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UNIVERSIDADE FEDERAL DE SAÃ O CARLOS

Estudo de Cineé tica


Enzimaé tica pelo
simulador GEPASI
Reaçaã o com Inibiçaã o Competitiva

Andre Tomaz Terra Junior


18 de novembro de 2008.

Alunos:

Danilo Aparecido Serafim Alves RA: 278645

Víétor Dias Sabaraense RA: 278564

Professor Claudio Suazo


Conteúdo
INTRODUÇÃO 3
Conceitos Gerais 3
Classes de Enzimas 4
Cofatores e Coenzimas 6
Especificidade Enzima - Substrato 7
Mecanismo Geral de Catálise 8
Cinética Enzimática 9
Equação de Michaelis-Menten: 10
Fatores que Influenciam na Velocidade de uma Reação Enzimática 10
Regulação Enzimática 11
Inibição Enzimática 11
OBJETIVOS 12
METODOLOGIAS 13
Fundamentos Teóricos 13
Equação de Michaelis e Menten 13
Inibidores Competitivos 16
Levantamento de dados: 16
RESULTADOS E DISCUSSÕES 19
Gráficos obtidos no software Gepasi, posteriormente tratados no software Origin 19
CONFIGURAÇÕES DO SOFTWARE GEPASI 24
CONCLUSÃO 25
BIBLIOGRAFIA 26

2
INTRODUÇÃO

Enzimas são um grupo de substâncias orgânicas de natureza geralmente protéica,


com atividade intra ou extracelular que têm funções de catalisar reações químicas que,
sem a sua presença, aconteceriam a uma velocidade demasiado baixa. Isso é conseguido
através do abaixamento da energia de ativação necessária para que se dê uma reação
química, resultando no aumento da velocidade da reação e possibilitando o metabolismo
dos seres vivos. A capacidade catalítica das enzimas torna-as adequadas para aplicações
industriais, como na indústria farmacêutica ou na alimentar.

Em sistemas vivos, a maioria das reações bioquímicas dá-se em vias


metabólicas, que são seqüências de reações em que o produto de uma reação é utilizado
como reagente na reação seguinte. Diferentes enzimas catalisam diferentes passos de
vias metabólicas, agindo de forma concertada de modo a não interromper o fluxo nessas
vias. Cada enzima pode sofrer regulação da sua atividade, aumentando-a, diminuindo-a
ou mesmo interrompendo-a, de modo a modular o fluxo da via metabólica em que se
insere.

Conceitos Gerais

A nomenclatura das enzimas é dada adicionando o sufixo ASE à substância


sobre a qual a enzimas é ativada. Apesar desse sistema prático ser presentemente usado,
essa regra nem sempre foi obedecida, principalmente na classificação de algumas
proteases (Pepsina, tripsina, quimotripsina, trombina, subtilisina).

Essa terminologia não especifica o tipo de transformações sofridas pelo


substrato. Por isso, em certos casos, preferiu-se indicar os tipos de reações catalisadas e
daí os nomes desidrogenase, descarboxilase, oxidase. No entanto, com a descoberta de
grande número de enzimas, houve necessidade de estabelecer um critério uniforme que
simultaneamente descreve com precisão as reações catalisadas.

3
A International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB)
classificou as enzimas em seis grandes grupos (Classes), de acordo com o tipo de reação
que catalisam. Cada enzima descrita recebe um número de classificação, conhecido por
“E.C.” (Enzyme Commission of the IUBMB), que é composto por 4 dígitos:

1. Classe

2. Sub-classe dentro da classe

3. grupos químicos específicos que participam da reação.

4. a enzima, propriamente dita

Pode-se citar como exemplo a Quimotripsina: E.C. 3.4.21.1:

3 → Classe = Hidrolase (catalisa reações de hidrólise de ligações covalentes)

4 → Sub-Classe = Peptidase (hidrolisa ligações peptídicas)

21 → Serino-endopeptidases (enzimas contendo serina no sítio ativo)

1 → quimotripsina

Essa classificação, embora coerente e racional, torna-se nada prática na


utilização coerente. Assim, quando não há conflitos de nomenclatura, utiliza-se a
designação trivial. Nos casos em que se pretende uma especialização pormenorizada, ou
quando há conflitos de nomenclatura, utiliza-se a classificação codificada. Tripsina,
lisosina, carboxipeptidase, hexocinase, etc, são nomes tão consagrados que são por si,
significativos.

Classes de Enzimas

1. Óxido-Redutases

São todas as enzimas que catalisam reações de oxidação-redução. O substrato


oxidado é um hidrogênio ou doador de elétron. O nome mais comum é “desidrogenase”
(sempre que possível). “Oxidase” é também usado quando o O2 é um aceptor. São
classificadas em sub-classes pois atuam em diferentes grupos doadores ou aceptores. No
caso das oxido-redutases, são 22 sub-grupos (1.1 a 1.21 e 1.97).

4
2. Transferases

São enzimas que catalisam a transferência de grupos entre duas moléculas. Por
exemplo, as metiltransferases transferem um grupo metila. O doador pode ser um
cofator (coenzima) que carrega o grupo a ser transferido. A classificação se dá seguindo
o esquema:

doador (grupo)transferase

ou

aceptor (grupo)transferase

Por exemplo, a alanina aminotransferase (E.C. 2.6.1.2) catalisa a transferência de um


grupamento amino da alanina para o α-cetoglutarato.

3. Hidrolases

Catalisam a reação de hidrólise de várias ligações covalentes. O nome, em geral,


é dado pelo “substrato” + o sufixo “ase”, como é o caso das peptidades (E.C. 3.4), que
catalisam a hidrólise de ligações peptídicas. Algumas hidrolases são pouco específicas,
o que dificulta a nomenclatura mais específica das mesmas.

4. Liases

Liases são enzimas que catalisam a clivagem de ligações C-C, C-O, C-N, entre
outras, através de hidrólise ou oxidação. Elas diferem das outras enzimas por tem dois
substratos envolvidos em uma direção e apenas um na outra direção de reação. Nos
nomes comuns, encontramos as descarboxilases, aldolases, desidratases, ou mesmo
liases. As desidratases são aquelas que eliminam água na reação. No caso em que a
reação inversa é mais importante, ou seja, em que dois substratos originam um, pode ser
usado o nome “sintase”.

5. Isomerases

Catalisam a modificação de uma única molécula, sem participação de outra. Por


exemplo, as Racemases e as Epimerases, catalisam a reação de racemização ou
epimerização de centros quirais e as cis-trans-Isomerases rearranjam a geometria de

5
duplas ligações. Existem Oxidoredutases intramoleculares que oxidam uma parte da
molécula ao mesmo tempo que reduzem outra parte da mesma.

6. Ligases

Catalisam reações de síntese de uma nova molécula a partir da ligação entre duas
moléculas, com a concomitante hidrólise de ATP ou outro composto trifosfatado. São
conhecidas como Ligases, Carboxilases ou Sintetases, sendo que existem 6 sub-classes
dessas enzimas.

Cofatores e Coenzimas

Cofatores são pequenas moléculas orgânicas ou inorgânicas que podem ser


necessárias para a função de uma enzima. Estes cofatores não estão ligados
permanentemente à molécula da enzima, mas, na ausência deles, a enzima é inativa. A
fração protéica de uma enzima, na ausência do seu cofator, é chamada de apoenzima.
Na presença do cofator, chama-se holoenzima.

Coenzimas são compostos orgânicos, quase sempre derivados de vitaminas, que


atuam em conjunto com as enzimas. Podem atuar segundo três modelos:

- Ligando-se à enzima com afinidade semelhante à do substrato.

- Ligando-se covalentemente em local próximo ou no próprio sítio catalítico da


apoenzima.

6
- Atuando de maneira intermediária aos dois extremos acima citados.

Figura 2 – Representação gráfica de um cofator e de uma coenzima.

As enzimas são muito específicas para os seus substratos. Esta especificidade


pode ser relativa a apenas um substrato ou a vários substratos ao mesmo tempo.

Especificidade Enzima - Substrato

Esta especificidade se deve à existência, na superfície da enzima de um local


denominado sítio de ligação do substrato. O sítio de ligação do substrato de uma enzima
é dado por um arranjo tridimensional especial dos aminoácidos de uma determinada
região da molécula, geralmente complementar à molécula do substrato, e ideal espacial
e eletricamente para a ligação do mesmo. O sítio de ligação do substrato é capaz de
reconhecer inclusive isômeros óticos "D" e "L" de um mesmo composto. Este sítio pode
conter um segundo sítio, chamado sítio catalítico ou sítio ativo, ou estar próximo dele; é
neste sítio ativo que ocorre a reação enzimática.

7
Figura 3 – Exemplo de uma reação enzimática, com foco no sítio ativo.

Alguns modelos procuram explicar a especificidade substrato/enzima:

- Modelo Chave/Fechadura que prevê um encaixe perfeito do substrato no sítio


de ligação, que seria rígido como uma fechadura. No exemplo da figura abaixo, uma
determinada região da proteína - o módulo SH2 - liga-se à tirosina fosfatada, que se
adapta ao sítio ativo da enzima tal como uma chave faz a sua fechadura.

- Modelo do Ajuste Induzido que prevê um sítio de ligação não totalmente pré-
formado, mas sim moldável à molécula do substrato; a enzima se ajustaria à molécula
do substrato na sua presença.

- Evidências experimentais sugerem um terceiro modelo que combina o ajuste


induzido a uma "torção" da molécula do substrato, que o "ativaria" e o prepararia para a
sua transformação em produto.

Mecanismo Geral de Catálise

8
As enzimas aceleram a velocidade de uma reação por diminuir a energia livre de
ativação da mesma, sem alterar a termodinâmica da reação, ou seja: A energia dos
reagentes e produtos da reação enzimática e de sua equivalente não enzimática são
idênticas.

Para se superar a energia de ativação de uma reação, passa-se pela formação de


um estado intermediário chamado "Estado de Transição", sempre um composto instável
e de alta energia, representado por "Ts", ligado com altíssima afinidade ao sítio
catalítico. Nas reações enzimáticas, este composto de transição "Ts" não pode ser
isolado ou mesmo considerado um intermediário, uma vez que não é liberado para o
meio de reação; sua formação ocorre no sítio catalítico da enzima!! Como a afinidade
do "Ts" ao sítio catalítico é muito maior que a afinidade do substrato com o mesmo, a
pequena quantidade de moléculas em "Ts" será rapidamente convertida em produto.
Assim, todo o fator que leva a um aumento do número de moléculas em "Ts" aumenta a
velocidade da reação.

São 4 os mecanismos principais através dos quais as enzimas aceleram uma


reação, aumentando a formação de moléculas de substrato em "Ts":

- Catálise Ácido-Base que ocorre com a participação de aminoácidos com


cadeias laterais ionizáveis, capazes de doar ou liberar prótons durante a catálise.

- Torção de Substrato, que depende da torção do substrato induzida pela ligação


do mesmo com o sítio de ligação da enzima, alcançando o estado de transição e
estimulando sua conversão em produto.

- Catálise Covalente que resulta do ataque nucleofílico ou eletrofílico de um


radical do sítio catalítico sobre o substrato, ligando-o covalentemente à enzima e
induzindo a sua transformação em produto. Envolve com freqüência a participação de
coenzimas.

- Efeito de Diminuição da Entropia. As enzimas ajudam no posicionamento e na


definição da estequiometria correta da reação, facilitando os mecanismos anteriores.

Cinética Enzimática

9
É a parte da enzimologia que estuda a velocidade das reações enzimáticas, e os
atores que influenciam nesta velocidade. A cinética de uma enzima é estudada
avaliando-se a quantidade de produto formado ou a quantidade de substrato consumido
por unidade de tempo de reação.

Uma reação enzimática pode ser expressa pela seguinte equação:

E + S <==> [ES] ==> E + P

O complexo enzima/substrato (ES) tem uma energia de ativação ligeiramente


menor que a do substrato isolado, e a sua formação leva ao aparecimento do estado de
transição "Ts".

A formação de "P" a partir de ES é a etapa limitante da velocidade da reação.

A velocidade de uma reação enzimática depende das concentrações de enzima e


de substrato.

10
Equação de Michaelis-Menten:

Michaelis e Menten foram 2 pesquisadores que propuseram o modelo supracitado


como modelo de reação enzimática para apenas um substrato. A partir deste modelo,
estas pesquisadoras criaram uma equação, que nos permite demonstrar como a
velocidade de uma reação varia com a variação da concentração do substrato. Esta
equação pode ser expressa graficamente, e representa o efeito da concentração de
substrato sobre a velocidade de reação enzimática.

O Km de um substrato para uma enzima específica é característico, e nos fornece


um parâmetro de especificidade deste substrato em relação à enzima. Quanto menor o
Km, maior a especificidade, e vice-versa.

Fatores que Influenciam na Velocidade de uma Reação Enzimática

São eles:

- Temperatura: quanto maior a temperatura, maior a velocidade da reação, até se


atingir a temperatura ótima; a partir dela, a atividade volta a diminuir, por desnaturação
da molécula.

- pH: idem à temperatura; existe um pH ótimo, onde a distribuição de cargas


elétricas da molécula da enzima e, em especial do sítio catalítico, é ideal para a catálise.

- Concentração de enzimas: quanto maior a quantidade de enzimas, maior a


velocidade da reação.

- Concentração de substrato: é o principal determinante da velocidade das


reações bioquímicas.

11
Regulação Enzimática

Algumas enzimas podem ter suas atividades reguladas, atuando assim como
moduladoras do metabolismo celular. Esta modulação é essencial na coordenação dos
inúmeros processos metabólicos pela célula.

Além dos mecanismos já citados de modulação de atividade enzimática - por


variação da concentração do substrato, ou por inibição enzimática, por exemplo -
existem 2 modelos de regulação enzimática mais conhecidos:

- Modulação Alostérica: ocorre nas enzimas que possuem um sítio de


modulação, ou alostérico, onde se liga de forma não-covalente um modulador
alostérico que pode ser positivo (ativa a enzima) ou negativo (inibe a enzima). A
ligação do modulador induz a modificações conformacionais na estrutura
espacial da enzima, modificando a afinidade desta para com os seus substratos. Um
modelo muito comum de regulação alostérica é a inibição por "feed-back", onde o
próprio produto da reação atua como modulador da enzima que a catalisa.

- Modulação Covalente: ocorre quando há modificação covalente da molécula da


enzima, com conversão entre formas ativa/inativa. O processo ocorre
principalmente por adição/remoção de grupamentos fosfato de resíduos específicos
de serina.

Inibição Enzimática

Os inibidores enzimáticos são compostos que podem diminuir a atividade de


uma enzima. A inibição enzimática pode ser reversível ou irreversível; A inibição
reversível é descrita pelo equilíbrio da interação enzima-inibidor. Os processos de
inibição enzimática podem ser classificados como competitivo e não competitivo,
dependendo da forma como o inibidor age sobre a enzima.

Os dois tipos de inibição enzimática reversível são:

12
- Inibição Enzimática Reversível Não-Competitiva: um inibidor não competitivo
não se liga no sítio ativo da enzima, mas liga-se em outra região da molécula
enzimática e impede que a enzima reconheça o substrato; quando o inibidor liga-se
reversivelmente à enzima em um sítio próprio de ligação, podendo estar ligado à
mesma ao mesmo tempo que o substrato; este tipo de inibição depende apenas da
concentração do inibidor.

- Inibição Enzimática Reversível Competitiva: o inibidor competitivo


geralmente tem uma estrutura semelhante à do substrato e pode ligar-se ao sítio
ativo da enzima, mas não pode ser transformado.

Quando o inibidor se liga reversivelmente ao mesmo sítio de ligação do


substrato, o efeito é revertido aumentando-se a concentração de substrato, este tipo
de inibição depende das concentrações de substrato e de inibidor.

Se o inibidor age reversivelmente, a cinética de Michaelis-Menten, que


assemelha-se a cinética influenciada pelo inibidor, não pode ser usada visto que este
método assume equilíbrio entre as formas livre e complexa.

Para distinguir cineticamente, os dois processos de inibição enzimática, aplica-se


o gráfico proposto por Lineweaver-Burk aos resultados obtidos experimentalmente. A
enzima, numa concentração constante, reage com concentrações crescentes do substrato
na ausência do inibidor e em um segundo experimento a enzima reage com o substrato
em concentrações crescentes na presença do inibidor.

OBJETIVOS

Este relatório tem o objetivo de analisar as reações catalisadas por enzimas,


especificamente as em que ocorre inibição competitiva, através do programa simulador
de reações enzimáticas Gepasi 3.3. Além disso, através desse trabalho se estudará a
influência das concentrações de substratos, enzimas, inibidores, etc, nas velocidades e
correlacionar através de modelos matemáticos as velocidades com esses fatores.

13
METODOLOGIAS

Fundamentos Teóricos

Victor Henri propôs, em 1903, que uma enzima liga-se à molécula de seu
substrato para formar o complexo ES, sendo este um passo obrigatório no processo
catalítico enzimático. Esta idéia foi expandida em uma teoria geral da ação das enzimas,
especialmente por Leonor Michaelis e Maud Menten, em 1913.

Equação de Michaelis e Menten

A Figura 4 mostra a relação entre [S] e V 0 para uma reação enzimática. A curva
que expressa esta relação possui a mesma forma para a maioria das enzimas, sendo
expressa pela Equação de Michaelis e Menten, derivada por estes pesquisadores
partindo de sua hipótese básica de que, nas reações enzimáticas, o passo limitante da
velocidade é a quebra do complexo ES para formar o produto e a enzima livre.

Figura 1 – 4:
Figura Efeito
Efeitodadaconcentração desubstrato
concentração de substratonana velocidade
velocidade

inicial de uma reação catalisada enzimaticamente.

14
A Equação de Michaelis-Menten (Equação 1) é a equação da velocidade para
uma reação catalisada enzimaticamente e com um único substrato. É uma expressão da
relação quantitativa entre a velocidade inicial V0, a velocidade inicial máxima Vmáx, e a
concentração inicial de substrato [S], todas relacionadas através da constante de
Michaelis-Menten, Km. A constante de Michaelis-Menten é uma constante dinâmica, ou
de pseudoequilíbrio, que expressa a relação entre as concentrações reais no estado
estacionário ao invés de concentrações no equilíbrio.

(1)

Uma relação numérica importante emerge da Equação de Michaelis-Menten no


caso especial quando V0 é exatamente metade de Vmáx (Figura 1). Então:

(2)

Km é equivalente à concentração de substrato na qual V0 é igual à metade de


Vmáx, e indica a “afinidade” de uma enzima pelo seu substrato. Quanto menor for o valor
de Km, maior será a afinidade da enzima pelo substrato.

Obs: Vmáx depende do k2 (Equação 3), que é uma constante, e da concentração


da enzima na experiência realizada. Vmáx é proporcional à concentração da enzima
(Figura 5).

15
Figura 5: Gráfico de Vmáx variando de acordo com a concentração da
enzima ([E]).

(3)

Significado de Vmáx e Km

Todas as enzimas que exibem uma dependência hiperbólica de V0 em relação a


[S] são ditas seguir a cinética de Michaelis-Menten. Entretanto, esta equação não
depende do mecanismo de reação relativamente simples de dois passos. Muitas enzimas
possuem mecanismos de reação muito diferentes entre si; como enzimas que catalisam
reações com seis ou oito passos identificáveis, que exibem o mesmo comportamento
cinético no estado estacionário. Portanto, o significado real e a magnitude de Vmáx e Km
podem variar de uma enzima para outra. O significado real de Km depende de aspectos
específicos do mecanismo de reação, como o número e as velocidades relativas dos
passos individuas da reação. Considerando as reações de dois passos:

(4)

16
Para a reação de Michaelis-Menten, k2 é o limitante da velocidade; assim,

quando k2 << k-1, Km se reduz ao valor .

Onde esta condição prevalece o Km representa uma medida da afinidade da enzima pelo
substrato no complexo ES.

Muitas vezes k2 >> k-1, e então .

Em outros casos, k2 e k-1 são comparáveis e Km permanece com uma função


mais complexa do relacionamento entre todas as três constantes de velocidade. A Vmáx
também varia muito de uma enzima para outra. Se uma enzima reage pelo mecanismo
de dois passos de Michaelis-Menten, a Vmáx é equivalente a k2[Et], onde k2 é o passo
limitante da velocidade.

Entretanto, o número de passos da reação e a identidade do(s)

passo(s) limitante(s) da velocidade podem variar de enzima para enzima.

Exemplo: Liberação do produto EP E + P é limitante da velocidade.

(5)

Na saturação, a maior parte da enzima está na forma EP e Vmáx = k3 [Et] .


Portanto pode-se definir a constante kcat para descrever a velocidade limitante de
qualquer reação catalisada por uma enzima nas condições de saturação. Cada enzima
tem valores ótimos de kcat e Km que refletem o ambiente celular, a concentração do
substrato normalmente encontrado in vivo pela enzima e a química da reação que está
sendo catalisada.

Inibidores Competitivos

Os inibidores competitivos são substâncias que têm formas estruturais


suficientemente semelhante à do substrato para poderem ligar-se ao sítio ativo da
enzima. Faltam-lhe, entretanto, grupos químicos que pudessem levar a reação a cabo; o
resultado da sua presença no meio da reação é o estabelecimento de uma competição

17
entre as moléculas do inibidor competitivo e as do substrato pela ligação com o sítio
ativo da enzima. Naturalmente, o percentual de inibição resultante dependerá de dois
fatores:

1) Das concentrações relativas de substrato e inibidor competitivo.


2) Da afinidade da enzima pelo substrato e pelo inibidor.
Por suas características, a inibição competitiva é bastante específica.

Como o inibidor se liga reversivelmente à enzima, a competição pode se tornar


favorável ao substrato, pela simples adição ao meio de reação de mais substrato,
tornando mínima a probabilidade de uma molécula de inibidor se ligar a enzima. A
reação, neste caso, exibirá uma Vmáx normal. Entretanto, o valor de Km aumentará na
presença do inibidor. Este efeito no Km aparente e a ausência de um efeito em V máx são
diagnósticos da inibição competitiva e é facilmente revelado através de um gráfico
duplo-recíproco.

Levantamento de dados:

Equações para cinética enzimática reversível para inibidor competitivo:

Os valores das concentrações iniciais do substrato, enzima, produto enzima – substrato e


produto foram fornecidos, sendo:

S0=10mM, E0=10-2mM, ES0=0mM e P0=0mM

Para a concentração de Inibidor adotou-se:

I0=1mM

Usando as equações abaixo, variou-se os valores de Ks, para que fosse feito o plot do
gráfico de Michaelis-Menten, para as curvas, com inibidor e sem inibidor:

18
Com inibidor:

, sendo e

Sem inibidor:

, sendo e

Para os valores de Ks, foram inicialmente escolhidos:

KS1=8, KS2=1, KI1=8, KI2=1 e K=7.

Porém ao plotar - se o gráfico, não obteve o formato desejado, então foram feitas outras
tentativas, até que assumiu-se valores bem altos para os Ks em favor a reação de
formação de produtos, valor intermediário para o K da reação lenta, e valores baixos
para o Ks contra a formação de produtos.

KS1=90, KS2=1, KI1=90, KI2=1 e K=40.

19
Figura 6: Gráfico de Michaelis-Menten

20
RESULTADOS E DISCUSSÕES
Gráficos obtidos no software Gepasi, posteriormente tratados no
software Origin

Figura 7: Concentração de substrato pelo tempo

A concentração de substrato decai exponencialmente a medida que o tempo passa,


seguindo a cinética da reação enzima + substrato.

21
Figura 8: Concentração de Enzima pelo Tempo

A concentração de Enzima decai logo no começo da reação rapidamente, devido a


formação de produto tanto com o substrato quanto com o Inibidor, ainda sendo a
constante cinética de ambas formações muito elevada, tornando-se constante no
restante do processo como é mostrado no mecanismo de reação.

22
Figura 9: Concentração do produto Enzima – Substrato pelo tempo

A concentração do produto Enzima – Substrato tem uma elevação no inicio do


mecanismo, pois no inicio é formado pela reação da enzima com o substrato, e logo
após decai exponencialmente até se tornar constante, seguindo cinética toda do
mecanismo.

A formação de ES inicial é bastante alta devido sua cinética de formação inicial ser alta,
ou seja, K alto.

23
Figura 10: Concentração de Inibidor pelo Tempo

A concentração de inibidor decai exponencialmente com o passar do tempo, pois segue


a reação de formação de produto Enzima – Inibidor.

Sua reação é rápida, devido o K alto para a formação de produto.

24
Figura 11: Concentração de Enzima – Inibidor pelo tempo

A concentração de Enzima – Inibidor aumenta rapidamente, pois sua cinética de


formação de produto Enzima – Inibidor é bastante alta (K alto), até atingir uma
constante.

25
Figura 12: Concentração de Produto pelo tempo

O produto aumenta exponencialmente a medida que a reação acontece, entretanto seu


tempo de formação é bastante longo, devido a sua participação na etapa lenta, (K baixo).

CONFIGURAÇÕES DO SOFTWARE GEPASI

Configurações de reações: colocaram-se as equações das reações para um mecanismo


de reações enzimáticas com inibidor competitivo.

Inseriram-se na janela dos valores de dados cinéticos os valores relativos ao problema


com inibição competitiva:

k1=90mM/s

k2=1mM/s

k=40mM/s

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Na janela referente às concentrações iniciais, foram digitadas as concentrações
fornecidas, aproximadas de um mecanismo real, notando-se que todos os produtos tem
concentração inicial igual a zero.

Editou-se as variáveis do mecanismo, apontando para o arquivo “simresults.dyn” o


resultado da simulação e dos gráficos, para posteriormente exportar os dados para o
software Origin para fazer o referente tratamento dos gráficos.

CONCLUSÃO

Através do trabalho realizado foi possível visualizar melhor as variações


ocorridas nas velocidades de reação e concentrações das espécies envolvidas.

O uso de um software de simulação de reações enzimáticas facilita o


entendimento da influência de diversos fatores envolvidos num sistema reacional
enzimático pois possibilita, com facilidade, a alteração de itens como a concentração da
enzima ou do inibidor e o modelo de reação utilizado.

Foi possível, por via da simulação, verificar através dos gráficos resultantes
para o modelo de Michaelis-Menten a diminuição da velocidade de reação na presença
de um inibidor, demonstrando-se que o valor de Km é realmente maior para a reação com
inibidor do que na reação sem inibidor para as mesmas velocidades máximas de reação.

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BIBLIOGRAFIA

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