2.

1 Pengertian DNA

DNA merupakan kependekan dari deoxyribonucleic acid atau dalam Bahasa Indonesia sering juga
disebut ADN yang merupakan kependekan dari asam deoksiribonukleat. DNA atau ADN ini merupakan
materi genetik yang terdapat dalam tubuh setiap orang yang diwarisi dari orang tua. DNA terdapat pada
inti sel di dalam struktur kromosom dan pada mitokondria.

Fungsinya sebagai cetak biru yang berfungsi sebagai pemberi kode untuk tiap manusia seperti untuk
warna rambut, bentuk mata, bentuk wajah, warna kulit, dan lainnya. Pengenalan tentang struktur DNA
diperkenalkan oleh Francis Crick, ilmuwan asal Inggris dan James Watson asal Amerika Serikat pada
tahun 1953.

Untuk mempermudah kita memahami seperti apa DNA, coba Anda pikirkan sebuah kalimat. Kalimat
tersebut disusun dari beberapa kata. Dan setiap kata dibentuk dari beberapa abjad. Dapat dikatakan,
abjad adalah unsur dasar dari banyak bahasa. Prinsip yang serupa juga bisa diterapkan pada DNA. Pada
tingkat molekuler, “abjad” utama disediakan oleh DNA. Yang menakjubkan adalah bahwa “abjad” ini
hanya terdiri dari empat huruf yaitu A, C, G, dan T, yang merupakan lambang basa kimia adenin, sitosin
(cytosine), guanin, dan timin. Senyawa ini membentuk ikatan yang eksklusif, di mana adenin akan selalu
berpasangan dengan timin dan guanin akan selalu berpasangan dengan sitosin.h

Bentuk dari DNA adalah seperti spiral ganda yang menyatu dengan rapat. DNA terdiri dari 4 pasangan
basa A, C, G, dan T yang merupakan komponen kimiawi yang mengandung nitrogen. Urutan basa-basa
pada molekul DNA-lah yang menentukan informasi genetika yang terdapat di dalamnya. Singkatnya,
urutan ini menentukan hampir segala sesuatu tentang Anda, dari warna rambut, warna kulit, hingga
bentuk hidung kita.

Setiap manusia memiliki 23 pasang kromosom yang terdiri dari 22 pasang kromosom somatik dan 1
pasang kromosom penentu jenis kelamin. Kromosom XX menentukan seseorang dengan jenis kelamin
wanita dan XY untuk seseorang yang berjenis kelamin laki-laki. Kromosom ini didapat dari orang tua,
separuh dari ibu dan separuh lagi dari ayah.

DNA (deoxsiribonukleidacid) , adalah rangkaian molekul penentu bentuk dan sifat semua makluk hidup.
DNA itu ada yang berupa pilinan ganda ada juga yang merupakan pilinan tunggal. DNA merupakan asam
nukleat yang mengandung kode genetik yang berguna dalam pembentukan protein-protein yang
dibutuhkan untuk perkembangan dan pertumbuhan makhluk hidup dan virus. DNA pada jenis makhluk
hidup yang berbeda memiliki kode genetik yang berbeda sehingga jenis protein yang dihasilkannyapun
juga berbeda. Oleh karena itu spesies yang berbeda memiliki wujud yang berbeda pula.

Semua makluk hidup punya DNA. Manusia , kucing , monyet, pohon tomat, pisang, bayam, dinosaurus,
dan sebagainya.semua mempunyai kode genetik yang menentukan bentuk dan sifat – sifat mereka.

Jadi kenapa kita mempunyai bentuk seperti manusia atau bentuk tumbuhan seperti tumbuhan, atau
kenapa kita mirip dengan orang tua kita atau berbeda dengan otang lain? Semuanya karena DNA yang
unik.

Ada orang yang berkulit putih, ada yang sawo matang, ada yang berambut bule atau berwarna hitam.
Semua itu karena kita mempunyai elemen – elemen pembentuk biologis yang unik, yaitu DNA.

Struktur DNA

DNA tersusun atas molekul nukleotida yang saling sambung-menyambung menjadi struktur yang sangat
panjang. Bahkan bila rantai DNA dalam satu sel manusia direntangkan dapat sangat mencapai jarak
antara bumi dan bulan. Nukleotida adalah molekul yang tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan
basa nitrogen. Basa nitrogen akan terikat pada atom C nomor 1 gula deoksiribosa, sedanagkan fosfat
akan terikat pada atom C nomor 5 pada gula tersebut. Struktur nukleotida adalah sebagai berikut.

nukleotida

Basa nitrogen penyusun DNA dapat digolongkan menjadi kelompok purin dan pirimidin. Basa nitrogen
yang masuk golongan purin adalah adenin (A) dan guanin (G), sedangkan basa nitrogen yang masuk
golongan pirimidin adalah sitosin (C) dan timin (T). Ketika membentuk DNA, adenin selalu berikatan
dengan timin melalui tebentuknya 2 ikatan hidrogan. Sedangkan guanin akan berikatan dengan sitosin
melalui terbentuknya 3 ikatan hidrogen.

Letak DNA dalam sel

DNA dapat ditemukan dalam nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA sel eukariotik terbungkus dalam
membran inti sehingga tercipta struktur nukleus, sedangkan DNA sel prokariotik tidak terbungkus
membran inti sehingga TIDAK terdapat NUKLEUS, hanya terdapat bagian dimana DNA tersebut
berkumpul yang disebut nukleosom.

Replikasi DNA

Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan melibatkan rangkaian protein dan
enzim yang secara kolektif merakit nukleotida dalam urutan yang telah ditentukan. Dalam menanggapi
isyarat molekul yang diterima selama pembelahan sel, molekul-molekul ini melakukan replikasi DNA,
dan mensintesis dua untai baru menggunakan helai yang ada sebagai template atau ‘cetakan’. Masing-
masing menghasilkan dua, molekul DNA yang identik terdiri dari satu untai baru dan salah satu DNA
lama. Oleh karena itu proses replikasi DNA disebut sebagai semi-konservatif.

Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah dijelaskan di bawah ini.

1. Inisiasi

DNA (Pengertian, Struktur, Fungsi, Sifat, Replikasi)

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang memiliki urutan tertentu
yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat
asal, sehingga mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah
enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka
resleting) heliks dalam alur tunggal.

Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang tergantung energi. Titik
ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi
adalah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang
disebut untai tunggal mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk
menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam dua arah
yang berlawanan sepanjang molekul DNA.

2. Sintesis Primer
DNA (Pengertian, Struktur, Fungsi, Sifat, Replikasi)

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai template yang dibawa
oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain replikasi mereka juga memainkan peran
penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi.

Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan membutuhkan 3′
gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang
disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida.
Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA.
Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi
untai DNA baru.

Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral yang mengganggu)
di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase
yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai DNA
dalam rangka untuk meringankan supercoil tersebut.

3. Sintesis leading strand

DNA (Pengertian, Struktur, Fungsi, Sifat, Replikasi)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari untai yang ada, dan
karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang
berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal
sebagai untaian pengawal (leading strand).

Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan menambahkan
nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara
terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.

4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan serangkaian fragmen kecil
dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung
untuk membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand
(untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

DNA (Pengertian, Struktur, Fungsi, Sifat, Replikasi)

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol III
memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang
terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut
kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di
tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

5. Penghapusan Primer

Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru terbentuk harus digantikan
oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan
primer RNA melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan
deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA.

DNA (Pengertian, Struktur, Fungsi, Sifat, Replikasi)

6. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah antara fragmen Okazaki
berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

DNA (Pengertian, Struktur, Fungsi, Sifat, Replikasi)

7. Terminasi (pemutusan)

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik. Urutan ini
diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik
menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal
protein pengikat terdekat.

Secara garis besar, proses sintesis protein terjadi melalui dua tahap yaitu (1) Transkripsi adalah proses
pencetakan RNAm oleh DNA. Pada tahap ini, RNAm berfungsi sebagai pembawa informasi yang
merupakan kode-kode genetik atau kodon. DNA berfungsi sebagai perancang pola penyusunan protein.
Pada proses transkripsi tidak ada perubahan dalam kode; (2) Translasi adalah proses penerjemahan
kode-kode oleh RNAt, berupa urutan asam-asam amino yang dikehendaki. Jadi, pada proses translasi
terjadi perubahan dalam kode, yaitu urutan nukleotida ke urutan asam amino.

Replikasi DNA

Sebelum sel membelah, DNA harus direplikasi dalam fase S dari siklus sel. Proses replikasi melibatkan
enzim polymerase. Proses ini melibatkan pembukaan utas ganda DNA, sehingga memungkinkan
terjadinya perpasangan basa untuk membentuk utas baru. Pembentukan utas komplementer terjadi
melalui perpasangan basa antara A dengan T dan G dengan C. Dalam replikasi DNA, setiap utas DNA
lama berperan sebagai cetakan untuk membentuk DNA baru.

Model DNA Watson dan Crick menyatakan bahwa saat double heliks bereplikasi, masing-masing dari
kedua molekul anak akan mempunyai satu untai lama yang erasal dari satu molekul induk dan satu untai
yang baru. Model replikasi ini disebut model semikonservatif. Model lainnya adalah model konservatif
dimana molekul induk tetap dan molekul baru disintesis sejak awal. Model ketiga disebut model
dispersif yaitu bahwa keempat untai DNA, setelah replikasi double heliks, mempunyai campuran anatara
DNA baru dan DNA lama.

Pengujian yang dilakukan oleh Meselson dan Stahl menunjukkan bahwa replikasi DNA terjadi secara
semikonservatif. Daerah penggandaan bergerak sepanjang DNA induk membentuk replication fork. Pada
daerah ini, kedua utas DNA yang baru, disintesis dengan bantuan sekelompok enzim, salah satunya
adalah DNA polimerase. Sintesis DNA tidaklah berjalan secara kontinu pada kedua utas cetakan. Hal ini
karena kedua utas DNA tersusun sejajar berlawanan arah atau antiparalel. Maka utas DNA baru akan
tumbuh dari 5′ - 3′ sedang yang lainnya dari 3′ - 5′ pada cetakan. Sintesis dari 3′ - 5′ tidak mungkin
dilakukan karena tidak ada DNA polymerase untuk arah 3′ - 5′.

Replikasi DNA pada cetakan 3′ - 5′ terjadi seutas demi seutas dengan arah 5′ - 3′ yang berarti replikasi
berjalan meninggalkan replication fork. Utas-utas pendek tersebut kemudian dihubungkan oleh enzim
ligase DNA. Dalam replikasi DNA terdapat utas DNA yang disintesis secara kontinu yang terjadi pada
cetakan 5′ - 3′. Utas DNA yang disintesis secara kontinu ini disebut utas utama atau leading strand.
Sedangkan utas DNA baru yang disintesis pendek-pendek seutas-demi seutas disebut utas lambat atau
lagging strand. Utas-utas pendek atau fragmen-fragmen pendek yang terbentuk disebut fragmen
Okazaki.

Sintesis pada leading strand memerlukan molekul primer pada permulaan replikasi Setelah replication
fork terbentuk, polymerase akan bekerja secara kontinu sampai utas DNA baru selesai direplikasi. Pada
sintesis lagging strand, diperlukan enzim lain primase DNA. Setelah utas DNA terbuka untuk melakukan
replikasi, dan setelah terbuka pada lagging strand, utas harus dijaga agar tetap terbuka. Jadi dalam
proses replikasi DNA melibatkan beberapa protein baik berupa enzim maupun non-enzim yaitu :

Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotida-nukleotida

Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging

Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada

lagging strand

Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double heliks

Single strand DNA-binding protein : mestabilkan DNA induk yang terbuka

Transkripsi

Transkripsi DNA merupakan proses pembentukan RNA dari DNA sebagai cetakan. Proses transkripsi
menghasilkan mRNA, rRNA dan tRNA. Pembentukan RNA dilakukan oleh enzim RNA polymerase. Proses
transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu :
Inisiasi : enzim RNA polymerase menyalin gen, sehingga pengikatan RNA polymerase terjadi pada
tempat tertentu yaitu tepat didepan gen yang akan ditranskripsi. Tempat pertemuan antara gen (DNA)
dengan RNA polymerase disebut promoter. Kemudian RNA polymerase membuka double heliks DNA.
Salah satu utas DNA berfungsi sebagai cetakan.

Elongasi : Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka double heliks dan
merangkai ribonukleotida ke ujung 3′ dari RNA yang sedang tumbuh.

Terminasi : terjadi pada tempat tertentu. Proses terminasi transkripsi ditandai dengan terdisosiasinya
enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan.

mRNA pada eukariota mengalami modifikasi sebelum ditranslasi, sedangkan pada prokariota misalnya
pada bakteri, mRNA merupakan transkripsi akhir gen. mRNA yang baru ditranskrip ujung 5′nya adalah
pppNpN, dimana N adalah komponen basa-gula nukleotida, p adalah fosfat. mRNA yang masak memiliki
struktur 7mGpppNpN, dimana 7mG adalah nukleotida yang membawa 7 metil guanine yang
ditambahkan setelah transkripsi. Pada ujung 3′ terdapat pNpNpA(pA)npA. Ekor poli A ini ditambahkan
berkat bantuan polymerase poli (A). tetapi mRNA yang menyandikan histon, tidak memiliki poli A.

Hasil transkripsi merupakan hasil yang memiliki intron (segmen DNA yang tidak menyandikan informasi
biologi) dan harus dihilangkan, serta memiliki ekson yaitu ruas yang membawa informasi biologis. Intron
dihilangkan melalui proses yang disebut splicing. Proses splicing terjadi di nukleus.

Splicing dimulai dengan terjadinya pemutusan pada ujung 5′, selanjutnya ujung 5′ yang bebas
menempelkan diri pada suatu tempat pada intron dan membentuk struktur seperti laso yang terjadi
karena ikatan 5′-2′fosfodiester. Selanjutnya tempat pemotongan pada ujung 3 terputus sehingga dua
buah ekson menjadi bersatu.

Translasi

Pada prokariota yang terdiri dari satu ruang, proses transkripsi dan translasi terjadi bersama-sama.
Translasi merupakan proses penerjemahan kodon-kodon pada mRNA menjadi polipeptida. Dalam proses
translasi, kode genetic merupakan aturan yang penting. Dalam kode genetic, urutan nukleotida mRNA
dibawa dalam gugus tiga - tiga. Setiap gugus tiga disebut kodon. Dalam translasi, kodon dikenali oleh
lengan antikodon yang terdapat pada tRNA.

Mekanisme translasi adalah:

Inisiasi. Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA. Penempelan terjadi pada
tempat tertentu yaitu pada 5′-AGGAGGU-3′, sedang pada eukariot terjadi pada struktur tudung
(7mGpppNpN). Selanjutnya ribosom bergeser ke arah 3′ sampai bertemu dengan kodon AUG. Kodon ini
menjadi kodon awal. Asam amino yang dibawa oleh tRNA awal adalah metionin. Metionin adalah asam
amino yang disandi oleh AUG. pada bakteri, metionin diubah menjadi Nformil metionin. Struktur
gabungan antara mRNA, ribosom sub unit kecil dan tRNA-Nformil metionin disebut kompleks inisiasi.
Pada eukariot, kompleks inisiasi terbentuk dengan cara yang lebih rumit yang melibatkan banyak protein
initiation factor.

Elongation. Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil menghasilkan dua
tempat yang terpisah . Tempat pertama adalah tempat P (peptidil) yang ditempati oleh tRNA-Nformil
metionin. Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua dan kosong.
Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan asam amino yang tepat masuk ke tempat A.
Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi, lalu terjadi ikatan peptide antara kedua asam amino. Ikatan
tRNA dengan Nformil metionin lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada
tempat A. Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada pada tempat P
dan tempat A menjadi kosong. Selanjutnya tRNA dengan antikodon yang tepat dengan kodon ketiga
akan masuk ke tempat A, dan proses berlanjut seperti sebelumnya.

Terminasi. Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu UAA, UAG, UGA.
Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa antikodon yang sesuai. Selanjutnya masuklah
release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang
terakhir. Kemudian ribosom berubah menjadi sub unit kecil dan besar.