Anda di halaman 1dari 16

LAPORAN PRAKTIKUM

KIMIA KOMPUTASI

Pengantar Metode Analisis menggunakan VMD

Disusun oleh :

Nama : Maria Gabriela Uba Kelang

NPM : 11151066

Kelas : 3FA2

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

Jalan Soekarno-Hatta No. 754 Cibiru-Bandung

2018

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 1


Tujuan

1. Menentukan jumlah alpha helix dan extended conformation pada protein 5n9l
2. Menentukan jumlah residu asam amino dan basa pada protein 5n9l
3. Menentukan jumlah ikatan Hydrogen pada protein 5n9l
4. Menentukan Jembatan garam dan asan amino yang berperan pada protein 5n9l
5. Menampilkan hasil Ramachandran plot pada protein pada protein 5n9l
6. Menampilkan rigiditas pada protein 5n9l

Prosedur kerja

1. Unduh struktur 5N9L di situs Protein Data Bank (www.pdb.org)dengan kode PDB:
5N9L
2. Karena setiap protein yang kita download sebelumnya belum mengandung atau
belum terlihat adanya atom Hidrogen oleh karena itu untuk menampilkan atom
hydrogen harus menggunakan aplikasi discovery studio
3. Buka aplikasi discovery studio, klik file lalu open
4. Langkah berikutnya klik chemistry hydrogen lalu add,maka akan muncul hydrogen
disekitar struktur protein
5. selanjutnya di save dalam bentuk data bank, lalu close discovery studio
6. Selanjutnya buka aplikasi VMD
7. Buka struktur protein 5N9L yang telah di simpan dengan bentuk file data bank
dengan cara Klik File -> New Molecul, Klik Browse dan pilih file 5N9L_H.pdb yang
telah diunduh.Klik Load.
8. Struktur protein DHFR akan muncul di 3D Display
9. Untuk menampilkan struktur primer dari protein dapat dianalisis dengan memilih
Extensions > Analysis > Sequence Viewer.
10. Buka window TkConsole dengan cara klik Extensions->Tk Console pada Main
Window.

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 2


11. Untuk menentukan jumlah residu asam amino yang bersifat asam pada protein
DHFR. Pada TkConsole, ketik perintah berikut lalu tekan tombol Enter pada
keyboard:
set r_asam [atomselect top "resname ASP GLU and name CA"]
12. Untuk menunjukan jumlah residu asam amino Kemudian masukkan perintah
berikut dan tekan tombol Enter:
$r_asam num
13. Untuk menuntukan Tentukan jumlah residu asam amino yang bersifat basa pada
DHFR dengan menggunakan kedua perintah berikut, dan catat hasilnya:
set r_basa [atomselect top "resname HIS ARG LYS and name CA"]
$r_basa num

14. Selanjutnya, akan dilakukan analisis jumlah ikatan hydrogen pada protein DHFR.
Pada Main Window, klik Extensions->Analysis->Hydrogen bonds.
15. Pada bagian Input options, isi text box Selection 1 dengan“protein”, dan untuk
pilihan Calculate detailed info for, pilih “All hbonds”.
16. Pada bagian Output options, nonaktifkan pilihan Plot the data with MultiPlot,
kemudian aktifkan pilihan Write output to files.
17. Klik tombol Find hydrogen bonds. Hasil akan disimpan pada file bernama
“hbonds.dat” dan “hbonds-details.dat”. Buka kedua file tersebut dan catat jumlah
ikatan hidrogen yang terbentuk dan residu-residu asam amino yang berperan.
18. Selanjutnya, akan dilakukan analisis jembatan garam yang terdapat pada struktur
protein. Klik Extensions->Analysis->Salt bridges pada Main Window.
19. Pada bagian Output options, isi text box Log file dengan “sbridges.dat”, kemudian
klik tombol Find salt bridges.
20. Hasil akan disimpan pada file “sbridges.dat”. Buka file tersebut dan catat jumlah
jembatan garam yang terbentuk dan residuresidu asam amino yang berperan.
21. Analisis konformasi protein dapat dilakukan dengan plot Ramachandran. Caranya
adalah klik menu Extension > Analysis> Ramachandran Plot.
22. Untuk mengetahui rigiditas dari struktur protein, dapat dilakukan dengan cara
menampilkan struktur protein dengan representasi “New Cartoon” dengan metode

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 3


pewarnaan “Beta”. Selanjutnya, buat “Color Scale Bar” melalui Extension
>Visualization > Color Scale Bar.

Data pengamatan

Data protein 5N9l yang terdapat pada protein data bank

Gambar 1

Gambar 2 gambar 3

Sebelum penambahan hidrogen langkah-langkah penambahan hidrogen

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 4


Gambar 4
Setelah penmbahan hidrogen

Gambar 5 gambar 6
Langkah-langkah pada apk VMD Langkah-langkah pada apk VMD

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 5


Gambar 7
Struktur 3D protein
Visualisasi pertama

Gambar 8 gambar 9
Langkah-langkah visualisasi hasil visalisasi struktur sekunder

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 6


gambar 9 gambar 10 gambar 11
hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder

Gambar 12 gambar 13 gambar 14


hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder hasil visalisasi struktur sekunder

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 7


Gambar 15

Visualisasi kedua

Gambar 16 gambar 17
Langkah-langkah visualisasi hasil visualisasi asam amino basa dan asam

Visaulisasi ketiga

Gambar 18 gambar 19
Langkah -langkah visualisasi hidrogen Langkah -langkah visualisasi hidrogen

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 8


Gambar 20 gambar 21 gambar 22
Jumlah hidrogen hidrogen details hidrogen details

Gambar 23
Hidrogen details

Visualisasi keempat

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 9


Gambar 24
Langkah visualisasi

Gambar 25
Hasil visualisasi

Visualisasi kelima

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 10


Gambar 26 gambar 27
Langkah visualisasi Ramacandra hasil visualisasi ramacandra

Visaulisai keenam

Gambar 28 gambar 29

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 11


Gambar 30
Langkah visualisasi rigid

Gambar 31
Hasil visualisai rigid

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 12


Pembahasan

Praktikum kali ini mengenai Pengantar Metode Analisis menggunakan VMD


dimana pada praktikum ini menggunakan aplikasi mvp. Untuk bisa melakukan praktikum
ini diperlukan adanya protein. Protein adalah bagian dari sel dan merupakan bagian
terbesar di dalam tubuh setelah air. Pada praktikum kali ini protein yang digunakan
adalah 5n9l, protein ini telah di donwload sebelumnya pada situs protein data
bank.protein yang telah di donwload dari data bank ternyata belum memunculkan atom
Hidrogennya, sehingga apabila langsung di buka pada aplikasi VMD tidak dapat
menghitung jumlah atom hdrogennya oleh karena itu untuk memunculkan Hidrogen pada
protein ini digunakan aplikasi discovery studio,setelah didapatkannya protein dengan
atom hidrogen sehingga dapat dilakukan analisis senyawa protein pada aplikasi VMD.
Pada praktikum ini dilakukan analisis pada protein 5n9l diantaranya adalah analisis
struktur sekunder protein, asam amino pada protein baik asam amino basa maupun asam
amino asam, jumlah Hidrogen, jembatan garam Analisis konformasi protein dan juga
mengetahui apakah senyawa protein yang di gunakan bersifat rigid atau tidak.

Analisis pertama dilakukan untuk melihat struktur sekunder dari protein. Disini ,
terdapat informasi mengenai daftar residu (asam amino dan juga basa nukleotida) yang
terdapat pada molekul protein ini. Selain daftar nama residu, terdapat juga informasi
mengenai faktor -B (faktor temperatur) dan juga struktur sekunder protein yang diwakili
dengan warna yang memiliki kode tertentu. Struktur sekunder merupakan kombinasi
antara struktur primer yang linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan
=NH disepanjang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah alfa helix
stuktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida yang terlilit atau terlipat secara
berulang (campbell et al.,2009.,conn,2008). Struktur alfa helix terbentuk antara masing-
masing atom oksigen karbonil pada suatu ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat
ke gugus amida pada suatu ikatan peptida empat residu asam amino disepanjang rantai
polipeptida ( murrary et al,2009).

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 13


Selanjutnya dilakukan analisis kedua yaitu menentukan jumlah asam amino basa
dan asam amino basa. Dari hasil praktikum diketahui jumlah asam amino dari protein
5n9l ada 50 asam amino asam, dan jumlah asam amino basa ada 65 asam amino basa.
Asam amino adalah senyawa organik yang mengandung setidaknya satu kelompok
amino (-NH2) dan kelompok karboksil (-COOH). Asam amino adalah bahan penyusun
protein mereka bersatu dalam bentuk rantai. Asam amino asam atau asam amino
dikarboksilat ada dua yaitu asam aspartat, dan asam Glutamat ,dan yang termaksud
asam amino basa ada tiga yaitu Lisin, arginin, dan Histidin.

Selanjutnya dilakukan perhitungan jumlah atom hidrogen, sebelumnya di aplikasi


discovery studio sudah dimunculkan atom Hidrogen sehingga dapat dilakukan perhitunga
jumlah atom hidrogen pada aplikasi VMD karena apabila tidak dimunculkan ikatan
hidrogennya maka tidak dapat menghitung jumlah atom hidrogennnya. Ikatan hidrogen
adalah sebuah interaksi tarik-menarik (dipol-dipol) antara atom yang bersifat
elektronegatif dengan atom hydrogen yang terikat pada atom lain yang juga bersifat
elektronegatif. Dengan aplikasi VMD dapat dilakukan analisis jumlah ikatan hidrogen
pada protein, juga dapat mengetahui asam amino mana yng berperan sebagai akseptor
proton dan asam amino mana yang berperan sebagai donor. Dari data praktikum
diketahui jumlah hidrogen pada protein 5n9l ada 64 hidrogen. Selanjutnya dilakukan
analisis jembatan garam. Jembatan garam dihasilkan dari interaksi antara charged
carboxyl atau rantai samping asam amino yang ditemukan pada asam amino seperti
asam aspartate, asam glutamate, lisin, dan arginine. Dengan analisis VMD dapat
diketahui jumlah jembatan garam dalam suatu protein, beserta asam amino yang
berperan, juga jarak setiap jembatan garam. Dari data praktikum didapat ada 18
jembatan garam pada protein 5n9l.

Analisis selanjutnya yang dilakukan adalah analisis konformasi protein yang


dilakukan dengan plot ramachandran. Plot Ramachandran digunakan untuk
memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein yang telah ditentukan melalui
eksperimen ke dalam koordinat internal. Koordinat internal terdiri dari sudut dihedral Φ
(phi) sebagai sumbu x dan sudut ψ (psi) sebagai sumbu y residu asam amino dari struktur
protein. Plot ini memperlihatkan konformasi yang mungkin dari sudut Φ dan ψ untuk

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 14


polipeptida. Dalam plot ramachandran terdapat tiga daerah berwarna, yaitu biru, hijau,
dan putih, sedangkan asam amino digambarkan dengan kotak-kotak kecil berwarna
kuning. Asam amino yang terletak pada daerah biru merupakan asam amino paling stabil,
daerah warna hijau agak stabil, dan daerah warna putih tidak stabil. Analisis terakhir yang
dilakukan yaitu untuk mengetahui rigiditas dari struktur protein 5n9l. Struktur protein 5n9l
terlihat ada beberapa struktur sekunder protein yang bersifat rigid yang ditandai dengan
warna merah, namun ada pula struktur yang flexible.
Kesimpulan

Dari hasil praktikum yang dilakukan dapat ditarik kesimpulan bahwa protein 5n9l bersifat
rigid atau tidak fleksibel. Dan jumlah dari ikatan hydrogen pada protein ini ada 64 hidrogen
dan jumlah jembatan garam pada protein ada 18 jembatan, jumlah asam amino asam
pada protein ada 50 dan asam amino basa ada 65. Sdan hasil dari konformasi protein
meunjukan bahwa protein 5n9l bersifat stabil karena banyak atom yang berada disekitar
daerah berwarna hijau dan biru.

Daftar pustaka

Online.https://www.scribd.com

Online. kombiomed.co.id/2011/10/hm-plot-ramachandran.html.

Saridewi,intan .pengantar metode analisis menggunakan VMD.PDF

Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 15


Maria Gabriela Uba Kelang 3 Fa2 16