BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk

mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-
metode matematika, statistika dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis,
terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan
dengannya.
Dalam praktikum bioinformatika, hal-hal yang dilakukan antara lain :
Menemukan rangkaian nukleotida manusia (RBP4) dari NCBI GenBank
Mengidentifikasi gen-gen dalam rangkaian nukleotida menggunakan NCBI GenBank
dan Genscan Prediction Tool
Mengidentifikasi rangkaian yang sangat mirip dengan nukleotida manusia pada spesies
lain
Menerjemahkan rangkaian nukleotida menjadi rangkaian asam amino
Hal-hal di atas dilakukan atas dasar keingintahuan tentang macam-macam rangkaian
nukleotida pada makhluk hidup terutama pada manusia.
Adapun NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi
yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat
database yang dapat diakses oleh public, merangsang riset biologi terkomputasi,
mengembangkan software penganalisis data genome dan menyebarkan informasi biomedical
yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-
proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Pada NCBI GenBank, kita
dapat menemukan rangkaian-rangkaian DNA yang terdapat dalam tubuh makhluk hidup, baik
itu rangkaian yang mengkodekan warna kulit, warna mata, bentuk hidung, bentuk bibir,
bentuk telinga, bentuk mata, dan banyak lainnya. Semua itu dapat kita dapatkan di NCBI
GenBank dengan cara memasukkan nomor akses yang telah disahkan.
Bioinformatika berperan sebagai penunjang suatu proses penelitian sampai akhirnya
menjadi produk yang dapat digunakan khalayak ramai untuk kepentingan tertentu.
Bioinformatika menyediakan tools yang dapat dipakai untuk memahami fenomena biologis
secara molekuler. Keberhasilan memetakan genom manusia mendorong berbagai penelitian
biomedis untuk mempelajari dan memahami penyakit sampai tingkat gen dan molekuler
sehingga memungkinkan ditemukannya pengobatan klinis yang lebih baik, target obat baru,
dan pencegahan berbagai penyakit yang sampai saat ini belum ada obatnya.

1
1.2 Rumusan Masalah
1. Bagaimana proses yang terjadi dari DNA hingga menjadi protein?
2. Bagaimana mencari sekuen gen ,struktur gen,motif dan domain protein?
3. Apakah fungsi RFXANK dan bagaimana proses terjadinya?
4. Bagaimana cara kerja pencarian bioinformatika di Internet
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui proses perubahan yang terjadi dari DNA hingga menjadi protein
2. Untuk mengetahui cara memberi sekuen gen struktur gen ,motif,domain,protein dan
sebagainya dengan penelusuran bioinformatika di internet
3. Untuk mengetahui fungsi dari gen RFXANK dan bagaimana proses kerjanya
4. Untuk mengetahui prose pencarian bioinformatika di internet.

2
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Deoxyribonucleic acid (DNA)

Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah suatu materi yang terdapat pada tubuh manusia
dan semua makhluk hidup yang diwarisi secara turun menurun. Semua sel pada tubuh
memiliki DNA yang sama dan sebagian besar terdapat pada nukleus. DNA juga dapat
ditemukan pada mitokondria (Campbell et al., 2004). Struktur dari DNA terdiri dari gugus
fosfat, gula deoksiribosa dan basa nitrogen. Informasi yang dibawa oleh DNA bergantung
pada urutan basa nitrogen yang terdiri dari Adenin (A), Timin (T), Guanin (G) dan Sitosin
(C). Basa pada DNA selalu berpasangan yaitu A-T dan G-C (Stansfield et al., 2002; Lewis,
2003). Masing-masing pasangan basa melekat pada molekul gula (deoksiribosa) dan fosfat
membentuk unit nukleotida. Nukleotida tersusun berpasangan pada baris panjang yang
berbentuk spiral yang sering disebut double helix (Suryo, 2011).

DNA dapat bereplikasi dan memperbanyak jumlahnya ketika akan terjadi pembelahan
sel sehingga tiap sel baru akan memiliki DNA yang sama seperti sel yang lama. Proses
replikasi DNA dimulai ketika untaian DNA dibuka dan dipisahkan oleh enzim helikase
sehingga terjadi pemisahan antara untaian satu dengan untaian lainya (Stanfield et al., 2002).
Selanjutnya, tiap untaian DNA yang terpisah tersebut menjadi dasar cetakan (template)
pasangan basa baru yang prosesnya dibantu oleh enzim DNApolymerase. Enzim ini akan
memasangkan basa-basa yang sesuai dengan templatnya (Yuwono, 2005). Fungsi DNA
adalah untuk bereplikasi dan mensintesis protein. Replikasi diperlukan untuk 2 memberikan
informasi yang sama pada tiap sel baru ketika terjadi pembelahan. Dalam proses sintesis
protein, DNA menyediakan informasi genetik yang diperlukan oleh sel untuk dapat berfungsi
secara fungsional dan struktural. Informasi dari DNA diturunkan dari generasi ke generasi
dan merupakan kombinasi dari ayah dan ibu (Butler, 2005).

Pada tahun 1953, James Watson and Francis Crick telah membuka wawasan baru
tentang penemuan model struktur DNA. Publikasi dari model double heliks DNA ini disusun
berdasarkan penemuan: 1. Penemuan struktur asam nukleat dari Pauling & Corey 2. Pola
difraksi DNA (Single-crystal X-ray analysis) dari Wilkins & Franklin 3. Pola perbandingan
jumlah A-T, G-C (1:1) dari Chargaff atau dikenal sebagai Hukum Ekivalen Chargaff: ·
Jumlah purin sama dengan pirimidin · Banyaknya adenin sama dengan timin, juga jumlah
glisin sama dengan sitosin. DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara
kovalen membentuk rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA) dengan tulang
punggung gula-fosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua rantai polinukleotida saling
berikatan melalui ikatan hydrogen antara basabasa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua
basa berada di dalam double helix dan tulangpunggung gula-fosfat berada di bagian luar.
Purin selalu berpasangan dengan pirimidin (A-T, G-C). Perpasangan secara komplemen
tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas dengan susunan yang paling sesuai. Hal ini
bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun secara antiparalel.

3
2.2 Gen

Gen adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material
genetik organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA, atau RNA pada beberapa virus,
dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti perkembangan
fisik atau perilaku dari organisme itu. Gena tersusun atas daerah urutan basa nukleotida baik
yang mengkode suatu informasi genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah yang
tidak mengkode informasi genetik (non-coding-gene region as intron), hal ini penting untuk
pembentukan suatu protein yang fungsinya diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau
organisme secara keseluruhan.

2.3 Genom

Genom dalam genetika dan biologi molekular modern, adalah keseluruhan informasi
genetik yang dimiliki suatu sel atau organisme, atau khususnya keseluruhan asam
nukleat yang memuat informasi tersebut. Secara fisik, genom dapat terbagi menjadi molekul-
molekul asam nukleat yang berbeda (sebagai kromosom atau plasmid), sementara secara
fungsi, genom dapat terbagi menjadi gen-gen

2.4 Bioteknologi

Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup

(Bakteri,fungi,virus dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim,alkohol) dalam
proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa. Dewasa ini, perkembangan
bioteknologi tidak hanya didasari pada biologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan
murni lain, seperti biokimia , komputer, biologi molekular, mikrobiologi , genetika , kimia
, matematika , dan lain sebagainya. Dengan kata lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang
menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa.

Bioteknologi secara sederhana sudah dikenal oleh manusia sejak ribuan tahun yang
lalu. Sebagai contoh, di bidang teknologi pangan adalah pembuatan bir, roti,
maupun kejuyang sudah dikenal sejak abad ke-19, pemuliaan tanaman untuk
menghasilkan varietas-varietas baru di bidang pertanian, serta pemuliaan dan reproduksi
hewan Di bidangmedis, penerapan bioteknologi pada masa lalu dibuktikan antara lain dengan
penemuanvaksin, antibiotik, dan insulin walaupun masih dalam jumlah yang terbatas akibat
prosesfermentasi yang tidak sempurna. Perubahan signifikan terjadi setelah
penemuanbioreaktor oleh Louis pasteur Dengan alat ini, produksi antibiotik maupun vaksin
dapat dilakukan secara massal.

4
 Pada masa ini, bioteknologi berkembang sangat pesat, terutama di negara negara
maju. Kemajuan ini ditandai dengan ditemukannya berbagai macam teknologi
semisalrekayasa genetika, kultur jaringan, DNA rekombinan, pengembangbiakan sel
induk,kloning, dan lain-lain. Teknologi ini memungkinkan kita untuk memperoleh
penyembuhan penyakit-penyakit genetik maupun kronis yang belum dapat disembuhkan,
seperti kanker ataupun AIDS, Penelitian di bidang pengembangan sel induk juga
memungkinkan para penderita stroke ataupun penyakit lain yang mengakibatkan kehilangan
atau kerusakan pada jaringan tubuh dapat sembuh seperti sediakala. Di bidang pangan,
dengan menggunakan teknologi rekayasa genetika, kultur jaringan dan DNA rekombinan,
dapat dihasilkan tanaman dengan sifat dan produk unggul karena mengandung zat gizi yang
lebih jika dibandingkan tanaman biasa, serta juga lebih tahan terhadap hama maupun tekanan
lingkungan. Penerapan bioteknologi pada masa ini juga dapat dijumpai pada
pelestarian lingkungan hidup daripolusi.Sebagai contoh, pada penguraian minyak bumi yang
tertumpah ke laut oleh bakteri, dan penguraian zat-zat yang bersifat toksik (racun) di sungai
atau laut dengan menggunakan bakteri jenis baru.

Kemajuan di bidang bioteknologi tak lepas dari berbagai kontroversi yang melingkupi
perkembangan teknologinya. Sebagai contoh, teknologi kloning dan rekayasa
genetikaterhadap tanaman pangan mendapat kecaman dari bermacam-macam golongan.
Bioteknologi secara umum berarti meningkatkan kualitas suatu organisme melalui aplikasi
teknologi. Aplikasi teknologi tersebut dapat memodifikasi fungsi biologis suatu organisme
dengan menambahkan gen dari organisme lain atau merekayasa gen pada organisme tersebut.

5
 BAB III

METODE

3.1 Alat dan bahan

Alat yang digunakan adalah seperangkat lengkap komputer dengan aksesorisnya dan koneksi
internet. Bahan yang digunakan adalah gen tertentu dari manusia sebagai bahan
pembelajaran.

3.2 Prosedur kerja

1. mencari sekuen DNA,aasam amino ,struktur proteindan domain fungsional protein dengan cara :

Buka situs ww.genename.org dan masukkan nama protein yang ingin diteliti . klik bagian
search klik bagian protein yang dicari

Klik beberapa link pada halaman tersebut seperti : Entrez Gene, Genbank,OMIM ,
NCBI Sequence Viewer

A. Entrez
Klik link protein untuk memperoleh informasi lebih lanjut tentang sekuen protein

Kemudian scroll ke bawah klik link pathways untuk mengetahui pathways

tertentu protein

B. Gen bank
Klik link CDD search result untuk mengethaui domain fungsional protein,link
protein Id

Hasil klik cdd result untuk melihat domain fungsional protein target

Klik pada anak panah super family .pada tampilan super family banyak link yang
dapata diklik untuk mendapatkan informasi lebih lanjut

C. NCBI
D. OMIM

6
 3.2 Mencari Struktur Sekunder suatu protein

Buka situs PDB di www.pdb.org

Masukkan protein yang ingin dicari ,pilih salah satu hasil pencarian
dengan cara mengklik link tersebut maka akan diperoleh struktur

Buka situs PDB sum di www.ebi.ac.uk/thornton-

srv/databases/pdbsum.

Lakukan search protein yan dicari

Pilih salah satu kode akses yang telah diperoleh sebelumnya pada
PDB. Maka akan muncul tampilan find pada PDB sum

Klik protein chain untuk memperoleh struktur sekunder ,maka akan

daAat diketahui motif dari suatu protein pada tampilan tersebut.
3. mencari tranduksi sinyal terkait protein tertentu

Buka situs http://cap.nci.nih.gov./Pathways

Klik pathways searcer masukkan nma protein yang akan dicari

pathwaysnya pada kolom keyword klik Go.

Tranduksi sinyal di manusia.

Klik legend untuk melihat keterangan pathway

Pada tampilan legend, pathway yang berkaitan dengan protein

tersebu dapat dijelaskan dengna melihat keterangan pada legend.

7
 BAB IV

PEMBAHASAN

3.3 Dogma Sentral Bioteknologi

Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Seperti kita ketahui DNA
sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh protein
histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari luar akan
kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan,
perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. Kemudian RNA
polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang akan ditranskripsi.
Kemudian RNA polymerase ini akan menempel (binding) di daerah promoter spesifik dari
gene yang akan disintesis proteinnya, daerah promoter ini merupakan daerah consesus
sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik inisiasi (+1) yang mengandung urutan TATA-
Box sebagai basal promoter.
Setelah itu, polimerase ini akan membuka titik inisiasi (kodon ATG) dari gene
tersebut dan mengkopi semua informasi secara utuh baik daerah exon maupun intron, dalam
bentuk molekul immature mRNA (messenger RNA). Kemudian immature mRNA ini diolah
pada proses splicing dengan menggunakan smallnuclearRNA (snRNA) complex yang akan
memotong hanya daerah intron, dan semua exon akan disambungkan menjadi satu urutan gen
utuh tanpa non-coding area dan disebut sebagai mature mRNA.
Pada tahap berikutnya, mRNA ini diproses lebih lanjut pada proses translasi di dalam
ribosom, dalam tiga tahapan pokok yaitu inisiasi sebagai mengawali sintesis polipeptida dari
kodon AUG yang ditranslasi sebagai asam amino methionine. Proses ini berlangsung dengan
bantuan initiation factor (IF-1, IF-2 dan IF3) dan enzim tRNA-methionine synthethase (pada
bakteri diawali oleh formylmethionine) sehingga tRNA dan asam amino methionine
membentuk ikatan cognate dan bergerak ke ribosom tempat sintesis protein berlangsung.
Langkah selanjutnya adalah elongasi atau pemanjangan polpeptida sesuai denga
urutan kodon yang dibawa oleh mRNA. Gambar5. Proses splicing dari pematangan mRNA.
Pada proses elongasi ini diperlukan elongation factor complex. Seperti juga proses inisiasi
enzim tRNA-amino acid synthethase berperan dalam pembentukan cognate antara tRNA dan
asam amino lainya dari sitoplasma yang sesuai dengan urutan kodon mRNA tersebut. Proses
elongasi akan berhenti sampai kodon terminasi dan poly-adenyl (poly-A), dan diakhiri
sebagai proses terminasi yang dilakukan oleh rho-protein. Polipeptida akan diproses sebagai
molekul protein yang fungsional setelah melalui proses posttranslation di retikulum
endoplasmik (RE) hingga tingkat jaringan.

8
4.2 Penentuan domain,sekuen dan motif

Pada praktikum kali ini di dapatkan sekuen gen seperti tampilan tersebut,
inforrmasi yang dapat kita baca adalah start codom,coding sequencedan stop codon.
Jadi protein RFXANK start codonnya adalah (atg) dimukai pada basa ke 418 dan stop
codonnya (tga) berhenti pada basa ke 1140.dan coding sequence berjumlah sebanyak
722 basa.

Kemudian pada pengamatan protein sekunder didapatkan hasil berpa motif

gen yakni beta turn dan gamma turn seperti gambar yang ada di atas.

3.3 Fungsi RFXANK dan mekanisme

Pada praktikum kali ini peulis menggunakan protein RFXANK (Regulatory Factor X
Associated Ankyrin Containing Protein) sebagai objek yangditeliti. RFXANK merupakan
gen yang memiliki fungsi untuk menghasilkan protein yang digunakan pada sistem kekebalan

9
 tubu/sel imun. Adapun mekanisme kerjanya adalah dengan melakukan asosiasi dengan faktor
5 sehingga terbentuk gugus komplek yang memiliki ikatan motif x-box .promotor inilah yang
akan menjadi penhubung antara non DNA binding factor MHC class II. Multiple alternative
di hubungkan dengan isoform yang berbeda untuk mendeskripsikan gen.

3.4 Cara pencarian Bioinformatika pada Internet

1. Mencari sekuen DNA ,sekuen asam amino ,struktur protein, dan domain fungsional
protein
a. Buka situs www.genename.org. Diperoleh tampilan seperti dibawah ini masukkan
nama protein yang ingin di cari . Klik bagian search

b. Masukkan nama protein yang dicari

10
c. Klik bagian protein yang dicari

Klik beberapa link pada laman tersebut

Enterez gene : untuk mengetahui informasi mengenai gen
Genbank : untuk mengetahui sekuen nukleotida
NCBI sequence Viewer : untuk mengetahui letak gen dalam kromosom
OMIM : untuk mengetahui penyakit terkait dengan protein
yang ingin dicari
Tampilan Enterez gene

11
Klik link protein untuk memperoleh informasi lebih lanjut mengenai sekuens
protein tertentu.
Scroll ke bawah,tampilan Enterez gene sebagai berikut

12
Klik link pathways untuk mengetahui pathways suatu proein

Tampilan pathways suatu protein

Tampilan genbank

13
14
15
Klik link protein ID selanjutnya klik link CDD search result untuk mengetahui
domain
fungsional protein

16
Hasil klik CDD search resuult untuk melihat domai fungsional dari protein target
,tampilannya adalah sebagai berikut sellanjutya klik pada anak panah (super
family).

Hasil tampilan super family

Banyak link yang dapat dilik untk mengetahui informasi lebih lanjut

Tampilan OMIM

17
2. Mencari struktur sekunder suatu protein
a. Buka situs pdb di www.pd.org, masukka protein yang dicari

b. Pilih salah satu hasil pencarian dengan cara mengklik link tersebut

18
c. Buka situs pdb sum di www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum lakukan
search protein yang ingin dicari pilih salah satu kode akses yang telah diperoleh
sebelumnya pada PDB

d. Hasil tampilan find pada pdbsum

19
e. Klik protein chain untuk memperoleh struktur sekunder haslnya adalah sebagai
berikut :

20
3. Mencari tranduksi sinyal dengan protein tertentu
a. Buka situs a http://cgap.nci.nih.gov/Pathways

b. Klik pathway searcer masukkan nama protein yang akan dicari pathwaynya pada
kolom keyword

21
c. Klik go dan hasil tampilan pathway searcer akan muncul, namun pada protein
yang saya amati muncul “ No path way found”artinya RFXANK tidak memmiliki
hubungan denga Cancer.

Karena RFXANK tidak memiliki pathway,penulis menggunakan ge nlain yakni

p53 sebagia objek dalam mengamati pathways.

22
23
 BAB V
KESIMPULAN

Pada prktikum kali ini digunakan Jadi protein RFXANK start codonnya adalah
(atg) dimukai pada basa ke 418 dan stop codonnya (tga) berhenti pada basa ke
1140.dan coding sequence berjumlah sebanyak 722 basa.dan dari pengamatan struktur
sekunder protein didapatkan motif dari protein ini yakni beta turn dan gamma turn .

Untuk situs yang digunakan dalam pengmatan ini adntara lain adalah
www.ncbi.nlm.nih.gov ,www.genename.org ,www.pdb.org dimana setiap situs
memiliki fungsi yang berbeda yang menghasilkan informasi-informasi mengenai
karakteristi suatu protein secara berkesinambungan.

24
 DAFTRA PUSTAKA

Campbell,N.A.,J.B.Reecee,L.A Urry.M,Lcain,S.AwasermanP.V.Minorsk& R.B

Jakson.2010.Biologi (Edisi kedelapan jilid 1). Jakarta : Erlangga
http://id.wikipedia.org/wikibioinformatika

25