 Inhibisi enzim
o Inhibitor kompetitif: molekul yang mirip strukturnya dengan substrat bisa berikatan dengan sisi aktif
enzim dan bersaing dengan substrat (obat sulfa)
o Inhibitor nonkompetitif: melekat pada enzim di sisi alosterik yang merupakan sisi lainnya dari sisi aktif
o Inhibitor nonkompetitif mendistorsi struktur protein tersier dan mengubah bentuk dari sisi aktif
o Inhibisi balik (feedback inhibitor): mengatur laju dari jalur metabolic ketika produk akhir dari jalur
terakumulasi dan terikat, serta menonaktifkan enzim pertama di jalur metabolik

 Faktor yang mempengaruhi reaksi enzim:

1. Temperature dan pH
 Enzim dipengaruhi oleh panas dan pH ekstrim
 Bahkan perubahan kecil pH bisa mengubah perubahan listrik pada berbagai kelompok kimia di
molekul enzim, dengan demikian mengubah kemampuan enzim untuk berikatan dengan substratnya
dan mengkatalisis sebuah reaksi.
 Banyak enzim memiliki suhu optimum, mendekati suhu tubuh normal dan pH optimum mendekati
netral di mana mereka mengkatalisis reaksi paling cepat
  TIngkat di mana
enzim mengkatalisis
reaksi, meningkat
dengan suhu naik
hingga suhu
optimum
2. Juga dipengaruhi oleh
konsentrasi substrat,
produk dan enzim

 Metabolisme anaerobic
Terdiri dari glikolisis dan fermentasi
A. Glikolisis (Jalur Embden-Meyerhof)
 adalah jalur metabolic yang digunakan oleh banyak organisme autotrofik dan heterotrofik
untuk memulai memecah glukosa
 Tidak memerlukan oksigen, tapi bisa terjadi dengan adanya atau tidak adanya oksigen
 Fosforilasi: penambahan sebuah kelompok fosfat ke molekul, sering dari ATP dan umumnya
meningkatkan energi molekul
 4 peristiwa penting yang muncul di tahap glikolisis:
1. Level substrat fosforilasi: transfer kelompok fosfat dari ATP ke glukosa (glukosa
bertambah)
2. Memecah 6 molekul karbon (glukosa) menjadi dua-tiga molekul karbon
3. Transfer dua electron menjadi koenzim NAD
4. Penangkapan energi dalam ATP
 B. Fermentasi
 Suatu proses di mana piruvat selanjutnya dimetabolisme dalam ketiadaan oksigen
 Hasil dari kebutuhan untuk mendaur ulang NAD berjumlah terbatas dengan membebaskan
electron dari NAD tereduksi ke molekul lainnya
 Fermentasi asam homolaktik: asam piruvat dikonversi secara langsung menjadi asam
laktat, menggunakan electron dari NAD tereduksi pada tahap ke-6 glikolisis

 Fermentasi alcohol: Terdapat 2 tahapan :

o karbon dioksida terlepas dari piruvat membentuk asetaldehid,
o Asetaldehid direduksi menjadi etil alcohol (etanol) oleh NAD

 Metabolisme aerobic
o Respirasi
 a. Fermentasi menghasilkan sejumlah kecil ATP
 Oksidasi sebagian dari atom karbon
 Perbedaan potensi reduksi antara donor electron dan aseptor adalah kecil (menara
electron)
b. Respirasi (aerobic atau anaerobic):
 Molekul substrat teroksidasi seluruhnya menjadi CO2
 Hasil ATP yang jauh lebih tinggi
 Siklus krebs

 SIKLUS KREBS
Pintu keluar masuk menuju siklus krebs: piruvat kehilangan sebuah molekul CO2 dan dioksidasi oleh NAD. Hasil
kelompok asetil yang memiliki 2 karbon melekat pada koenzim A, membentuk asetil CoA
 Transport electron dan fosforilasi oksidatif
 Transport electron: proses yang mengarah ke transfer electron dari substrat ke oksigen
 Fosforilasi oksidatif: energi melepaskan reaksi
dehidrogenasi yang ditangkap pada ikatan berenergi
tinggi sebagai Pi, kombinasi dengan ADP membentuk
ATP
 Rantai transport electron digambarkan sebagai air terjun:
Ketika electron ditransfer dari karier (pembawa) ke karier di
rantai, energi mereka berkurang dan beberapa dari energi
yang mereka hilangkan digunakan untuk membuat ATP

 Rantai transport electron

o Melalui rangkaian reaksi oksidasi reduksi, rantai
transport electron melangsungkan 2 fungsi:
1. Menerima electron dari donor electron dan mentransfer mereka menjadi aseptor electron
2. Menghemat sintesis ATP, beberapa energi dilepas selama transfer electron
o Beberapa tipe enzim kompleks terlibat di transport electron
 Pembawa electron membrane terkait:
1. Menerima dan mentrasnfer electron
2. Menghemat energi yang dilepas untuk sintesis ATP
 Enzim oksidasi/reduksi:
NADH dehydrogenase, Flavoprotein, Protein besi sulfur, Sitokrom, Quinones (lemak terlarut)

 Kemiosmosis
 Elektron untuk atom hydrogen hilang dari reaksi
siklus krebs ditransfer melewati system
transport electron
 Transport electron membuat potensial H
menyebrangi membrane
 ATP diproduksi oleh gaya penggerak proton
(pmf) dengan membiarkan H menyebrangi
membrane
 Kombinasi dari hydrogen/ Electron pengangkut
Peter Mitchell 1961

 Respirasi anaerobic
  Penerima elektron selain oksigen yang digunakan, seperti: oksigen inorganic- mengandung molekul seperti
nitrat (NO3-), sulfat (SO42-), besi (Fe3+), karbonat (CO32-), dan perklorat(ClO4-)
 Sedikit energi yang dilepaskan
 Mengizinkan mikroorganisme berespirasi di
lingkungan anoksik
 Penerima electron terakhir: respirasi aerobic,
respirasi anaerobic, dan fermentasi
mempunyai penerima electron terakhir yang
berbeda

Pembersihan mikroba: 1989 Exxon Valdez minyak

tumpah di Gulf, Alaka seperti Green Island
Bioremediasi, aplikasi nutrisi (nitrogen dan fosfor)
mempercepat degradasi bakteri dari minyak
menjadi karbon dioksida dan air

 Metabolisme lemak
Banyak mikroorganisme seperti hewan bisa memperoleh energi dari lemak
1. Lemak dihidrolisis menjadi gliserol dan 3 asam lemak
2. Gliserol dimetabolisis dengan glikolisis
3. Asam lemak dipecah menjadi 2 bagian karbon oleh beta-oksidasi

 Metabolisme protein
 Protein bisa di metabolisis untuk energi
 Mereka pertama dihidrolisis menjadi asam amino tunggal oleh enzim proteoliktik
 Asam amino dideaminas
 Molekul ini memasuki glikolisis, fermentasi dan siklus krebs

 Fototropi
Ada dua tipe fotosintesis pada mikroorganisme:
1. Berbentuk sama seperti fotosintesis tumbuhan (evolusi oksigen) – cyanobacteria dan algae
 2. Fotosintesis bakteri – Fototropik purple sulfur bacteria

 Kemoautotrof
 Generasi energi melibatkan inorganic bukan kimia organic
 Donor electron merupakan inorganic kimia seperti hydrogen sulfide, gas hydrogen, besi (Fe2+) dan
ammonia (NH3)
 Respirasi aerobic tapi sumber energinya inorganic
 Banyak kemolitotrof menggunakan karbon dioksida sebagai sumber karbon (autotroph)

 Bioluminisensi
 Kemampuan organisme untuk memancarkan cahaya, tampaknya telah berevolusi sebagai produk
sampingan dari metabolism aerobic
 Bakteri dari golongan Photobacterium dan Achromobacter, kunang-kunang, cacing bercahaya, dan
organisme laut yang hidup di laut dalam memperlihatkan bioluminisensi
 Banyak organisme pemancar cahaya memiliki enzim luciferase bersama dengan komponen lainnya dari
system transport electron
 Contoh : bakteri bioluminisensi, angler fish
CHAPTER 4
PERTUMBUHAN DAN KULTUR BAKTERI
 Pertumbuhan dan pembelahan sel
Pertumbuhan mikroba didefinisikan :
1. Sel induk ukurannya menjadi 2x lipat dari biasanya
2. Terbagi menjadi 2 sel anak
 Pertumbuhan mikroba : peningkatan jumlah sel yang terjadi karena
pembelahan sel.
 Pembelahan Sel :
o Pembelahan biner (pembelahan sel yang sama): 1 sel menduplikasi
komponen-komponennya dan terbagi menjadi 2 sel.
o Septum: 1 partisi/ sekat tumbuh diantara 2 sel anak maka 2 sel
tersebut terpisah
o Budding (pembelahan sel yang tidak sama): sel baru yg kecil
berkembang dari permukaan sel induk, lalu memisah dari induknya
 Fase pertumbuhan
Organisme memiliki 4 fase umum pertumbuhan :
1. The lag phase
 Jumlah organisme tidak bertambah signifikan
 Aktif secara metabolik
 Bertumbuh secara ukuran, sintesis enzim, dan
menerima/menggabungkan molekul dari medium
 Memproduksi energi dalam jumlah yang besar dalam
bentuk ATP
2. The logarithmic phase
o Organisme telah beradaptasi dengan medium
tumbuhnya
o Pertumbuhan terjadi saat exponential (log)
Synchronous growth: situasi hipotesis di mana jumlah
sel kultur bertambah sesuai dengan pola-pola tangga ,
terjadi ketika membelah secara bersama
Nonsynchronous growth: situasi alami di mana
pembelahan sel terjadi tidak pada waktu yang
bersamaan, ada yang lebih lambat
o Pembelahan terjadi pada tingkat yang paling cepat
o Biasanya interval (waktu generasi) ditentukan secara genetik
3. The stationary phase
o Pembelahan sel menurun pada suatu titik di mana jumlah sel
baru yang diproduksi sama dengan rasio jumlah sel tua yang
mati.
o Jumlah sel yang hidup konstan
4. The death phase
o Kondisi di mana medium menjadi kurang
mendukung pembelahan sel
o Sel kehilangan kemampuan untuk membelah
dan kemudian mati.
o Jumlah sel yang hidup berkurang sesuai
logarithmic rate
o Kondisi toksin semakin banyak sedangkan
nutrisi habis
 Serial Dilution and Standard Plate Counts
o Standard plate count
= salah satu metode untuk mengukur pertumbuhan
bakteri. Seperti yang dilakukan Robert Hooke
o Agar plate
  cawan petri yang mengandung nutrisi yang dipadatkan dengan agar
 bakteri diletakkan di medium pertumbuhan bakteri (padatan mirip agar)
 medium yang digunakan biasanya : agar nutrisi (NA) dan kaldu nutrisi (NB)
o Serial dilutions digunakan untuk mengencerkan kultur bakteri asli sebelum dipindahkan ke plat agar.
Menghitung jumlah bakteri per ml menggunakan serial dilution.

 Metode perhitungan bakteri

1. Pour plate: dibuat dengan terlebih
dahulu menambahkan 1.0 ml kultur
encer ke 9 ml agar-agar cair.
Bakteri diambil dan dihomogenasi
dengan agar yang masih panas.
Kemudian dituangkan ke cawan
petro (diinkubasi). Nantinya koloni
bakteri tumbuh di permukaan dan
bawah permukaan.
2. Spread plate: dibuat dengan
menambahkan 0.1 ml kultur encer
ke permukaan medium padat.
Setiap larutan dilakukan duplo,
triplo dll.. Nanti koloni bakteri akan
muncul di permukaan
 Direct Microscopic Counts
 Menggunakan Petroff-Hausser
counting chamber
 Suspensi bakteri dimasukkan ke
chamber dengan pipa yang
dikalibrasi
 Mikroorganisme dihitung di daerah kalibrasi yang spesifik
 Jumlah per satuan volume diukur menggunakan formula
yang tepat

 Most Probable Number (MPN)

 Metode untuk memperkirakan jumlah sel
 Digunakan ketika sample mengandung sangat sedikit
organisme
 untuk menghitung jumlah populasi dari standar plate count
 Seri dari pengenceran yang semakin besar
 Test MPN terdiri dari 5 tabung yang masing-masing
memiliki 3 volume (e.g. 10, 1, and 0.1ml)
 A MPN test: tabung yang menghasilkan gelembung udara
diberi label (+), yg berarti mengandung organisme

 Turbiditas = kekeruhan / tampak berawan

• Indicator pertumbuhan bakteri di urun (tabung sebelah kiri)
• Dihitung dengan Optical Density (OD), dibaca dengan spectrometer.
• Dari hasil OD yang diperoleh, dapat menentukan jumlah bakteri per mm kubik dengan
melihat table.

 Spectrophotometer: alat yang dapat digunakan untuk mengukur pertumbuhan

bateri dengan menentukan derajat transmisi melalui kultur

 Faktor yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri

 Jenis organisme yang ditemukan dalam suatu lingkungan tertentu dan tingkat
pertumbuhannya dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor, seperti fisik dan biokimia
  Faktor fisik meliputi: pH, suhu, konsentrasi oksigen, kelembaban, tekanan hidrostatik, tekanan osmotik,
dan radiasi
 Faktor gizi meliputi: ketersediaan karbon, nitrogen, sulfur, fosfor, mineral, dan, vitamin
1. pH
 pH optimum : terjadi pertumbuhan mikroorganisme paling baik (e.g. pH 7)
 Berdasarkan toleransi asam basanya, bakteri diklasifikasikan :
1. Acidophiles (suka asam):pH 0.1-5.4
2. Neutrophiles: pH 5.4 to 8.0
3. Alkaliphiles (suka basa): pH 7.0-11.5
2. Suhu
• Obligate: organisme harus berada di
kondisi lingkungan yg spesifik
• Facultative: organisme mampu
menyesuaikan diri dan mentolerir kondisi
lingkungan, tapi dapat hidup dengan
kondisi lain
• Berdasarkan suhu pertumbuhannya,
bakteri dikasifikasikan :
1. psychrophiles: 15-20oC
2. Mesophiles: 25-40oC
3. Thermophiles: 50-60oC -> Thermophilic sulfur bacteria dapat hidup dan bertumbuh di geyser
meskipun suhunya mendekati suhu mendidih

3. Oksigen
 Aerobes: butuh oksigen untuk tumbuh
 Obligate aerobes: harus memiliki oksigen bebas untuk
respirasi aerobik(e.g. Pseudomonas)
 Anaerobes: tidak membutuhkan oksigen untuk tumbuh
 Obligate anaerobes: mati jika ada oksigen bebas (e.g.
Bacteroides)
 Microaerophiles: tumbuh terbaik dengan sedikit
oksigen bebas
 Capnophiles: suka CO2, berkembang dibawah kondisi
oksigen yang rendah
 Facultative anaerobes: melakukan metabolisme aerobik
ketika ada O2 dan melakukan metabolisme anaerobik
ketika tidak ada O2
 Aerotolerant anaerobes: dapat hidup dengan adanya O2, tapi tidak menggunakan O2 untuk
metabolismenya

4. Tekanan Hidrostatik
 Air di laut dan danau memiliki tekanan yang sebanding dengan kedalamannya
 Tekanan menjadi 2x lipat ketika kedalaman bertambah 10 m
 Barophiles: bakteri yang hidup pada tekanan tinggi, tapi mati pada tekanan standar

5. Tekanan Osmosis
 Lingkungan yang mengandung zat terlarut
mengakibatkan tekanan osmosis, dan tekanan
dapat melampaui zat terlarut di dalam sel
 Hyperosmotic environments: sel kehilangan air
dan mengalami plasmolisis ( sel menyusut)
 Hypoosmotic environment: sel mendapat air,
membengkak ,dan lisis

 Halophiles
• Suka garam, membutuhkan jumlah garam yang banyak
• Sistem transportasi membran aktif mengangkut ion Na keluar sel dan kalium ke dalam
• Kenapa halofil butuh garam?
1. Sel membutuhkan Na untuk mempertahankan konsentrasi kalium intraseluler yg tinggi untuk fungsi
enzimatik.
2. Sel butuh Na untuk mempertahankan integritas dinding selnya

 Faktor Nutrisi
 Sumber karbon, sumber nitrogen, sulfur dan fosfat, trace elemen (cnth: tembaga, besi, seng, kobalt),
vitamin (cnth: asam folat, vitamin B-12, vitamin K)
 Spiroplasma memerlukan campuran 80 bahan untuk mendukung pertumbuhan nutritionalnya.
 Spiroplasma sp. = penyebab penyakit ratusan pangan dan binatang

 Lokasi Enzim
 Exoenzymes: produksi enzim yang dilepaskan melalui sel / membran plasma
 Extracellular enzymes: biasanya digunakan bakteri gram positif , dilakukan di medium sekitar organisme
 Periplasmic enzymes: biasaya diproduksi bakteri gram negatif, dilakukan di ruang periplasmic
 Sporulation
 Pembentukkan endosporea, terjadi pada Bacillus, Clostridium and bakteri gram-positive lainnya
 Pelindung / mekanisme bertahan hidup, bukan sebagai alat reproduksi
 Ketika pembentukkan endospora dimulai, DNA direplikasi dan membentuk nukleoid yang pajang,
compact, dan axial

 Inti/core (bagian dari endospora hidup): sebagian besar RNA sel dan beberapa molekul protein sitoplasma
berkumpul di sekitar DNA
 Asam dipicolinic: terkandung dalam inti bersama dengan ion kalsium
 Endospora septum: tumbuh di sekitar inti, mengapit inti di dalam membran dgn ketebalan ganda
 Cortex: membentuk lapisan-lapisan saat peptidoglikan dilepaskan ke ruang antara membran septum
endospora
 Pelindung spora: keratin seperti protein, tahan terhadap bahan kimia, ada di sekitar korteks
 Exosporium: ditemukan di beberapa endospora, membran lipid-protein terbentuk di luar pelindung

Siklus vegetatif dan

sporulasi bakteri yang
mampu bersporulasi

 Germination
• Spora kembali ke vegetatif, terjadi dalam 3 tahap :
1. Activation
2. Germination proper
3. Outgrowth
 Kultur Bakteri
 2 masalah kultur bakteri di lab :
 1. Kultur murni (kultur yang hanya berisi 1 spesies organisme ) dari 1 spesies dibutuhkan untuk
mempelajari karakteristik dari suatu organisme
2. Harus menemukan media yang mendukung pertumbuhan bakteri yang diinginkan
 Metode streak plate menggunakan plate agar untuk kultur murni
 Tipe media kultur :
1. Natural Media: di alam, banyak spesies mikoorganisme bertumbuh bersama di laut, danau, tanah,
hidup di organisme yang hidup / mati
2. Synthetic medium: Medium disiapkan di laboratorium dari bahan yang tepat dan dikomposisikan
dengan baik.
3. Complex medium: mengandung bahan-bahan yang sudah biasa digunakan tapi dengan sedikit variasi
dalam komposisi kimia dari batch ke batch (e.g. peptone, produk dari enzim pencernaan protein)
• Media yg biasa digunakan: Yeast Extract, Casein Hydrolysate, Serum, Blood agar, Chocolate agar
• Medium dibagi menjadi :
1. Medium Selektif: mendorong pertumbuhan beberapa organisme tetapi menekan pertumbuhan
organisme lainnya (e.g. antibiotics), yg boleh tumbuh cuma 1 jenis organisme aja. Yang tumbuh hanya
bakteri yang kita inginkan. Cnth : jamur – yang diinginkan dan bakteri – diberi antibiotik
2. Medium Diferensial: medium yg mengandung beberapa jenis bakteri yg bisa dibedakan dari karakternya.
Semua bakteri dapat tumbuh, tapi bakteri yang diinginkan dapat diobservasi/dibedakan.
3. Medium Pengaya: mengandung nutrisi khusus yg memungkinkan pertumbuhan organisme tertentu
lebih banyak daripada organisme lainnya, sehingga lebih mudah diisolasi dan diidentifikasi
 Pengawetan kultur
o Untuk menghindari risiko kontaminasi dan untuk mengurangi laju mutasi, organisme kultur harus
disimpan dalam kultur pengawetan, kultur di mana organisme dipertahankan dalam keadaan tidak aktif
1. liofilisasi
2. Dibekukan pada -70oC
3. Pendinginan
o Reference culture (type culture): pengawetan kultur yang mempertahankan karakter asli organisme

 Metode Melakukan Tes diagnostic multiple

1. The Enterotube System
2. The Analytical Profile Index (API) System
Berbagai spesies Enteobacteriaceae dengan berbagai reaksi, sehingga memungkinkan untuk
diidentifikasi

Tambahan :

 3 spesies Candida dapat dibedakan Identifikasi patogen saluran kemih

dalam kultur campuran ketika dengan Media diferensial (CHROMagar)
tumbuh di piring CHROMagar Candida

Untuk mengkultur anaerob obligat, semua

 Candle Jar culture
of anaerobes and molekul O2 harus dihilangkan dari media. Plate
microaerophiles agar diinkubasi dalam toples tertutup yg
mengandung zat kimia yg mampu
menghilangkan O2 dan menghasilkan CO2 / air

 Anaerobic transfer
CHAPTER 5
Genetic mikroba, Transfer Gen dan Teknik Genetika

 Genetik Mikroba
 Kebanyakan prokariotik punya tunggal, kromosom bundar
 Ketika perenggangan, molekul DNA tunggal ini sepanjang
1mm (1000 kali lebih panjang daripada sel)
 Molekul yang sangat besar ini cocok dengan sel nucleoid
dengan memutar di sekeliling dirinya (supercoiling)

 DNA superkoil
 DNA bisa menjadi superkoil pada tujuan positif dan negative
 Superkoil negative muncul ketika DNA berputar pada
porosnya dengan arah berlawanan dari double helix kidal
 Ini dalam bentukan bahwa DNA supercoil banyak ditemukan
di alam
 Topoisomerase
 DNA supercoiling pada prokariot biasanya membawa ragam yang berbeda dengan eukariot
 Pada bakteri dan archaea, DNA gyrase (topoisomerase II) memperkenalkan supercoil negative
 Girase terbalik: ditemukan di hipertermofilik spesies dari Archaeal memperkenalkan supercoiling positif
(overwinding)
 Vibrio cholera
 Bakteri sel ini memiliki 2 kromosom bundar, 1 besar dan 1 kecil
 Kromosom: molekul DNA harus memiliki informasi genetika esensial untuk organisme bertahan hidup
 Plasmid mengandung hanya informasi genetika yang bisa sangat membantu untuk organisme, tapi mereka
bisa bertahan tanpanya

 Definisi dari gen:

 Unit dasar dari hereditas; urutan linear dari DNA nukleotida yang membentuk unit fungsional dari kromosom
atau plasmid
 Gen dengan informasi yang berbeda pada tempat yang sama dinamakan alleles
 Karena prokariot punya kromosom tunggal, mereka umumnya hanya punya satu versi atau alel dari tiap
gennya

Transfer informasi dari DNA ke protein

Metode untuk menentukan gen mana yang terletak

pada kromosom spesifik

 Replikasi DNA di beberapa prokariot

 Asal replikasi: tempat pada kromosom di mana sintesis DNA dimulai
 Terdiri dari urutan tertentu sekitar 300 basis yang dikenali oleh protein inisiasi spesifik
 Sebagai kelanjutan replikasi, sisi replikasi (cabang replikasi), mengambil pengaturan antiparallel yang
dikenal sebagai alur terpimpin dan tertinggal
 Pada DNA sirkuler, replikasi dua arah ini mempimpin ke formasi dari karakteristik struktur yang disebut
struktur theta
 Ketika dua cabang replikasi bertemu, dua
kromosom baru berpisah – masing-
masing mengandung satu baru dan satu
lama alur.

 SIntesis protein – prokaroit dan eukariot

 Pada prokariot, transkripsi da
translasi muncul di sitoplasma
 Pada eukariot: transkripsi
bertempat di nucleus, translasi di
sitoplasma
 Eukariot dan Achaeans mempunyai
wilayah gen yang merupakan kode
untuk protein (exon) dan wilayah
nonkode disebut introns

 Transkripsi RNA dari template DNA

 -PPP menunjukkan energi tinggi
trifosfat dan –PP menunjukkan
sebuah pirofosfat
 Pada RNA, urasil (U) berpasangan dengan adenine(A) daripada timin(T)
 RNA transkrip pada 5’ ke 3’
 Helai RNA komplementer digunakan sebagai template untuk mentranskrip helai DNA baru

 Eukariotik gen berbeda

dalam kompleksitas dengan
gen prokariot
 Urutan pengkodean
dari DNA disebut
exons(E) dan urutan
nonkode disebut
introns(I)
 Stelah ditranskripsi
menjadi RNA, introns
hilang dan ekson
disambung bersama
dengan spliceosomes
 Hasil mRNA siap untuk
mengarahkan sintesis
protein dan
meninggalkan nucleus

 Tipe RNA
 3 tipe RNA
berpartisipasi pada
sintesis protein:
 o RNA ribosom (rRNA)
o RNA messenger (mRNA)
o RNA transfer (tRNA)
 Tiap2nya disintesis dengan transkripsi menggunakan helai tunggal dari DNA sebagai template

 Struktur Ribosom Prokariot

 Tidak mengandung pesan genetic, melainkan
berfungsi sebagai sisi untuk sintesis protein
 Erat mengikat protein spesifik untuk memproduksi
dua subunit ribosom (besar dan kecil), yang
berkombinasi bersama untuk membentuk
ribosom.
 Wilayah sintesis protein adalah pada
persimpangan dari tiga komponen

 mRNA
 membawa informasi genetika dari gen (DNA)
keluar dari nucleus masuk ke sitoplasma sel di mana
ditranslasi untuk memproduksi protein
 Mengandung basis kembar tiga dinamakan kodon yang
merupakan kode genetic
 Menempel satu atau lebih ribosom

 Kode genetik
 Tiga huruf dasar singkatan untuk asam amino yang
dikenal sebagai kodon
 UAA, UAG, dan UGA bukan kode untuk beberapa asam
amino, kode tersebut untuk berhenti menunjuk kodon
terminator
 AUG untuk memulai dan asam amino, methionine(met)
 SIntesis protein selalu dimulai dengan met

 Transfer RNA
 Fungsinya adalah untuk mentransfer asam amino dari sitoplasma ke ribosom untuk mengganti menjadi
molekul protein
 Tiap tRNA molekul mengandung 75-80 nukleotida yang terlipat kembali pada dirinya untuk membentuk
beberapa lilitan yang stabil dengan pasangan basa komplementer

 Trasnkripsi vs translasi
 Transkripsi adladh sintesis mRNA dari template DNA
 Translasi adalah proses di mana sintesis protein ribosom menggunakan produksi RNA transkrip dewasa
selama transkripsi
 Beberapa ribosom bisa diikat pada pin yang berbeda sepanjang molekul RNA untuk membentuk
poliribosom (polysome)

 Poliribosom
 Adanya banyak ribosom naik secara bersamaan sepanjang satu bagian dari mRNA
 Memungkinkan untuk bersamaan bertranskripsi dan bertranslasi pada prokariot
 Langkah sintesis protein
 Signifikasi mekanisme pengaturan
 Bakteri yang bertahan bergantung pada kemampuan mereka untuk tumbuh walau kondisi jauh dari ideal
 Bakteri telah mengembangkan mekanisme untuk menyalakan/mematikan reaksi sesuai kebutuhan mereka
 Sel tersebut menggunakan energi untuk sintesis zat pada jumlah yang diperlukan dan menghentikan sintesis
sebelum produksi berlebihan

 Kategori mekanisme pengaturan:

1. Umpan balik atau inhibisi produk
akhir
o Aktivitas enzim diatur secara
langsung
o Mekanisme control
menentukan seberapa cepat
enzim sudah akan mengkatalisis
reaksi
o Produk akhir dari tahap
biosintetik secara langsung
menginhibisi enzim pertama
pada tahap itu
o Inhibisi umpan balik
mengizinkan sel untuk
mengkonversi energi dalam dua
jalan:
 Sel mengeluarkan energi untuk sintesis produk akhir hanya ketika dibutuhkan
 Regulasi dari aktivitas enzim membutuhkan sedikit energi dibandingkan proses kompleks yang
mengatur ekspresi gen

2. Enzim Induksi : biasanya mengatur katabolisme

3. Enzim Represi : biasanya mengatur anabolisme
Induksi vs represi mekanisme
 Enzim terinduksi: dibuat hanya ketika substratnya ada di lingkungan
 Enzim terepresibel: enzim yang sintesisnya diinhibisi dengan adanya sinyal molekul (repressor)
 Enzim konstitutif: enzim tak diatur yang selalu diproduksi pada tingkat konstan karena selalu diperlukan

 Operon prokariot
 Operon: satu set gen yang berhubungan erat yang dihubungkan oleh operator tunggal dan ditranskrip
bersama
  Satu operon mencakup:
o Gen structural: membawa informasi untuk sintesis protein spesifik
o Sisi regulatori: mengontrol ekspresi dari gen structural; berjarak dari operon
 Regulasi transkripsi
 Banyak mekanisme pengaturan bertindak transkripsi
 Mereka merubah aktivitas dari RNA polymerase
 Ini dicapai dengan mengganti frekuensi pada gen particular yang ditranskrip
 Jika transkrip dibuat jarang, sedikit protein yang dibuat
 Protein regulasi yang mengikat DNA
 Transkripsi sering diatur oleh protein yang mengikat DNA
 Protein ini mengikat wilayah spesifik DNA yang disebut operator
 Operator dekat dengan promoter gen di mana RNA polymerase normalnya diikat
 The lac operon
 3 enzim dibutuhkan untuk metabolism laktosa dikode oleh lac operon:
1. Galactosidase permease (lacY gene)
2. Betha-galactosidase (lacZ gene)
3. Galactosidase transacetylase (lacA gene)
 Wilayah promoter-operator (sisi regularori)
 Lac repressor
 Gen regulator I mensintesis langsung lac repressor
 Lac repressor adalah protein yang mengikat operator dan mencegah transkripsi dari gen Z, Y dan A yang
berdekatan
 Gen I adalah contoh dari gen konstitutif; selalu menjalani sintesis protein

Ketika laktosa
tidak ada,
repressor
mengikat
operator,
mencegah
transkripsi
untuk muncul

Ketika laktosa ada, mengikat repressor, menonaktifkan

 Enzim represi
 Proses control di mana substansi yg dibutuhkan untuk tumbuh disintesis
 Sintesis dari asam amino triptofan
 Trp operon
 Seperti operon lain, trp operon memiliki lebih dari satu tipe regulasi
 Trp operon
 Mengandung lima gen structural untuk tahap biosintetik tritofan
 Enzim pertama tahap ini, anthranilate synthetase adalah subjek untuk inhibisi umpan balik oleh triptofan
 Ketika triptofan tersedia untuk sel bakteri, dia mengikat ke repressor inaktif dan mengaktifkannya
 Repressor aktif mengikat ke promoter dimana merepresi sintesis enzim yang diperlukan untuk memproduksi
triptofan
 Enzim induksi dan enzim represi keduanya adalah mekanisme pengaturan yang mengontrol produksi enzim
dengan merubah ekspresi gen
 Walau kedua mekanisme ini memperlihatkan efek yang berbeda, mereka sesungguhnya mewakili dua
contoh dari operasi mekanisme tunggal untuk menghidupkan dan mematikan gen
 Represi katabolit
 Mengatur ekspresi dari banyak gen dan operon dalam respon untuk ketersediaan sumber karbon untuk
tumbuh
 Mencegah ekspresi dari katabolisme gen yang mengkode sumber karbon ketika sumber karbon yang lebih
baik tersedia
 Melindungi sel dari ekspresi lac operon jika sumber karbon yang lebih cocok tersedia
 Jika glukosa dan laktosa tersedia untuk E coli, dia menggunakan glukosa terlebih dahulu

Kurva pertumbuhan bakteri yang

mengandung glukosa dan laktosa

 Tipe dan signifikasi transfer gen

 Gen transfer: mengacu pada perpindahan dari informasi genetic antar organisme
 Rekombinasi: kombinasi dari gen (DNA) dari dua sel yang berbeda
 Transfer gen vertical: ketika gene melewati orangtua menuju keturunannya
 Horizontal (lateral) transfer gen: Melewati gen ke mikroba lain dari generasi yang sama

 Mekanisme lateral transfer gen pada bakteri

A. Transformasi
 Perubahan karakteristik organisme karena transfer informasi genetika
 DNA telanjangL DNA yang terlepas dari sebuah organisme setelah sel tersebut lisis dan DNA tidak lagi
dimasukkan ke kromosom
 Faktor kompetensi yang terlepas menuju perantara dan tampaknya memfasilitasi masuknya DNA ke
dalam sel
 DNA transport protein dan eksonukleus ( enzim yang memotong DNA) selalu dibutuhkan
 Eksperimen Griffith

Mekanisme transformasi bakteri

B. Transduksi
 Sebuah metode mentransfer material genetika menggunakan bakteriofag
 Bakteriofag: sebuah virus yang menginfeksi bakteri
 Fag: terdiri dari inti dari asam nukleat dilindungi oleh lapisan protein
 Fag mampu menginfeksi sebuah bakteri yang menempel ke sisi reseptor pada dinding sel
 Fag jahat: mampu menyebabkan infeksi dan destruksi serta kematian dari sel bacterial
 Fag sederhana: biasanya tidak menyebabka infeksi yang menggangu
 Profag: DNA yang digabungkan menjadi inang bakteri DNA
 Lisogeni: Kegigihan dari profag tanpa fag bereplikasi dan distruksi sel bakteri

Siklus Hidup Bakteriofag

I. Transduksi khusus
 Beberapa fag lisogenik dikenal untuk membawa transduksi khusus
 Lambda fag pada E Coli sudah dipelajari
 Fag selalu masuk pada lokasi spesifik ketika mereka bergabung dengan sebuah kromosom
 Lambda fag masuk ke kromosom E Coli antara gen galaktosa dan gen biotin
II. Transduksi umum
1. Infeksi bakteriofag pada inang bacterium memulai siklus litik
2. Kromosom rusak menjadi pecahan yang bisa dibawa dan dikemas dengan DNA fag
 3. Partikel terlepas dan menginfeksi sel bakteri yg lain
4. Inang menempati gen yang telah dibawa (transduksi) dari sel sebelumnya

Transduksi Umum
Transduksi khusus oleh lambda fag pada E Coli

C. Konjugasi
 Informasi genetic ditransfer dari satu sel ke yang lain
 Konjugasi berbeda dengan mekanisme lainnya di 2 hal:
 Memerlukan kontak antara donor dan penerima sel
 Mentransfer kuantitas yg lbh besar dr DNA
 Kadang seluruh kromosom bisa ditransfer

 Transfer Plasmid F
 F plasmid adalah bundar, molekul DNA beruntai ganda
 F+ sel mengandung F(fertilitas) plasmid dan membuat F pilus
 F- sel kekurangan F plasmid
 F pilus (pilus reproduksi): sebuah jembatan konjugasi pilus yang menempel pada F- sel
 Perkawinan F+ dan F-
1. Sel mentransfer satu helai DNA dari F plasmidnya ke F= sel lewat jembatan konjugasi
2. Untaian komplementer dari F plasmid DNA disintesis
3. Penerima sel mendapat kopi an lengkap dari F plasmid dan sel pendonor menguasai kopian lengkap
 Rekombinasi frekuensi tinggi (Hfr)
 Bisa menyebabkan lebih dari 1000x jumlah genetic rekombinasi terlihat di F+ dan F-
 Helaian Hfr muncul dari helai F+ ketika plasmid F bergabung menjadi bakteri kromosom pada beberapa sisi
yang memungkinkan
 Ketika sebuah Hfr sel menjadi pendonor pada konjugasi, plasmid F memulasi transfer DNA kromosom
 Bagian memulai: bagian dari plasmid F yang ditransfer bersama dengan gen kromosom berdampingan
 Experimen Lederberg
(penemuan Konjugasi)

Transfer Plasmid F Rekombinasi frekuensi tinggi (Hfr)

 Transfer F’ plasmid
 DNA yang digabungkan ke dalam sebuah kromosom bisa dipisahkan darinya dan menjadi F plasmid lagi
 PAda banyak kejadian pemisahan ini muncul dengan tidak tepat, dan sebuah pecahan dari kromosom
terbawa dengan plasmid F
 Sel mengandung banyak plasmid yang disebut untaian F’
 Plasmid
 F plasmid mengarahkan sintesis protein yang merakit diri menadi konjugasi pili
 Plasmid resistan membawa gen yang memberikan perlawanan ke berbagai antibiotic
 Plasmid lain mengarahkan sintesis protein bakteriosidal yang disebut bakteriosins
 Plasmid bervirus membawa gen yang menyebabkan penyakit
 Plasmid tumor terinduksi menyebabkan formasi tumor di tumbuhan

Transfer F’ Plasmid Beberapa plasmid mengandung fen untuk enzim katabolik

 Teknik genetika
 Mengacu pada manipulasi bertujuan dari material genetika untuk mengubah karakterisktik dari sebuah
organisme pada cara yang diinginkan
 Fusi genetic: mengizinkan transposisi gen dari satu lokasi pada kromosom ke yang lain
  Fusi protoplast: dicapai dengan penghapusan enzimatis dinding sel organisme dari dua untai dan
menggabungkan hasil protoplast

 Teknologi DNA rekombinasi

 Membuat DNA rekombinan melibatkan 3 proses:
1. Manipulasi DNA in vitro
2. Rekombinasi dari DNA organisme lain dengan DNA bacterial dalam fag atau plasmid
3. Kloning atau produksi banyak keturunan genetic yg identic, atau fag atau plasmid yang membawa DNA
asing
CHAPTER 6
Sterilization and Disinfection Antimicrobial Therapy
 Prinsip dari sterisilasi dan disinfektasi :
o Disinfektan : agen kimia yang diterapkan ke benda mati
o Antiseptik : agen kimia yang diterapkan pada jaringan hidup
o Sterilisasi : membunuh / menghilangkan semua sel hidup, spora, virus pada suatu objek
o Sterility : tidak ada organisme yg hidup pada suatu objek
o Disinfeksi : pengurangan jumlah mikroorganisme patogen ke suatu titik di mana patogen tersebut
tidak akan menyebabkan penyakit

 Mengontrol pertumbuhan bakteri

o Jumlah bakteri yg mati pada interval tertentu
o Semakin sedikit jumlah organisme yang ada, semakin sedikit waktu yang diperlukan untuk mencapai
steril.
o Respon mikroba berbeda-beda terhadap suatu antimikroba
o Fase yg paling mudah untuk dilakukannya sterilisasi : fase logaritmik
o Germisida : agen yang mampu membunuh patogen dan nonpatogen, tapi belum tentu bisa
membunuh endospora
o Agen Bakteriostatik : agen yang menghambat pertumbuhan bakteri
1. Bakterisida : membunuh
2. Bakteriostatik : hanya menghambat pertumbuhannya saja
o Agen Antimikroba kimia
 Potensi : waktu, suhu, pH, konsentrasi
 Mengevalusasi efektivitas
1. Koefisien phenol
2. Filter paper method
3. Dilution test

 mekanisme aksi

a) Perusakan protein : gambar sebelah kiri

b) perusakan membran dengan surfaktan : gambar sebelah kanan
c) merusak komponen sel lainnya
 asam nuleat dan sistem penghasil energi (ex allcalyting agents)
 formasi dinding sel dgn pewarna/ dicelup ke bahan tertentu
 menghambat fermentasi (mencegah untuk menghasilkan energi) , ex asam nukleat, asam
propinat
 Jenis-jenis disnfektan
1. sabun / detergen
2. asam / basa
3. logam berat
4. halogen
 stuktur disinfektan
 menggunakan metode fisika untuk mengontrol pertumbuhan bateri:
1. pemanasan
 cara yg paling umum digunakan untuk membunuh mikroba
 bisa menggunakan panas lembab dan panas kering (oven)
 paparan air mendidih selama 10 menit bisa membunuh sel vegetatif dan spora
 sterilisasi uap (autoclaving) digunakan untuk membunuh endospora
A. autoclaving
 jika tekanan diturunkan, maka titik didih naik, sehingga suhu bisa diatas 100 o C
 tekanan : 15 lbs per square inch (psi)
 5 – 20 menit pada 121oC
 Prions sangat tahan panas, maka harus disterilisasi lebih lama dan suhu lebih panas (134oC
selama 18 menit)

mengecek sterilisasi
B. pasteurisasi
 Proses yg ditemukan oleh Pasteur untuk menghancurkan mikroba yg menyebabkan anggur menjadi
asam
 Membunuh patogen : Salmonella dan Mycobacterium
 Susu dipasteurisasi dgn dipanaskan hingga 71.6oC selama minimal 15 detiik (flash method)
 Susu dipasteuriasi dgn dipanaskan hingga 62.9oC selama 30 menit (holding method)
2. Temperatur Dingin
3. Filtasi
 dapat digunakan untuk mensterilkan zat-zat yg tidak tahan panas
 Untuk memisahkan virus dari bakteri (pembuatan vaksin)
 Untuk mengumpulkan mikroorganisme dari sampel udara dan air (pengujian kualitas air)
4. Radiasi
 radiasi ultraviolet (260 nm) : cukup untuk membunuh mikroba, tapi tidak bisa menembus kaca, dirt
film, air
 Ionizing radiation (IR): baik untuk sterilisasi karena
kemampuannya untuk menembus jauh ke dalam objek,
sehingga dapat menghilangkan endospora, sel vegetatif
eukariot dan prokariot
 Ionizing radiation
 Menggunakan X rays dan gamma rays
 Mampu mengeluarkan elektron dari atom untuk
membentuk ion
 Merusak DNA dan memproduksi peroksida
(oksidator yg kuat dalam sel)
 Deinococcus radiodurans: Mampu bertahan dari 1000X jumlah radiasi yang dapat membunuh
manusia (bioremediasi lokasi yang terkontaminasi radioaktif)