1. Menentukan jumlah alpha helix dan extended conformation pada protein 5n9l 2. Menentukan jumlah residu asam amino dan basa pada protein 5n9l 3. Menentukan jumlah ikatan Hydrogen pada protein 5n9l 4. Menentukan Jembatan garam dan asan amino yang berperan pada protein 5n9l 5. Menampilkan hasil Ramachandran plot pada protein pada protein 5n9l 6. Menampilkan rigiditas pada protein 5n9l
Prosedur kerja
1. Unduh struktur 5N9L di situs Protein Data Bank (www.pdb.org)dengan kode PDB: 5N9L 2. Karena setiap protein yang kita download sebelumnya belum mengandung atau belum terlihat adanya atom Hidrogen oleh karena itu untuk menampilkan atom hydrogen harus menggunakan aplikasi discovery studio 3. Buka aplikasi discovery studio, klik file lalu open 4. Langkah berikutnya klik chemistry hydrogen lalu add,maka akan muncul hydrogen disekitar struktur protein 5. selanjutnya di save dalam bentuk data bank, lalu close discovery studio 6. Selanjutnya buka aplikasi VMD 7. Buka struktur protein 5N9L yang telah di simpan dengan bentuk file data bank dengan cara Klik File -> New Molecul, Klik Browse dan pilih file 5N9L_H.pdb yang telah diunduh.Klik Load. 8. Struktur protein DHFR akan muncul di 3D Display 9. Untuk menampilkan struktur primer dari protein dapat dianalisis dengan memilih Extensions > Analysis > Sequence Viewer. 10. Buka window TkConsole dengan cara klik Extensions->Tk Console pada Main Window.
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 2
11. Untuk menentukan jumlah residu asam amino yang bersifat asam pada protein DHFR. Pada TkConsole, ketik perintah berikut lalu tekan tombol Enter pada keyboard: set r_asam [atomselect top "resname ASP GLU and name CA"] 12. Untuk menunjukan jumlah residu asam amino Kemudian masukkan perintah berikut dan tekan tombol Enter: $r_asam num 13. Untuk menuntukan Tentukan jumlah residu asam amino yang bersifat basa pada DHFR dengan menggunakan kedua perintah berikut, dan catat hasilnya: set r_basa [atomselect top "resname HIS ARG LYS and name CA"] $r_basa num
14. Selanjutnya, akan dilakukan analisis jumlah ikatan hydrogen pada protein DHFR. Pada Main Window, klik Extensions->Analysis->Hydrogen bonds. 15. Pada bagian Input options, isi text box Selection 1 dengan“protein”, dan untuk pilihan Calculate detailed info for, pilih “All hbonds”. 16. Pada bagian Output options, nonaktifkan pilihan Plot the data with MultiPlot, kemudian aktifkan pilihan Write output to files. 17. Klik tombol Find hydrogen bonds. Hasil akan disimpan pada file bernama “hbonds.dat” dan “hbonds-details.dat”. Buka kedua file tersebut dan catat jumlah ikatan hidrogen yang terbentuk dan residu-residu asam amino yang berperan. 18. Selanjutnya, akan dilakukan analisis jembatan garam yang terdapat pada struktur protein. Klik Extensions->Analysis->Salt bridges pada Main Window. 19. Pada bagian Output options, isi text box Log file dengan “sbridges.dat”, kemudian klik tombol Find salt bridges. 20. Hasil akan disimpan pada file “sbridges.dat”. Buka file tersebut dan catat jumlah jembatan garam yang terbentuk dan residuresidu asam amino yang berperan. 21. Analisis konformasi protein dapat dilakukan dengan plot Ramachandran. Caranya adalah klik menu Extension > Analysis> Ramachandran Plot. 22. Untuk mengetahui rigiditas dari struktur protein, dapat dilakukan dengan cara menampilkan struktur protein dengan representasi “New Cartoon” dengan metode
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 3
pewarnaan “Beta”. Selanjutnya, buat “Color Scale Bar” melalui Extension >Visualization > Color Scale Bar.
Data pengamatan
Data protein 5N9l yang terdapat pada protein data bank
Gambar 1
Gambar 2 gambar 3
Sebelum penambahan hidrogen langkah-langkah penambahan hidrogen
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 4
Gambar 4 Setelah penmbahan hidrogen
Gambar 5 gambar 6 Langkah-langkah pada apk VMD Langkah-langkah pada apk VMD
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 5
Gambar 7 Struktur 3D protein Visualisasi pertama
Gambar 8 gambar 9 Langkah-langkah visualisasi hasil visalisasi struktur sekunder
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 6
gambar 9 gambar 10 gambar 11 hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder
Gambar 12 gambar 13 gambar 14
hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 7
Gambar 15
Visualisasi kedua
Gambar 16 gambar 17 Langkah-langkah visualisasi hasil visualisasi asam amino basa dan asam
Visaulisasi ketiga
Gambar 18 gambar 19 Langkah -langkah visualisasi hidrogen Langkah -langkah visualisasi hidrogen
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 8
Gambar 20 gambar 21 gambar 22 Jumlah hidrogen hidrogen details hidrogen details
Gambar 23 Hidrogen details
Visualisasi keempat
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 9
Gambar 24 Langkah visualisasi
Gambar 25 Hasil visualisasi
Visualisasi kelima
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 10
Gambar 26 gambar 27 Langkah visualisasi Ramacandra hasil visualisasi ramacandra
Visaulisai keenam
Gambar 28 gambar 29
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 11
Gambar 30 Langkah visualisasi rigid
Gambar 31 Hasil visualisai rigid
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 12
Pembahasan
Praktikum kali ini mengenai Pengantar Metode Analisis menggunakan VMD
dimana pada praktikum ini menggunakan aplikasi mvp. Untuk bisa melakukan praktikum ini diperlukan adanya protein. Protein adalah bagian dari sel dan merupakan bagian terbesar di dalam tubuh setelah air. Pada praktikum kali ini protein yang digunakan adalah 5n9l, protein ini telah di donwload sebelumnya pada situs protein data bank.protein yang telah di donwload dari data bank ternyata belum memunculkan atom Hidrogennya, sehingga apabila langsung di buka pada aplikasi VMD tidak dapat menghitung jumlah atom hdrogennya oleh karena itu untuk memunculkan Hidrogen pada protein ini digunakan aplikasi discovery studio,setelah didapatkannya protein dengan atom hidrogen sehingga dapat dilakukan analisis senyawa protein pada aplikasi VMD. Pada praktikum ini dilakukan analisis pada protein 5n9l diantaranya adalah analisis struktur sekunder protein, asam amino pada protein baik asam amino basa maupun asam amino asam, jumlah Hidrogen, jembatan garam Analisis konformasi protein dan juga mengetahui apakah senyawa protein yang di gunakan bersifat rigid atau tidak.
Analisis pertama dilakukan untuk melihat struktur sekunder dari protein. Disini , terdapat informasi mengenai daftar residu (asam amino dan juga basa nukleotida) yang terdapat pada molekul protein ini. Selain daftar nama residu, terdapat juga informasi mengenai faktor -B (faktor temperatur) dan juga struktur sekunder protein yang diwakili dengan warna yang memiliki kode tertentu. Struktur sekunder merupakan kombinasi antara struktur primer yang linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH disepanjang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah alfa helix stuktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida yang terlilit atau terlipat secara berulang (campbell et al.,2009.,conn,2008). Struktur alfa helix terbentuk antara masing- masing atom oksigen karbonil pada suatu ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat ke gugus amida pada suatu ikatan peptida empat residu asam amino disepanjang rantai polipeptida ( murrary et al,2009).
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 13
Selanjutnya dilakukan analisis kedua yaitu menentukan jumlah asam amino basa dan asam amino basa. Dari hasil praktikum diketahui jumlah asam amino dari protein 5n9l ada 50 asam amino asam, dan jumlah asam amino basa ada 65 asam amino basa. Asam amino adalah senyawa organik yang mengandung setidaknya satu kelompok amino (-NH2) dan kelompok karboksil (-COOH). Asam amino adalah bahan penyusun protein mereka bersatu dalam bentuk rantai. Asam amino asam atau asam amino dikarboksilat ada dua yaitu asam aspartat, dan asam Glutamat ,dan yang termaksud asam amino basa ada tiga yaitu Lisin, arginin, dan Histidin.
Selanjutnya dilakukan perhitungan jumlah atom hidrogen, sebelumnya di aplikasi
discovery studio sudah dimunculkan atom Hidrogen sehingga dapat dilakukan perhitunga jumlah atom hidrogen pada aplikasi VMD karena apabila tidak dimunculkan ikatan hidrogennya maka tidak dapat menghitung jumlah atom hidrogennnya. Ikatan hidrogen adalah sebuah interaksi tarik-menarik (dipol-dipol) antara atom yang bersifat elektronegatif dengan atom hydrogen yang terikat pada atom lain yang juga bersifat elektronegatif. Dengan aplikasi VMD dapat dilakukan analisis jumlah ikatan hidrogen pada protein, juga dapat mengetahui asam amino mana yng berperan sebagai akseptor proton dan asam amino mana yang berperan sebagai donor. Dari data praktikum diketahui jumlah hidrogen pada protein 5n9l ada 64 hidrogen. Selanjutnya dilakukan analisis jembatan garam. Jembatan garam dihasilkan dari interaksi antara charged carboxyl atau rantai samping asam amino yang ditemukan pada asam amino seperti asam aspartate, asam glutamate, lisin, dan arginine. Dengan analisis VMD dapat diketahui jumlah jembatan garam dalam suatu protein, beserta asam amino yang berperan, juga jarak setiap jembatan garam. Dari data praktikum didapat ada 18 jembatan garam pada protein 5n9l.
Analisis selanjutnya yang dilakukan adalah analisis konformasi protein yang
dilakukan dengan plot ramachandran. Plot Ramachandran digunakan untuk memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein yang telah ditentukan melalui eksperimen ke dalam koordinat internal. Koordinat internal terdiri dari sudut dihedral Φ (phi) sebagai sumbu x dan sudut ψ (psi) sebagai sumbu y residu asam amino dari struktur protein. Plot ini memperlihatkan konformasi yang mungkin dari sudut Φ dan ψ untuk
Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 14
polipeptida. Dalam plot ramachandran terdapat tiga daerah berwarna, yaitu biru, hijau, dan putih, sedangkan asam amino digambarkan dengan kotak-kotak kecil berwarna kuning. Asam amino yang terletak pada daerah biru merupakan asam amino paling stabil, daerah warna hijau agak stabil, dan daerah warna putih tidak stabil. Analisis terakhir yang dilakukan yaitu untuk mengetahui rigiditas dari struktur protein 5n9l. Struktur protein 5n9l terlihat ada beberapa struktur sekunder protein yang bersifat rigid yang ditandai dengan warna merah, namun ada pula struktur yang flexible. Kesimpulan
Dari hasil praktikum yang dilakukan dapat ditarik kesimpulan bahwa protein 5n9l bersifat rigid atau tidak fleksibel. Dan jumlah dari ikatan hydrogen pada protein ini ada 64 hidrogen dan jumlah jembatan garam pada protein ada 18 jembatan, jumlah asam amino asam pada protein ada 50 dan asam amino basa ada 65. Sdan hasil dari konformasi protein meunjukan bahwa protein 5n9l bersifat stabil karena banyak atom yang berada disekitar daerah berwarna hijau dan biru.
