Anda di halaman 1dari 3

Nama : Dewi Afromika

Npm : 15.601030054
Tugas : Bioteknologi

1. Pensejajaran secara online dengan menggunakan Clustal X.

Trasisi
43, 46, 55, 58, 61, 64, 67, 70, 85, 91, 97, 100, 103, 112, 115, 121, 127, 133, 136, 139, 145, 148,
169, 175, 178, 181, 184, 187, 199, 208, 211, 214, 220, 223, 226, 241, 244, 247, 253, 260, 265,
278 280, 281, 283, 284, 286, 287, 292, 295, 298, 316, 325, 328, 337, 340, 352, 355, 358, 361,
370, 373, 382, 383, 394, 397, 400, 403, 404, 406, 409, 415, 424, 427, 430, 436, 439, 442, 445,
448, 453, 454, 460, 463, 469, 476, 481, 489, 497, 502, 505, 511, 514, 517, 526, 529, 523, 535,
541, 547, 553, 554, 556, 559, 565, 572, 577, 586, 592, 593, 595, 598, 601, 610, 613, 619, 637,
640, 643, 645, 649,
Transversi
37, 73, 76, 82, 94, 118, 130, 160, 166, 172, 196, 199, 202, 205, 220, 235, 262, 265, 268, 271,
280, 301, 313, 319, 322, 334, 343, 346, 352, 358, 367, 376, 388, 415, 418, 430, 454, 479, 493,
496, 505, 509, 523, 529, 523, 538, 544, 550, 562, 565, 577, 595, 616, 619, 634,
Delesi
18, 19, 20, 21, 55, 58, 631, 632, 634, 637, 640, 643, 645, 649
Insersi
58, 118, 316, 334, 358, 415, 427, 430, 454, 523, 529, 532, 577, 619, 622,
Inversi
61, 67, 76, 94, 97, 100, 103, 112, 121, 130, 133, 139, 145, 148
Daftar mutasi yang terjadi

Tabel jarak genetiknya

Table Perbandingan taksa untuk mencari nilai Similarita


Topografi filogenik dengan metode Neighour

PEMBAHASAN
Semua data sekuen sebelum dianalisa dilakukan blast (similarity) dengan data FASTA
pada NCBI program. Blast dilakukan untuk mengetahui sekuen pada spesies atau genus yang sama
dan tidak terjadi kontaminasi pada sampel penelitian. Sekuen nukleotida gen COI diedit
menggunakan BioEdit software (Hall 1999) kemudian di jajarkan (aligned) menggunakan program
Clustal X (Larkin et al. 2007). Analisa data menggunakan Program MEGA version 6.0 (Tamura
et al. 2013).

Parameter sebagai penanda menggunakan test of phylogeny: bootstrap method, variable


sites berdasarkan nukleotida, subtitutions to include d: Transitions + Transversions model kimura-
two parameter, dan asam amino serta komposisi sekuen nukleotida. Untuk mengetahui posisi
sampel penelitian digunakan analisis filogeni menggunakan metode Neighbour-Joining dengan
1000 kali pengulangan (Saitou & Nei 1987) Perhitungan nilai similaritas yaitu:
Persentase Similaritas = (1 – Jarak Genetik) x 100%
Untuk melihat hubungan dari masing-masing spesies dapat digambarkan dengan
menggunakan pohon filogeni. Menggunakan Neighbor joining dengan Kimura’s two parameter
model (Gambar 1.). Sebagai out group adalah Spesies Alap-alap dari sekuen FASTA (NCBI).
Analisis pohon filogeni digunakan karena dapat menggambarkan hubungan kekerabatan yang
tepat antara organisme (Li & Graur 1991)