Anda di halaman 1dari 15

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

ISOLASI DNA KROMOSOM

Senin, 5 Maret 2018

Kelompok 5 Kelas A

Pukul 13.00 – 16.00 WIB

Nama NPM Tugas

1. Rosidah 260110150001 Tujuan, Prinsip, Teori dasar


2. Rena Choerunisa 260110150003 Data Pengamatan, Editor
3. Riska Nelinda 260110150004 Pembahasan
4. Luthfi Utami 260110150013 Pembahasan
5. Derif Azis Abdullah 260110150019 Pembahasan
6. Nurlaela Hasanah 260110150033 Alat dan Bahan, Prosedur
7. Latifa N. 260110150039 Pembahasan
8. Rahma Alya N. 260110150040 Teori Dasar

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS PADJADJARAN

JATINANGOR

2018
I. TUJUAN
Memahami metode isolasi DNA kromosom dari sel prokariot berupa
bakteri Gram negatif (E. coli BL21) menggunakan PureLink™ Genomic
DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific - Catalog Number K182001).

II. PRINSIP

2.1. Isolasi
Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan
dalam rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip
dasar isolasi total DNA/RNA dari jaringan adalah dengan memecah dan
mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang
terdiri atas sel-sel jaringan, DNA, dan RNA (Faatih,2009).

2.2. Lisis
Lisis adalah perusakan dinding sel tanpa harus merusak DNA yang
diinginkan. Oleh karena itu perusakan dinding sel umumnya dilakukan
dengan cara memecahkan dinding sel menggunakan buffer lisis (Handoyo
dan Ari,2000).

2.3. Ekstraksi
Ekstraksi DNA dilakukan untuk mendapatkan total DNA dari suatu
biota, hasil dari proses ekstraksi yaitu ekstrak DNA yang terlarut dalam suatu
larutan penyangga (buffer) khusus (Marwayana,2015).
Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan berbagai metode, baik
konvensional maupun menggunakan kit. Ekstraksi DNA secara konvensional
bisa dilakukan antara lain dengan metode CTAB/NaCl metode SDS), dan
metode fenol kloroform (Fitriya dkk,2015).

2.4 Purifikasi
Purifikasi atau disebut dengan pemurnian adalah suatu tahapan yang
bertujuan untuk membersihkan zat-zat pengotor sehingga diperoleh DNA
yang murni (Faatih,2009).
2.5 Presipitasi
Presipitasi adalah tahap terakhir yang bertujuan untuk mengendapkan
protein, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling), yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat (Faatih,2009).

III. TEORI DASAR


DNA atau asam deoksiribonukleat merupakan materi genetik dari
sebagian besar organisme. Bentuk molekul DNA menyerupai tangga spiral
atau secara ilmiah dikenal dengan istilah heliks ganda (double helix). Susunan
DNA yang sangat panjang selanjutnya disebut sebagai kromosom. DNA
terdiri dari banyak nukleotida. Satu nukleotida tersusun atas 3 molekul khas
pembentuknya yaitu satu molekul gula dan satu molekul fosfat yang terikat
pada salah satu basa DNA yang terdiri dari purin dan pirimidin. Purin terdiri
dari adenin (A) dan guanin (G) sedangkan pirimidin terdiri dari timin (T) dan
sitosin (S) yang terikat secara berpasangan dan membentuk DNA atau
dinamakan sebagai polinukleotida. Rantai-rantai DNA biasanya tidak tahan
terhadap paparan suhu tinggi, nilai pH yang ekstrim dan segala zat yang dapat
memutuskan ikatan hidrogen yang dihasilkan dari basa-basa dalam DNA
yang saling terikat. Sehingga, dapat disebutkan bahwa DNA dapat dengan
mudah terdenaturasi (Brookes, 2005).
Pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan tumbuhan
DNA organisme tersebut terdapat di dalam inti sel dan beberapa organ lain di
dalam selnya seperti mitokondria dan kloroplas. Sehingga penyebutan nama
DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA genom inti (nuclear DNA
genome) berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria (mitochondrial DNA
genome) berasal dari mitokondria serta DNA genom kloroplas berasal dari
kloroplas (Hairuddin, 2013).
Terdapat beberapa perbedaan pada DNA yang menyusun organisme
tingkat tinggi dan DNA yang menyusun organisme tingkat rendah seperti
bakteri. Pada sel prokariot, DNA berbentuk sirkular dan terdapat pada sitosol
sebagai zat yang bebas sedangkan pada sel eukariot DNA tersusun atas
bentuk kromosom yang linear dan terdapat pada membran nucleus (inti) dan
tidak berhubungan langsung dengan sitosol seperti pada organisme prokariot.
Ciri khas yang dapat membedakan antara organisme prokariot dan organisme
eukariot adalah pada organisme eukariot, materi genetik (DNA) terikat pada
beberapa protein yang disebut sebagai histon pada bagian nukelus atau
kromosom (LibreTexts, 2017).
DNA dapat diisolasi. Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu:
(1) Isolasi sel; (2) Lisis dinding dan membran sel; (3) Ekstraksi dalam larutan;
(4) Purifikasi; dan (5) Presipitasi. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi
DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi
adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul (Faatin, 2009).
Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah proses perusakan atau
penghancuran membran dan dinding sel yang bertujuan untuk mengeluarkan
isi sel (Holme dan Hazel, 1998). Tahap penghancuran sel atau jaringan
memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel
dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau dengan
menggunakan metode freezing-thawing dan iradiasi (Giacomazzi et al.,
2005). Cara lain yakni dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik.
Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen
yang dapat melarutkan lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi
membran sel (Surzycki, 2000).
Pada proses lisis dengan menggunakan detergen, sering digunakan
Sodium Dodecyl Sulphate (SDS) sebagai tahap pelisisan membran sel.
Detergen tersebut selain berperan dalam melisiskan membran sel juga dapat
berperan dalam mengurangi aktivitas enzim nuklease yang merupakan enzim
pendegradasi DNA (Switzer, 1999).
Pada tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan chelating agent
seperti Ethylenediamine Tetraacetic Acid (EDTA) yang berperan
menginaktivasi enzim DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi,
EDTA menginaktivasi enzim nuklease dengan cara mengikat ion magnesium
dan kalsium yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNAse (Corkill dan
Rapley, 2008).
Purifikasi penambahan RNAse dengan tujuan untuk menghilangkan
RNA pada larutan DNA. RNAse merupakan enzim pendegradasi RNA.
Prinsip kerja RNAse adalah memotong ikatan fosfodiester antara 5'-ribosa
dari nukleotida dan gugus fosfat yang melekat pada 3'-ribosa, yang kemudian
dihidrolisis membentuk 3'- nukleosida fosfat (Murtiyaningsih, 2017).
Presipitasi DNA dengan menggunakan etanol. Etanol akan
melarutkan bahan-bahan lain selain DNA sehingga ketika dilakukan
sentrifugasi DNA akan terpisah dengan bahan-bahan lain tersebut (Fatchiyah
et al., 2011).
PureLink®Genomic DNA Mini Kit didasarkan pada pengikatan
selektif DNA ke membran silika dengan adanya garam chaotropik. Lysate
dibuat dari berbagai bahan awal seperti jaringan, sel, atau darah. Sel atau
jaringan dicerna dengan Proteinase K pada suhu 55 ° C dengan menggunakan
buffer yang membantu denaturasi protein dan meningkatkan aktivitas
Proteinase K. RNA dihilangkan dengan dengan RNase A sebelum sampel
mengikat membran silika. Lysate dicampur dengan etanol dan
PureLink®Genomic Binding Buffer yang memungkinkan ikatan DNA
PureLink®Spin Column (Mini Kit) atau Binding Plate (96 Kit) yang tinggi.
DNA berikatan dengan membran silika di kolom dan kotoran dikeluarkan
dengan dengan wash buffer. DNA genom kemudian dielusi dengan elution
buffer (Course Hero, 2018).

IV. ALAT BAHAN


4.1 Alat
4.1.1 Beaker glass
4.1.2 Inkubator
4.1.3 Lemari es 1 buah dan freezer -20 °C
4.1.4 Mikropipet 100-1000 µL, 50-200 µL dan 10-100 µL
4.1.5 Pembakar Spirtus
4.1.6 Sarung tangan
4.1.7 Sentrifugator
4.1.8 Tabung Eppendorf 1,5 mL
4.1.9 Termometer
4.1.10 Tip mikropipet
4.1.11 Vortex
4.1.12 Waterbath
4.2 Bahan
4.2.1 Biakan bakteri E. coli BL21 yang telah diinkubasi selama 18 jam.
4.2.2 Medium pertumbuhan Luria Bertani (LB) cair yang telah
disterilisasi.
4.2.3 Purelink™ Genomic DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific)
yang mengandung reagen sebagai berikut: Proteinase K Solution,
RNAse A Solution, Digestion Buffer, Lysis Buffer, Wash Buffer I,
Wash Buffer II, Elution Buffer (10 mM TrisCl, pH 9,0, 0,1 mM
EDTA), Purelink™ Genomic Spin Column dan tabung kolektor 2
mL.
4.2.4 Etanol 96 - 100%
V. PROSEDUR
Pertama-tama pelet sel bakteri diresuspensi dalam 180 μL PureLink™
Genomic Digestion Buffer, lalu ditambahkan 20 μL Proteinase K. Campuran
dikocok menggunakan vortex atau melalui pemipetan berulang untuk
menghasilkan suspensi yang homogen. Kemudian suspensi diinkubasi pada
suhu 55 °C sambil sesekali di-vortex atau dimasukkan dalam shaking water
bath sampai sel lisis secara sempurna (kira-kira 30 menit). Setelah itu
sebanyak 20 μL RNase A Solution ditambahkan ke dalam suspensi, lalu
dikocok menggunakan vortex. Campuran kemudian diinkubasi selama 2
menit pada suhu ruang, sebanyak 200 μL PureLink™ Genomic Lysis/Binding
Solution ditambahkan ke dalam campuran, lalu dikocok menggunakan vortex
selama 5 detik hingga diperoleh campuran yang homogen. Selanjutnya,
sebanyak 200 μL etanol 96-100% ditambahkan ke dalam lisat, lalu dikocok
menggunakan vortex atau resuspensi melalui pemipetan berulang.
Lisat (~620 μL) yang sudah ditambahkan PureLink™ Genomic
Lysis/Binding Solution dan etanol dituangkan ke PureLink™ Spin Column
dalam tabung kolektor. Kolom disentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan
10.000 x g. Supernatan dalam tabung kolektor dibuang. Kolom dimasukkan
kembali ke dalam tabung kolektor yang sama.
Ditambahkan sebanyak 500 μl PureLink™ Genomic Wash Buffer I ke
dalam kolom, lalu disentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan 9.400 rpm
(10.000 x g). Supernatan dalam tabung kolektor dibuang, lalu kolom
purifikasi ditempatkan kembali dalam tabung kolektor yang sama. Kemudian
sebanyak 500 μl PureLink™ Genomic Wash Buffer II (dengan penambahan
etanol) ditambahkan ke dalam kolom, lalu disentrifugasi selama 3 menit pada
kecepatan maksimum (14.000 x g). Jika larutan residu masih terlihat dalam
kolom purifikasi, maka tabung kolektor dikosongkan dan disentrifugasi
kembali pada kecepatan yang sama selama 1 menit. Supernatan pada tabung
kolektor dibuang dan kolom dipindahkan ke dalam tabung Eppendorf 1,5 mL
baru.
Ditambahkan sebanyak 200 μL PureLink™ Genomic Elution Buffer
ke dalam kolom. Untuk mengelusi DNA kromosom. Kolom diinkubasi
selama 2 menit pada suhu ruang, lalu disentrifugasi pada kecepatan
maksimum (14000 x g) selama 1 menit. Kolom purifikasi dilepaskan dari
tabung Eppendorf. DNA murni dapat langsung digunakan atau disimpan pada
suhu -20°C.
VI. DATA PENGAMATAN
No Perlakuan Hasil
1. Pelet sel diresuspensi dalam Dinding sel dan membran sel
180 µL digestion buffer bakteri Eschercia coli pecah
2. Ditambah 20 µL proteinase K, Pengaruh protein bakteri
lalu divortex, kemudian dihilangkan
diinkubasi suhu 55◦C selama 30
menit di waterbath, sesekali
divortex
3. Ditambah RNAse K 20 µL, RNA dari bakteri dihilangkan
divortex dan diinkubasi di suhu
ruang selama 2 menit
4. Ditambah purelink genomik Protein bakteri mengendap/
lysis/binding solution 200 µL, terkumpul
divortex
5. Ditambah etanol 96% 200 µL, molekul DNA terikat pada
divortex, Diresuspensi ke membran silika
dalam lisat (620 µL) yang ada
di spin colum
7. Disentrifugasi 1 menit, Kontaminan yang mempengaruhi
kecepatan 10.000 x g, isolasi telah hilang
supernatan dalam colum
dibuang, colum dimasukkan
lagi ke dalam tabung kolektor
dan ditambah Wash Buffer I 500
µL Disentrifugasi 1 menit,
kecepatan 10.000 x g,
supernatan dalam colum
dibuang, colum dimasukkan
lagi ke dalam tabung kolektor
8. Ditambah Wash Buffer II 500 Kontaminan yang mempengaruhi
µL. Disetrifugasi 3 menit, isolasi telah hilang
kecepatan 14.000 x g,
supernatan dalam colum
dibuang kemudian dimasukkan
ke dalam tabung effendorf
9. Ditambah elution buffer 200 Diperoleh isolat DNA kromosom
µL, kemudian diinkubasi 2 dalam tabung effendorf
menit. Disentrifugasi dan
didiamkan 1 menit, isolat DNA
kromosom disimpan dalam
tabung effendorf di suhu -21◦C

VII. PEMBAHASAN
Isolasi DNA kromosom dapat diaplikasikan salah satunya untuk
identifikasi molekular. Contohnya, DNA kromosom bakteri memiliki 16S-
rDNA yang hanya dimiliki oleh bakteri dan tiap strainnya berbeda sehingga
dapat mencari ciri khas. Selain itu dapat juga digunakan untuk identifikasi
secara biokimia, sebagai contoh, jika ingin mengetahui tentang kemampuan
suatu bakteri dalam melakukan fermentasi.
Pada praktikum ini, isolasi DNA Kromosom dilakukan terhadap
bakteri gram negatif Escherichia coli BL21 menggunakan PureLink™
Genomic DNA Mini Kit. Alasan pemilihan bakteri gram negatif untuk
diisolasi yaitu, struktur dinding sel dari bakteri gram negatif lebih tipis
dibandingkan bakteri gram positif sehingga akan lebih mudah untuk
dipecahkan (proses lisis) atau diisolasi DNA nya. Ukuran DNA kromosom
lebih besar dibandingkan dengan DNA plasmid, maka dari itu perlu dilakukan
secara hati – hati agar DNA tidak mengalami kerusakan.
Prosedur preparasi DNA dari biakan sel bakteri dapat dibagi dalam
empat tahap:
1. Biakan bakteri ditumbuhkan dan kemudian dipanen
2. Sel dipecah untuk melepaskan isinya
3. Ekstrak sel diperlakukan untuk menghilangkan semua penyusun kecuali
DNA
4. Larutan DNA dimurnikan
Pada percobaan ini, biakan bakteri (Escherichia coli. ) ditumbuhkan
dalam medium Luria Bertani (LB). Satu ose bakteri diambil dari plate biakan
berumur 18 jam, lalu diinokulasikan ke dalam 25 ml medium Luria–Bertani
(LB) cair. Mediumini adalah salah satu medium yang paling umum
digunakan untuk memelihara dan menumbuhkan strain rekombinan dari E.
coli, selain itu media LB juga merupakan medium optimal untuk
pertumbuhan bakteri. Komposisi umum dari medium LB cair diantaranya
adalah tryptone, NaCl, ekstrak ragi dan aquabidest.
Manfaat dari masing – masing komponen dalam komposisi medium
Luria – Bertani (LB) diantaranya: (1) Tryptone berfungsi sebagai sumber
karbon sekaligus sumber nitrogen yang penting bagi pertumbuhan bakteri E.
coli, tryptone sendiri adalah hasil hidrolisat kasein yang mengandung banyak
peptida dan asam amino, asam – asam amino dalam tryptone adalah jenis
asam amino yang dapat digunakan sebagai sumber energi meskipun medium
LB memiliki sedikit karbohidrat, dapat dengan baik menyokong pertumbuhan
bakteri dari E. coli; (2) Ekstrak ragi/khamir berfungsi untuk memberikan
suplai vitamin, bahan organik seperti asam lemak dan lipid serta beberapa
mineral untuk pertumbuhan bakteri dan (3) NaCl digunakan untuk menjaga
tekanan osmotik sel bakteri agar tidak mudah pecah (lisis).
Pada prosedur isolasi DNA kromosom, setelah sel bakteri diisolasi,
tahap selanjutnya yang dilakukan adalah melisiskan dinding dan membran sel
dengan larutan pelisis sel. Pada isolasi dari DNA kromosom ini, semua sel
mempunyai membrane plasma yang berupa lapisan lipoprotein ganda, yang
membentuk penghalang, memisahkan isi sel dari lingkungan ekstraseluler.
DNA terdapat didalam suatu sel sehingga untuk mengisolasi suatu DNA,
harus dilakukan pemecahan sel. Teknik pemecahan sel dapat dibagi dalam
metode fisik dan metode kimiawi. Pada metode fisik, sel dipecah dengan
kekuatan mekanik seperti sonikasi, sedangkan pada metode kimiawi, sel
diperlakukan dengan pemaparan senyawa kimia yang mempengaruhi dinding
sel. Metode yang digunakan dalam percobaan ini adalah metode kimiawi.
Pelet sel bakteri diresuspensi dalam 180 µL Digestion solution lalu
ditambahkan 20 μL Proteinase K. Digestion solution terdiri dari EDTA dan
SDS. Larutan EDTA berfungsi untuk mengikat ion magnesium yang menjaga
struktur dinding sel dan juga menghambat enzim lain yang akan memotong
DNA, sedangkan detergent Sodium Dedosil Sulfat (SDS) membantu proses
lisis dengan menghilangkan lipid pada dinding sel. Penambahan proteinase K
berfungsi untuk memutuskan ikatan peptida yang ada pada membran sel
bakteri gram negatif. Setelah penambahan dua zat tersebut, campuran
suspensi dikocok menggunakan vortex atau melalui pemipetan berulang
untuk menghasilkan suspensi yang bersifat homogen lalu diinkubasi pada
suhu 55oC selama 30 menit untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat
dipengaruhi oleh temperature (suhu) dengan sesekali divortex atau
dimasukkan ke dalam shaking water bath untuk dapat menghomogenkan
larutan dan agar sel bakteri lisis secara sempurna.
Setelah dinding sel dan membran bakteri lisis, di dalam sel bakteri
masih terdapat RNA, dan sebagian protein. Oleh karenan itu, agar kita
memperoleh DNA yang murni maka pengaruh lain seperti RNA dan protein
bakteri harus dihilangkan. Pada praktikum ini, RNA bakteri dihancurkan
dengan enzim RNAse A. Sebanyak 20 μL RNase A ditambahkan ke dalam
suspensi, lalu dikocok menggunakan vortex. Agar proses penghancuran
berjalan sempurna, campuran kemudian diinkubasi selama 2 menit pada suhu
ruang.
Akibat proses pelisisan membran sel bakteri, maka akan banyak
terdapat protein sel bakteri yang tersebar, sehingga perlu ditambahkan
binding solution (fenol/kloroform) untuk mengikat protein tersebut, sehingga
ketika suspensi dituangkan ke kolom purifikasi, molekul-molekul yang
diinginkan (DNA kromosom) akan terikat pada kolom, dan molekul-molekul
yang tidak terikat dengan binding solution akan jatuh.
Setelah penambahan binding solution, tahap selanjutnya yaitu proses
ekstraksi DNA dalam suspensi dengan cara ditambahkan etanol 96% ke
dalam lisat yang berfungsi untuk mengendapkan asam nukleat (DNA).
Selanjutnya lisat dituangkan ke dalam kolom purifikasi yang
mengandung membran silika dan dilakukan sentrifugasi terhadap kolom
dengan kecepatan maksimum. Setelah proses sentrifugasi selesai akan
didapatkan supernatan cair di bagian bawah tabung kolektor (dibuang),
sedangkan molekul yang diinginkan (DNA) akan terikat pada membran silika
tersebut. Setelah itu ditambahkan wash buffer (campuran ammonium asetat
dan CaCl yang dicampur dengan etanol 96%) sebanyak dua kali yang
berfungsi untuk menghilangkan pengotor-pengotor yang kemungkinan masih
bercampur dengan DNA yang akan diisolasi. Proses pencucian dilakukan dua
kali, diharapkan agar jumlah pengotor yang tertinggal hanya bersisa sedikit.
Pada penambahan wash buffer I perlu penggunaan sarung tangan
karena bersifat iritan. Setelah penambahan wash buffer I dilakukan
sentrifugasi lagi, molekul DNA yang diinginkan tetap tertinggal pada
membran silika dan supernatan yang mengandung pengotor dapat dibuang.
Setelah prosedur pencucian dengan wash buffer II telah selesai, tabung
kolektor yang menyangga kolom purifikasi diganti dengan tabung eppendorf
baru karena akan dilakukan proses purifikasi DNA.
Proses purifikasi DNA kromosom dilakukan dengan cara
menuangkan larutan buffer elusi pada kolom purifikasi yang akan
melepaskan ikatan DNA dengan membran silika. Setelah penambahan buffer
elusi perlu dilakukan resuspensi dahulu agar cairan yang turun ke tabng
eppendorf bukanlah buffer elusinya saja, tetapi bersamaan dengan DNA yang
diinginkan. Setelah itu diinkubasi selama 2 menit agar DNA yang terikat pada
membran silika diharapkan bisa turun semua. Setelah itu DNA murni yang
didapatkan dapat disimpan pada suhu -200C.
Pada setiap penambahan bahan, dilakukan proses peresuspensian atau
pengocokan dengan vortex agar semua bahan dapat bercampur sempurna
sehingga reaksi dapat berjalan dengan baik. Yang perlu diperhatikan pada
tahapan isolasi DNA kromosom ini adalah perlunya resuspensisasi suspensi
setiap penambahan bahan yang dilakukan. Hal ini dilakukan untuk
memastikan bahwa zat yang ingin dicampurkan dengan suspensi yang telah
ada dalam tabung dapat benar-benar bercampur sehingga dapat dipastikan
bahwa reaksi benar-benar terjadi.
Selain itu, hal yang perlu diperhatikan dalam tahapan isolasi DNA
kromosom ini adalah kerja secara aseptic. Teknik aseptic merupakan suatu
system cara kerja yang menjaga sterilitas ketika menangani pengkulturan
organisme untuk mencegah kontaminasi. Teknik ini sangat esensial dan kunci
keberhasilan prosedur mikrobiologi. Seperti pada saat penggunaan
mikropipet dalam penambahan reagen, dilakukan di dekat spirtus yang
menyala. Hal ini dimaksudkan agar tidak terdapat kontaminan yang masuk
dan akan mengganggu hasil dari isolasi kromosom bakteri. Selain itu
penggunaan sarung tangan lateks. Sarung tangan membantu melindungi dari
tumpahan biakan atau bahan kimia berbahaya. Pada praktikum kali ini,
diwajibkan menggunakan sarung tangan lateks dikarenakan reagen reagen
yang digunakan ada yang bersifat iritan, seperti purelink genomic lysis dan
wash buffer. Selain itu penggunaan masker juga untuk menghindari
kontaminan. Teknik aseptic digunakan sepanjang kegiatan praktikum
berlangsung.
VIII. SIMPULAN
Dapat dipahami metode isolasi DNA kromosom dari sel prokariot berupa
bakteri Gram negatif (E. coli BL21) dengan menggunakan PureLink™ Genomic
DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific - Catalog Number K182001) .
DAFTAR PUSTAKA
Brookes, M. 2005. Bengkel Ilmu : Genetika. Jakarta : Penerbit Erlangga.
Corkill, G., Rapley, R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools &
Techiques in Molecular Biomethods Handbook Second Edition.USA:
Humana Press.
Course Hero.PureLink Genomic DNA Mini Kit Contents the Component.Tersedia
onlline di https://www.coursehero.com/file/p3e3mctu/PureLink-Genomic-
DNA-Mini-Kit-Contents-The-components-included-in-the-PureLink/
(Diakses 07 Maret 2018).
Faatih, Mukhlissul.2009.Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian
Sains dan Teknologi.Vol.10 (1):61-67.
Fatchiyah, Arumingtyas, E. L., Widyarti, S., Rahayu, S. 2011. Biologi Molekular,
Prinsip Dasar Analisis. Jakarta: Penerbit Erlangga.
Fitriya, Riya Tyas, Muslimin Ibrahim dan Lisa Lisdiana.2015.Keefekifan Metode
Isolasi DNA Kit dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus
aureus dan Shigella dysentrie. Lentera Bio Vol.4 (1):87-92.
Giacomazzi, S., Lerol, F., Joffraud, J.J., 2005. Comparison of three methods of
DNA extraction from cold-smoked salmon and impact of physical treatments.
Journal of Applied Microbiology 98, 1230–1238.
Hairuddin, R. 2013. ANALISIS DNA PADA TANAMAN GANDUM
(Triticumaestivum l.). Jurnal Dinamika 4 (2) : 41-46.
Handoyo, Darmo dan Ari Rudireta.2000.Prinsip Umum Pelaksanaan Polymerase
Chain Reaction (PCR).Unitas Vol.9 (1):17-29.
Holme, D. J. & Hazel P. 1998. Analytical biochemistry .England : Pearson
Education Limited.
LibreTexts. (2017). Available online at
https://bio.libretexts.org/LibreTexts/University_of_California_Davis/BIS_2
A%3A_Introductory_Biology_(Easlon)/Readings/02.3%3A_Eukaryotic_Ce
ll%3A_Structure_and_Function [Diakses pada 7 Maret 2018].
Marwayana, Onny Nurrahman.2015.Ekstraksi Asam Deoksiribonukleat (DNA)
dari Sampel Jaringan Otot. Oseana Vol.11 (2):1-9
Murtiyaningsih,Hidayah.2017.Isolasi DNA Genom dan Identifikasi Kekerabatan
Genetik Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic
DNA).Agritop Vol.15 (1):84-93.
Surzycki, S. 2000. Basic Techniques In Molecular Biology. Germany : Springer-
Verlag Berlin Heidelberg.
Switzer. 1999. Experimental Biochemistry. Oxford : Blackwell Scientific Pub.