Pengantar Umum Dan Tinjauan

Taksonomi [taksi Yunani, pengaturan atau ketertiban, dan nomo, hukum, atau nemein, untuk
mendistribusikan atau mengatur] ditentukan sebagai ilmu klasifikasi biologi
Dalam arti yang lebih luas (pengertian) ini terdiri dari tiga bagian yang terpisah tetapi saling
terkait: klasifikasi, nomenklatur, dan identifikasi. Klasifikasi adalah pengaturan organisme ke
dalam kelompok atau taksa (s., Takson) berdasarkan kesamaan timbal balik atau keterkaitan
evolusi. Nomenklatur adalah brach dari taksonomi yang berkaitan dengan penugasan nama
untuk kelompok taksonomi dalam pengaturan dengan aturan yang diterbitkan. Identifikasi
adalah sisi praktis taksonomi, proses penentuan bahwa isolat tertentu milik (mestinya /
termasuk) ke suatu takson yang diakui. orang sering berpikir taksonomi sebagai hal yang
sepele dan membosankan, hanya masalah membelah rambut atas nama-nama organisme
Sebenarnya, taksonomi itu penting karena beberapa alasan. Pertama, ini memungkinkan kita
untuk mengatur pengetahuan yang sangat banyak tentang organisme karena semua anggota
kelompok tertentu memiliki banyak karakteristik. Kedua, taksonomi memungkinkan kita
untuk membuat prediksi dan membingkai hipnotis untuk penelitian selanjutnya berdasarkan
pengetahuan tentang organisme serupa. Ketiga, taksonomi menempatkan mikroorganisme
dalam kelompok yang bermakna dan berguna dengan nama yang tepat sehingga ahli
mikrobiologi dapat bekerja dengan mereka dan berkomunikasi secara efisien. Keempat,
taksonomi sangat penting untuk identifikasi mikroorganisme yang akurat. Sebagai contoh,
sangat penting untuk mikrobiologi klinis, pengobatan sering sangat sulit ketika patogen tidak
diketahui. Istilah sistematika sering digunakan untuk taksonomi. Namun, banyak ahli
taksonomi mendefinisikannya dalam istilah yang lebih umum sebagai ”studi ilmiah tentang
organisme dengan objek terakhir yang mencirikan dan mengaturnya dengan cara yang teratur
(lengkap).
Evolusi dan keanekaragaman mikroba
Diperkirakan bahwa planet kita berusia sekitar 4,6 miliar tahun. Apa yang nampak sebagai
sisa-sisa fossized dari sel prokariotik sekitar 3,5 hingga 3,8 miliar tahun telah ditemukan pada
stromatolit dan sedementary rock, dan fosil mikroba secara jelas ada dalam batuan, sering
berkubah (bundar), yang dibentuk oleh penggabungan ( kesatuan) sedimen mineral ke dalam
tikar mikroba. Keragaman mikroba meningkat pesat karena oksigen menjadi lebih banyak.
Studi tentang Carl Woese dan rekan-rekannya pada urutan rRNA di sel prokariotik
menunjukkan bahwa procaryote dibagi menjadi dua kelompok disticnt sangat awal
Gambar ... Menggambarkan (melukiskan) pohon filogenetik universal yang mencerminkan
pandangan-pandangan ini. Pohon dibagi menjadi tiga cabang utama yang mewakili tiga
kelompok utama: Bakteri, Archaea, dan Eucarya. Archaea dan bakteri pertama kali berbeda
(menyimpang), kemudian eucaryote dikembangkan. Ketiga kelompok utama ini disebut
domain (daerah) dan ditempatkan di atas tingkat filum dan kerajaan (kerajaan tradisional
didistribusikan di antara ketiga domain ini). Domain-domain itu sangat berbeda satu sama
lain. Organisme eukariotik dengan terutama gliserol asam lemak diester membran lipid dan
rRNA eucaryotic milik Eucarya. Bakteri domain mengandung sel prokariotik dengan rRNA
bakteri dan lipid membran yang terutama diacil gliserol atau leso tetraeter digliserol dalam
membran mereka dan archaeal rRNA menyusun domain ketiga, Archaea. Kesamaan antara
kloroplas, mitokondria, dan bakteri modern adalah karena konservasi fitur prokariotik
primitif oleh organel yang berubah secara perlahan. Menurut hipofisis endosimbiotik yang
lebih populer, bahkan yang pertama adalah pembentukan nukleus dalam sel pro-eukariotik.
Sel eukariotik leluhur (berasal dari nenek moyang) mungkin telah berkembang dari
perpaduan bakteri purba dan archaea. Mungkin sel inang bakteri Gram negatif yang telah
kehilangan dinding selnya ditelan (yang tertelan) suatu archaeon untuk membentuk asosiasi
endosimbiotik. Hipotesis endosimbiotik telah mendapat dukungan dari penemuan
cyanobacterium endosimbiotik yang mendiami protista biflagellata Cyanophora paradoxa dan
bertindak sebagai kloroplasnya.
Peringkat taksonomi
Dalam taksonomi procaryotic, level atau peringkat yang paling umum digunakan (dalam
urutan menaik / bawah ke atas) adalah spesies, genus, famili, ordo, kelas, dan filum.
Kelompok mikroba pada setiap level atau pangkat memiliki nama dengan akhiran atau
akhiran karakteristik tingkat itu, para ahli mikrobiologi sering menggunakan nama-nama
tidak resmi di tempat orang-orang hierarkis formal Contoh-contoh khas dari nama-nama
tersebut adalah bakteri ungu, spirochetes, bakteri pengoksidasi metana, bakteri pereduksi
sulfat, dan bakteri asam laktat Taksonomis yang bekerja dengan organisme yang lebih tinggi
mendefinisikan spesies jangka berbeda dari Spesies organisme yang lebih tinggi adalah
kelompok kawin silang atau populasi manusia antar pemuliaan potensial yang secara
reproduktif terisolasi dari kelompok lain. Spesies prokariotik dicirikan oleh perbedaan
fenotipik dan genotipik. Spesies prokariotik adalah kumpulan strain yang berbagi banyak
sifat stabil dan berbeda secara signifikan dari kelompok strain lain. Strain adalah populasi
organisme yang dapat dibedakan dari setidaknya beberapa populasi lain dalam kategori
taksonomi tertentu. Biovars adalah strain prokariotik varian yang dicirikan oleh perbedaan
biokimia atau fisiologis
Morphovars berbeda secara morfologis
Serovar memiliki sifat antigen yang berbeda (terpisah). Satu strain dari suatu spesies ditunjuk
(yang ditunjuk) sebagai strain jenis. Mikrobiolog menamai mikroorganisme dengan
menggunakan sistem binomial. Huruf latin, yang dicetak miring, terdiri atas dua bagian.
Bagian pertama, yang dikapitalisasi, adalah nama generik, dan yang kedua adalah julukan
khusus / julukan yang tidak tersegel (misalnya, Escherichia coli). Julukan spesifiknya stabil;
julukan tertua untuk organisme tertentu mengambil praduga dan harus digunakan.
Sebaliknya, nama generik dapat berubah jika organisme ditetapkan (fungsi tertentu) pada
genus lain karena informasi baru Sebagai contoh, genus Streptococcus telah dibagi untuk
membentuk dua genus, Enterococcus dan Lactococcus berdasarkan analisis rRNA dan
karakteristik lainnya. Dengan demikian, Streptococcus faecalis sekarang Enterococcus
faecalis
Sistem Klasifikasi
Sistem klasifikasi yang paling tidak sehat, yang disebut klasifikasi alami, mengatur
organisme ke dalam kelompok yang anggota-anggotanya memiliki banyak karakteristik dan
mencerminkan sebanyak mungkin sifat biologis dari organisme.
Ada dua cara umum di mana sistem klasifikasi dapat dibangun
Organisme dapat dikelompokkan bersama berdasarkan kesamaan keseluruhan untuk
membentuk sistem fenetik atau mereka dapat dikelompokkan berdasarkan kemungkinan
relasi evolusi untuk menghasilkan sistem filogenetik
Komputer dapat digunakan untuk menganalisis data untuk produksi klasifikasi phenetic
Proses ini disebut taksonomi numerik
Klasifikasi Fenetik
Klasifikasi yang baik harus mengurutkan keanekaragaman hayati dan bahkan memperjelas
fungsi struktur morfologis sebagai contoh, jika motilitas dan flagella selalu terkait dengan
mikroorganis tertentu, maka wajar untuk menganggap bahwa flagela terlibat dalam
setidaknya beberapa jenis motilitas. Jika dilihat dengan cara ini, sistem klasifikasi alami
terbaik mungkin adalah sistem fenetik, yang mengelompokkan organisme bersama
berdasarkan kesamaan kesamaan karakteristik fenotipik mereka. Meskipun studi fenetik
dapat mengungkap kemungkinan hubungan evolusioner, mereka tidak bergantung pada
analisis filogenetik. Mereka membandingkan banyak ciri tanpa mengasumsikan bahwa setiap
fitur lebih penting secara filogenetis daripada yang lain. Jelas (jelasnya) klasifikasi phenetic
terbaik adalah yang dibangun dengan membandingkan sebanyak mungkin atribut
Taksonomi numerik
Perkembangan komputer telah memungkinkan pendekatan kuantitatif yang dikenal sebagai
taksonomi numerik. Peter HA Sneath dan Robert Sokal telah mendefinisikan taksonomi
numerik sebagai "pengelompokan dengan metode numerik unit taksonomi menjadi taksa atas
dasar status karakter mereka". Hasil analisis taksonomi numerik sering diringkas dengan
diagram mirip pohon yang disebut dendrogram
Diagram biasanya ditempatkan pada sisinya dengan sumbu X atau absis lulus dalam satuan
kesamaan. Setiap titik cabang adalah nilai kesamaan yang menghubungkan kedua cabang
tersebut. Organisme dalam dua cabang memiliki begitu banyak karakteristik sehingga kedua
kelompok tersebut terlihat terpisah hanya setelah pemeriksaan koefisien asosiasi graeter
daripada besarnya nilai titik cabang.
Di bawah nilai titik cabang, kedua grup tampak seperti satu. Ordinat dalam dendrogram
seperti itu tidak memiliki arti khusus, dan gugus itu dapat disusun dalam setiap tatanan
konvensi
Klasifikasi filogenetik
Setelah publikasi pada tahun 1859 dari Darwin On the Origin of Species, ahli biologi mulai
mencoba mengembangkan sistem klasifikasi filogenik atau phyletic. Ini adalah sistem yang
didasarkan pada relasi evolusioner daripada kemiripan umum (istilah phylogeny [phylon
Yunani, suku atau ras, dan asal-usul, generasi atau asal] mengacu pada perkembangan evolusi
spesies
Karakteristik Utama Digunakan dalam Taksonomi
Banyak karakteristik digunakan dalam mengklasifikasikan dan mengidentifikasi
mikroorganisme. Demi / kejelasan tujuan / kejelasan, karakteristik telah dibagi menjadi dua
kelompok: klasik dan molekuler
Karakteristik Klasik
Pendekatan klasik untuk taksonomi memanfaatkan karakteristik morfologis, fisiologis,
biokimia, ekologi, dan genetik

Karakteristik morfologi
Fitur morfologi penting dalam taksonomi mikroba karena berbagai alasan
Morfologi mudah dipelajari dan dianalisis, terutama pada mikroorganisme eukariotik dan
proksiota yang lebih kompleks
Selain itu, perbandingan morfologi berharga karena fitur struktural bergantung pada ekspresi
banyak gen, biasanya stabil secara genetik dan biasanya (setidaknya pada eucaryote) ini tidak
sangat bervariasi dengan perubahan lingkungan.
Dengan demikian kemiripan morfologis sering merupakan indikasi yang baik terkait
filogenetik
Banyak fitur morfologi yang berbeda digunakan dalam klasifikasi dan identifikasi
mikroorganisme
Meskipun mikroskop cahaya selalu menjadi alat yang sangat penting, batas resolusinya
sekitar 0,2 µm mengurangi kegunaannya dalam melihat mikroorganisme dan struktur yang
lebih kecil.

Karakteristik fisiologis dan metabolik

Karakteristik fisiologis dan metabolik sangat berguna karena mereka terkait langsung dengan
sifat dan aktivitas enzim mikroba dan protein transportasi

Karena protein adalah produk gen, analisis karakteristik ini memberikan perbandingan tidak
langsung genom mikroba
Karakteristik ekologis ..
Banyak properti bersifat ekologis karena mempengaruhi hubungan mikroorganisme dengan
lingkungannya. Seringkali ini taksonomik berharga karena mikroorganisme yang sangat erat
sekalipun dapat sangat berbeda sehubungan dengan karakteristik ekologi
Beberapa contoh sifat ekologi taksonomi penting adalah pola siklus hidup, sifat hubungan
simbiosis, kemampuan untuk menyebabkan penyakit pada inang tertentu, dan preferensi
habitat seperti kebutuhan suhu, pH, oksigen, dan konsentrasi osmotik.
Analisis Genetika ..
Karena sebagian besar eucaryote mampu bereproduksi secara seksual, analisis genetik telah
sangat bermanfaat dalam klasifikasi organisme ini
Seperti disebutkan sebelumnya, spesies didefinisikan dalam hal reproduksi seksual jika
memungkinkan
Meskipun procaryote tidak bereproduksi secara seksual, studi tentang pertukaran gen
kromosom melalui transformasi dan konjugasi kadang berguna dalam klasifikasi mereka.

Karakteristik Molekul ..
Beberapa pendekatan yang paling kuat untuk taksonomi adalah melalui studi protein dan
asam nukleat
Karena ini adalah produk gen langsung atau gen itu sendiri, perbandingan protein dan asam
nukleat menghasilkan banyak informasi tentang keterkaitan yang sebenarnya
Pendekatan molekuler yang lebih baru ini menjadi semakin penting dalam taksonomi
procaryotic
Perbandingan Protein

Urutan asam amino dari protein adalah refleksi langsung dari sekuens mRNA dan karena itu
erat kaitannya dengan struktur gen yang mengkode sintesis mereka.
Untuk alasan ini, perbandingan protein dari berbagai microrganisms sangat berguna secara
taksonomi
Ada beberapa cara untuk membandingkan protein. Pendekatan paling langsung adalah
menentukan asam amino sequnce protein dengan fungsi yang sama
Urutan protein dengan fungsi yang berbeda sering berubah pada tingkat yang berbeda,
beberapa urutan berubah cukup cepat, sedangkan yang lain sangat stabil
Namun demikian, jika urutan protein dengan fungsi yang sama adalah serupa, organisme
yang memiliki kemungkinan terkait erat
Komposisi Basa Asam Nukleat

Genom mikroba dapat langsung dibandingkan, dan kesamaan taksonomi dapat diperkirakan
dalam banyak cara
Teknik pertama, dan mungkin yang paling sederhana, yang digunakan adalah penentuan
komposisi basa DNA
DNA mengandung empat basa purin dan pirimidin: adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan
timin (T)

Dalam DNA beruntai ganda, pasangan dengan T, dan G berpasangan dengan C

Dengan demikian (G + C) / (A + T) rasio atau konten G + C, persentase G + C dalam DNA,

mencerminkan urutan dasar dan bervariasi dengan perubahan urutan sebagai berikut:
Mol% G + C = G + C / G + C + A + T x 100
Komposisi dasar DNA dapat ditentukan dengan beberapa cara
Meskipun kandungan G + C dapat dipastikan (yang dipastikan) setelah hidrolisis DNA dan
analisis basisnya dengan HPLC
Konten G + C sering ditentukan dari suhu leleh (Tm) DNA
Dalam DNA ds, tiga ikatan hidrogen bergabung dengan pasangan basa GC. Akibatnya DNA
dengan kandungan G + C yang lebih besar akan memiliki lebih banyak ikatan hidrogen, dan
untaiannya akan terpisah hanya pada suhu tinggi - yaitu, ia akan memiliki titik leleh yang
lebih tinggi.

Hibridisasi Asam Nukleat

Kesamaan antara genom dapat dibandingkan lebih langsung dengan menggunakan studi
hibridisasi asam nukleat
Jika campuran ssDNA yang terbentuk dengan pemanasan dsDNA didinginkan dan ditahan
pada suhu sekitar 25oC di bawah Tm, helai dengan urutan basa komplementer akan
bergabung kembali untuk membentuk ds DNA yang stabil, sedangkan untaian
nonkomplementer akan tetap tunggal.
Urutan Asam Nukleat
Meskipun (disamping) kegunaan dari penentuan kandungan G + C dan studi hibridisasi asam
nukleat, struktur genom dapat langsung dibandingkan hanya dengan sekuensing DNA dan
RNA. Teknik untuk sekuensing cepat baik DNA dan RNA sekarang tersedia, sejauh ini
sekuensing RNA telah digunakan. lebih luas dalam taksonomi mikroba. Sebagian besar
perhatian telah diberikan pada urutan rRNA 5S dan 16S yang diisolasi dari subunit 50S dan
30S, masing-masing, dari ribosom prokariotik. RRNA hampir ideal untuk studi evolusi
mikroba dan keterkaitan karena mereka sangat penting untuk organel kritis yang ditemukan
di semua mikroorganisme. RRNA lengkap dapat diurutkan menggunakan beberapa prosedur
berbeda. Dalam satu pendekatan, RNA pertama kali diisolasi dan dimurnikan
Kemudian, reverse transcriptase digunakan untuk membuat DNA komplementer (cDNA)
menggunakan primer yang melengkapi pelengkap rRNA sequnces. Selanjutnya, reaksi rantai
polimerase menguatkan cDNA
Akhirnya, cDNA disekuensing dan urutan rRNA disimpulkan dari hasil. RDNA yang
diperkuat kemudian diurutkan secara manual atau dengan sequencer otomatis menggunakan
metode Sanger
Divisi Utama Kehidupan
Sejak awal biologi, organisme telah diklasifikasikan sebagai tumbuhan atau hewan. Namun,
penemuan dalam mikrobiologi selama abad yang lalu telah menunjukkan bahwa sistem dua
kerajaan terlalu disederhanakan
Meskipun tidak semua ahli biologi setuju, sebagian besar ahli mikrobiologi sekarang percaya
bahwa bentuk-bentuk kehidupan dapat dibagi menjadi tiga kelompok yang berbeda
Domain
Carl Woose dan rekan-rekannya telah menggunakan studi rRNA untuk mengelompokkan
semua organisme hidup menjadi tiga domain: Archaea, Bakteri, dan Eucarya. Jadi ada dua
kelompok prokariot yang berbeda, bakteri dan archaea
Bakteri terdiri dari sebagian besar procaryote
Di antara sifat-sifat lainnya, bakteri baik memiliki dinding sel peptidoglikan dapat
mengandung asam muramic atau terkait dengan bakteri dengan dinding sel seperti itu, dan
memiliki lipid membran dengan asam lemak berantai ester-linked, yang menyerupai lipid
membran eukariotik (tabel ...) Kedua kelompok, archae, berbeda dari bakteri dalam banyak
hal dan menyerupai eucaryote dalam beberapa hal
Meskipun pandangan sebelumnya adalah yang paling banyak diterima, pohon filogenetik lain
telah diusulkan
Enam atau lebih pohon berbeda yang terkait dengan domain utama telah diusulkan. Gambar
... Memberikan pandangan yang disederhanakan dari beberapa ini. Yang pertama
menunjukkan bahwa ketiga kelompok sekitar berjarak sama dari satu sama lain dan cocok
dengan data rRNA awal
Jelas pola evolusi mikroba tidak linear dan tiga seperti yang diduga sebelumnya
Gambar 19.11 menggambarkan pohon retikulasi yang lebih realistis di mana transfer gen
horizontal memainkan peran utama
Kerajaan
Sementara sebagian besar ahli bakteri menyukai sistem tiga domain, banyak ahli
protozoologi, ahli botani, dan ahli zoologi masih berpikir dalam lima kerajaan atau lebih
Sistem klasifikasi pertama yang mendapatkan popularitas (kenaikan) dalam beberapa dekade
terakhir adalah sistem lima kerajaan yang pertama kali diusulkan oleh Robert H Whittaker
pada tahun 1960-an