Anda di halaman 1dari 17

LAPORAN PRAKTIKUM

ISOLASI DNA PADA BUAH

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I


Yang dibina oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd

Disusun oleh:
Kelompok 8 Offering G
Dies Naris Wari Pudjafinisya 160342606263
Krismonik Dwi Maulida 160342606270

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
Februari 2018
A. Tujuan
1. Mengetahui keefektifan jenis buah yang digunakan untuk isolasi dan jenis
detergen yang diberikan terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA.
2. Mengetahui tahapan-tahapan proses isolasi DNA yang terjadi pada buah
jeruk, semangka dan melon.

B. Rumusan Masalah
1. Bagaimana keefektifan jenis buah yang digunakan untuk isolasi dan jenis
detergen yang diberikan terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA?
2. Bagaimana tahapan-tahapan proses isolasi DNA yang terjadi pada buah
jeruk, semangka dan melon?

C. Dasar Teori
DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) yang disusun oleh sub unit yang
disebut nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas gugus fosfat, gula karbon
lima (pentosa) yang disebut guladioksiribosa, dan basa nitrogen misalnya
adenine, guanine, timin, dan sitosin, menurut Gardner (1991). Pada model
witson dan krick, molekul mempunyai dua rantai polinukleotida, tiap rantai
terdiri atas gugus fosfat dan gugus gula secara berselang seling. Gugus fosfat
terikat pada atom 5’ dan satu gula terikat secara kovalen pada atom karbon 3’
dari gula berikutnya. Dua rantai tersebut yang saling terpilin seperti tangga
spiral ganda yangdisebut heliks ganda.DNA ditemukan pada semua makhluk
hidup dari mikroorganisme sampaiorganisme tingkat tinggi misalnya manusia,
hewan dan tanaman
DNA terdapat dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstrak dari segala
macam organ yang terdapat pada bagian tubuh mahluk hidup bersel, misalnya
pada tumbuhan dapat diekstrak dari daun, buah maupun dari batangnya
(Muladno, 2002).Isolasi DNA ini dimaksudkan untuk mendapatkan DNA
murni. Selain itu Muladno (2002) menjelaskan bahwa cara ekstraksi DNA
dari berbagai sumber pada prinsipnya adalah sama, akan tetapi ada beberapa
modifikasi tertentu yang biasanyadilakukan agar dapat menghancurkan
inhibitor pada masing-masing sumber tersebut.
Ardiana (2009), Nicholl (1993) dan Surzycki (2000) menyatakan ada
tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis),
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Isolasi
DNA merupakan teknik dasar untuk mendapatkan DNA murni yaitu DNA
tanpa debris sel. Isolasi pada tumbuhan berbeda dengan isolasi DNA pada
hewan tingkat rendah. Hal ini disebabkan karena tiga hal yaitu: pertama sel
pada tanaman telah terdiferensiasi sehingga volume sel seluruh DNA dapat
diisolasi dari tiap gram jaringan. Kedua, dinding sel tumbuhan lebih kuat
sehingga memerlukan perlakuan khusus untuk memecahnya. Ketiga adanya
kontaminasi polisakarida. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan
bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain:
preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi
pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda,
hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sampel buah. Kadar air buah berbeda dapat memberi hasil isolasi
yang berbeda. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang
berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi
kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
D. Alat dan Bahan
Alat Bahan
Tabung reaksi 200 g buah semangka
Spatula 200 g buah melon
Saringan teh 2 buah jeruk
Kertas saring Alcohol dingin 70%
Saringan kain detergen cair
Gelas piala atau beaker glass Detergen bubuk
corong gelas Detergen cream
Pisau Aquades
Timbangan Garam dapur (NaCl)
Blender
Pipet tetes
Gelas ukur
Tisu
Lap
Stopwatch
Pengaduk kaca

E. Prosedur

Disiapkan alat dan bahan, kemudian dikupas buah semangka, melon


dan ditimbang sebanyak 200 gram.

Masing-masing buah di blender dan ditambahkan aquades sebanyak


200 ml kemudian dihaluskan, untuk buah jeruk diperas langsung.
Setelah buah semangka,melon dihaluskan dan buah jeruk diperas,
kemudian disaring secara bertahap pertama mengunakan saringan teh,
kedua dengan saringan kain dan ketiga dengan kertas saring. Hasil
saringan di tampung ke dalam 3 gelas piala sebanyak 50 ml.

Kemudian ditambahkan satu sendok kecil garam dapur (NaCl) pada


setiap gelas piala dan aduk sampai larut.

Diberi 3 macam perlakuan, perlakuan pertama ditambahkan satu


spatula detergen bubuk , perlakuan kedua diberikan satu spatula
detergen cair dan perlakuan ketiga diberi satu spatula detergen krim.

Diaduk jangan sampai muncul busa.

Dimasukkan masing-masing 3 jenis campuran sebanyak 10 ml ke


dalam tabung reaksi

Ditambahkan alcohol dingin 70% ke dalam tabung melalui dinding


tabung reaksi agar tidak mengeluarkan busa.

Diamati dan dimulai perhitungan watu dengan stopwatch, segera


dilihat bentukan seperti kabut atau kapas (DNA) pada permukaan atau
perbatasan 2 warna pada tabung reaksi.

Dicatat waktu menggunakan stopwatch dan kuantitas bahan yang


terbentuk.

Hasil
F. Data dan Hasil Pengamatan
Hasil isolasi DNA pada buah semnagka, melon dan jeruk
No. Buah Detergen Waktu Kuantitas Keterangan
terbentuk DNA
1. Semangka Serbuk 8 menit 49 ++++ Seperti
detik (529 kapas
detik)
Krim 10 menit 42 ++ Seperti
detik (642 kapas
detik)
Cair 10 menit 3 ++ Seperti
detik (603 kapas
detik)
2. Melon Serbuk 5 menit 28 ++++ Seperti
detik (328 kapas
detik)
Krim 4 menit 53 +++ Seperti
detik (293 kapas
detik)
Cair 4 menit 51 ++ Seperti
detik (291 kapas
detik)
3. Jeruk Serbuk 3 menit 1 +++ Seperti
detik (181 kapas
detik)
Krim 2 menit 9 + Seperti
detik (129 kapas
detik)
Cair 3 menit 52 ++ Seperti
detik (232 kapas
detik)
Keterangan untuk kuantitas DNA:
+ = Sedikit
++ = agak banyak
++ + = banyak
+++ = sangat banyak
Gambar hasil pengamatan :
a. Hasil isolasi DNA pada buah semangka

a (krim)

a (serbuk)
a (cair)

keterangan :

a = merupakan bentukan seperti kapas

b. Hasil isolasi DNA pada buah jeruk

a (krim)
a (cair) a (serbuk)

keterangan :

a = merupakan bentukan seperti kapas


c. Hasil isolasi DNA pada buah melon

a (cair)

a (krim)

a (serbuk)

keterangan :

a = merupakan bentukan seperti kapas

G. Analisis data
Pada praktikum isolasi DNA ini dilakukan pada 3 buah yang berbeda
yaitu semangka melon dan jeruk dengan tiga reagen yang berbeda yaitu
deterjen cair, deterjen cream, dan deterjen bubuk. Pada semangka didapatkan
hasil dengan penambahan reagen deterjen bubuk munculnya partikel putih
(DNA) memiliki kuantitas cukup banyak, terbentuknya pada 8 menit 49 detik
dan berstruktur seperti kapas. Pada melon dengan penambahan reagen
deterjen bubuk munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas sangat
banyak, terbentuknya pada 5 menit 28 detik dan berstruktur seperti kapas.
Pada jeruk dengan penambahan reagen deterjen bubuk munculnya partikel
putih (DNA) memiliki kuantitas banyak, terbentuknya pada 3 menit dan
berstruktur seperti kapas.

Pada buah kedua yaitu semangka dengan penambahan reagen deterjen


krim munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas agak banyak,
terbentuknya pada 10 menit 42 detik dan berstruktur seperti kapas. Pada
melon dengan penambahan reagen deterjen cream munculnya partikel putih
(DNA) memiliki kuantitas sangat tipis, terbentuknya pada 2,10 detik dan
berstruktur seperti kapas. Pada jeruk dengan penambahan reagen deterjen
krim munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas sedikit,
terbentuknya pada 2 menit 9 detik dan berstruktur seperti kapas.

Pada buah ketiga yaitu semangka dengan penambahan reagen deterjen


cair munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas agak banyak,
terbentuknya pada 10 menit 3 detik dan berstruktur seperti kapas. Pada melon
dengan penambahan reagen deterjen cair munculnya partikel putih (DNA)
memiliki kuantitas banyak, terbentuknya pada 4 menit 51 detik dan
berstruktur seperti kapas. Pada jeruk dengan penambahan reagen deterjen cair
munculnya partikel putih (DNA) memiliki kuantitas agak banyak,
terbentuknya pada 3 menit 52 detik dan berstruktur seperti kabut.

H. Pembahasan
Praktikum isolasi DNA ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh
macam buah dan jenis deterjen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam
proses isolasi. Praktikum ini dilakukan derngan menggunakan tiga jenis
deterjen yaitu deterjen cair, cream, bubuk dan menggunakan tiga jenis buah
yang berbeda yaitu semangka, melon, dan jeruk. Percobaan dilakukan dengan
menggunakan menambahkan ketiga deterjen kepada tiga jenis buah yang telah
diblender untuk mengetahui buah dan jenis detergen mana yang menghasilkan
DNA paling bagus dan baik.

Prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan sel, ekstraksi dan pemurnian.
Pada praktikum yang pertama-tama dilakukan adalah menghancurkan sampel
buah dengan memblender buah untuk melisiskan dinding sel. Kemudian larutan
dimasukkan ke dalam larutan deterjen yang telah diberi garam. Pemberian garam
tersebut memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel
darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih
stabil. (Harley 2005: 410). Garam digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion
Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub

negative fosfat DNA. Kutub ini dapat menyebabkan molekul-molekul saling

tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ikatan ion Na+ terbentuk dengan

ikatan kutub negative fosfat DNA, maka DNA tersebut akan terkumpul (Dollard,
1994 dalam Jamilah, 2005:21). Dapat disimpulkan bahwa garam digunakan
sebagai penghilang protein dan karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing
buffer, dan garam juga membantu proses pemekatan DNA. Hasil praktikum
yang dilakukan didapatkan hasil yang berbeda-beda untuk masing-masing
jenis buah dan deterjen yang digunakan.

Jumlah DNA terbanyak yang dapat terisolasi adalah semangka dengan


detergen bubuk, melon dengan deterjen bubuk dan jeruk dengan deterjen
bubuk. Dan yang paling sedikit adalah pada buah jeruk dengan deterjen
cream. Waktu pengisolasian tercepat adalah pada buah jeruk dengan deterjen
cream dan yang paling lama adalah pada buah semangka dengan deterjen
cream. Struktur hanya 2 macam yaitu berupa kapas dan kabut. Perbedan
tersebut dikarenakan oleh buah yang memiliki perbedaan pigmen yang masih
berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan
yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap detergent,
sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga
menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent dalam merusak membran
sel tidak sama.

Berdasarkan literature didapatkan hasil bahwa antara detergen cair,


bubuk, dan cream yang seharusnya mempunyai daya rusak paling tinggi
dalam memecah membran sel adalah detergen cair. Karena di dalam detergen
cair mengandung konsentrasi yang tinggi misalnya lauryl sulfat yang dapat
berfungsi sama dengan dodesil sulfat dan disodium EDTA, serta kandungan
zat pewarna dan zat aktif pemutih yang biasanya ada dalam detergen cair.
Menurut Jamilah (2005: 95), detergen bubuk menghasilkan warna yang paling
baik, yaitu putih, detergen krim memberikan warna yang kurang baik karena
menyebabkan warna filtrat mendekati warna detergen, sehingga isolasi DNA
yang dihasilkan berwarna sama atau hampir sama dengan filtrat (Jamilah
2005).

I. Kesimpulan
Kesimpulan
 Isolasi DNA pada dasarnya yaitu merusak dinding dan membrane sel dan
juga membrane inti. Perusakan ini dapat dilakukan dengan pemblenderan,
penggerusan atau yang lainnya. Namun dalam praktikum digunakan
dengan cara pemblenderan.
 DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan
penambahan larutan deterjen, etanol serta garam untuk membantu
presipitasi DNA. Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah.
Terbukti dari hasil pengamatan, pada masing- masing buah didapatkan
hasil yang berbeda.
 Lapisan filtrasi buah selalu berada di bagian bawah karena filtrasi ini
memiliki konsentrasi yang tinggi. Lapisan alcohol umumnya berada di
bagian tengah karena masa jenisnya lebih ringan. Lapisan DNA umumnya
berada di bagian atas karena DNA sangat ringan dan mengambang.
 Detergen yang paling efektif digunakan dalam isolasi DNA dengan
detergen bubuk.
Saran
 Dalam proses pengamatan usahakan untuk memanfaatkan waktu sebaik
mungkin dalam kegiatan agar kerja lebih efektif.
 Dalam melarutkan detergen diusahakan jangan sampai ada gelembung dan
dalam proses pengadukan, dipastikan detergen larut dengan sempurna.
Diskusi

1. Jelaskan fungsi reagen-reagen pada praktikum isolasi DNA berikut:


a. Alkohol
Jawab: Alkohol berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah
terkumpul karena pemekatan oleh garam. Jamilah (2005: 14) menyebutkan
bahwa pemekatan dilakukan dengan penambahan ethanol pada lapisan atas
sampel sehingga terjadi prespitasi DNA pada perbatasan kedua larutan.
Seperti yang telah diketahui bahwa kerapatan alkohol lebih kecil
dibandingkan kerapatan air, sehingga alkohol akan berada di bagian atas dari
larutan dalam tabung reaksi. DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak
seperti cincin kabut putih yang terbentuk di antara campuran dengan alkohol.
b. Detergen
Jawab: Detergen berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara
kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan
membran sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik
yang menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang
berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk
mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-
enzim seluler ynag dapat merusak DNA (ion Mg2+ merupakan kofaktor
penting bagi DNAse yang bisa “memakan” DNA). Detergen bisa
menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein
sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena
detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi
yang sama dengan dodesil sulfat (Jamilah, 2005:11). Sedangkan menurut
Machmud (2006), penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan
karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan
yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada
membran membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik
dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia.
c. Garam (NaCl)
Jawab: Garam memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA
genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi
berjalan lebih stabil. (Harley 2005: 410). Selain itu, garam berfungsi untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan
keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya
berfungsi seperti halnya lysing buffer. Garam juga digunakan untuk
melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu
memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub
yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak mnolak satu sama lain
sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat
DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Dari
pernyataan tersebut, dapat disimpulkan bahwa selain digunakan untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing
buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA.
2. Apa fungsi pemblenderan buah pada proses isolasi DNA?
Jawab: fungsi pada proses pemblenderan adalah untuk memisahkan sel dengan
sel yang lain sehingga mudah untuk dipisahkan dengan berbagai penyaringan
untuk menghasilkan sel “individu” juga dapat membantu merusak dinding sel,
membran sel, dan membran inti secara mekanik.
3. Mengapa pada proses pengadukan tidak boleh berbuih?

Jawab: Pengadukan larutan bertujuan untuk untuk memperbesar pergerakan


partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent
merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Tetapi jika pengadukannya
terlalu cepat akan menimbulkan buih yang dapat menyebabkan terganggunya
proses isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan
DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan
garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih.

Mengapa alkohol yang ditambahakan harus dalam keadaan dingin?


Jawab: Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di
bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik (Jamilah, 2005: 14). Selain itu, dalam Jamilah (2005: 21)
juga disebutkan bahwa semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin
pekat. Dari pernyataan-pernyataan tersebut dapat diketahui bahwa semakin dingin
alkohol, maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan
semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang terisolasi dapat terlihat dengan
jelas.
Mengapa pada macam detergen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan
waktu pembentukan yang berbeda?
Jawab: Karena pada dasarknya kandungan pada suatu detergen berbeda antara
produk satu dengan yang lainnya berbeda, jadi kandungan tersebut yang
menyebabkan kecepatan pembentukan DNA berbeda berbeda karena kecepatan
pemecahan sel juga berbeda
4. Mengapa pada macam buah yang berbeda dipeoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawab: Jenis buah berpengaruh terhadap terhadap hasil isolasi DNA. Buah yang
memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik
daripada buah yang kadar airnya tinggi. Hal ini sesuai dengan pernyataan bahwa
semakin encer filtrat, maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit
(Jamilah, 2005: 21). Selain itu, kondisi barrier (penghalang) sel dari masing-
masing buah dimungkinkan juga berpengaruh terhadap kecepatan pembentukan
lapisan cincin DNA. Perbedaan pigmen juga berpengaruh terhadap isolasi DNA,
pigmen yang masih berikatan dengan DNA memiliki ukuran dan kemampuan
yang berbeda untuk melepaskan diri dengan DNA.
Jenis detegen juga berpengaruh terhadap kecepatan terbentuknya cincin DNA.
Hal ini disebabkan oleh kemampuan detergen untuk merusak membran sel tidak
sama akibat kandungan kimia aktifnya juga tidak sama, baik jenis maupun
konsentrasinya. Detergen yang memilki kemampuan tinggi untuk merusak
membran sel maka keluarnya DNA dari sel juga akan semakin cepat. Karena
keluarnya DNA dari sel lebih capat maka terbentunya cincin setelah penambahan
alkohol juga menjadi semakin cepat.
Lampiran

Hasil isolasi DNA pada buah semangka

Hasil isolasi DNA pada buah melon

Hasil isolasi DNA pada buah jeruk


Daftar Rujukan

Ardiana, Dwi Wahyuni. 2009. Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Pepaya dan
Jeruk dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Buletin Teknik
Pertanian. Vol. 14 No. 1, 2009: 12-16.
Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill
Company.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan
Ekstrak Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai
Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Skripsi tidak
diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor :Pustaka Wirausaha
Muda.