READING, QUESTION AND ANSWER (RQA)

TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK DAN PROKARIOTIK

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah

Genetika
Yang dibimbing oleh Prof. Dr.A. D. Corebima, M.Pd

Disusun oleh:
Kelompok 16 / Offering A
1. Bagus Priyambudi (160341606047)
2. Lailatul Safitri (160341606065)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
MARET 2018
Transkripsi pada Eukariotik

Dalam organisme eukariotik, gen kromosom, yang terdiri dari DNA, tetap berada di
nukleus sel, sedangkan protein disintesis di sitoplasma. Oleh karena itu, DNA tidak dapat
berfungsi secara langsung sebagai template untuk sintesis protein. Sebagai gantinya, satu untai
DNA, yang disebut untai sense, digunakan sebagai template untuk sintesis untai komplementer
RNA, yang disebut RNA pembawa pesan (mRNA) dalam sebuah proses yang disebut
transkripsi. mRNA kemudian membawa informasi genetik dari tempat sintesisnya di nukleus
ke tempat sintesis protein, ribosom di sitoplasma. Sintesis mRNA (atau pra mRNA) di dalam
nukleus dan pengangkutannya selanjutnya ke sitoplasma dapat didokumentasikan dengan
eksperimental pelabelan chase chaining, dan autoradiografi. Jika sel terkena prekursor RNA
radioaktif (seperti uridin atau sitidin) selama beberapa menit, dan lokasi intraselular
radioaktivitas yang tergabung ditentukan oleh autoradiografi, hampir semua prekursor RNA
berlabel yang baru lahir diikuti oleh periode pertumbuhan pada media nonradioaktif
(eksperimen
pengacakan
denyut nadi)
sebelum melakukan
autoradiografi, sebagian besar radioaktivitas yang tergabung ditemukan diangkut ke
sitoplasma.

Phage proteins terbukti disintesis pada ribosom yang ada di sel sebelum infeksi ke
bakteri. Spesifisitas yang menentukan urutan asam amino dari polipeptida bukan merupakan
bagian intergal dari struktur ribosom, ada ledakan besar sintesis RNA sesaat setelah infeksi fag
T2, dan masa hidup yang singkat (setengah nyawa atau hanya satu beberapa menit) molekul
RNA memiliki komposisi nukleotida seperti DNA fag T2 dan tidak seperti DNA inang. Tak
lama kemudian, molekul RNA yang tidak stabil ini diperlihatkan untuk melengkapi segmen
untai DNA dalam kromosom fag.

RNA Polimerase yang bergantung pada DNA yang mengkatalisis transkripsi biasanya
kompleks, protein multimerik. Salah satu subunit ini, faktor sigma, hanya terlibat dalam inisiasi
transkripsi, ia tidak memiliki fungsi katalitik. Molekul RNA polimerase lengkap, yang disebut
holoenzyme, mengandung dua polipeptida dan satu polipeptida dari masing-masing tipe B, B',
w dan a. Setelah inisiasi sintesis rantai RNA, faktor dilepaskan dan rantai elongatin dikatalisis
oleh enzim inti yang disebut enzim inti, yang memiliki komposisi 2a, B, B', w. Fungsi sigma
adalah untuk mengenali polimerase RNA mengikat ke lokasi inisiasi situs promotor pada DNA.
RNA core polymerase (sigma absent) akan mengklasifikasikan sintesis RNA dari templat DNA
secara in vitro, namun demikian dengan melakukan inisiat di tempat acak pada kedua untaian
DNA.

Dua urutan singkat di dalam promotor ini cukup dilestarikan untuk dikenali, namun
bahkan jarang identik di dua promotor yang berbeda. Titik tengah dari dua urutan yang
dilestarikan terjadi pada sekitar masing-masing, 10 dan 35 pasangan nukleotida, sebelum lokasi
inisiasi transkripsi dengan urutan paling umum atau konsensus 10 (juga disebut kotak pribnow)
adalah TATAAT dan urutan konsensus 35 (juga disebut urutan pengenal) adalah TTGAGA.
Pada eukariota, ada tiga RNA polimerase yang berbeda, I, II, dan III. RNA polimerase I terletak
di nukleolus dan mengkatalisis sintesis rRNA. RNA polimerase II dan III terdapat pada
nukleoplasma (di luar nukleolus). RNA polimerase III mentranskripsi gen untuk sRNA dan
tRNA nuklear kecil.

RNA polimerase II mentranskripsikan sebagian besar gen struktural nuklear, ia

bertanggung jawab untuk sintesis mRNA awal. perbandingan urutan dari promotor atau situs
pengikatan RNA polimerase II dari lebih 200 gen eukariotik yang berbeda, menunjukkan
urutan konsensus yang masing-masing terdapat pada sekitar 25 dan 75 pasang nukleotida
sebelum transkripsi dimulai. Urutan konsensus untuk urutan 25 (juga disebut "kotak hognes
dan kotak TATA") dan urutan 75 (juga disebut kotak CAAT adalah TATAAAA ang
GGGGAATGT, masing-masing.

Mekanisme sintesis RNA adalah analog terhadap sintesis DNA (lihat bab 5) kecuali bahwa (1)
prekursornya adalah ribonukleosida trifosfat, (2) hanya sebagian kecil untai tunggal yang
digabungkan dan (3) RNA komplementer dilepaskan dari tempelan karena disintesis.
Perpanjangan kovalen terjadi seperti sintesis DNA dengan penambahan mononukleotida ke
ujung rantai, dengan pelepasan pirofospor.

Penghentian transkripsi terjadi pada urutan terminator spesifik dalam DNA. mRNA paling
prokariotik berakhir dengan urutan 5'UUUUUUA3', menunjukkan bahwa urutan
3'AAAAAAU5’; dalam arti untai DNA setidaknya merupakan bagian dari urutan terminator
transkripsi. Beberapa sinyal penghentian transkripsi memerlukan adanya protein yang disebut
rbo, sedangkan yang lain tidak.

Meskipun hanya satu dari dua untai DNA yang ditranskripsikan di wilayah tertentu, kedua
untai DNA dalam kromosom biasanya berpartisipasi dalam transkripsi, dengan beberapa
mRNA ditranskripsi dari satu untai dan mRNA lainnya (dari gen yang berbeda) yang
ditranskripsikan dari untaian lainnya. Karena dua untaian heliks ganda DNA memiliki polaritas
yang berlawanan, peristiwa transkripsi menggunakan untaian yang berlawanan karena templat
akan bergerak berlawanan arah sepanjang molekul DNA. Bahkan dalam virus sederhana
seperti λ dan T2, transkripsi terjadi semua untai DNA keduanya (tapi jarang di wilayah yang
sama).

Transkripsi pada Prokariot

RNA polymerase dari E.Coli mengkatalis semua sintesis RNA pada spesies ini. RNA
polymerase dari archae memiliki struktur yang sedikit berbeda. Segmen dari DNA yang
ditranskripsi untuk memproduksi 1 molekul RNA yang disebut unit transkripsi (Snustad,
2012). Proses transkripsi dapat dibagi menjadi 3 tahapan, yaitu:

1. Inisiasi dari sebuat rantai RNA

2. Elongasi dari rantai
3. Terminasi dari transkripsi dan membebaskan molekul RNA baru

Transkripsi seringkali menggunakan istilah upstream dan downstream bergantung pada lokasi
yang dituju diakhir 5' dan 3'. Hal ini berdasarkan sintesis arah RNA 5' dan 3' pada sintesis
RNA.

Gambar. Proses Transkripsi pada Prokariot

Sumber: Snustad, 2012

RNA polymerase E.Coli: Enzim Kompleks

RNA polymerase mengkatalis kompleks protein multimeric. RNA polymerase E.Coli memiliki
berat sekitar 480.000 dan terdiri dari 5 polipeptida. Enzim RNA polimerase pada E. coli
sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit, yaitu alfa (α), beta (β), beta prima (β’), omega
(ɷ), dan sigma (σ). Molekul RNA polymerase, memiliki holoenzim dengan komposisi α2ββ'σ.
Holoenzim RNA polimerase diperlukan untuk inisiasi transkripsi. Namun, untuk elongasi
transkripsi tidak diperlukan faktor σ sehingga subunit ini dilepaskan dari kompleks transkripsi
begitu inisiasi selesai.

a. Inisiasi dari Rantai RNA

Inisiasi dari rantai di RNA, meliputi 3 tahapan:
1. Pengikatan dari holoenzim DNA polimerase ke sebuah promotor di DNA,
2. Pembukaan dari 2 strand DNA dengan RNA polymerase, untuk menyediakan strand
template untuk pasangan asal dengan ribonukleat baru
3. Formasi dari ikatan fosfodiester antara beberapa ribonukleat awal di rantai RNA baru.

Gambar 4. Struktur dari promotor di E.Coli

Sumber: Snustad, 2012

Pada awalnya, RNA polimerase inti (α2ββ’ɷ) mempunyai afinitas nonspesifik terhadap
DNA. Keadaan ini dikenal sebagai pengikatan longgar, dan sifatnya cukup stabil. Namun,
begitu faktor σ bergabung dengan enzim inti tersebut hingga terbentuk holoenzim, terjadilah
pengurangan afinitas nonspesifik terhadap DNA hingga 20.000 kali. faktor σjuga
meningkatkan pengikatan holoenzim pada tempat pengikatan promoter yang tepat hingga 100
kali. Pada promoter, holoenzim mengenali urutan -35 dan - 10. Kompleks awal antara
holoenzim dan promoter dikenal sebagai kompleks tertutup (closed complex).

Agar pita antisens dapat diakses untuk perpasangan basa antara DNA dan RNA yang
disintesis, untai ganda (heliks) DNA harus dibuka terlebih dahulu oleh enzim RNA
 polimerase. Berbeda dengan sintesis DNA, sintesis RNA dapat berlangsung tanpa adanya
molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa G atau
A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah GTP
atau ATP. Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan
membentuk ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya, sembilan
basa pertama ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di sepanjang
molekul DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan terdapat peluang
yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu.

Proses inisiasi abortif mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses
tersebut memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh RNA
polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase lainnya
menginisiasi putaran transkripsi berikutnya.

b. Elongasi
Elongasi dari rantai RNA di katalisi oleh enzim core RNA polymerase, setelah
melepaskan faktor σ. Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut
dengan gelembung transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser di sepanjang
molekul DNA sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian DNA yang
mengalami pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb, sedangkan
ujung 5’ molekul RNA yang disintesis akan membentuk heliks hibrid dengan pita antisens
DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran ini ternyata tidak mencapai satu putaran
heliks. RNA polimerase E. coli bergerak dengan kecepatan rata-rata 40 nukleotida per
detik. Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan urutan lokal DNA (urutan
DNA yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap dipertahankannya bagian DNA
yang mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA polimerase membuka
heliks DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di belakangnya.
Dengan demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap kali terjadi penambahan
nukleotida pada RNA nasen.
 Gambar 5. Elongasi dari rantai RNA

Sumber: Snustad, 2012

c. Terminasi
RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi hingga
mencapai urutan terminator (sinyal stop), yang pada umumnya berupa struktur seperti
tusuk konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan kala (loop) ini terjadi karena
RNA hasil transkripsi mengalami komplementasi diri. Nampaknya RNA polimerase
akan segera berhenti begitu struktur tusuk konde RNA disintesis. Bagian ujung RNA
yang mengandung banyak U tersebut mempunyai ikatan yang lemah dengan basa-basa
A pada DNA cetakan sehingga molekul RNA hasil sintesis akan dengan mudah terlepas
dari kompleks transkripsi. Selanjutnya, pita DNA cetakan yang sudah tidak berikatan
atau membentuk hibrid dengan RNA segera menempel kembali pada pita DNA
komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya terlepas dari DNA.
Terminasi menggunakan protein rho protein khusus yanyg membantu
transkripsi. Rho merupakan protein heksamer yang akan menghidrolisis ATP dengan
adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada urutan sepanjang 72 basa
pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan suatu struktur spesifik
daripada karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di sepanjang RNA nasen
menuju kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho memungkinkan RNA
polimerase untuk berhenti pada sinyal terminator tertentu. Sinyalsinyal terminator ini,
seperti halnya sinyal terminator yang tidak bergantung kepada rho, lebih dikenali oleh
RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator tersebut juga berupa
struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U. Pada E. Coli, terdapat dua
mekanisme terminasi yaitu: adanya protein ρ (rho) yang membantu melepaskan RNA
atau terminasi tanpa bantuan protein ρ (rho-independen) dimana pada daerah terminator
membentuk seperti loop.