Anda di halaman 1dari 7

10/17/2011

PROTEIN

PROTEIN
PROTEIN
PROTEIN
PROTEIN
Biopolimer Polisakarida: energy storage Asam-asam nukleat: data storage dan transmission of information Protein

Biopolimer

Polisakarida:

energy storage Asam-asam nukleat:

data storage dan transmission of information Protein (poliamida):

very diversed functions (sebagai enzim, sebagai outer cover, sebagai antibodi, dll.)

Struktur

Struktur
Struktur

Macam-macam struktursebagai outer cover , sebagai antibodi, dll.) Struktur Struktur primer: Sequence asam-asam amino yang membentuk

Struktur primer: Sequence asam-asam amino yang membentuk suatu poliamida tertentu Struktur sekunder/tersier: suatu

Struktur primer:

Sequence asam-asam amino yang membentuk suatu poliamida tertentu Struktur sekunder/tersier:

suatu rantai poliamida dengan folded structure Struktur quarterner:

merupakan agregat dari beberapa macam poliamida

Karakteristik khusus

Hidrolisis berbagai protein

akan menghasilkan campuran asam-asam amino Asam-asam amino alami

selalu memiliki konfigurasi L pada -C (konfigurasi yang sama dengan L- glyceraldehyde) Perkecualian: glycine (achiral)

selalu memiliki konfigurasi L pada -C (konfigurasi yang sama dengan L- glyceraldehyde) Perkecualian: glycine (achiral)

Review alpha carbon ( -C) ( -C)

Tautomerisme pada senyawa dengan gugus karbonil

Tautomerisme pada senyawa dengan gugus karbonil

Tautomerisme pada senyawa dengan gugus karbonil
Tautomerisme pada senyawa dengan gugus karbonil
Tautomerisme pada senyawa dengan gugus karbonil
Posisi dan -hidrogen adalah atom H pada atom C yang bersebelahan dengan dengan gugus karbonil

Posisi dan

Posisi dan -hidrogen adalah atom H pada atom C yang bersebelahan dengan dengan gugus karbonil -hidrogen

-hidrogen adalah atom H pada atom C yang bersebelahan dengan dengan gugus karbonil -hidrogen lebih asam daripada -hidrogen Hal ini terjadi akibat stabilisasi resonansi pada senyawa karbonil

Struktur hibrid Anion dalam bentuk hibrid ini dapat menerima proton pada 2 posisi: 1. pada

Struktur hibrid

Struktur hibrid Anion dalam bentuk hibrid ini dapat menerima proton pada 2 posisi: 1. pada C

Anion dalam bentuk hibrid ini dapat menerima proton pada 2 posisi:

1. pada C negatif membentuk senyawa karbonil

semula (bentuk keto)

2. pada O negatif membentuk enol

Tautomerisme karbonil sederhana

Tautomerisme karbonil sederhana
Tautomerisme karbonil sederhana

10/17/2011

Resonansi Struktur A: muatan negatif pada karbon karena ikatan pada C-O lebih kuat daripada ikatan

Resonansi

Resonansi Struktur A: muatan negatif pada karbon karena ikatan pada C-O lebih kuat daripada ikatan pada

Struktur A:

muatan negatif pada karbon karena ikatan pada C-O lebih kuat daripada ikatan pada C-C di struktur B Struktur B:

muatan negatif pada oksigen karena elektronegativitas oksigen yang jauh lebih besar daripada C

Tautomer keto dan enol

Tautomer keto dan enol Isomer yang sangat mudah berubah satu menjadi yang lain (hanya dengan sedikit

Isomer yang sangat mudah berubah satu menjadi yang lain (hanya dengan sedikit saja asam atau basa) Semua senyawa karbonil merupakan tautomer, tapi tautomerisasi merupakan reaksi kesetimbangan Misal:

pada senyawa karbonil sederhana (aseton dan asetaldehid), jumlah enol pada kesetimbangan mereka sangat kecil Semakin dominan ikatan pada C-O relatif terhadap C-C maka senyawa keto akan jauh lebih stabil daripada senyawa enol

Asam-asam amino

Asam-asam amino Tiga kelompok asam amino berdasarkan R (side chain pada struktur asam amino): 1. Netral

Tiga kelompok asam amino berdasarkan R (side chain pada struktur asam amino):

1. Netral

2. Asam

3. Basa

Asam-asam amino Tiga kelompok asam amino berdasarkan R (side chain pada struktur asam amino): 1. Netral

Asam amino netral

Asam amino netral
Asam amino netral
Asam amino esensial Asam amino yang tidak dapat diproduksi sendiri oleh makhluk-makhluk tingkat tinggi Perlu

Asam amino esensial

Asam amino yang tidak dapat diproduksi sendiri oleh makhluk-makhluk tingkat tinggi Perlu sumber eksternal (sebagai asupan makanan) Indeks ‘b’ pada Tabel 24.1.

Zwitterions

Zwitterions
Zwitterions

10/17/2011

Asam amino asam dan basa

Asam amino asam dan basa
Asam amino asam dan basa

Zwitterions

Zwitterions Merupakan ion-ion dipolar (dalam satu molekul ada polarisasi muatan) Untuk asam amino: gugus –NH 2

Merupakan ion-ion dipolar (dalam satu molekul ada polarisasi muatan) Untuk asam amino:

gugus –NH 2 = gugus basa gugus –CO 2 H = gugus asam Asam amino pada kondisi kering:

sebagai ion dipolar Asam amino pada kondisi basah:

kesetimbangan antara ion dipolar dengan ion basa dan ion asam

Zwitterions

Dominasi asam amino dalam larutan tergantung pH:

Zwitterions Dominasi asam amino dalam larutan tergantung pH: - pada kondisi basa: sebagai anion - pada

- pada kondisi basa: sebagai anion - pada kondisi asam: sebagai kation

Dominasi asam amino dalam larutan tergantung pH: - pada kondisi basa: sebagai anion - pada kondisi
Karakteristik khusus Struktur umum asam amino : H 2 NCHRCOOH ada gugus amin (-NH 2

Karakteristik khusus

Struktur umum asam amino :

H 2 NCHRCOOH ada gugus amin (-NH 2 ) dan gugus karboksilat (-COOH) Tapi sifat-sifat protein sangat berbeda dari senyawa-senyawa amin atau senyawa- senyawa karboksilat

K a dan K b terukur Pada umumnya nilai terukur: Nilai K a untuk asam

K a dan K b terukur

Pada umumnya nilai terukur:

Nilai K a untuk asam karboksilat berorder 10 -5 Nilai K b untuk amin alifatik berorder 10 -4

Pada asam amino sederhana (misalnya glycine):

K a = 1,6 x 10 -10 (sangat kecil) K b = 2,5 x 10 -12 (sangat kecil)

Dapat dihitung Asam-basa konjugasi dapat dihubungkan dengan persamaan: K a x K b = 10

Dapat dihitung

Asam-basa konjugasi dapat dihubungkan dengan persamaan:

K a x K b = 10 -14 Jika diperoleh nilai K a = 1,6 x 10 -10 untuk gugus –NH 3 + maka nilai K b untuk gugus –NH 2 adalah 10 -14 /(1,6x10 -10 ) = 6,3x10 -5 Coba hitung nilai K a untuk gugus –COOH jika terukur nilai K b asam amino (untuk gugus –COO - ) sebesar 2,5x10 -12

10/17/2011

Karakteristik khusus

Karakteristik khusus Senyawa amin dan karboksilat berupa cairan, asam amino adalah padatan kristalin dengan titik lebur

Senyawa amin dan karboksilat berupa cairan, asam amino adalah padatan kristalin dengan titik lebur cukup tinggi Asam amino tidak larut dalam solven non polar, larut dengan baik dalam air Keasamannya jauh lebih rendah dibandingkan senyawa karboksilat pada umumnya Kebasaannya jauh lebih tinggi daripada senyawa amin pada umumnya

Penjelasan

keasaman/kebasaan

Penjelasan keasaman/kebasaan Keasaman yang terukur adalah keasaman dari ion amonium Kebasaan yang terukur adalah kebasaan

Keasaman yang terukur adalah keasaman dari ion amonium

Keasaman yang terukur adalah keasaman dari ion amonium Kebasaan yang terukur adalah kebasaan dari ion karboksilat

Kebasaan yang terukur adalah kebasaan dari ion karboksilat

Keasaman yang terukur adalah keasaman dari ion amonium Kebasaan yang terukur adalah kebasaan dari ion karboksilat

Menurut definisi Bronsted- Lowry

Menurut definisi Bronsted- Lowry Gugus yang bersifat ‘akseptor proton’ pada asam amino sederhana adalah –COO -

Gugus yang bersifat ‘akseptor proton’ pada asam amino sederhana adalah –COO -

Gugus yang bersifat ‘donor proton’ pada asam amino sederhana adalah –NH 3 +

Manfaat Dapat mempercepat suatu reaksi tertentu dengan mengatur kebasaan atau keasaman sedemikian rupa sehingga

Manfaat

Dapat mempercepat suatu reaksi tertentu dengan mengatur kebasaan atau keasaman sedemikian rupa sehingga meningkatkan konsentrasi spesies reaktifnya.

Pikirkan:

bagaimana cara mempercepat reaksi esterifikasi asam amino?

Fenomena zwitterion Misal tinjau alanine Jika alanine dilarutkan dalam suasana asam, bentuk dominan adalah bentuk

Fenomena zwitterion

Misal tinjau alanine Jika alanine dilarutkan dalam suasana asam, bentuk dominan adalah bentuk kationik Perhatikan bahwa nilai pKa atom H pada gugus karboksilat-nya LEBIH KECIL daripada asam karboksilat biasa

kationik Perhatikan bahwa nilai pKa atom H pada gugus karboksilat-nya LEBIH KECIL daripada asam karboksilat biasa

Menghitung titik isoelektrik

Menghitung titik isoelektrik pI (titik isoelektrik) adalah rata-rata dari nilai- nilai pKa Untuk kasus alanine: pI

pI (titik isoelektrik) adalah rata-rata dari nilai- nilai pKa Untuk kasus alanine:

pI = 0.5 (2.3+9.7) = 6.0

10/17/2011

Titik isoelektrik (pI)

Titik isoelektrik (pI) pH di mana konsentrasi anion sama dengan konsentrasi kation Konsentrasi ion dipolar maksimum

pH di mana konsentrasi anion sama dengan konsentrasi kation Konsentrasi ion dipolar maksimum Titik optimum pada proses pengendapan (koagualasi) protein Misalnya pada pembuatan tahu

Enhanced acidity

Enhanced acidity Keasaman gugus karboksil pada -asam amino disebabkan efek induksi dari kation aminium Keberadaan

Keasaman gugus karboksil pada -asam amino disebabkan

efek induksi dari kation aminium Keberadaan kation di dekatnya menyebabkan gugus

karboksil cenderung ‘menghilangkan’ protonnya agar tercapai kestabilan. Penghilangan proton ini menghasilkan ion dipolar

cenderung ‘menghilangkan’ protonnya agar tercapai kestabilan. Penghilangan proton ini menghasilkan ion dipolar
Contoh kasus titrasi basa Misal alanine mula-mula berada pada keadaan sangat asam (misal pH 0)

Contoh kasus titrasi basa

Misal alanine mula-mula berada pada keadaan sangat asam (misal pH 0) sehingga bentuk dominannya adalah bentuk kation. Ditambahkan basa sedikit demi sedikit:

- mula-mula proton yang ‘dikeluarkan’ adalah proton pada gugus karboksilat

- saat pH mencapai 2.3 (pH=pKa), proton

gugus karboksilat telah terpisah dari SEPARUH populasi molekul alanine (pikirkan

mengapa demikian!)

Persamaan Henderson- Hasselbalch

Tinjau ionisasi:

HA

H + + A -

Henderson- Hasselbalch Tinjau ionisasi: HA H + + A - Buktikan bahwa pada kesetimbangan: [HA] Kaitkan

Buktikan bahwa pada kesetimbangan:

[HA]

Kaitkan untuk menjawab pertanyaan di slide sebelumnya

pKa

=

pH

+

log

[A

pKa = pH + log [A ]

]

Kasus titrasi basa Untuk alanine, pI tercapai pada pH = 6.0 Jika penambahan basa diteruskan,

Kasus titrasi basa

Untuk alanine, pI tercapai pada pH = 6.0 Jika penambahan basa diteruskan, proton akan mulai lepas dari ion aminium Pada pH = 9.7 SEPARUH populasi molekul alanine telah kehilangan proton dari ion aminium (pikirkan mengapa demikian) Nilai pH ini adalah nilai pKa dari ion aminium

Kurva titrasi alanine

Kurva titrasi alanine
Kurva titrasi alanine

10/17/2011

Kembali ke kasus titrasi basa Pada pH = 2.3, separuh dari populasi molekul alanine telah

Kembali ke kasus titrasi basa

Pada pH = 2.3, separuh dari populasi molekul alanine telah kehilangan proton dari gugus karboksilatnya. Jika penambahan basa dilanjutkan, tercapai kondisi dimana SELURUH molekul alanine telah kehilangan proton dari gugus karboksilatnya. Kondisi tersebut adalah titik isoelektrik (pI)

Kasus titrasi basa Jika titrasi diteruskan pH akan naik dan akhirnya seluruh molekul alanin telah

Kasus titrasi basa

Jika titrasi diteruskan pH akan naik dan akhirnya seluruh molekul alanin telah kehilangan proton dari ion aminiumnya Pada kondisi ini, alanine berada pada kondisi anionik

Sintesis asam amino

Sintesis penting di industri:

Sintesis asam amino Sintesis penting di industri: sintesis asimetris (enantioselective) Ingat: kebanyakan asam amino alami

sintesis asimetris (enantioselective)

Ingat: kebanyakan asam amino alami adalah L- amino acid

Produksi skala industri sering menghasilkan racemic mixture

Perlu pemurnian (proses resolusi)

Contoh: L-DOPA

Contoh: L-DOPA
Contoh: L-DOPA

Polipeptida

Polipeptida Polimer linier dengan salah satu ujung berupa N- terminal residue dan ujung yang lain berupa

Polimer linier dengan salah satu ujung berupa N- terminal residue dan ujung yang lain berupa C- terminal residue

Polimer linier dengan salah satu ujung berupa N- terminal residue dan ujung yang lain berupa C-

Cation-exchange resin

Cation-exchange resin Asam amino dilewatkan pada kolom berisi resin: asam-asam amino akan teradsorpsi pada resin akibat

Asam amino dilewatkan pada kolom berisi resin:

asam-asam amino akan teradsorpsi pada resin akibat muatan negatif pada gugus sulfonat dan muatan positif pada asam amino

asam-asam amino akan teradsorpsi pada resin akibat muatan negatif pada gugus sulfonat dan muatan positif pada

10/17/2011

Sintesis polipeptida

Molekul hasil penggabungan asam-asam amino disebut peptida:

Molekul hasil penggabungan asam-asam amino disebut peptida: 2 asam amino = dipeptida 3-10 asam amino =

2 asam amino = dipeptida 3-10 asam amino = oligopeptida > 10 asam amino = polipeptida

asam-asam amino disebut peptida: 2 asam amino = dipeptida 3-10 asam amino = oligopeptida > 10
Hidrolisis Dengan HCl 6 M selama 24 jam, menghasilkan campuran asam-asam amino Pemisahan asam-asam amino

Hidrolisis

Dengan HCl 6 M selama 24 jam, menghasilkan campuran asam-asam amino Pemisahan asam-asam amino dilakukan dengan metode chromatography Misal: dengan cation-exchange resin

Cation exchange resin Kekuatan adsorpsi tergantung pada kebasaan asam amino : semakin basa, semakin kuat

Cation exchange resin

Kekuatan adsorpsi tergantung pada kebasaan asam amino : semakin basa, semakin kuat Jika kolom kemudian ‘dicuci’ dengan larutan buffer pada pH tertentu, asam amino akan terlepas dari resin dengan kecepatan yang berbeda Asam amino yang paling dulu keluar dari kolom adalah asam amino yang adsorpsinya paling lemah (paling asam)