Anda di halaman 1dari 36

UJI AKTIVITAS ANTIINFLAMASI EKSTRAK ETANOL DAUN

JARAK MERAH ( Jatropha gossypifolia ) SECARA IN VITRO DENGAN


METODE STABILISASI MEMBRAN HRBC (HUMAN RED BLOOD
CELL)

PROPOSAL

ARYATI CAHYARAMDHANI
G 701 15 049

PROGRAM STUDI FARMASI JURUSAN FARMASI


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS TADULAKO

MARET 2018
UJI AKTIVITAS ANTIINFLAMASI EKSTRAK ETANOL DAUN
JARAK MERAH ( Jatropha gossypifolia ) SECARA IN VITRO DENGAN
METODE STABILISASI MEMBRAN HRBC (HUMAN RED BLOOD
CELL)

A. LATAR BELAKANG

Di indonesia penyakit yang melibatkan proses inflamasi di dalam tubuh angka

kejadiannya cukup tinggi. Prevalensi nasional Penyakit Diabetes Melitus adalah

2,1%, Prevalensi nasional Penyakit Asma adalah 4,5%, Prevalensi nasional

Dermatitis adalah 6,8%, Prevalensi nasional Infeksi Saluran Pernafasan Akut

adalah 25,50%. Prevalensi nasional Pnemonia adalah 2,13%, Prevalensi nasional

Penyakit Sendi adalah 24,7%, Prevalensi nasional Penyakit Tumor/Kanker

adalah 0,4%, Prevalensi nasional Hepatitis adalah 1,2%, Prevalensi nasional

Dermatitis adalah 6,8%, penyakit tersebut termasuk penyakit yang terdapat

reaksi inflamasi (Dinkes, 2013).

Inflamasi merupakan suatu respon jaringan terhadap rangsangan fisik atau


kimiawi yang merusak. Rangsangan ini menyebabkan lepasnya mediator
inflamasi seperti histamin, serotonin, bradikinin, dan prostaglandin yang
menimbulkan reaksi radang berupa panas, nyeri, merah, bengkak, dan disertai
gangguan fungsi. Kerusakan sel yang terkait dengan inflamasi berpengaruh
pada selaput membran sel yang menyebabkan leukosit mengeluarkan enzim-
enzim lisosomal dan asam arakhidonat. Metabolisme asam arakhidonat
menghasilkan prostaglandin-prostaglandin yang mempunyai efek pada
pembuluh darah, ujung saraf, dan pada sel-sel yang terlibat dalam inflamasi
(Katzung, 2004).

Obat antiinflamasi adalah golongan obat yang memiliki aktivitas menekan


atau mengurangi peradangan. Aktivitas ini dapat dicapai melalui berbagai
cara, yaitu menghambat pembentukan mediator radang, menghambat migrasi

1
sel leukosit ke daerah radang atau menghambat pelepasan prostaglandin dari
sel tempat pembentukannya. (Roberts & Morrow, 2001)

Berdasarkan mekanisme kerja obat antiinflamasi terbagi dalam dua golongan,


yaitu obat antiinflamasi golongan steroid dan non steroid. Obat antiinflamasi
yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat adalah obat antiinflamasi non
steroid (OAINS). Penggunaan OAINS berkaitan dengan sejumlah efek
samping termasuk perubahan fungsi ginjal, efek pada tekanan darah,
kerusakan hati dan inhibisi platelet yang dapat mengakibatkan resiko
pendarahan. Efek samping yang paling penting dari OAINS adalah efek
terhadap gastrointestinal dan kardiovaskular. (Ong et al, 2007)

Indonesia merupakan salah satu negara dengan kekayaan hayati terbesar di


dunia yang memiliki lebih dari 30.000 spesies tanaman tingkat tinggi. Hingga
saat ini, tercatat 7000 spesies tanaman telah diketahui khasiatnya namun
kurang dari 300 tanaman yang digunakan sebagai bahan baku industri farmasi
secara regular. Sekitar 1000 jenis tanaman yang telah diidentifikasi dari aspek
botani sistematik tumbuhan dengan baik. WHO pada tahun 2008 mencatat
bahwa 68% penduduk dunia masih menggantungkan sistem pengobatan
tradisional yang mayoritas melibatkan tumbuhan untuk menyembuhkan
penyakit dan lebih dari 80% penduduk dunia menggunakan obat herbal untuk
mendukung kesehatan mereka (Saifudin, et.al., 2011).

Tanaman yang biasanya digunakan masyarakat untuk antiinflamasi antara


lain daun jambu biji, kunyit, daun kumis kucing, daun dewa, dan biji kelabet.
Pada tanaman jarak merah (Jatropha gossypifolia) masih jarang masyarakat
indonesia yang menggunakan jarak merah sebagai obat traditional
(Sampurno, 2007). Ada beberapa hasil penelitian terbukti daun jarak merah
(Jatropha gossypifolia) dengan dosis 500 mg – 2000 mg dengan ektrak air
dapat menghambat inflamasi 14.2% - 38.6% (Yerramsetty, 2013). Bagian
akar jarak merah (Jatropha gossypifolia) dengan dosis 100 mg/kg – 200
mg/kg ektrak metanol dapat menghambat inflamasi 50.99% - 64.24% (Panda

2
B.B et.al, 2009). Kandungan yang diduga sebagai antiinflamasi pada daun
jarak merah (Jatropha gossypifolia) adalah flavanoid (MS Khyade, 2011)

Efek antiinflamasi telah diamati pada flavonoid dan tanin. Flavonoid seperti
quercetin diketahui efektif dalam mengurangi peradangan akut. Flavonoid
tertentu memiliki aktivitas penghambatan ampuh terhadap berbagai enzim
seperti protein kinase C, tirosin kinase protein, fosfolipase A2, fosfodiesterase
dan lainnya (Kumar et al, 2012)

Sel darah merah (eritrosit) manusia telah banyak digunakan sebagai model
studi interaksi obat dengan membran. Seperti obat yang memiliki efek
anestesi dan obat antiinflamasi non steroid (OAINS) dapat mencegah
lepasnya hemoglobin (Hb) dari sel darah merah (eritrosit) ketika terjadi
kondisi hipotonik. Teori ini digunakan sebagai metode yang sangat berguna
untuk menilai aktivitas anti inflamasi dari bermacam-macam senyawa secara
in vitro (Kumar, 2012). Chowdhury et al, 2014 dalam penelitiannya
menggunakan metode ini untuk melakukan uji aktivitas antiinflamasi dari
ekstrak Gardenia coronaria Leaves. Penelitian yang dilakukan oleh
Prakatindih 2014 juga menggunakan metode ini untuk menguji aktivitas
antiinflamasi kitosan yang telah diradiasi. Melihat metode ini cukup efektif
untuk melihat efek antiinflamasi secara in vitro serta potensi yang dimiliki
oleh tumbuhan jarak merah (Jatropha gossypifolia) khususnya bagian daun
sebagai anti inflamasi, maka pada penelitian ini akan dilakukan uji aktivitas
antiinflamasi ekstrak etanol daun jarak merah secara in vitro dengan metode
stabilisasi membran HRBC (Human Red Blood Cell).

3
B. RUMUSAN MASALAH
Berdasarkan latar belakang di atas, dapat dirumuskan masalah yaitu apakah
ekstrak etanol daun jarak merah (Jatropha gossypifolia) memiliki efek
antiinflamasi ditinjau dari jumlah hemoglobin (Hb) yang dilepaskan oleh sel
darah merah ?

C. TUJUAN PENELITIAN
Adapun tujuan penelitian ini yaitu menguji efek antiinflamasi dari ekstrak
etanol daun jarak merah (Jatropha gossypifolia) ditinjau dari jumlah
hemoglobin (Hb) yang dilepaskan oleh sel darah merah.

D. MANFAAT PENELITIAN
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan tambahan informasi dan ilmu
pengetahuan, tentang antiinflamasi dan potensi daun jarak merah (Jatropha
gossypifolia) sebagai antiinflamasi alami, serta hasil penelitian ini diharapkan
dapat menjadi refrensi untuk penelitian lebih lanjut di masa yang akan datang.

E. BATASAN MASALAH
Masalah pada penelitian ini dibatasi pada pengujian aktivitas antiiflamasi
ekstrak etanol daun jarak merah (Jatropha gossypifolia) secara in vitro
dengan metode stabilisasi membran HRBC (Human Red Blood Cell)

4
F. TINJAUAN PUSTAKA

1. Tinjauan Umum Tanama Famili Theaceae

1.1. Ciri Umum

Secara umum tanaman teh berakar dangkal, peka terhadap keadaan


fisik tanah, dan cukup sulit untuk dapat menembus lapisan tanah.
Pertumbuhan akar ke arah lateral, penyebarannya dibatasi oleh perdu
di dekatnya. Ada dua varietas utama tanaman teh. Varietas berdaun
kecil (Camellia sinensis) dan berdaun lebar (Camellia assamica).
Mula–mula berkilat, tetapi semakin tua bertambah suram dan kasar.
Bijinya berwarna coklat beruang tiga. Berkulit tipis, berbentuk bundar
di satu sisi dan datar di sisi lain. Biji berbelah dua dengan kotiledon
(cotyledone) besar, yang jika dibelah akan secara jelas memperlihatkan
embrio akar dan tunas. Buah yang masih muda, berwarna hijau, bersel
tiga, dan berdinding tebal. Mula – mula berkilat, tetapi semakin tua
bertambah suram dan kasar. Bijinya berwarna coklat beruang tiga.
Berkulit tipis, berbentuk bundar di satu sisi dan datar di sisi lain. Biji
berbelah dua dengan kotiledon (cotyledone) besar, yang jika dibelah
akan secara jelas memperlihatkan embrio akar dan tunas (Wongso W.
2011).

1.2. Kandungan Kimia

Kandungan kimia daun teh sangat bervariasi tergantung pada jenis


klon, musim dan kondisi tanah, perlakuan kultur teknis, umur daun,
dan banyaknya sinar matahari yang diterima (Pusat Penelitian Teh dan
Kina, 2008).

Komposisi senyawa kimia yang terkandung dalam teh sangat


kompleks, terdiri atas polifenol (katekin dan turunannya), senyawa-

5
senyawa ksantin (kafein, teofilin, dan teobromin), asam amino,
karbohidrat, protein, klorofil, senyawa-senyawa volatil, fluor, mineral,
dan senyawa-senyawa kelumit. Turunan polifenol terdapat dalam
jumlah yang paling banyak dan memiliki potensi aktivitas antioksidan,
baik in vitro maupun in vivo (Wu dan Wei, 2002).

1.3. Khasiat dan Manfaat

Katekin teh bersifat antimikroba (bakteri dan virus), antioksidan,


antiradiasi, memperkuat pembuluh darah, melancarkan sekresi air seni,
dan menghambat pertumbuhan sel kanker (Tariq & Reyaz, 2012;
Aigbodion & Marcell, 2013).

Khasiat yang dimiliki oleh komponen kimia dalam teh adalah sebagai
anti-inflamasi, anti oksidasi, anti alergi, dan anti obesitas (Khan &
Mukhtar, 2007). Beberapa penelitian menunjukkan bahwa senyawa
aktif yang terdapat pada teh juga dapat mencegah berbagai penyakit,
seperti mengurangi kadar kolesterol dan mencegah penyakit jantung
(Rathee et al 2012), berpotensi sebagai antioksidan (Jang et al., 2007;
Izzreen & Fadzelly, 2013), dan dapat menjadi salah satu alternatif
dalam menangani penyakit infeksi bakteri (Tariq & Reyaz, 2012).

2. HIV / AIDS

Gambar 1. Struktur HIV

6
Virus HIV (Human Immunodeficiency Virus) adalah retrovirus yang
termasuk dalam famili lentivirus. Retrovirus mempunyai kemampuan
menggunakan RNA-nya dan DNA penjamu untuk membentuk Virus DNA
dan dikenali selama periode inkubasi yang panjang dan utamanya
menyebabkan munculnya tanda dan gejala AIDS. HIV menyebabkan
beberapa kerusakan sistem imun dan menghancurkannya. Hal tersebut
terjadi dengan menggunakan DNA dari manusia dimana CD4+ dan limfosit
digunakan untuk mereplikasikan diri, dalam proses ini, virus tersebut
menghancurkan CD4+ dan limfosit (Ninuk & Nursalam, 2008).

Sampai dengan saat ini dikenal dua serotip HIV yang menginfeksi manusia,
yaitu HIV tipe1 (HIV-1) dan HIV tipe 2 (HIV-2). HIV-1 lebih mematikan
dan lebih mudah masuk kedalam tubuh. HIV-1 maupun HIV-2 mempunyai
struktur yang hampir sama, HIV-1 mempunyai gen vpu (protein u virus)
tetapi tidak mempunyai vpx (protein x virus), sedangkan sebaliknya HIV-2
mempunyai vpx tetapi tidak mempunyai vpu. Perbedaan struktur genom ini
walaupun sedikit, diperkirakan mempunyai peranan dalam menentukan
patogenitas dan perbedaan perjalanan penyakit diantara kedua tipe HIV
tersebut, karena HIV-1 yang lebih sering ditemukan, maka penelitian-
penelitian klinis dan laboratoris lebih sering dilakukan terhadap HIV-1
(Boisee et al, 2008).

Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS) adalah kumpulan gejala


penyakit akibat menurunnya sistem kekebalan tubuh. Penyebabnya adalah
HIV. Sesudah terjadi infeksi HIV, penderita awalnya tidak memperlihatkan
gejala–gejala khusus. Setelah beberapa minggu, orang yang terinfeksi akan
sering menderita penyakit ringan sehari–hari seperti flu dan diare. Pada
periode 3 sampai 4 tahun kemudian penderita penyakit memperlihatkan
gejala khas atau disebut periode tanpa gejala. Pada saat ini penderita sehat
dan dari luar juga nampak sehat. Sesudahnya, tahun ke 5 atau 6 mulai timbul
diare berulang, penurunan berat badan secara mendadak, sering sariawan di
mulut, serta terjadi pembengkakan di kelenjar getah bening dan pada

7
akhirnya bisa terjadi berbagai penyakit infeksi, kanker, dan bahkan kematian
(Efendi F. & Makhfudli, 2009).

3. Antiretrovirus (Anti-HIV)

Mekanisme kerja obat antiretrovirus yaitu, inhibitor transkriptase balik


nukleosida, inhibitor transkriptase balik nonnukleosida, dan inhibitor
protease. Enzim transkriptase balik mengonversi RNA virus menjadi DNA
provirus sebelum penggabungannya ke dalam kromosom sel inang. Karena
obat–obat ini mencegah infeksi akut pada sel–sel yang rentan tetapi efeknya
kecil pada sel yang terinfeksi HIV. Inhibitor transkriptase balik
nonnukleosida merupakan golongan senyawa–senyawa sintetik yang
berbeda secara kimia yang bekerja memblokir aktivitas enzim transkriptase
balik dengan berikatan di dekat sisi aktif enzim, sehingga menginduksi
perubahan konformasi di sisi ini. Obat–obat ini tidak hanya memiliki
mekanisme kerja yang sama tetapi juga mempunyai beberapa profil
toksisitas dan resisten yang sama (Goodman & Gilman, 2015).

Mekanisme kerja inhibitor protease HIV–1 adalah dimer yang terdiri dua
monomer 99–asam amino: tiap monomer menyumbangkan satu asam
aspartat untuk membentuk sisi katalitik. Sebaliknya protease manusia hanya
memiliki satu rantai polipeptida. Perbedaan struktur semacam ini
memungkinkan inhibitor protease HIV untuk memiliki afinitas terhadap
protease HIV 1000 kali lebih besar dari pada terhadap aspartil protease
manusia. Protease HIV penting untuk kemampuan infeksi virus dan
mencegah poliprotein virus menjadi enzim–enzim virus aktif dan protein–
protein struktur (Goodman & Gilman, 2015).

4. Kimia Komputasi

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori
yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat–

8
sifat molekul dan perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan
simulasi terhadap sistem–sistem besar (atau banyak molekul protein gas,
cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada
sistem kimia nyata (Priyanto B, 2007).

5. Moleculer Docking

Moleculer docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk


mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Moleculer
docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang
lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil (funkhouser, 2007).

Dalam bidang pemodelan molekul, docking adalah metode untuk


memprediksi orientasi yang lebih diutamakan dari suatu molekul ketika
terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Informasi
ulang orientasi ini digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau
afinitas ikatan antara dua molekul yang digunakan misalnya fungsi
penilaian. Hubungan antara molekul biologis yang relavan seperti protein,
asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memainkan peran sentral dalam
transduksi sinyal. Selanjutnya, orientasi relative dari dua pasangan yang
berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Docking
berguna untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan.
Docking sering digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan kandidat obat
bermolekul kecil terhadap target proteinnya untuk memprediksi afinitas dan
aktivitas molekul kecil. Maka docking memaikan peran penting dalam
desain obat secara rasional (mukesh & Rakesh, 2011).

6. Skirining Virtual

Skrining virtual telah menjadi bagian integral dari proses penemuan obat.
Sebagian besar telah berfokus pada pertanyaan seperti bagaimana kita bisa
menyaring ruang kimia yang sangat besar dari lebih dari 10 senyawa yang
dapat dikompromikan ke nomor yang dapat dikelola yang dapat disintesis
dan diuji. Skrining virtual lebih praktis berfokus pada perancangan dan

9
optimalisasi perpustakaan kombinatorial yang ditargetkan dan memperkaya
perpustakaan senyawa yang tersedia dari gudang senyawa atau penawaran
vendor. Tujuan skrining virtual adalah untuk menghasilkan struktur kimia
baru yang mengikat target makromolekul serta pengurangan ruang kimia
maya yang sangat besar dari molekul organik kecil, untuk mensintesis
protein target khusus, ke senyawa yang menghambat atau memiliki
kesempatan tertinggi sebagai obat (Mannhold R. dkk, 2011).

7. Autodock

Autodock merupakan program penambahan molekul yang efektif yang


secara cepat dan akurat dapat memprediksi konformasi dan energi dari suatu
ikatan antara ligan dan target makromolekul. Autodock terdiri dari dua
program utama, yatu autodock dan autodock grid. Autodock untuk
melakukan penambahan molekul ligan dan protein target dengan set grid
yang telah terdiskripsi. Pendiskripsian ini dilakukan sebelumnya dengan
autogrid. Untuk memungkinkan pencarian konformasi, autodock
membutuhkan ruang pencarian dalam sistem koordinat dimana posisi ligan
dianggap akan terikat (Morris et al, 2009).

8. PyMOL

PyMOL merupakan salah satu program visualisasi molekuler open source


yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya
dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek
tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui
pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu
hasil visualisasi molekuler agar lebih berkualitas (Hidayat, A. N., 2010).

9. Cygwin

Cygwin adalah kumpulan besar GNU dan Open Source yang meyediakan
fungsionalitas yang serupa dengan distribusi Linux di Windows. Cygwin
juga menyediakan fungsionalitas POSIX API yang subtansial (Cygwin,

10
2016).

10. ChemDraw

ChemDraw adalah alat gambar lengkap yang memungkinkan membuat


gambar cerdas ilmiah yang siap pakai untuk digunakan di ELN, database,
dan publikasi serta untuk database kimia, termasuk SciFinder®.
(Chemdraw, 2016).

11. Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB; http://www.rcsb.org/pdb/) adalah sebuah


dokumen atau kumpulan data eksperimen struktur tiga dimensi dari
makromolekul biologis, yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500
(Berman, at al., 2000). Termasuk protein dari asam nukleat. Molekul-
molekul tersebut adalah molekul yang ditemukan di semua organisme
termasuk bakteri, ragi, tanaman, lalat, hewan lain, dan manusia. Informasi
ini dapat digunakan untuk membantu menyimpulkan peran struktur dalam
kesehatan manusia dan penyakit, dan dalam pengembangan obat. Struktur
yang terdapat dalam arsip ini mulai dari protein dan potongan–potongan
DNA sampai molekul kompleks seperti ribosom. (RCSB, 2014).

12. YASARA

YASARA adalah program grafis, pemodelan dan simulasi molekul untuk


Windows, Linux, Mac OS X dan Android yang dikembangkan sejak tahun
1993, yang akhirnya membuat sangat mudah untuk menjawab pertanyaan
Anda. Dengan antarmuka pengguna yang intuitif, grafis fotorealistik dan
dukungan untuk kacamata shutter yang terjangkau, display
autostereoscopic dan perangkat input, YASARA menciptakan tingkat
interaksi baru dengan 'realitas buatan', yang memungkinkan peneliti untuk

11
berfokus pada tujuan peneliti dan melupakan detail dari program (Yasara,
2013).

YASARA didukung oleh PVL (Portable Vector Language), kerangka


pengembangan baru yang memberikan kinerja jauh di atas perangkat lunak
tradisional. PVL memungkinkan peneliti untuk memvisualisasikan bahkan
protein terbesar dan memungkinkan simulasi real – time interaktif sejati
dengan medan gaya yang sangat akurat pada PC standar, memanfaatkan
GPU jika tersedia. Anda dapat mendorong dan menarik molekul di sekitar
dan bekerja dengan model dinamis, bukan gambar statis (Yasara, 2013).

12
G. METODE PENELITIAN

1. Lokasi dan Waktu Penelitian

1.1. Lokasi Penelitian

Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboraturium Terpadu Jurusan


Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Tadulako.

1.2. Waktu Penelitian

Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan


Februari 2018.

2. Bahan Penelitian

Model enzim protease pada virus HIV-1 yang di download dari situs
Protein Data Bank (www.rscb.org/pdb/home).

Selain itu, diperlukan juga data struktur senyawa kimia dari tanaman
famili Theaceae yang diambil dari website KNApSAcK dengan kata kunci
Camelia sejumlah 249 senyawa, Gordonia sejumlah 10 senyawa dan Thea
sinensis 12 senyawa (lihat di lampiran 1).

3. Alat yang digunakan

Perangkat lunak yang digunakan yaitu, Sistem Operasi Windows 10 Pro,


chemdraw digunakan untuk membangun struktur senyawa metabolit
Theaceae, YASARA digunakan untuk mempreparasi protein atau enzim
protease yang akan digunakan, Autodock digunakan untuk mendocking,

13
PyMol digunakan untuk perhitungan RMSD dan Cygwin digunakan dalam
analisis senyawa yang telah di docking.

Perangkat keras yang digunakan pada penelitian ini adalah Laptop merek
Acer dengan processor Intel (R) Core (TM) i5-5200U CPU @ 2.20 GHz,
memory 4 GB RAM.

4. Populasi, Sampel dan Teknik Pengambilan Sampel

4.1. Populasi

Populasi pada penelitian ini adalah senyawa metabolit yang terdapat


pada famili Theaceae (genus Apterosperma, Camellia, Dankia,
Franklinia, Gordonia Polyspora, Pyrenaria, Schima, dan Stewartia).

4.2. Sampel

Sampel pada penelitian yang digunakan adalah senyawa metabolit


yang terdapat pada famili Theaceae yang terdapat pada situs
KNApSAcK.

4.3. Teknik Pengambilan Sampel

Pengambilan sampel dilakukan secara purposive sampling dimana


sampel yang digunakan diambil dari website KNApSAcK
(http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/). Alasan dipilihnya website
KNApSAcK dalam pengambilan sampel yaitu, karena website
tersebut mempunyai data senyawa metabolit yang luas dan lengkap.

5. Prosedur Kerja

5.1. Penyiapan Senyawa Metabolit

Senyawa metabolit yang terdapat pada famili Theaceae yang telah


diketahui (sebanyak 241 senyawa metabolit) diuduh pada website
knapsack (http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/) selanjutnya yang

14
dilakukan yaitu, mengubah dimensi senyawa metabolit tersebut
menjadi 3D dan dioptimasi strukturnya dengan metode PM3
menggunakan aplikasi YASARA.

5.2. Penyiapan Enzim Protease

Mengunduh Enzim Protease HIV-1 melalui website www.pdb.org.


Kemudian, digunakan perangkat lunak YASARA untuk memisahkan
ligan native dari enzim sehingga memperoleh berkas ligan native,
disimpan enzim (tanpa ligan) dengan mengabaikan keberadaan H2O
dalam ekstensi pdb. Ligan native yang telah disimpan dalam format
pdb. dibuka kembali dalam perangkat lunak ADT, untuk
menambahkan hidrogen (H) pada ligan, dan disimpan dalam ekstensi
.pdbqt sedangkan enzim disimpan dalam ekstensi .pdbqt tanpa
ditambahkan hidrogen (H).

5.3. Redocking Molekul Ligan dengan Autodock

Dibuat folder baru yang berisi file ligand.pdbqt dan enzim.pdbqt.


Setelah folder dibuat disiapkan file parameter grid (GPF) dan docking
file parameter (DPF) dengan menggunakan Autodocktools (ADT).
Semua file yang ada disatukan dalam satu folder. Kemudian,
dilakukan stimulasi docking dengan aplikasi Autodock di cygwin.

5.4. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul

Posisi dan orientasi ligan native pada makromolekul, serta asam–


asam amino yang terikat pada ligan divisualisasikan dengan perangkat
lunak PyMOL. Kemudian, dihitung nilai dari RMSD (Root Mean
Square Deviantion). Bila nilai RMSD <2Å, maka protokol redocking
dinyatakan sudah valid.

5.5. Docking Senyawa Metabolit

15
Enzim yang tersimpan dalam format .pdbqt dicopy ke dalam folder
Autodock, bersama dengan file GPF dan DPF sebelumnya serta file
molekul senyawa uji. Selanjutnya, dilakukan stimulasi docking
dengan aplikasi Autodock pada cygwin.

5.6. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul Senyawa Metabolit

Nilai docking dari masing–masing senyawa uji tersebut kemudian


dibandingkan dengan skor docking native ligand yang diperoleh dari
protokol yang dipilih. Hasil docking dianalisis dan divisualisasi mode
interaksi ligand–reseptornya dengan menggunakan software PyMol.

16
H. DAFTAR PUSTAKA

Aigbodion, O.B., & Marcell, I. (2013). Microbiological characteristics and


phytochemical screening of some herbal teas in Nigeria. European
Scientific Journal, 9(8), 149-160.

Berman, H. M., et al. (2000). The Protein Data Bank. Oxford University
Press.

Boisee L., Gill J., & Power C. (2008). HIV infection of the central nervous
system clinical features and neuropathogenesis. Neurol Clin.

Chemdraw. (2016). Chemdraw : diperoleh dari website chemdram :


https://ist.mit.edu/chemdraw. Diakses pada 20 Agustus 2017.

Curtis BM, Scharnowske S, Watson AJ (1992). "Sequence and expression of


a membrane-associated C-type lectin that exhibits CD4-independent
binding of human immunodeficiency virus envelope glycoprotein
gp120". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (17): 8356–60. PMC 49917  .
PMID 1518869. doi:10.1073/pnas.89.17.8356.

Cygwin. (2016). Cygwin : Get that Linux feeling – on windows : diperoleh


dari website cygwin : https://www.cygwin.com/ . Diakses pada 20
Agustus 2017.

Dalgleish AG, Beverley PC, Clapham PR, Crawford DH, Greaves MF, Weiss
RA (1984). "The CD4 (T4) antigen is an essential component of the

17
receptor for the AIDS retrovirus". Nature. 312 (5996): 763–7.
PMID 6096719. doi:10.1038/312763a0.

de Witte L, Bobardt M, Chatterji U, Degeest G, David G, Geijtenbeek TB,


Gallay P (2007). "Syndecan-3 is a dendritic cell-specific attachment
receptor for HIV-1". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (49):
194649.PMC 2148312 .PMID 18040049.doi:10.1073/pnas.0703747104

Goodman & Gilman. (2015). Dasar Farmakologi Terapi Vol. 3. Jakarta :


EGC.

Gupta R., Hill A., Sawyer A.W., and Pillay D. Emergence of drug resistance
in HIV type 1-infected patients after receipt of first-line highly active
antiretroviral therapy: a systematic review of clinical trials. Clinical
Infectious Diseases 47: 712-722. September 1, 2008.

Hidayat, A. N. (2010). Bioinformatika Indonesia : Visualisasi gambar


menggunakan pymol. Diperoleh dari website Bioinformatika :
http://www.bioinformatika.org/tutorial/bioinformatika-struktural/visuali
sasi-molekuler/visualisasigambarmenggunakanpymol. Diakses 07
November 2017.

Horn, T. (2012). Transmitted HIV Drug Resistance on the Rise in U.S.,


http://www.aidsmeds.com/articles/hiv_drug_resistance_1667_221
18.shtml. Diakses tanggal 07 November 2017.

Izzren, N.Q.M.N., & Fadzelly, M.A.B. (2013). Phytochemicals and


antioxidant properties of different parts of Camellia sinensis leaves
from Sabah tea plantation in Sabah, Malaysia. International Food
Research Journal, 20(1), 307-312.

18
Jang, H.D., Chang, K.S., Huang, Y.S., Hsu, C.L., Lee, S.H., & Su, M.S.
(2007). Principal phenolic phytochemicals and antioxidant activities of
three Chinese medicinal plants. Food Chemistry, 103, 749-756.

Khan, N., & Mukhtar, H. (2007). Tea polyphenols for health promotion. Life
Science, 81, 519-533.

Liu S, Lu H, Zhao Q, He Y, Niu J, Debnath AK, Wu S, Jiang S. (2005).


Theaflavin derivatives in black tea and catechin derivatives in green tea
inhibit HIV-1 entry by targeting gp41. Biochimica et Biophysica Acta
(BBA)-General Subjects.;1723(1):270-81.

Mannhold R., Kubinyi H., Folkers G. (2011). Virtual Screening, principles,


challenges, and practical guidelines volume 48. WILEY-VCH.
Germany.

Mbisa JL et al. Evidence of self-sustaining drug resistant HIV-1 lineages


among untreated patients in the UK. Clinical Infectious Diseases,
advance online publication. doi: 10.1093/cid/civ393. 2015.

Morris, G. M., dkk. (2009). AutoDock Version 4.2 : Automated Docking of


flexible ligands to flexible reseptors. La Jolla, California, U.S.A. the
scripps research institute.

Murni S., Green C. W., Djauzi S. Setiyanto A., Okta S. (2016). Hidup dengan
HIV-AIDS. Yayasan Spiritia. Yogyakarta.

Nakamura Y., et al. (2017). KNApSAcK : A Comprehensive Spesies-


Metabolite Reactionship Database : Diperoleh dari website :
Kanaya.naist.jp/knapsack/. Diakses pada 28 Desember 2017.

19
Nance CL, Siwak EB, Shearer WT. (2009). Preclinical development of the
green tea catechin, epigallocatechin gallate, as an HIV-1 therapy.
Journal of Allergy and Clinical Immunology.123(2):459-65.

Pusat Penelitian Teh dan Kina. (2008). Petunjuk teknis pengelolaan teh (p.
109). Gambung: Pusat Penelitian Teh dan Kina.

Prianto B. (2007). Pemodelan Kimia Komputasi. Peneliti Bidang Material


Dirgantara. LAPAN. Jakarta.

Rathee, J.S., Hassarajani, S.A., & Chattopadhyay, S. (2007). Antioxidant


activity of Nyctanthes arbortristis leaf extract. Food Chemistry, 103,
1350-135.

RCSB. (2014). About the PDB archive and the RCSB PDB. Diperoleh dari
website Protein Data Bank :
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_informasi/about_pdb/inde
x.html

Setyamidjaja D. (2000). Teh Budidaya dan Pengolahan Pasca Panen.


Gramedia. Jakarta.

Tariq, A.L., & Reyaz, A.L. (2012). Phytochemical analysis of Camellia


sinensis leaves. Int. J. of Drug Development and Research, 4(4), 311-
316.

Yunuar A. (2012). Penambatan molekuler: penambatan molekular praktek


dan aplikasi pada virtual screening. Depok.

Wongso W. W. (2011). Kisah dan Khasiat Teh. Gramedia. Jakarta.

20
Wu, C. D., & Wei, G., (2002). Tea as a functional Food for Oral Health 18,
443-444.

Yasara. (2013). YASARA : Yet Another Scientific Artificial Reality


Application : diperoleh dari website YASARA : www.yasara.org/.
Diakses pada 26 Oktober 2017.

I. LAMPIRAN
1. Senyawa Metabolit dari Famili Theaceae

No Metabolite Molecular Organisme


formula

1 Gibberellin A1 C19H24O6 Camellia sinensis

2 Gibberellin A3 C19H22O6 Camellia sinensis

3 Gibberellin A12 C20H28O4 Camellia sinensis

4 Gibberellin A15 C20H26O4 Camellia sinensis

5 Gibberellin A19 C20H26O6 Camellia sinensis

6 Gibberellin A20 C19H24O5 Camellia sinensis

7 Gibberellin A38 C20H26O6 Camellia sinensis

8 Gibberellin A51 C19H24O5 Camellia sinensis

9 Gibberellin A53 C20H28O5 Camellia sinensis

10 (-)-Jasmonic acid C12H18O3 Camellia sinensis,

Camellia
japonica,

Camellia
sasanqua

11 Methyl jasmonate C13H20O3 Camellia sinensis,

Camellia
japonica,

Camellia
sasanqua

21
12 Dihydroquercetin C15H12O7 Camellia sinensis

13 (+)-Catechin C15H14O6 Camellia sinensis

14 (-)-Epicatechin C15H14O6 Camellia sinensis,

Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE,

Camellia
japonica

15 (+)-Epicatechin C15H14O6 Camellia sinensis

16 epi-Gallocatechin 3-O-gallate C22H18O11 Camellia sinensis

17 Theasinensin A C44H34O22 Camellia sinensis

18 cis-Jasmone C11H16O Camellia sinensis

19 Indole C8H7N Camellia sinensis

20 Caffein C8H10N4O2 Camellia sinensis,

Camellia sinensis
var. Sinensis,

Camellia
irawadiensis,

Camellia
taliensis,

Camellia kissi

21 Theobromine C7H8N4O2 Camellia sinensis,

Camellia
irawadiensis,

Camellia
taliensis,

Camellia
ptilophylla

22 Theophylline C7H8N4O2 Camellia sinensis

23 3-O-Galloylquinic acid C14H16O10 Camellia sinensis

24 3-O-Caffeoylquinic acid C16H18O9 Camellia sinensis,

Thea sinensis

25 Epigallocatechin-(4beta->8)- C37H30O17 Camellia sinensis


epicatechin-3-O-gallate

26 Prodelphinidin B4 C30H26O14 Camellia sinensis

27 Procyanidin B4 C30H26O12 Camellia sinensis

22
28 (E)-Citral C10H16O Camellia sinensis

29 Barringtogenol C C30H50O5 Camellia sinensis

30 Theasaponin C59H92O27 Camellia sinensis

31 Kaempferol C15H10O6 Camellia sinensis

32 Pollenitin C16H12O7 Camellia sinensis

33 Trifolin C21H20O11 Camellia sinensis,

Camellia sinensis
(L.) O.KUNTZE

34 Astragalin C21H20O11 Camellia sinensis

35 Camelliaside C C27H30O16 Camellia sinensis

36 Nicotiflorin C27H30O15 Camellia sinensis

37 Kaempferol 3-glucosyl-(1->3)- C33H40O20 Camellia sinensis


rhamnosyl-(1->6)-galactoside

38 Kaempferol 3-(3Rha- C33H40O20 Camellia sinensis


glucosylrutinoside)

39 Camelliaside B C32H38O19 Camellia sinensis

40 Camelliaside A C33H40O20 Camellia sinensis

41 Herbacetin 7-methyl ether 3- C22H22O12 Camellia sinensis


glucoside

42 Hirsutrin C21H20O12 Camellia sinensis

43 Quercetin 3-glucosyl-(1->3)- C33H40O21 Camellia sinensis


rhamnosyl-(1->6)-galactoside

44 Quercetin 3-(3R-glucosylrutinoside) C33H40O21 Camellia sinensis

45 Myricetin 3-O-galactoside C21H20O13 Camellia sinensis

46 Isomyricitrin C21H20O13 Camellia sinensis

47 Meloside A C27H30O15 Camellia sinensis

48 6,8-Di-C-beta-D- C25H26O13 Camellia sinensis


arabinopyranosylapigenin

49 Vicenin 3 C26H28O14 Camellia sinensis

50 Tricetinidin C15H11O6 Camellia sinensis

51 Id aein C21H21O11 Camellia sinensis,

Camellia spp.

52 Empetrin C21H21O12 Camellia sinensis

53 (+)-Dihydrokaempferol C15H12O6 Camellia sinensis

23
54 Leucocyanidin C15H14O7 Camellia sinensis

55 Epiafzelechin C15H14O5 Camellia sinensis

56 (+)-Gallocatechin C15H14O7 Camellia sinensis

57 (-)-Epigallocatechin C15H14O7 Camellia sinensis

58 (-)-Epicatechin 3-O-gallate C22H18O10 Camellia sinensis

59 Epicatechin 3-O-(3-O-methylgallate) C23H20O10 Camellia sinensis

60 Epicatechin 3,5-di-O-gallate C29H22O14 Camellia sinensis

61 Gallocatechin 3-O-gallate C22H18O11 Camellia sinensis

62 Epigallocatechin 3-O-(3-O- C23H20O11 Camellia sinensis


methylgallate)

63 Gallocatechin 3'-O-gallate C22H18O11 Camellia sinensis

64 Epigallocatechin 3,5,-di-O-gallate C29H22O15 Camellia sinensis

65 Epigallocatechin 3,3',-di-O-gallate C29H22O15 Camellia sinensis

66 Epigallocatechin 3,4',-di-O-gallate C29H22O15 Camellia sinensis

67 Epigallocatechin 3-O-p-coumarate C24H20O9 Camellia sinensis

68 Epigallocatechin 3-O-caffeate C24H20O10 Camellia sinensis

69 Theasinensin B C37H30O18 Camellia sinensis

70 Procyanidin B2 C30H26O12 Camellia sinensis

71 Procyanidin C1 C45H38O18 Camellia sinensis

72 Gallocatechin-(4alpha->8)- C30H26O13 Camellia sinensis


epicatechin

73 3-O-Galloylepicatechin-(4beta->6)- C44H34O20 Camellia sinensis


epicatechin-3-O-gallate

74 Catechin-(4alpha->8)-epicatechin-3- C37H30O16 Camellia sinensis


O-gallate

75 Epicatechin-(4beta->8)-epicatechin- C37H30O16 Camellia sinensis


3-O-gallate

76 3-O-Galloylepicatechin-(4beta->8)- C44H34O20 Camellia sinensis


epicatechin-3-O-gallate

77 3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta- C44H34O22 Camellia sinensis


>6)-epigallocatechin-3-O-gallate

78 Gallocatechin-(4alpha->8)- C37H30O18 Camellia sinensis


epigallocatechin-3-O-gallate

79 Epigallocatechin-(4beta->8)- C37H30O18 Camellia sinensis


epigallocatechin-3-O-gallate

24
80 3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta- C44H34O22 Camellia sinensis
>8)-epigallocatechin-3-O-gallate

81 Theaflavin C29H24O12 Camellia sinensis

82 Theaflavin 3-O-gallate C36H28O16 Camellia sinensis

83 Theaflavin 3'-O-gallate C36H28O16 Camellia sinensis

84 Theaflavin 3,3'-di-O-gallate C43H32O20 Camellia sinensis

85 Delphinidin 3-O-beta-D-(6-O-(E)-p- C30H27O14 Camellia sinensis


coumaryl)galactopyranoside

86 trans-p-Feruloyl-beta-D- C16H20O9 Camellia sinensis


glucopyranoside

87 Theadibenzotropolone A C50H38O21 Camellia sinensis

88 Kaempferol 3-rhamnosyl-(1->3)- C33H40O19 Camellia sinensis


rhamnosyl-(1->6)-glucoside

89 Kaempferol 3-rhamnosyl-(1->3)(4'''- C35H42O20 Camellia sinensis


acetylrhamnosyl)(1->6)-glucoside

90 Xanthine C5H4N4O2 Camellia sinensis

91 1-(R)-Phenylethyl beta-D- C14H20O6 Camellia sinensis


glucopyranoside

92 1-(S)-Methylbutyl-beta-D- C11H22O6 Camellia sinensis


glucopyranoside

93 alpha-Terpineol C10H18O Camellia sinensis

94 Chakaflavonoside A C48H56O27 Camellia sinensis

95 Chakanoside I C14H18O7 Camellia sinensis

96 Chakasaponin I C59H92O26 Camellia sinensis

97 Chakasaponin II C62H92O27 Camellia sinensis

98 Chakasaponin III C59H92O27 Camellia sinensis

99 Chakasaponin V C63H98O27 Camellia sinensis

100 Chakasaponin VI C59H92O26 Camellia sinensis

101 Floratheasaponin B C62H96O27 Camellia sinensis

102 Floratheasaponin C C62H98O27 Camellia sinensis

103 Floratheasaponin D C60H94O26 Camellia sinensis

104 Floratheasaponin E C63H98O27 Camellia sinensis

105 Floratheasaponin F C63H100O27 Camellia sinensis

106 Floratheasaponin G C60H94O26 Camellia sinensis

25
107 Floratheasaponin H C62H96O27 Camellia sinensis

108 Floratheasaponin I C60H94O26 Camellia sinensis

109 Salicylaldehyde C7H6O2 Camellia sinensis

110 Theasaponin A1 C57H90O26 Camellia sinensis

111 Theasaponin A2 C59H92O27 Camellia sinensis

112 Theasaponin A3 C61H94O28 Camellia sinensis

113 Theasaponin A4 C58H92O27 Camellia sinensis

114 Theasaponin A5 C60H94O28 Camellia sinensis

115 Theasaponin C1 C57H90O25 Camellia sinensis

116 Theasaponin E1 C59H90O27 Camellia sinensis

117 Theasaponin E2 C59H90O27 Camellia sinensis

118 Theasaponin E3 C57H88O26 Camellia sinensis

119 Theasaponin E4 C59H90O27 Camellia sinensis

120 Theasaponin E5 C61H92O28 Camellia sinensis

121 Theasaponin E6 C57H88O26 Camellia sinensis

122 Theasaponin E7 C59H90O27 Camellia sinensis

123 Theasaponin E8 C59H90O27 Camellia sinensis

124 Theasaponin E9 C61H92O28 Camellia sinensis

125 Theasaponin F1 C58H90O27 Camellia sinensis

126 Theasaponin F2 C60H92O28 Camellia sinensis

127 Theasaponin F3 C60H92O28 Camellia sinensis

128 Theasaponin G1 C57H88O25 Camellia sinensis

129 Theasaponin H1 C58H90O26 Camellia sinensis

130 trans-p-Coumaroyl beta-D- C15H18O8 Camellia sinensis


glucopyranoside

131 Neotheaflavin 3-O-gallate C36H28O16 Camellia sinensis

132 Theaflavate B C36H28O15 Camellia sinensis

133 3-Keto-beta-ionone C13H18O2 Camellia sinensis

134 Isotheaflavin C29H24O12 Camellia sinensis

135 Methyl phenyl carbinol C8H10O Camellia sinensis

136 Camelliasaponin B1 C58H90O26 Camellia sinensis,

Camellia

26
japonica

137 Camelliasaponin C1 C58H92O26 Camellia sinensis,

Camellia
japonica

138 Isovitexin C21H20O10 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE

139 Vitexin C21H20O10 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE

140 Isoschaftoside C26H28O14 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE

141 Benzyl beta-D-glucopyranoside C13H18O6 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE

142 Floratheasaponin A C59H92O26 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE

143 Icariside B5 C19H32O8 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE

144 L-Theanine C7H14N2O3 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE,

Camellia oleifera

145 Theasaponin B1 C65H94O27 Camellia sinensis


(L.) O.KUNTZE,

Camellia sinensis
var. Sinensis

146 Naringenin C15H12O5 Camellia sinensis


var. assamica

147 Epiafzelechin 3-O-gallate C22H18O9 Camellia sinensis


var. Assamica

148 Epicatechin 3-O-(4-O-methylgallate) C23H20O10 Camellia sinensis


var. Assamica

149 Epicatechin 3-O-p-hydroxybenzoate C22H18O8 Camellia sinensis


var. Assamica

150 Epigallocatechin 3-O-cinnamate C24H20O8 Camellia sinensis


var. Assamica

151 Desgalloyl theasinensin F C30H26O13 Camellia sinensis


var. Assamica

152 Theasinensin F C44H34O21 Camellia sinensis


var. assamica

153 Desgalloyl theaflavonin C36H32O20 Camellia sinensis


var. assamica

27
154 Theaflavonin C43H36O24 Camellia sinensis
var. assamica

155 Assamicain A C44H36O22 Camellia sinensis


var. assamica

156 Assamicain C C44H36O22 Camellia sinensis


var. assamica

157 Procyanidin B3 C30H26O12 Camellia sinensis


var. Assamica,

Camellia
japonica

158 Catechin-(4alpha->8)- C30H26O13 Camellia sinensis


epigallocatechin var. Assamica,

Camellia sinensis
var. Viridis

159 Theogallinin C36H32O21 Camellia sinensis


var. Assamica

160 Theaflagallin C20H16O9 Camellia sinensis


var. Assamica

161 Epitheaflagallin 3-O-gallate C27H20O13 Camellia sinensis


var. Assamica,

Camellia sinensis
var. Viridis

162 TR-Saponin A C51H76O20 Camellia sinensis


var. Assamica

163 TR-Saponin B C51H78O20 Camellia sinensis


var. Assamica

164 TR-Saponin C C51H80O21 Camellia sinensis


var. Assamica

165 Isotheasaponin B1 C63H92O26 Camellia sinensis


var. Sinensis

166 Isotheasaponin B2 C63H92O26 Camellia sinensis


var. Sinensis

167 Theasinensin C C30H26O14 Camellia sinensis


var. Viridis

168 8-C-Ascorbyl epigallocatechin 3-O- C28H24O17 Camellia sinensis


gallate var. Viridis

169 Epicatechin-(4beta->8)-epicatechin- C36H36O17 Camellia sinensis


3-O-glucoside var. Viridis

170 3-O-Galloylepiafzelechin-(4beta->6)- C44H34O20 Camellia sinensis


epigallocatechin-3-O-gallate var. Viridis

28
171 3-O-Galloylepicatechin-(4beta->6)- C44H34O21 Camellia sinensis
epigallocatechin-3-O-gallate var. Viridis

172 Catechin-(4alpha->8)- C37H30O17 Camellia sinensis


epigallocatechin-3-O-gallate var. Viridis

173 3-O-Galloylepicatechin-(4beta->8)- C44H34O21 Camellia sinensis


epigallocatechin-3-O-gallate var. Viridis

174 3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta- C44H34O21 Camellia sinensis


>6)-epicatechin-3-O-gallate var. Viridis

175 3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta- C44H34O21 Camellia sinensis


>8)-epicatechin-3-O-gallate var. Viridis

176 Epigallocatechin-(2beta->7,4beta- C37H28O18 Camellia sinensis


>8)-epigallocatechin-3-O-gallate var. Viridis

177 Oolongtheanin C36H28O17 Camellia sinensis


var. Viridis

178 Oolonghomobisflavan A C45H36O22 Camellia sinensis


var. Viridis

179 Oolonghomobisflavan B C45H36O22 Camellia sinensis


var. Viridis

180 Assamsaponin A C57H88O25 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

181 Assamsaponin B C61H92O28 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

182 Assamsaponin C C59H90O27 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

183 Assamsaponin D C59H92O27 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

184 Assamsaponin E C59H92O26 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

185 Assamsaponin F C62H94O29 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

186 Assamsaponin G C60H92O28 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

187 Assamsaponin H C60H92O28 Camellia sinensis


var. assamica
PIERRE

29
188 Assamsaponin I C60H92O28 Camellia sinensis
var. assamica
PIERRE

189 Theacrine C9H12N4O3 Camellia


assamica var.
kucha

190 Pedunculagin C34H24O22 Camellia


japonica

191 Tellimagrandin I C34H26O22 Camellia


japonica

192 Camellidin I C55H86O25 Camellia


japonica

193 Camellidin II C53H84O24 Camellia


japonica

194 Cyanidin 3-arabinoside C20H19O10 Camellia


japonica

195 Hyacinthin C30H27O13 Camellia


japonica,

Camellia
sasanqua,

Camellia hiemalis

196 Camelliatannin F C48H34O26 Camellia


japonica

197 Camelliatannin G C49H34O29 Camellia


japonica

198 Camelliatannin C C49H38O28 Camellia


japonica

199 Camelliatannin E C49H38O28 Camellia


japonica

200 Camelliatannin A C49H36O27 Camellia


japonica

201 Camelliatannin B C49H36O27 Camellia


japonica

202 Camelliasaponin A1 C58H92O25 Camellia


japonica

203 Camelliasaponin A2 C58H92O25 Camellia


japonica

204 Camelliasaponin B2 C58H90O26 Camellia


japonica

205 Camelliasaponin C2 C58H92O26 Camellia


japonica

30
206 Camellioside A C53H84O24 Camellia
japonica,

Camellia
sasanqua

207 Camellioside B C55H86O25 Camellia


japonica,

Camellia
sasanqua

208 Camellioside C C53H82O23 Camellia


japonica,

Camellia
sasanqua

209 Camellioside D C54H88O24 Camellia


japonica

210 Maragenin II C29H44O2 Camellia


japonica

211 Sasanquol C30H52O Camellia


sasanqua

212 3-O-(2-O-beta-Xylopyranosyl-6-O- C35H35O17 Camellia


(Z)-p-coumaroyl)-beta- reticulata
galactopyranoside

213 Cyanidin 3-O-(2-O-beta- C26H29O15 Camellia


xylopyranosyl)-beta- reticulata
galactopyranoside

214 Cyanidin 3-O-(2-O-beta- C35H35O18 Camellia


xylopyranosyl-6-O-(E)-caffeoyl)- reticulata
beta-galactopyranoside

215 Cyanidin 3-O-(2-O-beta- C35H35O17 Camellia


xylopyranosyl-6-O-(E)-p- reticulata
coumaroyl)-beta-galactopyranoside

216 Cyanidin 3-O-(2-O-beta- C28H31O16 Camellia


xylopyranosyl-6-O-acetyl)-beta- reticulata
galactopyranoside

217 Cyanidin 3-O-(2-O-beta- C28H31O16 Camellia


xylopyranosyl-6-O-acetyl)-beta- reticulata
glucopyranoside

218 Kaempferol 3-(2G- C33H40O20 Camellia oleifera


glucosylrutinoside)

219 Cyanin C27H31O16 Camellia sp.

220 Quercetin 3-xylosyl-(1->2)- C32H38O20 Camellia


rhamnosyl-(1->6)-glucoside saluenensis,

Camellia

31
saluensis

221 Gordonoside H C53H84O20 Gordonia


chrysandra

222 Gordonoside B C54H86O18 Gordonia


chrysandra

223 Gordonoside C C54H86O18 Gordonia


chrysandra

224 Gordonoside E C54H86O17 Gordonia


chrysandra

225 Gordonoside F C54H86O17 Gordonia


chrysandra

226 Gordonoside G C54H86O17 Gordonia


chrysandra

227 Gordonoside D C53H84O17 Gordonia


chrysandra

228 Gordonoside A C26H38O5 Gordonia


chrysandra

229 3beta,11alpha-Diacetoxy-13beta- C34H54O6 Gordonia


hydroxyolean-12-one ceylanica

230 3beta-Acetoxy-11alpha,13beta- C32H52O5 Gordonia


dihydroxyolean-12-one ceylanica

231 Brassinolide C28H48O6 Thea sinensis

232 Castasterone C28H48O5 Thea sinensis

233 Typhasterol C28H48O4 Thea sinensis

234 Teasterone C28H48O4 Thea sinensis

235 28-Norcastasterone C27H46O5 Thea sinensis

236 28-Homocastasterone C29H50O5 Thea sinensis

237 trans-2-Hexenal C6H10O Thea sinensis

238 (Z)-3-Hexenal C6H10O Thea sinensis

239 cis-3-Hexen-1-ol C6H12O Thea sinensis

240 Hexanal C6H12O Thea sinensis

241 Linalyl oxide C10H18O2 Thea sinensis

32
2. Skema Kerja

a. Penyiapan Senyawa Metabolit

Senyawa metabolit (241 senyawa)

- diunduh

Senyawa metabolit 2D

- diubah dimensi menggunakan Chem3D

Senyawa metabolit 3D

- dioptimasi menggunakan YASARA

Senyawa metabolit 3D (.pdbqt)

b. Penyiapan Enzim Protease

Enzim protease HIV-1

- diunduh

Enzim protease HIV-1 (.pdb)

- dipisahkan ligan native dari enzim


menggunakan YASARA

Enzim (tanpa ligan) Ligan native (.pdb)

- dihapus H2O + Hidrogen (H)


menggunakan ADT menggunakan ADT

Enzim (.pdbqt) Ligan native (.pdbqt)

33
c. Redocking Molekul Ligan dengan Autodock

Ligand.pdbqt dan enzim.pdbqt

- disimpan dalam folder baru

file parameter grid (gpf) dan file parameter docking (dpf)

- disiapkan menggunakan ADT


- disimpan dalam folder yang berisi
ligand.pdbqt dan enzim.pdbqt

Folder siap docking

- distimulasi docking menggunakan


Autodock di cygwin

Hasil docking (.pdbqt)

it 3D (.pdbqt)
d. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul

Hasil docking (.pdbqt)

- divisualisasikan menggunakan PyMOL

- dihitung nilai RMSD pada PyMOL

Bila RMSD <2Å, maka protokol redocking


yang digunakan sudah vaild

e. Docking Senyawa Metabolit

enzim.pdbqt, senyawa metabolit (.pdbqt), file


parameter grid (gpf) dan file parameter docking (dpf)

- dicopy dalam satu folder baru

Folder siap docking

- distimulasi docking menggunakan


Autodock di cygwin

Hasil docking (.pdbqt)

it 3D (.pdbqt)
34
f. Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul Senyawa Metabolit

Hasil docking tiap senyawa metabolit (.pdbqt)

- dicatat masing-masing nilai docking

- dibandingkan dengan skor docking native


ligand yang diperoleh sebelumnya

Hasil docking (.pdbqt)

- divisualisasikan menggunakan PyMOL

- dihitung nilai RMSD pada PyMOL

Analisis mode interaksi ligand-reseptornya

Dianalisis

35