Anda di halaman 1dari 16

RESUME GENETIKA 1

A. IDENTITAS
Mata Kuliah : Genetika 1
Topik Rangkuman : Transkripsi dan Translasi
Tanggal Pertemuan : 26 Februari 2018
Kelompok :9
Anggi Klaritasari (160342606275)
Rosita (160342606220)
B. RANGKUMAN
Transkripsi
Pada organisme eukaryotik gen kromosomal yang tersusun atas DNA tetap tinggal di
dalam nucleus sementara sintesis protein berlangsung di sitoplasma. DNA tidak dapat
bertindak secara langsung sebagai template atau cetakan untuk sintesis protein. Tetapi seuntai
rantai DNA yang disebut sebagai untai-sense yang dapat berfungsi sebagai cetakan
komplementer untuk proses sintesis dari suatu untai RNA yang disebut sebagai mRNA
(messenger RNA) atau pre-mRNA (jika memerlukan proses modifikasi untuk ditranslasikan)
dalam sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Untai yang ditranskripsikan dari dua
gen berbeda meskipun itu merupakan gen yang berdekatan tidak selalu berada dalam satu
untai yang sama. Demikian biasanya untuk satu gen hanya satu untai yang ditranskripsikan.
Sebuah mRNA membawa informasi genetik dari tempat ia disintesis di nucleus menuju
tempatnya ditranslasikan di sitoplasma. Proses pemindahan materi genetik dari nucleus
menuju sitoplasma dapat didokumentasikan melalui percobaan pelabelan Pulse dan Chase.
Alat yang digunakan untuk percobaan ini disebut sebagai autoradiograph. Jika sebuah sel
dipaparkan pada precursor RNA yang bersifat radioaktif selama beberapa menit maka
hamper keseluruhan senyawa yang berikatan dengan RNA radioaktif akan dideteksi oleh
autoradiography, terkumpul di nukleus. Jika dalam keadaan lain sel dipaparkan pada RNA
radioaktif dalam waktu singkat kemudian dikulturkan pada medium non radioaktif maka
autoradiograph akan mendeteksi bahwa keberadaan senyawa RNA radioaktif dan senyawa
RNA lain yang berikatan dengan RNA tersebut telah dipindahkan ke sitoplasma.

Dalam percobaan yang lain yang dilakukan oleh E. Volkin dan L. Astracan dengan
menggunakan virus T2 menunjukkan hasil yang serupa. Pada percobaan in diperoleh fakta
bahwa ketika bakteri lisis dan melepaskan T2, maka di dalam cairan sitoplasma yang ikut
kelur pada poses lisis tersebut mengandung mRNA yang setelah dianalisis memiliki urutan
basa yang berkomplement dengan DNA virus namun tidak berkomplement dengan DNA sel
induk. Hal ini menunjukkan bahwa mRNA virus dapat disintesis oleh ribosom sel inang. Ini
menunjukkan bahwa ribosom mensintesis hampir seluruh mRNA yang dikirimkan padanya
tanpa memperhatikan atau mengenali jenis dan sumbernya. Demikian dapat diperoleh
kesimpulan bahwa ribosom dari suatu organisme tidak memiliki spesifisitas terhadap suatu
mRNA. Untuk dapat memulai suatu proses transkripsi suatu unit enzim RNA Polimerase
harus dapat mengenali sequens mana yang harus ditranskripsikan. Sekuens ini dikenal juga
sebagai situs insiasi atau yang disebut juga sebagai promoter (promoter sites). Pada
organisme prokaryotik terdapat dua sekuens yang bersifat konservatif dan dapat dikenali
sebagai sekuens promoter. Kedua sekuens ini adalah sekuens 10 dan sekuens 35. Sekuens 10
atau yang dikenal juga sebagai pribnow box memiliki consensus yang tersusun atas basa
nitrogen TATAAT. Sekuens 35 atau yang dikenal juga sebagai recognition sequence
memiliki consensus yang tersusun atas basa nitrogen TTAGCA.Pada organisme eukaryotic
terdapat 3 tipe RNA polymerase, yakni RNA polymerase tipe I, RNA polymerase I, RNA
polymerase II dan RNA polymerase III. RNA polymerase tipe I ditemukan di nukleolus dan
berfungsi untuk mentranskripsi rRNA (ribosomal RNA). RNA polymerase tipe III terdapat
dalam nukleoplasma dan berfungsi untuk mentranskripsi snRNA (small nuclear RNA) dan
tRNA (transfer RNA). Sedangkan RNA polymerase tipe II juga terdapat dalam nukleoplasma
dan berfungsi untuk mentranskripsi mayoritas gen structural nucleus.

Seperti halnya RNA polymerase dari organisme prokaryotik, RNA polymerase tipe II
dari organisme eukaryotik juga membutuhkan sekuens promoter untuk dapat mengenali dan
menginsiasi terjadinya proses transkripsi dari suatu gen struktural. Pada organisme
eukaryotik terdapat dua sekuens konsensus yang bersifat konservatif dan dapat dikenali
sebagai sekuens promoter. Kedua sekuens ini adalah sekuens 25 dan sekuens 75. Kedua
sekuens ini terletak sebelum situs dimana transkripsi dimulai. Sekuens 25 atau yang dikenal
juga sebagai Hogness box atau TATA box memiliki consensus yang tersusun atas basa
nitrogen TATAAAA. Sekuens 75 atau yang dikenal juga sebagai CAAT box memiliki
consensus yang tersusun atas basa nitrogen GGCCAATCT. Untuk dapat mengakhiri
terjadinya proses transkripsi baik pada organisme prokaryotik maupun eukaryotic diperlukan
adanya sekuens terminasi (terminator sequences). Terminasi translasi ini terjadi pada sekuens
spesifik dari suatu DNA. Kebanyakan mRNA prokaryotik diakhiri dengan sekuens 5’
UUUUUUA-3’ yang mengindikasikan bahwa sekuens terminasi dari suatu untai sense
prokaryot adalah 3’ AAAAAAT-5’.
TRANSLASI

Translasi merupakan proses di mana informasi genetik (yang disimpan dalam urutan
nukleotida dalam sebuah molekul mRNA) diterjemahkan. Setelah uraian kode genetik, dalam
urutan asam amino berada didalam polipeptida gen-produk yang kompleks. Hal tersebut
membutuhkan fungsi sejumlah besar molekules makro. Ini termasuk (1) lebih dari 50
polipeptida dan dari 3 sampai 5 molekul RNA hadir di setiap ribosom (komposisi yang tepat
bervariasi dari spesies ke spesies), (2) paling sedikit 20 amino acid-activiting enzim
(amynoacyl-tRNA sintetase), (3 ) 40 sampai 60 molekul tRNA yang berbeda, dan (4)
setidaknya 9 protein larut terlibat dalam inisiasi rantai polipeptida, elongasi, dan terminasi.
Karena banyak dari makromolekul ini, terutama komponen ribosom, yang hadir dalam
kuantitas besar dalam setiap sel, sistem penerjemahan membuat sebagian besar dari mesin
metabolisme setiap sel.

Proses penerjemahan terjadi pada ribosom. Struktur makromolekul kompleks terletak


di sitoplasma. Translasi melibatkan tiga jenis RNA, yang semuanya ditranskripsi dari DNA
template (gen kromosom). Selain mRNA, 3 sampai 5 RNA molekul (molekul rRNA) yang
hadir sebagai bagian dari struktur masing-masing ribosom, dan 40-60 macam (seukuran 70-
80 nukleotida) molekul RNA (molekul tRNA) berfungsi sebagai mediasi penggabungan asam
amino yang tepat dalam menanggapi kodon spesifik di mRNA. Ribosom dapat dianggap
sebagai “workbenches”, lengkap dengan mesin dan peralatan yang diperlukan untuk
membuat polipeptida. Mereka nonspesifik dalam arti bahwa mereka dapat mensintesis setiap
polipeptida (setiap urutan asam amino) yang ditentukan oleh molekul mRNA tertentu.
Mengingat gambaran dangkal sintesis protein ini,
Gambar 1. Skema diagramatik sintesis protein

Penelitian awal menggunakan pulse-label (dengan asam amino radioaktif) dan


autoradiografi menunjukkan bahwa protein disintesis sebagian besar dalam sitoplasma di
dalam bentukan kecil, tapi kompleks, struktur makromolekul yang disebut ribosom. Pada
prokariota, ribosom didistribusikan di seluruh sel; pada eukariota, mereka berada dalam
sitoplasma. Mereka terdiri dari dua subunit, satu besar dan satu kecil, yang memisahkan
ketika terjemahan dari molekul mRNA selesai. Ukuran ribosom yang paling sering
dinyatakan dalam tarif mereka sedimentasi selama sentrifugasi, dalam satuan yang disebut S
atau unit Svedberg. Ribosom E.coli, seperti yang terdapat pada kenayakan prokariot,
Memiliki berat molekul 2.7x106 dan "ukuran" dari "70S". Ribosom dari eukayotes besar
(biasanya sekitar 80S). Namun, ukuran bervariasi dari spesies ke spesies. Ribosom hadir
dalam organel (mitokondria dan kloroplas) sel eukariotik yang kecil (biasanya sekitar 60S).
Dalam semua kasus, masing-masing ribosom terdiri dari dua subunit. Dalam kasus
E.coli, yang kecil (30S) subunit ribosom mengandung 16S (mol. Wt. Tentang 6x105)
molekul RNA ditambah 21 polipeptida yang berbeda, dan besar (50S) subunit mengandung
dua molekul RNA (5S, mol. Wt. Tentang 4x104, dan 23S, mol. Wt. Tentang 1.2x106)
ditambah 31 polipeptida. Dalam ribosom eukariotik, subunit kecil berisi 18S (ukuran rata-
rata) molekul RNA dan subunit besar berisi 5S, sebuah 5,8S dan 28S (ukuran rata-rata)
molekul RNA. Ribosom pada Drosophila juga tampak mengandung molekul RNA 2S kecil.
Di organel, ukuran rRNA yang sesuai adalah 5S, 13S, 21S.
Dalam kasus E.coli, M. Nomura dan rekan-rekannya telah mampu sepenuhnya
memisahkan subunit 30S ribosom ke dalam makromolekul individu dan kemudian menyusun
kembali 30S subunit fungsional dari komponen. Hal ini memungkinkan mereka untuk
mempelajari fungsi (s) dari RNA dan protein molekul individu.

Molekul-molekul RNA ribosom ditranskripsi dari template DNA, seperti molekul


mRNA. Pada eukariota, sintesis rRNA terjadi di nukleus dan dikatalisis oleh RNA polimerase
khusus hadir hanya dalam nukleolus. Terlebih lagi, transkripsi gen rRNA menghasilkan
rRNA prekursor yang lebih besar dari molekul RNA ditemukan dalam ribosom. Prekursor
rRNA menjalani proses posttranscriptional untuk menghasilkan molekul rRNA yang terlibat
dalam terjemahan. Di E.coli, rRNA transkrip gen adalah prekursor 30S, yang mengalami
pembelahan oleh endoribonucleases untuk menghasilkan 5S, 16S rRNA 28S Dan ditambah
4S molekul RNA transfer. Pada eukariota, 2S (saat sekarang), 5,8S, 18S, 28S rRNA dan
dipotong dari 40S rRNA 45S ke (tergantung pada spesies) prekursor, sedangkan 5S rRNA
dihasilkan oleh pengolahan posttranscriptional dari transript gen yang terpisah.Selain
pemecahan posttranscriptional dari rRNA prekursor, metilasi posttranscriptional dari banyak
nukleotida dalam rRNA terjadi. Metilasi melindungi molekul rRNA dari ribonucleases
intraseluler yang terlibat dalam degradasi mRNA; Fungsi pastinya belum jelas, namun
beberapa salinan dari gen untuk rRNA yang hadir dalam genom dari semua organisme
dipelajari untuk saat ini. Hal ini tidak mengherankan mengingat sejumlah besar ribosom hadir
pada setiap sel. Di E.coli, ada diperkirakan 5-10 salinan rRNA (RRN) gen, dengan setidaknya
satu salinan di masing-masing tiga lokasi yang berbeda pada kromosom tersebut. Pada
eukariota, gen rRNA yang hadir dalam ratusan hingga ribuan eksemplar. The 5,8S-18S rRNA
28S-gen eukariota yang hadir dalam duplikasi tandem di daerah penyelenggara nukleolus dari
kromosom. Dalam beberapa eukariota, seperti jagung, ada satu pasang penyelenggara
nukleolus (pada pasangan kromosom 6 pada jagung). Manusia, memiliki lima pasang
penyelenggara nukleolus, yang terletak di lengan pendek kromosom 13,14,15,21, dan 22.
penelitian yang cermat menunjukkan bahwa ada sekitar 500 eksemplar dari 5,8S-18S-28S
gen rRNA nukleolus di Xenopus laevis. Tingkat yang sama redundansi telah diperkirakan
penghematan di beberapa hewan lain. Tanaman menunjukkan variasi yang lebih besar dalam
rRNA redundansi gen, dengan beberapa ribu eksemplar hadir di beberapa genom.
Intraspesies variasi dalam jumlah rRNA redundansi gen juga telah didokumentasikan dalam
beberapa spesies.
Gen 5S rRNA pada Eukariota yang tidak terletak di daerah nukleolus. Sebaliknya,
mereka biasanya didistribusikan ke beberapa kromosom. Mereka sangat berlebihan, seperti
gen 5,8S-18S rRNA 28S-. Walaupun ribosom menyediakan tempat yang diperlukan untuk
sintesis protein, dan spesifikasi untuk setiap polipeptida yang dikodekan dalam molekul
mRNA, terjemahan dari pesan mRNA terkode menjadi urutan asam amino dalam
apolypeptide membutuhkan satu kelas tambahan molekul RNA, transfer RNA (tRNA)
molekul. Pertimbangan kimia menunjukkan bahwa interaksi langsung antara asam amino dan
urutan nukleotida atau kodon pada mRNA (kodon adalah urutan nucleotid dalam mRNA
yang menentukan penggabungan satu asam amino) tahun 1958. Oleh karena itu Crick
mengusulkan bahwa beberapa jenis dari "adapter" molekul asam amino yang menengahi
kodon pengakuan selama sintesis protein. The "adapter" molekul segera diidentifikasi dan
ditemukan untuk menjadi kecil (4S, 70-80 nukleotida panjang) molekul RNA. Molekul-
molekul ini, pertama kali disebut "RNA larut" (Srna) molekul dan kemudian mentransfer
RNA (tRNA) molekul, mengandung urutan basa triplet, yang disebut urutan antikodon, yang
melengkapi dan mengakui urutan kodon dalam terjemahan mRNA. Ada dari satu sampai
empat tRNA dikenal untuk setiap asam amino.

Gambar 3. Transkripsi dari gen E.coli yang menghasilkan 30s rRNA prekursor

Asam amino yang melekat pada tRNA dengan energi tinggi (sangat reaktif) ikatan
antara gugus karboksil dari asam amino dan termini 3'-hidroksil dari tRNA. Aminoasil tRNA
ini reaktif terbentuk dalam dua-langkah proses, baik langkah yang dikatalisasi oleh spesifik
"mengaktifkan enzim" atau aminoasil-tRNA sintetase. Ada setidaknya satu aminoasil-tRNA
sintetase untuk masing-masing 20 asam Amino. Langkah pertama dalam sintesis aminoasil-
tRNA melibatkan aktivasi asam amino menggunakan energi dari Adenosin trifosfat (ATP):
Asam amino - AMP intermadiate biasanya tidak dilepaskan dari enzim sebelum menjalani
langkah kedua dalam aminoasil-tRNA sintesis, yaitu reaksi dengan tRNA yang sesuai:
Aminoasil-tRNA (asam amino -tRNAs) adalah prekursor langsung sintesis polipeptida pada
ribosom, dengan masing-masing tRNA diaktifkan kodon mRNA dan penyajian asam amino
dalam konfigurasi sterik (struktur tiga dimensi) yang memfasilitasi pembentukan ikatan
peptida.

Translasi pada prokariot


Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal
ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah
dari ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti,
sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada
eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan.
Translasi pada eukariot
Pada eukariot transkripsi terjadi tidak bersamaan dengan translasi. Dengan adanya
membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya transkripsi dan translasi,
transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak
dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi, harus
merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan translasi pada
eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot.
mRNA pada eukariot berasal dari transkrip gen primer yang melalui beberapa proses,
yaitu:
 Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul mRNA
yang lebih kecil.
 Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA “caps”) pada ujung 5’ molekul.
 Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida
adenilet (“poly-A tails”) pada ujung 3’ molekul.
 Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.
Masing-masing gen transkrip dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses
tersebut.
Sebagian besar RNAs non ribosomal disintesis oleh sel eukariot yang memuat
molekul yang sangat besar dengan ukuran sekitar 10S sampai 200S, atau panjangnya sekitar
1.000-50.000 nukleotida. RNA ini disebut heterogenous nuclear RNA, yang disingkat
dengan hnRNA. Sekarang nampak jelas bahwa tidak semua hnRNA benar-benar pre-mRNA.
Proses yang cepat dari pembentukan molekul raksasa hnRNA atau pre-mRNA di nucleus
segera mengakibatkan (1) bagian terbesar dari non ribosomal RNAyang disintesis di nucleus
(kemungkinan segmen yang besar dari transkrip primer) dengan cepat terdegradasi (sekitar
30 menit) dan (2) formasi dari molekul mRNA yang lebih kecil ditransport menuju
sitoplasma. Meskipun, ini belum jelas antara semua, sebagian besar, atau hanya bagian dari
molekul hnRNA yang disintesis di nucleus dari sel eukariot, faktanya adalah molekul pre-
mRNA.
Bukti definitif untuk proses pre-mRNA dalam pembentukan mRNA eukariotik telah
diperoleh dalam kasus gen transkripsi β-globulin dari tikus. Pada fenomena ini, sebuah 15S
hnRNA (pre-mRNA, yang panjangnya 1200-1500 nukleotida) diproses menuju 9S
(panjangnya sekitar 600 nukleotida) dari β-globulin mRNA.
Bukti yang identik untuk proses hnRNA atau pre-mRNA pada formasi dari molekul
mRNA matang sekarang tersedia dari banyak gen transkripsi eukariotik yang lain. Proses ini
sering melibatkan penghilangan noncoding intervening sequances atau intron yang lokasinya
antara sequence terkode(disebut exons).
Sebagai tambahan, mRNA dari beberapa virus eukariotik yang telah diketahui
mengandung leader sequence (sequence dari ujung 5’ ke kodon inisiasi translasi dari
mRNAs) yang telah digambarkan di potongan DNA yang tidak bersebelahan dengan gen
structural. Beberapa mungkin berbeda, faktanya mengandung potongan leader yang identik.
Potongan leader ini nampaknya bersambungan dengan ujung 5’ dari gen transkripsi selama
proses berlangsung. Hal ini dipercaya bahwa potongan leader ini harus dikaitkan pada
regulasi dari translasi. Bagaimanapun fungsi pastinya belum diketahui.
Translasi pada eukariot terlihat analog dengan translasi pada prokariot, kecuali (1)
grup amino dari methionyl-tRNAimet(inisiasi tRNA) tidak terbentuk. (2) sebagian besar
mRNAs eukariot dibelajari melalui monogenic, seperti hanya 1 spesies polipeptida yang
tertranslasi dari dari setiap mRNA. Pada prokariot, banyak mRNAs adalah polygenic, dua
atau lebih polipeptida yang berbeda disintesis dari segmen yang tidak saling tumpang tindih
dari sebuah mRNA tunggal.
Sintesis dari satu protein eukariot, protein sutra fibroin, dapat divisualisasikan
menggunakan mikroskop electron menggunakan teknik yang dikembangkan oleh O. L.
Miller, B. A. Hamkalo, dan rekan-rekan. Fibroin tidak dilipat kearah permukaan ribosom
sebagai polipeptida-polipeptida lain yang berada pada kondisi biasanya. Sebagai hasilnya,
timbul rantai polipeptida dari pemanjangan, dapat terlihat perlekatan ribosom dari satu
pindaian dari ujung polisome raksasa menuju ujung yang lain.
Pelepasan urutan intron oleh penggabungan RNA
Kebanyakan gen nukleus yang mengkode protein pada eukariot multiseluler
mengandung intron. Lebih sedikit, namun masih banyak, gen eukariotik uniseluler seperti
ragi mengandung intron. Gen langka dari archaea dan beberapa virus prokariota juga
mengandung intron. Dalam kasus ini "split" gen, transkrip primer mengandung seluruh
urutan gen, dan urutan intron yang dipotong selama pemrosesan RNA.
Untuk gen yang mengkode protein, mekanisme penyambungan harus tepat; harus
bergabung urutan ekson dengan akurasi dengan nukleotida tunggal untuk memastikan bahwa
kodon dalam ekson distal intron dibaca dengan benar. Akurasi untuk gelar ini tampaknya
akan membutuhkan sinyal splicing tepat, urutan nukleotida mungkin dalam intron dan pada
persimpangan ekson-intron. Namun, dalam transkrip utama gen nukleus, hanya urutan benar-
benar dilestarikan intron berbeda urutan dinukleotida di ujung intron, yaitu,

Urutan ditampilkan di sini adalah untuk untai DNA nontemplate (setara dengan transkrip
RNA, tetapi dengan T ketimbang U). Selain itu, ada urutan konsensus singkat di
persimpangan ekson-intron. Untuk gen nukleus, persimpangan konsensus yang

Subskrip numerik menunjukkan frekuensi persentase basis konsensus pada setiap posisi;
dengan demikian, 100 subscript menunjukkan bahwa dasar selalu hadir di posisi itu. N dan
Py menunjukkan bahwa salah satu dari empat nukleotida standar atau baik pirimidin, masing-
masing, dapat hadir pada posisi yang ditunjukkan. Persimpangan ekson-intron yang berbeda
untuk gen tRNA dan gen struktural dalam mitokondria dan kloroplas, yang memanfaatkan
mekanisme RNA splicing berbeda. Namun, spesies yang berbeda lakukan menunjukkan
beberapa urutan konservasi di persimpangan ekson-intron.
Penelitian terbaru menunjukkan bahwa splicing dan intron urutan dapat
mempengaruhi ekspresi gen. Bukti langsung untuk kepentingan mereka telah disediakan oleh
mutasi di situs tersebut yang menyebabkan fenotipe mutan dalam banyak eukariotik yang
berbeda. Memang, mutasi tersebut kadang-kadang bertanggung jawab untuk penyakit
warisan pada manusia, seperti gangguan hemoglobin.
Penemuan noncoding intron dalam gen mendorong intens antar est dalam mekanisme
(s) dimana urutan intron dikeluarkan selama ekspresi gen. Demonstrasi awal bahwa urutan
intron dalam gen eukariotik yang ditranskrip bersama dengan urutan ekson penelitian
terfokus pada pengolahan transkrip gen primer. Sama seperti sistem in vitro memberikan
informasi penting tentang mekanisme skripsi transponder dan terjemahan, kunci untuk
memahami peristiwa splicing RNA adalah pengembangan in vitro sistem splicing. Dengan
menggunakan sistem ini, para peneliti telah menunjukkan bahwa ada tiga jenis yang berbeda
dari intron sion exci- dari transkrip RNA.
1. intron tRNA prekursor yang dipotong oleh tepat belahan dada litik endonucleo- dan reaksi
ligasi
2.intron beberapa prekursor rRNA dihapus autocatalytically dalam reaksiyang unik dimediasi
oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas enzimatik proteinyang terlibat.) 3.intron
nukleus pre-mRNA (hnRNA) transkrip yang disambung dalam reaksi dua langkah yang
dilakukan oleh partikel ribonucleo protein kompleks yang disebut spliceosome. Ketiga
mekanis meintroneksisi dibahas dalam tiga bagian berikut. Ada mekanisme lain introneksisi,
tapi untuk singkatnya mereka tidak dibahas di sini.
Menurut angka tulisan dibawah garis menunjukkan presentase frekuensi dari
consensus dasar di tiap-tiap posisi ; demikian 100 dibawah garis menunjukkan bahwa dasar
selalu hadir pada posisi itu. N menunjukkan bahwa yang mana empat standar nucleotide
mungkin hadir pada posisi yang ditunjukkan. Sambungan exon-intron berbeda dalam kasus
dari gen tRNA dan struktur gen dalam mitokondria dan kloroplas, yang mana menggunakan
perbedaan mekanisme sambungan RNA. Disini hanya satu sekuen terpelihara pendek dalam
intron dari gen nuclear, yang disebut “TACTAAC box” dan ini kurang baik dipelihara.
“TACTAAC box” memperlihatkan pilihan kuat untuk salah satu purin atau pirimidin pada
tiap tempat sebagai berikut :

Py80 N Py80 Py87 PU75 A100 Py95

Adenine residu pada posisi 6 di “TACTAAC box” sepenuhnya terpelihara dan


diketahui berperan penting pada reaksi splicing (sambungan). Sisa sekuen dari intron (sering
banyak sekali) dari gen nuclear itu sangat berbeda dan kelihatan menjadi sekuen bebas
seluruhnya. Intron dari gen mitokondria dan kloroplas mengandung sekuen terpelihara yang
berbeda dari gen nuclear.

Tiga jenis penyambungan RNA yang berbeda

Penemuan intron noncoding pada gen merangsang minat yang kuat dalam mekanisme
(s) dimana urutan intron dihapus selama ekspresi gen. Demonstrasi awal bahwa rangkaian
intron di Gen eukariotik ditranskripsikan bersamaan dengan urutan exon yang terfokus
penelitian tentang pengolahan transkrip gen primer. Sama seperti in vitro sistem memberikan
informasi penting tentang mekanisme transkripsi dan terjemahan, kunci untuk memahami
peristiwa penyampaian RNA adalah pengembangan sistem splicing in vitro. Dengan
menggunakan sistem ini, peneliti telah menunjukkan bahwa ada tiga jenis eksisi intron yang
berbeda dari transkrip RNA
1. Intron prekursor tRNA dieksisi oleh endonukleolitik yang tepat pembelahan dan reaksi
ligasi yang dikatalisis oleh endonuklease splicing khusus

2. Intron beberapa prekursor rRNA dilepaskan secara autokatalitik secara unik Reaksi
dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas enzimatik protein terlibat.)
3. Intron transkrip pra-mRNA nuklir (hnRNA) disambung dalam dua tahap Reaksi dilakukan
oleh partikel ribonukleoprotein kompleks yang disebut spliceosomes. Ketiga mekanisme
eksisi intron ini dibahas pada tiga hal berikut bagian.
Splicing tRNA prekursor nuclease dan ligase

Reaksi splicing prekursor tRNA telah dikerjakan secara rinci pada ragi Saccharomyces
cerevisiae. Keduanya dalam sistem splicing in vitro dan splicing sensitif temperatur mutan
telah digunakan untuk membedah mekanisme penyambungan tRNA di S. cerevisiae. Eksisi
intron dari precursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap. Di tahap I, endonuclease splicing
nuklir yang terikat membran membuat dua luka tepat di ujungnya dari intron Kemudian, pada
tahap II, ligase splicing menggabungkan dua bagian tRNA ke menghasilkan bentuk molekul
tRNA dewasa. Kekhususan untuk reaksi ini berada dalam fitur tiga dimensi yang dilestarikan
prekursor tRNA, bukan di urutan nukleotida per se.

Penyambungan autocatalytic splicing of Tetrabynema rRna precursor

Tema umum dalam biologi adalah bahwa metabolisme terjadi melalui sekuens enzim yang
teraktivasireaksi. Enzim-enzim penting ini umumnya protein, kadangkala polipeptida tunggal
dan kadang kompleks heteromultimers. Terkadang enzim memerlukan kofaktor nonprotein
untuk menjalankan fungsinya. Saat ikatan kovalen diubah, biasanya diasumsikan bahwa
reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim. Dengan demikian, penemuan tahun 1982 oleh Thomas
Cech dan rekan kerjanya bahwa intron di prekursor rRNA tetrahymena thermophila dipotong
tanpa keterlibatan Aktivitas katalitik protein pun cukup mengejutkan. Namun, sekarang sudah
jelas bahwa aktivitas splicing yang mengeluarkan intron dari prekursor rRNA ini intrinsik di
mitokondria dan kloroplas dari berbagai spesies. Dalam kasus banyak intron ini, mekanisme
splicing sendiri sama atau sangat mirip dengan yang digunakan
oleh prekursor rRNA Tetrahymena Eksisi autocatalytic intron pada prekursor rRNA
Tetrahymena dan Beberapa intron lainnya tidak memerlukan sumber energi eksternal dan
tidak ada aktivitas katalitik protein. Sebagai gantinya, mekanisme splicing melibatkan
serangkaian transfer obligasi phosphoester, dengan tidak ada ikatan yang hilang atau
diperoleh dalam prosesnya. Reaksi membutuhkan nukleosida guanin atau nukleotida dengan
kelompok 3? -OH gratis (GTP, PDB, GMP, atau guanosin semua bekerja) sebagai kofaktor
ditambah kation monovalen dan kation divalen. Persyaratan untuk G-3? -OH mutlak; Tidak
ada basa lain yang bisa diganti dengan nukleosida atau nukleotida kofaktor Intron ini
dipotong dengan menggunakan dua transfer bond phosphoester, danintron yang dipotong
kemudian dapat disirkulasikan melalui ikatan fosfester lain transfer.
Pre – mRna splicing snRnas, snRNPs, and the spliceosome
Para intron di pra-mRNA nuklir dieksisi dalam dua langkah seperti intron di dalamnya
prekursor tRNA ragi dan prekursor rRNA Tetrahymena yang telah dibahas di dua bagian
sebelumnya. Namun, intron tidak dipotong dengan sederhana splicing nucleases dan ligases
atau autocatalytically, dan tidak ada kofaktor guanosin wajib. Sebagai gantinya, spion nuklir
pra-mRNA dilakukan oleh kompleks RNA- Struktur protein yang disebut spliceosomes.
Struktur ini dalam banyak hal seperti ribosom kecil Mereka mengandung satu set molekul
RNA kecil yang disebut snRNA (kecil RNA nuklir) dan sekitar 40 protein berbeda. Dua
tahap di premRNA nuklir Splicing. Namun, beberapa rincian dari Proses splicing masih
belum pasti. Lima snRNA, yang disebut U1, U2, U4, U5, dan U6, terlibat dalam pra-mRNA
nuklir. splicing sebagai komponen dari spliceosome. (snRNA U3 terlokalisasi di dalam
nukleolus dan mungkin terlibat dalam pembentukan ribosom.) Pada mamalia, snRNA ini
kisaran ukuran dari 100 nukleotida (U6) sampai 215 nukleotida (U3). Beberapa snRNAs di
ragi S. cerevisiae jauh lebih besar. SnRNAs ini lakukan tidak ada sebagai molekul RNA
bebas. Sebaliknya, mereka hadir masuk Kompleks protein RNA inti kecil yang disebut
snRNPs (kecil ribonukleoprotein nuklir). Spliceosomes dirakit dari empat faktor snRNPs dan
protein splicing yang berbeda selama proses splicing. Masing-masing snRNA U1, U2, dan
U5 hadir dengan sendirinya dalam partikel snRNP tertentu. snRNA U4 dan U6 hadir bersama
di snRNP keempat; U4 dan U6 snRNA berisi dua wilayah saling melengkapi antar
antarmolekul yang basepaired di snRNP U4 / U6. Masing-masing dari keempat jenis snRNP
tersebut partikel mengandung subset dari tujuh snRNP yang ditandai dengan baik Protein
ditambah satu atau lebih protein unik untuk yang tertentu jenis partikel snRNP Tahap
pertama dalam splicing nuklir pra-mRNA melibatkan pembelahan di 5? situs sambatan intron
(↓ GU-intron) dan pembentukan hubungan fosfodiester intramolekuler antara 5? karbon G di
lokasi pembelahan dan 2? karbon dari residu A yang dilestarikan di dekat 3? akhir dari
intron Tahap ini terjadi pada spliceosomes lengkap dan membutuhkan hidrolisis ATP. Bukti
menunjukkan bahwa snrNP U1 harus mengikat pada 5? situs sambatan sebelum reaksi
pembelahan awal. Pengakuan atas situs pembelahan di 5? akhir intron mungkin melibatkan
pasangan dasar antara urutan konsensus di situs ini dan urutan komplementer di dekat 5?
ujung snRNA U1. Namun, spesifisitas pengikatan setidaknya beberapa dari snRNPs ke
urutan konsensus intron melibatkan keduanya snRNA dan protein snRNP spesifik.
SnRNP kedua ditambahkan ke splicing kompleks tampaknya menjadi snRNP U2; itu
mengikat di urutan konsensus yang mengandung residu A yang dilestarikan yang membentuk
titik cabang dalam struktur lariat disambung intron Setelah itu, snrNP U5 mengikat pada 3?
sambatan, dan snRNP U4 / U6 ditambahkan ke kompleks untuk menghasilkan spliceosome
lengkap. Kapan 5? Situs splon intron dibelah pada langkah 1, snRNA U4 dilepaskan dari
spliceosome. Pada langkah 2 dari splicing reaksi, yang 3? sambatan situs intron dibelah, dan
dua ekson digabungkan dengan 5 normal? ke 3? Fosfodiester keterkaitan. mRNA yang
disambung sekarang sudah siap untuk diekspor ke sitoplasma dan terjemahan pada ribosom.

C. PERTANYAAN
1.Jelaskan perbedaan translasi pada eukariot dan prokariot !
Jawaban : pada prokariot, proses translasi dilakukan secara hampir serentak dengan proses
transkripsi, artinya sebelum transkripsi selesai maka proses translasi sudah dimulai.
Sebaliknya pada eukariot translasi baru dapat dilaksanakan jika proses transkripsi sudah
selesai.
2. Jelaskan perbedaan translasi dan transkripsi pada eukariot ?
Jawaban : Pada eukariot transkripsi terjadi tidak bersamaan dengan translasi. Dengan adanya
membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya transkripsi dan translasi,
transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak
dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi, harus
merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan translasi pada
eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot. mRNA pada eukariot berasal dari transkrip
gen primer yang melalui beberapa proses, yaitu:

-Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul mRNA yang
lebih kecil.
-Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA “caps”) pada ujung 5’ molekul.
- Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida adenilet
(“poly-A tails”) pada ujung 3’ molekul.
- Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik. Masing-masing gen
transkrip dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses tersebut.
3. Bagaimana proses translasi pada prokariot ?
Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari
ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti, sehingga
tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada
eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan