Anda di halaman 1dari 13

REKOMBINAN DNA

Oleh :

Dera Ratna Kumala (1723071002)


Ni Luh Gede Sri Pratiwi (1723071003)

PRODI PENDIDIKAN IPA

PROGRAM PASCASARJANA

UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA

2018
KATA PENGANTAR

Om Swastyastu,

Puji syukur penulis panjatkan kehadapan Allah SWT, karena berkat rahmat dan
karunia-Nya penulis dapat menyelesaikan makalah yang berjudul “Rekombinan
DNA”
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada :
1. Prof. Dr. Ni P. Ristiati, M.Pd., yang telah memberikan tugas makalah sehingga
penulis dapat mengembangkan kemampuan diri dalam menulis makalah.
2. Rekan-rekan mahasiswa Program Studi S2 Pendidikan IPA yang telah banyak
memberikan masukan untuk penyempurnaan makalah ini.
Penulis menyadari bahwa makalah ini belum sempurna seperti apa yang
diharapkan, untuk itu mohon kritik dan saran demi kesempurnaan makalah ini.
Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi penulis dan pembaca. Tidak lupa penulis
mohon maaf atas segala kekurangan maupun kesalahan yang tidak disengaja pada
tulisan ini.

Om Santhi, Santhi, Santhi Om

Singaraja, Februari 2018

i
DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGEANTAR ......................................................................... i
DAFTAR ISI ........................................................................................... ii
BAB 1. PENDAHULUAN ...................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ....................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah .................................................................. 1
1.3 Tujuan .................................................................................... 1
BAB 2. PEMBAHASAN ......................................................................... 2
2.1 Teknologi DNA Rekombinan................................................. 2
2.2Langkah-Langkah Pembuatan DNA Rekombinan.................. 4
2.3Aplikasi dan manfaat DNA Rekombinan …........................... 7
BAB 3. KESIMPULAN .......................................................................... 9
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................. 10

ii
BAB 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang


Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan DNA dari spesies yang
berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru dengan sifat-sifat yang diinginkan. Secara
garis besar, teknologi DNA rekombinan (rekayasa genetika) melibatkan penyisipan informasi
genetik baru ke dalam organisme, biasanya bakteri, untuk memberikan kemampuan baru.
Metode ini tidak mengikuti rangkaian prosedur yang pasti. Pemilihan metode bergantung
kepada gen mana yang akan dipindahkan dan jenis organisme mana yang akan menerima
informasi genetik baru. Pilihan tersebut bergantung pada sampai sejauh mana keterlibatan
pilihan pribadi ilmuwan yang bersangkutan. Dengan kemajuan teknologi molekuler ini,
perpindahan gen dapat terjadi antar organisme yang sama sekali tidak berkerabat dekat,
misalnya gen manusia dipindahkan ke bakteri atau gen manusia dipindahkan ke ternak babi
dan lain sebagainya (Muladno, 2002). Kemungkinan memindahkan gen dari satu organisme
ke organisme lain merupakan prospek yang sangat memikat, karena rekayasa genetika dapat
mengurangi biaya dan meningkatkan penyediaan sejumlah besar bahan yang sekarang
dipergunakan di dalam kedokteran, farmasi (Murdiyatmo, 1992), pertanian, dan industri
(Prentis, 1990), maupun bidang kelautan.

1.2 Rumusan Masalah


Berdasarkan latar belakang di atas maka rumusan masalah yang diajukan pada
makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Apa yang dimaksud teknologi DNA rekombinan?
2. Bagaimana langkah-langkah membuat DNA rekombinan?
3. Bagaimana aplikasi dan manfaat teknologi DNA rekombinan?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari penulisan makalah ini sesuai dengan rumusan masalah yang
diajukan adalah sebagai berikut:
1. Mengetahui tentang teknologi DNA rekombinan.
2. Mengetahui langkah-langkah membuat DNA rekombinan.
3. Mengetahui aplikasi dan manfaat teknologi DNA rekombinan

1
BAB 2. PEMBAHASAN

2.1 Teknologi DNA Rekombinan


Sejak ditemukannya enzim endonuklease restriksi yang dapat mengkatalisis
pemotongan molekul DNA pada bagian atau tempat spesifik pada tahun 1971, maka lahirlah
teknologi baru dalam bidang biologi molekuler yang disebut teknologi DNA rekombinan
ataurekayasagenetika (Murdiyatmo,1992). Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik
penggabungan DNA dari spesies yang berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru
dengan sifat-sifat yang diinginkan (Hala, 1999). Berhasilnya suatu teknik DNA rekombinan
sangat didukung oleh cara-cara bagaimana kita menangani, mengembangkan mikroorganisme
atau fage dari seleksi/kloning dari beberapa strain bakteri yang digunakan dalam sistem ini
(Artama, 1991). Menurut Brown (1991), bahwa molekul DNA plasmid dan fage mempunyai
sifat-sifat dasar yang dibutuhkan sebagai vektor kloning. Namun sifat-sifat ini tidak berguna
tanpa adanya teknik-teknik eksperimen untuk manipulasi molekul DNA di dalam
laboratorium. Langkah-langkah dasar dalam kloning gen/DNA membutuhkan beberapa
keterampilan manipulasi. Beberapa keterampilan dasar yang diperlukan untuk melakukan
kloning gen/DNA secara sederhana adalah: preparasi sampel DNA murni, pemotongan
molekul DNA dengan enzim restriksi, analisis ukuran fragmen DNA, penggabungan molekul
DNA dengan enzim ligase, memasukkan molekul DNA rekombinan ke dalam sel inang (cara
yang paling umum adalah dengan cara transformasi), dan identifikasi sel yang mengandung
molekul DNA rekombinan hasil kloning.
Perangkat utama yang digunakan dalam pembentukan DNA rekombinan adalah
sebagai berikut:
1. Plasmid
Plasmid adalah salah satu vektor yang biasa digunakan dalam proses pengklonan gen. Vektor
adalah pembawa molekul DNA di dalam proses pengklonan gen. Plasmid adalah molekul
DNA utas ganda sirkuler (tak berujung) yang berukuran kecil yang terdapat di dalam
sitoplasma, dan dapat melakukan replikasi secara autonom. Karakteristik yang penting dari
plasmid adalah dapat melakukan replikasi, terdapat di luar kromosom, dan secara genetik
dapat ditransfer dengan stabil. Plasmid ini terdapat baik secara alami, maupun sudah
mengalami modifikasi yang disesuaikan dengan keperluan di dalam manipulasi genetik. Satu
sel dapat mengandung lebih dari satu kopi plasmid. Plasmid berukuran 1 – 300 kb, sehingga

2
dapat dibedakan dengan mudah dari kromosom bakteri yang berukuran 3000 – 5000 kb.
Plasmid yang terlibat dalam proses konjugasi (plasmid F) biasanya berukuran besar. Untuk
replikasi plasmid dapat berada dalam keadaan terpisah dari kromosom (non-integratif) dan
terintegrasi dalam kromosom bakteri (episom). Plasmid terdapat di dalam sitoplasma
organisme prokaryot dan eukaryot sederhana uniseluler. Selain terdapat dalam bakteri,
plasmid juga terdapat pada Saccharomyces cerevisiae (plasmid 2 um). Plasmid dapat
dikelompokkan berdasarkan sifat yang disandi oleh gen yang dikandungnya, yaitu : (i)
Plasmid F (fertilitas) membawa gen tra, yang bertanggung jawab terhadap proses konjugasi;
(ii) Plasmid R (resistensi) mengandung gen resistensi terhadap antibiotic atau logam berat;
dan (iii) Plasmid yang mengandung gen penyandi toksin dan bakteriosin seperti ColE1 dari
E.coli; (iv) Plasmid degradatif yang mempunyai kemampuan untuk melakukan metabolisme
molekul organic seperti toluene (TOL dari Pseudomonas putida); (v) Plasmid virulensi yang
bertanggung jawab terhadap patogenitas dari sel inang (pTi pada Agrobacterium tumefaciens)
(Anam, 2009).
2. Enzim Restriksi
Enzim restriksi adalah enzim yang bekerja untuk memotong fragmen DNA pada situs
spesifik. Seperti diketahui, di dalam Bioteknologi terdapat dua kategori enzim yang berperan
dalam proses rekombinasi DNA, yaitu enzim yang berperan dalam isolasi DNA dan
penyiapan DNA rekombinan (di mana dua molekul DNA dikombinasikan). DNA spesifik
atau gen diisolasi/diambil dari DNA dengan memotong “sugar – phosphat backbone” DNA
asalnya, dan DNA dari dua sumber yang berbeda dicampur dan dikombinasi. Setiap enzim
restriksi mengenali urutan spesifik dan memotong hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan
basa tersebut. Enzim restriksi memotong DNA double strands dengan memutus ikatan
kovalen di antara phosphat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula dari
deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya. Terdapat dua tipe hasil pemotongan, ujung
rata (blunt end) dan ujung kohesif (sticky end). Ujung rata (blunt end) dihasilkan ketika dua
utas molekul dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada nukleotida
yang tidak berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap molekul DNA
dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’ atau 3’) menggantung
dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang tidak rata ini dapat berpasangan
secara spontan dengan basa pasangannya sehingga disebut “sticky” (mudah lengket) atau
kohesif. Enzim restriksi banyak diisolasi dalam bakteri dimana enzim tersebut memotong atau
memisahkan, DNA asing bakteriofage sebelum DNA bakteriofage menyerbu ke dalam

3
dinding sel bakteri host untuk memproduksi fage-fage yang baru. Sel bakteri resisten karena
DNA mereka dimodifikasi secara kimia, terutama dengan penambahan gugus metil untuk
melindungi situs pengenalan dari restriksi endonuklease sehingga mereka tidak dapat
dipotong. Enzim restriksi dinamakan berdasarkan organisme dari mana enzim tersebut
diisolasi. Sebagai contoh Eco RI yang diisolasi dari Escherichia coli RY13: Eco berasal dari
huruf pertama nama genus dan dua huruf pertama nama spesies; R adalah tipe strain dan I
adalah enzim pertama dari tipe tersebut. Selain itu juga terdapat BamHI enzim pertama yang
diisolasi dari Bacillus amyloliquefaciens strain H, Sau3A merupakan enzim yang diisolasi
dari Staphylococcus aureus strain 3A, TaqI dari Thermus aquaticus, HinfI merupakan enzim
pertama yang diisolasi dari Haemophilus influenzae tipe Rf, dan lain-lain. Satu unit aktivitas
enzim restriksi didefinisikan sebagai jumlah enzim yang dapat memotong 1 ug DNA fage λ
selama 1 jam dalam kondisi buffer yang optimum pada suhu 37o C (Anam, 2009).
3. DNA Ligase
Ligasi adalah proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan fragmen DNA lainnya.
Di dalam pengklonan gen, DNA insert disambungkan dengan vector pengklonan. Faktor yang
sangat berperan dalam proses ligasi adalah Enzim Ligase. Enzim ligase adalah enzim yang
berfungsi menggabungkan fragmen DNA yang telah dipotong dengan enzim restriksi dengan
fragmen DNA vector. DNA insert (fragmen DNA asing) dipotong pada bagian yang sesuai
dengan bagian pemotongan DNA vector, sehingga keduanya dapat saling berkomplemen.
Terdapat dua jenis enzim ligase yang dihasilkan oleh Escherichia coli, diantaranya T4 DNA
Ligase yaitu enzim ligase yang dihasilkan oleh bakteri E. coli yang telah terinfeksi virus T4
dan E.coli DNA Ligase yaitu enzim ligase yang dihasilkan oleh E.coli sendiri. Kedua enzim
tersebut mempunyai fungsi mensintesis pembentukan ikatan phosphodiester yang
menghubungkan nukleotida yang satu dengan nukleotida di sebelahnya. Perbedaan dari kedua
enzim tersebut hanya terletak pada kofaktornya, pada T4 DNA Ligase adalah ATP sedangkan
pada E.coli DNA Ligase adalah NAD+ (Muladno, 2002).
4. Bakteri
Sebagai sel inang, tempat diintroduksikan vektor rekombinan ke dalam sel inang.

2.2 Langkah Pembuatan DNA Rekombinan


Teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa teknik diantaranya adalah teknik
mengisolasi DNA, memotong DNA, menggabung/ menyambung DNA serta teknik
memasukkan DNA ke dalam sel hidup sehingga DNA rekombinan dapat bereplikasi dan

4
dapat diekspresikan. Adapun langkah – langkah pembuatan DNA rekombinan menurut
Moeljopawiro adalah sebagai berikut:
1. Isolasi sumber DNA
Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan fragmen DNA
target dari campuran fragmen-fragmen DNA pengotornya. Hal ini penting dalam
rekayasa genetik karena fragmen tersebut dapat digunakan untuk pelacak dalam
mendeteksi gen DNA lain dan dapat dicangkokkan ke fragmen DNA lainnya.
Fragmen DNA yang tidak tercampur dengan fragmen DNA lainnya diperoleh melalui
beberapa tahap. Tahap pertama adalah pemisahan fragmen yang ingin diisolasi dari
fragmen lainnya dengan pemotongan menggunakan enzim restriksi atau hasil PCR,
yang dilanjutkan dengan elektroforesis menggunakan gel agarose. Tahap selanjutnya
adalah mendeteksi fragmen yang akan diisolasi dan memotong gel agarose yang
mengandung fragment tersebut. Tahap terakhir adalah mengisolasi fragmen DNA
dari gel agarose dengan cara melewatkannya pada membran Hybon N netral dan
memberi larutan buffer elusi yang berisi Tris buffer dan Sodium Dodesil Sulfat.
2. Pemotongan Gen
Restriksi plasmid merupakan proses pemotongan fragmen DNA pada situs tertentu
sesuai yang diinginkan dengan menggunakan enzim restriksi. Molekul DNA
rekombinan tidak dapat dibuat dengan mudah tanpa adanya dua jenis enzim, yaitu:
enzim restriksi endonuklease yang berperan sebagai “gunting” untuk memotong DNA
pada situs spesifik. Setiap enzim restriksi mengenali urutan spesifik dan memotong
hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan basa tersebut. Enzim restriksi memotong
DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen di antara phosphat dari satu
deoksiribonukleotida dengan gula dari deoksiribonukleotida yang berbatasan
dengannya. Terdapat dua tipe hasil pemotongan, ujung rata (blunt end) dan ujung
kohesif (sticky end). Ujung rata (blunt end) dihasilkan ketika dua utas molekul
dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada nukleotida yang
tidak berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap molekul DNA
dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’ atau 3’)
menggantung dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang tidak rata ini
dapat berpasangan secara spontan dengan basa pasangannya sehingga disebut
“sticky” (mudah lengket) atau kohesif.
3. Penggabungan Gen
Ligasi adalah proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan fragmen DNA
lainnya. Di dalam pengklonan gen, DNA insert disambungkan dengan vector

5
pengklonan. Terdapat beberapa jenis vector, diantaranya vector untuk bakteri adalah
plasmid, phage dan cosmid, serta beberapa vector lain yang digunakan untuk
organisme selain bakteri, yaitu Yeast Artificial Chromosomes (YAC), Bacterial
Artificial Chromosomes (BAC), Plant Cloning Vectors dan Mammalian Cell Vectors
(Barnum, 2005). Faktor yang sangat berperan dalam proses ligasi adalah Enzim
Ligase. Ligasi berhasil bila kedua ujung yang akan disambungkan berkomplemen.
Kecocokan yang sangat spesifik dibutuhkan bila fragmen DNA yang akan
disambungkan mempunyai ujung tidak rata (sticky end), karena penyambungannya
harus mengikuti kaidah Chargaff, yaitu T berpasangan dengan A dan G berpasangan
dengan C. Sedangkan fragmen DNA yang mempunyai ujung rata (blunt end) dapat
disambungkan dengan sembarang fragmen DNA lain yang berujung rata. Oleh
karena itu untuk mengklon suatu fragmen DNA yang spesifik menggunakan ujung
tidak rata sedangkan pengklonan DNA yang tidak memerlukan spesifikasi tertentu
menggunakan ujung rata (Suharsono, 2000).
4. Penyisipan Gen ke dalam Bakteri
Penyisipan gen dapat dilakukan melalui dua cara yaitu:
a. Konjugasi : perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya
(sel resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel
b. Transformasi : pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya.
c. Transduksi : cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel lainnya melalui
perantara fage.
DNA yang masuk ke dalam bakteri dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri
sehingga terbentuk DNA rekombinan atau kromosom rekombinan. Adapun proses
rekombinasi DNA dari pemotongan hingga penggabungan seperti yang ditampilkan pada
gambar berikut:

6
5. Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target / Sel Hidup
dapat dilakukan dengan tiga cara yaitu:
a. Transformasi : pengambilan DNA rekombinan dari lingkungan di sekelilingnya.
b. DNA-packaging : memasukkan molekul DNA-phage ke dalam partikel phage.
c. Minkroinjection : memakai jarum super kecil untuk menginjekasikan DNA
rekombinan langsung ke inti sel yang ditransformasi.
Adapun proses pemasukan DNA rekombinan ke dalam sel target, misalnya pada tumbuhan
dapat ditampilkan seperti gambar berikut:

2.3 Aplikasi dan Manfaat DNA Rekombinan


Teknologi rekombinan DNA banyak diaplikasikan dalam kehidupan sehari-hari baik
dalam bidang kesehatan, pertanian, kelautan, hukum dan ilmu pengetahuan. Berikut adalah
contoh aplikasi dan manfaat teknologi rekombinan DNA pada bebrapa bidang kehidupan :
1. Bidang Kesehatan
a . Insulin manusia telah diproduksi secara massal menggunakan bakteri E.coli dan
telah diperdagangkan untuk mengobati penyakit diabetis.
b . Vaksin hepatitis B digunakan untuk mencegah infeksi virus hepatitis. Telah
diproduksi secara komersial menggunakan S.cereviciae dalam skala industri
c . Hormon tumbuh manusia (GH) diproduksi menggunakan E.coli dan digunakan
untuk mengobati kelainan pertumbuhan (misal: cebol).

7
d . Therapi gen untuk penyakit dilakukan dengan menggantikan gen yang
mengalami kerusakan dengan gen yang normal, digunakan untuk mengobati penyakit-
penyakit keturunan (genetic disorders) dan penyakit lain yang disebabkan oleh
kerusakan gen (misal: kanker)
2. Bidang Pertanian
a . Bakteri Ice- (ice minus) : bakteri yang telah direkayasa sehingga tidak membeku
pada suhu rendah. Digunakan (disemprotkan) pada tanaman agar tanaman tidak
membeku di musim dingin.
b. mikroba pendegradasi limbah.
c. Tanaman tahan hama, misal kapas Bt, tomat Bt
d. Tanaman tahan herbisida.
3. Bidang Kelautan : penggunaan hormon pertumbuhan untuk meningkatkan ukuran ikan
4. Bidang Hukum
a. Pelaku kejahatan dapat diidentifikasi dengan menggunakan analisis Sidik Jari DNA
misalnya: kasus perkosaan
b. Untuk menentukan keturunan dan keluarga berdasarkan DNA fingerprint.
5. Bidang Ilmu Pengetahuan
a . Membantu upaya memahami terjadinya kelainan pada manusia (penyakit genetik)
misalnya kanker payudara
b . Kemajuan Teknologi DNA telah mendorong para ilmuwan (konsorsium ilmuwan
internasional) untuk mewujudkan proyek genom manusia dan genom organisme
lainnya.

8
BAB 3. KESIMPULAN

Berdasarkan pemaparan pada pembahasan maka dapat disimpulkan bahwa:


1. Teknologi DNA rekombinan merupakan kumpulan teknik atau metode yang
digunakan untuk mengkombinasikan gen-gen secara buatan dimana prosesnya
dinamakan rekombinasi DNA dan hasilnya dinamakan DNA rekombinan.
2. Langkah-langkah pembuatan DNA rekombinan meliputi isolasi sumber DNA,
pemotongan gen oleh enzim restriksi, penggabungan gen oleh enzim ligase dan
penyisipan gen ke dalam bakteri secara konjugasi/ transformasi/ transduksi untuk
membentuk suatu DNA rekombinan atau kromosom rekombinan. Selanjutnya DNA
rekombinan dapat dimasukkan ke dalam sel target melalui transformasi/ DNA-
packaging/ mikroinjection.
3. Aplikasi dan manfaat DNA rekombinan sangat luas diantaranya pada bidang
kesehatan seperti vaksin dan insulin, pada bidang pertanian seperti tanaman tahan
hama dan herbisida, pada bidang kelautan seperti hormon pertumbuhan ikan, pada
bidang hukum seperti analisis sidik jari DNA dan penentuan keturunan serta pada
bidang ilmu pengetahuan seperti ilmu tentang kelainan pada manusia dan proyek
genom.

9
DAFTAR PUSTAKA

Anam, K. 2009. DNA Rekombinasi. Laporan Praktikum. Bogor: Pasca. Bioteknologi, ITB.
Artama, W. T. 1991. Rekayasa Genetika. Yogyakarta: UGM. Hal. 148.
Brown, T. 1991. Pengantar Kloning Gena. Yogyakarta: Yayasan Essentia Medica. Hal. 274.
Hala, Y. 1999. Penggunaan Gen Penanda Molekular untuk Deteksi Pelekatan dan Kolonisasi
Vibrio harveyi pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon). Tesis. Bogor: Program
Pascasarjana IPB. Hal. 16.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.
Hal. 123.
Murdiyatmo, U. 1992. Kloning dan Over Ekspresi Struktural Dehalogenase dari
Pseudomonas cepacia Mba4 pada E. Coli. Prosiding Seminar Hasil Penelitian dan
Pengembangan Bioteknologi. Bogor: Pusat Penelitian dan Pengembangan
Bioteknologi, LIPI. Hal. 98-109.
Prentis, S. 1990. Bioteknologi Suatu Revolusi Industri yang Baru. Jakarta: Erlangga. Hal. 200.
Suharsono, S. 2000. Penuntun Praktikum Pelatihan Teknik Pengklonan Gen dan Pengurutan
DNA. Bogor: IPB. Hal. 100.

10