UAS BIOTEKNOLOGI

ENGGAR PRASETYO

K3313027

Multiple aligment

a. 975
b. Ada daerah konservatif dengan basa lebih dari 3
c. 394
NgnN3 1 ----MDFALTAAQLERYEAVLGETRNRL-----ADDAVSAADKWKTAAALGLTGLCIPAD
CouN3 1 -----MFDLSPQQQQRVDHMRAGAGKLPATEP---DGIAGKDSWLAAAELGMTGLCLPTE
CloN3 1 ----MDFNYDDTQKKHAAMIAQVCAEQLAACGNEHSRYFTARQWAICGEAGLLGLSIPRE
PltE 1 ----MDFNYDDTQKKHAAMIAQVCAEQLAACGNEHSRYFTARQWAICGEAGLLGLSIPRE
RedW 1 MNFDFDAGFDTETRELRDMVVRFARRELDSSGRFDDAEDFRRRWLLAGKQGLTGTTVPGE
Consensus 1 -----DF-L---Q-----------R--L-------D-------W--AG-LGTGLC-P-XY

NgnN3 52 YGGGGLGAFDTALSLAAFGRGCPDTGLVFGVSAHLLAGAVAIRDFGSERLRRELLPGLAA
CouN3 53 HGGGGLGALDTALCLEAFCAGGADTGLAFGIAAHLLACGTVLADHAGEPVRAELLQGLAS
CloN3 57 YGGQGLGALSTAIAMHAFGLGCTDMGLVFAAAAHQFACAMPIVEFATAETKRDVLPKLAS
PltE 57 YGGQGLGALSTAIAMHAFGLGCTDMGLVFAAAAHQFACAMPIVEFATAETKRDVLPKLAS
RedW 61 YGGSGLDAVSAAATMEALGYGCADTGFAFSVAAHLFAAVMPIVEFGTGEQRAAWLPALCS
Consensus 20 GG-GLGALDTAL-EAFG-GC-DTGLVF-VAAHLLAC--PI-XFG----RA-LLPGLASG-

NgnN3 112 GDLVAANAITEDEAGSDTSRLSVSAHRIGD-SYVINGEKSFVSNGPAADVLVTYATTAPD

CouN3 113 GTVVAANAMTEDDAGSDLSRLTTTAVADGD-SYVLNGRKSFVSNAPLADVFITYAATAPS
CloN3 117 GEFIGSNAITEPEAGSDSSNLKSRAWPQADGSYRLDGHKSFAGNAPIADIFVTYATTQPE
PltE 117 GEFIGSNAITEPEAGSDSSNLKSRAWPQADGSYRLDGHKSFAGNAPIADIFVTYATTQPE
RedW 121 GERIAAHAITEPEAGSDALHLRTRARPVDD-GHVLSGSKCFITNAPVADVFVVQAATDPR
Consensus 66 -AANAITEDXAGSD-SRL-T-A----D-SYVL-G-KSF-SNAP-ADFTYA-T-P--GFLG

NgnN3 171 GGFLGISAFVVPAGHTGVRLGDPIRKMGLEGCQAGRVGFQDCHVSEEYLLGGEGQGSAIF

CouN3 172 AGYLGMSAFAVPRTLPGLQVGSLLAKMGLNGCAAAQVEFTDCKVPGRYLLGPENQGNSVF
CloN3 177 YGALGVSGFIVHRSSAGLRVSEPLDKVCLRSCPAGEVFFDDCRVPEVNRLGEEGQGRQVF
PltE 177 YGALGVSGFIVHRSSAGLRVSEPLDKVCLRSCPAGEVFFDDCRVPEVNRLGEEGQGRQVF
RedW 180 GGFFGLTTFLVEASTPGLTVGRPYDKVGLRGSPTADVHFDDCYVPAGAVLGAEGSGASIF
Consensus 109 -SAF-V-R---GL-VG-P-DKMGL-GCPAG-V-F-DC-VP---LLG-EGQG--FQ-SM-W

NgnN3 231 AHAMTWERACLFATYIGMMDDQLERCVAHARRRRQFGKPIARFQAVSHRIAMMKQRLESA

CouN3 232 QRSMTWERACLPAIYLGAMEGQLAQCVDHARSRKQFGRSIGNFQAISHRLATMKLRLETS
CloN3 237 QSSMGWERACLFAAFLGMMERQLEQTIEHARTRRQFGKPIGDNQAVSHRIAQMKLRLESA
PltE 237 QSSMGWERACLFAAFLGMMERQLEQTIEHARTRRQFGKPIGDNQAVSHRIAQMKLRLESA
RedW 240 SSSMKWERTCLFAAYLGAMRRVLESTVDHVRDREQFGSPIGGFQAVSHRIVDMLGRYEGA
Consensus 147 ERACLFA-LG-MERQLE-C-HAR-RRQFG-PG-FQASHRIA-MK-RLESARLLRACW-LD
NgnN3 291 RLLMYRACWLIDQGAAEQTAAAALSKVAVSEAAVANSLDAIQIFGAQGYVVSGDVERYLR
CouN3 292 RLLLYRACWYLDQGRPA-VEAAALAKTAVAEAAVANALDAVQVFGARGCLAADGIGQQLQ
CloN3 297 RLLLFRACWGMDQGDPGQLN-IALSKLAISEGALASSIDAVRIFGGRGCLESFGIEAMLR
PltE 297 RLLLFRACWGMDQGDPGQLN-IALSKLAISEGALASSIDAVRIFGGRGCLESFGIEAMLR
RedW 300 RLLLYRAARSLSDGTADEVG-PALAKIAVSEAAVQLGLDAVQLRGGLGIMDGEA-ETLLR
Consensus 197 XG-A------ASK-ASEAAVAN-LDAQ-FGGRG-----G-E--LRXA-P--IFSGT-XIQ

NgnN3 351 DSVPARLFSGTTEIQRDIIAREMGL---------

CouN3 351 NAIPLNIFSGTTEMQREVVAKSMGL---------
CloN3 356 DSIGTTIFSGTSDMQHEIIARELKL---------
PltE 356 DSIGTTIFSGTSDMQHEIIARELKL---------
RedW 358 DALPARIFSGTNEIQKNNVARALGLGRRRPAARR
Consensus 235 -X-AR-GL--------------------------

Dari hasil pencarian yang didapat:

1. Pada frame berapa ditemukan kandidat ORF terpanjang? 3
2. Pada posisi berapa kandidat ORF tersebut pada genome? 25459 sampai 24353
3. Berapa panjang nukleotida dan asam amino kandidat ORF tersebut? 1107 dan 368
4. Diantara 2 hasil teratas, mana yang merupakan ORF yang paling mungkin? 368
5. Apa nama protein yang disandikan oleh ORF tersebut? Uncharacterized protein YqbP
6. Apa nama organisme pemilik sekuen tersebut? Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
7. Berapa accession number hasil pencarian terbaik? P45932.1