TIKET MASUK PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI UMUM

PENGAMATAN STRUKTUR SEL BAKTERI, PEWARNAAN

GRAM DAN ENDOSPORA

oleh:
Atiaturrochmah
165090107111020

LABORATORIUM BIOLOGI DASAR

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2017
 ABSTRAK

Mikroba adalah makhluk dengan diversitas terbanyak yang sangat

bergantung di kehidupan manusia, identifikasi mikroba perlu dilakukan
untuk menghasilkan biakan murni yang menunjukan morfologi dan
fisiologis mikroba. Tujuan dilakukannya praktikum ini adalah unruk
mengetahui teknik dilusi, pour platem spread plate, streak plate dan
mempelajari teknik penyimpanan kultur murni. Metode dalam praktikum
ini dilakukan dengan cara beberapa teknik yaitu teknik dilusi atau
pengenceran untuk perhitungan TPC (Total Plate Count) setelah itu teknik
pour plate, spread plate, streak plate dan pembiakan murni dengan
menuang agar media secara aseptis, didinginkan dan distreak kemudian
diinkubasi selama waktu yang ditentukan.
 ABSTRACT

Microbes are creatures with the most diversity relies heavly on human
life, microbial identification need to be done to produce pure breeds of
indicates the morphology and physiology of microbes. The purpose this is
to knoe the practical technique of dilution, pour platem spread plate, streak
plate technique and learn the culture of pure strorage. Methods in teaching
is done by means of several techniques, dilution technique or dilution for
the calculation of the TPC (Total Plate Count) after that technique pour
plate, spread plate, streak plate and pure breeding with pouring medium
agar aseptis, cooled and distreak and then incubated for a specified time.
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Mikroba adalah makhluk dengan diversitas terbanyak yang sudah
menempati planet semenjak 3.8 miliar tahun yang lalu, mempunyai
kemampuan untuk mensintesis sejumlah besar molekul dalam reaksi
katalisis. Mikroba juga mempunyai spesies yang sangat besar, dan dapat
digunakan untuk pengaplikasian dalam industri (Aurora, 2013).
Mikrobiologi merupakan salah satu cara untuk mempelajari mikroba
secara spesifik , mikroba terdiri dari virus, archaea bakteri dan jamur
maupun protozoa) mempelajari spesies tersebut perlu dilakukan
pengamatan secara kultur maupun isolasi (R. Vashantakumari, 2007).
Identifikasi mikroba dilakukan secara pemindahan dengan teknik
aseptis untuk mencegah masuknya mikroba dari luar, dalam
identifikasinya, mikroba perlu ditumbuhkan dalam suatu substrat yang
dinamakan medium hal ini sebagai prasyarat untuk masuknya nutrien
pertumbuhan miktoba seperti air, karbon, energi, mineral dan faktor
pertumbuhan lainnya. Mikroba yang ditumbuhkan kemudian masuk ke
tahap isolat untuk membentuk koloni dan dapat mempernudah adanya
identifikasi morfologi maupun fisiologis (Erin. R, 2012).

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana mahasiwa mampu memahami teknik dilusi
(pengenceran), teknik pour plate, spread plate, streak plate.
2. Bagaimana mahasiswa mampu mempelajari teknik
penyimpanan kultur murni

1.3 Tujuan
1. Bagaimana mahasiwa mampu memahami teknik dilusi
(pengenceran), teknik pour plate, spread plate, streak plate.
2. Mempelajari teknik penyimpanan kultur murni

1.4 Manfaat
Mahasiwa mampu mempelajari dan mengaplikasikan teknik-teknik
tersebut secara berkelanjutan dalam mempelajari mikroba.
 BAB II
TI NJAUAN PUSTAKA

2.1 Media mikroba

Mikroganisme dapat tumbuh di dalam medium cair yang
dinamakan broths, yaitu berisi nutrisi kimia yang larut dalam air.
Sesudah sterilisasi dan inkulasi, broth akan menjadi keruh dan akan diisi
dengan populasi mikrobia, media ini dinamakan media cair (liquid
media). Media cair yang akan ditambahkan dengan agar untuk
memperkuat media dinamakan media padat media ini berisi agar yang
termasuk polisakarida berasal dari alga merah, agar bukan nutrisi tetapi
seperti gelatin yang akan meleleh ketika dipanaskan dan membeku
ketika didinginkan pada suhu dibawah 40 derajad celcius.
Menambahkan kaldu (broth) dengan agar tetapi lebih sedikit
dibandingkan media padat di namakan media semi-padat. Sesudah
sterilisasi isi media akan di tuangkan di tabung yang akan ditetapkan
sebagai cooling dan setelah inkulasi spesimen akan tumbuh sebagai
koloni (organisme bakteri dan jamur) atau filamen jamur pada agar atau
kaldu (broth) dalam bentuk cair. Komposisi medium komplek dari agar
yaitu dikomposisikan: peptone (amino acids dan peptida), beef extract
atau kaldu daging sapi (vitamin, mineral dan nutrisi lainnya), NaCL
(sodium dan ion klorida), agar, air. Medium kimia dari broth (kaldu)
dikomposisikan: glukosa (gula), ammonium fosfat (nitrogen dan ion
fosfat), NaCL ( Sodium dan ion klorida), protasium fosfat dan air.
Media yang digunakan dalam pertumbuhan mikroba dalam
mengidentifikasi spesies mikroba dibedakan menjadi, media umum
(media yang menumbuhkan mikroba secara umum (PDA dan NA)) ,
selektif medium (berisi senyawa tertentu yang bersifat selektif untuk
koloni tertentu misalnya MSA (Mannitol Salt Agar)), differential
medium (mikroba dapat tumbuh dengan ciri yang spesifik misalnya
MacConkey agar untuk gram negatif bakteri) , medium pengaya atau
penyubur (enriched medium) (media untuk menyuburkan mikroba
mislanya darah untuk streptococci; agar coklat untuk Neisseria species)
(Pommerville, 2017).
2.2 Teknik Permurnian Mikroba
Streak plate : Prosedur streak plate dirancang untuk mengisolasi
kultur murni bakteri, atau koloni, dari populasi campuran dengan
pemisahan mekanis sederhana. Koloni tunggal terdiri dari jutaan sel
yang tumbuh di cluster pada atau di dalam piring agar. Sebuah koloni,
tidak seperti satu sel pun, terlihat dengan mata telanjang. Secara teori,
semua sel di koloni berasal dari satu bakteri yang awalnya diendapkan
di plate dan oleh karena itu disebut sebagai kloning, atau kumpulan sel
genetik identik (Erin. R, 2012).

(Erin. R, 2012).
Gambar 1. Teknik Streak Plate
Pour plate: metode yang digunakan untuk menghitung jumlah
mikroganisme dalam sampel campuran yang sudah ditambahkan ke
media semi-padat sebelum menjadi padat. Proses ini menghasilkan
koloni yang terdistribusi merata di spesimmen cair, mikroganisme akan
tumbuh pada permukaan maupun dalam medium (Erin. R, 2012).

Gambar 2. Teknik Pour Plate

(Erin. R, 2012).
Spread plate: teknik untuk memperoleh koloni asli atau murni
dalam populasi campuran suatu organisme, teknik di dalam
menumbuhkan mikroorganisme di dalam media agar dengan cara
menuangkan stok kultur bakteri atau menghapuskannya di atas media
agar yang telah memadat, sedangkan pour plate kultur dicampurkan
ketika media masih cair (belum memadat) (Erin R. 2012).

Gambar 3. Teknik Spread plate

(Sumbali G, 2009)
Teknik dilusi atau pengenceran adalah untuk memperkirakan
konsetrasi (jumlah koloni, organisme, bakteri atau virus) dari sampel
yang tidak diketahui dengan menghitung jumlah kolomi yang sudah
dikultur dari pengenceran secara bertahap dan menghitung konsentrasi
yang belum diketahui ( David A.B,, Charles E.d, 2014).

(Lynne, 2013)
Gambar 4. Pengenceran

2.3 Perhitungan TPC (Total Plate Count)

TPC (Total Plate Count) adalah merode perhitungan organisme aerobik
mesofilik yang tumbuh dalam kondiri aerobik yaitu dibawah suhu 20-45
derajad celcius. Ini termasuk bakteri aerobik, ragi, jamur dan jamur
yang tumbuh di agar-agar tertentu. Jumlah ini mencakup semua patogen
dan berfungsi untuk menentukn kehigienisan makanan yang dihasilkan.
Media TPC ini biasanya terdiri dari pepton ragi ekstrak , gulkosa dan
agar (Marriot G,N, 2014).

2.5 Morfologi Jamur dan Bakteri

Fungi atau jamur diklasifikasikan beberapa kelompok dalam
morfologinya : a. Yeast, b. Yeast-like fungi, c. Moulds, d. Fungi
dimorfik. Yeasts merupakan organisme uniseluller, bulat dan berbentuk
oval, mempunyai tunas, pada media kultur menghasilkan koloni mukoid
yang lembut dan halus contoh: Cryptococcus neoforman. Yeast-like
fungi merupakan jamur yang tumbuh di ragi dan mempunyai rantai sel
punca yang memanjang atau disebut pseudohyphae, di kultur media
menghasilkan koloni yang halus atau lembut contoh: Candida albicans.
Mould atau kapang merupakan jamur yang tumbuh memanjang dengan
filamen yang lebarnya 2-10 mm, filamen tersebut disebut hifa dengan
septate atau non septate, hifa tumbuh dan bercabang yang disebut
miselium, di kultur media bagian miselium tumbuh diatas permukaan
disebut aerial miselium dimana bagian miselium tumbuh di medium
dengan vegetatif miselium, moulds tumbuh dengan perkembang biakan
secara seksual dan aseksual spora, contoh: Dermatophytes, Aspergillus,
Rizhopus. Jamur dimorfik adalah jamur yang menunjukan morfologi
yang berbeda ketika ada perubahan temperatur (R.Vashantakumari,
2007).

Gambar 5. Morfologi fungi (jamur)

(R.Vashantakumari, 2007)
 BAB III
METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan tanggal 05 Maret 2018 pukul 12:30
sampai 16:30 di Laboratorium Mikrobiologi Umum, Jurusan Biologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas
Brawijaya, Malang.

3.2 Teknik Dilusi

Sampel tanah atau air di ambil 1g atau 1 ml dan dimasukan ke
dalam 9 ml garam fisiologis atau larutan buffer (digunakan 5 ml atau 5 g
sampel dimasukan kedalam 45 ml larutan pengencer (1/10 bagian),
larutan dilusi 1/10 diambil 1 ml dan kita masukkan ke dalam 9 ml garfis
atau larutan buffer pepton untuk memperoleh dilusi 1/100 bagian,
larutan dilusi 1/100 diambil 1 ml dan kita masukkan ke dalam 9 ml
garfis atau larutan buffer pepton untuk memperoleh dilusi 1/1000
bagian, seterusnya sesuai kebutuhan

3.3 Teknik Pour Plate

Diamil sampel sebanyak 0.1 ml dari pengenceran, dimasukan
kedalam cawan petri steril dan tutup yang sebelumnya meda sudah
dipanaskan dan didinginkan pada 40-50 derajad celcius, untuk bakteri
cawan ditambah NA dan untuk jamur ditambahkan PDA, media
kemudian di tuang dan digerakan membentuk angka 8 di atas meja
secata horizontal untuk mengaduk media mikroba dengan dilusi kultur
mikroba, setelah memadat diletakan cawan dalam kondisi terbalik,
diinkubasi 24 jam dan jamur 3x24 jam untuk memperoleh koloni
tunggal.

3.4 Teknik Spread Plate

Dituang media cair NA dan PDA dicawan steril sampai
memadat, diteteskan inkolum sebanyak 0,1 ml di permukaan medium,
batang disterilisasi dengan di celupkan dalam etaniol dan dibakar
sampai tidak panas lagi, dibuka tutp cawan yang berisi agar, disebarkan
inkolum secara merata menggunakan spatula tidak sampai hancur dan
tergores, dilakukan penyebaran sampai inkolum meresap ke semua
permukaan agar, dikembalikan spatula ke etanol, ditutup dan di bakar
bibir cawab dan diinkubasi 24 jam dan 3 x 24 jam.

3.5 Teknik Streak Plate

Dituang media agar cair didalam cawan petri dan dipadatkan,
dibakar jarum ose dari pangkal sampai ujung, dimasukan jarum ose ke
tabung reaksi dan dikeluarkan, dibagi empat permukaan atas cawan petri
dan di streak dengan spidol atau lainnya, sebelum berpindah dilakukan
pemanasan ose dan selanjutnya digoreskan ose dari ujung kuadran satu
ke kuadran lainnya, di streak ke atas permukaan menurut pembagian
bidang, dan diinkubasi selama 24 jam dan 3x24 jam.

3.6. Teknik pembiakan murni

Dituang agar ke dalam tabung reaksi secara aseptis, didinginkan
dalam keadaan iring, di streak afae miring dengan mikroba dengan
jarum ose secara aseptis, diinkubasi pada inkubator, dan disimpan dalam
suhu 4 derajad celcius.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Karakterisasi Morfologi Bakteri dan Kapang

4.1.1 Morfologi Isolat Bakteri
Karakterisasi morfologi bakteri dapat di lakukan setelah
melakukan pengenceran (dilusi) bahan tanah organik dan non organik.
Hasil karakterisasi morfologi koloni menunjukan bahwa setiap isolat
bakteri yang tumbuh pada media yang berbeda menghasilkan karakter
morfolgi yang hampir mirip walaupun dengan media yang berbeda dan
tanah yang berbeda. Berikut adalah tabel 1 karakterisasi koloni isolat
bakteri:

Keterangan:
Tabel 1. Karakterisasi koloni bakteri tanah organik/non organik

4.1.2 Morfologi Isolat Kapang

Karakterisasi morfologi kapang di lakukan seperti bakteri yaitu
melalui dilusi (pengenceran) dengan bahan yang sama. Hasil
karakterisasi morfologi koloni menunjukan bahwa banyak perbedaan
yang menonjol pada karakterisasi walaupun dilakukan pada bahan yang
sama dan media yang sama. Berikut adalah tabel 2:

Keterangan:
Tabel 2. Karakterisasi koloni kapang tanah organik/non organik
4.2 Total Plate Count (TPC)
Total Plate Count dihitung menggunakan rumus pengenceran
pada setiap kadar pengencerannya dengan rumus: jumlah koloni x
1
𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛
, perhitungan koloni bakteri yang diambil yaitu yang
memenuhi syarat antara 30-300 dan di ambil yang paling besar di
pengenceran isolat, apabila belum memenuhi syarat maka di ambil yang
terbesar saja lalu dihitung berapa jumlah sel bakteri atau kapang.
Berikut ini adalah jumlah sel dari koloni beberapa pengenceran yang
sudah di tentukan:
Isolat Jumlah bakteri
instan (OR) 1720000
konven (OR) 54000
instan (NO) 1700
konven (NO) 1230
Tabel 3. Jumlah sel isolat bakteri

Gambar 1. Perbandingan jumlah sel bakteri masing-masing isolat

Dari gambar 1. Menunjukan bahwabakteri tanah organik, dalam
media PDA Instan lebih tinggi dari isolat lainnya yaitu sebesar 1720000
sel dan 54000 sel pada media yang dibuat secara konvensional,
sedangkan pada media instan PDA dan konvensional PDA tanah non
organik sebesar 1700 sel dan 1230 sel. Jika dibandingkan keduanya
maka menunjukan bakteri tanah organik lebih mendominasi dibanding
dengan tanah non organik, hal ini menunjukan bahwa unsur zat hara
dalam tanah organik lebih banyak sehingga bakteri yang fungsinya
sebagai dekomposer juga berkembang baik pada tanah ini, dibandingkan
dengan tanah non organik yang sudah terkontaminasi oleh misalnya
pestisida atau lainnya. Bakteri di tanah akan menjadi dekomposer untuk
mengurai organisme yang sudah mati dan menghasilkan zat organik
bagi ekosistem. Zat organik tersebut akan di serap oleh tumbuhan
akhirnya membentuk suatu rantau makanan. Zat organik yang
dihasilkan yaitu berupa karbon, nitrogen, sulfur yang terus-menerus bagi
ekosistem (Hersyastuti dkk, 2009).
Perhitungan TPC (Total Plate Count) yang dihasilkan dari
beberapa isolat kapang dengan cara seperti pada isolat bakteri sebagai
berikut:
Jumlah
Isolat kapang
instan (OR) 50
konven (OR) 90
instan (NO) 90
konven (NO) 220
Tabel 4. Jumlah isolat kapang

Tabel 5. Grafik jumlah sel pada isolat kapang

Hasil menunjukan bahwa jumlah sel belum memenuhi dari
pengenceran yang ada, sehingga menunjukan bahwa tanah organik
dengan media instan maupun konvensional lebih tinggi jumlah sel nya
di banding dengan tanah organik dengan media yang sama. Tanah
organik seharusnya mempunyai jumlah sel yang tinggi yaitu berjumlah
50 sel, jika dibandingkan dengan literatur, hal ini mungkin dikarenakan
terjadinya kontaminasi oleh bakteri pada PDA inssan tanah organik
karena tidak ditambahkan streptomicyn (menghilangkan bakteri yang
tidaak diinginkan agar tidak kontam) sehingga dalam cawan yang
mendominasi hanya bakteri kontaminasi bukan jamur seperti yang di
harapkan. PDA konvensional tanah organik masih lebih rendah yaitu
berjumlah 90 sel dibandingkan PDA konvensional tanah non organik,
hal ini di karenakan koloni jamur yang tumbuh pada media cawan
kurang memenuhi, sehingga perlu dilakukan inkubasi lebih lama, faktor
yang mempengaruhi dari media ini yaitu saat pembuatan media
konvensional tidak memenuhi standart yang diharapkan, pembuatan
media terlalu lama tidak di tuangkan ke dalam cawan sehingga banyak
agar yang menggumpal. Jamur pada cawan PDA konvensional dan PDA
instan mempunyai jumlah sel yang sesuai yaitu sebesar 90 sel untuk
PDA instan non organik dan 220 sel jamur untuk PDA non
konvensional non organik.

4.3 Indeks Diversitas

Indeks diversitas keragaman komunitas bakteri pada suatu
koloni dapat dei tentukan dalam indeks dibersitas Simpson. Indeks
diversitas merupakan hasil kombinasi antara kekayaan dan kesamaan
spesies, digunakan untuk mengetahui kompleksitas suatu komunitas
yang memiliki populasi tak terhingga, indeks ini berkisar antara 0-1.
Semakin mendekati angka 1 maka komunitas semakin kompleks
Diversitas bakteri yang dihitung melalui jumlah sel masing-masing
isolat yang didapatkan dengan rumus sebagai berikut:

(Subba, 2010)
Gambar 3. Rumus indeks diveritas
Hasil dari indeks diversitas yang telah dibuat grafik dari kedua
bakteri organik dan non organik menunjukan bahwa, bakteri organik
lebih tinggi sebesar 0,836 sehingga mendekati satu yang atinya lebih
baik dibanding bakteri an organik yang bernilai 0,7. Komunitas yang
lebih kompleks adalah pada bakteri organik, hal ini sesuai jika
dibandingkan dengan literatur yang menunjukan bahwa bakteri di tanah
organik lebih banyak dan kompleks karena belum terjadi penambahan
faktor lingkungan seperti pestisida yang menghambat adanya bakteri
untuk dekomposer. Diversitas bakteri akan dipengaruhi oleh berbagai
faktor lingkungan, yaitu faktor abiotik dan biotik yang berperan dalam
menentukan tingkat pertumbuhan dan aktivitas mikrobia tersebut
(Frandberg, 2012). Berikut adalah indeks diversitas yang telah dihitung
dan dibandingkan antara bakteri organik dan non organik pada semua
media:

Gambar 4. Indeks diversitas bakteri tanah organik dan anorganik

diberbagai isolat media
Hasil dari indeks diversitas kapang yang dibuat dalam gambar 5
menunjukan kapang non organik lebih mendominasi dengan nilai indeks
diversitas sebesar 0,711 dan indeks diversitas kapang organik sebesar
0,6872 jika dibandingkan, kompleksitas jamur semakin kompleks pada
kapang an organik dibanding dengan kapang organik. Hal ini tidak
sesuai dengan literatur yang menunjukan bahwa dekomposer termasuk
jamur dan bakteri berada lebih banyak di tanah organik. Sehingga
mungkin kesalahan yang terjadi pada saat praktikum antara lain
kontaminasi dan pembuatan media konvensional akan berpengaruh
dengan diversitas yang tumbuh dalam koloni cawan.
 Berikut ini adalah perbandingan indeks diversitas sesuai
pengamatan pada koloni kapang media organik dan non organik secara
konvensional maupun instan:

Gambar 5. Indeks diversitas kapang tanah organik dan anorganik di

berbagai isolat media

4.4 Bakteri dan Kapang yang Tumbuh di Tanah Organik dan Non
Organik
Bakteri yang terdapat pada tanah organik yaitu mutualis yang
merupakan bakteri pengikat nitrogen, Ximomonas, Erwinia,
Agrobacterium, lithocarpus, memperoleh energinya dari senyawa
nitrogen, sulfur, besi dan hidrogen bukan dari senyawa karbon.
Beberapa spesies tersebut penting untuk penyedia nitrogen. Jamur
Mikoriza arbuskular untuk menstabilkan N fiksasi dan organo-
polisakarida dan protein (golmalin, lendir dan hidrofobin) juga
diproduksi yang membantu meningkatkan stabilitas agregat tanah
(Irianto, 2011).
 DAFTAR PUSTAKA

Aurora, 2013. Microbial Biotechnology: Energy and Enviroment.

Cambrigde Publishing. USA
David A.B,, Charles E.d, 2014, Estimation Method for Serial Dilution
Experiments. J of Microbial Methods 107: 214-221
Erin R. Sanders, 2012. Aseptic Laboratory Techniques: Plating
Methods. J Vis. 10.3791/2064.
Frändberg, E. 1997. Antifungal Compounds of Chitinolytic Bacteria
from Grain Ecosystems. Doctor's dissertation. ISSN 1401-6249,
ISBN 91-576-5275-9.
Herdyastuti, N., T.J. Raharjo, Mudasir, dan S. Matsjeh. 2009. Chitinase
and Chitinolytic Microorganism: Isolation, Characterization, and
Potential [Review]. Indo. J Chem. 9(1):37–47.
Irianto, H.E. 2011. Strategi Pengembangan Produk Indikasi Geografis
berbasis Komoditas Perikanan Budaya. Prosiding Forum Inovasi
Teknik Akuakultur.Yogyakarta.
Lynne, 2013. Food Microbiology Laboratory. CRC Press. New York
Marriot G.N, 2014. Essentials of Food Sanitation. Spinger-
Science.Florence
Pommervile. J.C, 2017. Fundamentals of Microbiology. Jones & Barlett
Learning. USA
R.Vashantakumari, 2007. Textbook of Microbiology. BI Publications
Pvt Ltd. New Delhi
Subba, R. 2010. Mikroorganisme tanah dan Pertumbuhan tanaman.
Terjemahan. UI Press. Jakarta
Sumbali G, 2009. Principles of Microbiology. Tata MC Graw Hill. New
Delhi