Anda di halaman 1dari 3

Nama : Dewi Afromika

Npm : 15.601030054
Tugas : Bioteknologi

1. Pensejajaran secara online dengan menggunakan Clustal X.

Trasisi
43, 46, 55, 58, 61, 64, 67, 70, 85, 91, 97, 100, 103, 112, 115, 121, 127, 133, 136, 139, 145, 148,
169, 175, 178, 181, 184, 187, 199, 208, 211, 214, 220, 223, 226, 241, 244, 247, 253, 260, 265,
278 280, 281, 283, 284, 286, 287, 292, 295, 298, 316, 325, 328, 337, 340, 352, 355, 358, 361,
370, 373, 382, 383, 394, 397, 400, 403, 404, 406, 409, 415, 424, 427, 430, 436, 439, 442, 445,
448, 453, 454, 460, 463, 469, 476, 481, 489, 497, 502, 505, 511, 514, 517, 526, 529, 523, 535,
541, 547, 553, 554, 556, 559, 565, 572, 577, 586, 592, 593, 595, 598, 601, 610, 613, 619, 637,
640, 643, 645, 649,
Transversi
37, 73, 76, 82, 94, 118, 130, 160, 166, 172, 196, 199, 202, 205, 220, 235, 262, 265, 268, 271,
280, 301, 313, 319, 322, 334, 343, 346, 352, 358, 367, 376, 388, 415, 418, 430, 454, 479, 493,
496, 505, 509, 523, 529, 523, 538, 544, 550, 562, 565, 577, 595, 616, 619, 634,
Delesi
18, 19, 20, 21, 55, 58, 631, 632, 634, 637, 640, 643, 645, 649
Insersi
58, 118, 316, 334, 358, 415, 427, 430, 454, 523, 529, 532, 577, 619, 622,
Inversi
61, 67, 76, 94, 97, 100, 103, 112, 121, 130, 133, 139, 145, 148

PEMBAHASAN
Semua data sekuen sebelum dianalisa dilakukan blast (similarity) dengan data FASTA
pada NCBI program. Blast dilakukan untuk mengetahui sekuen pada spesies atau genus yang sama
dan tidak terjadi kontaminasi pada sampel penelitian. Sekuen nukleotida gen COI diedit
menggunakan BioEdit software (Hall 1999) kemudian di jajarkan (aligned) menggunakan program
Clustal X (Larkin et al. 2007). Analisa data menggunakan Program MEGA version 6.0 (Tamura
et al. 2013).

Parameter sebagai penanda menggunakan test of phylogeny: bootstrap method, variable


sites berdasarkan nukleotida, subtitutions to include d: Transitions + Transversions model kimura-
two parameter, dan asam amino serta komposisi sekuen nukleotida. Untuk mengetahui posisi
sampel penelitian digunakan analisis filogeni menggunakan metode Neighbour-Joining dengan
1000 kali pengulangan (Saitou & Nei 1987) Perhitungan nilai similaritas yaitu:
Persentase Similaritas = (1 – Jarak Genetik) x 100%
Panjang gen COI pada spesies Alle alle menggunakan primer spesifik sekitar 731 bp,
Spesies Falco longipennis sekitar 702 bp, Spesies Falco sparverius 710 bp, Spesies Falco
peregrinus 647 bp, Microhierax erythrogenys sekitar 650 bp, Anas americana sekitar 647 bp,
Aythaya americana sekitar 678 bp dan Spesies Recurvirostra americana sekitar 935 bp.
Pada 8 spesies terseut terjadi mutasi transisi sebanyak 124, Transversi 85, Delesi 7, insersi
38 dan inversi 5. susunan asam amino dari protein yang disandi gen COI jarang mengalami
substitusi sehingga gen CO I bersifat stabil dan dapat digunakan sebagai penanda analisis filogeni,
namun basa-basa pada triple kodonnya masih berubah dan bersifat silent yaitu perubahan basa
yang tidak merubah jenis asam. amino (Herlina, 2013). Dengan demikian asam amino di dalam
identifikasi burung Alap-alap menggunakan COI pada posisi gen target penelitian ini tidak dapat
digunakan sebagai indikator pembeda diantara spesies burung Alap-alap di Indonesia karena tidak
memberikan penciri spesifik.
Untuk melihat hubungan dari masing-masing spesies dapat digambarkan dengan
menggunakan pohon filogeni. Menggunakan Neighbor joining dengan Kimura’s two parameter
model (Gambar 1.). Sebagai out group adalah Spesies Alap-alap dari sekuen FASTA (NCBI).
Analisis pohon filogeni digunakan karena dapat menggambarkan hubungan kekerabatan yang
tepat antara organisme (Li & Graur 1991).