Anda di halaman 1dari 5

6.

6 Pseudogen Merupakan Jalan Buntu dari Evolusi


Pseudogen (φ) merupakan rangkaian yang terkait dengan gen-gen fungsional, tetapi tidak dapat diterjemahkan
menjadi protein fungsional.
Beberapa pseudogen memiliki struktur umum yang sama seperti gen fungsional, dengan urutan ekson dan
intron yang sama pula. Pseudogen mungkin saja tidak aktif karena adanya mutasi yang mencegah salah satu atau
semua tahapan ekspresi gen. Perubahan dapat berupa penghapusan sinyal pada tahap inisiasi transkripsi, pencegahan
penyambungan pada titik pertemuan ekson intron, atau pemberhentian translasi dini.
Biasanya pseudogene memiliki beberapa mutasi yang merusakkan. Kiranya setelah tidak aktif, tidak ada
halangan untuk akumulasi mutasi lebih lanjut. Pseudogen yang tidak aktif yang saat ini merupakan gen aktif ditemukan
pada banyak sistem, diantaranya globin, imunoglobulin, dan antigen histokompatibilitas, di mana mereka berada di
sekitar kluster gen, sering diselingi dengan gen aktif.
Sebagai contohnya yaitu pseudogene kelinci, φβ2, yang memiliki ekson dan intron, berhubungan dengan β1 gen
globin fungsional dan gen ini tidak fungsional. Penghapusan pasangan basa pada kodon 20 dari φβ2 telah
menyebabkan pergeseran kerangka sehingga terminasi terjadi lebih awal. Beberapa mutasi titik telah berubah
kemudian kodon yang mewakili asam amino disimpan di dalam globin β. Tak satu pun dari dua intron yang dikenali
ekson, jadi mungkin saja intron tidak bisa disambung lagi sekalipun gen tersebut ditranskripsi. Bagaimanapun juga
tidak ada transkrip yang sesuai dengan gen, dimungkinkan karena telah terjadi perubahan di daerah apitan 5'.
Perubahan-perubahan yang terjadi pada pseudogen dapat dilihat pada Gambar 6.12.

Gambar 6.12. Beberapa perubahan yang terjadi pada gen globin β sejak berubah menjadi pseudogen

Kerusakan gen karena mutasi berpotensi mencegah tahapan ekspresi gen, sehingga kita tidak mengetahui
bagian gen mana yang sebenarnya tidak aktif. Jika dilihat perbedaan antara pseudogene dan gen fungsional, kita dapat
memperkirakan kapan pseudogene muncul pada saat mutasi mulai terakumulasi.
Jika pseudogene menjadi tidak aktif secara cepat akibat duplikasi dari β1, harapannya adalah sisi pengganti dan
sisi diam yang berbeda berubah menjadi sama. (kedua sisi ini akan berbeda hanya jika gen ditranslasikan untuk
menghasilkan tekanan selektif pada sisi pengganti.). Pada kenyataannya, substitusi sisi pengganti lebih sedikit
dibandingkan substitusi sisi diam. Hal ini menunjukkan bahwa pada awalnya (ketika gen terekspresi) terjadi seleksi
terhadap substitusi pengganti sisi. Dari perluasan substitusi relatif pada dua jenis sisi, dapat dihitung bahwa φβ2
menyimpang dari β1 ~ pada 55 juta tahun yang lalu, dan tetap menjadi gen fungsional selama 22 juta tahun, tetapi
ternyata terdapat pseudogene untuk 33 juta tahun terakhir.
Perhitungan serupa dapat dibuat untuk pseudogen lainnya. Beberapa pseudogen semula merupakan gen aktif
dan beberapa yang lain sudah merupakan pseudogen sejak awal generasi. Titik umum yang dibuat oleh struktur ini
adalah bahwa setiap pseudogen telah berkembang secara independen selama pengembangan kluster gen globin di
setiap spesies. Hal ini memperkuat kesimpulan bahwa penciptaan gen baru, diikuti dengan duplikasi fungsional,
menjadi gen-gen yang fungsional, atau inaktivasi sebagai pseudogen, ini semua merupakan suatu proses yang
berkelanjutan dalam kluster gen.
Gen tikus globin φα3 memiliki satu sifat menarik: yaitu tidak mempunyai intron pada kedua sisi. Urutannya
dapat disejajarkan (berdasarkan akumulasi mutasi) dengan mRNA α-globin. Waktu untuk inaktivasi bertepatan dengan
waktu duplikasi asal, yang menunjukkan bahwa peristiwa nonaktivasi berkaitan dengan hilangnya intron.
Jika pseudogen adalah jalan buntu dari evolusi, hanya iringan yang tidak diinginkan dengan penataan ulang gen
fungsional, mengapa mereka masih hadir dalam genom? Apakah mereka mempunyai fungsi atau tidak, dalam hal ini
tidak boleh ada tekanan selektif untuk retensi mereka?
Kita harus ingat bahwa gen tersebut telah bertahan dalam populasi ini. Di masa lalu, sejumlah pseudogen lain
mungkin telah dieliminasi. Hal ini bisa terjadi karena adanya delesi pada sekuen secara tiba-tiba atau karena adanya
insersi pada mutasi titik dimana pseudogen tidak terdapat pada sekuen tersebut.
Bahkan peninggalan evolusi dapat diduplikasikan. Dalam β-globin gen dari kambing, ada dua spesies dewasa, βᴬ
dan βC. Masing-masing memiliki sebuah pseudogene beberapa kb up-stream dari itu (disebut φβZ dan φβX, masing-
masing). Kedua pseudogen berhubungan satu sama lain lebih baik daripada dengan gen β-globin dewasa, mereka
saling bekerja sama pada saat inaktivasi mutasi. Dan juga, dua β-globin dewasa lebih baik berhubungan satu sama lain
daripada ke pseudogen. Ini berarti bahwa struktur φβ-β asli sendiri diduplikasi, memberikan dua gen β fungsional
(yang menyimpang jauh ke dalam βᴬ dan gen βC) dan dua gen non-fungsional (yang menyimpang ke pseudogen saat
ini).
Mekanisme tersebut bertanggung jawab terhadap duplikasi gen, delesi, atau penataan ulang pada semua
sekuen yang berada dalam suatu kluster, entah berfungsi atau tidak. Ini merupakan hasil seleksi dari produk-produk
yang dihasilkan.

6.7 Pindah Silang yang Tidak Sebanding Menyusun Kembali Gen Berkelompok
Ada banyak peluang untuk pengaturan kembali dalam gen berkelompok yang berkaitan atau identik. Kita bisa
melihat hasilnya dengan membandingkan cluster β mamalia. Meskipun kelompok gen melayani fungsi yang sama, dan
semua memiliki organisasi umum yang sama, masing-masing berbeda dalam ukuran, ada variasi dalam jumlah dan
jenis β-globin gen, dan jumlah dan struktur pseudogen berbeda. Semua perubahan ini harus terjadi sejak radiasi
mamalia, 85 juta tahun yang lalu (titik terakhir dalam evolusi umum untuk semua mamalia).
Pengaturan kembali ini, bersama duplikasi dan variasi merupakan faktor penting dalam evolusi, sama
pentingnya dengan akumulasi perlahan dari mutasi titik pada suatu gen. Apa jenis mekanisme yang bertanggung jawab
untuk reorganisasi gen?
Suatu kelompok gen dapat melebar atau mengerut akibat pindah silang yang tidak sebanding. Hal ini
berlangsung ketika rekombinasi terjadi antara gen- gen yang bukan alel nya (nonallelic). Biasanya, rekombinasi
melibatkan urutan DNA yang sesuai antara dua kromosom yang homolog. Namun, ketika ada dua salinan sebuah gen
di masing-masing kromosom, maka pindah silang yang tidak sebanding tersebut dapat terjadi. (Hal ini memaksa
beberapa daerah yang berdekatan menjadi tidak berpasangan).
Ketika rekombinasi terjadi antara gen yang tidak bersesuain, peristiwa ini menghasilkan kromosom–kromosom
rekombinan yang salah satunya memiliki gen dengan jumlah lebih banyak sedangkan lainnya memiliki gen yang lebih
sedikit. Rekombinan pertama memiliki peningkatan jumlah salinan gen dari dua hingga tiga, sedangkan yang kedua
memiliki penurunan dari dua banding satu. Pada Gambar 6.13 menunjukkan peristiwa pindah silang yang tidak
sebanding.

Gambar 6.13 Sejumlah gen dapat berubah karena peristiwa pindah silang yang tidak sebanding

Apakah kromosom memiliki keuntungan selektif atau kerugian tergantung pada konsekuensi dari setiap
perubahan sekuen produk gen, serta pada perubahan jumlah salinan gen.
Hambatan bagi yang tidak sebanding dengan pindah silang karena adanya struktur terputus dari gen. Dalam
kasus seperti globins, ekson yang berhubungan dengan salinan gen cukup mendukung gen untuk berpasangan;
bagaimanapun, sekuen dari intron menyimpang cukup besar. Pembatasan gen yang berpasangan dengan ekson
mengurangi pemanjangan DNA yang terlibat. Hal ini akan menurunkan perubahan pindah silang yang tidak sebanding.
Jadi perbedaan antar intron bisa meningkatkan stabilitas kelompok gen dengan menghambat terjadinya pindah silang
tidak sebanding.
Thalassemia merupakan hasil dari mutasi karena pengurangan atau pencegahan sintesis globin α baik atau β.
Terjadinya mutasi dikarenakan pindah silang yang tidak sebanding dalam kelompok globin gen manusia.
Kebanyakan thalassemia karena dari pada bagian cluster. Pada beberapa kasus, ujung delesi berada pada sisi
yang homolog, dimana sama dengan yang diharapkan pada pindah silang tidak sebanding.
Gambar 6.14 merangkum penghapusan yang menyebabkan α-thalassemia. Delesi panjang terjadi di α-thal-1,
bervariasi pada ujung kiri, dengan posisi ujung kanan terletak di luar gen yang dikenal. Delesi menghilangkan kedua
gen α. Delesi pendek terjadi di α-thal-2 dan hanya menghilangkan salah satu dari dua gen α. Bentuk L menghilangkan
4.2 kb DNA, termasuk gen α2. Ini dimungkinkan merupakan hasil dari pindah silang tak sebanding, karena ujung delesi
terletak pada daerah homolog, tepat di sebelah kanan dari gen Ψα dan α2. Hasil delesi R dari penghapusan 3,7 kb
DNA, merupakan jarak yang tepat antara gen α1 dan α2. Hal ini memunculkan pindah silang tidak sebanding antara
gen α 1 dan α2 dan gen. Kondisi seperti sesuai dengan Gambar 6.13.

Gambar 6.14 α-thalassemia karena peristiwa delesi pada kelompok gen α globin

Individu yang mengidap thalassemia mungkin memiliki rantai α berjumlah nol sampai tiga, tergantung pada
kombinasi diploid kromosom thalassemia. Ada beberapa perbedaan dari tipe ganas (empat α gen) pada individu
dengan tiga atau dua gen α. Jika individu hanya mempunyai satu gen α, rantai β yang berlebih akan membentuk
tetramer β4, yang menyebabkan penyakit hemoglobin H (HbH). Ketiadaan gen α di dalam tubuh janin akan berakibat
fatal pada saat atau setelah kelahiran.
Pindah silang tak sebanding yang menyebabkan penyakit thalassemia juga dapat terjadi pada kromosom dengan
3 gen α. Individu dengan kromosom tersebut telah diidentifikasi dalam beberapa populasi. Pada beberapa populasi,
frekuensi lokus triple α sama dengan lokus single α, pada populasi lainnya, umumnya gen triple α jauh lebih sedikit
daripada gen single α. Hal ini menunjukkan bahwa terdapat faktor selektif yang bekerja pada tingkatan gen pada
populasi yang berbeda.
Variasi jumlah gen α relatif sering ditemukan, yang menyatakan bahwa pindah silang tak sebanding sudah umum
terjadi. Pindah silang ini sering terjadi pada kelompok gen α daripada kelompok gen β, karena dimungkinkan intron
dalam gen α jauh lebih pendek dan adanya hambatan pada saat gen nonhomolog berpasangan. Delesi yang
menyebabkan penyakit β-thalassemia terdapat pada Gambar 6.15.
Dalam beberapa (jarang) kasus, hanya gen β terpengaruh. Pada gen ini terjadi delesi sebesar 600 bp,
membentang dari intron kedua melalui daerah apitan 3'. Pada kasus lain, lebih dari satu kelompok gen yang
dipengaruhi. Kebanyakan delesi terjadi sangat panjang, membentang dari ujung 5’ pada peta gen untuk > 50 kb ke
kanan.
Gambar 6.15 Delesi pada kelompok gen β globin menyebabkan beberapa tipe penyakit thalassemia

Jenis Hb Lepore memberikan bukti klasik bahwa delesi menghasilkan pindah silang yang tidak sebanding
diantara gen-gen yang saling terhubung. Gen β dan δ berbeda hanya 7% pada sekuennya. Rekombinasi yang tidak
sebanding menghapus materi antara gen, sehingga sehingga terjadi penyatuan. Gen menyatu menghasilkan rantai
tunggal β- yang terdiri dari sekuen ujung N dari δ bergabung dengan sekuen ujung C dari β.
Perbedaan dari beberapa jenis Hb Lepore lainnya terletak pada titik transisi dari sekuen δ ke β. Jadi ketika gen
δ dan β berpasangan pada saat pindah silang tidak sebanding, titik rekombinasi menentukan posisi perubahan dari
sekuen δ ke β yang terjadi pada rantai asam amino.
Kebalikan kondisi di atas ditemukan pada Hb anti-Lepore, yang dihasilkan oleh gen yang memiliki ujung N di
bagian β dan ujung C di bagian δ. Penyatuan gen terjadi antara gen normal δ dan gen β.
Bukti pindah silang tidak sebanding dapat terjadi pada gen yang letaknya berjauhan telah diidentifikasi pada
peristiwa penyatuan hemoglobin lainnya yaitu Hb Kenya. Gen ini terdiri dari sekuen ujung N gen λɣ dan sekuen ujung
C gen β. Penyatuan dihasilkan dari pindah silang antara antara λɣ dan β, yang perbedaan sekuen 20%.
Berdasarkan perbedaan diantara kelompok gen globin pada mamalia, dapat dilihat bahwa duplikasi yang diikuti
dengan variasi merupakan hal yang penting terjadinya evolusi pada masing-masing kelompok gen. Delesi pada
manusia yang mengidap thalassemia menunjukkan bahwa pindah silang yang tidak sebanding terjadi secara terus
menerus pada kedua kelompok globin. Setiap terjadi keadaan yang seperti ini yaitu duplikasi dan delesi, kita harus
memperhitungkan nasib kedua lokus rekombinan dalam populasi. Delesi juga dapat terjadi karena rekombinasi
diantara sekuen-sekuen yang homolog pada kromosom yang sama. juga kromosom yang sama. Hal ini tidak
menghasilkan duplikasi yang sesuai.
Sulit untuk memperkirakan frekuensi alami dari peristiwa ini, karena kekuatan selektif cepat menyesuaikan
tingkatan kelompok variasi dalam populasi. Umumnya kontraksi didalam sejumlah gen cenderung merusak dan
melawan. Namun, dalam beberapa populasi, mungkin ada keuntungan seimbang yang mempertahankan bentuk
karena delesi pada frekuensi rendah.
Struktur dari kelompok manusia saat ini menunjukkan beberapa duplikasi yang membuktikan pentingnya
mekanisme tersebut. Sekuen yang fungsional meliputi dua gen α yang mengkode protein yang sama, yang
berhubungan dengan gen β dan gen δ, dan keduanya hampir identik gen ɣ. Duplikasi ini telah bertahan di dalam
populasi, belum lagi duplikasi yang awalnya dihasilkan berbagai jenis gen globin. Duplikasi lain mungkin menimbulkan
pseudogen atau telah hilang. Harapannya duplikasi dan delesi terjadi secara yang kemudian menjadi fitur dari semua
kelompok gen.

6.13 Satelit Mamalia yang terdiri dari Pengulangan Herarki


Pada mamalia yang diwakili oleh tikus, urutan yang terdiri dari masing-masing satelit menunjukkan perbedaan
diantara pengulangan tandem. Sebagian besar sekuen pendek umumnya dapat dikenali di antara fragmen
oligonukleotida yang dirilis oleh bahan kimia atau perlakuan enzimatik. Namun, sekuen pendek yang dominan
biasanya berada dalam jumlah salinan yang sedikit. Sekuen pendek lainnya terkait dengan sekuen dominan karena
berbagai substitusi, penghapusan, dan sisipan.
Tapi serangkaian varian dari unit pendek dapat merupakan unit yang berulang-ulang dalam suatu tandem
dengan berbagai variasi. Jadi, DNA satelit mamalia terstruktur dari pengulangan unit hirarki.
Ketika setiap DNA satelit dicerna dengan enzim yang memiliki situs pengenalan dalam unit yang berulang, satu
fragmen akan diperoleh untuk setiap unit berulang pada sisi kejadian. Pada kenyataannya, ketika DNA dari genom
eukaryotic dicerna dengan enzim restriksi, sebagian besar memberikan pelumas agar distribusi situs pembelahan
terjadi secara acak. DNA satelit menghasilkan ikatan-ikatan yang tajam, karena sejumlah besar fragmen ukuran yang
identik atau hampir identik diciptakan oleh perpecahan di situs restriksi yang terletak terpisah jarak yang teratur.
Segmen individu dari satelit dapat dimasukkan ke dalam plasmid untuk kloning. Kesulitannya adalah bahwa
urutan satelit cenderung dihilangkan dari plasmid chimeric oleh rekombinasi di sel inang bakteri. Namun, ketika
kloning berhasil, adalah mungkin untuk menentukan urutan segmen kloning yang jelas. Sementara itu agar dapat
memberikan sekuen yang sebenarnya dari sebuah unit yang berulang, kita perlu memiliki sekuen banyak individu
untuk merekonstruksi jenis perbedaan khas dari satelit secara keseluruhan.

6.14 Minisatellites yang Berguna untuk Pemetaan Genetik


Urutan yang menyerupai satelit dalam terdiri dari pengulangan tandem unit pendek, tapi bahwa secara
keseluruhan jauh lebih pendek, yang terdiri dari (misalnya) dari mengulangi 5-50, yang pada umumnya berada dalam
genom mamalia. Mereka ditemukan secara kebetulan sebagai fragmen yang ukurannya sangat bervariasi di
perpustakaan genom DNA manusia. Variabilitas ini terlihat ketika populasi berisi fragmen berbagai ukuran yang
mewakili wilayah genomik yang sama, ketika individu diperiksa, ternyata bahwa ada polimorfisme yang luas, dan
bahwa alel yang berbeda dapat ditemukan.
Urutan ini disebut minisatellite atau VNTR (jumlah variabel ulangi tandem) daerah. Penyebab dari variasi adalah
bahwa alel individu memiliki nomor yang berbeda dari unit berulang. Misalnya, satu minisatellite seperti memiliki
panjang pengulangan 64 bp, dan ditemukan penduduk inthe dengan distribusi berikut:
7% 18 repeats
11% 16 repeats
43% 14 repeats
36% 13 repeats
4% 10 repeats
Penyebab variasi ini karena rekombinasi genetik diantara unit pengulangan sejajar, dengan cara yang sama pada
DNA satelit. Tingkat pertukaran genetik pada urutan minisatellite tinggi, ˷ 〖〗 10 ^ (-4) per kb DNA. (Frekuensi
pertukaran per lokus sebenarnya diasumsikan sebanding dengan panjang minisatellite)). Tingkat ini, ˷ 10 x lebih besar
daripada tingkat rekombinasi homolog pada meiosis, yaitu, dalam urutan DNA acak. Jadi minisatellite mungkin
hotspotsfor rekombinasi meiosis.
Kadang-kadang kehadiran minisatellite yang berkorelasi dengan tingkat tinggi pertukaran di sekitarnya, tetapi
dalam beberapa kasus peristiwa rekombinasi terjadi antara kromatid saudara. Dalam kasus terakhir itu perubahan
panjang minisatellite tidak berpengaruh pada penanda pengapitan, karena hal ini identik pada kedua molekul
penggabungan DNA.
Variabilitas yang tinggi dalam minisatellites membuat mereka sangat berguna untuk pemetaan genom, karena
ada kemungkinan besar bahwa individu akan bervariasi dalam alel mereka di sebuah lokus.