Anda di halaman 1dari 4

Sampai sekarang, dalam ilmu biologi, istilah, transkripsi, terutama mengacu pada transkripsi DNA ke

RNA, di mana Segmen DNA urutan tertentu dalam genom disalin ke dalam RNA pengkode protein
(mRNA), atau fungsional RNA non-protein-coding (tRNA, rRNA, microRNA, dan RNA katalitik). Transkripsi
DNA ke RNA terutama memecahkan masalah bagaimana sebagian kecil DNA pengkode protein dalam
karya genom, tapi tidak bisa memecahkan masalah mengapa sejumlah besar DNA pengkodean non-
protein dalam genom tidak berfungsi. Selama beberapa dekade, telah dipercaya bahwa 98% genom
manusia terdiri dari DNA tanpa kode yang tidak fungsional dan dengan demikian disebut sebagai "DNA
sampah" [1]. Pada tahun 2012, sebuah publikasi dari Encyclopedia of Proyek Elemen DNA (ENCODE)
mengklaim bahwa 80% genom manusia bersifat biokimiawi [2], yang segera diikuti oleh kritik karena
kriteria yang digunakan oleh klaim tersebut sangat longgar [3]. Hasil penelitian yang baru-baru ini
dipublikasikan menunjukkan bahwa 8% - 10% genom manusia kemungkinan fungsional [3] [4], yang
berarti bahwa sebagian besar genom manusia masih dianggap tidak berguna Perbedaan pendapat
tentang fungsi DNA nonkode dalam genom manusia muncul mungkin karena fakta bahwa yang utama
mekanisme dimana DNA non-coding menggunakan fungsinya belum ditemukan.Baru-baru ini
diterbitkan temuan penelitian baru kami menunjukkan bahwa Plasmodium falciparum dapat
menghasilkan siklus sel

fragmen genomik-DNA yang diperkuat (CAGFs) selama siklus intraerythrocytic-nya. CAGFs


adalah dianggap sebagai molekul DNA beruntai tunggal yang bisa disintesis melalui proses DNA ke DNA
transkripsi [5]. Jika mekanisme DNA untuk transkripsi DNA ada pada sel eukariotik, masalah terkait ke
fungsi DNA nonkode pada genom eukariotik manusia dan genus setidaknya bisa sebagian terselesaikan.
Karena hanya sedikit kata-kata tentang DNA untuk transkripsi DNA yang disebutkan dalam publikasi
kami sebelumnya [5], yang tidak cukup untuk mengatasi masalah penting ini, oleh karena itu, lebih
banyak pemikiran tentang DNA terhadap transkripsi DNA diberikan dalam makalah ini.

2. DNA to DNA Transcription Merupakan Hipotesis

Berdasarkan temuan eksperimental yang dipublikasikan, kami berhipotesis bahwa selain


transkripsi DNA ke RNA, Ada mekanisme DNA untuk transkripsi DNA dalam genom sel eukariotik, yang
melibatkan penggunaan DNA polimerase untuk menyalin segmen urutan DNA noncoding tertentu dalam
genom menjadi satu untai tunggal DNA (ssDNA) molekul yang dapat disebut sebagai transkrip ssDNA.
Transkrip ssDNA adalah molekul yang sama seperti yang dilaporkan CAGF dalam publikasi berharga
kami, dan dengan demikian memiliki fungsi yang sama dengan CAGFs, yaitu terlibat dalam regulasi
ekspresi gen selama siklus sel progresi, dan menghasilkan perubahan genetik pada eukariotik sel yang
terkena stres lingkungan berkepanjangan [5] [6]. Karena urutan DNA dimana RNA pengkode protein
(mRNA) ditranskripsi disebut pengkodean protein gen, dan urutan DNA dimana RNA non-protein-coding
fungsional (tRNA, rRNA, dll.) ditranskripsi disebut gen RNA, urutan DNA dimana molekul ssDNA non-
protein-coding fungsional ditranskripsikan Oleh karena itu harus disebut gen DNA. Dari gen protein
encoding gen dan gen RNA Pandangan, sejumlah besar DNA nonkode dalam genom eukariotik manusia
dan lainnya tidak ada gunanya, tapi dari Titik pandang gen DNA, sejumlah besar DNA tanpa kode ini bisa
sangat berguna karena bisa menjadi pelabuhan banyak gen DNA yang tidak diketahui yang mungkin
diperlukan untuk regulasi siklus sel dan respon stres seluler.
3. Penemuan CAGFs adalah Dukungan kuat untuk DNA terhadap transkripsi DNA

Hipotesa

Temuan eksperimental kami yang baru dipublikasikan menunjukkan bahwa P. falciparum dapat
menghasilkan CAGFs berbeda titik siklus intraerythrocytic, dan klorokuin (CQ) ditemukan untuk
menginduksi produksi CAGFs di parasit malaria [5]. Adapun sifat CAGFs, kami menduga bahwa CAGFs
adalah molekul ssDNA, yaitu berdasarkan alasan berikut. Karena CAGF diperkuat (banyak salinan
diproduksi) dan terdegradasi selama siklus sel berkembang, mereka tentu tidak dimasukkan ke dalam
genom, namun dilepaskan dari genom ke dalam nukleoplasma. Selanjutnya, CAGFs diperkuat sebelum
siklus sel berkembang menjadi fase sintesis DNA (fase S) P. falciparum, yang menunjukkan bahwa
mekanisme sintesis DNA yang tidak diketahui mungkin ada di luar fase S dari siklus sel. Apa ini
mekanisme sintesis DNA yang tidak diketahui? Apakah sama dengan cara semiconservative replikasi
DNA di S tahap? Jawabannya tentu saja tidak karena replikasi DNA dalam fase S mengacu pada
keseluruhan duplikasi genom, Bahkan jika mekanisme replikasi DNA juga bekerja di luar fase S untuk
menduplikat DNA di daerah tertentu genom, tidak mungkin untuk melepaskan daerah DNA duplikat ini
sebagai fragmen DNA beruntai ganda dari genom tanpa mempengaruhi integritas genom. Oleh karena
itu, masuk akal untuk mendalilkan bahwa CAGFs adalah molekul ssDNA yang dapat disintesis di mirip
dengan RNA, namun menggunakan DNA polymerase bukan RNA polymerase selama proses transkripsi.
Prosesnya bisa disebut DNA untuk transkripsi DNA, dan CAGFs bisa dianggap sebagai transkrip ssDNA.

Jika CAGFs adalah molekul ssDNA yang ditranskripsi dari beberapa DNA tanpa kode genom,
hampir semua fitur dari CAGFs, seperti genom-dilepaskan, diproduksi secara multicopy, dapat diinduksi
obat dan mudah terdegradasi selama sel. Siklus perkembangan bisa dijelaskan secara wajar. Selain itu,
jika CAGFs adalah molekul ssDNA yang ditranskripsi dari DNA nonkode dalam genom, peran mereka
dalam regulasi ekspresi gen selama siklus sel, dan menghasilkan perubahan genetik pada sel eukariotik
akan mudah dimengerti karena bisa mengikat komplementer daerah ssDNA di situs transkripsi. Singkat
kata, penemuan CAGFs adalah bukti kuat untuk mendukung DNA terhadap hipotesis transkripsi DNA.

4. Gagasan untuk Uji Eksperimental lebih lanjut dari Hipotesis

Secara teoritis, jika DNA untuk transkripsi DNA ada pada sel eukariotik, adalah mungkin untuk
mengisolasi transkrip ssDNA. dari sel. Tapi karena kita tidak tahu fitur urutan spesifik yang terkait
dengan transkrip ssDNA, itu Oleh karena itu tidak mungkin untuk mengembangkan sebuah protokol
untuk secara khusus mengisolasi mereka dari sel. Selain itu, ssDNA lainnya di sampel DNA nuklir dapat
mengganggu isolasi transkrip ssDNA. Dilaporkan bahwa akun ssDNA untuk sekitar 1% - 2% dari total DNA
nuklir yang diisolasi dari berbagai sel eukariotik [8] - [10], yang dihipotesiskan yang akan dihasilkan oleh
serangan nukleus endogen selektif pada tahap awal pemurnian DNA prosedur [10] Saat ini, pendekatan
yang sederhana dan praktis untuk membuktikan adanya transkrip ssDNA selama eukariotik siklus sel
adalah mengulangi hasil PCR sewenang-wenang kami dengan PCR menggunakan dua primer spesifik
(SP1: 5'-AATAAGATGTGCTGTTTAACT-3 'dan SP2: 5'-GTTGTGCTCACACTTATCT-3'), asal yang mana
dilaporkan dalam publikasi kami sebelumnya [5]. Band PCR yang diproduksi oleh kedua primer ini
disebut UB1-related band dalam publikasi kami sebelumnya [5], mewakili fragmen DNA salah satu
CAGFs. Proses ini Pendekatan berbasis PCR diuraikan di bawah ini. Untuk mengulangi percobaan
sebelumnya, hanya 25-nM dosis klorokuin (CQ) yang diperlukan untuk mengobati P. falciparum.

Isolat K1 dan HB3 sebagai dosis dibuktikan oleh penelitian kami sebelumnya untuk menjadi yang
terbaik untuk menginduksi CAGFs. Itu DNA genomik dari isolat K1 dan HB3 diisolasi pada titik waktu
yang sama (2 jam, 6 jam, 12 jam dan 24 jam) mengikuti Perlakuan CQ, dan kemudian tunduk pada PCR
dengan menggunakan SP1 dan SP2. Hasil yang diharapkan akan konsisten dengan yang dari UB1
dilaporkan dalam publikasi kami sebelumnya [5], yaitu, hanya satu band PCR yang jelas (band yang
terkait UB1) akan ditemukan di semua sampel, namun band PCR yang sangat besar yang
mengindikasikan template yang diperkuat untuk UB1 akan ditemukan di sampel yang terisolasi 12 h dari
kelompok kontrol isolat K1 dan HB3; dalam kelompok yang diobati dengan CQ, sangat

pita PCR yang lebih besar akan ditemukan dalam 2 jam, 6 jam dan 24 jam sampel terisolasi dari
isolat K1 dan dalam 2 jam, 6 jam 12 jam dan 24 jam

sampel isolat HB3 yang terisolasi. Untuk kuantifikasi relatif pita PCR, pengukuran kerapatan pita

Bisa dilakukan dengan densitometer.

Untuk memeriksa apakah yang terkait dengan UBA dari CAGFs adalah molekul ssDNA, nuklease
S1 dapat digunakan untuk mengobati genomik.

Sampel DNA sebelum melakukan percobaan PCR di atas. Jika band PCR sangat besar seperti
yang dijelaskan

di atas menjadi lebih kecil pada kelompok yang diintensifkan oleh S1 nuclease dan terlihat
hampir sama dengan kelompok kontrol,

itu berarti bahwa template ssDNA yang diperkuat untuk UB1 telah terdegradasi oleh S1
nuclease, dan dengan demikian singlestrandedness

dari satu yang terkait UB dari CAGFs akan dikonfirmasi. Secara bersamaan, jika UBA terkait satu
dari CAGFs

terbukti beruntai tunggal, ekstragenomik, CQ-inducible, dan "diperkuat" (yaitu, banyak salinan
diproduksi) di

titik yang berbeda dari siklus sel, sudah pasti molekul ssDNA yang dihasilkan oleh DNA ke
transkripsi DNA,

dan oleh karena itu hipotesis tersebut divalidasi secara eksperimental. Dalam penelitian ini,
teknik lain juga bisa digunakan. Analisis blotting utara bisa diaplikasikan dengan menggunakan PCR
produk yang dihasilkan oleh SP1 dan SP2 sebagai template untuk mempersiapkan probe radioaktif [11]
[12]. Cara ini sangat berguna karena tidak hanya bisa mendeteksi jika UBA yang terkait dengan CAGFs
diperkuat atau tidak, namun juga bisa menunjukkan ukurannya. dari satu gabungan CAGF. Untuk
lokalisasi subselular UB1-terkait satu CAGFs, mikroskop elektron hibridisasi in situ bisa digunakan [13].
Karena Proyek Sequence Genome P. falciparum telah selesai [14], adalah mungkin untuk mendapatkan
Seluruh urutan transkrip ssDNA UB1 terkait dengan memeriksa urutan DNA terkait dalam database. Jika

Fitur urutan khusus di seluruh transkrip ssDNA dapat ditemukan melalui analisis komputer, lebih banyak
kandidat Transkrip ssDNA dapat diambil dari database genom P. falciparum. Uji eksperimental Transkrip
ssDNA kandidat ini dapat dilakukan dengan PCR menggunakan primer yang dirancang sesuai dengan
Urutan DNA transkrip ssDNA calon diambil dari database.

5. Implikasi Hipotesis

Pentingnya hipotesisnya adalah bahwa DNA ke transkripsi DNA adalah mekanisme fundamental
dari eukariotik sel, yang terlibat dalam berbagai fungsi seluler. Sampai saat ini, fungsi DNA noncoding di
Genom eukariotik manusia dan lainnya tetap tidak diketahui, yang telah menghambat kemajuan
penelitian genom. Jika hipotesis terbukti benar, setidaknya bisa menyelesaikan sebagian masalah yang
paling membingungkan ini, dan akan sangat memudahkan perkembangan ilmu hayat dan hayat.

6. Kesimpulan

DNA ke transkripsi DNA mungkin ada pada sel eukariotik, yang merupakan hipotesis yang
menjanjikan yang diajukan berdasarkan penemuan fragmen genomik DNA DNA yang terkait siklus sel
(CAGFs) di P. falciparum. Ada banyak alasan untuk berpikir bahwa CAGFs adalah molekul ssDNA yang
mungkin diproduksi secara eksklusif meskipun DNA ke Transkripsi DNA Begitu adanya DNA ke transkripsi
DNA pada sel eukariotik sudah dikonfirmasi, fungsinya

sejumlah besar DNA nonkode dalam genom eukariotik manusia dan genus setidaknya bisa
sebagian terselesaikan. Oleh karena itu, validasi eksperimental lebih lanjut dari mekanisme ini sangat
dibutuhkan.