Anda di halaman 1dari 19

GENETIKA MIKROORGANISME

DISUSUN OLEH :

KELOMPOK VII

NAJMA ATIQA ( G 301 17 008 )

MIZRA MULIANANDA ( G 301 17 022 )

FEBRISKA CHAIRUNISA MILANG ( G 301 17 034 )

PUTRI DEVI ( G 301 17 049 )

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS TADULAKO

2018
DAFTAR ISI

Sampul..............................................................................................

Daftar Isi...........................................................................................

BAB I PENDAHULUAN................................................................

A. Latar Belakang..................................................................

B. Rumusan Masalah.............................................................

BAB II PEMBAHASAN.................................................................

A. Gen dan Prinsip Dogma Sentral.......................................

B. Replikasi, Transkripsi dan Translasi...............................

C. Transformasi Genetik Mikroorganisme dan Rekombinan

BAB III PENUTUP........................................................................

A. Kesimpulan.....................................................................

B. Saran...............................................................................
BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Genetika adalah ilmu yang mempelajari tentang hereditas (sifat turun
temurun) sifat induk dan variasi sifat karakteristik mikrobia. Hereditas adalah
pengawetan sifat-sifat struktur dan fungsi pada keturunan-keturunan berikutnya.
Perkecualian atau penyimpangan yang terjadi pada keturunan suatu organisme
berbeda dalam satu atau beberapa sifat induknya. Penyimpangan-penyimpangan
dan pengawetan sifat-sifat semacam itu dikenal dengan variasi. Variasi dapat
terjadi karena perubahan genetik dan evolusi. Diduga peristiwa perkawinan tidak
terjadi pada bakteri. Mikroba hanya berkembang biak dengan mekanisme
aseksual melalui peembelahan diri..
Kemudian timbul pertanyaan kalau mikroba berkembang dengan
mekanisme yang monoton seperti di atas maka terbentuk individu seragam tetapi
pada kenyataannya tidak, sehingga terjadi variasi mikroba. Sifat mikroba sangat
bervariasi karena masing-masing mikroba mempunyai kemampuan untuk
beradaptasi terhadap pengaruh lingkungan sekitarnya. Mikroba contohnya
bakteri mempunyai populasi yang berkembang cepat dan beraneka ragam
variasinya. Bakteri untuk memperoleh variasi yang beragam dapat melalui
mutasi. Peristiwa seksual yang semula diduga tidak terjadi, dapat dibuktikan
oleh para ahli. Bahkan perpindahan bahan genetik dapat didemontrasikan dari
satu mikroba ke mikroba lain

B. Rumusan Masalah
Dari latar belakang di atas maka dapat diambil beberapa rumusan
masalah diantaranya:
1. Apa itu gen dan prinsip dogma sentral ?
2. Bagaimana proses replikasi, transkripsi, dan translasi ?
3. Bagaimana proses transformasi genetik mikroorganisme dan rekombinannya ?
BAB II
PEMBAHASAN

A. Gen dan Prinsip Dogma Sentral


Gen menumbuhkan serta mengatur berbagai jenis karakter dalam tubuh
baik fisik maupun psikis. Pengaturan karakteristik ini melalui proses sintesa
protein seperti; kulit dibentuk oleh keratin, otot dari aktin dan miosin, darah dari
(Hb, globulin, dan fibrinogen), jaringan pengikat dari (kolagen dan elastin),
tulang dari Ossein, tulang rawan dari kondrin. Gen sebagai faktor keturunan
tersimpan di dalm kromosom, yaitu di dalam manik – manik yang disebut
kromomer atau nukleusom dari kromonema. Morgan, seorang ahli genetika dari
Amerika Serikat menyebut kromomer itu dengan lokus. Lokus adalah lokasi
yang diperuntukan bagi gen dalam kromosom. Jadi menurut Morgan, gen
tersebut tersimpan di dalam setiap lokus yang khas dalam kromosom. Gen
sebagai zarah kompak yang mengandung satuan informasi genetik dan mengatur
sifat – sifat menurun tertentu memenuhi lokus suatu kromosom. Setiap
kromosom mengandung banyak gen. Oleh sebab itu, dalam setiap kromosom
khususnya di dalam kromonema terdapat deretan lokus. Batas antar lokus yang
satu dengan lokus yang lain tidak jelas seperti deretan kotak – kotak. Pada saat
itu DNA sudah ditemukan dan diketahui hanya berada pada kromosom.
Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli
botani bangsa Austria, Gregor Mendel pada tanaman kacang polongnya. Pada
tahun 1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari
akibat-akibatnya. Hasilnya antara lain terjadi perubahan-perubahan pada
warna,bentuk, ukuran, dan siat-sifat lain dari kacang polong tersebut. Genetika
adalah dasar dari ekpresi dari suatu ciri makhluk hidup.
Genetika mikroba telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA,
suatu pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler. Penemuan
selanjutnya dari bakteri telah mengungkapkan adanya restriction enzymes(enzim
restriksi) yang memotong DNA pada tempat spesifik, menghasilkan fragmen
potongan DNA. Plasmida diidentifikasikan sebagai elemen genetika kecil yang
mampu melakukan replikasi diri pada bakteri dan ragi.
Pengenalan dari sebuah fragmen potongan DNA kedalam suatu plasmid
memungkinkan fragmen di perbanyak (teramplifikasi). Amplifikasi regio DNA
spesifik dapat di capai oleh enzim bakteri menggunakan polymerase chain
reaction (PCR) atau metode amplifikasi nukleotida berdasar enzim yang lain
(misalnya amplifikasi berdasar transkripsi). DNA yang di masukkan kedalam
plasmid dapat di kontrol oleh promoter ekspresi pada bakteri yang mengamati
protein, di ekspresi pada tingkat tinggi. Genetika bakteri mendasari
perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang bertanggung jawab
terhadap perkembangan di bidang kedokteran.
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model
molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih
dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick.
Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada DNA.
Kebanyakan molekul DNA adalah rantai ganda, dengan basa-basa
komplementer (A-T; G-C) berpasangan menggunakan ikatan hidrogen pada
pusat molekul. Sifat komplementer dari basa memungkinkan satu rantai (rantai
cetakan, template) menyediakan informasi untuk salinan atau ekpresi informasi
pada suatu rantai yang lain (rantai penyandi). Pasangan-pasangan basa tersusun
dalam bagian pusat double helix DNA dan menentukan informasi genetiknya.
Setiap empat basa diikatkan pada phosphor-2-deoxyribose membentuk suatu
nukleotida. Setiap nukleotida dibentuk dari tiga bagian yaitu:
1) Sebuah senyawa cincin yang mengandung nitrogen, disebut basa nitrogen. 2
2) Dapat berupa purin atau pirimidin.
3) Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon (gula pentosa), disebut
deoksiribosa.
4) Sebuah molekul fosfat.
Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai berat lebih kurang
2-3% dari berat kering satu sel. Dengan mikroskop elektron, DNA tampak
sebagai benang-benang fibriler yang menempati sebagian besar dari volume sel.
Molekul DNA bila diekstraksi dari sel bakteri biasanya mempunyai bentuk yang
sirkuler, dengan panjang kira-kira 1 mm. DNA ini mempunyai berat molekul
yang tinggi karena terdiri dari heteropolimer dari deoksiribonukleotida purin
yaitu Adenin dan Guanin dan deoksiribonukleotida pirimidin yaitu Sitosin dan
Timin.
Watson dan Crick, dengan sinar X menemukan bahwa struktur DNA
terdiri dari dua rantai poliribonukleotida yang dihubungkan satu sama lain oleh
ikatan hidrogen antara purin di satu rantai dengan pirimidin di rantai lain, dalam
keadaan antiparalel, dan disebut sebagai struktur double helix.
Ikatan hidrogen ini hanya dapat menghubungkan Adenin (6 aminopurin)
dengan Timin (2,4 dioksi 5 metil pirimidin) dan antara Guanin (2 amino 6
oksipurin) dengan Sitosin (2 oksi 4 amino pirimidin). Singkatnya pasangan basa
pada suatu sekuens DNA adalah A-T dan S-G. Karena adanya sistem
berpasangan demikian, maka setiap rantai DNA dapat dijadikan
cetakan/template untuk membangun rantai DNA yang komplementer. Waktu
terjadinya proses replikasi DNA dalam pembelahan sel, molekul DNA
dari sel anaknya terdiri dari satu rantai DNA yang komplememter tapi dibuat
baru, dengan kata lain, pemindahan materi genetik dari satu generasi ke generasi
berikutnya adalah dengan cara semikonservatif.
Mekanisme yang menunjukan bahwa sekuen nukleotida di dalam gen
menentukan sekuens asam amino pada pembentukan protein adalah sebagai
berikut:
1. Suatu enzim amino sel bakteri yang disebut enzim RNA polimerase
membentuk satu rantai oliribonukleotida (messesnger RNA = mRNA) dari
rantai DNA yang ada. Proses ini disebut transkripsi. Jadi pada transkripsi
DNA, terbentuk satu rantai RNA yang komplementer dengan salah satu rantai
double helix dari DNA.
2. Secara enzimatik asam amino akan teraktifasi dan ditransfer kepada transfer
RNA (tRNA ) yang mempunyai daptor basa yang komplementer dengan basa
mRNA di satu ujungnya dan mempunyai asam amino spesifik di ujung
lainnya tiga buah basa pada mRNA di sebut triplet basa yang lazim disebut
sebagai kodon untuk suatu asam amino.
3. mRNA dan tRNA bersama-sama menuju kepermukaan ribosom bakteri dan
disinilah rantai polipeptida terbentuk sampai seluruh kodon selesai dibaca
menjadi menjadi suatu sekuen asam amino yang membentuk protein tertentu.
Proses ini disebut translasi.

Bakteri paling sering digunakan dalam percobaan genetika.


Keanekaragaman mikroba seperti bakteri dapat dipertahankan melalui sifat
karakteristik yang terus diwariskan dari generasi selanjutnya. Bakteri banyak
diketahui dan diteliti karena mudah dikembangbiakan dan perkembangbiakan
cepat. Selain itu, bakteri memiliki materi genetik ekstrakromosomal khas yang
disebut plasmid yang berbentuk sirkuler. Bakteri mudah bermutasi sehingga
akan muncul varietas-varietas baru dari mikroba dan cenderung memiliki daya
hidup yang tinggi (resisten) terhadap cekaman lingkungan dan kondisi yang
tidak menguntungkan. Kemampuan atau daya hidup yang tinggi pada mikroba
menyebabkan mikroba dapat hidup di lingkungan manapun
Didalam gen mikroorganisme terdapat asam nukleat. Asam nukleat
merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang tersusun dari
monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan fosfodiester.
Fungsi utama asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetik. Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel
anak melalui proses replikasi. Sel memiliki dua jenis asam nukleat yaitu asam
deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam ribonukleat
(ribonucleic acid/RNA).

1. Struktur DNA dan RNA


a. DNA (Asam Deoksirobonukleat)
DNA/ Kromosom bakteri lebih banyak diteliti dari pada
kromosom organisme lain. DNA bakteri mampu mengkode 1000-
3000 polipeptida yang berbeda-beda. DNA bakteri merupakan
molekul berantai ganda yang sirkuler. Struktur Dna bakteri tidak
merupakan bentuk sederhana tetapi merupakan belitan yang tidak
teratur dalam sitoplasma. James Watson dan Francis Crick (1953)
telah menemukan struktur DNA yang berupa dua untai pita DNA
terpilin. Penemuan ini merupakan titik awal revolusi biologi
karena merupakan penemuan struktur DNA ini sangat penting
untuk mempelajari dan memahami bagaimana informasi genetik
dapat dipindahkan dari satu generasi ke generasi berikutnya serta
bagaimana DNA dapat mengendalikan replikasinya.
Replikasi informasi herediter di dalam sel melibatkan
sintesis molekul DNA baru yang mempunyai urutan nukleotida
sama seperti genom sel inangnya. Molekul DNA adalah
makromolekul yang mempunyai informasi herediter suatu sel.
DNA ini tersusun oleh sub unit-sub unit yang disebut dengan
nukleotida atau deoksiribonukleotida. Urutan nukleotida
menentukan kespesifikan suatu informasi herediter dan berisi
mekanisme untuk mengendalikan eksperi genetik.
Masing-masing deoksiribonukleotida terdiri dari basa
nitrogen (asam nukleat), gula deoksiribosa, dan gugus fosfat.
Basa asam nukleat terdiri dari basa purin terdiri : Adenin (A) dan
guanin (G) yang mempunyai dua cincin. Dan pirimidin terdiri
atas : timin (T) dan sitosin (C) yang hanya mempunyai satu
cincin. Purin dan pirimidin merupakan molekul heterosiklis
karena mengandung dua macam atom C dan N. Basa asam
nukleat menempel pada deoksiribosa membentuk
deoksiribonukleosida. Deoksiribonukleosida ini bergabung
dengna gugus fosfat pada atom C5 membentuk subunit
deoksiribonukleotida DNA.
b. RNA (Asam Ribonukleat)
Asam nukleat lainnya yang dijumpai secara alamiah ialah
asam ribonukleat (RNA). Bedaanya dari DNA ialah :
1. Biasanya berutasan tunggal
2. Komponen gula pada nukloetida yang membentuk RNA adalah
ribosa, dan bukan deoksiribose. Ribose adalah sama dengan
deoksiribose kecuali adanya gugusan hidroksil pada atom
karbon nomor 2.
3. Basa bernitrogen pirimidin yang dijumpai pada nukleotida
yang membentuk RNA ialah urasil bukan timin.

Pada tahun 1956, Francis H. Crick memperkenalkan diagram alur yang


menggambarkan fungsi DNA dalam perjalanan informasi genetik yang disebut
sentral dogma.
Replikasi
DNA
Transkripsi

RNA
Translasi

Protein

Tanda panah yang melingkari DNA menunjukkan bahwa DNA berfungsi


sebagai template atau cetakan bagi replikasi dirinya. Tanda panah antara DNA
dan RNA menunjukkan pembentukkan molekul RNA dari DNA cetakan
(transkripsi) kemudian sintesis protein ditentukan oleh RNA cetakan melalui
proses translasi.

2. Mutasi dan Mutagen, Mekanisme Mutasi, Tipe Mutan


a. Pengertian Mutasi
DNA mikroba mengandung basa purin dan pirimidin.
Urutan keduanya sangat menentukan ciri tertentu pada mikroba.
Urutan ini sangat mudah berubah oleh berbagai faktor dan
apabila terjadi perubahan dalam urutan ini maka akan terjadi
perubahan pada urutan asam amino yang disandi oleh gen.
Akibatnya terjadi perubahan fenotif pada mikroba. Perubahan
dalam urutan basa nukleotida ini disebut mutasi.
Mutasi banyak terjadi pada waktu proses sintesa DNA
terutama pada waktu penempatan basa purin dan pirimidin yang
mengalami “kesalahan”. Bila mutasi ini terjadi pada enzim
polymerase yang berhubungan dengan DNA, maka mutasi akan
berlangsung dengan frekuensi yang relatif tinggi. Hal ini
dikarenakan tidak ada lagi kemampuan dari enzim itu untuk
bertugas mengatur penempatan basa purin dan pirimidin.
Mutasi juga dapat terjadi karena hilangnya pasangan basa
purin atau pirimidin. Bahkan karena adanya penambahan
pasangan basapun dapat juga terjadi mutasi. Sebab hilangnya atau
penambahan tersebut justru akan berakibat terjadi “kesalahan”
dalam pembacaan sandi pada saat terjadi transkripsi ke mRNA.
Mutasi mudah terjadi pada mikroba terutama karena ciri
dan karakter dari mikrobia tersebut sangat dipengaruhi oleh
urutan dari basa purin dan pirimidin di dalam meteri genetik
mikrobia tersebut. Perubahan urutan nukleotida paling sering
terjadi karena kesalahan selama replikasi DNA dan kerusakan
DNA, baik kerusakan DNA karena mekanisme delesi atau insersi
pada kerangka DNA tersebut. Perubahan urutan nukleotida akan
berdampak pada fenotip dari sel tersebut. Perubahan fisiologis
sel, misalnya adanya beberapa enzim yang tidak terbentuk pada
mutan tertentu, kemudian perubahan morfologi, dan terjadinya
resistensi terhadap zat dan kondisi lingkungan tertentu.

b. Macam-macam Mutasi
Mutasi dapat terjadi karena beberapa sebab, misalnya:
1. Mutasi titik (point mutation)
Mutasi ini dapat terjadi pada satu tempat/titik pasangan
basa.Pada tempat atau titik ini terjadi perubahan pasangan basa.
Misalnya terjadi perubahan pada basa timin yang digantikan oleh
basa sitosin, atau basa adenin digantikan oleh guanin. Mutasi ini
akan berakibat: (a) tidak terjadi pembentukan protein, (b) terjadi
pembentukan protein akan tetapi tetap terjadi perubahan atau
mutasi yang tidak jelas. Mutasi ini disebut mutasi tidak nyata
(silent mutation) dan (c) terjadi penggantian asam amino. Contoh
basa adenin yang digantikan oleh guanin dan timin digantikan
oleh sitosin.
2. Hilangnya pasangan basa
Mutasi ini terjadi disebabkan oleh hilangnya basa dalam
jumlah yang lebih dari satu. Kehilangan ini akan menyebabkan
terjadinya pergeseran dalam hal pembacaan sandi yang pada
akhirnya akan menyebabkan perubahan urutan asam amino.
Akibat yang ditimbulkan oleh mutasi ini dapat menyebabkan
protein yang terbentuk tidak berfungsi.
3. Mutasi supresor
Mutasi ini merupakan mutasi yang mengakibatkan mutasi
yang terjadi sebelumnya menjadi “normal” kembali. Pada mutasi
ini terjadi “penyusupan” basa lain yangmenyebabkan kembalinya
urutan susunan asam amino yang seolah-olah susunan itu seperti
menjadi “normal” kembali. Walau demikian mutasi ini tetap
menghasilkan perubahan yang secara fenotif dapat tampak atau
terjadi mutasi tidak nyata.
4. Mutasi spontan
Mutasi spontan awalnya tidak diketahui, sering disebut
“background mutation”. Kontrol genetik mutabilitas beberapa
gen yang diketahui dapat disebabkan oleh “mutator gen” lain.
Mutasi spontan dapat dibedakan menjadi 1 mutasi spesifik yang
pengaruhnya terbatas pada satu lokus dan mutasi nonspesifik
secara simultan mempengaruhi pada beberapa lokus.
5. Mutasi terinduksi
Mutasi terinduksi dipengaruhi oleh keadaan lingkungan
yang tidak normal, misalnya: radiasi pengion (perubahan valensi
senyawa kimia melalui penambahan elektron yang dihasilkan
oleh proton, neutron, atau oleh sinar X. Radiasi nonpengion
penambahan tingkat energi atom (eksitasi), yang membuatnya
kurang stabil (contoh: radiasi UV, panas) .

Mutasi dari Sudut Pandang Macam Sel :


1. Mutasi germinal/gametic mutation/germ line mutation
adalah mutasi yang terjadi pada sel germ. Pada mutasi
germinal, akibat mutasi yang dominan segera terekspresi
pada turunan. Sebaliknya, jika mutasi bersifat resesif,
maka efek mutasinya tidak terdeteksi karena kondisi yang
heterozigot.
2. Mutasi somatik adalah mutasi yang terjadi pada sel
somatik. Akibat mutasi somatik pada hewan dan manusia
tidak dapat diwariskan, namun pada tumbuhan bisa
diwariskan melalui reproduksi seksual atau aseksual.

Mutasi dari Sudut Pandang Ruang Lingkup Kejadian


1. Mutasi gen terjadi di lingkup gen. Mutasi gen dapat
berupa perubahan urutan DNA, termasuk substitusi
pasangan basa, adisi atau delesi satu atau lebih pasangan
basa. Efek mutasi gen hanya menimpa satu nukleotida.
2. Mutasi kromosom terjadi di lingkup kromosom.

Macam-macam Mutasi Gen yang Spesifik


1. Mutasi pergantian basa (base pair substitution mutation),
merupakan perubahan yang terjadi pada suatu gen berupa
pergantian satu basa oleh pasangan basa lainnya.
Misalnya AT diganti pasangan GS.
2. Mutasi transisi, pada mutasi ini terjadi pergantian basa
purin dengan basa purin lain, basa pirimidin dengan basa
pirimidin lain, basa purin-pirimidin dengan basa purin-
pirimidin lain, basa pirimidin-purin dengan basa
pirimidin-purin lain. Misal AT GS, GS AT, TA SG, SG
TA.
3. Mutasi transversi, pada mutasi ini terjadi pergantian basa
purin dengan basa pirimidin, basa pirimidin dengan basa
purin, basa purin-pirimidin dengan basa pirimidin-purin,
basa pirimidin-purin dengan basa basa purin-pirimidin.
Misal AT TA, GS SG, AT SG, SG TA.
4. Mutasi misens merupakan mutasi yang terjadi karena
perubahan suatu pasangan basa (dalam gen) yang
mengakibatkan terjadinya perubahan suatu kode genetika,
sehingga asam amino yang terkait (pada polipeptida)
berubah dan fungsi protein juga berubah. Hal itu
menyebabkan individu mutan dapat memperlihatkan
karakter berbeda. Namun suatu mutasi mungkin tidak
menimbukan suatu fenotip jika munculnya suatu asam
amino pengganti belum menimbulkan perubahan protein
yang nyata.
5. Mutasi nonsense merupakan suatu pergantian pasangan
basa yang berakibat terjadinya perubahan suatu kode
genetika pengode asam amino menjadai kode kode
genetika pengode terminasi. Misal kode genetika pengode
asam amino triptofan (UGG) menjadi UAG.
6. Mutasi netral merupakan pergantian pasangan basa yang
terkait terjadinya perubahan suatu kode genetika yang juga
menimbulkan perubahan asam amino terkait, tetapi tidak
sampai mengakibatkan perubahan fungsi protein. Misal
kodon AGG yang mengode asam amino lisin mengalami
mutasi menjadi ACG yang mengode asam amino arginin,
namun asam amino arginin secara kimiawi ekivalen
dengan asam amino lisin dan sama-sama asam amino
dasar sehingga keduanya memiliki sifat-sifat yang cukup
mirip. Dengan demikian fungsi protein tidak berubah.
7. Mutasi diam merupakan tipe mutasi netral yang khusus
dimana terjadi pergantian pasangan asam basa pada gen
yang mengakibatkan perubahan satu kodon, namun tidak
mengakibatkan pergantian asam amino yang dikode. Misal
kodon AGG termutasi menjadi AGA, namun keduanya
mengode asam amino yang sama yaitu Arginin.
8. Mutasi perubahan rangka terjadi karena adisi atau delesi
satu atau lebih dari pasangan basa dalam suatu gen. Adisi
dan delesi itu mengubah kerangka percobaan RNAd,
sehingga terjadi perubahan urutan asam amino.

c. Mekanisme Mutasi
Mutasi paling umum terjadi selama replikasi DNA.
Beberapa mutasi terjadi sebagai akibat kerusakan yang
ditimbulkan oleh cahaya ultraviolet atau sinar X. Karena
unsur-unsur ini merupakan bagian yang tak terhindarkan dari
lingkungan. Tidak satupun mekanisme tertentu yang dapat
diusulkan untuk menerangkan pengaruh mutagenik sinar X.
Karena sinar X dapat menyebabkan pecahnya banyak ikatan
kimiawi yang berbeda-beda macamnya, maka mungkin
merusak DNA dengan berbagai cara. Pengaruh utama cahaya
UV ialah menyebabkan pembentukan dimer dengan ikatan
silang antara pirimidin-pirimidin yang bersebelahan, terutama
timin. Dimer ini mengacaukan proses replikasi yang normal
Penemuan yang paling banyak membuka rahasia mutasi
pada tahun-tahun belakangan ini datang dari penelitian
mengenai pengaruh mutagenik berbagai bahan kimia. Ada
dua tipe senyawa kimia yang mutagenik. Yang pertama
terdiri dari senyawa-senyawa yang dapat bereaksi secara
kimiawi dengan DNA. Karena kekhususan replikasi DNA
bergantung pada ikatan purin-pirimidin, yang diakibatkan
oleh ikatan hidrogen antara gugusan-gugusan amino dan
hidroksil ini dapat menyebabkan mutasi. Asam nitrous, yang
dapat membuang gugusan amino dari purin dan pirimidin,
adalah mutagen semacam itu.

B. Replikasi, Transkripsi dan Translasi

1. Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai
ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada eukariota,
waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S daur
sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan
enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA
dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai
polimerase (PCR).
Proses replikasi pertama kali di mulai ketika enzyme Helicase
memutus ikatan kimia yang paling lemah diantara dua rantai
polinukleotida. Untaian DNA diputus tepat di tengah memisahkan
pasangan-pasangan basa. Rantai polinukleotida yang baru dipisahkan
menjadi rantai tunggal akan menjadi rantai dasar (template) untuk
membentuk dua untai rantai DNA baru.
Di dalam sel-sel nucleus, terdapat banyak nukleotida-nukleotida
bebas. Basa-basanya akan berikatan dangan basa-basa yang ada di dalam
rantai dasar (template), yang berdasarkan aturan Chargaff, akan
berpasangan hanya dengan basa lain yang merupakan pasangannya.
Misalnya, katakanlah di dalam rantai dasar(template) terdapat basa
Guanine (G),maka basa Cytosinlah (C) yang terikat padanya. Proses
terbentuknya ikatan basa-basa ini dibantu oleh enzyme yang disebut
enzyme DNA Polymerase III. Enzyme ini hanya bekerja dari ujung 5’ ke
ujung 3’ dari rantai DNA. Hal ini terjadi juga pada rantai dasar
(template) yang lainnya. Hanya saja sedikit berbeda prosesnya dengan
rantai dasar yang pertama.
Karena proses replikasi oleh enzyme polymerase III hanya
berlangsung dari ujung 5’ ke ujung 3’, maka pada rantai dasar (template)
ke dua dibutuhkan peran RNA primase yang membuat RNA Primer
sebagai jembatan awal bagi enzyme polymerase III bekerja. Selanjutnya
dengan bantuan DNA polymerase I dan DNA ligase akan diperoleh
sebuah rantai DNA baru dari rantai dasar (template) ke dua.
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan dua
molekul DNA yang persis sama dengan molekul DNA asal. Sehingga
saat mitosis terjadi, sel saudaranya akan menerima molekul DNA yang
betul-betul sama. Jika terjadi sesuatu yang salah dalam replikasi DNA,
mutasi-pun terjadi. Kesalahan mutasi akan menyebabkan protein dalam
DNA memiliki urutan asam amino yang salah, misalnya susunan basa
yang berubah atau hilangnya basa tertentu.
Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA yaitu enzim yang
berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses
transkripsi, enzim yang berperan RNA polymerase. Transkripsi DNA :
terjadi pada saat akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen); yang dipakai
cetakan hanya salah satu untai DNA(3’-5’) replikasi DNA : sebelum fase
mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk dipakai sebagai
cetakan untuk di replikasi.
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan,
yaitu konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi
konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan
akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi
semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu
sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun,
masing-masing untai ini tetap dipertahankan dan akan bertindak sebagai
cetakan (template) bagi pembentukan untai polinukleotida baru.
Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida
mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-
fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi
fragmen nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai
berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru. Replikasi terjadi
dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix.
2. Transkripsi
Transkripsi adalah langkah pertama dalam ekspresi genetis.DNA
ditranskripsi menjadi RNA. Pita DNA yang menjadi cetakan disebut
DNA template. Karena RNA hasil transkripsi membawa “pesan” untuk
ditranslasi, maka RNA tersebut disebut RNA messenger (mRNA).
Urutan basa mRNA sama dengan urutan basa DNA non-template,
kecuali timin diganti urasil. Enzim yang berperan dalam sintesis mRNA
adalah enzim RNA polimerase. Urutan DNA yang ditranskrip dapat
terdiri atas 1 gen atau lebih. Transkripsi yang multigen terjadi pada gen-
gen yang terekspresi dalam suatu paket fungsional.
Transkripsi DNA terdiri atas 3 tahap, yaitu inisiasi, pemanjangan,
dan penghentian.
a. Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada
DNA, tapi di bagian hulu (upstream) dari gen yaitu promoter.
Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow
(TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase
menempel pada promoter. Tahapannya dimulai dari pembentukan
kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter
terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan
konformasi RNA polimerase karena struktur sigma dilepas dari
kompleks holoenzim.

b. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini
adalah pemanjangan nukleotida. Setelah RNA polimerase
menempel pada promoter maka enzim tersebut akan terus
bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan
heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara
kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk.
Misalnya nukleotida DNA cetakan A, maka nukleotida RNA
yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya. Laju pemanjangan
maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara 30 – 60
nukleotida per detik. Kecepatan elongasi tidak konstan.

c. Terminasi (pengakhiran)
Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat.
Transkripsi berakhir ketika menemui nukleotida tertentu berupa
STOP kodon. Selanjutnya RNA terlepas dari DNA templat
menuju ribosom.
3. Translasi
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah translasi. Translasi
merupakan suatu proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun
suatu polipeptida atau protein.Yang diperlukan dalam proses translasi
adalah : mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino. Ribosom terdiri atas
subunit besar dan kecil. Bila kedua subunit digabung akan membentuk
suatu monosom. Subunit kecil mengandung sisi Peptidil (P), dan
Aminoasil (A). Sedangkan subunit besar mengandung Exit (E), P, dan A.
Kedua subunit tersebut mengandung satu atau lebih molekul rRNA.
rRNA sangat penting untuk mengidentifikasi bakteri pada tataran biologi
molekuler, pada prokariot 16 S dan eukariot 18 S. Seperti halnya
transkripsi, pada translasi juga dibagi dalam tiga tahap :

a. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan hal ini
menyebabkan tRNA teraktivasi atau peristiwa ini disebut amino-
asilasi. Proses amino-asilasi ini dikatalisis oleh enzim tRNA
sintetase. Kemudian ribosom mengalami pemisahan menjadi
subunit besar dan kecil. Subunit kecil selajutnya melekat pada
molekul mRNA dengan kodon awal tempat menempel : 5’ –
AGGAGG – 3’. Urutan tempat menempelnya subunit kecil
disebut urutan Shine-Dalgarno. Subunit kecil dapat menempel
pada mRNA bila ada IF-3. Pembentukan kompleks IF-2/tRNA-
fMet dan IF-3/mRNA-fMet disebut asam amino N-
formilmetionin dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber
energi. tRNA-fMet kemudian menempel pada kodon pembuka P
subunit kecil. Selanjutnya Subunit besar menempel pada subunit
kecil. Pada proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis
menjadi GDP, dan siap melakukan elongasi.
b. Elongasi
Perbedaan pada proses transkripsi, pada translasi asam
amino yang dipanjangkan. Tahapan yang dilakukan pada proses
elongasi, pertama adalah pengikatan tRNA pada sisi A yang ada
di ribosom. Pemidahan tersebut akan membentuk ikatan peptida.

c. Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga
kodon terminasi (UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA
mencapai posisi A pada ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal
penghentian proses translasi tersebut dikenali oleh suatu protein
yang disebut release factor (RF). Penempelan RF pada kodon
terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil transferase yang
menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng tRNA pada sisi P
dan menyebabkan tRNA yang kosong mengalami translokasi ke
sisi E (exit).

C. Transformasi Genetik Mikroorganisme dan Rekombinan


Transformasi gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan
mikroorganisme (misalnya, bakteri ) dengan mengirimkan informasi genetik
(DNA) dari sel donor ke sel resipien. Pertukaran gen antar bakteri dapat terjadi
karena bakteri pada umumnya hidup berkoloni bahkan bercampur dengan
banyak bakteri jenis lain. Pertukaran gen akan menghasilkan rekombinan baru.
Pertukaran gen atau materi genetik secara garis besar dilakukan melalui cara
transfer gen dan transposisi. Transfer gen merupakan perpindahan materi genetik
termasuk plasmid dari sel donor ke sel resipien. Sedangkan transposisi
merupakan pemindahan rantai DNA pendek (hanya beberapa urutan saja) antara
satu plasmid ke plasmid lain, atau dari kromosom ke plasmid dalam sel tersebut.
Transfer gen terjadi melalui beberapa cara yaitu, transformasi, transduksi, dan
konjugasi.
Rekombinasi genetis ialah pembentukan suatu genotip baru melalui
pemilihan kembali gen-gen setelah terjadinya pertukaran genetis antara dua
kromosom yang berbeda dan mempunyai gen-gen serupa. Kromosom semacam
ini disebut kromosom homolog. Pertukaran ini tentu saja mengubah urutan
nukleotida sehingga mengubah informasi genetis yang dikandungnya. Pada
bakteri , rekombinasi genetis dihasilkan dari tiga tipe pemindahan gen yang
menimbulkan variasi genetik yaitu : konjugasi, transduksi, transformasi.

1. Konjugasi
Konjugasi merupakan pemindahan bahan genetik dari suatu sel
bakteri yang bertindak sebagai donor kepada sel bakteri yang bertindak
sebagai resipien. Pemindahan ini dikode oleh plasmid. Plasmid adalah
unsur genetis ekstrakromosomal (diluar kromosom) dan dapat
melangsungkan replikasi didalam sitoplasma sel bakteri. Plasmid adalah
potongan bundar DNA yang merupakan gen tambahan. Bila unsur
ekstrakromosomal dapat bereplikasi dan terpadu kedalam kromosom
bakteri disebut episom. Hal ini yang membedakan episom dari plasmid
karena plasmid tidak terpadu kedalam kromosom. Pada bakteri gram
negatif misalnya E.colli, konjugasi terjadi dengan cara perlekatan antara
sel donor dengan sel resipien melalui pili seks atau faktor F (faktor
kesuburan ). Pada bakteri gram positif misalnya Streptococcus
faecalis, perlekatan antara sel donor dan resipien tidak melalui pili.
2. Transduksi
Transduksi merupakan proses pemindahan bahan genetik dari
suatu bakteri ke bakteri lain melalui bakteriofage. Bila bakteriofage
menyerang bakteri maka DNA bakteriofage diinjeksikan kedalam sel
bakteri. ada dua kemungkinan terjadi yaitu :
a. DNA bakteriofage akan mengambil alih fungsi metabolisme
bakteri untuk memproduksi DNA dan protein bakteriofage
kemudian terjadi perakitan partikel virus dan akhirnya virus yang
utuh akan keluar dari sel bakteri ketika sel mengalami lisis.
b. DNA bakteriofage akan berinteraksi dengan DNA bakteri
sehingga terbentuklah bakteri yang bersifat lisogenik. Karena
suatu sebab yang belum diketahui maka bakteri yang bersifat
lisogenik dapat mengalami fasi litik. Dalam keadaan demikian,
DNA bakteriofage akan melepaskan diri dari DNA bakteri dan
mengambil alih fungsi metabolime untuk menghasilkan partikel
virus yang baru seperti halnya pada kemungkinan pertama.

Proses transduksi dipergunakan sebagai pemetaan untuk


mengembangkan galur--galur bakteri baru, kan kromosom bakteri dan
untuk banyak percobaan genetis lainnya.
3. Transformasi
Transformasi merupakan proses pemindahan DNA telanjang
yang mengandung sejumlah terbatas informasi DNA dari satu sel ke sel
yang lain. DNA tersebut diperoleh dari sel donor melalui lisis secara
alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi, begitu DNA diambil oleh
sel resipien maka terjadilah rekombinasi. Gejala transformasi ini pertama
kali pada Streptococcus pneumoniae oleh F.Griffith pada tahun 1928.
Pengamatannya menunjukan bahwa ada dua macam tipe koloni pada
bakteri tersebut yaitu koloni halus yang bersifat patogen dan koloni kasar
yang nonpatogen.
Dalam percobaannya ditemukan jika campuran tipe bakteri tipe
halus yang telah dimatikan dengan pemanasan dan sel tipe kasar hidup
disuntikan pada tikus maka tikus akan mati dan dari bangkai tikus dapat
diisolasi bakteri tipe haalus yang masih hidup. Griffith mengatakan
bahwa ada substansi yang berasal dari bakteri tipe halus diambil oleh
bakteri tipe kasar sehingga tipe kasar ini berubah menjadi tipe halus yang
patogen. Perubahan dari tipe kasar ke tipe halus ini disebut transformasi.
Pentingnya transformasi sebagai mekanisme perubahan genetik
secara alamiah diragukan. Mungkin proses tersebut menjadi menyusul
terjadinya lisis suatu mikroorganisme dan pelepasan ADN-nya ke
lingkungan sekitar, boleh jadi transformasi antara galur-galur bakteri
dengan virulensi rendah dapat menyebabkan timbulnya sel-sel dengan
virulensi tinggi. Tetap fenomena transformasi telah terbukti sangat
berguna dalam penelitian-penelitian genetik bakteri di laboratorium,
terutama untuk memetakan kromosom bakteri.
BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Berdasarkan uraian diatas, dapat disimpulkan bahwa :
1. Genetika mikroorganisme adalah ilmu yang mempelajari tentang pewarisan
sifat yang turun temurun pada mikroorganisme.
2. Bahan genetis terdiri dari DNA dan RNA
3. Komponen DNA terdiri dari Gula : deoksiribosa dan Basa N : timin, adenin,
guanin dan sitosin. Sedangkan RNA Gula : ribosa dan Basa N : urasil, adenin,
guanin dan sitosin.
4. Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau
melakukan perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau
menyelipkan gen baru ke dalam struktur DNA organisme penerima.
5. Mekanisme pemindahan bahan genetik pada bakteri secara umum dilakukan
dengan tiga cara yaitu transformasi, transduksi, dan konjugasi.

B. Saran
Penulis menyadari bahwa penulisan makalah ini masih jauh dari
sempurna. Oleh karena itu kami sangat membutuhkan saran serta kritik dari
pembaca yang sifatnya membangun agar penulisan makalah – makalah
selanjutnya dapat lebih baik lagi. Atas perhatiannya kami ucapkan terima kasih.