BIOINFORMÁTICA

Biologia Marinha e Biotecnologia/ESTM

3ºAno

Aula nº2

Patrícia Abrantes
patricia.abrantes@estm.ipleiria.pt
Gabinete 18
Segunda-feira: 11h00-12h00
Quinta-feira: 11h – 13h00
 Calendarização das aulas
Semana
FEVEREIRO
I 17– 20 TP N.1
II 23 – 27 CARNAVAL CARNAVAL
MARÇO
III 2–6 TP N.2 Aula Prática N.1
IV 9 – 13 TP N.3 Aula Prática N.2
V 16 – 20 TP N.4 Aula Prática N.3
VI 23 – 27 TP N.5 Aula Prática N.4
ABRIL
VII 30 – 3 TP N.6 Aula Prática N.5
VIII 6–8 TP N.7 Aula Prática N.6
IX 13 – 17 FÉRIAS FÉRIAS
X 20 – 24 TP N.8 Aula Prática N.7
XI 27 – 1 TP N.9 Aula Prática N.8
MAIO
XII 4–8 TP N.10 Aula Prática N.9
XIII 11 – 15 SEMINÁRIO SEMINÁRIO
XIV 18 – 22 TP N.11 Aula Prática N.10
XV 25 – 29 TP N.12 Aula Prática N.11
JUNHO
XVI 1– 5 TESTE TESTE 1 de Junho – 15h
XVII 8 – 12 FÉRIAS FÉRIAS
XVIII 15 – 19 TP N.13 Aula Prática N.12
Avaliação UC
 BIOINFORMÁTICA
Biologia Ciência da
+
Molecular Computação

A Bioinformática consiste na aplicação de técnicas computacionais para

a compreensão e organização da informação obtida em larga escala
associada às biomoléculas

Surgiu da necessidade de armazenar, pesquisar e analisar a enorme

quantidade de informação produzida pela investigação em Biologia
Molecular.
Por exº, em 2008:

- o GenBank continha 82 853 685 sequências de ácidos nucleícos Em média, os dados

duplicam em cada 15
- o SWISS-PROT continha 410 518 sequências proteícas meses!

A Bioinformática é uma Ferramenta essencial nas Ciências biológicas

 OBJECTIVOS DA BIOINFORMÁTICA:
1º Organizar dados, de forma a que os investigadores tenham acesso a
informação já existente e que possam também submeter novos dados,

2º Desenvolver ferramentas e recursos que auxiliem na análise dos dados,

Por exº, algorítmos, modelos computacionais, programas de análise, ...

3º Usar essas ferramentas para analisar dados e interpretar os resultados

com significado biológico

Permitindo uma análise global dos dados disponíveis

Com o objectivo de descortinar as características comuns a

diferentes sistemas e sublinhar as caract. específicas de cada
sistema

≠ estudos biológicos – onde se examina um sistema individualmente

Tipo de informação (dados) usada em Bioinformática:
APLICAÇÃO

(~1000 bases
de comprimento)
+ dados/
- complexos
(~20 aminoácidos)

- dados/
+ complexos

Adaptado de Luscombe et al., 2001

Organização da informação (dados) em larga escala:

Os dados estão organizados em bases de dados.

As bases de dados podem ser:

Primárias – onde estão depositados os dados em bruto
Exº bases de dados de sequências de DNA, sequências de
aminoácidos

Secundárias – permitem agrupar os dados provenientes das BD primárias

de forma sistematizada,
Por exº, agrupar os genes por função, descrever interacções entre moléculas

Integradas – compilam dados de BD primárias e secundárias provenientes

de diferentes fontes
Por exº, a base de dados ENTREZ – compila sequências das BD primárias
GenBank, EMBL e DDBJ, juntamente com dados do genoma de mais de 1000
organismos, ... e ainda adiciona informação descritiva.

Ajuda a diminuir alguma redundância e multiplicidade dos dados

Organização da informação (dados) em larga escala:
Bases de dados biológicas mais utilizadas

Adaptado de Luscombe et al., 2001

APLICAÇÕES PRÁTICAS DA BIOINFORMÁTICA:

 Censos de larga escala

Permite condensar toda a informação em factos e dados compreensíveis para
os utilizadores. Ajuda a identificar áreas de estudo interessantes.

 Descoberta de homólogos

 Desenho experimental de fármacos

 Outras aplicações biomédicas

APLICAÇÕES PRÁTICAS DA BIOINFORMÁTICA:

 Censos de larga escala

Permite condensar toda a informação em factos e dados compreensíveis para
os utilizadores. Ajuda a identificar áreas de estudo interessantes.

 Descoberta de homólogos
Permite transferir informação entre moléculas relacionadas

 Desenho experimental de fármacos

 Outras aplicações biomédicas

APLICAÇÕES PRÁTICAS DA BIOINFORMÁTICA:

 Censos de larga escala

Permite condensar toda a informação em factos e dados compreensíveis para
os utilizadores. Ajuda a identificar áreas de estudo interessantes.

 Descoberta de homólogos
Permite transferir informação entre moléculas relacionadas

 Desenho experimental de fármacos

 Outras aplicações biomédicas

Adaptado de Luscombe et al., 2001
APLICAÇÕES PRÁTICAS DA BIOINFORMÁTICA:

 Censos de larga escala

Permite condensar toda a informação em factos e dados compreensíveis para
os utilizadores. Ajuda a identificar áreas de estudo interessantes.

 Descoberta de homólogos
Permite transferir informação entre moléculas relacionadas

 Desenho experimental de fármacos

 Outras aplicações biomédicas

Por exemplo, a identificação de genes diferencialmente expressos em células
“doentes” vs. “saudáveis” poderão ser uma base para explicar a causa de
uma doença, entre outras...