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Análisis comparativo de cuatro
Campylobacterales
Artículo en Nature Reviews Microbiology · Diciembre 2004
DOI: 10.1038 / nrmicro1024 · Fuente: PubMed
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Mark Eppinger
Universidad de Texas en San Antonio
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Claudia Baar
Isogenica Ltd
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Daniel H Huson
Universidad de Tuebingen
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OPINIONES
* Max-Planck-Institute para
Biología del desarrollo,
Centro del Genoma,
Spemannstr. 35, 72076
Tübingen, Alemania. ‡ ZBIT
Zentrum für Bioinformatik,
Universidad de Tubinga, 72076
Tübingen, Alemania.
§Estos autores contribuyeron
igualmente a este trabajo.
Correspondencia con SCS
correo electrónico:
stephan.schuster@tuebingen
.mpg.de
doi: 10.1038 / nrmicro1024
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 1
La subdivisión ε de las Proteobacterias es un grupo grande
de microorganismos CHEMOLITOTRÓFICO y CHEMOORGANOTRÓFICO
con diversas capacidades metabólicas que colonizan
un amplio espectro de hábitats ecológicos.
Representantes del subgrupo ε se pueden encontrar en
ambientes marinos y terrestres extremos que van
de respiraderos hidrotermales oceánicos a cueva sulfídica
muelles. Aunque algunos miembros son de vida libre, otros
solo puede persistir en asociación estricta con un organismo huésped.
Los miembros de este grupo asociados al host incluyen
especies comensales y patogénicas. Como la mayoría de
ε-proteobacterias ambientales no son cultivables, su
la fisiología sigue siendo oscura1-3.
Dentro de las ε-proteobacterias, el orden Campylobacterales
comprende dos familias, Helicobacteraceae
y la Campylobacteraceae. Actualmente hay cinco
completar secuencias de genoma disponibles para esta orden:
cuatro de Helicobacteraceae - los genomas de dos
cepas distintas de Helicobacter pylori, 26695 y J99,
Wolinella succinogenes DSM 1740 y Helicobacter
hepaticus ATCC 51449 - y uno de Campylobacteraceae,
Campylobacter jejuniNCTC 11168 (REFS 4-8).
En este artículo, nos centramos en estos ε-proteobacterial
representantes.
Ambas especies de Helicobacter, el colonizador gástrico
H. pylori y la especie enterohepática H. hepaticus,
se clasifican como microorganismos causantes de cáncer como
la infección puede provocar cáncer gástrico en humanos
y cáncer de hígado en roedores, respectivamente9-11. los
El representante de Campylobacter C. jejuni es uno de los
principales causas de enfermedades bacterianas transmitidas por alimentos en todo el mundo,
causando gastroenteritis aguda, y también
el antecedente microbiano más común de
Síndrome de Guillain-Barré12-15. Además de sus patógenos
potencial en humanos, C. jejuni persiste como comensal
en su reserva huésped aviar y H. pylori puede
persisten en el estómago humano asintomáticamente. los
el género Wolinella está representado por W. succinogenes,
que persiste como un comensal en el gastrointestinal
tracto de ganado, donde utiliza metabolitos producidos
en el rumen16.
La disponibilidad de secuencias de genoma completas para
estos microorganismos permiten un análisis comparativo
del contenido y la arquitectura del genoma4-8. Nuestra corriente
comprensión de los mecanismos de patogenicidad bacteriana
ha sido muy avanzado por nuestro aumento
conocimiento del inventario del genoma que es común
a los patógenos bacterianos. Como muchos microorganismos patógenos
son estrictamente adaptadas al huésped, sus genomas tienen
experimentado un proceso conocido como evolución reductiva,
llevando a tamaños de genoma reducidos17,18. Este proceso de
borrar información genética ha resultado en
procesos celulares "huérfanos" que solo se pueden entender
en su contexto ancestral. Para entender realmente
ANÁLISIS COMPARATIVO DE CUATRO
CAMPYLOBACTERALES
Mark Eppinger * §, Claudia Baar * §, Guenter Raddatz *, Daniel H.Huson ‡ y
Stephan C. Schuster *
Resumen | El análisis comparativo del genoma puede usarse para identificar genes específicos de
especies y
clústeres de genes, y el análisis de estos genes puede dar una idea de los mecanismos implicados
en una
interacción específica bacteria-huésped. El análisis comparativo también puede proporcionar
información importante
sobre la dinámica del genoma y el grado de recombinación en una especie particular. Este artículo
describe el análisis genómico comparativo de representantes de cuatro diferentes
Especies Campylobacterales - dos patógenos de humanos, Helicobacter pylori y
Campylobacter jejuni, así como Helicobacter hepaticus, que se asocia con cáncer de hígado en
roedores y las especies comensales no patógenas, Wolinella succinogenes.
CHEMOLITOTROFICO
Un organismo que es capaz de
usando CO, CO2 o carbonatos como
la única fuente de carbono para la célula
biosíntesis, y eso deriva
energía de la oxidación de
reducido inorgánico u orgánico
compuestos.
CHEMOORGANOTRÓFICO
Un organismo que deriva energía
de fuentes orgánicas en un lightindependent
manera.
2 | NOVIEMBRE 2004 | VOLUMEN 2 www.nature.com/reviews/micro
OPINIONES
La disponibilidad de estos genomas de ε-proteobacterial
también nos permite estudiar cualquier reordenamiento del genoma que
han tenido lugar ya que estos microorganismos divergieron
de su último ancestro común. Estos en curso
procesos dinámicos y el nivel de plasticidad del genoma
puede ser investigado en un nivel intraespecie - entre
las dos cepas de H. pylori22,23, así como en una interespecies
nivel. En este artículo, usamos genómica comparativa
análisis para identificar los factores que definen la especificidad del anfitrión
de cada microorganismo, además de discutir las limitaciones
de este enfoque comparativo.
Características generales del genoma de la ε-proteobacteria
El genoma de W. succinogenes consiste en un 2.11-Mb
cromosoma circular y es más grande que los genomas de
H. hepaticus (1.80 Mb), H. pylori 26695 (1.67 Mb), H.
pylori J99 (1.64 Mb) y C. jejuni (1.64 Mb) (TABLA 1).
Este aumento en el tamaño del genoma se corresponde con una mayor
número de genes predichos (2,046) en comparación con el
anotaciones revisadas del genoma de H. pylori 26695
(1,552), y H. pylori J99 (1495), H. hepaticus (1,875)
y C. jejuni (1,654) genomas24. Los genomas de W. succinogenes,
C. jejuni y H. hepaticus tienen un gen alto
densidad, con un área de codificación de 94.3% para C. jejuni, 94.0%
para W. succinogenes y 93.0% para H. hepaticus, mientras que
solo 91.0% de H. pylori 26695 y 90.8% de H.
se predice que los genomas J99 de pylori se transcribirán.
contenido global de GC del genoma de W. succinogenes
(48.5%) es mayor que la de C. jejuni (30.6%), H.
hepaticus (35.9%) y H. pylori 26695 y J99 (39.0%).
los orígenes y la emergencia de un patógeno, es esencial
para analizar los genomas de cualquier pariente vivo que tenga
mantenido en gran medida el conjunto de genes de la última común
antepasado. Para el grupo ε-proteobacteria, W. succinogenes
es un organismo tal como codifica completo
rutas metabólicas y sistemas de detección ambiental
que están ausentes de los genomas de su patógeno
parientes8. Sobre la base de la comparación filogenética
de secuencias de ARNr 16S, W. succinogenes parece
estar estrechamente relacionado con las otras tres especies consideradas
aquí19,20. Como las cuatro especies pertenecen a la misma subclase
de las Proteobacterias, comparten muchas análogas
estructuras celulares y características biológicas. Por comparación
el contenido del gen individual y la identificación de ambos
genes compartidos y específicos de especie, es posible
describir similitudes y diferencias específicas en
estilo de vida de estos organismos, así como de los
mecanismos divergentes para la adaptación del anfitrión. Los genes
que están presentes en todas las especies es probable que sean esenciales
para el mantenimiento del microorganismo en un mamífero
host vertebrado, proporcionando de ese modo un
estrategia para la supervivencia y el crecimiento, así como proporcionar
mecanismos comunes de propagación y transmisión
en mayores poblaciones de hospederos21. Sin embargo aunque
identificación de los genes que son únicos de una especie
proporciona un excelente punto de partida para funcional
análisis, un papel definitivo para estos productos genéticos con
respecto a su función fisiológica en un simbiótico,
interacción comensal o patogénica con el huésped
no puede deducirse solo mediante análisis.
Tabla 1 | Características generales de los genomas secuenciados de Helicobacteraceae y
Campylobacteraceae
Especie Wolinella Helicobacter pylori Helicobacter Campylobacter
succinogenes hepaticus jejuni
Strain DSM 1740 26695 J99 ATCC 51449 NCTC 11168
Huésped (es) Humano Humano Humano y aviar
Tamaño del genoma (pb) 2,110,355 1,667,867 1,643,831 1,799,146 1,641,481
Contenido de G + C (%) 48.5 39.0 39.0 35.9 30.6
Marcos de lectura abierta
Número pronosticado 2,046 1,590 (1,552 *) 1,495 1,875 1,654
Área de codificación (%) 93.0 91.0 90.8 93.0 94.3
Longitud media (pb) 964 945 998 1,082 948
Grupo de genoma flexible
Plásmidos informados Ninguno Ninguno ‡ Ninguno ‡ Ninguno Ninguno§
Fagos y Fago-tRNAmet tipo fago Ninguno Ninguno 3 genes de fagos Ninguno
elementos
Elementos IS ISWsu1302, IS605, IS606 IS605 (parcial), Ninguno Cj0752 (parcial)
ISWsu1203 IS606
Islas genómicas WsuGI I y II cag PAI cag PAI HHGI1 Ninguna
Regiones de isletas e islas genómicas desviadas, islotes e islas genómicas, islotes e islas genómicas,
islotes e islas genómicas, EPS / LOS
Contenido de GC Restricción de ADN / restricción de ADN / restricción de ADN / restricción de ADN
/ síntesis y flagelos
sistema de modificación, sistema de modificación, sistema de modificación, sistema de
modificación, modificación
maquinaria de traducción maquinaria de traducción maquinaria de traducción de maquinaria
Referencias 8 4 5 7 6
* Número revisado de predichos Helicobacter pylori 26695 ORFs24. ¶ En W. succinogenes. ‡ Ocho
plásmidos (pHP51, pHP489, pHPM8, pHP180, pHP186, pHel4, pHe5 y
pHPO100) se han detectado en una variedad de otras cepas de H. pylori. §Tres plásmidos (pVir,
pCJ419 y pTet) se han secuenciado en otras cepas de C. jejuni. cag PAI,
isla asociada a patogenicidad asociada a citotoxina; EPS, biosíntesis de polisacáridos
extracelulares; GI, isla genómica; IS, secuencia de inserción; LOS,
biosíntesis de lipooligosacáridos.
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 3
OPINIONES
26695 y C. jejuni. Las identidades del ortólogo para el
dos especies de Helicobacter oscilan entre 21% y 90% (promedio
51.2%), para W. succinogenes y H. hepaticus de
19% a 90% (promedio 47%) y 22% a 96% (promedio
47%) para C. jejuni y H. hepaticus. Estas interespecies
las comparaciones muestran rangos de identidad que son similares a
los reportados para Chlamydia pneumoniae y
Chlamydia trachomatis (22-95% con un promedio de
62%, basado en 859 marcos de lectura abiertos, ORF) 26. Esta
indica que los cuatro organismos comparados, a pesar
siendo especies separadas, comparten un grupo de genes homólogos
productos.Como se espera, las proteínas con la mayor
identidad de secuencia está asociada con la traducción y
funciones metabólicas importantes, mientras que aquellos con el
menos identidad se asocian con sin caracterizar o
proteínas hipotéticas
El grupo de genoma flexible
De estas cuatro especies ε-proteobacterianas, solo H. pylori y
W. succinogenes comparte múltiples conjuntos de genómica flexible
elementos, como elementos de secuencia de inserción (IS) -
que mejoran la recombinación intragenómica y por lo tanto
contribuir a la dinámica y la diversidad de un genoma
y tienen un papel en la especiación27. Análisis de género de la
Aunque todos los miembros de la ε-proteobacteria
generalmente tienen genomas pequeños, una característica que ha sido
observado como un rasgo adaptativo para varios otros hostadapted
bacterias, el commensal W. succinogenes tiene
un genoma marcadamente más grande en comparación con su cierre
parientes patógenos. Junto con la observación de
un sesgo GC asimétrico en W. succinogenes (RECUADRO 1),
esto indica que los cuatro genomas se derivan de un
genoma ancestral más grande.
Filogenia y análisis de contenido genético
La estrecha relación de estas cuatro especies ha sido
demostrado usando morfológico, fisiológico y
métodos de clasificación molecular, y esto se refleja en
su contenido de genes, ya que comparten ~ 50% de su
genes19,20,25 (Figura 1). Un alto nivel de conservación funcional
se ha mantenido, como muchos ORTOLOGOS con un
alto grado de identidad se detectaron en el previsto
secuencias proteicas de estos organismos. Para genes compartidos
entre W. succinogenes y C. jejuni, las identidades
rango de 22% a 91%, con un promedio de 48.4%.
Identidades ortólogas entre W. succinogenes y H.
Pylori 26695 rango de 21% a 91% (promedio 50.8%)
y de 19% a 90% (promedio 45.9%) para H. pylori
ORTOLOGOS
Genes homólogos que
originado a través de la especiación.
Cuadro 1 | GC-sesgo en genomas microbianos
En la mayoría de los genomas bacterianos, una diferencia en la base
composición entre el capítulo principal y el retraso es
observado - por lo general, la cadena principal está enriquecida en G
y T, mientras que la cadena rezagada está enriquecida en A y
C. Desviaciones de las frecuencias base de A = T y
G = C se llaman desviaciones AT y GC. El GC-sesgo es
usualmente más fuerte que el AT-skew, tan frecuentemente solo
se considera el sesgo GC. Un método de medición
GC-skew es trazar (G-C) / (G + C) en una ventana deslizante
a lo largo de la secuencia. Esto da el porcentaje de exceso
de G sobre C - un valor que es positivo en el líder
cadena y negativa en la cadena rezagada.
¿Qué causa GC-skew? Las razones todavía son malas
entendido. Los hilos principales y rezagados son
probablemente sujeto a diferentes presiones mutacionales debidas
a diferencias en el tiempo pasado como ADN monocatenario durante la replicación y, por lo tanto,
diferente exposición a DNAdamaging
Debido a que los desajustes T-G y G-T dominan sobre los pares complementarios C-A y A-C, más
la cadena propensa al error sería relativamente más rica en G y T. Otra teoría se basa en la
desaminación hidrolítica de
citosina, que se produce predominantemente en el ADN monocatenario. La estructura asimétrica
de la horquilla de replicación
deja la plantilla de cadena de retraso temporalmente
monocatenario, lo que lo hace más susceptible a la deaminación con citosina. La desaminación de
citosina conduce a la
formación de uracilo, que se empareja con adenina durante la replicación causando una mutación
C a T Por consiguiente,
Deaminación C a T aumentaría el porcentaje de G y T en esa cadena y el porcentaje de C y A en
la cadena complementaria.
¿Por qué es tan importante un análisis de sesgo GC? Como GC-skew es positivo en el capítulo
principal y negativo en el retraso
capítulo, el sesgo GC cambia el signo en el origen y el término donde el filamento principal se
convierte en el hilo rezagado
y viceversa. Esto hace que el análisis GC-skew sea una herramienta útil para identificar el origen y
el término en circular
cromosomas. Los cambios locales, que son visibles como distorsiones del diagrama, pueden
marcar reordenamientos recientes como
inversiones de secuencia o integración de ADN extraño. La pérdida de ADN no cambiaría la forma
básica de la
Curva GC-sesgada, mientras que la incorporación reciente de ADN externo probablemente
resultaría en una desviación local.
En la práctica, la visualización del sesgo GC puede sufrir fluctuaciones locales. Entonces, es mejor
trabajar con el
GC-skew acumulativo, que resume los valores de las ventanas correderas vecinas desde un inicio
arbitrario a un determinado
punto en la secuencia. La figura muestra el sesgo de GC y el sesgo acumulativo de GC de los
succinogenes de Wolinella.
Genoma DSM1740 e ilustra cómo el sesgo GC cambia el signo en el origen y el final de la
replicación.
El sesgo acumulativo de GC muestra un mínimo y un máximo en estas posiciones,
respectivamente.
4 | NOVIEMBRE 2004 | VOLUMEN 2 www.nature.com/reviews/micro
OPINIONES
genoma codificar productos genéticos que están involucrados en
polisacárido extracelular (EPS) y lipooligosacárido
(LOS) biosíntesis y modificación flagelar.
No se pueden observar islas genómicas en C. jejuni
genoma; esto está en contraste con los islotes genómicos y
islas que se han informado para los tres relacionados
Genomas de Helicobacteraceae. Hasta ahora, no hay plásmidos
encontrado en W. succinogenes y H. hepaticus,
aunque se han informado varios plásmidos para
H. pylori y C. jejuni28,36,37. La presencia del WsuGI
isla genómica en el genoma de W. succinogenes podría
indican que esta región genómica alguna vez existió como
plásmido autónomo, como se ha observado para el
Plásmido de virulencia SYNTENIC pVir de C. jejuni36. Estas
los hallazgos indican el estado actual del gen flexible
conjunto de estos organismos y muestran que las ε-proteobacterias,
en principio, tienen la capacidad de albergar plásmidos;
su ocurrencia y distribución podría ser
depende del aislado particular examinado.
Clasificación funcional del inventario genómico
Para comparar el contenido de genes de los cuatro genomas por un
método estandarizado, los ORF previstos fueron clasificados
sobre la base del grupo de grupos ortólogos (COG)
base de datos38. Cuando la distribución de las categorías COG
se compara entre las cuatro especies, áreas en
que cada uno de los microorganismos se especializa
aparente (figura 2).
El genoma de W. succinogenes contiene menos genes
en las categorías de traducción y sobre-celular
componentes, que tienen un papel importante en las bacterias-
interacciones del anfitrión, que los otros tres comparados
organismos. Este hallazgo es paralelo a la observación de que
los genomas de las dos especies de Helicobacter y
C. jejuni contiene muchos genes que han sido anotados
como proteínas de membrana externa, aunque pertenecen a
diferentes familias de proteínas.
Otra característica importante de H. pylori 22695
genoma es el alto porcentaje de genes que se predicen
estar involucrado en la replicación y modificación del ADN39.
dos cepas de H. pylori revelaron la presencia de dos tipos
del elemento IS, IS605 e IS606. Aunque H. pylori
26695 alberga cinco copias completas de IS605 y dos
copias completas de IS606, el genoma de la segunda
cepa H. pylori secuenciada, J99, solo codifica uno completo
copia de IS606 y ningún elemento IS605 completo4,5.
Estos elementos IS específicos de H. pylori no solo se encuentran
integrado en el cromosoma central, pero también
codificado en plásmidos como parte de la PISCINA GENOMA FLEXIBLE en
algunas cepas de H. pylori28. El cromosoma de W. succinogenes
alberga dos tipos de elementos IS, copias múltiples
de IS1302 y una única copia completa de ISWsu1203, como
así como copias parciales interrumpidas8,29. Por el contrario, el
genomas de H. hepaticus y C. jejuni no contienen ningún
elementos detectables de IS de longitud completa, aunque C. jejuni
codifica un ORF con similitud parcial con un IS605
transposasa de H. pylori6, lo que podría ser indicativo del
presencia de elementos IS en otros aislamientos de Campylobacter.
Todos los elementos IS encontrados en estas especies ε-proteobacterianas
pertenecen a la familia IS3 de elementos IS, que se caracterizan
por el motivo DDE altamente conservado, que también es
encontrado en integrales retrovirales30.
La falta de elementos IS y la ausencia de repetición
Secuencias de ADN, a excepción de los genes de ARN ribosómico y
otros tres ejemplos de genes duplicados son característicos
características del genoma de C. jejuni, aunque esto es
no reflejado en una cantidad reducida de recombinación genética6.
La falta de elementos IS se puede compensar
por la abundancia de ZONAS DE BAJA COMPLEJIDAD y simple
repeticiones de secuencia que funcionan como sitios potenciales de destino
para la recombinación31,32. En los genomas de W. succinogenes
y H. pylori, los elementos IS flanquean las regiones que se caracterizan
por un contenido GC que es diferente al resto de
el genoma, lo que indica que estas regiones fueron adquiridas
por la incorporación de ADN extraño en el núcleo
genoma por transferencia génica lateral33,34. Esta observación es
apoyado por la co-localización de genes de movilidad, tales
como transposasas e integra con homología a bacteriófago
genes y loci de ARN de transferencia35. El tres
regiones de desviación de contenido de GC en el núcleo de C. jejuni
GENOMA FLEXIBLE
Un cromosoma bacteriano
representa una estructura de mosaico
compuesto de ADN ancestral, el
genoma central, y el
adquirida horizontalmente flexible
grupo de genoma
ZONAS DE BAJA COMPLEJIDAD
Regiones genómicas con un alto
nivel de repetitividad de
nucleótidos.
SYNTENIC
Una región genómica encontrada en dos
organismos con un orden colineal
de genes (o nucleótidos).
Las regiones Syntenic se encuentran en
cromosómico o plasmidencoded
replicones.
PARALOGO
Genes homólogos que
originado por la duplicación de genes
SEÑAL DE DOS COMPONENTES
SISTEMAS DE TRANSDUCCIÓN
Un sistema de transducción de señales
usando dos componentes - un
histidina proteína quinasa (HPK)
y un regulador de respuesta (RR)
- para sentir y responder a
estímulos externos. El HPK
autofosforila en un histidilo
residuo después de la estimulación
y transfiere ese fosforilo
grupo a un RR afín en su
residuo de aspartilo para inducir un
cambio conformacional en el
dominio regulador, que en
activar activa un asociado
dominio.
aBC
977
611
775
58 146
236
718
Wsu
596
704
238 116
129
641 896
554
803
139 158
208
706
Wsu Hhe
975
Hpy Wsu Hhe
Hpy Cje Cje
Figura 1 | Análisis de contenido genético comparativo de ε-proteobacterias
secuenciadas. Comparando el contenido de genes de
Wolinella succinogenes DSM 1740 (Wsu) contra la cepa Helicobacter pylori 26695 (Hpy),
Helicobacter hepaticus ATCC 51449
(Hhe) y Campylobacter jejuni NCTC 11168 (Cje). Los diagramas de Venn muestran el número de
especies compartidas y específicas de la especie
marcos de lectura abiertos (ORF) entre los cuatro genomas.
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 5
OPINIONES
Como H. pylori es naturalmente competente, el genoma codifica
muchos sistemas de restricción y metilación de ADN
que consta de muchos pseudogenes, así como genes activos
- degradar el ADN extraño4,5. La gran cantidad de
pseudogenes presentes en el genoma de H. pylori en comparación
con los de las otras especies podría ser indicativo de una
genoma en proceso de descomposición, como se ha observado
para muchos patógenos bacterianos y simbiontes40. Por el contrario,
tanto W. succinogenes y C. jejuni tienen pocos
pseudogenes. Además, solo estos dos organismos tienen una
gran cantidad de genes que se han categorizado como
importante para el metabolismo energético y el transporte de iones,
que es indicativo de un organismo que no está restringido
a un nicho ecológico distinto en un host.
El número de proteínas de transducción de señales en
C. jejuni, H. pylori y H. hepaticus son sorprendentemente pequeñas
comparado con el número en W. succinogenes. Esto es
debido a la presencia de una gran cantidad de señalización PARÁLGICA
genes, histidina quinasas y sus correspondientes
reguladores de SISTEMAS DE TRANSDUCCIÓN DE SEÑALES DE DOS COMPONENTES,
así como numerosas quimiotaxis que aceptan metilo
proteínas en el genoma de W. succinogenes41,42 (TABLA 2).
Capacidades limitadas de detección ambiental y
se han sugerido conjuntos reducidos de vías metabólicas
ser característico de patógenos adaptados al hospedador
porque la adaptación especializada a un host particular puede
dan como resultado un pequeño genoma17,18,43. De acuerdo con esto,
el W. succinogenes no patogénico tiene el conjunto más grande
de los reguladores transcripcionales de los cuatro comparados
microorganismos, con una copia adicional de sigma
factor σ54 y dos copias de σ24 que no están presentes en
los otros tres genomas. Curiosamente, no hay ortólogos
de cheB / cheR se puede detectar en los genomas de
W. succinogenes y H. pylori (TABLA 2). Como la función
de estas metilasas y desmetilasas no ha sido
demostrado experimentalmente en H. hepaticus y C. jejuni,
la omisión de estos genes en H. pylori y W. succinogenes
podría sugerir una función genética que también tiene
sido el objetivo de eliminación en otras ε-proteobacterias. Eso
por lo tanto, queda por demostrar cómo esta clase de bacterias
confiere una respuesta adaptativa a un estímulo dado44.
Aunque la clasificación COG es extremadamente útil, es
espera que el mayor avance en nuestro entendimiento
de la especificidad del huésped de estos microorganismos
proceden del análisis del 20-35% de los genes predichos
que son específicos para cada especie y no muestran homología
a secuencias ya depositadas en las bases de datos.
Funciones comunes y únicas
A pesar de sus diferentes estilos de vida, los cuatro microorganismos
compartir una gran cantidad de genes que se han identificado
como factores de virulencia en las dos especies de Helicobacter y
C. jejuni. Estos incluyen genes que codifican hemolisinas
y proteínas relacionadas, factores de adhesión, proteínas involucradas
en la secreción de tipo IV, invasinas, factores de antigenicidad y
toxinas10,45,46 (TABLA 2).
Una de las diferencias más importantes entre los
cuatro especies es la actividad ureasa de H. pylori y
H. hepaticus. La función fisiológica de la actividad ureasa
es la conversión de urea en amoníaco y carbono
dióxido. En H. pylori, el amoníaco que se produce
Cje
Hpy Hhe
6.6 1.3
3.3
0.7
1.0
1.2
6.0
2.8
1.0
3.4
5.1
2.0
6.1
2.1
3.6
2.1
3.0
0.7
6.2
4.6
37.2
Eco Ctr
7.6
1.5
6.1
1.2
2.0
0.9
6.0
3.2
2.4
3.9
4.3
2.3
5.5
2.2
4.1
3.1 2.5
0.5
6.5
4.8
29.3
5.9
2.3
3.9 0.9
1.5
5.2
5.3
4.0
1.3
3.6
6.9
2.2
6.8
2.4
1.6 3.7
4.5
0.9
6.4
4.4
26.3
Wsu
3.7
5.8
5.0
0.7
1.0
2.8
5.0
2.8
5.9
7.6
7.5
1.4
0.8
2.2
6.1
6.7
4.1
1.7
2.6
1.8
24.7
12.6
2.3
6.0
4.2
1.6
2.1
3.9
4.6
3.9
3.8 3.9 5.7
0.3
2.0
6.7
3.4
28.4
1.0
1.3
0.3
1.8
ab
discos compactos
ef
7.6
2.2
3.8
1.0
1.6
1.8
7.1
3.3
1.6
4.1
5.9
2.8
2.7 8.0
4.4
2.1
5.1
1.5
7.7
5.7
20.1
Transcripción
Motilidad celular
Traducción, estructura ribosomal y biogénesis
Control del ciclo celular, división celular, partición cromosómica
Pared celular / membrana / sobre biogénesis
Modificación postraduccional, recambio proteico, chaperones
Transporte de aminoácidos y metabolismo
Transporte de lípidos y metabolismo
Solo predicción de función general
Mecanismos de defensa
Producción de energía y conversión
Transporte de nucleótidos y metabolismo
Transporte y metabolismo de iones inorgánicos
Función desconocida
Replicación, recombinación y reparación de ADN
Mecanismos de transducción de señales
Tráfico intracelular, secreción y transporte vesicular
Transporte de carbohidratos y metabolismo
Coenzima de transporte y metabolismo
Biosíntesis de metabolitos secundarios, transporte y catabolismo
Sin éxitos
Figura 2 | Clasificación funcional del inventario de genoma de ε secuenciado
proteobacteria. Todos los genes codificadores de proteínas predichos de los cuatro organismos
(Wolinella
succinogenes DSM 1740 (Wsu) (a); Campylobacter jejuni NCTC 11168 (Cje) (b); Helicobacter
cepa de pylori 26695 (Hpy) (c); y Helicobacter hepaticus ATCC 51449 (Hhe) (d)) se clasifican y
coloreado de acuerdo con las 26 categorías del grupo de bases de datos de grupos ortólogos
(COG).
Los valores dados representan el porcentaje del contenido del genoma. Proteínas sin golpe <e-15
fueron asignadas
a la categoría 'No hits'. Proteínas que coinciden con las entradas de la base de datos COG que no
están asignadas a un
la categoría de COG definida también se agrupa en la categoría 'Sin hits'. Cerca del 20-35% de
todos los genes en
cada genoma no puede clasificarse en ninguna categoría de COG funcional. Las partes e y f
muestran
Escherichia coli K12 MG-1655 y Chlamydia trachomatis D / UW-3 / CX para comparación.
6 | NOVIEMBRE 2004 | VOLUMEN 2 www.nature.com/reviews/micro
OPINIONES
Tabla 2 | Características comunes y únicas de los genomas secuenciados de Campylobacterales
Especies W. succinogenes H. pylori H. hepaticus C. jejuni
Strain DSM 1740 26695 J99 ATCC 51449 NCTC 11168
Factores de virulencia y toxinas
Urease ure * Operon de ureasa Operón de ureasa Operón de ureasa Ninguno
Toxina disociadora del Cytolethal Ninguna Ninguna Ninguna cdtABC cdtABC
C. jejuni antígeno de invasión B ciaB Ninguno Ninguno ciaB ciaB
Vacunación de citotoxinas Vac VacCa, VacA VacAcA, 3 Vac VacCa
parálogos, parálogos vacB, vacB
Genes asociados a citotoxina Ninguno cagA, cagE§ cagA, cagE§ Ninguno Ninguno
Proteína de activación neutrófila siesta siesta dps Bacterioferritina
Factores de adherencia y antigenicidad
Proteínas de lúpulo y hor Ninguno 33 genes 32 genes 10 genes Ninguno
Adhesivo de vaina flagelar Ninguno hpaA hpaA Ninguno Ninguno
Principales proteínas de la membrana externa 2 orthologues None None Ninguna momP
Proteína de unión a fibronectina cadF Ninguna Ninguna Ninguna cadF
Fibronectina- y fibrinógeno- Sí Sí Sí Sí Sí Sí
proteína de unión
Factor de unión celular principal Ninguno Ninguno Ninguno HH1481 peb1, peb2 / peb3
Lipoproteína adhesiva Ninguna Ninguna Ninguna Ninguna jlpA
Proteína inmunogénica Sí Ninguna Ninguna Ninguna Ninguna
Motilidad
Flagelo Sí Sí Sí Sí Sí
Genes de contingencia Sí Sí Sí Sí Sí Sí
Enzimas activas en carbohidratos **
(Trans-) glicosidosas 4 genes 2 genes 2 genes 4 genes 3 genes
Glicosiltransferasas 20 genes 20 genes 22 genes 23 genes 25 genes
Esterasas de carbohidratos 2 genes 2 genes 2 genes 3 genes 1 gen
Sistema de glicosilación
Glicosilación general ligada a N 15 genes Ninguno Ninguno Ninguno 13 genes
LOS locus None None None None Yes¶
Lipoproteínas ## 18 genes 14 genes 16 genes 19 genes 22 genes
Transporte y metabolismo
Níquel transporte # nikA, A2, B, D, E nixA, hpn nixA nikABCDE $ Ninguno
Metabolismo del hierro (Fe2 +, Fe3 +) pelaje, tonB / exbBD, pelaje, tonB / exbBD, feoB, pelaje,
tonB / exbBD, pelaje, tonB / exbBD, pelaje, tonB / exbBD,
feoAB, tipo fec, tipo fec, frpB, ceuE feoB, tipo fec, feoB, frpB, cfrA feoAB, chuABCD,
frpB frpB, ceuE ceuBCDE, cfrA
Transportador de eflujo multidrug cmeABC cme (A) B cmeB cmeAB cmeABC +
Locus de fijación N2 Sí Ninguno Ninguno Ninguno Ninguno
Detección y regulación
Señal de dos componentes 39 HK, 52 RR 4 HK, 6 RR 4 HK, 6 RR 9 HK, 6 RR 7 HK, 12 RR
sistema de transducción
Factores de transcripción y σ70, σ54 (2), σ28 σ70, σ54, σ28, flgMR σ70, σ54, σ28, flgMR σ70, σ54,
σ28, flgMR σ70, σ54, σ28, flgMR
reguladores σ24 (2), flgMR
Metil-aceptación de quimiotaxis 31 genes 3 genes 4 genes 8 genes + cheB / cheR 10 genes + cheB /
cheR
Restricción y modificación ≠
Sistema (s) R / M Tipo I (1), tipo II (3) Tipo I (5), tipo II (18), Tipo I (4), tipo II Tipo I (1), tipo II (7)
Tipo I (1), tipo II (4)
tipo III (4) (18), tipo III (4)
Maquinaria de secreción
Sistema de secreción tipo IV WsuGI cag PAI cagPAI HHGI1 pVirø
Sistema de exportación flagelar Sí Sí Sí Sí Sí Sí
* W. succinogenes alberga un único gen accesorio de ureasa. ‡ Cepas de H. pylori virulentas
notificadas que carecen de vacA. § Parte de H. pylori cag PAI. ** Números según CAZy (ver en línea
enlaces). Clúster de glucosilación enlazada a N dispuesta sintéticamente entre C. jejuni y W.
succinogenes. ¶ Base genética para el mimetismo molecular en C. jejuni. ## Números de acuerdo
a
DOLOP (ver enlaces en línea). # Utilizado para la producción de ureasa. $ Junto al operón ureasa. +
Media la resistencia a antibióticos de C. jejuni. ≠ Números según REBASE (ver enlaces en línea).
øSistema de secreción tipo IV organizado de manera síncrona entre W. succinogenes y C. jejuni
pVir. Proteína de unión al ADN inducible por inanición de DPS, HK, histidina quinasa, LOS,
lipooligosacárido; RR, regulador de respuesta.
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 7
OPINIONES
exclusivamente encontrado en H. pylori incluyen el cytotoxinassociated
proteína CagA, que se secreta a través del
gen asociado a citotoxina (cag) asociado a patogenicidad
maquinaria de secreción tipo IV codificada por la isla (PAI),
e interrumpe múltiples vías de señalización en el host
celda. Otro ejemplo es la citotoxina vacuolizante
autotransporter VacA y otros tres parálogos54,55.
Recientemente un mecanismo alternativo dependiente de contacto
para la transferencia de VacA en las células huésped fue descubierto56.
Sistemas de secrecion Sistemas de secreción como el tipo
Los sistemas de secreción III y tipo IV tienen un papel crucial
en virulencia bacteriana35,57. Sin sistema tipo III otro
que el aparato de exportación flagelar se observa en el
microorganismos comparados. Los dos Helicobacter
especies y W. succinogenes llevan numerosos ortólogos
de genes de virulencia (vir) en su genoma central,
que es probable que ensamblen la secreción de tipo IV
maquinaria. Estos sistemas tipo IV están codificados en
regiones genómicas clasificadas como islas genómicas,
es decir, W. succinogenes WsuGI I, H. hepaticus HHGI1
y H. pylori cag PAI. El contenido de GC desviado
estas regiones, así como su colocalización con
lugares de movilidad tales como elementos IS y transposasas, es
indicativo de adquisición por transferencia horizontal de genes.
En C. jejuni, el sistema de secreción de tipo IV es parte del
grupo de genoma flexible y está codificado en C. jejuni
plásmido de virulencia pVir36,58. La variabilidad genética
y la diversidad que se ha informado para muchos
Por lo tanto, las cepas de Campylobacter son compatibles con
presencia de varios plásmidos, el repertorio de contingencia
genes y el intercambio de material genético debido
a la transformación natural59,60.
Sorprendentemente, el análisis comparativo revela una
disposición syntenic casi inalterada del tipo
Sistema IV en la isla genómica de W. succinogenes WsuGI
Yo y el plásmido de virulencia de C. jejuni pVir8,36. Por el contrario,
las islas genómicas de las dos especies de Helicobacter hacen
no tener un orden de genes similar, lo que indica una diferente
origen de los sistemas de secreción de estas especies. los
maquinaria de secreción tipo IV que se encuentra en estos
la especie ε-proteobacteria parece haber sido
adquirido independientemente de diferentes fuentes57.
Aunque las vías de secreción bacteriana pueden ser
expresado en organismos patógenos y no patógenos,
su uso puede diferir según su ecología
habitat. Por ejemplo, en cepas de H. pylori patógenas
estos factores de virulencia contribuyen a la patogenicidad
del organismo, mientras que en W. succinogenes el mismo
factores pueden ser esenciales para la persistencia en su ecológica
nicho como un simbionte ruminal o comensal. En general,
el uso del término factor de virulencia se basa en la inicial
identificación de estos determinantes de virulencia en el
contexto de organismos patógenos, y no toma
en cuenta la presencia y diferentes fisiológicos
funciones de estos factores en organismos no patógenos.
Por lo tanto, estos factores podrían ser mejores
descrito como 'factores de interacción con el anfitrión'. De todos modos, eso
podría tomar solo unos pocos recombinación o mutacional
eventos para cruzar la frontera entre comensalismo
y patogenicidad40,61.
amortigua el ambiente ácido del estómago humano,
mientras aumenta el nivel de pH. Ambos C. jejuni y W.
los succinogenes carecen de esta actividad, aunque W. succinogenes
ha conservado un solo ortólogo de un accesorio de ureasa
proteína. H. pylori y H. hepaticus usan dos diferentes
sistemas para la absorción y el transporte de níquel, que son
requerido para la actividad de ureasa óptima. C. jejuni no tiene
sistema de transporte de níquel. Aunque W. succinogenes tiene
sin actividad de ureasa, tiene un sistema de transporte de níquel que
es ortólogo al sistema que se encuentra en H. hepaticus.
La ubicación del operón de níquel al lado de la ureasa
racimo en el cromosoma H. hepaticus refleja la composición
de la enzima ureasa como una metaloproteína con
dos iones de níquel unidos En W. succinogenes, absorción de níquel
es un prerrequisito para la maduración de [NiFe] hidrogenasa,
mientras que en las especies patógenas de Helicobacter relacionadas,
níquel se requiere para formar el centro catalítico de la
complejo de ureasa.
En los cuatro microorganismos, el metabolismo del hierro es un
proceso elaborado, e implica hasta cinco captación de hierro
sistemas, lo que demuestra la importancia de
metabolismo de hierro extendido para esta clase de bacterias. Debido
a su estricta asociación con los huéspedes mamíferos, hierro
adquisición es una gran preocupación ya que la mayor parte del hierro en una
el mamífero está complejado con diversas proteínas47,48. los
capacidad de los patógenos para obtener hierro a partir de transferrinas,
ferritina, hemoglobina y otro huésped que contiene hierro
las proteínas son esenciales para la persistencia en los mamíferos
ambiente de host49.
El locus cmeABC codifica una bomba de efusión multidrug,
que contribuye a la resistencia de C. jejuni a una amplia
gama de antimicrobianos, así como a la colonización de
tejido del huésped50. Se pueden detectar genes ortólogos en el
Helicobacteraceae relacionada, en particular en W. succinogenes
genoma, que lleva un clúster cmeABC que
se asemeja al locus C. jejuni (TABLA 2). Como en lo relacionado
Helicobacter especies H. pylori y H. hepaticus este gen
el grupo está incompleto, la resistencia informada de H. pylori
las cepas de diversos antibióticos podrían no estar mediadas a través de
este sistema de transporte de flujo múltiple y, en cambio,
podría estar mediado por multidrogas de tipo ABC no relacionadas
sistemas de transporte.
Un factor clave de patogenicidad de C. jejuni, la invasión
antígeno CiaB, es esencial para la invasión de células huésped51. Un
ortólogo ha sido descrito en W. succinogenes, y
un gen con alta homología se encuentra en el genoma de
H. hepaticus8. Sin embargo, un supuesto papel fisiológico para
estos dos productos genéticos en el proceso de interacción del huésped
aún no se ha determinado. En H. pylori, este gen parece
haber sido perdido selectivamente de un ancestro compartido
conjunto de genes, y por lo tanto no es necesario para tener éxito
interacción con el host. Se encuentra un patrón similar
para las toxinas disociadoras de citoqueles (CdtABC), que
se encuentran en C. jejuni y H. hepaticus, pero no en
W. succinogenes y H. pylori. Estas citotoxinas causan
células hospedadoras para arrestar durante su ciclo celular infligiendo
Daño al ADN52. Esto sugiere que los genes cdt podrían
ser parte del grupo de genes flexibles como se han identificado
en varias bacterias patógenas Gram-negativas y,
como el antígeno de invasión CiaB, generalmente no son
requerido para la interacción con el host53. Factores de virulencia que son
8 | NOVIEMBRE 2004 | VOLUMEN 2 www.nature.com/reviews/micro
OPINIONES
Regiones syntenic específicas de la especie. El alto genómico
la variabilidad de las especies individuales ha contribuido a
las diferencias fisiológicas distintas que fueron originalmente
utilizado para discriminar entre estas especies.Aparte de
los determinantes de virulencia conocidos, gen específico de especie
clusters (SSC) fueron identificados en cada genoma. Estas
los clústeres de genes podrían tener un papel importante en
la especificidad observada del huésped y el órgano (estómago versus intestino)
frente al hígado), así como el potencial patogénico del
cuatro microorganismos.
La FIGURA 3 muestra todos los ORF previstos en W. succinogenes
genoma y su clasificación funcional; el
genes ortólogos correspondientes en H. pylori,
Los genomas de H. hepaticus y C. jejuni están representados
de acuerdo a sus respectivas posiciones Esta representación
muestra que los ortólogos están dispersos
todo el cromosoma. Sin embargo, hay grupos de
genes específicos de especie en los tres microorganismos. Como
característica común, muchas de las categorías no categorizadas
los genes se organizan en grupos y se colocalizan con
genes de virulencia informados (ver suplemento en línea
material S2 (tabla)). Los clusters más grandes en H. pylori
contienen los genes asociados a citotoxina del cag PAI como
así como el operón ureasa, uno de los principales virulencia
factores en H. pylori. Además, identificamos grupos
de genes hipotéticos de función desconocida que no
tener cualquier homólogo coincidente en las bases de datos (ver
material suplementario en línea S2 (tabla)); tanto como
dos grandes conjuntos de ORFs pronosticados consecutivos centrados
alrededor de un homólogo del gen virB4 (Figura 3). En el
Genoma de H. hepaticus, la isla genómica HHGI1 -
que, como el PAI de H. pylori cag, codifica un conjunto de tipo IV
genes de virulencia - y el operon de ureasa son claramente
detectable (Figura 3). En C. jejuni un grupo específico de especie
Genes de contingencia variables de fase. Genes de contingencia
se caracterizan por secuencias repetitivas intragénicas que
mediar la variación antigénica. Estos genes son propensos a
deslizamiento de replicación y error de emparejamiento, que afecta
nivel de expresión y puede conducir a la conexión / desconexión de
un gen, conocido como variación de fase62,63. El potencial
genes de fase variable que contienen estas características
código de motivos intragénicos para proteínas que están íntimamente
involucrado en las interacciones microorganismo-huésped para el
comparar ε-especies proteobacterianas (ver suplemento en línea
material S1 (tabla)). Los genes de fase variable proporcionan
estos organismos con la capacidad de alterar su
epítopos y adhesinas reconocibles en el huésped. Para C. jejuni
se ha demostrado experimentalmente que la variable de fase codificada
los genes están involucrados en la biosíntesis de la
cápsula y modificación del lipopolisacárido
componentes64. Ciertas cepas de H. pylori imitan a humanos
LEWISX, Y ANTIGENS utilizando fucosiltransferasas, que tienen un
papel en la adhesión al tejido del huésped gástrico15,65,66.
Los TRACTS HOMOPOLÍMEROS expandidos son importantes
características de los genomas de las dos especies de Helicobacter,
particularmente H. hepaticus, así como C. jejuni6,67. Lo obvio
la falta de estos motivos en W. succinogenes es compensada
por una abundancia de genes con dinucleótido repetitivo
secuencias. Los productos genéticos de esta supuesta fasevariable
genes en la función de W. succinogenes en idénticos
rutas moleculares a las conocidas proteínas de fase variable
de C. jejuni y las dos especies de Helicobacter. Eso
por lo tanto, parece probable que la variación antigénica sea una
estrategia común utilizada por estos microorganismos para
adaptación, especialización y persistencia en el hígado
o nichos gastrointestinales dentro de sus anfitriones distintos,
como el estómago humano, el hígado de roedores o el
rumen bovino.
LEWIS ANTÍGENOS
Carbohidrato fucosilado
antígenos generalmente encontrados en el
superficie de células eucariotas. Ellos
están estructuralmente relacionados con el
grupo sanguíneo humano ABH
sistema.
TRACTS HOMOPOLIMÉRICOS
El más simple pero más frecuente
zonas de baja complejidad en
los procariotas son secuencia simple
repeticiones (SSR), que consisten
cualquiera de los tractos homopoliméricos
o repeticiones multiméricas. Estas
las regiones genómicas son propensas a
deslizamiento y mal emparejamiento.
Helicobacter pylori Helicobacter hepaticus Campylobacter jejuni
ure
Cdt ure
Cdt
HHGI1
EPS
PAI LOS
aBC
Figura 3 | Regiones específicas de especies y sinténicas de ε-proteobacterias
secuenciadas. Comparando el contenido de genes de Wolinella
succinogenes DSM 1740 con la cepa Helicobacter pylori 26695 (a), Helicobacter hepaticus ATCC
51449 (b) y Campylobacter
cepa jejuni NCTC 11168 (c). Los genes ortólogos correspondientes se muestran en el círculo
central, su orden se da con respeto
a su ubicación original en el genoma. Los bloques naranja destacan los grupos específicos de
especies (SSC) que abarcan más de cuatro áreas abiertas
marcos de lectura (ORF) sin ortólogos en W. succinogenes. Las islas genómicas de H. pylori (cag
PAI) y H. hepaticus (HHGI1)
son claramente detectables. Los dos círculos más internos revelan regiones sinténicas entre W.
succinogenes y las otras tres
microorganismos. El orden y la orientación viene dada por el organismo comparado; regiones
sinténicas de la misma orientación están etiquetadas
con puntas de flecha rojas, mientras que las regiones invertidas se muestran con puntas de flecha
azules. Los otros colores coinciden con los de la FIG. 2. Cdt,
toxinas disociadoras de citocélulas, EPS, biosíntesis de exopolisacáridos, HHGI 1, isla genómica de
H. hepaticus 1, LOS,
biosíntesis de lipopolisacáridos, PAI, isla asociada a patogenicidad, ure, operón de ureasa.
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 9
OPINIONES
Análisis de colinealidad local y genómica
Como estas cuatro especies estrechamente relacionadas comparten una última común
ancestro, los reordenamientos del genoma que han contribuido
a su evolución han sido investigados
(Figura 4). Las dos cepas secuenciadas de H. pylori son
ejemplos de la sucesión colineal que sería
esperado para los organismos que pertenecen a la misma
especies y solo muestran variación de tensión a tensión4,5,68.
Para las cepas de H. pylori 26695 y J99, la comparación
da como resultado una diagonal casi no interrumpida (figura 4a).
que codifica el H. hepaticus compartido cytolethal-distending
toxinas (CdtABC) y múltiples proteínas hipotéticas
puede ser detectado tan bien como los LOS específicos de C. jejuni
y loci EPS (Figura 3). Los H. pylori OMP son a menudo
flanqueado por proteínas hipotéticas dentro de estas especiesespecíficas
regiones. Esto podría indicar que estas proteínas
contribuir a la estructura de estas membranas externas
proteínas como parte de la adhesión específica de H. pylori
mecanismo a una célula anfitriona (ver suplemento en línea
material S2 (tabla)).
W. succinogenes
C. jejuni
H. hepaticus
H. pylori 26695
H. hepaticus
C. jejuni
W. succinogenes
H. hepaticus
W. succinogenes
H. pylori 26695
H. pylori J99
C. jejuni
H. pylori 26695
H. pylori 26695
0
250
500
750
1000
1250
1500
1750
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750 2000 2250
0
250
500
750
1000
1250
1500
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750
0
250
500
750
1000
1250
1500
1750
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750
0
250
500
750
1000
1250
1500
1750
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750 2000 2250
0
250
500
750
1000
1250
1500
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750 2000 2250
0
250
500
750
1000
1250
1500
1750
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750
0
250
500
750
1000
1250
1500
0 250 500 750 1000 1250 1500 1750
un
do
mi
segundo
re
F
gramo
Figura 4 | Análisis de colinealidad en todo el genoma. Las posiciones de los genes ortólogos a lo
largo del cromosoma se trazan como
abrir números de marcos de lectura (ORF). Los ejes xey representan los dos genomas que se
comparan. El origen de la replicación
(ori) es claramente detectable en Wolinella succinogenes DSM 1740 y Campylobacter jejuni NCTC
11168, según lo predicho por un sesgo
de G hacia la hebra principal (G + C sesga), por lo tanto, las posiciones de cada par de genes
homólogos en relación con su ori pueden
ser calculado87,88. a | Una trama de colinealidad entre las cepas de Helicobacter pylori 26695 y
J99. La presencia de una línea diagonal
ilustra claramente el orden de genes conservados entre las dos cepas. Las comparaciones de nivel
de género se muestran en b-g.
Para derivar el factor de colinealidad, se usaron las coordenadas xey de los pares ortólogos. Por
cada par de vecinos
ORFs (xi, xi + 1) en el genoma de la consulta, se encontró la posición de los ortólogos (yj, yj + 1) en
los genomas diana. La diferencia
Se calculó Min (| yi + 1 - yi |, #Orfs - | yi + 1 - yi |) entre las posiciones en el genoma objetivo. Los
valores de diferencia para todos
los pares de ORF se sumaron y se dividieron por el número de ORF para obtener el factor de
colinealidad. La colinealidad resultante
factor para la comparación de cepa a cepa es 18, mientras que la comparación de especie a
especie da 213 en el caso de W.
succinogenes / C. jejuni (d) y 214 en el caso de W. succinogenes / H. pylori 26695 (b). Comparación
de H. pylori 26695 y
C. jejuni (f) resulta en un factor de 247, H. hepaticus y H. pylori 26695 (e) de 173, H. hepaticus y C.
jejuni (g) de 212 y
H. hepaticus y W. succinogenes (c) 112.
10 | NOVIEMBRE 2004 | VOLUMEN 2 www.nature.com/reviews/micro
OPINIONES
C. jejuni, que está de acuerdo con lo publicado
16S rRNA filogenéticos árboles19,20. Por lo tanto, W. succinogenes
podría ser considerado como un grupo fuera de la
tres microorganismos patógenos, lo que permite diferencial
análisis no solo del contenido genético, sino también de su
respectivas estructuras del genoma.
El alto grado de desorden ha causado la separación
de genes que están regulados conjuntamente en otros subgrupos de
las Proteobacterias. Los genes estructurales del flagelo
motor proporciona un ejemplo de esta observación. En todo
cuatro especies, los genes de esta estructura, que codifican
más de 20 productos genéticos están dispersos
todo el genoma70.Cómo y si son conjuntamente
regulado sigue sin estar claro a partir del análisis funcional
actualmente disponible.
La reorganización descrita en la colinealidad
análisis refleja la extensa recombinación que tiene
ocurrido ya que estas especies divergieron de su última
antepasado común y que presumiblemente tenía una
papel importante en el proceso de especiación. En esto
respecto, es tentador especular sobre lo permisible
grado de recombinación diferencial que es posible
dentro de un linaje organismal, mientras se mantiene el
estado de ser la misma especie biológica. Lo observado
falta de organización del operón dentro de los genomas de
este subgrupo bacteriano plantea la pregunta de cómo
funcionalidad de la red reguladora se logra.
El estudio de cepas ambientales de especies que son
estrechamente relacionado con patógenos humanos ha identificado
muchos procesos 'huérfanos' en el metabolismo y la
circuitería de señalización de un organismo. Por lo tanto, será
útil para volver a armar el conjunto completo de fisiológica
capacidades del último antepasado común de este grupo de
bacterias para sacar conclusiones sobre la aparición de su
interacción con un host distinto.
Reordenamientos recombinantes
Para visualizar todos los eventos recombinatorios que tienen
ocurrieron, partidos directos (dos o más pares de ortólogos
que han mantenido su orden con respecto a
el origen (ori)), coincidencias opuestas (dos o más pares de
ortólogos que han invertido su orden con respecto
al ori pero mantuvo su orden relativo) y singletons
(ortólogos que no están adyacentes a otros
ortólogos) se trazan entre sí (Figura 5).
A pesar de una disposición casi aleatoria de muchos
ortólogos en una escala genómica, todavía se puede
observar la colinealidad local por una representación que toma
en cuenta solo dos o más pares de genes colineales.
Los ejemplos son los que codifican metabólica y multisubunidad
complejos enzimáticos, como los genes ribosomales
o los genes que codifican la ATPasa de tipo F. Estos grupos
de genes agrupados son de particular interés porque
han mantenido su orden en los genomas de los cuatro
especies, aunque en algunos casos su orientación
con respecto al origen de la replicación ha cambiado.
Pérdida y adquisición de genes
A través de una serie de eventos de eliminación y recombinación
impulsado por la adaptación del huésped y la especiación, los genomas de
las cuatro especies han perdido genes, aunque a diferentes velocidades. En
Las dos únicas posiciones en las que se interrumpe el pedido
son el resultado de un único evento de recombinación69. los
el patrón aleatorio de las otras gráficas (Figura 4b-g) ilustra
la falta de colinealidad en todo el genoma (Figura 4b-g). El calculado
factores de colinealidad reflejan la filogenética
relación entre los organismos y describe el
posición de W. succinogenes como filogenéticamente intermedio
entre las dos especies de Helicobacter y
d Wsu-Hhe
1103 pares
Total 321 segmentos
82 directo
74 opuesto
165 singletons
b Wsu-Cje
1166 pares
Total de 408 segmentos
69 directo
76 opuesto
263 singletons
un Hpy-jhp
1402 pares
Total de 61 segmentos
39 directos
11 opuesto
11 singletons
c Wsu-Hpy
990 pares
Total 332 segmentos
62 directo
68 opuesto
192 singletons
Hpy
jhp
Cje
Wsu
Hpy
Wsu
Wsu
Hhe
Golpe directo Golpe opuesto Singleton
0 500 1000 1500
0 500 1000 1500 2000
0 500 1000 1500 2000
0 500 1000 1500 2000
0 500 1000 1500 2000
0 500 1000 1500 2000
0 500 1000 1500 2000
0 500 1000 1500
Figura 5 | Visualización de eventos recombinatorios intra e interesespecies. Partidos directos
son dos o más pares de ortólogos que han mantenido su orden con respecto al origen
(o yo). Los partidos opuestos han invertido su orden con respecto al ori, pero mantuvieron su
orden relativo Singletons son ortólogos que no están adyacentes a otros ortólogos. Cuando dos o
se consideran pares ortólogos más cercanos en las comparaciones por pares, colinealidad local
(a-d) entre Wolinella succinogenes DSM 1740 y los patógenos relacionados pueden ser
visto. La comparación intraespecie entre las cepas de Helicobacter pylori 26695 (Hpy) y J99
(jhp) reveló reordenamientos recombinatorios (a). Las partes b-d muestran las interespecies
calculadas
comparaciones Cje, Campylobacter jejuni NCTC 11168.
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 11
OPINIONES
el análisis del genoma de un subgrupo bacteriano puede identificar
específico de cepa, específico de linaje o incluso específico de nicho
regiones genómicas de la especie o phylum analizado, y
puede ayudar a explicar las diferencias en el estilo de vida y la enfermedad
manifestación26,68,74-76.
El enfoque comparativo es valioso a partir de
punto de vista evolutivo, ya que es una excelente herramienta para
rastrear los procesos evolutivos de pérdida, adquisición y
variación de la información genética77. En un mundo más global
enfoque, se pueden detectar grupos de genes ancestrales compartidos.
La reconstrucción de 'conjuntos de genes mínimos' de los últimos
ancestro común puede dilucidar el origen y adaptativo
rasgos de especies microbianas72. Para C. jejuni y H. pylori, un
reconstrucción de un ancestro común tentativo ha sido
presentado utilizando un enfoque de proteína modular78.
Además del cromosoma central, el análisis del
grupo de genoma flexible también debe ser parte de una comparativa
análisis. La identidad casi completa de
cromosoma en algunas especies bacterianas no proporciona
pistas sobre las diferencias observadas en su biología y
potencial patógeno Estas distinciones son en gran parte
anclado en la variada presencia y contenido genético de
plásmidos específicos y otros elementos genéticos móviles;
ejemplos incluyen miembros de Bacillus cereus sensu
grupo lato y aislamientos de C. jejuni36,79. Comparativo
análisis de estos elementos podría ayudar a dilucidar su
origen evolutivo, como se observó para W. succinogenes
Isla genómica WsuGI, que es parte de una comunidad autónoma
plásmido en C. jejuni. Estos análisis permiten la identificación
de rasgos evolutivos únicos y comunes que
contribuir a la especiación y ayudar a identificar la proporción
de genes adquiridos horizontalmente en un particular
organismo.
Sin embargo, es notable que el acceso a un microbiano
genoma proporciona solo una instantánea de un estado momentáneo en
evolución microbiana. No proporciona información sobre
la plasticidad del genoma en diferentes aislamientos. Genotipado
y la secuenciación de aislados con diferentes fisiológicos
capacidades o potencial patógeno puede abordar estos
preguntas mediante el análisis de tramos de secuencia que son
dispersa en todo el genoma de los comparados
species31,80. Para las ε-proteobacterias comparadas,
diversidad intraespecie de diferentes C. jejuni y H. pylori
aislamientos ha sido estudiado en detalle22,23,59,81-84.
El genoma secuenciado de una cepa de tipo puede ser una
referencia para un análisis fundamental adicional de las similitudes
y diferencias entre diversos aislamientos. Usando esto
enfoque, regiones altamente variables en cepas o diferentes
los aislados clínicos que son "puntos calientes" mutacionales pueden ser
identificado. En los ejemplos del subgrupo ε-proteobacteria
incluyen las zonas de alta plasticidad (HPZ) de H. pylori,
que se componen de ADN altamente repetitivo, estos
las regiones son cruciales para que este patógeno persista y evada
eliminación inmune31,85.
El análisis transcripcional basado en datos de secuencia es
centrado en el análisis de las regiones promotoras, el
operón organización e identificación de la transcripción
reguladores, así como la clasificación de detección
capacidades. Sin embargo, el análisis comparativo del genoma es
inadecuado para entender aquellos casos en los que
fenotipo observado o potencial patógeno se basa
En este sentido, es probable que W. succinogenes, debido a su
el tamaño del genoma y el contenido de genes, ha perdido la menor cantidad de genes
información hasta ahora, ya que todavía tiene la mayor cantidad de
genes que codifican una señalización prolongada y metabólica
capacidades. Los ejemplos de pérdida de genes incluyen la señalización
cascadas en H. pylori que faltan componentes 'aguas arriba'
pero que todavía están presentes en W. succinogenes.The
conducir a un genoma más pequeño también podría haber sido responsable
para la frecuencia de codificación particularmente alta, que es
más alto en C. jejuni, en 94.3%. La frecuencia de codificación más baja
de la especie Helicobacter es indicativo de una
esfuerzo para degradar estos genomas aún más. Esto es
reflejado por la gran cantidad de pseudogenes que son
encontrado en el genoma de H. pylori y la tendencia general
para la plasticidad del genoma, que se puede observar en la alta
tasas de mutación y recombinación y que, como
consecuencia, conducen a la alta variabilidad de las cepas que es
observado para especies de Helicobacter.
Aunque esta clase de bacterias tienden a eliminar la genética
información, hay evidencia de que la ganancia de información genética
también es importante Esto es particularmente cierto para el
dos especies de Helicobacter y W. succinogenes, donde
la transferencia genética representa el 5-6% del presente
información genética34,71. En el caso de W. succinogenes,
este porcentaje no incluye los 450 kb adicionales de
información genética que está presente en comparación con el
Genomas de Helicobacter y, por lo tanto, no se pueden explicar
por transferencia horizontal de genes solo.
Este análisis genómico comparativo ha identificado
genes de un conjunto de genes ancestrales compartidos que son esenciales
para el mantenimiento de estos organismos en mamíferos
huéspedes, así como genes específicos de especie que median en el huésped
y especificidad tisular72.Una gran proporción de la especieespecífica
genes co-localizan en regiones del individuo
genomas que no han sido identificados como genómicos
islas, que contrasta con la observación de que no
La colinealidad en todo el genoma está presente entre estos
genomas estrechamente relacionados.
Genómica comparativa: poder y limitaciones
La secuenciación del genoma y la genómica comparativa son
indudablemente de inmenso valor para los investigadores que deseen
para investigar rasgos comunes y únicos en microbios
adaptación y especiación73.Los datos del genoma están comenzando
puntos para la investigación posterior que considera los muchos
interacciones entre un microorganismo y su ecología
nicho y ambiente circundante. Los hallazgos iniciales
de un análisis de secuencia debe ser seguido por experimental
trabajo para dilucidar o confirmar la función fisiológica
de los productos genéticos identificados. La secuencia de datos no puede
ser utilizado para dilucidar todos los aspectos de la biología de un particular
especie, pero la generación continua de genómica
y los datos experimentales dan a los investigadores una idea de
la complejidad de la biología de un organismo y permite
preguntas para plantear con respecto a la dinámica del genoma y
diversidad (figura 6).
Comparaciones entre las secuencias del genoma de
bacterias comensales y las de bacterias patógenas
puede identificar los genes que están involucrados en lo observado
especificidad de host y los mecanismos de
interacción huésped-microorganismo. Una comparativa
12 | NOVIEMBRE 2004 | VOLUMEN 2 www.nature.com/reviews/micro
OPINIONES
esto proporcionará la base fundamental para responder a diversos
preguntas que cubren todos los aspectos de la vida microbiana y podría
ayudar a aclarar el origen evolutivo, filogenético
relación y emergencia de un organismo.
Conclusiones
Estudiando el proceso evolutivo de adaptación a un
host específico a nivel genómico identifica conjuntos de genes
que son específicos de la especie o son parte de la especie
reserva genética. Los genes específicos de especie identificados en una comparación
el análisis puede ser utilizado por todos los laboratorios
estudiando los mecanismos moleculares de las interacciones
de esta especie bacteriana con su huésped. Por lo tanto es
sobre alteraciones en el circuito regulador en respuesta a un
entorno dinámicamente cambiante. Las Pseudomonas
El circuito de detección de quórum aeruginosa es un ejemplo de esto
en donde la expresión de determinantes de virulencia
depende de la densidad de la población de Pseudomonas86.
Monitoreo de niveles de ARN en matrices transcriptómicas es una
herramienta poderosa, pero no es suficiente para cubrir todos los aspectos de
una red regulatoria de organismos para responder preguntas de
regulación postranscripcional y postraduccional
modificación. Para responder a estas preguntas, proteómica y
análisis estructural de proteínas y sus complejos nativos
y la investigación de sus funciones enzimáticas y catalíticas
son esenciales. A medida que se recopilan más datos de secuenciación,
Fisiología y Ecología
• Estilo de vida: ambiental, simbionte, comensales o
potencial patógeno (facultativo / obligado / oportunista)
• Complejidad del ciclo de vida y etapas
• Hábitat: distribución geográfica y diversidad ambiental
• Nicho ecológico: vida libre a host asociado
• Metabolismo y detección: especialista a versátil generalista
• Condiciones de cultivo
• Metagenómica: comunidades microbianas (inculturables)
Adaptación genómica
• Tamaño del genoma
• densidad de codificación
• Clasificación funcional del inventario del genoma
Vías metabólicas y secretoras
Capacidades de detección
Resistencia a múltiples fármacos
Determinantes de virulencia
• Redundancia genómica
• Genes de contingencia y pseudogenes
• Grupo de genoma flexible
GEIs, plásmidos, fagos, elementos IS
Análisis comparativo del genoma
• Análisis filogenético y origen evolutivo
• Genoma principal y conjuntos de genes específicos
• Conjunto mínimo de genes de LCA
• Diversidad genómica
Afluencia y salida de información genética
Comparación del repertorio genómico
• Dinámica del genoma y plasticidad
Zonas de alta plasticidad
Bloques syntenic y rearreglos genómicos
• Polimorfismos del genoma
Secuencias repetitivas, elementos IS, SNP
• Genotipado: nueva secuencia de aislamientos
Reconstrucción tentativa
Biología de
organismo
Secuenciando
proyecto
Bioinformática
enfoque
Experimental
enfoque
• Clasificación funcional de (Glyco-) proteoma
• Análisis estructural de proteínas y complejos
• Patrones de expresión diferencial
• Modificaciones postraduccionales
• Análisis del promotor
• Estructura del operón
• Análisis de microarrays
• Genotipado
Análisis transcriptómicos y proteómicos
Recopilación de datos
Cambio dinámico del entorno y
Circuitos Reguladores
• Quórum y detección ambiental
• Repertorio de host
• Lifestage: espora, vesícula, cápsula
• Ciclo de vida: infección, persistencia
En vivo
In vitro
Secuenciación del genoma Re-secuenciación
Bases para el diseño experimental
Condiciones in vivo
Ensayos in vitro
Figura 6 | La genómica microbiana y el estudio de la patogenicidad bacteriana. Información
general sobre la biología in vivo de un
microorganismo, incluido el conocimiento del estilo de vida y el hábitat, alimenta el diseño
experimental in vitro. Información de un genoma
el proyecto de secuenciación, particularmente una clasificación funcional del inventario del
genoma, también puede informar el análisis in vitro. Comparativo
el análisis del genoma proporciona información adicional, que incluye la composición del genoma
central y el grupo de genoma flexible y puede
ser útil para identificar la composición genética del último ancestro común del microorganismo en
cuestión. Para genes desconocidos
función, o variaciones genéticas como polimorfismos de un solo nucleótido, otras tecnologías
'ómicas' como transcriptómica y
la proteómica puede proporcionar más información.
REVISIONES DE LA NATURALEZA | MICROBIOLOGÍA VOLUMEN 2 | NOVIEMBRE 2004 | 13
OPINIONES
inserciones y eliminaciones (indels) que afectan a cualquiera
genes o elementos reguladores, que no pueden evaluarse
por la metodología utilizada en este estudio; funcional
técnicas genómicas, tales como transcriptómica y proteómica,
Por lo tanto, se requerirá estudiar los efectos
de estas variaciones genómicas. Lo mismo es cierto para el
genes hipotéticos sin función asignada, que
representan hasta un tercio del contenido del gen
de las ε-proteobacterias secuenciadas. El impacto de estos
genes sobre la fisiología de estos microorganismos deben
ser más elucidado por estudios experimentales.
Por último, pero no menos importante, es importante tener en cuenta que,
aunque hay una correlación estricta entre
ausencia de ciertos genes y un potencial fisiológico
función, lo contrario no es cierto. Por ejemplo,
la ausencia de un conjunto particular de genes puede descartar
ciertas capacidades fisiológicas, pero la presencia de
factores de virulencia es esencial, pero no suficiente, para un
estilo de vida patogénico obligatorio. Por lo tanto, será
gratificante para seguir abordando la delgada línea entre
el comensalismo y la patogenicidad visceral utilizando diversos
técnicas que incluyen genómica comparativa.
importante tener en cuenta que muchos genes hipotéticos forman
grupos en regiones específicas de especie que no están definidas
por los sellos tradicionales de las islas genómicas. En esto
análisis, esto es particularmente evidente para las especiesespecíficas
clusters (SSC) que se destacaron por primera
tiempo (Figura 3), y que no puede ser identificado por ningún
otra metodología. Una comprensión en profundidad de la
mecanismos de interacciones específicas bacteria-huésped
no ser posible sin entender la función de
estos genes
Usando la comparación genómica, también fue posible
visualizar el alto grado de reordenamientos genómicos que
parece ser una característica general dentro de esta bacteria
linaje. Comprender las diferentes tasas de recombinación
entre las cepas y especies estudiadas no solo
dar una idea del proceso de especiación microbiana, pero
también en los rasgos comunes y únicos del genoma
evolución de especies comensales y patógenas
Una limitación del enfoque comparativo es la
umbral de detección que se puede aplicar en el genómico
nivel. Este es particularmente el caso de las mutaciones basadas
en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y