Bioinformatika merupakan disiplin ilmu dalam bidang biologi molekular, ilmu komputer, dan

teknologi informasi. Bidang ilmu ini berkaitan erat dengan penggunaan teknologi berupa
komputer dalam menyimpan, menampilkan, dan memanipulasi informasi terkait. Penggunaan
komputer tidak terlepas dari rumitnya tugas dan data yang digunakan. Bioinformatika memiliki
dua subbidang berupa pengembangan alat dan basis data serta pengaplikasian alan dan data
tersebut. Aplikasi yang dapat dilakukan dengan bioinformatika meliputi filogenetik, predeksi
struktur dan fungsi, variabel genetik, jalur metabolisme, dan identifikasi targen obat. Aplikasi
lain yang dapat digunakan dengan bioinformatika adalah penambatan molekul.

Pengertian Penambatan Molekul

Penambatan molekul (molecular docking) merupakan prosedur yang menggunakan komputer
untuk memprediksi ikatan nonkovalen makromolekul, molekul besar (reseptor), dan molekul
kecil (ligan). Prosedur ini bertujuan memprediksi model ikatan dominan antara ligan dengan
protein yang telah diketahui struktur tiga dimensinya. Prediksi ikatan molekul kecil dan protein
tersebut sangat penting dalam penampisan molekul virtual mirip obat untuk menemukan
senyawa penuntun untuk pengembangan obat selanjutnya. Penambatan molekul ini dapat
digunakan untuk penampisan senyawa besar, pengurutan hasil, dan pembuatan hipotesis
bagaimana sebuah ligan menghambat suatu reseptor. Penggunaan metode panambatan molekular
memberikan manfaat mempersempit fokus riset, menghemat biaya penelitian, dan
mengefektifkan waktu dan biaya penelitian.

Prinsip Penambatan Molekul

Penambatan molekul dilakukan berdasarkan prinsip bahwa reseptor membentuk kompleks
dengan ligan. Ikatan ini terpengaruh oleh struktur enzim yang kaku dan fleksibel. Penambatan
molekul akan mencari kandidat konformasi ikatan reseptor dengan ligan secara komputasional
menggunakan algoritma pencarian. Perangkat lunak akan melakukan fungsi perhitungan mencari
nilai energi bebas ikatan Gibbs (?G), kecocokan energi (memprediksi afinitas ikatan), dan
kandidat konformasi ikatan reseptor dengan ligan, kecocokan geometris (menemukan metode
ikatan yang paling mungkin). Energi bebas ikatan sebanding dengan afinitas ligan dan ikatannya
terhadap protein. Interaksi protein dan ligan akan terbentuk apabila kompleks yang dihasilkan
memiliki energi bebas ikatan bernilai rendah. Semakin negatif energi ikatan bebas maka afinitas
ligan terhadap proteinnya semakin kuat. Energi bebas ikatan yang rendah juga menunjukkan
ikatan ligan dan reseptor yang stabil. Hasil analisis juga mendapatkan posisi dan ikatan ligan
terhadap reseptor.

Syarat Penambatan Molekul

Berikut beberapa syarat yang harus dipenuhi untuk melakukan prosedur penambatan molekul:

Basis Data (Database)

Salah satu syarat pelaksanaan penambatan molekul adalah adanya struktur protein reseptor yang
dikehendaki. Reseptor atau target proses penambatan diperoleh dari hasil eksperimen seperti
spektroskopi NMR atau pun kristalografi sinar-x. Ligan dan reseptor yang dikehendaki
didapatkan melalui basis data/pangkalan data/database berikut ini

 Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) merupakan basis data yang berisi kumpulan arsip mengenai struktur
makromolekul biologi dari seluruh dunia. Basis data ini didirikan oleh Brookhaven National
Laboratories (BNL) pada tahun 1971. Data struktur makromolekul biologi dalam bentuk tiga
dimensi ini didapatkan melalui eksperimen menggunakan teknik kristalografi sinar X, resonansi
magnet inti (Nuclear Magnetic Resonance [NMR]), dan mikroskopi cyro-electron. Hasil
percobaan tersebut kemudian diproses dengan program komputer sehingga mendapatkan model
molekul yang sesuai dengan eksperimen. Basis data ini dapat digunakan untuk mencari struktur
protein reseptor yang hendak ditambatkan.

 ZINC

ZINC merupakan basis data yang berisi senyawa-senyawa komersil yang dapat digunakan untuk
keperluan penambatan molekul ataupun penampisan virtual. Basis data ini disediakan oleh
Laboratorium Shoichet, Departemen Kimia Farmasi, Universitas California San Fracisco dan
arsip senyawa yang tersedia dipasok oleh Cambridge, ChemDiv, Ryan, Asinex, Sigma-Aldrich,
Maybridge, Specs, Cogmenex, dan Otava. Basis data ini digunakan untuk mencari struktur ligan.

 Pubchem

Pubchem merupakan basis data berisi senyawa organik, sifat-sifat senyawa, dan struktur tiga
dimensi senyawa tersebut. Basis data Pubchem dikelolah oleh National Institute of Health (NIH),
National Library of Medicine, Amerika Serikat. Basis data ini umum digunakan untuk mencari
struktur ligan yang akan digunakan dalam proses penambatan.

Perangkat Lunak

Syarat lain untuk melakukan prosedur penambatan ialah adanya perangkat lunak yang hendak
digunakan. Perangkat lunak ini berfungsi dalam proses modifikasi berkas (file) struktur tiga
dimensi yang diperoleh dari basis data. Perangkat lunak ini juga berfungsi dalam melakukan
fungsi pencarian kecocokan energi serta kecocokan geometris antara ligan dengan reseptor.
Keberhasilan penambatan molekul bergantung pada algoritma pencarian dan fungsi perhitungan
ligan-protein.

 Discovery Studio

Discovery studio merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh Dassault Systemes
Biova. Perangkat ini dapat digunakan dalam berbagai hal seperti memvisualisasi berkas (file)
struktur sebuah molekul, menjalankan simulasi kimia, mengidentifikasi interaksi antara reseptor
dengan ligan, dan masih banyak lagi. Perangkat lunak ini digunakan untuk melakukan perbaikan
terhadap berkas struktur reseptor yang didapat dari basis data (database) dan juga mengkonversi
format berkas (file) sehingga dapat digunakan oleh program lainnya. Aplikasi ini juga dapat
digunakan untuk menganalisis hasil penambatan molekul, namun pada artikel selanjutnya kita
tidak menggunakan aplikasi Discovery Studio.

 AutoDockTools

AutoDockTools merupakan aplikasi front-end dari aplikasi Autodock dan Autodock Vina.
Program AutoDockTools dalam penambatan molekul dapat digunakan dalam mengubah struktur
ligan atau reseptor yang digunakan, mencari parameter grid yang sesuai, menjalankan
penambatan, hingga menganalisa hasil penambatan. Sayangnya, fitur menjalankan penambatan
tidak dapat digunakan akibat adanya pesan galat sehingga fitur ini dijalankan langsung
menggunakan aplikasi Autodock Vina.

 Autodock Vina

Autodock Vina merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh The Scripps Research
Institute. Perangkat lunak ini berfungsi dalam melakukan fungsi pencarian dan penilaian
sehingga percobaan mendapatkan data mengenai kecocokan energi dan geomeris. Perangkat ini
tidak memiliki antar muka grafis, sehingga penggunanya harus terbiasa dengan antar muka teks
walaupun perintah yang digunakan sebarnya sangat sederhana. Penggunaan perangkat lunak
Autodock Vina disebabkan oleh manfaat yang dimilikinya berupa mudah digunakan, residu yang
digunakan bersifat fleksibel, akurat, dan cepat.

 LigPlot+

LigPlot+ merupakan perangkat lunak antar muka grafis dari perangkat lunak LIGPLOT dan
DIMPLOT. Perangkat lunak ini dikembangkan oleh Roman Laskowski. LigPlot+ digunakan
pada proses penambatan dalam analisis hasil penambatan molekul. Penggunaan perangkat ini
disebabkan oleh hasil yang lebih jelas dan mudah dimengerti.

Simpulan
Penambatan molekul (molecular docking) merupakan prosedur yang menggunakan komputer
untuk memprediksi ikatan nonkovalen makromolekul, molekul besar (reseptor), dan molekul
kecil (ligan). Prosedur ini digunakan untuk mengetahui interaksi antara ligan dan protein
reseptor. Prosedur ini membutuhkan beberapa syarat agar dapat digunakan diantaranya basis data
dan perangkat lunak.