Anda di halaman 1dari 10

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

PENENTUAN ENERGI PROTEIN NH3 MENGGUNAKAN SOFTWARE


GAUSSIAN

Oleh :
Ismi Aulia Syafira
081511533006

Dosen pembimbing : Dr. Faidhur Rohman, M.Si.

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS AIRLANGGA
2018
TUJUAN

Menentukan energy dari senyawa NH3 menggunakan software Gaussian 09

DASAR TEORI

Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang


dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows
NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah
diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan
animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika
molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan
program kimia kuantum yang lain. Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan
model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum
(semiempiris dan ab initio). Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi
Monte Carlo dan molecular dynamics (MD).
Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:
 Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)
 Display Molekul (Molecular Display)
 Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
 Metode Komputasi (Computational Methods)
Kimia Komputasi
Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan
potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau
perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari
pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau
simulasi Metropolis Monte Carlo.
Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi
geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular,
simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1. Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari
struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi).
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk
mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi
normal dari suatu struktur teropti-misasi. Spektrum teroptimisasi dapat
ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat
dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil
yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector
Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat
dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di
dalam HyperChem 5.
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem
molekular. Waktu pemanasan, keseim-bangan dan pendinginan dapat diterapkan
dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang
bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan
atau tenperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa
memasukkan secara implisit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeks-plorasi konfigurasi
yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan
sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh sistem yang
sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

Hasil Perhitungan Dengan Hyperchem Prediksi:


HyperChem dapat diunakan untuk menentukan beberapa sifat dan
struktur antara lain :
 Stabilitas relatif dari beberapa isomer
 Panas pembentukan
 Energi aktivasi
 Muatan atom
 Beda energi HOMO-LUMO
 Potensial Ionisasi
 Afinitas elektron
 Momen dipol
 Tingkat energi elektronik
 Energi korelasi elektron
Simulasi
 Interaksi Docking
 Pengaruh temperatur pda gerakan molekul
 Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
 Interaksi intermolekular pada kluster
Optimasi Struktur Molekul
HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika
kuantum dan mekanika molekular dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur,
simulasi dinamika molekul dan pengaturan sesuai kehendak peng-guna. Dengan
program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah.
Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan
yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur
teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan
isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia.
HyperChem mempunyai 4 jenis metode optimasi, yaitu:
 A steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar
menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pad struktur awal.
 Conjugate gradient (Fletcher-Reeves and Polak-Ribiere) untuk mencapai
konvergensi yang efisien.
 Block-diagonal Newton-Raphson (hanya untuk MM+), yang memindahkan satu
atom pada suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan keduanya.
Program HyperChem merupakan perangkat lunak kimia komputasi yang
sangat sesuai bagi peneliti pemula atau mahasiswa dalam mempelajari pemodelan
molekul. Perangkat lunak ini sangat interaktif dan dipermudah dengan visualisasi
yang sangat memadai. Visualisasi molekul sangat diperlukan dalam memodelkan
molekul. Fasilitas menu yang lengkap akan mempermudah mahasiswa dalam
menjalankan program sekaligus memvisualisasi hasil perhitungan.

Perhitungan Dengan Metode Gabungan


HyperChem memungkinkan kita untuk menjalankan perhi-tungan kuantum
terhadap sebagian dari sistem molekular, misalnya terhadap solut, sedangkan sisanya
dihitung menggunakan metode klasik. Tehnik gabungan ini (QM/MM misalnya)
dapat dijalankan untuk semua metode kuantum, hanya saja agak terbatas untuk
pemakaian metode ab initio.
Mekanika Molekuler

HyperChem dapat digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul 3D,
dengan pilihan 4 metode mekanika molekular, teknik optimasi geometri untuk menda patkan
struktur stabil, dan teknik dinamika molekular untuk mendapatkan pencarian konformasi dan
menginvestigasi perubahan struktur.

Penerapan metode mekanika molekular:


 Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struk-tur analog (deret homolog).

 Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selktifnya.

 Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk per-hitungan dengan
metode kimia kuantum.

 Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antarareaktif.

Gaussian merupakan salah satu software yang cukup powerful dalam bidang
komputasi kimia. Gaussian dapat menghitung struktur energi (pita energi) dari suatu
molekul dengan menggunakan beberapa metode, seperti Density functional theory (DFT),
ZINDO, dan CIS. Saat ini gaussian sudah mencapai versi gaussian 09. Fitur-fiturnya pun
juga selalu ditambah dan dilengkapi. Gaussian bisa digunakan untuk menjalankan
perhitungan di fasa gas, cair dan padat, bisa untuk simulasi (BOMD), berjalan di platform
PC hingga HPC.
Gaussian adalah perangkat lunak atau program kimia komputasi yang dibuat
pertama kali oleh Sir John A. Pople dan perangkat lunak paling populer saat ini. Nama
dari perangkat lunak ini diambil dari penggunaan orbital Gaussian yang digunakan
sebagai basis perhitungan komputer. GAUSSIAN memiliki kemampuan untuk
melakukan perhitungan kimia kuantum secara ab initio maupun semi empiris. Versi
terakhir dari GAUSSIAN adalah GAUSSIAN seri 03 (diambil dari dua angka terakhir
tahun 2003) yang kemudian mengalami perbaikan dua kali, GAUSSIAN 03 c.01 dan
GAUSSIAN 03 c.02. Hak cipta pertama GAUSSIAN dimiliki oleh Universitas Carnegie
Mellon dan saat ini berpindah tangan ke Gaussian Inc.. Berkat pengembangan
GAUSSIAN dan beberapa teori yang dihasilkannya, Pople kemudian memperoleh
penghargaan Nobel pada tahun 1998.
Gaussian berguna untuk pemodelan fluoresensi pada senyawa ini: GaussView
dapat langsung membuka file dari Protein Data Bank (file PDB). Dengan menambahkan
hidrogen ke struktur yang diambil saat diimpor atau di lain waktu.Program ini juga dapat
melihat, memanipulasi dan memodifikasi struktur menggunakan rantai PDB, jenis residu
dan / atau nomor, dan informasi substruktur PDB lainnya yang ada dalam file asli. Residu
dan informasi lainnya dapat disimpan sepanjang pengeditan molekul dan eksekusi kerja.
Molekul dapat dimodelkan melalui perhitungan MO: MM menggunakan fasilitas
ONIOM Gaussian: GaussView memudahkan untuk menentukan lapisan ONIOM
berdasarkan berbagai kriteria. Untuk molekul ini, menugaskan atom oleh residu PDB
seringkali merupakan yang paling mudah. GaussView mengidentifikasi jenis atom
mekanika molekul dan muatan parsial secara otomatis dalam banyak kasus. Hal ini juga
mudah untuk menemukan jenis atom yang hilang dan untuk menentukan / memodifikasi
jenis dan biaya sesuai keinginan.
Gaussian menggabungkan parameter MM standar untuk Amber dan medan gaya
lainnya dan juga memungkinkan Anda menentukan parameter MM sesuai kebutuhan.
Fitur embedding ONIOM Gaussian elektronik mencakup semua efek lingkungan protein
tanpa mengabaikan istilah dalam kopling MM dengan perawatan QM kromofor. Molekul
pelarut eksplisit dapat dimasukkan dalam perhitungan (misalnya, molekul air di atas).
GaussView bisa langsung membuka file dari Protein Data Bank (file PDB). Ini dapat
menambahkan hidrogen ke struktur yang diambil saat diimpor atau di lain waktu. Anda
juga dapat melihat, memanipulasi dan memodifikasi struktur menggunakan rantai PDB,
jenis residu dan / atau nomor, dan informasi substruktur PDB lainnya yang ada dalam file
asli. Residu dan informasi lainnya dapat disimpan sepanjang pengeditan molekul dan
eksekusi kerja. Gaussian dapat mengoptimalkan geometri struktur minima dan transisi
pada keadaan tereksitasi PES dengan TD-DFT. GaussView mencakup fitur untuk
menyiapkan pengoptimalan struktur transisi QST2 / QST3 yang andal dengan upaya
minimal.
Perhitungan IRC di Gaussian dapat mengikuti jalur reaksi S1 PES yang sesuai,
yang kemudian dapat digerakkan dalam GaussView. Gaussian dapat melakukan analisis
frekuensi getaran untuk memprediksi spektrum IR / Raman dan mode normal. Berbagai
spektrum lainnya juga tersedia, termasuk spektrum vibronik. GaussView dapat
menampilkan plot spektrum yang diprediksi dan menghidupkan mode normal yang
terkait (seperti yang berlaku). GaussView memudahkan untuk memeriksa hasil dari satu
perhitungan dan kemudian mengatur dan memulai perhitungan berikutnya secara
berurutan melalui antarmuka intuitif ke semua fitur Gaussian 16 utama.

Amonia yang digunakan secara komersial dinamakan amonia anhidrat. Istilah ini
menunjukkan tidak adanya air pada bahan tersebut. Karena amonia mendidih di suhu -

33 °C, cairan amonia harus disimpan dalam tekanan tinggi atau temperatur amat rendah.

Walaupun begitu, kalor penguapannya amat tinggi sehingga dapat ditangani dengan
tabung reaksi biasa di dalam sungkup asap. "Amonia rumah" atau amonium hidroksida
adalah larutan NH3 dalam air. Konsentrasi larutan tersebut diukur dalam satuan baumé.
Produk larutan komersial amonia berkonsentrasi tinggi biasanya memiliki konsentrasi

26 derajat baumé (sekitar 30 persen berat amonia pada 15.5 °C). Amonia yang berada di

rumah biasanya memiliki konsentrasi 5 hingga 10 persen berat amonia.


Amonia umumnya bersifat basa (pKb=4.75), namun dapat juga bertindak sebagai
asam yang amat lemah (pKa=9.25). Amonia dapat terbentuk secara alami maupun
sintetis. Amonia yang berada di alam merupakan hasil dekomposisi bahan organik. Zat
Amonia biasanya digunakan sebagai obat obatan, bahan campuran pupuk urea
(CO(NH2)2) dan ZA (Zwvelamonia) ((NH4) 2SO4), bahan pembuatan amonium
klorida(NH4Cl)pada baterai, asam nitrat (HNO3), zat pendingin, membuat hidrazin
(N2H4)sebagai bahan bakar roket, bahan dasar pembuatan bahan peledak , kertas
pelastik, dan detergen dan jika dilarutkan kedalam air maka zat tersebut akan dapat
menjadi pembersih alat perkakas rumah tangga.
Amonia merupakan gas yang tidak berwarna namun berbau sangat menyengat.
2.Sangat mudah larut dalam air, dalam keadaan standar, 1 liter air mampu melarutkan
1180 liter amonia. Amonia mudah mencair, amonia cair membeku pada suhu (-)78
derajat celsius menjadi cairan/kondisi normal pada temperatur 30-40 derajat celcius dan
mendidih pada suhu -33 derajat celsius. Amonia simpan di dalam tanki berkisar pada
tekanan 15-20 atm dan temperatur terbaik pada 30-40 derajat celcius 4.Amonia bersifat
korosif pada tembaga dan timah. 5.Amonia digunakan sebagai bahan alat kecantikan
seperti bahan campuran pada cat rambut, meluruskan rambut.

PROSEDUR KERJA
 Buka software Gaussian 09
 Pilih File > klik Open > Pilih folder Tests > pilih folder gjw > pilih test sesuai
dengan tugas yang diberikan.
 Klik run pada kolom %section > klik Save > tunggu hingga Processing Complete
 Klik View > pilih Editor Output File.
 Muncul notepad > cari data SCF DONE > Copy
HASIL DAN PEMBAHASAN

Gaussian merupakan salah satu software yang cukup powerful dalam bidang
komputasi kimia yang dapat digunakan untuk menghitung struktur energi (pita energi)
dari suatu molekul dengan menggunakan beberapa metode, seperti Density functional
theory (DFT), ZINDO, dan CIS. Percobaan ini dilakukan untuk mengetahui besar energi
yang teroptimasi pada perhitungan gaussian.

Langkah pertama yang harus dilakukan adalah menginstall software Gaussian 09


terlebih dahulu, setelah software tersedia selanjutnya menentukan energi dari senyawa
yang akan dianalisa dengan cara mengikuti langkah – langkah sesuai dengan prosedur
kerja. Setelah mengikuti prosedur kerja maka akan didapatkan data dari SCF DONE.
Data tersebut berisi energi teroptimasi dari senyawa NH3, selain itu data tersebut juga
menampilkan nilai convereged dan maximum cycles dari senyawa NH3. Nilai converged
disini berperan sebagai indikator keberhasilan interaksi pada gugus protein tersebut
sehingga dihasilkannya energi dalam keadaan senyawa teroptimasi. Dari percobaan ini
dapat diketahui bahwa nilai energi teroptimasi dari senyawa protein NH3 sebesar SCF
Done: E(RHF) = -56.1843562879 kcal/mol A.U. after 10 cycles Converged =
0.2592D-08 -V/T = 2.0015 untuk mencapai energi teroptimasi dengan struktur
yang lebih stabil.
KESIMPULAN
Senyawa protein NH3 memiliki energi teroptimasi sebesar SCF Done: E(RHF) =
-56.1843562879 kcal/mol A.U. after 10 cycles perhitungan maksimum cycle
sebanyak 10 kali dengan Converged = 0.2592D-08 -V/T = 2.0015.
DAFTAR PUSTAKA
Beall CJ. Mahajan S. Kuhn DE. Kolattukudy PE. Site-directed mutagenesis of
monocyte chemoattractant protein-1 identifies two regions of the polypeptide essential
for biological activity. Biochem J. 1996;313:633–640. [PMC free article] [PubMed]

Cushing SD. Berliner JA. Valente AJ. Territo MC. Navab M. Parhami F. Gerrity R.
Schwartz CJ. Fogelman AM. Minimally modified low density lipoprotein induces
monocyte chemotactic protein 1 in human endothelial cells and smooth muscle
cells. Proc Natl Acad Sci USA. 1990;87:5134–5138.[PMC free article] [PubMed]

Yoshimura T. Robinson EA. Tanaka S. Appella E. Leonard EJ. Purification and


amino acid analysis of two human monocyte chemoattractants produced by
phytohemagglutinin-stimulated human blood mononuclear leukocytes. J
Immunol. 1989a;142:1956–1962. [PubMed]