Anda di halaman 1dari 29
KIMIA KOMPUTASI SUWARDI

KIMIA KOMPUTASI

SUWARDI

KIMIA KOMPUTASI SUWARDI
1 2 3
1
2
3
Rangkuman Tugas/Pertanyaan
Rangkuman
Tugas/Pertanyaan

Sistematika Penyajian

Apa yang dapat kita lakukan dengan kimia komputasi?
Apa yang dapat kita lakukan dengan
kimia komputasi?
Tools (alat) Kimia komputasi
Tools (alat) Kimia komputasi
kita lakukan dengan kimia komputasi? Tools (alat) Kimia komputasi Putting it all together 4 Filosofi Kimia
Putting it all together
Putting it all together
4
4
Filosofi Kimia Komputasi
Filosofi Kimia Komputasi
5
5
6
6
1.1 Apa yang dapat kita lakukan dengan kimia 1.1 Apa yang dapat kita lakukan dengan
1.1 Apa yang dapat kita lakukan dengan kimia
1.1
Apa yang dapat kita lakukan dengan kimia
komputasi?
komputasi?
Investigasi tentang:
Investigasi tentang:
A. Geometri Molekul
B. Energi Molekul dan keadaan transisi
C. Reaktivitas Kimia
D. Spektra IR, UV dan NMR
E. Interaksi zat dengan enzim
F. Sifat-sifat fisis zat
A. Geometri Molekul  Bentuk Molekul 1. Panjang Ikatan 2. Sudut Ikatan 3. Dihedral

A. Geometri Molekul

 Bentuk Molekul 1. Panjang Ikatan 2. Sudut Ikatan 3. Dihedral
 Bentuk Molekul
1. Panjang Ikatan
2. Sudut Ikatan
3. Dihedral
GeometriGeometri MolekulMolekul • Bentuk Molekul 1. Panjang Ikatan 2. Sudut Ikatan 3. Dihedral
GeometriGeometri MolekulMolekul
GeometriGeometri MolekulMolekul
• Bentuk Molekul 1. Panjang Ikatan 2. Sudut Ikatan 3. Dihedral
• Bentuk Molekul
1. Panjang Ikatan
2. Sudut Ikatan
3. Dihedral
GeometriGeometri MolekulMolekul • Bentuk Molekul 1. Panjang Ikatan 2. Sudut Ikatan 3. Dihedral
GeometriGeometri MolekulMolekul
GeometriGeometri MolekulMolekul
• Bentuk Molekul 1. Panjang Ikatan 2. Sudut Ikatan 3. Dihedral
• Bentuk Molekul
1. Panjang Ikatan
2. Sudut Ikatan
3. Dihedral
B. Energi Molekul dan keadaan transisi • Yang mana isomer yang lebih nyaman (favour) terbentuk
B. Energi Molekul dan keadaan transisi
B. Energi Molekul dan keadaan transisi
• Yang mana isomer yang lebih nyaman (favour) terbentuk pada kesetimbangan. • Dari keadaan transisi
• Yang mana isomer yang lebih nyaman (favour)
terbentuk pada kesetimbangan.
• Dari keadaan transisi dan energi reaktan 
seberapa cepat reaksi seharusnya berlangsung
B. Energi Molekul dan keadaan transisi B A C
B. Energi Molekul dan keadaan transisi B A C
B. Energi Molekul dan keadaan transisi
B
A
C

Grafik ini menunjukkan reaksi CH 3 Br (A) dengan suatu nukleofilik (Nu) yang berlangsung mellui keadaan transisi (B) untuk meghasilkan produk CH 3 Nu (C) dan Br - .

Energi aktivasi E dari keadaan transisi (Transition state, TS) (B) minus E dari material awal (A).

Yang harus diingat dari reaksi ini : Produk (CH 3 Nu) lebih rendah E-nya daripada material awal (CH 3 Br). Energi total seluruh proses diperoleh dengan mengurangi E produk (C) dari E materi awal (A).

awal (CH 3 Br). Energi total seluruh proses diperoleh dengan mengurangi E produk (C) dari E
1. Kalian dapat menjelaskan untuk energi aktivasi reaksi sebaliknya: yaitu energi keadaan transisi (B) minus

1. Kalian dapat menjelaskan untuk energi aktivasi reaksi sebaliknya: yaitu energi keadaan transisi (B) minus energi produk (C); dalam hal ini energi aktivasi akan lebih tinggi karena produk C lebih stabil secara termodinamik.

2. Eneergi aktivasi sebaliknya = energi keadaan transisi (B) – energi produk (C).

= energi keadaan transisi (B) – energi produk (C). 3. Hal penting yang harus diingat: 1.

3. Hal penting yang harus diingat:

1.

Kalian tak dapat mengisolasi keadaan transisi ia memiliki ikatan parsial

2. Kalian dapat menghitung energi reaksi (secara kualitatif) dengan memeriksa diagram energi reaksi

ikatan parsial 2. Kalian dapat menghitung energi reaksi (secara kualitatif) dengan memeriksa diagram energi reaksi
C. Reaktivitas Kimia Dengan mengetahui dimana electron terkonsentrasi (situs nukleofilik) dan dimana mereka ingin menuju
C. Reaktivitas Kimia
C. Reaktivitas Kimia
Dengan mengetahui dimana electron terkonsentrasi (situs nukleofilik) dan dimana mereka ingin menuju (situs
Dengan mengetahui dimana electron
terkonsentrasi (situs nukleofilik) dan
dimana mereka ingin menuju (situs
elektrofilik) memungkinkan kita dapat
memprediksi suatu reagen akan
menyerang suatu molekul
D. Spektra IR, UV dan NMR • Ini dapat dihitung, dan jika molekul tak diketahui,

D. Spektra IR, UV dan NMR

• Ini dapat dihitung, dan jika molekul tak diketahui, kita mencoba untuk mengetahui
• Ini dapat dihitung, dan jika molekul tak diketahui,
kita mencoba untuk mengetahui
E. Interaksi zat dengan enzim Dengan melihat bagaimana suatu molekul mengepaskan (Fit) ke dalam situs

E. Interaksi zat dengan enzim

Dengan melihat bagaimana suatu molekul mengepaskan (Fit) ke dalam situs aktif enzim  sebuah pendekatan
Dengan melihat bagaimana suatu molekul
mengepaskan (Fit) ke dalam situs aktif enzim 
sebuah pendekatan perancangan obat yang lebih
baik
F. Sifat-sifat fisis zat Sifat-sifat tersebut tergantung pada sifat molekul individual dan pada bagaimana interaksi
F. Sifat-sifat fisis zat
F. Sifat-sifat fisis zat
Sifat-sifat tersebut tergantung pada sifat molekul individual dan pada bagaimana interaksi molekul-molekul dalam material
Sifat-sifat tersebut tergantung pada sifat molekul individual dan pada
bagaimana interaksi molekul-molekul dalam material meruah (bulk
material).
Contoh:
• Kekuatan dan titik leleh polimer (misal, plastik)tergantung seberapa
baik molekul mengepaskan diri secara bersama dan pada seberapa
kuat gaya-gaya antara molekul-molekul. Dipelajari dalam sains
bahan
1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi Dalam proses investigasi tersebut pakar kimia memiliki seleksi metode.
1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi
Dalam proses investigasi tersebut pakar kimia memiliki seleksi
metode. Ada lima tools utama yaitu metode
1. Mekanika Molekul (MM)
• Didasarkan pada sebuah model molekul yaitu molekul ditinjau sebagai
kumpulan bola (atom) yang berikatan bersama melalui pegas (ikatan)
Jika kita mengetahui Panjang pegas normal dan sudut antaranya, dan
seberapa besar energi untuk menarik dan menekuk pegas, kita dapat
menghitung energi dari kumpulan bola dan pegas yang diberikan, yaitu
molekul
Perubahan geometri sampai energi terkecil yang ditemukan memungkinkan
kita untuk melakukan optimasi geometri (geometry optimization), yaitu
menghitung geometri untuk molekul tersebut.
Metode MM sangat cepat: untuk molekul yang besar seperti steroid
(misalkan, kolesterol (C 27 H 46 O) dapat dioptimasi dalam waktu detik pada
komputer desktop yang powerful (workstation); pada komputer pribadi (PC)
job juga dapat terjadi hanya dalam beberapa detik

1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi

2. Ab initio (ab initio berasal dari Bahasa Latin: “from first principles”) • Didasarkan pada
2. Ab initio (ab initio berasal dari Bahasa Latin: “from first
principles”)
• Didasarkan pada persamaan Schrödinger. Ini merupakan persamaan
fundamental dari fisika modern dan menggambarkan, misalkan bagaimana
electron dalam molekul berkelakuan.
Metode ab initio menyelesaikan persamaan Schrödinger untuk molekul dan
menghasilkan fungsi gelombang dan energi dari molekul tersebut.
Fungsi gelombang adalah suatu fungsi matematis yang dapat digunakan
untuk menghitung distribusi electron (dan juga hal-hal lain di sekitar
molekul)
Dari distribusi electron kita dapat menceritakan hal-hal seperti seberapa
polar molekul dan pada bagian mana dari molekul tersebut yang diserang
oleh nukleofilik atau elektrofilik
• Persamaan Schrödinger tidak dapat diselesaikan secara eksak untuk
sebarang molekul dengan jumlah elektron lebih dari satu!!!. Untuk itu
diperlukan pendekatan-pendekatan. Perhitungan ab initio didasarkan hanya
dari teori fisika dasar (mekanika kuantum) dan dari sinilah istilah “from first
principles” muncul

1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi

2. Ab initio (ab initio berasal dari Bahasa Latin: “from first principles”) • Perhitungan ab
2. Ab initio (ab initio berasal dari Bahasa Latin: “from first
principles”)
Perhitungan ab initio relatif lambat  geometri dan spektra IR (= frekuensi
vibrasi) dari propana dapat dihitung pada level tinggi dalam hitungan menit
pada mesin tipe Pentium, tetapi untuk molekul besar, seperti steroid, dapat
berlangsung mungkin sampai beberapa minggu.

1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi

3. SemiEmpirik (SE) • Perhitngan semiempirik, seperti ab initio didasarkan pada persamaan Schrödinger. Akan tetapi,
3. SemiEmpirik (SE)
Perhitngan semiempirik, seperti ab initio didasarkan pada persamaan
Schrödinger. Akan tetapi, lebih banyak pendekatan yang dibuat dalam
menyelesaikannya, dan integral yang sangat rumit yang harus dihitung dalam
metode ab initio sejatinya tidak dievaluasi dalam perhitungan SE: sebagai
gantinya, program mengambil semacam perpustakaan integral yang di“compile”
dengan menemukan fitting terbaik dari beberapa entitas terhitung seperti
geometri atau energi (panas pembentukkan) terhadap harga eksperimental.
Plugging (pemasukkan) harga eksperimental ke dalam sebuah prosedur
matematis untuk mendapatkan harga terhitung terbaik disebut parameterisasi
(parameterization). Metode SE merupakan percampuran teori dan eksperimen.
Metode ini didasarkan persamaan Schrödinger, tetapi diparameterisasi dengan
harga eksperimen (empirical berarti eskperimen).
Perhitungan SE lebih lambat daripada MM tetapi lebih cepat daripada
perhitungan ab initio. Perhitungan SE lebih lama sekitar 100 kali perhitungan
MM, dan perhitungan ab initio kira-kira 100-1000 kali lebih lama daripada SE.
Optimasi geometri SE pada steroid memakan waktu dalam hitungan menit pada
mesin tipe-pentium
1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi 4. DFT (perhitungan rapatan fungsional, sering disebut density functional
1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi
4. DFT (perhitungan rapatan fungsional, sering disebut density
functional theory, DFT)
Perhitungan Rapatan Fungsional adalah seperti ab initio dan semi emprik,
didasarkan persamaan Schrödinger. Akan tetapi, tak seperti kedua metode
lain, DFT tidak menghitung fungsi gelombang, tetapi menurunkan distribusi
elektron (electron density function) secara langsung.
Fungsional adalah entitas matematis yang terkait dengan sebuah fungsi.
Perhitungan DF biasanya lebih cepat daripada SE. DFT relatif baru (1980)
sedangkan ab initio dan SE (1960)

1.2 Alat (tools) dalam Kimia komputasi

5. Dinamika Molekul (DM) • Perhitungan dinamika molekul menerapkan hukum gerak ke molekul. Jadi kita
5. Dinamika Molekul (DM)
• Perhitungan dinamika molekul menerapkan
hukum gerak ke molekul. Jadi kita dapat
mensimulasi gerak sebuah enzim selagi ia
berubah bentuk pada pengikatan ke substrat,
atau gerak kerumunan (swarm) molekul air
disekitar molekul solute.

1.3 Putting it all together

• Molekul yang sangat besar dapat dipelajari hanya dengan MM, akerna metode lain (metode mekanika
Molekul yang sangat besar dapat dipelajari hanya dengan MM, akerna
metode lain (metode mekanika kuantum, yang didasarka pada persamaan
Schrodinger: SE ab initio dan DFT) akan memakan waktu yang sangat lama.
Molekul novel (baru), dengan strutur yang tak biasa/ganjil, terbaik
diinvestigasi dengan ab initio atau perhitungan DFT, karea parameterisasi
yang melekat dalam metode MM atau SE membuatnya tak dapat dipercaya
untuk molekul yang berbeda dari molekul yang digunakan dalam
parameterisasi. DFT relatif baru dan batasannya masih tidak jelas (unclear).
Perhitungan pada struktur molekul yang besar seperti protein atau DNA
dilakukan dengan MM. Gerak biomolekul yang besar ini dapat dipelajari
dengan dinamika molekul. Bagian yang penting dari molekul besar, seperti
situs aktif sebuah enzim, dapat dipelajari dengan SE atau bahkan metode ab
initio. Molekul dengan ukuran sedang, seperti steroid, dapat dipelajari
dengan perhitungan SE, atau perhitungan ab initio (invest waktu)
• MM
juga dapat digunakan, tetapi perlu dicatat bahwa metode ini tidak
memberikan informasi pada distribusi elektron, jadi pertanyaan kimia yang
terkait kelakuan nukleofilik atau elektrofilik, tak dapat diamanatkan oleh
MM sendiri

1.3 Putting it all together

• Energi molekul dapat dihitung melalui MM, SE, ab initio atau DFT. Metode yang dipilih
• Energi molekul dapat dihitung melalui MM, SE, ab initio atau DFT. Metode
yang dipilih sangat tergantung pada masalah khusus.
1. Reaktivitas, tergantung pada distribusi elektron, biasanya harus dipelajari
dengan metode kimia kuantum (SE, ab initio atau DFT).
2. Spektra paling terpercaya dihitung denga metode ab initio, tetapi hasil
yang berguna dapat diperoleh dengan metode SE, dan beberapa program
MM akan menghitung spektra IR dengan baik (bola terikat dengan pegas
bervibrasi !!!)
3.
Docking (pengikatan/pengkaitan) suatu molekul ke dalam situs aktif enzim
untuk melihat bagaimana ia mengepaskan (fitting) adalah aplikasi yang
penting dari kimia komputasi. Kita memanipulasi substrat dengan mouse
atau sejenis joystick dan mencoba untuk mengepaskannya (dock it) ke
dalam situs aktif (docking otomatis juga mungkin); dengan beberapa
sistem komputer suatu alat umpan balik memungkinkan kalian merasakan
gaya yang bekerja pada molekul yang sedang dipaskan (docking).

1.3 Putting it all together

• Kerja ini biasanya dilakukan dengan MM, karena molekul besar terlibat, meskipun bagian yang diseleksi
• Kerja ini biasanya dilakukan dengan MM, karena molekul besar terlibat,
meskipun bagian yang diseleksi dari biomolekul dapat dipelajari oleh salah
satu metode mekanika kuantum. Hasil dari eksperimen docking ini sebagai
petunjuk untuk merancang obat yang lebih baik, molekul akan beriteraksi
lebih baik dengan enzim yang diharapkan tetapi diabaikan oleh enzim-enzim
lain.
Kimia komputasi sangat berharga dalam mempelajari sifat-sifat bahan,
misalkan dalam sains bahan. Semikondukstor, superkonduktor, plastik,
keramik – semua ini diinvestigasi dengan bantuan kimia komputasi. Kajian ini
cenderung melibatkan pengetahuan fisika zat padat dan dispesialisasi.
Kimia komputasi cukup murah, cepat dibandingkan dengan eksperimen dan
aman bagi lingkungan. Ia tidak menggantikan eksperimen, yang tetap
sebagai penguasa kebenaran tentang alam. Lagipula, untuk membuat
sesuatu – obat baru, bahan baru – orang harus ke lab. Akan tetapi,
komputasi menjadi sedemikian terpercaya, para ahli secara umum
menggunakannya sebelum memulai projek eksperimen.

1.3 Filosofi Kimia Komputasi

Kimia komputasi adalah titik kulminasi (sampai saat ini) dari pandangan bahwa kimia paling baik dipahami sebagai manifestasi perilaku atom dan molekul, dan ini adalah entitas nyata daripada hanya model intelektual yang mudah digunakan.

Ini adalah penegasan fisik dan matematis yang terperinci dari kecenderungan yang sampai sekarang menemukan ungkapan paling berani dalam formula struktural kimia organik [2], dan ini adalah penolakan yang jelas dari pernyataan akhir-akhir ini bahwa sains adalah sejenis permainan dimainkan dengan "paradigma".

Dalam kimia komputasi kita melihat bahwa kita mensimulasikan perilaku entitas fisik yang sebenarnya, walaupun dengan bantuan model intelektual; dan karena model kita membaik, mereka merefleksikan secara lebih akurat perilaku atom dan molekul di dunia nyata

dan karena model kita membaik, mereka merefleksikan secara lebih akurat perilaku atom dan molekul di dunia
dan karena model kita membaik, mereka merefleksikan secara lebih akurat perilaku atom dan molekul di dunia

1.5 RANGKUMAN BAB 1

Kimia komputasi memungkinkan seseorang untuk menghitung geometri molekuler, reaktivitas, spektrum, dan sifat lainnya. Ini menggunakan:

1.Mekanika molekuler - berdasarkan model bola dan pegas dari molekul;· 2.Metode ab initio - berdasarkan perkiraan solusi persamaan Schrödinger tanpa pertimbanagan untuk mengepaskan (fitting) pada eksperimen.· 3.Metode semiempiris - berdasarkan perkiraan solusi persamaan Schrödinger dengan mengajukan pertimbangan pada eksperimen (yaitu menggunakan parameterisasi); 4.Metode DFT - berdasarkan perkiraan solusi persamaan Schrödinger, melewati fungsi gelombang yang merupakan ciri utama metode ab initio dan semiempirical;· 5.Metode dinamika molekuler mempelajari molekul yang sedang bergerak.

ciri utama metode ab initio dan semiempirical;· 5.Metode dinamika molekuler mempelajari molekul yang sedang bergerak.
ciri utama metode ab initio dan semiempirical;· 5.Metode dinamika molekuler mempelajari molekul yang sedang bergerak.

1.5 RANGKUMAN BAB 1

• Ab initio dan DFT yang lebih cepat memungkinkan molekul baru yang menarik secara teoritis untuk dipelajari, asalkan tidak terlalu besar. Metode semiempiris, yang jauh lebih cepat daripada ab initio atau bahkan DFT, dapat diterapkan pada molekul yang cukup besar (misalnya kolesterol, C 27 H 46 0), sementara MM akan menghitung geometri dan energi molekul sangat besar seperti protein dan asam nukleat; Namun, MM tidak memberikan informasi tentang sifat elektronik.

• Kimia komputasi banyak digunakan di industri farmasi untuk mengeksplorasi interaksi obat potensial dengan biomolekul, misalnya dengan memasukkan obat kandidat ke dalam tempat aktif enzim. Hal ini juga digunakan untuk menyelidiki sifat-sifat padatan (misalnya plastik) dalam ilmu bahan.

tempat aktif enzim. Hal ini juga digunakan untuk menyelidiki sifat-sifat padatan (misalnya plastik) dalam ilmu bahan.
tempat aktif enzim. Hal ini juga digunakan untuk menyelidiki sifat-sifat padatan (misalnya plastik) dalam ilmu bahan.

1.5 PERTANYAAN

1. Apa arti istilah kimia komputasi?

2. Pertanyaan macam apa yang bisa dijawab oleh kimia komputasi?

3. Sebutkan alat utama yang tersedia bagi ahli kimia komputasi. Berilah penjelasan singkat (beberapa kalimat untuk masing-masing) tentang karakteristik masing-masing alat.

4. Secara umum, yangmana merupakan metode kimia komputasi tercepat, dan mana yang paling lambat?

5. Mengapa kimia komputasi berguna di industri?

6. Pada dasarnya, apa yang tergambar dari persamaan Schrödinger dari sudut pandang ahli kimia?

7. Apa batasan jenis molekul sehingga kita dapat memperoleh solusi eksak untuk persamaan Schrödinger?

8. Apa itu parameterisasi?

9. Keunggulan apa yang dimiliki kimia komputasi melebihi "kimia basah"?

10. Mengapa kimia komputasi tidak bisa menggantikan "kimia basah"?

kimia komputasi melebihi "kimia basah"? 10. Mengapa kimia komputasi tidak bisa menggantikan "kimia basah"?
kimia komputasi melebihi "kimia basah"? 10. Mengapa kimia komputasi tidak bisa menggantikan "kimia basah"?