Anda di halaman 1dari 81

TK 2205

BIOMOLEKUL DALAM SISTEM SEL

Dr. Made Tri Ari Penia Kresnowati


Lab. Mikrobiologi dan Teknologi Bioproses
Program Studi Teknik Kimia - Fakultas Teknologi Industri
Institut Teknologi Bandung
Semester II –2012
2013/2014
Jamur Lapuk Putih dan Biorefinery
Jamur lapuk putih
• Trametes sp.
• Marasmius sp
mushroomexpert.com

en.wiki.org mushroomhobby.com
Biorefinery

Selulosa
Jamur
lapuk Gula-gula
coklat C4, C5
dan C6 Berbagai
Lignoselulosa Hemiselulosa bahan
kimia

Jamur
Lignin Aromatik
lapuk putih
• Kayu
– Aglomerasi dari serat (selulosa dan hemiselulosa) yang
panjang dan ramping dan lignin, polimer kompleks yang
mengandung subunit hidroksifenil propan, yang disatukan
dengan berbagai jenis ikatan.
– Lignin bertindak sebagai perekat alami ddan sebagai
matriks pengikat antara rantai selulosa dan hemiselulosa

• Enzim pengurai lignin (delignifikasi)


– Laccase
– Lignin peroxidase
– Manganese peroxidase
Lakase
• Lakase (EC 1.10.3.2, p-diphenol:dioxygen oxidoreductase) merupakan
enzim oksidoreduktase
• Mengandung tembaga; anggota keluarga enzim oksidase tembaga biro
(blue-copper family of oxidases)
• Mengkatalisa reaksi oksidasi dengan bantuan molekul oksigen dan
menghasilkan produk samping air

• Laccases also have uses in organic synthesis, where their typical substrates
are phenols and amines, and the reaction products are dimers and
oligomers derived from the coupling of reactive radical intermediates.
(Riva, TIBS, 24(5), 2006)

• Pada jamur lapuk putih


– Jamur utama dalam proses delignifikasi
Lakase
PROTEIN
PROTEIN
• Makromolekul biologis yang paling berlimpah
• Protos (Yunani) = first/foremost = pertama

• Polimer dari asam amino


Asam Amino
• -amino acid
• Pada atom karbon :
– Gugus karboksil
– Gugus amin COO-

NH3+ C H

R
Asam Amino
Asam Amino
• Karbon chiral
• D atau L
• L isomer
COO- COO-

NH3+ C H H C NH3+

CH3 CH3
L - alanin D - alanin
Asam Amino
• 20 asam amino yang populer
Glisin Gly G Prolin Pro P
Alanin Ala A Threonin Thr T
Valin Val V Sistein Cys C
Leusin Leu L Asparagin Asn N
Isoleusin Ile I Glutamin Gln Q
Metionin Met M Lisin Lys K
Fenilalanin Phe F Histidin His H
Tirosin Tyr Y Arginin Arg R
Triptofan Trp W Aspartat Asp D
Serin Ser S Glutamat Glu E
Asam Amino
20 asam amino
Polimer dari 8 asam amino residu
208 = 25.600.000.000
Polimer dari 20 asam amino residu
2020 = 104.857.600.000.000.000.000.000.000
Aneka kemungkinan!!!!
Asam Amino
• Pengelompokan:
– Nonpolar
– Aromatik
– Polar tak bermuatan
– Bermuatan positif (basa)
– Bermuatan negatif (asam)
Asam Amino Non Polar

Interaksi hidrofobik
Asam Amino Aromatik

Relatif non polar  hidrofobik


Tirosin dan triptophan menyerap cahaya UV 
deteksi protein pada 280 nm
Asam Amino Polar Tak Bermuatan
larut dalam air
Asam Amino
• Cysteine + cysteine = cystine
• Memiliki ikatan disulfit
Asam Amino Basa
• Pada pH = 7 bersifat
basa
• pKa Histidin
mendekati netral 
menjadi proton
donor/akseptor pada
reaksi
Asam Amino Asam
Asam amino
• Asam amino yang tidak populer ( 300)
• Setelah berpolimerasi termodifikasi
• hidroksi prolin, hidroksi lisin  kolagen
• metil lisin  miosin
• Karboksi glutamat penggumpal darah
• Selenocysteine (S  Se)
• Ornitin, citrulin
Asam Amino
• Dipolar atau ion zwitter (Jerman, ion hibrid)
– Donor atau akseptor proton
• Amfoter
Asam lemah

• H2A+ + H2O  HA0 + H3O+

• Ka1 = [ HA0 ] [ H3O+ ]


__________________________

[H2A+ ]
Basa lemah

• HA0 + H2O  A¯ + H3O+

• Ka2 = [ A¯ ] [ H3O+ ]
_______________________

[ HA0 ]
Asam Amino
• pKa
– Alpha carboxyl group  pKa = 2
– Alpha amino group  pKa = 9

• Titrasi
Titrasi Glisin

pKa1 = 2.34
pKa2 = 9.60
Titrasi
Glutamat

pKa1 = 2.19
pKa2 = 4.25 (pKR)
pKa3 = 9.67
Asam Amino
• pI
– Isoelectric point atau pH Isoelectric
– Muatan netto = 0

• pI glisin = 5.97
• pI glutamat = 3.22
Asam Amino (data 2009)
Twenty amino acids go into making up the commercial amino acid market. This
group plays many roles in a variety of fields including foods, animal feeds,
cosmetics, medicines, and biotechnology as well as some industrial
applications. In dollar terms, the most important current uses are in the animal
feed industries and human food uses.

Diunduh dari: http://www.bccresearch.com


stirahat sejenak…
Peptida, Protein
• Polimer dari asam amino
• Ikatan peptida
Ikatan Peptida

Konformasi trans
N relatif positif
O relatif negatif
Ikatan Peptida

6 atom yang terlibat cenderung planar


Peptida

Amino terminal

Karboksil terminal
Peptida
• Residu asam amino
• Dipeptida  2 residu
• Tripeptida  3 residu
• 12 – 20 residu  oligopeptida
• > 20 residu  polipeptida
• Polipeptida dengan Mr > 10.000  protein
Peptida
Ukuran protein bervariasi
– Aspartam (L-aspartyl-L-phenylalanine metil ester)
– Oksitosin 9 residu asam amino
– Insulin  51 residu asam amino ( 5,7 kDa)
– Haemoglobin  572 residu asam amino ( 68 kDa)
– Glutamine sintetase  12 x 468 residu asam amino ( 600 kDa )
– Titin  26.926 residu asam amino ( 2,9 MDa)
– Umumnya <= 2.000 residu asam amino
– 1 residu asam amino  110 Da
Protein
Protein
• Terdiri dari satu atau lebih sub unit protein
• Oligomerik vs protomerik
• Haemoglobin  heterotetramer 22

Hemoglobin,
diunduh dari http://www.helsinki.fi/~pjojala/Hemoglobin.htm
Protein
• Gugus – gugus lain (non asam amino) 
prostetik
– Lipoprotein (lipid)
– Glikoprotein (karbohidrat)
– Metaloprotein (metal: besi, seng, kalsium, dll.)
stirahat sejenak…
Struktur Protein
• Struktur primer
– Urutan asam amino dalam rantai polipeptida
• Struktur sekunder
– Folding rantai polipeptida pendek kontinu menjadi suatu
bentuk geometri yang teratur (konformasi lokal)
• Struktur tersier
– Penggabungan struktur sekunder protein menjadi yang lebih
besar (struktur 3D)
• Struktur kuarterner
– Pengaturan spatial dari sejumlah polipeptida (organisasi
subunit)
Struktur primer protein
Ditentukan oleh
susunan DNA

Dimulai dari amino


terminal (N-terminal):
Lys-Glu-Thr-Ala-Ala-
Ala-Ala-Lys-Phe-Glu-
Arg-Gln-His-Met-Asp-

Diakhiri di karboksil
terminal (C-terminal):
…-Ala-Ser-Val
ribonuclease A
Struktur primer
Urutan menentukan fungsi
• Polimorfi
• Protein Homolog
 terhubung secara evolusi
• (struktur varian dan invarian)
Protein Homologi
Protein Homologi
Struktur Primer
• Analisa
– Tidak langsung (melalui database genome)
– Secara langsung

• Sebelum analisa
– Pemisahan
– Pemurnian
– Kromatografi, gel elektroforesis, dialisis
Analisa Protein
Komposisi

• Hidrolisa
– Enzim
– HCl

• Analisa komposisi asam amino dengan HPLC


 Tidak memberi informasi tentang urutan asam
amino
Analisa Protein
• Metode Sanger
– Melabeli asam amino N-terminal dengan reagen 1-fluoro-
2,4,dinitrobenzena (FDNB)

• Metode Edman
– Melabeli asam amino N-terminal dengan reagen
fenilisothiocianat

!!!Diikuti dengan hidrolisis dan penentuan asam amino, bisa


digunakan untuk menentukan komposisi asam amino pada
urutan tertentu
Metode Edman

1. Fenilisotiosianat
2. Turunan
feniltiohidrantoin
3. Polipeptida yang lebih
pendek
SEQUENATOR
Penentuan Urutan
Lebih efektif untuk peptida yang pendek

• Cleaving menjadi peptida pendek (Fragmentasi


polipeptida)
• Putuskan ikatan disulfida
• Tentukan urutan peptida pendek (metode Edman)
• Rekonstruksi
– Berbagai macam cleaving method
– Struktur yang overlap
Fragmentasi polipeptida
• Enzimatik
– trypsin, chymotrypsin, clostripain, staphylococcal
protease

• Kimiawi
– cyanogen bromide

• Spesifik
Fragmentasi Enzimatik

• Trypsin – Lys, Arg (C)


• Chymotrypsin - Phe, Tyr, Trp (C)
• Clostripain - seperti trypsin, tapi lebih cenderung pada Arg
• Pepsin – Phe, Trp, Tyr (N)
• Staphylococcal protease
– Glu, Asp pada buffer fosfat (C)
– spesifik Glu pada buffer asetat atau bikarbonat (C)
Fragmentasi Kimiawi
• Cyanogen bromida
• CNBr memotong pada residu metionin
• (umumnya) sedikit metionin
Pemutusan ikatan disulfida
• Oksidasi dengan asam performat
• Reduksi dengan ditioteriol dan acetilasi
dengan iodoasetat (untuk mencegah
pembentuk kembali ikatan disulfida)
Pemutusan ikatan disulfida
Penentuan N- dan C- terminal
• N-terminal
– Metode Edman

• C-terminal
– Enzimatik (carboxypeptidase)
– Carboxypeptidase A memotong kecuali Pro, Arg, dan
Lys
– Carboxypeptidase B hanya memotong Arg dan Lys
Rekonstruksi

• Berbagai macam cleaving method


• Struktur yang overlap
Rekonstruksi
• Trypsin:
A-E-F-S-G-I-T-P-K L-V-G-K

• Staphylococcal protease:
F-S-G-I-T-P-K L-V-G-K-A-E
Rekonstruksi
• Overlap
L-V-G-K A-E-F-S-G-I-T-P-K
L-V-G-K-A-E F-S-G-I-T-P-K
• Susunan yang benar
L-V-G-K-A-E-F-S-G-I-T-P-K
Penentuan susunan
1. Multimer  pisahkan menjadi protomer
2. Putuskan ikatan disulfida
3. Tentukan komposisi asam amino masing-masing rantai
4. Tentukan N- dan C-terminal residue
5. Bentuk fragmen peptida yang lebih kecil, tentukan susunan
asam aminonya
6. Ulangi nomor 5, menggunakan prosedur pembentukan
fragmen yang berbeda untuk menghasilkan set fragmen yang
berbeda
7. Rekonstruksi susunan asam amino dari protein menggunakan
fragmen beririsan
8. Tentukan posisi ikatan disulfida
stirahat sejenak…
Struktur Protein
• Struktur primer
– Urutan asam amino dalam rantai polipeptida
• Struktur sekunder
– Folding rantai polipeptida pendek kontinu menjadi suatu
bentuk geometri yang teratur (konformasi lokal)
• Struktur tersier
– Penggabungan struktur sekunder protein menjadi yang lebih
besar (struktur 3D)
• Struktur kuarterner
– Pengaturan spatial dari sejumlah polipeptida (organisasi
subunit)
Struktur apa yang dipilih?
• Misalnya ada 10 residu asam amino
• Probabilitas struktur ada
tak terbatas!!!

Yang dipilih: yang paling stabil


Batas antara stabil dan tidak  tipis
Struktur sekunder
Folding rantai polipeptida pendek kontinu menjadi
suatu bentuk geometri yang teratur
konformasi lokal

• Stabilitas
• Residu asam amino yang hidrofobik berada di dalam
protein
• Memaksimalkan ikatan hidrogen dalam protein
Ikatan Peptida

C – N pada ikatan peptida bersifat


mendekati ikatan rangkap
Batasan Sterik
Tidak mungkin bertumbukan
Ramachandran plot
Alpha Helix
Alpha Helix
• phi = -60, psi = -45 
• Satu putaran
– Terdiri dari 3,6 residu
– Ukuran 5.4 Angstrom
• Mengoptimalkan ikatan hidrogen
• Batasan:
– Ukuran R
– Muatan R
– Interaksi antar R yang berselang 3
– Jarang Pro dan Gl
Beta sheet
Beta-Pleated Sheet
• Terdiri dari konformasi beta  polipeptida
tersusun secara zigzag
• parallel atau antiparallel
• Per residue:
– 3.47 Angstroms for antiparallel strands
– 3.25 Angstroms for parallel strands
• (umumnya) R kecil
Back to beta plated sheet
Beta Turn
• Banyak mengandung Pro dan Gly
Motif
stirahat sejenak…