Ni Made Ayu Tirtha Kusuma Wardhani (1508105028)

JAWABAN PERTANYAAN

1. Mana yang lebih mudah digabungkan dan berikatan lebih kuat antara pemotongan
lancip dan pemotongan tumpul ?

Pemotongan lancip (Sticky) lebih mudah, karena enzim ligase lebih efisien
bekerja pada pemotongan lancip. Pada pemotongan lancip terdapat overhang, overhang
pada utas sense akan berpasangan dengan ujung overhang pada utas anti sense.
Kemudian DNA Ligase tinggal membentuk ikatan phosphodiester sehingga kedua utas
kini menjadi satu dengan ikatan yang sangat kuat. Mekanisme ini cenderung lebih mudah
menempel karena kedua ujung overhang dapat menempel lebih dahulu. Sedangkan pada
pemotongan tumpul (blunt) tidak ada ujung overhang yang membantu kedua utas untuk
saling menempel terlebih dahulu.

2. Reaksi apa yang terjadi dengan enzim ligase?

Enzim ligase adalah enzim yang berfungsi untuk menyambung dua ujung
potongan DNA. Enzim ligase yang sering digunakan adalah DNA ligase dari E. Coli dan
DNA ligase dari Fage T4. Prinsip kerja enzim ligase sebagai berikut:
 Enzim ligase menyambung dua ujung DNA yang semulanya terpotong
 Penyambungan dilakukan dengan cara menyambung 2 ujung DNA melalui ikatan
kovalen antara ujung 3’OH dari utas satu dengan ujung 5’P dari utas yang lain.
 Penggunaan ligasi DNA ini mengkatalis ikatan fosfodiester antara kedua ujung
DNA sehingga kedua fragmen DNA yang berupa potongan bisa bersatu menjadi
satu.
 Proses penyambungan DNA ligasi pada daerah pemotongan digambarkan
pada gambar berikut :

3. Secara kimia mengapa dapat terjadi pemotongan? (Reaksi apa yang terjadi? Ikatan
apa yang terputus?
Molekul DNA rekombinan tidak dapat dibuat dengan mudah tanpa adanya dua
jenis enzim, yaitu: enzim restriksi endonuklease yang berperan sebagai “gunting” untuk
memotong DNA pada situs spesifik dan DNA ligase yang berperan sebagai lem yang
merekatkan dua molekul DNA di dalam tabung reaksi. Restriksi endonuklase memotong
“sugar – phosphat backbone” DNA pada kedua utasnya. Restriksi endonuklease
mengenali urutan spesifik di dalam molekul DNA. Urutan yang spesifik tersebut pada
umumnya terdiri dari 4 – 6 pasang basa dan bersifat palindromik (palindrom). Palindrom
merupakan daerah yang memiliki urutan basa yang sama dengan utas pasangannya jika
dibaca dari arah yang sama yaitu 5’ – 3’. Setiap enzim restriksi mengenali urutan spesifik
dan memotong hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan basa tersebut. Enzim
restriksi memotong DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen di antara
phosphat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula dari deoksiribonukleotida
yang berbatasan dengannya. Terdapat dua tipe hasil pemotongan, ujung rata (blunt end)
dan ujung kohesif (sticky end). Ujung rata (blunt end) dihasilkan ketika dua utas molekul
dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada nukleotida yang tidak
berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap molekul DNA dipotong
pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’ atau 3’) menggantung dengan
beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang tidak rata ini dapat berpasangan secara
spontan dengan basa pasangannya sehingga disebut “sticky” (mudah lengket) atau
kohesif.