Metabolisme Sel
Metabolisme Sel
A. Pengertian Umum
Metabolisme adalah segala proses reaksi kimia yang terjadi di dalam makhluk
hidup, mulai makhluk hidup bersel satu yang sangat sederhana seperti bakteri, protozoa,
jamur, tumbuhan, hewan; sampai mkhluk yang susunan tubuhnya kompleks seperti
manuasia. Di dalam proses ini, makhluk hidup mendapat, mengubah dan memakai
senyawa kimia dari sekitarnya untuk mempertahankan hidupnya.
Metabolisme meliputi proses sintesis (anabolisme) dan proses penguraian
(katabolisme) senyawa atau komponen dalam sel hidup.. Semua reaksi metabolisme
dikatalis oleh enzim. Hal lain yang penting dalam metabolisme adalah peranannya dalam
penawaracunan atau detoksifikasi, yaitu mekanisme reaksi pengubahan zat yang beracun
menjadi senyawa tak beracun yang dapat dikeluarkan dari tubuh.
Anabolisme dibedakan dengan katabolisme dalam beberapa hal:
Anabolisme merupakan proses sintesis molekul kimia kecil menjadi molekul kimia
yang lebih besar, sedangkan katabolisme merupakan proses penguraian molekul
besar menjadi molekul kecil
Anabolisme merupakan proses membutuhkan energi, sedangkan katabolisme
melepaskan energi
Anabolisme merupakan reaksi reduksi, katabolisme merupakan reaksi oksidasi
Hasil akhir anabolisme adalah senyawa pemula untuk proses katabolisme.
B. Fotosintesis
Pada hakekatnya, semua kehidupan di atas bumi ini tergantung langsung dari
adanya proses asimilasi CO 2 menjadi senyawa kimia organik dengan energi yang
didapat dari sinar matahari. Dalam proses ini energi sinar matahari (energi foton)
ditangkap dan diubah menjadi energi kimia dengan proses yang disebut fotosintesis.
Proses ini berlangsung didalam sel pada tumbuhan tinggi, tumbuhan pakis, lumut,
ganggang (ganggang hijau, biru, merah dan coklat) dan berbagai jasad renik (protozoa
golongan euglena, bakteri belerang ungu, dan bakteri belerang biru).
Energi matahari yang ditangkap pada proses fotosintesis merupakan lebih dari
90% sumber energi yang dipakai oleh manusia untuk pemanasan, cahaya dan tenaga.
Gambar 1 berikut ini menunjukkan sebaran pemakaian energi matahari oleh bumi dan
atmosfer.
Sinar matahari 30% dipantulkan kembali secara
langsung ke ruangan angkasa
Gambar 1. Gambaran sebaran pemakain energi matahari oleh bumi dan atmosfernya.
NADPH, dan O 2 dilepaskan sebagai hasil samping reaksi fotosintesis. Reaksi ini juga
dirangkaikan dengan reaksi endergonik pembentukan ATP dari ADP + Pi. Dengan
demikian tahap reaksi terang dapat dituliskan dengan persamaan:
H 2 O + NADP + ADP + Pi O 2 + H + NADPH + ATP
Energi matahari
Dalam hal ini pembentukan ATP dari ADP + Pi merupakan suatu mekanisme
penyimpanan energi matahari yang diserap kemudian diubah menjadi bentuk energi
kimia. Proses ini disebut fotofosforilasi.
Tahap kedua disebut tahap reaksi gelap. Dalam hal ini senyawa kimia berenergi
tinggi NADPH dan ATP yang dihasilkan dalam tahap pertama (reaksi gelap) dipakai
untuk proses reaksi reduksi CO 2 menjadi glukosa dengan persamaan:
CO 2 + NADPH + H + ATP glukosa + NADP + ADP + Pi
1. Tahap Reaksi Terang Cahaya
Reaksi terang cahaya dalam proses pebebasan energi matahari oleh klorofil
dimana dilepaskan molekul O 2 , terdiri dari dua bagian. Bagian pertama disebut
fotosistem I mempunyai kemampuan penyerapan energi matahari dengan panjang
gelombang di sekitar 700nm dan tidak melibatkan proses pelepasan O,. bagian kedua
yang menyangkut penyerapan energi matahari pada panjang gelombang di sekitar 680
nm, disebut fotosistem II, melibatkan proses pembentukan O 2 dan H 2 O.
Fotosistem I merupakan suatu partikel yang disusun oleh sekitar 200 molekul
klorofil-a, 50 klorofil-b, 50-200 pigmen karotenoid dan satu molekul penerima energi
matahari yang disebut protein P700. Energi matahari (foton) yang ditangkap oleh pigmen
pelengkap dipindahkan melelui beberapa molekul pigmen, disebut proses perpindahan
eksiton, yang akhirnya diterima oleh P700. Akibatnya P700 melepaskan elektron yang
berenergi tinggi. Proses penangkapan foton dan perpindahan eksiton di dalam fotosistem
ini berlangsung dengan sangat cepat dan di pengaruhi oleh suhu. Dengan mekanisme
yang sama, proses penangkapan foton dan pemindahan eksiton terjadi pula pada
fotosistem II yaitu pada panjang gelombang 680.
Partikel fotosistem I dan II terdapat dalam membrane kantong tilakoid secara
terpisah.
2. Pengangkutan Elektron dan Fotofosforilasi
Fotosistem I dan II merupakan komponen penyalur energi dalam rantai
pengangkutan elektron fotosintesis secara kontinyu, dari molekul air sebagai donor
elektron ke NADP sebagai aseptor elektron.
Perbedaan antara pengangkutan elektron dalam fotosintesis dan pengangkutan
elektron pernafasan adalah:
1. Pada yang pertama, elektron mengalir dari molekol H 2 O ke NADP ,
sedangkan pada yang kedua arah aliran elektron adalah dari NADP ke H 2 O
2. Pada yang pertama terdapat dua system pigmen, fotosistem I dan II yang
berperan sebagai pendorong untuk mengalirkan elektron dengan bantuan
energi matahari dari H 2 O ke NADP
3. Pada yang pertama dihasilkan O 2 sedangkan pada yang ke dua memerlukan
O2
Persamaannya ialah kedua rantai pengangkutan elektron tersebut menghasilkan
energi ATP dan melibatkan sederetan molekul pembawa elektron.
Pengangkutan elektron dalam fotosintesis terdiri dari tiga bagian yaitu bagian
pendek dari H 2 O ke fotosistem II, bagian dari fotosistem II ke fotosistem
I yang dirangkaikan dengan pembentukan ATP dari ADP + Pi, dan bagian dari
fotosistem I ke NADP yang menghasilkan NADPH seperti pada gambar 3.
Gambar 3. Diagram energi pengangkutan elektron dalam fotosintesis
Kekurangan elektron pada P680 dipenuhi dari reaksi oksidasi oksidasi molekul H 2 O
FS I
FS II
H 2 O + NADP + ADP + Pi 1
2 O 2 + H + NADPH + ATP
Energi matahari
H2 O
CO 2
Tahap reaksi ketiga , 12 gliseraldehida 3-P diubah menjadi 3 molekul fruktosa 6-P dengan
melalui pembentukan senyawa dihidroksi aseton fosfat dan fruktosa 1,6 difosfat.
Gambar 4. Daur Calvin: Jalur mendaur metabolisme penambatan CO 2
Reaksi tahap gelap cahaya pada proses fotosintesis.
Calvin. Dalam daur ini yang sangat menonjol adalah tahap reaksi penambatan CO 2 ,
reaksi yang menggunakan energi NADPH dan ATP dan reaksi yang menghasilkan
Dalam reaksi penambatan CO2, ternyata dibutuhkan tiga molekul ATP dan dua
molekul NADPH untukm mereduksi satu molekul CO 2 . Energi matahari yang ditangkap
oleh foto sistem I dan foto sistem II dalam fase terang cahaya diubah menjadi energi
kimia NADPH dan ATP. Kedua macam energi ini kemudian dipakai untuk menjalankan
daur Calvin dengan mendorong tahap reaksi pembentukan gliseraldehida 3-fosfat dan
fruktosa fruktosa
galaktosa galaktosa
laktat laktat
lipida CO 2 + H 2 O ATP
sterol CO 2 + H 2 O
kolsterol
Gambar 5. Gambaran Umum Metabolisme Karbohidrat: Hubungan antara hati, darah
dan otot.
Sebagian lain monosakarida dibawa langsung ke sel jaringan organ tertentu dan
mengalami proses metabolisme lebih lanjut. Karena pengaruh berbagai faktor dan
hormon insulinyang dihasilkan oleh kelenjar pankreas, maka hati dapat mengatur kadar
glukosa dalam darah. Bila kadar glkosa dalam darah meningkat sebagai akibat naiknya
proses pencernaan dan penyerapan karbohidrat, sintesis glikogen dari glukosa oleh hati
akan naik. Sebaliknya bila kadar glukosa menurun, misalnya akibat latihan olahraga,
glikogern diuraikan menjadi glukosa yang selanjutnya mengalami proses katabolisme
menghasilkan energi (dalam bentuk energi kimia, ATP) yang dibutuhkan oleh kegiatan
olahraga tersebut
Kadar glukosa dalam darah merupakan faktor yang sangat penting untuk kelancaran
kerja tubuh. Kadar normal glukosa dalam darah adalah 70-90 mg/100 ml. Keadaan dimana kadar
glukosa berada di bawah 70mg/100ml disebut hipoglisemia, sedangkan diatas 90mg/100ml
disebut hiperglisemia. Hipoglisemia yang ekstrem dapat menghasilkan suatu rentetan reaksi
goncangan yang ditunjukkan oleh gejala gemetarnya otot, perasaan lemah badan dan pucatnya
warna kulit. Hipoglisemia yang serius dapat menyebabkan kehilangan kesadaran sebagai akibat
kekurangan glukosa dalam otak yang diperlukan untuk pembentukan energi, sehingga pada
akhirnya dapat menyebabkan kematian.
Kadar glukosa yang tinggi merangsang pembentukan glikogen dari glukosa,
sintesis asam lemak dan kolesterol dari glukosa. Kadar glukosa antara 140 dan 170
mg/100 ml disebut kadar ambang ginjal, karena pada kadar ini glukosa diekskresi dalam
kemih melalui ginjal. Gejala ini disebut glukosuria yaitu keadaan ketidakmampuan
ginjal untuk menyerap kembali glukosa yang telah mengalami filtrasi melalui sel tubuh.
Kadar glukosa dalam darah diatur oleh beberapa hormon. Insulin dihasilkan oleh
kelenjar pankreas menurunkan kadar glukosa dengan menaikkan pembentukan glikogen
dari glukosa. Adrenalin (epineprin) yang juga dihasilkan oleh pankreas, dan glukagon
berperan dalam menaikkan kadar glukosa dalam darah. Semua faktor ini bekerjasama
secara terkoordinasi mempertahankan kadar glukosa tetap normal untuk menunjang
berlangsungnya proses metabolisme secara optimum.
1. Biosintesis dan Perombakan Glikogen
Glukosa 6-fosfat dan glukosa 1-fosfat merupakan senyawa antara dalam proses
glikogenesis atau pembentukan glikogen dari glukosa. Proses kebalikannya, penguraian
glikogen menjadi glukosa yang disebut glikogenolisis juga melibatkan terjadinya kedua
senyawa antara tersebut tetapi dengan jalur yang berbeda seperti digambarkan pada
Gambar 6. Senyawa antara UDP-glukosa (Glukosa Uridin Difosfat) terjadi pada jalur
pembentukan tetapi tidak pada jalur penguraian glikogen. Demikian pula enzim yang
berperan dalam kedua jalur tersebut juga berbeda.
glikogen
UDP Pi
E6 E1
ADP E3
E4
ATP glukosa Pi
Gambar 6. Jalan reaksi glikogenesis dan glikogenolisis. UTP = Uridin Tripospat, ADP =
Adenosin Dipospat, (P) = gugus pospat anorganik. UDP-glukosa = Uridin
dipospat glukosa. Enzim: E 1 = fosforilase, E 2 = fosfoglukomutase, E 3 =
fosfatase, E 4 = glukokinase, E 5 = pirofosforilase, E 6 = glikogen sintetase.
PPi = asam piropospat.
2. Glikogenesis
Gugus fosfat dan energi yang diperlukan dalam reaksi pembentukan glukosa 6-
fosfat dsari glukosa diberikan oleh ATP yang berperan sebagai senyawa kimia berenergi
tinggi. Sedang enzim yang mengkatalisnya adalah glukokinase. Selanjutnya, dengan
fosfoglukomutase, glukosa 6-fosfat mengalami reaksi isomerasi menjadi glukosa 1-fosfat.
ATP ADP
Glukosa 1-fosfat bereaksi dengan uridin tri fosfat (UTP) dikatalis oleh glukosa 1-
fosfat uridil transferase menghasilkan uridin difosfat glukosa (UDP-glukosa)dan
pirofosfat (PPi).
Mekanisme reaksi glikogenesis juga merupakan jalur metabolisme umum untuk
biosintesis disakarida dan polisakarida. Dalam berbagai tumbuhan seperti tanaman tebu,
disakarida sukrosa dihasilkan dari glukosa dan fruktosa melalui mekanisme biosintesis
tersebut. Dalam hal ini UDP-glukosa abereaksi dengan fruktosa 6-fosfat, dikatalis oleh
sukrosa fosfat sintase, membentuk sukrosa 6-fosfat yang kemudian dengan enzim sukrosa
fosfatase dihidrolisis menjadi sukrosa.
3. Glikogenolisis
Tahap pertama penguraian glikogen adalah pembentukan glukosa 1-fosfat.
Berbeda dengan reaksi pembentukan glikogen, reaksi ini tidak melibatkan UDP-glukosa,
dan enzimnya adalah glikogen fosforilase. Selanjutnya glukosa 1-fosfat diubah menjadi
glukosa 6-fosfat oleh enzim yang sama seperti pada reaksi kebalikannya (glikogenesis)
yaitu fosfoglukomutase.
Glikogen, (glukosa) n
Pi
glikogen fosforilase
fosfoglukomutase
Glukosa 6-fosfat
Gambar 11. Glikogenolisis: penguraian glikogen menghasilkan glukosa 6-fosfat.
Tahap reaksi berikutnya adalah pembentukan glukosa dari glukosa 6-fosfat.
Berbeda dengan reaksi kebalikannya dengan glukokinase, dalam reaksi ini enzim lain,
glukosa 6-fosfatase, melepaskan gugus fosfat sehigga terbentuk glukosa. Reaksi ini tidak
menghasilkan ATP dari ADP dan fosfat.
Glukosa 6-fosfat glukosa + asam fosfat
4. Glikololisis:
Proses penguraian karbohidrat menjadi piruvat. Juga disebut jalur metabolisme
Emden-Meyergoff dan sering diartikan pula sebagai penguraian glukosa menjadi piruvat.
Proses ini terjadi dalam sitoplasma. Glikolisis anaerob: proses penguraian karbohidrat
menjadi laktat melalui piruvat tanpa melibatkan oksigen.
Proses penguraian glukosa menjadi CO 2 dan air seperti juga semua proses
oksidasi. Energi yang dihasilkan dari proses penguraian glukosa ini adalah 690 kilo-
kalori (kkal).
glukosa + 6 O 2 6 CO 2 + 6 H 2 O + 690 kkal
Jumlah energi ini sebenarnya jauh lebih besar daripada jumlah energi yang dapat
disimpan secara sangkil dalam bentuk energi kimia ATP yang dihasilkan dalam proses
penguraian tersebut.
Ganbar 12. Gambaran Umum Proses Pernafasan Secara Keseluruhan.
Glikolisis sampai dengan proses fosforilasi oksidatif
Glikogen
Uridin difosfat glukosa
Glukosa – 1 - P
Glukosa Glukosa – 6 – P
Fruktosa – 6 – p
Fruktosa – 1,6 – di P
1,3 – d- - P – gliserat
3 – P – gliserat
2 – 2 P – gliserat
fosfoenol piruvat
Melalui mitokondrion
piruvat
Gambar 13. Glikolisis ( ) dan glikogenesis ( ) secara keseluruhan.
Glukogenesis: pembentukan glukosa dari piruvat.
mitokondria
NADH
Malat
dehidrogenase malat
NAD dehidrogenase
NAD
Malat
sitoplasma sitoplasma
Gambar 14. Perubahan piruvat menjadi fosfoenol piruvat dengan bantuan mitokondrion.
HCO dalam mitokondrion kemudian mengkondensasikan dengan asam piruvat
3
oksalasetat dikarboksilasi dengan CO 2 dan difosforilasi dengan gugus fosfat dari GTP
(guanosin trifosfat, sebagai sumber energi yang khas disamping ATP) dan dikatalis oleh
fosfoenolpiruvat karboksikinase menghasilkan fosfoenolpiruvat. Dengan demikian untuk
mengubah satu molekul piruvat menjadi fosfoenolpiruvat diperlukan energi sebanyak
satu ATP plus satu GTP dan melibatkan paling sedikit empat macam enzim.
Dibandingkan dengan reaksi kebalikannya, yaitu perubahan sat molekul fosfoenol piruvat
menjadi piruvat, dihasilkan satu ATP dan melibatkan satu macam enzim saja.
Fosfoenol piruvat piruvat
CO 2 (PEP) Piruvat kinase
GDP
Fosfoenolpiruvat CO 2
karboksikinase Biotin ATP
GTP Piruvat
karboksilase
NADH NAD
oksalasetat
Malat oksalasetat
Malat Malat dehidrogenase
dehidrogenase
sitoplasma mitokondrion
Gambar 15. Perubahan dari fosfoenolpiruvat ke piruvat diluar mitokondrion dan dari
piruvat ke fosfoenol piruvat dengan melibatkan mitokondrion
.
Dilihat dari keseluruhan, glikolisis terbagi menjadi dua bagian. Bagian pertama
meliputi tahap reaksi enzim yang memerlukan ATP, yaitu tahap reaksi dari glukosa
sampai dengan pembentukan fruktosa 6-fosfat., yang menggunaka dua molekul ATP tiap
satu molekul glukosa yang dioksidasi. Bagian kedua meliputi tahap reaksi yang
menghasilkan energi (ATP dan NADH) yaitu dari gliseraldehide 3-fosfat sampai dengan
piruvat. Dari bagian kedua ini dihasilkan dua molekul NADH dan empat molekul ATP
untuk tiap molekul glukosa yang dioksidasi (atau untuk dua molekul gliseraldehid 3-
fosfat yang dioksidasi). Karena satu molekul NADH yang masuk rantai pengangkutan
elektron dapat menghasilkan tiga molekul ATP, maka tahap reaksi bagian kedua ini
menghasilkan 10 molekul ATP. Dengan demikian, keseluruhan proses glikolisis
menghasilkan 10-2 = 8 molekul ATP untuk tiap molekul glukosa yang dioksidasi.
Sebaliknya, untuk mensintesis satu molekul glukosa dari dua molekul piruvat dalam
proses glukoneogenesis diperlukan energi dari 4 molekul ATP, 2 GTP (sebanding dengan 2
ATP) dan 2 NADH (= 6 ATP) atau sebanding dengan 12 molekul ATP.
5. Glikolisis Anaerob
Dalam keadaan tanpa oksigen respirasi terhenti karena proses pengangkutan
elektron yang dirangkaikan dengan fosforilasi bersifat oksidasi melalui rantai pernafasan
yang menggunakan molekul oksigen sebagai penerima elektron terakhir, tidak berjalan.
Akibatnya jalan metabolisme lingkar asam trikarboksilat (daur Krebs) akan terhenti pula
sehingga piruvat tidak lagi masuk kedalam daur Krebs melainkan dialihkan
pemakaiannya yaitu diubah menjadi asam laktat oleh laktat dehidrogenase dengan NADH
sebagai sumber energinya.
NADH NAD
Piruvat laktat
Laktat dehidrogenase
Gambar 16. Reaksi perubahan piruvat ke laktat dalam proses fermentasi asam laktat
Dalam hal ini, dua molekul NADH yang dihasilkan oleh reaksi tahap kelima
dalam glikolisis (reaksi dengan gliseraldehida 3-fosfat dehodrogenase) tidak dipakai
untuk membentuk ATP melainkan digunakan untuk reaksi reduksi 2 molekulasam piruvat
menjadi asam laktat. Jadi paad glikolisis anaerob energi yang dihasilkannya hanya 2
molekul ATP saja (Gambar 17). Jumlah ini jauh lebih kecil jika dibandingkan dengan
energi yang dihasilkan oleh glikolisis aerob yaitu 8 ATP.
Gambar 17. Metabolisme karbohidrat
.
6. Fermentasi Alkohol
Dalam beberapa jasad renik seperti ragi, glukosa dioksidasi menghasilkan etanol
dan CO 2 dalam proses yang disebut fermentasi alkohol. Jalur metabolisme proses ini
sama dengan glikolisis sampai dengan terbentuknya piruvat. Dua tahap reaksi enzim
berikutnya adalah reaksi perubahan asam piruvat menjadi asetaldehida, dan reaksi
reduksi asetaldehida menjadi alkohol. Dalam reaksi yang pertama piruvat
didekarboksilasi diubah menjadi asetaldehida dan CO 2 oleh piruvat dekarboksilase,
suatu enzim yang tidak terdapat pada hewan.
CO 2
Piruvat asetaldehida
Piruvat dekarboksilase
Gambar 18. Fermentasi alkohol: reaksi pembentukan asetaldehida dari piruvat dengan
enzim Piruvat dekarboksilase.
Asetaldehida etanol
Alkohol dehidrogenase
Bila jumlah ATP yang dihasilkan oleh daur krebas dan fosforilasi bersifat oksidasi
terlalu banyak, keseimbangan reaksi akan berjalan kebawah (laju reaksi fosforilasi sub
unit katalitik kompleks piruvat dehidrogenase bertambah besar) sehingga kegiatan
kompleks piruvat dehidrogenase terhambat dan menjadi tidak aktif. Hal ini menyebabkan
terhentinya reaksi pembentukan asetil ko-A dari piruvat. Akibatnya, jumlah asetil ko-A
yang diperlukan untuk daur Krebs akan berkurang sehingga laju reaksi daur Krebs
terhambat dan produksi ATP terhenti. Sebaliknya jika jumlah ADP banyak (ATP sedikit),
keseimbangan reaaksi didorang ke atas (laju reaksi defosforilasi kompleks piruvat
dehidrogenase bertambah besar) sehingga kegiatan kompleks piruvat dehidrogenase
bertambah. Akibatnya, reaksi dekarboksilasi piruvat menjadi asetil ko-A naik, sehingga
laju reaksi daur Krebs bertambah besar dan produksi ATP bertambah banyak.
CO 2 + H 2 O
ATP
Gambar 21. Daur asam trikarboksilat (Krebs) sebagai bagian utama metabolisme
penghasil energi.
Asetil ko-A (sebagai hasil katabolisme lemak dan karbohidrat), oksalasetat, fumarat, dan
α-ketoglutarat (sebagaihasil katabolismeasam amino dan protein), masuk kedalam daur Krebs
untuk selanjutnya dioksidasi melalui beberapa tahap reaksi yang kompleks menjadi CO 2 , H 2
Odan energi ATP. Kegiatan daur asam tri karboksilat terdapat dalam sel hewan, tumbuhan, dan
jasad renik yang aerob dan merupakan metabolisme penghasil energi yang utama. Jasad yang
anaerob tidak menggunakan metabolisme daur ini sebagai penghasil energinya.
CoASH
Asetil ko-A
oksaloasetat
Sitrat
NADH
NAD
malat Cis-akonitat
fumarat isositrat
FADH 2
NAD
FAD NADH
NAD CO 2
suksinat CO 2
α-ketoglutarat oksalosuksinat NADH
Gambar 22. Ringkasan keseluruhan daur asam trikarboksilat atau daur Krebs.
Daur Krebs merupakan bagian rangkaian proses pernafasan yang panjang dan
kompleks, yaitu oksidasi glukosa menjadi CO 2 dan H 2 O serta produksi ATP. Proses
pernafasan terdiri dari 4 tahap utama: 1) glikolisis (oksidasi glukosa menjadi piruvat), 2)
konversi piruvat ke asetil ko-A, 3) daur Krebs dan 4) proses pengangkutan elektron
melalui rantai pernafasan yang dirangkaikan degan sintesis ATP dari ADP = Pi melalui
proses fosforilasi bersifat oksidasi.
Didalam sel eukariota, metabolisme asam trikarboksilat berlangsung didalam
mitokondrion. Sebagian enzim dalam metabolisme ini terdapat di dalam cairan matriks
dan sebagian lagi terikat pada bagian dalam membran mitokondrion.
11. Energi yang Dihasilkan oleh Glikolisis dan DAur Asam Trikarboksilat
Dari pembahasan tentang daur asam trikarboksilat sebelumnya, ternyata terdapat
dua tahap reaksi yang masing-masing menghasilkan satu molekul CO 2 ; tiga reaksi
menghasilkan NADH; satu reaksi menghasilkan GTP; satu reaksi menghasilkan FADH 2
.
Satu molekul GTP dapat menghasilkan satu molekul ATP. Dalam proses
pengangkutan elektron melalui rantai pernafasan yang dikaitkan dengan fosforilasi
bersifat oksidasi, satu molekul NADH dan satu FADH 2 masing-masing menghasilkan 3
dan 2 molekul ATP. Dengan demikian oksidasi satu molekul asetil ko-A dalam daur
Krebs menghasilkan (3 x 3 + 2 x 1 + 1) ATP = 12 ATP.
Asetil ko-A
3 NADH 9 ATP
Rantai
pernafasan
1 FADH 2 2 ATP
(respirasi)
1 GTP 1 ATP
12 ATP
Ko-A
Gambar 23. Jumlah energi (ATP) yang dihasilkan oleh daur Krebs.
Bila proses oksidasi itu dimulai dari piruvat, jumlah molekul ATP yang dihasilkan
adalah 12 + 3 = 15untuk setiap molekul piruvat (pembentukan satu molekul asetil ko-A
dari satu molekul piruvat menghasilkan satu molekul NADH).
Oksidasi satu molekul glukosa melalui glikolisis menjadi dua molekul piruvat,
menghasilak 8 ATP. Dengan demikian oksidasi sempurna satu molekul glukosa menjadi
CO 2 + H 2 O menghasilkan 2 x 15 + 8 = 38 ATP.
Glukosa
8 ATP
2 piruvat
2 x 3 = 6 ATP
2 asetil ko-A
2 x 12 = 24 ATP
38 ATP
Daur
Kreb
s
CO 2 + H 2 O
Gambar 42. Jumlah energi (ATP) yang dihasilka oleh glikolisis dan daur Krebs.
D. Metabolisme Protein
Nama protein pertama kali diusulkan oleh ahli kimia Swedia, Berzelius. Protein
berasal dari bahasa Yunani, protios, yang berarti bahan penyokong yang pertama.
Protein merupakan komponen utama dalam semua sel hidup. Fungsi utamanya
sebagai unsur pembentuk styruktur sel, misalnya dalam rambut, wol, kolagen, jaringan
penghubung, membran sel dan lain-lain. Selain itu dapat pula berfungsi sebagai protein
yang aktif seperti enzim yang berperan sebagai katalisator segala proses biokimia dalam
sel. Protein aktif selain enzim yaitu hormon, hemoglobin, protein yang terikat pada gen,
toksin, anti bodi atau anti gen dan lain-lain.
Protein adalah rangkaian atau polimer dari sejumlah asam amino. Asam amino
adalah molekul organik kecil yang pada umumnya terbuat dari karbon, hidrogen, oksigen,
dan nitrogen. Protein dibuat dari suatu pool yang terdiri dari 20 asam amino yang
berbeda. Ratusan atau ribuan asam amino dirangkai dengan suatu urutan tertentu untuk
membentuk rantai asam amino.
Fungsi protein dimungkinkan karena struktur tiga dimensinya yang unik. Dengan
strukturnya yang unik suatu molekul protein dapat melakukan interaksi dengan molekul
lainnya sehinnga dapat berfungsi sebagai molekul pengatur dalam suatu ekspresi gen atau
transmisi genetik menjadi fenotipik. Jadi, suatu protein sangat tergantung pada
kemampuannya untuk mengikat atau berpasangan dengan molekul lainnya untuk
menjalankan fungsinya. Kemampuan tersebut ditentukan oleh struktur tiga dimensinya.
Bila asam amino dirakit menjadi suatu rantai protein, rantai tersebut segera
melipat membentuk suatu struktur yang secara energetik paling relaks atau yang
bentuknya paling stabil. Bentuk yang secara energetik paling stabil ditentukan oleh
interaksi tiap-tiap asam amino yang membentuk protein tersebut. Oleh karena itu, jenis
asam amino dan urutannya dalam rantai protein akan menentukan struktur tiga dimensi
molekul protein yang terbentuk. Urutan asam amino dalam suatu rantai protein sangat
penting menentukan fungsi protein tersebut. Dengan 20 macam asam amino yang
berbeda, diperoleh jumlah dan urutan yang berbeda-beda sehingga dihasilkan protein-
protein unik yang hampir tidak terbatas jumlahnya. Keragamn ini sangat menguntungkan
mengingat berbagai ragam fungsi yang dilakukan oleh protein.
Semua organisme merupakan kumpulan dari sejumlah protein dan segala
aktivitasnya. Fungsi protein tergantung pada struktur tiga dimensinya, yang pada
gilirannya ditentukan oleh sekuen asam amino penyusun protein tersebut. Jadi, DNA
menentukan karakteristik suatu organisme karena DNA menentukan sekuen asam amino
dari semua protein pada suatu organisme.
DNA mengandung sandi genetik untuk tiap asam amino yang ditampilkan
masing-masing dari sekuen tiga pasang basa. Ketiga basa (triplet) ini disebut kodon.
Urutan kodon pada suatu sekuen DNA mencerminkan urutan asam amino yang akan
dirakit menjadi suatu rantai protein. Satu bagian sekuen DNA lengkap yang mampu
menentukan sekuen asam amino suatu protein atau molekul r RNA dan tRNA disebut
gen, yaitu satuan hereditas yang didefinisikan oleh para ahli genetika klasik. Semua gen
dan sekuen DNA yang dimiliki oleh suatu organisme disebut genom.
5’ 3’
G C A C T A G G A
DNA
C G T G A T C C T
3’ 5’
Asam amino
Gambar 24. Sekuen DNA menentukan sekuen asam amino pada protein yang terbentuk.
1. Sintesis Protein
Proses sintesis protein dari sandi genetik melibatkan beberapa langkah. DNA pada
dasarnya adalah penyimpan informasi yang pasif, mirip denga cetak biru (blue print)
untuk denah rumah. Aktivitas pembuatan protein terjadi pada suatu situs khusus dalam
sel yang disebut ribosom. Oleh karena itu, langkah pertama dalam sintesis protein adalah
menyampaikan informasi dari DNA ke ribossom. Untuk melakukan hal ini enzim-enzim
seluler membuat salinan kopi gen sehinnga dapat dibaca oleh ribosom. Salinan kopi gen
ini disebut RNA duta (messennger RNA = mRNA). mRNA membawa sandi genetik yang
dipakai langsung untuk sintesis protein di ribosom. Tahap ini disebut dengan tahp
transkripsi. Dalam tahap berikutnya kodon pada mRNA harus dapt dikorelasi dengan
asam amino yang seharusnya. Tahapan ini dilakukan molekul RNA lain, yaitu RNA
transfer, (transfer RNA = tRNA) yang dikenal dengan tahap translasi. Akhirnya asam
amino harus disambungkan untuk membentuk rantai protein fungsional (tahap sintesis).
Ribosom yang terdiri dari RNA dan protein, melakukan fungsi tersebut. Bila rantai
protein sudah lengkap, suatu tanda berhenti (stop sign) mempengaruhi ribosom sehingga
ribosom melepas protein baru tersebut ke dalam sel.
a. Transkripsi.
Transkripsi adalah sintesis RNA secara enzimatik dengan menggunakan
DAN sebagai cetakan. Untuk transkripsi suatu gen, hanya salah satu rantai DNA yang
digunakan sebagai cetakan atau templat. Transkripsi dikatalis oleh enzim RNA
polimerase. Sintesis RNA selalu bergerak ke satu arah, yaitu dari ujung 5’ ke ujung 3’
dari molekul RNA.
Untuk menginisiasi transkripsi, RNA polimerase berikatan pada suatu daerah di
DNA yang disebut promoter. Promoter terletak disebelah hulu (ke arah5’) dari gen.
Perbedaan urutan nukleotida dari promoter berbagai gen menyebabkan perbedaan tingkat
efisiensi dan regulasi dari inisiasi transkripsi gen-gen tersebut.
Setelah RNA polimerase terikat pada promoter DNA, kedua rantai DNA
dipisahkan dan RNA polimerase memulai sintesis RNA di tempat inisiasi. Tempat ini
disebut sebagai posisi +1. RNA polimerase menambahkan ribonukleotida ke ujung 3’dari
rantai RNA yang sedang disintesis. Hal ini dilakukan dengan bergerak dari ujung 3’ ke
arah 5’ dari rantai DNA cetakan., sambil memisahkan bagian rantai ganda DNA yang
dilaluinya. Dengan demikian ribonukleotida dapat berpasangan dengan DNA cetakan dan
ditambahkan pada ujung 3’ RNA dengan pembentukan ikatan fosfodiester. Heliks ganda
akan terbentuk kembali setelah RNA polimerase lewat.
Promoter Daerah yang ditranskripsi Terminator
DNA
5’ TAC G
3’ AT G C
Transkripsi
RNA
5’ U A C G 3’
b.Translasi.
Translasi merupakan proses sintesis protein di dalam sel. Sebelum sintesis protein
dimulaio, setiap jenis tRNA berikatan dengan asam amino spesifik. Reaksi ini dikatalis
oleh enzim aminoasil tRNA sintetase bersama dengan ATP, sehingga terbentuk aminoasil
tRNA. Pada tRNA terdapat antikodon yang akan berpasangan dengan kodon yang
terdapat pada mRNA. Setiap macam aminoasil tRNA sintetase akan menggabungkan
asam amino tertentu pada tRNA yang spesifik. Pada tRNA inisiator, tRNA terikat pada
asam amino metionin yang termodifikasi, yaitu N-formilinetionin. Proses sintesis protein
terdiri dari tiga tahap yaitu:
Inisiasi : proses penempatan ribosom pada suatu molekul mRNA
Elongasi : proses penambahan asam amino
Terminasi : proses pelepasan protein yang baru disintesis
Pada sintesis protein sel prokariot, prosaes inisiasi memerlukan sub unit kecil
(30S) dan sub unit besar (50S) ribosom, mRNA, tiga faktor inisiasi (IF 1 , IF 2 dan IF 3 )
dan GTP. IF 1 dan IF 3 mula-mula terikat pada sub unit kecil ribosom, kemudian IF 2
dan GTP bergabung. Kompleks sub unit kecil ini terikat pada mRNA di tempat
pengikatan ribosom yang terletak 8 – 13 nukleotida sebelum hulu kodon inisiasi Aug
kemudian bergerak sepanjang mRNA ke arah hilir sampai menemukan kodon inisiasi.
Setelah pengikatan sub unit kecil ribosom pada kodon inisiasi, tRNA inisiator dapat
terikat pada kodon inisiasi dan melepaaskan IF 3 sehingga terbentuk kompleks inisiasi
30S, melepaskan IF 1 , IF 2 , GDP dan fosfat sehingga terbentuk inisiasi 70S.
Proses elongasi melibatkan tiga faktor elongasi (EF – Tu, EF – Ts, EF – G0, GTR,
aminoasil tRNA dan kompleks inisiasi 70 S. Proses elongasi terdiri dari tiga tahap:
Aminoasil tRNA membentuk kompleks denagn EF-Tu dan GTP, terikat pada “A-
site” di ribosom dengan melepaskan EF-Tu – GDP. EF-Tu – GTP dapat berubah
lagi menjadi EF-Tu – GTP dengan bantuan EF-Ts dan GTP.
Enzim transferase peptidil yang terdapat pada ribosom membenyuk ikatan peptida
antara dua asam amino yang berdampingan.
Enzim translokase (EF-G) dengan energi GTP menggerakkan ribosom sejauh satu
kodon sepanjang mRNA sehingga tRNA pada “P-site” lepas dan tRNA pada “A-
site” pindah ke “P-site”.
Proses elongasi rantai peptida berjalan terus sampai ribosom mencapai suatu kodon stop.
Proses terminasi melibatkan tiga faktor pelepas (“release faktor”, RF 1 , RF 2 dan
RF 3 ). RF 1 atau RF 2 dapat mengenal kodon stop dan denagn bantuan RF 3
menyebabkan trasnsferase peptidil melepaskan rantai polipeptida dari tRNA. Faktor-
faktor pelepas membantu pelepasan kedua sub unit ribosom dari mRNA.
CO 2 ADP +Pi
ATP
ACP - SH CoA - SH
asetil – CoA asetil – S – ACP palmitoil – S - ACP
Kompleks enzim
sintetase asam CoA - SH
lemak
ACP - SH
c. Pemanjangan rantai secara tahap demi tahap
Asetil - SCoA Asetil - SCoA Palmitoil - SCoA
hewan mamalia, kecuali di dalam sel otak, menghasilkan CO 2 dan H 2 O sebagai hasil
akhir. Dalam keadaan tertentu oksidasi asam lemak dalam sel otak menghasilkan asam β-
hidroksibutirat. Kelincahan gerak, penyebaran, dan oksidasi asam lemak yang terjadi di
dalam tubuh berlangsung secara terpadu dengan proses metabolisme karbohidrat dan
diatur oleh sistem hormon endokrin yang rumit.
Enoil – CoA
H O 2
Enoil hidrase
Tahap reaksi (2) sampai dengan (3)
(5) diulangi terus sampai seluruh
rantai asam lemaknya dioksidasi
menjadi asetil CoA Hidroksi asil – CoA
NAD
β-hidroksiasil
H
+ (4) dehidrogenase
NADH
Ketoasil – CoA
CoASH Tiolase
Asil asam lemak CoA dengan
rantai dua atom karbon lebih
pendek dari pada asil asam lemak (5)
– CoA semula
Asetil CoA
BIOTEKNOLOGI
A. Definisi Bioteknologi
Istilah bioteknologi pertama kali dikemukakan oleh Karl Ereky, seorang insinyur
dari Hongaria. Pada tahun 1917 istilah bioteknologi digunakan untuk mendiskripsikan
produksi babi dalam skala besar dengan menggunakan bit gula sebagai sumber pakannya.
Sampai tahun 1970 bioteknologi selalu berasosiasi dengan rekayasa biokimia
(biochemikal enginering) dan pada umumnya perkuliahan yang berhubungan dengan
bioteknologi juga diberikan oleh Jurusan Rekayasa Kimia atau Rekayasa Biokimia.
Bioteknologi merupakan teknologi yang menggunakan organisme hidup atau
bagian-bagiannya untuk memenuhi berbagai kebutuhan manusia. Dengan kata lain,
bioteknologi merupakan penggunaan organisme atau sistem hidup untuk memecahkan
suatu masalah atau untuk menghasilkan produk yang berguna.
C. Perkembangan Bioteknologi
Bioteknologi sudah ada sejak 10.000 tahun yang lalu. Mikroorganisme sudah
digunakan orang dalam pembuatan bir, cuka, yoghurt, dan keju. Pada zaman romawi,
anggur sudah dikenal orang. Pembuatan bahan kimia pertama dengan menggunakan
mikroorganisme dilakukan pada abad ke-14, yaitu pada pembuatan etanol. Industri
fermentasi modern dikenal sejak perang dunia I, yaitu produksi dalam skala besar
berbagai bahan kimia, seperti gliserol dengan menggunakanm ragi, aseton-butanol
dengan menggunakan bakteri Clostridium acetobutilicum dan asam sitrat dengan
menggunakan jamur Aspergillus niger. Fermentasi semi kontinu mulai dikenal selama
perang dunia II. Perang dunia II memicu orang untuk meningkatkan produksi anti bioik
penisilin. Produksi penisillin berhasil ditingkatkan dengan memperbaiki galur jamur yang
digunakan dan mengembangkan teknologi fermentasi dalam skala besar. Pencarian
antibiotik lain dari berbagai mikroorganisme lain juga terus dilakukan. Sesudah tahu
1960-an, kultur sel hewan dalam skala besar mulai digunakan dalam pembuatan vaksin
dan pembuatan obat seperti ionterferon.
Berbeda dengan kultur mikroorganisme, kultur sel tidak dapat tumbuh sebagai
suspensi tetapi memerlukan suatu permukaan tempat melekatnya sel hewan. Pada tahun
1970-an berhasil dibuat hibridoma, yaitu hasil fusi sel tumor denagn sel limfosit
penghasil antibodi. Masing-masing sel hibridoma menghasilkan antibodi monoklonal,
yaitu antibodi terhadap bagian spesifik dari suatu protein. Antibodi monoklonal banyak
digunakan dalam diagnostik, terapi terhadap suatu penyakit dan proses pemurnian
protein. Kultur sel tumbuhan dapat diregenerasi menjadi tanaman baru. Dari suatu kultur
sel tumbuhan dapat dihasilkan ratusan tanaman baru. Sel yang bebas dari virus dapat
diisolasi dan dikulturkan sehingga dapat dihasilkan tanaman yang bebas virus dan ini
dapat meningkatkan produksi.
Gambar 29. Seleksi buah-buahan yang menguntungkan dan pemanfaatan mikrobia
dalam pembuatan bir telah lama dilakukan oleh manusia
Gambar 31. Teknologi DNA Rekombinan pertama kali oleh Stanley Cohen dan Herbert
Boyer. (1973)
Stanley Cohen (Stanford) Herbert Boyer (UCSF)
Dalam tiap contoh rekombinasi tersebut dapat dimengerti bahwa rekombinasi
merupakan salah satu cara untuk menungkatkan terjadinya keragaman hayati di alam.
Materi genetik yang ada di alam menyajikan suatu bahan mentah evolusi yang dilakukan
oleh seleksi alam atau seleksi buatan yang dilakukan oleh manusia.
8. Penggunaan variasi genetik dalam pemuliaan. Setelah manusia mampu
melakukan domestikasi, maka mulailah terjadi pemuliaan secara selektif untuk mengubah
bahan genetiknya sesuai dengan keinginan. Suatu individu tertentu dalam populasi, yang
berarti suatu materi genetik tertentu, disukai oleh manusia dan dipakai sebagai induk
untuk generasi-generasi berikutnya. Dengan menyeleksi sutu variasi genetik tertentu dari
suatu populasi dan menyingkirkan variasi genetik lainnya, berarti kita sudah melakukan
rekombinasi bahan genetik dengan terarah dan dengan tujuan khusus. Akibatnya, secara
rfadikal kita telah mengubah bahan genetik organisme yang telah kita domestikasikan.
a). Variasi genetik melalui rekayasa genetika. Rekayasa genetika atau teknologi
DNA dapat diartikan sebagi teknik molekuler yang tepat dan mampu menggabungkan
molekul DNA tertentu dari sumber-sumber berbeda. Rekombinasi DNA dilakukan
dengan menggunakan enzim (enzim retriksi dan enzim ligase) yang dapat melakukan
pemotongan dan penyambungan DNA dengan tepat dan dapat diperkirakan. DNA
rekombinan selanjutnya dimasukkan kedalam organisme sasaran melalui introduksi
langsung (transformasi) melalui virus atau bakteri.
b). Pemuliaan selektif vs rekayasa genatika. Pada dasarnya, rekayasa genetika
dan pemuliaan selektif memiliki kesamaan, namun kedua teknik ini juga memiliki
perbedaan penting.
Tabel 2. Perbedaan Antara Pemuliaan Selektif dan Rekayasa Genetika
Parameter Pemuliaan Selektif Rekayasa Genetika
Tingkat Organisme utuh Sel atau molekul
Ketepatan Sekumpulan gen Satu gen tunggal
Kepastian Perubahan genetik sulit atau tidak Perubahan bahan genetik
mungkin dikarakterisasi dikarakterisasi dengan baik
Batasan taksonomi Hanya dapat dipakai dalam satu spesies Tidak ada batasan taksonomi
atau satu genus
Dalam rekayasa genetika, kita memindahkan satu gen tunggal yang fungsinya
sudah diketahui dengan jelas, sedangkan dengan pemuliaan selektif yang ditransfer
adalah sekumpulan gen yang fungsinya tidak diketahui. Dengan meningkatkan ketepatan
dan kepastian dalam manipulasi gen, maka risiko untuk menghasilkan organisme dengan
sifat-sifat yang tidak diharapkan dapat diminimumkan.
Dalam pemuliaan selektif, kita mengawinkan organisme dari satu spesies, dari
spesies yang berbeda, dan kadang-kadang dari genus yang berbeda. Dalam rekayasa
genetika sudah tidak ada lagi hambatan taksonomi.
9. Teknologi Rekayasa Protein
Teknologi rekayasa protein sering digunakan bersamaan dengan rekayasa
genetiak untuk menungkatkan profil atau kinerja suatu protein, dan untuk
mengkonstruksi protein baru yang secara alami tidak ada. Dengan teknologi rekayasa
protein, kita dapat meningkatkan daya katalis suatu enzim sehingga dapat lebih produktif
pada kondisi proses-proses inustri. Selain itu, kemajuan dalam rekayasa protein juga
memungkinkan kita membuat enzim baru dengan dasar antibodi, yang disebut abzyme.
Latihan soal:
DAFTAR PUSTAKA
Antonius Suwanto, 2002, Bioteknologi, Pusat Penerbit Univ. Terbuka Jakarta.
Conn, E.E. 1987. Outlines of Biochemistry. New York USA: John Wiley & Sons.