RINGKASAN

Karakteristik organisme prokariotik adalah adanya operon. Operon

merupakan kumpulan gen yang lokasinya berdekatan antara satu dengan
yang lain pada suatu genom prokariotik, dimana hanya terdapat satu atau
dua nukleotida pada akhir suatu gen dan dapat dijadikan sebagai penyambung
pada gen berikutnya. Operon sangat berperan pada proses ekspresi gen,
dimana semua gen dalam satu operon diekspresikan sebagai unit tunggal.
Model yang dikenal sebagai operon ada dua unsur yang mengatur ekspresi
gen struktural penyandi enzim yaitu gen regulator (repressor) dan operator
yang letaknya berdekatan dengan gen-gen struktural yang diaturnya.
Salah satu contoh operon yang pertama kali ditemukan adalah operon
lac. Operon lac merupakan suatu kumpulan tiga gen (lacZ,lacY, dan lacA)
yang mengkode enzim yang terlibat pada penggunaan laktosa oleh
bakteri Eschericia coli, dimana Operon lac dapat mempercepat ekspresi
gen. LacY mengkode laktosa permease yang mentransport laktosa ke dalam
sel, sedangkan lacZ dan lacA berfungsi mengkode enzim yang memisahkan
laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Ekspresi gen tidak dapat berjalan atau
inaktif apabila tidak terdapat operon yang menginduksinya. Hal ini didukung
dengan adanya laktosa yang mengaktivasinya sehingga gen dapat
terekspresikan. Operon mengkonversi disakarida berupa laktosa menjadi
monosakarida berupa glukosa dan galaktosa. Monosakarida hasil konversi ini
merupakan substrat untuk penghasil energi pada jalur glikolitik. Hal ini berarti
bahwa gen-gen pada operon lac adalah untuk mengkonversi laktosa ke dalam
bentuk yang dapat digunakan oleh bakteri E.coli sebagai sumber energi.
Laktosa bukan merupakan komponen umum bakteri E.coliyang terdapat
di alam, dimana operon tidak dapat diekspresikan dan penggunaan enzim
pada penggunaan laktosa tidak diproduksi oleh bakteri tersebut. Laktosa yang
telah tersedia dapat mengekspresikan (switch on) operon. Hal ini
mengakibatkan ketiga gen yang terdapat di dalam operon lac dapat
terekspresikan secara bersama dan hasilnya akan mengkordinasi sintesis
laktosa dengan penggunaan enzim.
 Gambar 1: Peranan operon lac pada proses transkripsi, tanpa adanya
laktosa, maka repressor lac akan mengikat operator dan apabila ada laktosa
maka repressor akan bergerak, kemudian RNA polymerase akan terikat pada
promoter menyebabkan RNA telah ditranskripsi yang kemudian akan
berlangsung translasi dan terbentuk enzim laktase.
Bakteri E.coli dan Bacillus substilis memiliki operon yang berjumlah
sama dan mengandung dua atau lebih gen. Gen-gen dalam operon secara
fungsional saling berhubungan satu sama lain untuk mengkode sejumlah
protein yang terlibat aktivitas biokimia tunggal seperti pada penggunaan gula
sebagai sumber energi atau sintesis asam amino. Jenis operon yang kedua
yaitu operon tryptophan pada E.coli. Tryptophan operon adalah contoh operon
biosintesis yang ekspresinya diregulasi oleh sebuah effector. Operon ini
mengandung lima buah gen struktural yang mengkode tiga enzim yang
diperlukan untuk konversi asam chorismic menjadi tryptophan, yaitu :
antrhanilate syntetase (komponen I yang dikode oleh trpE dan komponen II
yang dikode oleh trpD), N-(5′-phosphoribosyl)-anthranilate
isomerase/Indole-3-glycerol phosphate synthase yang disandikan
oleh trpC, Tryptophan synthase (β-subunit yang disandikan
oleh trpBI dan α-subunit yang disandikan oleh trpA).
Gambar 2: dua macam operon pada E.coli (A) Operon lac yang memiliki tiga
macam gen yaitu lacZ, lacY, dan lacA. (B) Operon Tryptophan yang memiliki
lima macam gen.
Sumber: Figure 2.2 (Brown, 2002).

Regulasi lac operon

March 25, 2010Biologi molekulerlac operon
Pengendalian ekspresi genetik merupakan aspek yang sangat penting bagi jasad hidup,
termasuk prokaryaot. Tanpa sistem pengendalian yang efisien, sel akan kehilangan
banyak energy yang justru merugikan jasad hidup. Bakteri Escherichia colimerupakan
salah satu contoh jasad hidup prokaryot yang paling banyak dipelajari aspek fisiologi
dan molekulernya. Bakteri ini mempunyai lebih dari 3000 gen yang berbeda dan
genomnya telah dipetakan serta diketahui urutan basa nukleotidanya secara lengkap.
Tidak semua di antara sekian banyak gen pada genom E. coli diaktifkan pada saat yang
bersamaan karena keadaan semacam ini justru akan menguras energy selular yang akan
memperlambat laju pertumbuhan sel. Oleh karena itu, dalam system molecular jasad ini
ada banyak sistem pengendalian ekspresi genetik yang menentukan kapan gen tertentu
diaktifkan dan diekspresikan untuk menghasilkan suatu produk ekspresi. Sebagai
contoh, jika dalam medium pertumbuhan E. coliterdapat gula sederhana, misalnya
glukosa (monosakarida), maka sel tidak perlu menjalankan sistem ekspresi gen-gen yang
bertanggung jawab untuk metabolisme gula yang lebih kompleks, missal laktosa
(disakarida). Gen-gen yang bertanggung jawab dalam metabolisme laktosa baru akan
diaktifkan setelah malalui suatu sirkuit regulasi tertentu.

Dalam sel prokaryot, ada beberapa gen structural yang disekspresikan secara bersam-
sama dengan menggunakan satu promoter yang sama. Kelompok gen semacam ini
disebut sebagai operon. Gen-gen semacam ini pada umumnya adalah gen-gen yang
terlibat di dalam suatu rangkaian reaksi metabolism yang sama, misalnya metabolism
laktosa, arabinosa dan lain-lain. Pengelompokan gen semacam ini di dalam suatu operon
membuat sel menjadi lebih efisien di dalam melakukan proses ekspresi genetic.
Sebaliknya di dalam jasad eukaryotic, sistem organisasi operon semacam ini tidak ada
karena setiap gen diatur oleh promoter tersendiri..

Secara umum dikenal dua sistem pengendalian ekspresi genetic yaitu pengendalian
positif dan pengendalian negative. Pengendalian (regulasi) pada suatu gen atau operon
melibatkan aktivitas gen regulator. Pengendalian positif pada suatu operon artinya
operon tersebut dapat diaktifkan oleh produk ekspresireh gen regulator. Sebaliknya,
pengendalian negative berarti operon tersebut dinonaktifkan oleh produk ekspresi gen
regulator. Produk gen regulator ada dua macam yaitu activator, yang berperan dalam
pengendalian secara positif dan repressor yang berperan dalam pengendalian secara
negative. Pengikatan activator atau repressor pada promoter ditentukan oleh keberadaan
suatu molekul efektor yang biasanya berupa molekul kecil, misalnya asam amino, gula,
atau metabolit serupa lainnya. Molekul efektor yang mengaktifkan ekspresi suatu gen
disebut inducer, sedangkan yang bersifat menekan ekspresi suatu gen disebut repressor.

PENGENDALIAN OPERON LAKTOSA (LAC)

Sistem lac operon adalah sistem pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab di
dalam metabolism laktosa. Sistem tersebut pertama kali ditemukan pada bakteri Escherichia
coli oleh Francois Jacob dan Jaques Monod pada akhir tahun 1950-an. Laktosa adalah disakarida
yang tersusun atas glukosa dan galaktosa. Jika bakteri E. coli ditumbuhkan dalam medium yang
mengandung sumber karbon glukosa dan laktosa secara bersama-sama makaE. coli akan
menunjukkan pola pertumbuhan yang spesifik. Setelah melalui fase adaptasi,E.coli memasuki
fase eksponensial yang ditandai dengan laju pertumbuhan yang meningkat secara
eksponensial, kemudian akan mencapai fase stasioner. Setelah mencapai fase stasioner
beberapa saat, kemudian bakteri akan tumbuh lagi memasuki fase eksponensial kedua sampai
akhirnya mencapai fase stasioner akhir. Dalam fase pertumbuhan semacam ini ada dua fase
eksponensial. Pada fase eksponensial pertama, E. coli menggunakan glukosa sebagai sumber
karbon sampai akhirnya glukosa habis dan E. coli mencapai fase stasioner yang pertama.
Selanjutnya pada fase eksponensial kedua E. coli menggunakan laktosa setelah glukosa benar-
benar habis. Pada fase stationer yang pertama sebenarnya yang terjadi adalah proses induksi
sistem operon laktosa yang akan digunakan untuk melakukan matabolisme laktosa.

Disakarida laktosa (gula susu) akan tersedia bagi E. coli apabila manusia inangnya
minum susu. Bakteri dapat menyerap laktosa dan memecahnya untuk memperoleh
energi atau menggunakannya sebagai sumber karbon organik untuk mensintesis
senyawa lain. Metabolism laktosa dimulai dengan hidrolisis disakarida menjadi dua
komponen monosakaridanya, glukosa dan galaktosa. Enzim yang mengkatalis reaksi ini
disebut ß-galaktosidase. Hanya sedikit molekul enzim yang terdapat pada sel E. coli yang
selama ini tumbuh dalam keadaan tanpa laktosa–misalnya di usus seseorang yang tidak
minum susu. Tetapi jika laktosa ditambahkan pada medium nutrient bakteri tersebut,
hanya dalam 15 menit jumlah molekul ß-galaktosidase di dalam sel ini akan meningkat
ribuan kali lipat.
Operon laktosa terdiri atas 3 gen structural utama yaitu gen lac Z mengkode enzim β-
galaktosidase yang menghasilkan dua monosakarida yaitu glukosa dan galaktosa, gen
lac Y mengkode permease galaktosida, yaitu enzim yang berperan dalam pengangkutan
laktosa dari luar ke dalam sel, dan gen lac A mengkode enzim transasetilase
thiogalaktosida yang perannya belum diketahui secara jelas. Ketiga gen struktural
tersebut dikendalikan ekspresinya oleh satu promoter yang sama dan menghasilkan satu
mRNA yang bersifat polisistronik. Selain ketiga gen structural tersebut, juga terdapat gen
regulator lac I yang mengkode suatu protein repressor dan merupakan bagian sistem
pengendalian operon laktosa.

Gen untuk ß-galaktosidase merupakan bagian dari sebuah operon, operon lac (lacuntuk
metabolism laktosa), yang mencakup dua gen lain yang mengkode protein yang
berfungsi di dalam metabolisme laktosa. Keseluruhan unit transkripsi ini berada di
bawah perintah satu operator dan satu promoter. Gen pengatur, lacl, terletak di luar
operon, mengkode protein repressor alosterik yang dapat mengubah operon lac ke
keadaan off dengan cara mengikatkan diri pada operator. Dalam keadaan ini, suatu
molekul kecil yang spesifik, disebut induser, menginaktifkanrepresor. Untuk operon lac,
indusernya adalah alolaktosa, sebuah isomer dari laktosa yang terbentuk dalam jumlah
kecil dari laktosa yang masuk ke dalam sel.
Pada keadaan tidak ada laktosa (sehingga alolaktosa juga tidak ada), repressor lac akan
berada dalam konfigurasi aktifnya, dan gen-gen operon lac akan berada dalam keadaan
diam. Jika laktosa ditambahkan ke medium nutrient sel tersebut, alolaktosa akan
mengikatkan diri pada repressor lac dan mengubah konformasinya, menghilangkan
kemampuan repressor untuk mengikatkan diri pada operator. Sekarang, karena
dituntut oleh kebutuhan, operon lac menghasilkan mRNA untuk enzim-enzim jalur
laktosa. Dalam konteks pengaturan gen, enzim-enzim ini dipandang sebagai enzim
indusibel, karena sintesisnya dipengaruhi oleh sinyal kimiawi (alolaktosa, dalam kasus
ini).

lac operon inducer

A. PENGATURAN GEN YANG BERSIFAT POSITIF

Agar enzim yang memecah laktosa dapat disintesis dalam jumlah layak, tidak cukup
dengan hanya adanya laktosa di dalam sel bakteri. Persyaratan lainnya adalah pasokan
gula glukosa sederhana harus rendah. Apabila harus memilih antara substrat-substrat
untuk glikolisis dan jalur katabolic lain, E.Coli lebih senang menggunakan glukosa, gula
yang biasanya selalu ada di lingkungan.
Bagaimana sel E. coli mengetahui konsentrasi glukosa ini, dan bagaimana informasi ini
disampaikan ke genom? Sekali lagi, mekanisme tersebut mengandalkan interaksi antara
protein pengatur alosterik dengan suatu molekul organic yang berukuran kecil. Molekul
kecil itu adalah AMP siklik (cAMP), yang berakumulasi bila glukosa tidak ada. Protein
pengaturnya adalah protein repressor cAMP (cAMP receptor protein atau CRP), dan
protein ini merupakan activator transkripsi. Ketika cAMP mengikatkan diri ke lokasi
alosterik pada CRP, protein akan berubah ke bentuk aktifnya, dan dapat mengikatkan
diri pada suatu tempat tertentu di sebelah promoter lac. Penempelan CRP pada DNA ini
membuat RNA polymerase lebih mudah mengikatkan diri pada promoter di dekatnya
dan memulai proses transkripsi operon. Karena CRP merupakan protein pengatur yang
langsung menstimulasi ekspresi gen, mekanisme ini dapat disebut sebagai pengaturan
positif.

Jika jumlah dari glukosa di dalam sel meningkat, konsentrasi cAMP menurun, dan CRP
akan lepas dari operon lac. Oleh karena itu, operon lac berada di bawah control ganda;
control negative oleh repressor lac dan kontrol positif oleh CRP. Kondisi
repressor lac (dengan atau tanpa alolaktosa) menentukan terjadi atau tidaknya
transkripsi dari gen-gen operon lac, kondisi CRP (dengan atau tanpa cAMP) mengontrol
laju transkripsi jika operonnya bebas dari repressor. Yang tampak adalah operon seakan-
akan memiliki saklar on-off dan kontrol volume kedua-duanya sekaligus.

Jadi secara umum dapat dijelaskan bahwa pengikatan CAP-cAMP pada promoter
menyebabkan RNA polimerase dapat terikat pada promoter membentuk kompleks
promoter tertutup (clossed promoter complex) yang selanjutnya akan menjadi kompleks
promoter terbuka yang siap melakukan transkripsi. Pengikatan RNA polimerase pada
promoter tersebut difasilitasi oleh CAP-cAMP melalui interaksi protein-protein,
pembengkokan DNA, atau keduanya.