Rekayasa protein telah muncul sebagai sarana yang ampuh untuk

pengembangan alat berbasis protein penting, termasuk biokatalis, biosensor, dan

terapi. Kemampuan untuk menyesuaikan protein untuk tujuan tertentu adalah ujian

akhir pemahaman tentang struktur dan fungsinya, sayangnya sebuah tes yang semua

juga sering gagal pada interaksi yang kompleks dan halus interaksi yang mendikte

lipatan dan fungsi menyajikan kendala yang menakutkan untuk desain protein

rasional. Evolusi adalah solusi nature untuk masalah desain. Ilmuwan telah belajar

bagaimana menerapkan strategi evolusioner untuk merancang protein baru,

mengeksploitasi protein alami perancah sebagai titik awal untuk berkembang biak

memperbaiki variannya. Sebuah bukti yang tidak mengejutkan tentang kekuatan

seleksi alam adalah pendekatan yang paling andal mengoptimalkan fungsi protein

adalah dengan putaran berulang mutagenesis dan screening atau seleksi, yang

diarahkan evolusi

Protein dengan cepat bergerak melampaui hanya memperbaiki protein alami,

yang melaksanakannya fungsi biologis dengan efisiensi nafas namun mungkin tidak

cocok untuk segudang aplikasi lainnya pada daftar keinginan ahli kimia

protein. Pelajaran umum itu telah keluar dari upaya evolusi laboratorium adalah

memang adanya lebih mudah memperbaiki aktivitas yang ada, meski rendah, dari

pada itu untuk menemukan yang baru. Ada bukti bahwa setidaknya satu mekanisme

dimana enzim baru berkembang adalah dari aktivitas 'promiscuous' yang ada, yang

ditangkap dan dioptimalkan (sering setelah duplikasi gen). Eksperimen evolusi

laboratorium menunjukkan hal tersebut, kegiatan samping sebenarnya seringkali bisa

meningkat dan optimized yang membangkitkan fungsi di mana belum ada, bahkan

pada tingkat rendah, bagaimanapun, adalah lebih besar tantangan yang akan
mendapat keuntungan dari penggunaan teknologi baru yang memperbaiki proses

desain atau yang baru fungsi kimia tidak hadir dalam sistem alam.\

Dewasa ini telah menunjukkan bahwa sintetis dan alat komputasi bisa

dimanfaatkan untuk menghasilkan protein dengan sifat struktural dan kimia

baru. Protein ruang urut tidak lagi terbatas pada fungsinya yang disajikan oleh kode

genetik kanonik, sebagai variasi asam amino tidak alami (UAAs) sekarang dapat

digabungkan menjadi protein in vitro dan in vivo. Selain itu, telah diterapkan untuk

pembuatan metallocenters dan kofaktor non-alami menjadi protein. Dengan

keragaman kimia yang berkembang pesat ini, mampu untuk rekayasa protein, ruang

fungsional mungkin terbatas pada akhirnya oleh imajinasi protein. Sementara strategi

ini memberi kemampuan tambahkan fungsi kimia baru, mengatasi yang pasti

keterbatasan akan menjadi kunci untuk penggunaan luas dalam teknik

protein. Teknologi asam amino yang tidak alami misalnya, sering menderita

penurunan hasil protein karena pada dasarnya menurunkan kestabilan protein atau

tidak efisien terjemahan, dan pengenalan logam transisi baru sering dibatasi oleh

reaktivitas silang dengan komponen lainnya dari lingkungan seluler, membutuhkan

protein yang luas pemurnian sebelum logam dapat diperkenalkan.

Pendekatan komputasional terhadap desain protein juga membangun pemahaman

kita tentang struktur protein alami dan fungsinya. Seluruh lipatan protein dan protein

itu mengkatalisis reaksi yang tidak ada di alam telah terjadi dirancang di silico dan

dibangun meskipun begitu kurang, sementara prestasi yang cukup besar telah

dicapai, hasilnya kurang mengesankan bila dibandingkan produk evolusi

alam. Misalnya, sebuah enzim berevolusi secara alami dapat diapresiasi dengan

membandingkan konstanta laju untuk enzim yang dikatalisis reaksi terhadap reaksi

spontan yang tidak terionisasi (k cat /k uncat ). Enzim menunjukkan tingkat

penyempurnaan sebagai tinggi 1019 , dan nilai 1012 tidak biasa. Enzim yang

dirancang dengan komputasional terbaik, bagaimanapun, menunjukkan peningkatan

(<106 ) yang banyak pesanan besarnya lebih rendah

Evolusi yang disutradarai melengkapi metode ini dengan terlebih dahulu

memperbaiki desain protein baru melalui mutasi dan seleksi, dengan tujuan akhir

menyediakan molekul dengan sifat sintetis dan terapeutik yang berguna dan kedua

menunjukkan keterbatasan dan kekurangannya dari metode ini, merangsang

perbaikan ke berikutnya desain protein generasi Disini kita akan menyoroti pekerjaan

yang dipilih menunjukkan bagaimana kemajuan ini bioteknologi menyediakan

peluang baru untukmengarahkan evolusi fungsi protein non-alami.