Des scientifiques découvrent comment détecter des « requins cachés »

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Il y aurait plus de 350 espèces de requins différentes dans le monde.

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Des scientifques découvrent comment

détecter des « requins cachés »
14 mai 2018, 22:16 CEST

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Stefano Mariani et Judith Bakker 

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Étudier des animaux sans les voir. Grotesque,

n’est-ce pas ? Pour des gens comme nous,
intéressés avant tout par la biologie car nous
aimons les animaux et nous aimons les étudier,
cela semble en effet être une mauvaise idée.
Pourtant, si vous réfléchissez à comment
travaillent les enquêteurs de la police
scientifique quand ils recherchent des traces
ADN sur une scène de crime, ou ce que
réalisent les médecins quand ils décèlent un
agent pathogène dans le sang d’un patient, c’est
identique : ils détectent des formes de vie sans
les voir.

L’ADN constitue un plan détaillé du vivant.

Présent dans pratiquement chaque organisme
sur Terre, il est généralement étudié après
prélèvement d’un morceau de tissu, ou d’un
échantillon de sang. On le trouve partout : les
animaux en répandent en permanence, quand
ils se grattent, quand ils urinent, pondent,
bavent, défèquent et, bien sûr, quand ils
meurent. Tous les milieux, de votre lit aux
profondeurs des océans, sont remplis de
« poussières biologiques », surtout de matériel
cellulaire, contenant l’ADN des organismes
l’ayant répandu. Nous l’appelons « ADN
environnemental », ou ADNe.

Assistés par une technologie de plus en plus

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Des scientifiques découvrent comment détecter des « requins cachés »

rapide, précise et accessible, les scientifiques

ont commencé ces dernières années à
séquencer les traces ADN de nombreux
milieux. Cette « micro » approche s’est même
révélée précieuse pour des chercheurs
enquêtant sur des environnements aussi vastes
que des océans.

Judith nageant avec un requin marteau aux Bahamas : les requins sont difficiles à
examiner et à suivre dans l’océan qui est si grand.
Nicolo Roccatagliata, Author
provided

Cartographier les requins

Beaucoup d’animaux marins sont imposants,
peu fréquents, inaccessibles et extrêmement
mobiles. Les requins constituent un exemple
flagrant : ils représentent une faible proportion
de la biomasse océanique, la plupart d’entre
eux sont plutôt difficiles à attraper, et ils
entrent en conflit avec les hommes depuis que
nous avons commencé à nous aventurer en
mer. À quelques exceptions près, ils nous
évitent et beaucoup d’entre eux sont menacés
d’extinction par notre faute.

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Des scientifiques découvrent comment détecter des « requins cachés »

Stefano effectuant des prélèvements au Belize (Amérique centrale).

Judith Bakker,
Author provided

C’est pourquoi nous avons pensé qu’il serait

intéressant de voir si, juste en prélevant
quelques bouteilles d’eau de mer (contenant
donc des fragments d’ADN), nous pourrions
rapidement cartographier la présence des
requins et leur répartition, sans nous engager
dans des courses-poursuites et des méthodes
de pêche intensive. Nous avons été heureux de
découvrir que cette démarche était réalisable,
et que diverses espèces pouvaient être
détectées dans des zones géographiques
différentes, même si les régions les plus
touchées par l’homme montraient une
présence plus faible des requins.

Mais la vraie mesure de l’efficacité de cette

approche génétique environnementale ne
pourra être établie qu’en la comparant à des
méthodes reconnues et vérifiées, à l’image du

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recensement visuel effectué lors d’une plongée

ou bien des enregistrements réalisés à l’aide
d’une caméra sous-marine munie d’appâts.

Mieux que les caméras

Cette comparaison a fait l’objet de notre
dernière étude – menée avec des collègues
basés en Nouvelle-Calédonie, en France, en
Australie et aux États-Unis –, récemment
publiée dans la revue Science Advances. Les
résultats ont été très prometteurs :
22 échantillons d’eau collectés sur plusieurs
semaines ont ainsi permis de détecter plus de
requins que des centaines de caméras installées
pendant 2 ans… et des milliers de plongeurs
durant des décennies.

Presque la moitié des espèces localisées grâce à

l’ADNe étaient introuvables en utilisant des
méthodes traditionnelles. Alors que l’ADNe
pouvait détecter la présence de quelques
requins dans 90 % des échantillons, cette
proportion tombait à un peu plus de 50 % pour
les caméras sous-marines, et autour de 15 %
pour la plongée.

Nouvelle-Calédonie : seulement 22 échantillons d’eau d’ADNe (étoiles rouges) ont

détecté plus de requins que de nombreux enregistrements par caméra (bleu) ou
de plongeurs (vert).
Boussarie & Bakker et al (2018)

Fait intéressant, l’ADNe a surpassé les autres

méthodes que ce soit dans les zones préservées

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et dans celles impactées par l’homme. Un

certain nombre d’espèces de requins a ainsi été
détecté dans des régions peuplées, bruyantes et
exploitées. Une diversité que l’on pourrait
qualifier d’« obscure » peut donc toujours être
présente, sous forme d’individus ou de groupes
isolés qu’il faut protéger. Par ailleurs, l’ADNe
peut aussi révéler la présence d’espèces
étrangères qui étendent leur habitat.

Toutes ces découvertes sont autant de bonnes

nouvelles ; voici pourquoi.

Les promesses de l’ADN

environnemental
Grâce à la rapidité et à l’efficacité de
l’échantillonnage d’ADN environnemental, une
portion maritime plus large peut être
examinée, et ce en un temps plus court ; on
peut ainsi recueillir un aperçu des profils de
diversité dans des régions et milieux étendus,
selon divers gradients environnementaux, et à
des époques différentes.

De nouvelles méthodes pour améliorer l’aspect

quantitatif de la détection d’ADNe étant en
cours d’élaboration – notamment pour d’autres
espèces charismatiques –, nous pourrions
éventuellement mettre rapidement en place
des cartes de diversité des espèces et les utiliser
pour créer des modèles prédictifs et identifier
les facteurs influençant cette diversité. Ces
techniques aideraient ceux qui doivent
élaborer des plans de protection des milieux et
des écosystèmes essentiels à la biodiversité.

La science de l’ADN environnemental évolue

rapidement. Les bases de données utilisées
pour identifier les séquences inconnues
prélevées dans la mer doivent être enrichies
avec de nouvelles références ADN d’espèces
existantes. Jusqu’à présent, toutes les études
ADN multi-espèces ont détecté de nombreuses

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séquences ne correspondant à aucune autre. Et

une part importante d’entre elles
appartiennent à des organismes n’ayant pas
encore été décrits par les scientifiques.

Il faudra cependant que les sondes d’ADN

actuellement utilisées deviennent plus
conséquentes ; en effet, des séquences courtes
d’ADN peuvent parfois échouer à distinguer
des espèces étroitement apparentées. Par
exemple, le requin bordé et le requin gris de
récif partagent des séquences identiques,
comme l’indique le segment d’ADN utilisé
dans nos travaux.

Néanmoins, les premières indications

suggèrent que cette démarche peut nous
rapprocher d’une meilleure compréhension et
gestion du plus grand écosystème présent sur
Terre.

La version originale de cet article a été publiée en anglais.

 biodiversité Pacifique océan environnement science

ADN animaux requin mer écosystèmes cartographie

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Alain Bernay

Cet article ne nous dit pas si ces mesures peuvent donner des
indications de quand la présence s'est produite. Donc peux-t-on
utiliser ces méthodes pour détecter la présence de requins près des
cotes pour protéger nos baignades ?

il y a 10 heures

Stefano Mariani
Chair in Conservation Genetics,
University of Salford

En réponse à
Alain Bernay

Bien que cela n'ait pas été une priorité jusqu'à présent, cette
méthode pourrait également être utilisée pour de telles
applications de «sécurité sur la plage». mais une conception et
une procédure solides devraient être conçues et validées. il
serait très probablement fait appel à des sondages spécifiques
pour les quelques espèces principales pouvant raisonnablement
constituer une menace, dans certains domaines d'intervention.

il y a 4 heures

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