Anda di halaman 1dari 6

NOHORA ANGELICA VEGA CASTRO

BIOQUIMICA ANALITICA
ESTRUCTURA PRIMARIA DE PROTEINAS

1. El análisis de los aminoácidos de la angiotensina II muestra la existencia de 8 aminoácidos diferentes en


cantidades equimolares; Arg, Asp, His, Ile, Phe, Pro,Tyr y Val. La hidrólisis parcial de la angiotensina II con ácido
clorhídrico diluido produjo los siguientes fragmentos:
a) Asp-Arg-Val-Tyr b) Ile-His-Pro c)Pro-Phe d) Val-Tyr-Ile-His

Cuál es la secuencia de la angiotensina II?, cual es el aminoácido N-terminal

Que fragmentos podrían resultar si se rompiera la angiotensina II con tripsina en un caso y Quimotripsina en el otro?

2. Los extractos de Bacillus brevis contienen un péptido con propiedades antibióticas. Este péptido forma complejos
con iones e interfiere con el transporte de iones a través de la membrana celular de las bacterias y las mata. La estructura
primaria del péptido ha sido determinada de las siguientes observaciones:

a.La hidrólisis completa seguida por análisis de aminoácidos dio cantidades equimolares de Leu, Orn, Phe, Pro y Val. Orn
(Ornitina) es un aminoácido no proteico pero está en algunos péptidos. Consulte cual es la estructura y resalte las
diferencias con respecto a los aminoácidos proteicos.

b.Por otra parte el peso molecular del péptido fue estimado en 1.200 Da (1.2 kDa)
c.El péptido se trató con carboxipeptidasa (enzima que hidroliza el aminoácido C-terminal) pero no arrojó ningún
resultado; tenga en cuenta que esto ocurre cuando hay una Prolina o cuando no tiene el C-terminal libre, por
modificaciones postraduccionales.

d.El tratamiento con 1-flluoro-2,4 dinitrobenceno, posterior hidrólisis y cromatografía dio tres aminoácidos libres y el
derivado ( ver figura):

e.La hidrólisis parcial del péptido dio los siguientes fragmentos:

Leu-Phe ; Phe-Pro; Orn-Leu ; Val-Orn ; Val-Orn-Leu ; Phe-Pro-Val Pro-Val-Orn

Con la anterior información deducir el análisis de aminoácidos y la secuencia del péptido, explique sus respuestas.

3. La oxitocina es hormona (nonapéptido) secretada por la glándula pituitaria; funciona estimulando la


contracción uterina y la lactancia durante el parto.

Su secuencia fue determinada a partir de los siguientes experimentos:

a. La oxitocina contiene un puente disulfuro


b. Cuando se reduce el puente disulfuro, la oxitocina presenta el siguiente análisis de aminoácidos: Asn, CyS 2, Gln,
Gly, Ile, Leu, Pro, Tyr.
c. La hidrólisis parcial de la oxitocina reducida produce siete fragmentos:
Asn-Cys, Ile-Gln, Cys-Tyr, Leu-Gly, Tyr-Ile-Gln, Glu-Asn-Cys, Cys-Pro-Leu
d. La gly es el C- terminal

De acuerdo con lo anterior responda a las siguientes preguntas:

1. Cuál es la secuencia (estructura primaria) de aminoácidos en la oxitocina reducida?


2. Cuál es la estructura de la oxitocina no reducida ?
3. Que fragmentos obtendría si realizará una nueva hidrólisis con Quimotripsina?

4. Que información se puede obtener respecto a péptidos o proteínas por espectrometría de masas en la modalidad
de electrospray? Plantee 5 diferencias con respecto a la espectrometría de masas en la modalidad MALDI.
5. Para el siguiente péptido proponga y explique (señales) el espectrómetro de masas que se puede generar durante
su secuenciación empleando la técnica Collision induced disociation (CID)

GIPTLKMIFK
Nota: las señales y la fragmentación que Usted considere relevante; No proponga fragmentaciones de la cadena lateral
(iones w, v)

AMINOÁCIDO Masa molecular


(Da)
Glicina 75
Isoleucina 131
Fenilalanina 165
treonina 119
Leucina 131
lisina 146
metionina 149
prolina 115

6.Proponga la estrategia que seguiría para establecer la estructura primaria de una glicoproteína (De origen animal o
vegetal), en la cual se desconoce la naturaleza del enlace glicosídico que está unido a la cadena polipeptídica. Responda
los siguientes puntos:
a. ¿Cuál podría ser la fuente de la glicoproteína y porque su escogencia?
b. ¿Cuáles son los requerimientos que debe cumplir una glicoproteína para llegar a estudios de secuencia
o de estructura primaria?
c. Como escogería los procesos de fragmentación químicos o enzimáticos para que la estrategia sea
exitosa.
d. ¿Cómo se podría determinar la secuencia de cada uno de los péptidos? ¿Cómo se podría hacer la
superposición de fragmentos? ¿La superposición es necesaria para establecer la estructura primaria de
una proteína?
e. Como se podría determinar la estructura primaria del oligosacárido? ¿Sin hacer deducciones
experimentales se podría hacer un acercamiento a su estructura?
f. Si la proteína tiene puentes disulfuro, cómo establecería la localización de ellos en una proteína. ¿Qué
importancia tiene esta determinación?

7.Porque se puede secuenciar un péptido por Espectrometría de masas? Que diferencias en establecimiento de secuencia
se presentan con respecto a la secuenciación por el método de Edman.
8.Que es y como se determina la huella peptídica de una proteína y cual es su significado?

9.Péptidos derivados de la fragmentación de una proteína


Los péptidos de la lista fueron generados con tripsina, quimotripsina, proteasa V8 y bromuro de cianógeno. Realizar la
superposición y establecer la secuencia primaria para la proteína X, que tiene 964 Aminoácidos por cadena polipeptídica:

- MKPSAECCSPK : Secuencia N-terminal


- Tiene aproximadamente 904 aminoácidos
- No es conjugada

Nota : Se puede hacer una selección de péptidos largos y cortos, eliminar los que están repetidos y proponer una
secuencia parcial y un porcentaje de cobertura.

Secuencias de los péptidos obtenidos:


AASDMLSEHSFIPEPKSS
AEMHAYMGKFNQRGVDDALLS
LKTGKLDAFIY
AFFAV

AGRDEGCKLVTIGSGKVFASTGYGIAIQKDSGWKRQVDLAILQLFGDGEM
AIQKDSGWKRQVDLAILQLFGD
ALLS
AMNETDPKS
IITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSM
ANLSGVNGSPQSALDFIRRESSVYDISEHRRSFTHSDCKSYNNPPCEENLFS
AQTLTPILGIHGGSSMIMADKDE
AQTLTPILGIHGGSSMIMADKDE
ARSQK
AV
AVGSLTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSN
AVGSLTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWV
AVSGSKARSQKSAPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVV
AYMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWV
MMFVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLADGR

Bromuro de cianógeno
CCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYL
CEHLFYWQFRHCFMGVCSGKPGMVFSIS
CHNEKNEVMSSQLD
CHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLGAAMALSLITFICEHLFYWQFRHCFM
CPETEE
CTKEEATYI
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSY
CYNTHEKRIYQSNM
CYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRNLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKD
DAAVLNYMAGRDEGCKLVTIGSGKVFASTGY
DDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKS
DEGCKLVTIGSGKVFASTGYGIAIQKDSGWKRQVDLAILQLFGDGEMEELEALWLTGI
CHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLGAAMALSLITFICEHLFYWQFR
DESSMFFQFGPSIEQQASVMLNI
MEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNK
DEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSS
CYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRNLSFSEDGY
DISEHRRSFTHSDCKSYNNPPCEENLFS
DYISEVERTFGNLQLKDSNVYQDHYHHHHRPHSIGSTSSIDGLY
DTDTVPSEFPTGLISVSYDEW
DWY
DYISEVERTFGNLQLKDSNVYQDHYHHHHRPHSIGSTSSID
DYISEVERTFGNLQLKDSNVYQDHYHHHHRPHSIGSTSSIDGLYDCDNPPFTTQPRSISKKPLDIGLPSS
EELEALWLTGI
EEPGYIKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYL
ELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLY
EPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAV
ERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRMCPETEE
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENK
ERVGKWKDKSLQMKYYVWPRMCPETEE
ESSMFFQFGPSIEQQASVMLNI
EVAIKDAHEKDD
EVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKS
FADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQF
FADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQF
FAV
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTD
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGL
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGL
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEP
KSS
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSE
FEYFSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAV
FHHLSVVPRVELVAMNETDPKS
FIRRESSVYDISEHRRSFTHSDCKSYNNPPCEENLFS
FISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNI
MEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRST
FLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDK
FQRPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYAEMHAYMGKFNQRGVDDALLS
LKTGKLDAFIYDAAVLNYMAGRDEGCKLVTIGSGK
FSPVGYNRCLADGREPGGPSF
FSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIW
FSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAV
IFLASYTANLAAFMIQEEY
FSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWV
FWLVLAVLAVSGSK
GEMEELEALWLTGI
GEVVMKRAYMAVGSLTINEERSEVVDF
GIAIQKDSGWKRQVDLAILQLFGDGEMEELEALWLTGI
CHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLGAAMALSLITFICEHLFY
GLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSS
GLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVW
GLYDCDNPPFTTQPRSISKKPLDIGLPSSKHSQLSDLYG
GREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAV
GVCSGKPGMVFSISRGIYSCIHGVAIEER
HAYMGKFNQRGVDDALLS
HCFMGVCSGKPGMVFSISRGIYSCIHGVAIEER
IITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVML
NII
HGKKINGTWNGMIGEVVMKRAY
HPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM
IDNMAGVFYMLGAAMAL
IDNMAGVFYMLGAAMALSLITFICEHLFYW
IFLASYTANLAAFMIQEEYVD
IFLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDKKFQR
IFLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDKKFQRPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYAEM
IFSIVTTYFPGY
IITRICDLM
IITRICDLMSDRKIQ
IITRICDLMSDRKIQ
IITRICDLMSDRKIQGVVFADD
IITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVML
NI
IKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYL
VTNGKHGKKINGTWNGMIGEVVMKRAY
IMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNI
IRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYI
CYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRNLSFSEDGYQMHPKLVIILLNK
ITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILG
ITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILG
K
KFSFKSDRYSGHDDLIRSDVSDISTHTVTYGNIEGNAAKRRKQQYKD
KHSQLSDLYG
KFSFK
KIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNI
VTNGKHGKKINGTWNGMIGEVVMKR
KSLQMKYYVWPRMCPETEE
KWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRMCPETEE
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMR
LKTGKLDAFIYDAAVLNYM
LKTGKLDAFIYDAAVLNYMA
LKTGKLDAFIYDAAVLNYMAGR
LKTGKLDAFIYDAAVLNYMAGRDEGCKLVTIGSGKVFASTGYGIAIQKD
LLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYI
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSE
LLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLADG
LLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIM
LLW
LNRYLINVTFEGRNLSFSEDGYQM
LTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWV
LVLAVLAVSGSKARSQKSAPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKS

LWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVIFLASYTANLAAFM
MAVGSLTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWV
MEEY
MEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIR
MEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDM
MEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGD
MKPSAECCSPK
MKPSAECCSPKF
MKPSAECCSPKFW
MKPSAECCSPKFWLVLAVLAVSGSKAR
MKPSAECCSPKFWLVLAVLAVSGSKARSQKSAPSIGIAVILVGTS
MKPSAECCSPKFWLVLAVLAVSGSKARSQKSAPSIGIAVILVGTSD
MKPSAECCSPKFWLVLAVLAVSGSKARSQKSAPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAM
MLGAAMALSLITFICEHLFYWQFRH
MMFVM
MMFVMLLIVSAVAVFVFEY
MMFVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGY
MMFVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLAD
MMFVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSV
WAFFAV
NETDPKS
NIRNNYAEMHAYMGKFNQRGVDDALLS
NKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYI
MEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVL
NMANLSGVNGSPQSALDFIRRESSVYDISEHRRSFTHSDCKSYNNPPCEENLFS
NTVPCQKRIISENKTDEEPGYIKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYL
QSVMNSPTATMNNTHSNILRLLRTAK
NNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAF
NNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFF
NYMAGRDEGCKLVTIGSGKVFASTGY
PGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAF
PGMVFSISRGIYSCIHGVAIEER
PNDFSPPFRFGTVPNGSTER
QDFVNKIRSTIENSF
QDFVNKIRSTIENSFVGW
QDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLY
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPL
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTD
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTDEEPGY
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTDEEPGYIKKCCKGFCID
QEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTDEEPGYIKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDL
YL
QFRHCFMGVCSGKPGMVFSISRGIYSCIHGVAIEER
QMHPKLVIILLNKERKW
QMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRMCPETEE
QSVMNSPTATMNNTHSNILRLLRTAK
QSVMNSPTATMNNTHSNILRLLRTAKNM
QSVMNSPTATMNNTHSNILRLLRTAKNMANLSGVNGSPQSALD
QVSGLSDKKFQRPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYAEMHAYMGKFNQRGVDD
SAPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEK
SDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSM
SGKPGMVFSISRGIYSCIHGVAIEER
SKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYI
SLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYI
SQKSAPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPR
STIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYI
FEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPAR
TDEEPGYIKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYL
IFLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDKK
TDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKD
TGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFI
TIGKAIWLLWGLVF
TIGSGKVFASTGYGIAIQKDSGWKRQVD
TLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTDEE
TPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNI
TVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASD
TVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSS
TWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGL
UNA PROTEINA X, GENERO LOS SI
VDQVSGLSDKKFQRPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNY
VELVAMNETDPKS
IITRICDLMSDR
VFASTGYGIAIQKDSGWKRQVDLAILQLFGDGEMEELEALWLTGI
CHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLGAAMALSLITFICEHLFYWQFRHCFMGVCSGK
VFEYFSPVGYNRCLADGREPG
VFEYFSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNS
VGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLY
VIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTDEEPGYIKKCCKGFCIDILKKI
VRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSS
CYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRNLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKER
VSVWAFFAV
VTNGKHGKK
VTNGKHGKKINGTWNGMIGEVVMKRAYM
VTNGKHGKKINGTWNGMIGEVVMKRAYMAVGSLTINEERSEVVD
W
WAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDKKFQRPNDFSPPFRFGT
WIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFI
WQFRHCFMGVCSGKPGMVFSISRGIYSCIHGVAIEER
QSVMNSPTATMNNTHSNILRLLRTAKNMANLSGVNGSPQSALDFIRRESSVY